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Vie de l'équipe

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Réunions d'équipe

(*) Tous les mardi de 13h30 à 15h30, Salle 526, Faculté de Médecine, CSTB 5e étage - 11 rue Humann
1er mardi du mois : Réunion groupe A-M
2ème mardi du mois : Journal Club
3ème mardi du mois : Réunion groupe N-Z
4ème mardi du mois : Réunion Permanents

NOVEMBRE 2016

- 15/11 : Matinée de présentations "deep learning et réseaux de neurones"

OCTOBRE 2016

- 04/10 : (*) Présentation des travaux, groupe A-M
- 12/10 : (*) Journal Club
- 14/10 : Thèse en bioinformatique de Kirsley Chennen Maladies rares et 'Big Data' : solutions bioinformatiques vers une analyse guidée par les connaissances
- 15-16/10 : Participation à la Fête de la Science à Strasbourg. Animation d'un stand par P. Collet, A. Jeannin, P. Parrend
- 18/10 : (*) Présentation des travaux, groupe N-Z
- 24/10 : (*) TéléConférence ELIXIR --> Discussions avancées pour obtenir un futur BYOD (Bring Your Own Data) à Strasbourg
- 25/10 : (*) Réunion permanents (OJ : bilan des ANR déposées; bilan des futurs arrivées; mise au point projet Elixir)
- 25/10 : Thèse en médecine de Yvan Herenger (ancien stagiaire) Cataractes congénitales génétiques : apport du séquençage haut débit dans le diagnostic et la prise en charge

SEPTEMBRE 2016

- 01/09 : Arrivée d'Anne Jeannin, maître de conférence à l'Université de Strasbourg
- 02/09 : Pot de bienvenue pour l'arrivée d'Anne Jeannin et la promotion de Pierre Collet au grade de PRCE
- 05-07/09 : Présentation de Pierre Masai à la 20ème conférence KES 2016 à York, UK
- 12/09 : Réunion de gouvernance du CRBS, Olivier Poch
- 20/09 : (*) Présentation des travaux, groupe A-M
- 20-23/09 : Présentation d'un poster par Yannis Nevers au 20th Evolutionary Biology Meeting à Marseille
- 21/09 : Arrivée de deux apprentis Master2 ILC, Alexandre Bruyant et Marc Haegelin
- 22/09 : Journée d'échange CSTB avec le Dr. Partap Chauhan autour du projet modélisation médecine Ayurvedique
- 23/09 : Deux articles acceptés pour des conférences internationales, Pierre Willaume et Julio Navarro Lara
-26/09 : Reprise des téléconférences mensuelles dans le cadre du projet H2020 "Elixir Excelerate"
- 27/09 : (*) Présentation des travaux, groupe N-Z
- 28/09 : Visite du Dr. Christian Rolando de l'Université de Lille dans le cadre du projet de Master 2 de Marc Haegelin
- 30/09 : Journée BIONICS organisée par Pierre Parrend au CSTB

JUILLET 2016

- 08/07 : A la Une de L'Actu n°126 de l'Université de Strasbourg, édition du 08/07/2016.
Hélène Gass, stagiaire Master2 en bioinformatique, classée 4e au championnat du monde 2016 d'apnée (16x 50m). Double championne de France 2015 (record et médaille d'or)

JUIN 2016

- 01/06 : Arrivée stagiaire L3 Laurine Huber (Encadrant Pierre Collet)
- 02/06 : Réunion IGMA sur l'informatique du CRBS (Centre de Recherche en Biomédecine de Strasbourg)
- 07/06 : Présentation du projet UFAZ (Université franco-azerbaïdjanaise) par la présidence (Pierre Collet co-recteur)
- 07/06 : (*) Réunion des permanents (OJ: préparation des réunions hebdomadaires ; point sur l'avancement du rapport HCERES ; dates à trouver pour le BBQ annuel de l'équipe et la journée SONIC)
- 14/06 : (*) Présentation des travaux, groupe A
- 15/06 : (*) Réunion des permanents HCERES "strategies & perspectives scientifiques"
- 15/06 : Arrivée stagiaire (stage observation) Mickaël Wagner (Encadrant Olivier Poch)
- 21/06 : (*) Journal Club
- 23/06 : Soutenance mi-thèse Salma Aouled El Haj Mohamed (co-directeur de thèse Julie-Thompson)
- 23/06 : Conseil scientifique de l'ECAM (Olivier Poch)
- 28/06 : Présentation de Yannis Nevers aux Journées ouvertes en biologie informatique et mathématiques (JOBIM) à Lyon du 28 au 30 juin. Participation de Salma Aouled El Haj Mohamed.
- 27/06 : Présentation mi-parcours de Fantin Mesny (stagiaire d'Odile Lecompte) "Analyse d'interaction des réseaux protéiques"
- 28/06 : Barbecue annuel de l'équipe
- 30/06 : Promotion de Pierre Collet au grade de PRCE

