Équipe CSTB - Systèmes Complexes, Bioinformatique Translationnelle

Faits marquants

De Équipe CSTB - Systèmes Complexes, Bioinformatique Translationnelle
Aller à la navigation Aller à la recherche

Vie de l'équipe

Réunions d'équipe (*) Dates fixées à partir du 1er janvier 2022 - Début des réunions à 13:30

1er mardi du mois : Réunion groupe A (A-G)
2ème mardi du mois : Réunion groupe B (H-N)
3ème mardi du mois : Réunion groupe C (O-Z)
4ème mardi du mois : Réunion Permanents

Le dernier jeudi du mois à 14:00 : Présentations des "Jeun's" pour préparation aux oraux suivies de questions (2 à 3 présentations de 12 min pour stagiaires et doctorants 1ère et 2ème année, 20 min pour doctorants 3ème année).

Août 2022

18/19-08 : Visite de Mikhail Isaev (School of Mathematics, Monash University)
18-08 : Exposé de M. Isaev au séminaire de calcul stochastique (IRMA) : The expected number of spanning trees in random graphs with given degrees.

Juillet 2022

01-07 : Participation de J.-S. Sereni au jury de thèse de Hoang La en tant qu'examinateur, LIRMM, Université de Montpellier
06-07 : Exposé à International Conference on Graph Theory: Spanning trees in regular graphs (J.-S. Sereni)
18/22-07 : Visite de Ugo Giocanti (G-SCOP, Université Grenoble Alpes)

Juin 2022

01-06 : Début du stage volontaire L2 de Inès Wurch (Science de la vie, biologie moléculaire) encadré par Julie Thompson, Nicolas Scalzitti et Corentin Meyer
01-06 : Début du stage volontaire L2 de Jérémie Carabin (Science de la vie, biologie moléculaire) encadré par Julie Thompson, Olivier Poch
03-06 : Réunion avec Google Cloud pour présenter le projet OrthoInspector, et l'utilisation d'IA pour l'intégration de la structure 3D dans l'analyse des variants génétiques (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Arnaud Kress, Julie Thompson)
06-06 : Début du stage de Pierre Michel M1 SdV, Biologie structurale intégrative et bio-informatique, Université de Strasbourg encadré par Julie Thompson, Kirsley Chennen, Nicolas Scalzitti
10-06 : Participation de J.-S. Sereni au jury de thèse de Yitting Jiang en tant que rapporteur, IRIF, Université de Paris
13-06 : Présentation au comité de suivi de thèse de Hiba Khodji, co-encadrée par Pierre Collet / Anne Jeannin et Julie Thompson
15-06 : Présentation au comité de suivi de thèse de Christelle Rutz, encadrée par Odile Lecompte
15-06 : Intervention à la journée doctorale de l'UHA à Mulhouse : "Intelligence Artificielle : de la technique aux enjeux sociaux" (Anne Jeannin-Girardon)
16/17-06 : Kickoff meeting du projet Atelier de la Donnée, Unistra ADELE Helpdesk (J. Thompson)
20-06 : Présentation au comité de suivi de thèse de Alix Simon, co-encadrée par Jocelyn Laporte (IGBMC) et Julie Thompson
23-06 : Réunion pour discuter de l'évolution du Schéma Directeur du Numérique (J. Thompson)
24-06 : Comité de pilotage Science Ouverte de l'Unistra (J. Thompson)

Mai 2022

03-05 : Réunion Permanents
10-05 : Réunion groupe A (A-K)
17-05 : Réunion groupe B (H-N)
17-05 : Installation de nos serveurs au DataCenter
17-05 : Séminaire de Kirsley Chennen : Printemps de la donnée, les données dans la thèse, organisé par l'Université de Strasbourg et l'Université de Haute-Alsace
20-05 : Séminaire d'équipe 'une éthique pour le 21è siècle', Pierre Collet
23-05 : Réunion de préparation du projet UnivOAK 2 (Julie Thompson)
24-05 : Soutenance de thèse d'Anna Leonteva 'Evolutionary and Quantum-inspired Algorithms for the Optimization of Magnetic Cooling Systems', co-encadré par Pierre Collet, Pierre Parrend et Anne Jeannin
30-05 : Présentation au comité de suivi de thèse de Corention Meyer, co-encadré par Olivier Poch et Pierre Collet
31-05 : Réunion Permanents

