Équipe CSTB : Systèmes Complexes et Bioinformatique Translationnelle

Anne Jeannin-Girardon

De Équipe CSTB : Systèmes Complexes et Bioinformatique Translationnelle
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Propositions de projets ou stages pour 2016-17

En apprentissage (2016 - 2018):

Stage d'été (2 à 3 mois) :

(Anciens projets)

A quoi sert la science ?

Recherche

Projets majeurs (et plateformes)

POEM (Personalised Open Education for the Masses)

130k€

EASEA (et EASEA-CLOUD)

Thèses et projets de recherche réalisés (à ma connaissance) avec (et sur) EASEA :

  • Alejandro Rinçon Lopez, "Portage de la plateforme EASEA sur le Cloud", projet ANR EASEA-CLOUD, juin 2014 - mars 2015
  • Carlos Catania, Optimisation d'une flotte de véhicules médicaux, Fev 2014 - Fev 2015, pour la société Synovo
  • Thomas Chabin, "Visualisation Scientifique d'algorithmes évolutionnaires distribués", projet ANR EASEA-CLOUD, mars 2014 - mars 2015
  • Renaud Vanhoutrève (oct 13 -) Alignement de séquences protéiques pour une analyse de données NGS appliquée à la Santé en co-direction avec Julie Thompson, LBGI
  • Igor Santos Peretta (oct 12 - Nov 15) Evolution of an integrated model for a complex system through massively parallel Genetic Programming, en co-direction avec Keiji Yamanaka, Uberlandia, Brasil.
  • Farzad Sehat, Gestion de portefeuilles financiers par évolution artificielle, M2 Recherche, mars - sept. 2011
  • Frédéric Krüger, Recherche de zéolithes par évolution artificielle, M2 Recherche, mars - sept 2011
  • Arijit Biswas, thèse de l'IIT Kharagpur sur l'optimisation du processus d'extraction de Manganèse de nodules polymétalliques extraits de fonds sous-marins, dirigée par le Professeur Nirupam Chakraborty,déc. 10.
  • Claire Bourgeois-République, Plateforme de réglage automatique et adaptatif d'implant cochléaire par algorithme évolutionnaire interactif, Université de Bourgogne, décembre 2004.
  • Philippe Guermeur, Vision robotique monoculaire : reconstruction du temps avant collision et de l'orientation des surfaces à partir de l'analyse de la déformation, Université de Rouen, octobre 2002.

HEVEA (Étude et Valorisation de lÉcologie Auditive)

Responsable Scientifique du projet RNTS (Projet Hospitalier de Recherche Clinique) HEVEA (130k€, Sept 05 - Sept 06) : expérimentation sur 10 patients d'un réglage d'implant cochléaire par algorithme évolutionnaire interactif.

Bio-Inspired Classification and Data-Mining Algorithms for Bioinformatics

Porteur du projet européen Interreg IIIa 182b Bio-Inspired Classification and Data-Mining Algorithms for BioInformatics avec l'Université du Kent à Canterbury (379 KEuros, Sept 06 - Août 07).

Emergence of Computation in Cellular Automata

Responsable français du projet anglais EPSRC Emergence of Computation in Cellular Automata, EP/D066174/1 avec Andrew Adamatsky, de l'UWE-Bristol (137 KEuros, Sept 06 - Oct 07).

Magellan

Responsable scientifique du projet Magellan (1,7 MF, Sept 93 - Sept. 98) de Création d'un prototype fonctionnel de Chirurgie Assistée par Ordinateur pour l'ORL. Projet financé par l'Institut Électricité Santé (EDF), la Fondation de l'Avenir, l'APHP.