MAI 2016

- 03/05 : (*) Réunion des permanents (OJ : préparation des réunions hebdomadaires ; budgets alloués et dépenses de l'équipe; 1ère version du rapport HCERES)
- 10/05 : (*) Présentation des travaux, groupe A
- 11-13/05 : Evaluation ingénieurs INRA (LEAN philosophie, tableau de bord des compétences EPST, message constructif à l'ingénieur) (Olivier Poch)
- 12/05 : Classement en n°1 d'Anne Jeannin sur un poste MCF pour l'équipe
- 17/05 : (*) Journal Club, présentation de Yann Hode (doctorant d'Aline Deruyver)
- 17/05 : Arrivée Stagiaire ESBS, Fantin Mesny (Encadrant Odile Lecompte)
- 19/05 : Validation du financement de la thèse de Cédric Pupka par la société SYNOVO
- 19/05 : Validation du financement d'un apprenti par la fondation N-Light (gestion de la cohorte JIVA Ayurveda)
- 19/05 : (*) réunion des permanents : HCERES-SWOT
- 24/05 : (*) Présentation des travaux/résultats, groupe B
- 30/05 : Arrivée Stagiaire BTS Mickaël Joly (Encadrant, Raymond Ripp)
- 31/05 : Présentation de Fantin Mesny (stagiaire d'Odile Lecompte) "Analyse de listes de gènes en bioinformatique"

AVRIL 2016

- 05/04 : (*) Réunion des permanents (OJ : préparation des réunions hebdomadaires ; bilan des présentations stagiaires/concours/mi-thèse à venir)
- 07/04 : Cours sur les codes circulaires dans les gènes à l'Ecole des Jeunes Chercheurs en Informatique Mathématiques (EJCIM 16) (Christian Michel)
- 12/04 : (*) Présentation des travaux, groupe A
- 19/04 : (*) Journal Club, présentations rapides de publications jugées intéressantes
- 26/04 : (*) Présentation des travaux, groupe B
- 28/04 : Visite Introduction à la recherche (étudiants de L3)
- 29/04 : Présentations aux quatrièmes journées scientifiques de la Fédération de Médecine Translationnelle Strasbourg (FMTS) de:

Carlos Bermejo Das Neves : "MODEX: An artificial intelligence engine designed for systems biomedicine"
Yannis Nevers : "Prediction and characterization of ciliary proteins by comparative genomics"

- Publications :
1) Standardized benchmarking in the quest for orthologs.

Altenhoff AM, Boeckmann B, Capella-Gutierrez S, Dalquen DA, DeLuca T, Forslund K, Huerta-Cepas J, Linard B, Pereira C, Pryszcz LP, Schreiber F, da Silva AS, Szklarczyk D, Train CM, Bork P, Lecompte O, von Mering C, Xenarios I, Sjölander K, Jensen LJ, Martin MJ, Muffato M; Quest for Orthologs consortium, Gabaldón T, Lewis SE, Thomas PD, Sonnhammer E, Dessimoz C.

Nat Methods. 2016 [Epub ahead of print]

2) Identification of an Alternative Splicing Product of the Otx2 Gene Expressed in the Neural Retina and Retinal Pigmented Epithelial Cells.

Kole C, Berdugo N, Da Silva C, Aït-Ali N, Millet-Puel G, Pagan D, Blond F, Poidevin L, Ripp R, Fontaine V, Wincker P, Zack DJ, Sahel JA, Poch O, Léveillard T.
PLoS One. 2016;11(3):e0150758.

MARS 2016

A partir de mars les réunions d'équipe hebdomadaires se dérouleront le mardi à 14h00 . L'ordre des présentations des groupes reste inchangé.
Programmation des réunions des permanents tous les premiers mardis du mois à 14h00.

- 01/03 : (*) Réunion des permanents (OJ : préparation des réunions hebdomadaires ; liste des points à aborder à la réunion préparatoire de l'HCERES le 03 mars ; bilan des entrées/sorties au CSTB ; bilan des financements
- 03/03 : (*) Réunion préparatoire de l'HCERES
- 03/03 : réunion préparation de l'HCERES, bilan sur le wiki CSTB
- 08/03 : ELIXIR All Hands meeting Barcelone 7-9 Mars (participants Julie Thompson/Olivier Poch)

https://www.elixir-europe.org/events/elixir-all-hands-2016

- 08/03 : (*) Présentation des travaux, groupe A
- 11/03 : présentation Systèmes immunitaires artificiels par Cédric Pupka vendredi à 14h (Encadrant Pierre Parrend)
- 15/03 : Arrivée Stagiaire Anna Leontova (Encadrant Julie Thompson)
- 15/03 : (*) Présentation des travaux, groupe B
- 16/03 : 4P Factory workshop, 4P-Factory e-room + Grand Amphi de Math Unistra (Pierre Parrend)

https://4pfactory.wordpress.com/4p-factory-workshop-2016-program/

- 17/03 : Meeting Bilan Annuel de l'ANR Infrastructure BIPBIP à Strasbourg au CSTB Faculté de Médecine (25 participants)
- 21/03 : Visite de Amy Gooch (Université de Durham) (du 21/03 au 01/04)
- 22/03 : Présentation mi-parcours des 3 stagiaires M2 BSBI
- 25/03 : « Science Days » de SANOFI - Journée "L’innovation scientifique au service des patients"