Avril 2022

01-04: fin du projet Freezer avec les étudiants de l'EPITA (outil de réaction en cas d'attaque informatique, qui permet d'empêcher la connexion de nouveaux utilisateurs, l'ouverture de nouveaux accès réseaux), encadrés par Pierre Parrend
04/08-04: Colloque en ligne « Directed Minors & Digraphs Structure Theory », organisé par J.-S. Sereni, R. Steiner & S. Wiederrecht dans le cadre du réseau « A Sparse (Graphs) Coalition »
05-04 : Réunion du comité de pilotage Mentorat en Alsace - Université de Strasbourg et Université de Haute Alsace (O. Lecompte)
05-04 : Réunion groupe A (A-K)
05-04 : Réunion avec l'équipe SDC (N. Lachiche, G. Frey) : analyse par graphes des réseaux biologiques
06-04 : Présentations de Dorine Merlat, Tuba Uslu, Thimothé Benoit et Antony Seyller dans le cadre des "Présentations des jeunes"
07-04 : Soumission au journal BMC Bioinformatics du manuscrit : "IMPatienT: an integrated web application to digitize, process and explore multimodal patient data; C. Meyer et al."
08-04 : Comité de pilotage Science Ouverte de l'Unistra (J. Thompson)
12-04 : Article accepté dans Nucleic Acids Research : Nevers et al. 'The Quest for Orthologs orthology benchmark service in 2022'
12-04 : Journal Club
14-04 : Article accepté dans BMC Genomics : Boštjančić LL et al.'Host-pathogen coevolution drives innate immune response to Aphanomyces astaci infection in freshwater crayfish: transcriptomic evidence'
19-04 : Réunion groupe B (L-Z)
20-04 : Réunion Institut Francais de Bioinformatique, GT Bioinfo Santé (K. Chennen, J. Thompson)
21-04 : Article accepté dans la conference AIAI2022 : Khodji et al. 'MERLIN: Identifying inaccuracies in Multiple Sequence Alignments using Object Detection'
22-04 : Présentations de posters aux ED days de l'ED des Sciences de la Vie et de la Santé (C. Rutz, C. Meyer)
25-04 : Première réunion de GT RDA (Research Data Alliance) Strasbourg (J. Thompson)
25-04 : Présentation de Quentin Christoffel, Nicolas Haas et Arthur Vogt dans le cadre des "Présentations des jeunes"
25/29-04 : Visite de Z. Dvořák & B. Moore (Université Charles de Prague, République tchèque)
28-04 : Réunion Société Urania Therapeutics-CSTB dans le cadre du dépôt de demande de la bourse CIFRE : "Développement d’un algorithme d’intelligence artificielle dédié aux thérapies de translecture : Application aux maladies génétiques rares" (25/04/2022) (N. Haas, K. Chennen, O. Poch)
29-04 : Première réunion de GT Données EST, RDG (Recherche Data Gouv) : projets 'Atelier de la donnée' (J. Thompson)

