Odile Lecompte
Professeure à l'Université de Strasbourg
Ecole Supérieure de Biotechnologie de Strasbourg (ESBS)
Responsable de la thématique Génomique Évolutive et Médicale de l'équipe CSTB
Contact
CSTB - ICUBE UMR7357 Centre de Recherche en Biomédecine de Strasbourg 1 Rue Eugène Boeckel 67000 Strasbourg France Tél : +33 (0)3 68 85 32 96 odile.lecompte@unistra.fr
Recherche
Mes activités de recherche sont centrées sur la génomique comparative et intégrative. Elles combinent étude de systèmes biologiques et science des données avec le développement de stratégies et d’outils nécessaires l'extraction de connaissances à partir de données massives. Elles reposent pour une large part sur l’exploitation du message évolutif fourni par la comparaison de séquences homologues.
Développement de ressources ouvertes de génomique comparative
Nous développons le programme OrthoInspector de prédiction des relations d'orthologie entre gènes. La banque associée OrthoInspector fournit les relations d’orthologie pour plus de 4000 espèces et propose des outils d’exploration et de visualisation des données, permettant le profilage phylogénétique ou la caractérisation évolutive des gènes associés à une fonction, un processus ou une localisation. Ces travaux m’ont conduit à intégrer le consortium international Quest for Orthologs qui vise à développer des standards en génomique comparative.
Nous travaillons également à la détection de conservations différentielles entre séquences protéiques homologues. Ainsi, PROBE permet l'analyse automatisée d'une famille protéique pour identifier et visualiser des blocs conservés correspondant à des domaines ou motifs encore inconnus qui peuvent avoir un rôle structural et/ou fonctionnel. BLUR (BLast Unexpected Ranking) permet quant à lui de comparer les protéomes de 2 taxons afin d'identifier les divergences entre espèces qu'elles résultent de la perte/gain de protéines, de blocs ou de la divergence d'une région homologue.
Relations génotype/phénotype
Nous exploitons les données omiques pour caractériser les relations génotype/phénotype, notamment dans le cadre de l'étude des ciliopathies qui représentent un groupe étendu de maladies liées à la dysgénésie ou dysfonction du ou des cil(s) cellulaires. Le profilage phylogénétique (présence/absence d’orthologues) des gènes humains dans un large éventail d'espèces eucaryotes nous a ainsi permis d'identifier 87 nouveaux gènes ciliaires dans le cadre d'une collaboration avec le Laboratoire de génétique médicale de Strasbourg. Nous avons par ailleurs défini une signature évolutive spécifique de la multiciliation et développé une approche originale intégrant génomique comparative et génomique fonctionnelle pour identifier de nouveaux gènes impliqués dans la multiciliation.
Évolution et biodiversité
* Evolution des génomes de décapodes
Les génomes des décapodes présentent des variations de taille considérables. Nous travaillons au séquençage du génome géant de l'écrevisse noble Astacus astacus(17 Gb), espèce européenne actuellement menacée par la peste de l'écrevisse. Le génome couplé à des données omiques complémentaires sera mis à profit pour identifier les bases moléculaires de l'immunité chez les écrevisses et comprendre les différences de résistance à la peste de l'écrevisse observées entre populations afin de permettre, à terme, la réintroduction d'individus résistants. Ce génome sera également comparé à celui des autres génomes de décapodes disponibles pour comprendre l'évolution de l'organisation des chromosomes, des répertoires de gènes et des éléments répétés. Ce projet est réalisé en collaboration avec le LOEWE Centre for Translational Biodiversity Genomics de Francfort et bénéficie d'un financement ANR/DFG. Il s'inscrit dans le cadre de l'initiative ERGA (European Reference Genome Atlas).
* Exploration génomique de la diversité des Myriapodes
Nous travaillons à l'annotation et à la comparaison de 20 génomes de Myriapodes. Les myriapodes (mille-pattes) sont des invertébrés essentiels à la biodiversité du sol mais sont encore largement méconnus sur le plan génomique. L'analyse comparative de ces génomes devrait nous permettre d'en apprendre davantage sur la métamérisation, le génome ancestral des arthropodes et l'adaptation des espèces à des milieux plus ou moins anthropisés. Cette étude fait partie du projet collaboratif MetaInvert initié par LOEWE Centre for Translational Biodiversity Genomics qui vise à caractériser les génomes des Invertébrés du sol et à établir des corrélations entre traits génomiques et écologiques. Les génomes serviront ensuite de référence pour l'identification et la quantification des individus par des approches métagénomiques.