Présentation Poster VarScrut Centre de Congrès, Le Port-Marly (78) (Olivier Poch)

- 29/03 : (*) Journal Club, présentations rapides de publications jugées intéressantes
- Déplacement de Pierre Collet à Bakou pour le montage d'une nouvelle université, l'Université Franco-Azerbaïdjanaise (UFAZ)
- Finalisation du volume Springer Proceedings in Complexity First Complex Systems Digital Campus World E-Conference 2015 (Edits P.Bourgine, P.Collet, P.Parrend).
- 2 Papiers acceptés à CEC et Gecco :
- CEC'16: Author(s): Jean Meunier, Julier Rohmer, Dominique Knittel and Pierre Collet

Title: Metaheuristic Based Battery Control Optimization of a Photovoltaic System with Grid Connexion

- GECCO'16: Author(s): N. Hamze, P. Collet, and C. Essert

Title: Introducing Pareto-based MOEA to Neurosurgery Preoperative Path Planning

FEVRIER 2016

- 04/02 : (*) Réunion des permanents (OJ : préparation des réunions hebdomadaires ; bilan des activités de janvier : a- CR ComDir Icube du 01/02, b- CR AG IFB du 26/01 ; Finances/appels d'offre ; Divers)
- 10/02 : (*) Présentation des travaux, groupe A
- 12/02 : réunion SATT Connectus, Licence VarScrut
- 17/02 : (*) Journal Club, présentations rapides de publications jugées intéressantes
- 22/02 : Arrivée Stagiaire Master Cédric Pupka (Encadrant Pierre Parrend)
- 24/02 : (*) Présentation des travaux, groupe B
- 25/02 : AG ICube
- 2 ANR sur 3 ont passé la phase 1 - papier EvoBio accepté:

Authors: Elise Rosati, Morgan Madec, Abir Rezgui, Quentin Colman, Nicolas Toussaint, Christophe Lallement, Pierre Collet

Title: Application of Evolutionary Algorithms for the Optimization of Genetic Regulatory Networks

JANVIER 2016

Les réunions d'équipe hebdomadaires du mercredi se dérouleront le Jeudi à partir de Janvier.
L'ordre des présentations des groupes reste inchangé.
- 04/01 : Arrivée Stagiaire Master2 Hélène Gass (Encadrant Julie Thompson)
- 04/01 : Arrivée Stagiaire Master2 Morgane Gilg (Encadrant Julie Thompson)
- 06/01 : (*) Réunion des permanents du CSTB (OJ: debriefing des Bingi Days Retraite de l'équipe les 10 et 11 décembre, Maison des Associations Strasbourg ; Préparation HCERES; Financements)
- 11/01 : Arrivée Stagiaire Master2 Vanessa Fernandes-Cardoso (Encadrant Olivier Poch)
- 13/01 : Présentation skype de Salma Aouled El Haj
- 18/01 : (*) Réunion budget, regroupement et identification des informations en prévision de l'HCERES
- 20/01 : (*) Présentation des travaux, groupe A
- 22/01 : présentation des chaires et Unitwin UNESCO-Unistra à l'Institut Lebel (Pierre Collet)
- 25-26/01 : Assemblée générale de l'institut français de bioinformatique, participation aux ateliers sur les modèles économiques des plateformes et sur la rentabilité de la participation au projet Infradev "Elixir Excelerate" (Olivier Poch)
- 27/01 : présentation d'Alexis Allot (ancien thésard)
- 28/01 : (*) Présentation des travaux, groupe B

***** 2015 *****

- 09-11/12/2015 : Bingi Days, retraite CSTB à la Maison des Associations, place des Orphelins
- 09/10/2015 : Alexis ALLOT a soutenu sa thèse en bioinformatique.
- 08/10/2015 : Carlos BERMEJO DAS NEVES a soutenu sa mi-thèse en bioinformatique.
- 01/10/2015 : Arrivées des premiers stagiaires / étudiants de la thèmatique SONIC dans les locaux de la Faculté de Médecine.

Décembre

- 02/12 : Troisième réunion préparatoire des permanents de l'équipe CSTB
- 9-11/12 : Bingi Days, retraite CSTB
- 16/12 : Présentation de Nicolas Lachiche ‘clowdflows : an open sourced cloud based platform for composition, execution, and sharing of interactive machine learning and data mining workflows’.

Novembre

- 04/11 : Seconde réunion préparatoire des permanents de l'équipe CSTB
- 19/11 : Journal club (articles à déposer pour mardi soir)
- 27/11 : Présentation des travaux, groupe A

Octobre

- 07/10 : Première réunion préparatoire des permanents de l'équipe CSTB
- 14/10 : Première réunion de toute l'équipe CSTB
- 21/10 : Journal club (articles à déposer pour mardi soir)
- 28/10 : Présentation des travaux, groupe B