Publications

Encadrement doctoral et scientifique

Encadrement de thèses en cours

  • Pierre Masai (Oct 14 -) "LEAN as a Complex System"
  • Fabio Guigou (Dec 14 -) "Gestion sécurisée des accès à des ressources virtuelles au sein d'environnements distribués par système immunitaire artificiel"
  • Renaud Vanhoutrève (oct 13 -) Alignement de séquences protéiques pour une analyse de données NGS appliquée à la Santé en co-direction avec Julie Thompson, LBGI
  • Jean Meunier (dec 13 -) Modélisation et optimisation d’un système de gestion énergétique pour bâtiments, intégrant la production photovoltaïque et le stockage par batteries, en co-direction avec Dominique Knittel (LGeCo).

Thèses soutenues (en tant que directeur ou co-directeur ou encadrant ou co-encadrant)

  • Igor Santos Peretta (oct 12 - nov 15) Evolution of an integrated model for a complex system through massively parallel Genetic Programming, en co-direction avec Keiji Yamanaka, Uberlandia, Brasil.
  • Cécilia Zanni-Merk (11/13 - 11/14) thèse d'Habilitation à Diriger les Recherches) "Knowledge Technologies for Problem Solving in Engineering", garant : Pierre Collet, soutenue le 20 novembre 2014 à l'Université de Strasbourg
  • Stéphane Querry (09/10 - 09/14) Control and modelling of autonomous aircrafts by evolutionary computing, thèse confidentielle Polyvionics, sous la direction de Pierre Collet, soutenue le 29 septembre 2014 à l'Université de Strasbourg
  • Wei Yan, (09/10 - 02/14)Modélisation de (Méta)Connaissances pour la Conception Inventive, en co-direction avec Denis Cavallucci, LGeCo, co-encadrée par Cécilia Zanni-Merk. soutenue le 7 février 2014 à l'INSA de Strasbourg
  • Frédéric Krüger (10/11 - 02/14), Determination of end user power load profiles by parallel evolutionary computing, sous la direction de Pierre Collet, soutenue le 17 février 2014 à Électricité de Strasbourg
  • Nicolas Lachiche (12/10 - 12/11 thèse d'Habilitation à Diriger des Recherches), Relational data mining guided by needs, Garant : Pierre Collet, soutenue le 5 décembre 2011 à l'Université de Strasbourg
  • Ogier Maitre (10/08 - 09/11), GPGPU for Evolutionary Algorithms, sous la direction de Pierre Collet, soutenue le 30 septembre 2011 à l'Université de Strasbourg
  • Olivier Kühn (10/07 - 10/10), Methodology for Knowledge-Based Engineering Template Update - Focus on Decision Support and Instances Update, en co-direction avec Parisa Ghodous, thèse financée par la Société Prostep, soutenue le 22 octobre 2010 à l'Université de Strasbourg
  • Grégory Valgiani, Développement d'un paradigme d'optimisation par Hommilière et application à l'enseignement par internet, Université du Littoral Côte d'Opale, thèse financée par la société Paraschool, sous la direction de Pierre Collet, soutenue en novembre 2006.
  • Claire Bourgeois-République, Plateforme de réglage automatique et adaptatif d'implant cochléaire par algorithme évolutionnaire interactif, Université de Bourgogne encadrée par Pierre Collet décembre 2004.
  • Yann Landrin-Schweitzer, Algorithmes génétiques interactifs pour le text-retrieval, thèse de l'Université d'Orsay dirigée par Evelyne Lutton, co-encadrée par Pierre Collet, soutenue en septembre 2003.

