Équipe CSTB - Systèmes Complexes, Bioinformatique Translationnelle

Odile Lecompte

De Équipe CSTB - Systèmes Complexes, Bioinformatique Translationnelle
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Professeure à l'Ecole Supérieure de Biotechnologie de Strasbourg (ESBS) de l'UDS
Equipe CSTB : Complex Systems and translational Bioinformatics d'ICUBE (UMR 7357)

Recherche

Mes activités de recherche, à l'IGBMC puis au sein d'ICUBE depuis 2013, combinent le développement d’outils nécessaires à la valorisation de données massives et leur application à l’étude de différents systèmes biologiques. Ces stratégies reposent pour une large part sur l’exploitation du message évolutif fourni par des approches de génomique comparative. Ces développements transverses sont exploités selon trois axes :

  • Annotation et exploitation massives de données « omiques » (annotation et comparaison de génomes procaryotes, développement d’approche protéogénomique, analyse de transcriptomes de Métazoaires),
  • Etudes ciblées de réseaux de gènes ou de protéines (complexes protéiques impliqués dans le trafic membranaire, la traduction, la transcription et réseaux de régulation) par des approches comparatives et intégratives,
  • Relations génotypes/phénotypes, en particulier dans les maladies génétiques rares.

Mes principaux projets actuels s'inscrivent dans le cadre de l'essor de la génomique personnelle et de la bioinformatique translationnelle.

  • OrthoInspector

Nous avons développé un algorithme original pour la détection rapide des relations d'orthologie et d'inparalogies entre gènes qui sont à la base de des approches de génomique comparative et évolutive. Comparé aux méthodes existantes, OrthoInspector améliore la sensibilité de détection, avec une perte minimale de spécificité. L'ensemble logiciel est adapté au traitement de milliers de protéomes. L'interface graphique intègre des outils de visualisation pour faciliter l'analyse comparative de génomes ou de famille de protéines. Des bases de données de relations orthologie précalculées sont également disponibles. Le logiciel et les bases de données sont disponibles sur le site OrthoInspector.

  • MyGeneFriends

Pour faciliter l'exploitation des mégadonnées biomédicales par les chercheurs et les cliniciens, nous avons créé MyGeneFriends un réseau social pour trois types d'agents : les gènes, les humains et les maladies génétiques. Tirant parti des conventions de réseaux sociaux comme Facebook, MyGeneFriends permet des interactions simples et intuitives avec les données grâce à des outils de visualisation adaptés et l'évaluation du degré de parenté ("amitié") entre les agents. MyGeneFriends suggère de nouveaux amis et des publications pertinentes, permet aux agents de suivre l'activité de leurs amis, et personnalise dynamiquement l'information fournie selon les intérêts des utilisateurs. Le réseau est accessible à l'adresse: lbgi.fr/mygenefriends.

  • CilioCode

L’objectif du projet est de développer une méthodologie innovante de profilage « omique » des gènes humains sous l’angle des ciliopathies afin de caractériser les relations génotypes/phénotypes. Les ciliopathies représentent un groupe étendu de maladies liées à la dysgénésie ou dysfonction du cil, organelle intervenant dans de nombreux processus cellulaires comme la signalisation, la détection de l’environnement ou la division cellulaire. Les ciliopathies touchent ainsi des tissus/organes directement liés au cil (rétine, rein…) mais peuvent également être associées à l’obésité ou au diabète. Elles constituent un modèle de choix pour cette étude de par le large éventail de symptômes observés, les différences phénotypiques marquées entre ciliopathies et les nombreux liens manquants entre gènes et phénotypes.
Thèse en cours : Y. Nevers Des « big data » à la relation génotype-phénotype. Application aux ciliopathies

Encadrement

  • Direction de thèses

2006-2009 N. Gagnière (co-directeur : O. Poch, IGBMC) Développement d’une suite logicielle pour l’analyse et l’annotation intégrative automatiques de transcrits et de protéines. Application aux banques d’ADNc de l’annélide polychète Alvinella pompejana. (pdf)
2007-2010 Y.N. Anno (co-directeur : P. Carbon, IBMC) Établissement d'une architecture bioinformatique et biostatistique d’intégration et d’analyse des données génomiques, épigénétiques et phylogénétiques du génome humain. Application aux sites de fixation du facteur de transcription hSTAF/ZNF143. (pdf)
2012-2015 A. Allot (co-directeur : O. Poch, ICUBE) MyGeneFriends : vers un nouveau rapport entre chercheurs et mégadonnées. (pdf)
2015- Y. Nevers Des « big data » à la relation génotype-phénotype. Application aux ciliopathies
2017- A. Defosset Etude systémique et évolutive des gènes de la multiciliation chez les Vertébrés

  • Encadrement de stage de Master M2S4

E. Perrodou (2004), N. Gagnière (2006), Y.N. Anno (2007), B. Linard (2009) A. Allot (2012), A. Nicol (2013), Y. Nevers (2015), A. Defosset (2017)

Enseignements actuels

  • ESBS et Ecole Européenne de Chimie, Polymères et Matériaux (ECPM)

Module Bioinformatique (1ère année, niveau L3) - Elèves ingénieurs Biotechnologie et Chimie-Biotechnologie
Module Génomique (2ème année, niveau M1) - Elèves ingénieurs Biotechnologie
UE Génomique comparative et intégrative (3ème année, niveau M2) – mutualisation avec M2 Biologie Structurale, Bioinformatique et Biotechnologies / M2 Biologie synthétique / M2 Physiopathologie

  • Master Biologie Structurale, Bioinformatique, Biotechnologies (ESBS/Fac. Sciences de la Vie)

UE Analyse de séquences macromoléculaires (M1)
UE Structure et Analyse des Génomes et Epigénomes (M1)
UE Transcriptomes et Protéomes (M2)

  • Autres formations

Ecole Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé : Practical courses in Bioinformatics (école d’été)
Double Cursus Médecine-Sciences : Introduction à la Bioinformatique (Niv. L2, Faculté de Médecine)
Formation continue : Stage Des «big data» à la validation d’un gène cible

Responsabilités

  • Membre élu du Conseil de l'ESBS
  • Membre élu du comité d'experts scientifiques (section 64) de l'UDS
  • Responsable pédagogique de la 3ème année de l'ESBS
  • Responsable de 6 Unités d’Enseignement
  • Responsable de l’école d’été « Practical courses in Bioinformatics » de l’Ecole Doctorale des Sciences de la Vie et de la Santé de l’UDS
  • Responsable du stage de formation continue « Des big data à la validation d’un gène cible – Initiation pratique à la bioinformatique translationnelle»
  • Membre du comité de rédaction de 3 revues internationales

Publications

La liste complète de mes publications dans des revues internationales avec comité de lecture est disponible sur PubMed. La liste de mes publications depuis 2011 est disponible sur le site des publications du laboratoire.

Contact

Odile Lecompte
CSTB - ICUBE UMR7357
Faculté de Médecine 
Bâtiment 3, 5ème étage
11 rue Humann
67085 Strasbourg
Tél : +33 (0)3 68 85 32 96
odile.lecompte@unistra.fr