Génomique Évolutive et Médicale

Responsable : Odile LECOMPTE

Participants permanents : Nathalie AL MAKDESSI, Ali AYADI, Anne JEANNIN, Claudine MAYER, Christian MICHEL, Luc MOULINIER, Olivier POCH, Laetitia POIDEVIN, Jean-Sébastien SERENI, Julie THOMPSON

Post-doctorant : Kirsley CHENNEN

Ingénieur contractuel : Arnaud KRESS

Doctorants : Lena BONASSIN, Luka Ljudevit BOSTJANCIC, Célia ENDERLIN, Corentin MEYER, Christelle RUTZ, Alix SIMON

Objectifs et approches

Nos travaux sont centrés sur l’extraction de connaissances à partir de données omiques (génomes, transcriptomes, protéomes, métabolomes, lipidomes, interactomes) avec deux objectifs principaux :

• La caractérisation des relations génotype/phénotype, en particulier dans le cadre de maladies génétiques complexes
• La compréhension de l’évolution de systèmes biologiques, qu’il s’agisse de processus biologiques ou d’espèces.

Pour ce faire, nous utilisons et développons un large panel d'approches :

• analyse de séquences biologiques
• étude des relations séquence/structure/fonction
• génomique comparative intra- et inter-espèces
• graphes
• intelligence artificielle

Une des spécificités de notre équipe réside dans l’exploitation de méthodes bio-informatiques traditionnelles afin de générer des connaissances qui peuvent ensuite guider des approches d’intelligence artificielle. Cette combinaison originale repose sur la pluralité et la complémentarité des compétences internes à l’équipe.

Champs d'application et projets en cours

Santé : maladies génétiques complexes et cancers

Nous nous appuyons sur des collaborations étroites et pérennes avec le monde médical, que ce soit au sein même du Centre de Recherche en Biomédecine de Strasbourg (CRBS), au niveau local (IGBMC, IBMC, Faculté de Pharmacie), national avec les équipes de l'Institut de la Vision à Paris ou européen avec nos responsabilités dans le WorkPackage Rare Genetic Diseases du projet européen Elixir-Excelerate. Ces collaborations nous permettent de bénéficier de l’expertise des cliniciens notamment en terme de phénotypage et d’accéder à des volumes conséquents de données patients, qu’il s’agisse de données génomiques ou de données phénotypiques (imagerie, histologiques, métabolomiques, environnementales). Ces collaborations portent notamment sur :

• les ciliopathies
• les myopathies
• les maladies de l’œil
• l'obésité
• les gliomes pédiatriques