Contrats post-doctoraux

  • Alejandro Rinçon Lopez, "Portage de la plateforme EASEA sur le Cloud", projet ANR EASEA-CLOUD, juin 2014 - mars 2015
  • Carlos Catania, Optimisation d'une flotte de véhicules médicaux, Fev 2014 - Fev 2015, pour la société Synovo
  • Waldo Cancino, Portage de la plate-forme EASEA-CLOUD sur la grille, Oct. 2012 - Oct 2013, projet ANR EASEA-CLOUD
  • Lidia Yamamoto, Artificial Chemistries on GPGPU, Avril 2010 - Avril 2011, financement Région Alsace
  • Deepak Sharma, Projet Administrateur Réseau Artificiel (ARA), société Kelerio, Mai 2009 - Mai 2010
  • Pierrick Legrand, "Projet RNTS HÉVÉA : Étude et Valorisation de l'Écologie Auditive", Sept 2005 - Sept 2006

Encadrement de stages de recherche

  • Thomas Chabin, "Visualisation Scientifique d'algorithmes évolutionnaires distribués", projet ANR EASEA-CLOUD, mars 2014 - mars 2015
  • Frédéric Krüger, Recherche de zéolithes par évolution artificielle, M2 Recherche, mars - sept 2011
  • Farzad Sehat, Gestion de portefeuilles financiers par évolution artificielle, M2 Recherche, mars - sept. 2011
  • Arijit Biswas, thèse de l'IIT Kharagpur sur l'optimisation du processus d'extraction de Manganèse de nodules polymétalliques extraits de fonds sous-marins, dirigée par le Professeur Nirupam Chakraborty, avr. 09 - déc. 09
  • Ariel Tchougang, Etude du Context-Aware Crossover en Programmation Génétique, M2 Recherche, mars 08 - sept 08

Diffusion scientifique

Prix et distinctions

Vulgarisation

Diffusion logicielle

Responsabilités scientifiques

  • Domaine :
    • Optimisation de problèmes complexes par algorithmes stochastiques inspirés de la nature.
    • Parallélisation des algorithmes évolutionnaires sur clusters parallèles et cartes massivement parallèles de type GPGPU (General Purpose Graphic Processing Units).
  • Applications : fouille de données en bio-informatique, optimisation du paramétrage d'implants cochléaires, optimisation de parcours pédagogiques, recherche en automates cellulaires, ...
  • Spécialiste en :
    • Systèmes Complexes
    • Programmation Génétique,
    • Algorithmes évolutionnaires (algorithmes génétiques, stratégies d'évolution, et autres paradigmes connexes),
    • Algorithmes évolutionnaires interactifs,
    • Optimisation par essaim particulaire et par colonies de fourmis (OCF).
    • Émergence (parallélisme au niveau des données, agents autonomes, ...).
    • Systèmes éducatifs intelligents.
    • Chirurgie Assistée par Ordinateur.
    • Avionique et mécanique du vol.
  • Membre de l'Advisory Board, et auteur de trois chapitres du livre Handbook of Research on Nature Inspired Computing for Economics and Management, (avec comité de lecture international), coordonné par J.-P. Rennard, Sept. 2006.
  • Editeur en chef, avec Evelyne Lutton, d'un numéro double sur l'Evolution Artificielle du journal TSI (Lavoisier), Janvier 2007.
  • Auteur du langage EASEA (EAsy Specification of Evolutionary Algorithms)
  • Entretien dans le magazine Automates Intelligents d'avril 2001.

Anciens Projets

Cliquez ICI pour quelques anciens projets.

Enseignement

Responsabilités administratives

  • Directeur du Département d'Informatique de l'UFR Mathématique et Informatique de l'Université de Strasbourg depuis juillet 2011
  • Membre du Comité d'Experts en informatique 27è section depuis 2010.
  • Président du comité de sélection

Liens généraux

Liens personnels

Page web de Valérie Collet.

Contact

Mon bureau est le C337 (au 3ème étage) du bâtiment C du LSIIT (situé très logiquement entre le bâtiment B et le bâtiment A). 


Pr Pierre Collet
LSIIT - UMR7005
Pôle API
Bd Sébastien Brant - BP 10413
67412 Illkirch cedex

Tel : +33 (0)3 68.85.45.80 
Fax : +33 (0)3 68.85.44.45 
courriel : Pierre.Collet @ unistra.Fr

Page modifiée le 31 décembre 2009 à 08:44 (CET)

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