Plateformes
La plate-forme bioinformatique BISTRO
La plate-forme bioinformatique de Strasbourg BISTRO a été reconnue par l’Institut Français de Bioinformatique comme membre du réseau national des plateformes bioinformatiques (RéNaBi) Nord-Est qui inclut, outre Strasbourg, Lille, Vandoeuvre les Nancy et Reims en accord avec la politique de l’IFB et de RéNaBi d’améliorer la visibilité nationale et internationale des réalisations bioinformatiques françaises en aggrégeant des plateformes de sites multidisciplinaires et multi-instituts. Dans ce cadre, BISTRO réunit sur Strasbourg des équipes IGBMC, IBMC, IBMP, GMGM, IPHC, ICube et est à même de fournir un ensemble bioinformatique cohérent incluant : expertise, outils et ressources, algorithmes d'exploration de données. Ces ressources sont axées sur les analyses évolutives et fonctionnelles dans divers domaines d'application, y compris les études biomédicales, les plantes, les levures et bactéries.
La plate-forme Evolution Artificielle EASEA
EASEA et EASEA-CLOUD sont des logiciels gratuits (sous la licence publique générale de GNU Affero v3) développé par le thématique SONIC. À travers le Campus Numérique des Systèmes Complexes de Strasbourg, les plates-formes sont partagées avec l'UNITWIN UNESCO CS-DC et l'E-laboratoire sur les écosystèmes informatiques complexes (ECCE).
EASEA (Easy Specification of Evolutionary Algorithms) est une plate-forme d'Evolution Artificielle qui permet aux scientifiques avec seulement des compétences de base en informatique de mettre en œuvre les algorithmes évolutionnaires et d'exploiter le parallélisme massif des architectures multi-coeur afin d'optimiser pratiquement tous les problèmes du monde réel (continu, discrèt, combinatoire, mixte et d'autre (avec la Programmation Génétique)) , permettant en général des accélérations jusqu'à x500 sur une machine à $3000, selon la complexité de la fonction d'évaluation du problème inverse à résoudre.
Le logiciel de recherche GETEC (Genome Evolution by Transformation, Expansion and Contraction)
GETEC (écrit en Mathematica et webMathematica) permet de modéliser l'évolution des gènes en déterminant les probabilités d'occurrence exactes (solutions analytiques) de motifs génétiques de longueur finie, l'implémentation étant réalisée pour des longueurs de 1 à 5 (nucléotides, dinucléotides, trinucléotides, quadrinucléotides et pentanucléotides), au cours du temps en fonction (i) de paramètres de substitution (de 1 à 3 taux par site des motifs), (ii) d'un vecteur de taux d'insertion des motifs, (iii) d'un taux de délétion et (iv) d'un vecteur de probabilités initiales des motifs. La modélisation mathématique utilise en particulier les fonctions hypergéométriques Gaussiennes et les opérateurs de Kronecker (somme et produit). Les formules mathématiques peuvent comporter plusieurs milliers de termes. Ce site permet à la communauté des bioinformaticiens et des biologistes de réaliser leur propre modèle d'évolution des gènes en fonction de leur application biologique.