Mars 2022

01-03 : Réunion Permanents
01-03 : Début du stage M2 de Henri Joel Azemena (Master de l'Université de Lorraine) encadré par Ali Ayadi
01-03 : Début de la thèse de Lena Bonassin - direction : O. Lecompte, co-direction : K. Theissinger (Francfort)
01-03 : Début de la thèse de Ljudevit Luka Boštjančić - direction : K. Theissinger (Francfort), co-direction : O. Lecompte
01-03 : Deux thèses démarreront en septembre 2022 en cotutelle avec l'Université ASOIU (Baku, Azerbaidjan)
02-03 : Porjet RainRARE, reception des données de transcriptomique et analyse ((Wojciech Krezel, Kirsley Chennen)
08-03 : Réunion groupe A (A-M)
09-03 : Réunion Urania Therapeutics discussion sur les contours d'une bourse CIFRE (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Nicolas Hass, Jean-Paul Renaud)
11-03: acceptation d'une communication pour RESSI (Rendez-Vous de la Recherche et de l'Enseignement de la Sécurité des Systèmes d'Information) 'Teaching Machine Learning for Cybersecurity', Pierre Parrend
14-03 : Réunion Discussion Participation CSTB à l'UE Master Omiques, Bioibfo, données de santé (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Agnes Bloch-Zupan)
14-03 : Participation de O. Lecompte au jury d'HDR d'Anaïs Bardet, Université de Strasbourg
15-03 : Journal Club
16-03 : Réunion NMD (Non-Sens mediated mRNA decay) - Thérapies de Translecture (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Nicolas Hass, Jean-Paul Renaud, Fabrice Lejeune)
22-03 : Réunion groupe B (N-Z)
23 et 24-03 : Kick-off meeting de l'ANR PRCI GEODE au LOEWE Centre for Translational Biodiversity Genomics (Francfort) (O. Lecompte, C Rutz, D Merlat)
23-03 : Participation de J. Thompson au jury d'HDR de Pierre Poulain, Université de Paris Diderot
24-03 : Soumission de l'ANR Correau sur la cybersécurité des réseaux d'eau (Pierre Parrend)
28-03 : Réunion avec plusieurs membres de Google Cloud pour discuter d'une éventuelle collaboration autour du projet OrthoInspector, et l'utilisation d'IA pour l'intégration de la structure 3D dans l'analyse des variants génétiques (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Arnaud Kress, Julie Thompson, Pierre Collet)
29-03 : Réunion Permanents
29-03 : Invitation au CAGI6 meeting (Challenge Critical Assessment of Genome Interpretation VIth version) suite aux prédiction fournies; résultats à venir
31-03 : Réunion avec Professeur Seiamak BAHRAM, PUPH Immunologie biologique, et Vincent Noblet, pour discuter d'une éventuelle collaboration autour d'un projet en analyse par IA des données multi-omiques (Julie Thompson, Olivier Poch, Pierre Collet).

Février 2022

01-02 : (*) réunion des permanents
08-02 : (*) présentation du groupe A (A-M)
15-02 : (*) Journal Club
22-02 : (*) présentation du groupe B (N-Z)

28-02 : Début de stage M1S2 de Tuba Uslu (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadrée par Julie Thompson
28-02 : Début de stage fin d'étude de Souliman El Moussaoui (ECAM formation Data Science) encadrée par Julie Thompson, Kirlsey Chennen, Nicolas Scalzitti, collaboration Jean Muller, Laboratoire de diagnostic génétique, CHU de Strasbourg
28-02 : Début de stage M1S2 de Timothé Benoît (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadré par Claudine Mayer
28-02 : Début de stage M1S2 de Anthony Seyller (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadré par Claudine Mayer et Kirsley Chennen
28-02 : Début de stage de Khayala Gaybaliyeva, M2 Sciences de Données et Intelligence Artificielle, Université Franco-Azerbaidjanaise, encadrante Nathalie Al Makdessi
28-02 : Début de stage de Mahir Israyilov, M2 Sciences de Données et Intelligence Artificielle, Université Franco-Azerbaidjanaise, encadrants Ali Ayadi, Anne Jeannin-Girardon et Pierre Collet

25-02 : Acceptation du projet RARETIA ANR-20-MRB-00XX-03 (ANR/Investissements d'Avenir: Accélérer la Recherche et l'innovation sur les maladies rares grâce aux bases de données)
18-02 : Réunions de travail avec SDC, CSIP, FEMTO-ST, Mob-ion et AAQIUS dans le cadre du projet AI-ReFuel ANR 2022 (préparation d'une proposition détaillée pour le passage à la phase 2), Ali Ayadi coordinateur du projet.
21-02 : Réunion de préparation du projet Correau, ANR phase 2 (INRAE, Eurométropole, CNAM, ICube)
04-02 : Fin de projet MedCTF - application de gestion de données médicale pour challenge de cybersécurité, stage de Tayyip Gedik (encadrement Pierre Parrend)