Encadrement
- Direction de thèses
2006-2009 N. Gagnière (co-directeur : O. Poch, IGBMC) Développement d’une suite logicielle pour l’analyse et l’annotation intégrative automatiques de transcrits et de protéines. Application aux banques d’ADNc de l’annélide polychète Alvinella pompejana. (THESES)
2007-2010 Y.N. Anno (co-directeur : P. Carbon, IBMC) Établissement d'une architecture bioinformatique et biostatistique d’intégration et d’analyse des données génomiques, épigénétiques et phylogénétiques du génome humain. Application aux sites de fixation du facteur de transcription hSTAF/ZNF143 (THESES)
2012-2015 A. Allot (co-directeur : O. Poch, ICUBE) MyGeneFriends : vers un nouveau rapport entre chercheurs et mégadonnées (HAL)
2015-2018 Y. Nevers Exploitation de marqueurs évolutifs pour l'étude des relations génotype-phénotype : application aux ciliopathies (HAL)
2017-2020 A. Defosset Etude évolutive multi-niveaux des gènes de la multiciliation chez les Métazoaires (HAL)
2020- C. Rutz Analyse des mécanismes de défense de l'écrevisse noble contre la peste de l'écrevisse par des approches multi-omiques
2021- LL. Boštjančić Host-pathogen coevolution: molecular characterisation of the noble crayfish immune response to crayfish plague disease agent
2022- L. Bonassin Evolution of genome organization in European crayfish species
2022- D. Merlat Comparative genomics in soil invertebrates: genome exploration of myriapods and Oribatida mites
2023- Q. Rott (co-direction L. Choulier, LBP) "Identification de biomarqueurs membranaires et développement/caractérisation de ligands innovants pour le ciblage actif de sous-populations cellulaires tumorales"
- Encadrement de stage de Master M2S4
E. Perrodou (2004), N. Gagnière (2006), Y.N. Anno (2007), B. Linard (2009) A. Allot (2012), A. Nicol (2013), Y. Nevers (2015), A. Defosset (2017), C. Rutz (2020), D. Merlat (2022)
Enseignements actuels
- ESBS et Ecole Européenne de Chimie, Polymères et Matériaux (ECPM)
Module Bioinformatique (1ère année, niveau L3) - Elèves ingénieurs Biotechnologie et Chimie-Biotechnologie
Module Génomique (2ème année, niveau M1) - Elèves ingénieurs Biotechnologie
UE Génomique comparative et intégrative (3ème année, niveau M2) – mutualisation avec M2 Biologie Structurale, Bioinformatique et Biotechnologies / M2 Biologie synthétique / M2 Physiopathologie
- Master Biologie Structurale, Bioinformatique, Biotechnologies (ESBS/Fac. Sciences de la Vie)
UE Analyse de séquences macromoléculaires (M1)
UE Structure et Analyse des Génomes et Epigénomes (M1)
UE Transcriptomes et Protéomes (M2)
- Autres formations
Ecole Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé : Practical courses in Bioinformatics (école d’été)
Double Cursus Médecine-Sciences : Introduction à la Bioinformatique (Niv. L2, Faculté de Médecine)
Formation continue : Stage Des «big data» à la validation d’un gène cible
Responsabilités
- Membre nommé de la Commission scientifique spécialisé 1 de l'INSERM
- Membre du comité HCERES CMDER-210008492-S4-LBMC-JALINOT-SVE2 (2020)
- Membre du comité HCERES S2-M2SV-ST4 (2019)
- Membre élu du Conseil de l'ESBS
- Membre élu du comité d'experts scientifiques (section 64) de l'UDS (2010-2017)
- Responsable pédagogique de la 3ème année de l'ESBS
- Responsable de 6 Unités d’Enseignement
- Responsable de l’école d’été « Practical courses in Bioinformatics » de l’Ecole Doctorale des Sciences de la Vie et de la Santé de l’UDS
- Responsable du stage de formation continue « Des big data à la validation d’un gène cible – Initiation pratique à la bioinformatique translationnelle»
- Membre du comité de rédaction de 3 revues internationales
Publications
La liste complète de mes publications dans des revues internationales avec comité de lecture est disponible sur PubMed. La liste de mes publications depuis 2011 est disponible sur le site des publications du laboratoire.