16-02 : Soumission d'un pre-proposal "Development of new analytic tools and pathways to accelerate diagnosis and facilitate diagnostic monitoring of rare diseases" au AP European Joint Programme Rare Diseases, en collaboration avec Amélie Piton, IGBMC.
16-02 : Soumission d'un pre-proposal "RAinMARK : New tools and predictive markers for better patient care and treatment solutions in MCOPS12" au AP European Joint Programme Rare Diseases, en collaboration avec Wojciech KREZEL, IGBMC.
09-02 : soumission d'une réponse au Appel à manifestation d’intérêt - Chaire de professeur junior "GROOT: atlas of Gene RepertOire evOluTion", Odile Lecompte

02/03-02 : Organisation des réunions Coalition Café (en ligne) par S. Cambie, R. J. Kang, J.-S. Sereni & Y. Yuditski.
07/11-02 : visite de J. Volec (Czech Technical University, République tchèque).
10-02 : Exposé de J. Volec au séminaire de calcul stochastique (IRMA) : Graph limits, common graphs and Sidorenko's conjecture.
23-02 : Réunion avec Laurence Choulier (faculté de pharmacie) pour discuter d'une co-direction de thèse possible (Quentin Rott), Julie Thompson, Odile Lecompte
24-02 : Réunion avec Prof. Bourcier et Emilia Koestel, Ophtalmologue, CHU de Strasbourg pour discuter d'une collaboration possible suite au projet Myo-XIA, avec Corentin Meyer, Julie Thompson, Olivier Poch, Pierre Collet

Janvier 2022

03-01 : Début du stage M2S4 de Dorine Merlat (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadrée par O. Lecompte
03-01 : Début du stage M2S4 de Nicolas Haas (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadré par O. Poch et K. Chennen
03-01 : Début du stage M2S4 de Arthur Vogt (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadré par C. Mayer
03/07-01 : Participation (en ligne) de J.-S. Sereni au colloque Graph Theory à Oberwolfach (Allemagne)
11-1: Lancement de la thèse de Julien Michel sur le projet Damiage, direction de thèse Pierre Parrend (programme RAPID, porté par l'EPITA)
11-01 : (*) présentation du groupe A (A-M)
11-01 : Assemblée Générale de l'IFB, pour discuter de la prochaine feuille de route 2022-2027
17-01 : Participation d'O. Lecompte au meeting organisé par le consortium européen ERGA (European Reference Genome ATlas)
18-01 : (*) Journal Club
18/19-01 : Meeting Institut de Myologie Paris; Projet: IA et base de connaissances multi-niveaux pour le diagnostic des myopathies congénitales (Corentin Meyer/Olivier Poch/Kirsley Chennen)
20-01 : Réunion préparatoire écriture projet European Joint Programme RARE DISEASES (Olivier Poch/Kirsley Chennen)
21-01 : Réunion avec la société CInflows e-solutions for medical workflows, sur l'utilisation de l'IA pour la détermination de la taille de valves cardiaques et sur l'anonymisation de fichiers médicaux
24-01 : Réunion avec la société Urania Therapeutics, sur la création d'une base de connaissances dédiées aux thérapies des maladies génétiques à faux-sens technologie des molécules de 'Read-Through' au sein des ribosomes (Olivier Poch/Kirsley Chennen/Nicolas Haas)
25-2: session de travail 'Détection d'anomalies dans les réseaux' avec les doctorants et post-doctorants de Réseau (Cristel Pelsser) et CSTB (Pierre Parrend)
25-01 : (*) présentation du groupe B (N-Z)
27-01 : Présentation de Lalla Aicha Koné et Yohan Solon dans le cadre des "Présentations des jeunes"
31-01 : réunion de préparation du projet RDG AMI Atelier de la donnée (Julie Thompson)

Archive des actualités