Équipe CSTB - Systèmes Complexes, Bioinformatique Translationnelle

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De Équipe CSTB - Systèmes Complexes, Bioinformatique Translationnelle
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Vie de l'équipe

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Réunions d'équipe (*) Nouvelles dates fixées à partir du 1er septembre 2019

1er mardi du mois : Réunion groupe A (A-M)
2ème mardi du mois : Journal Club
3ème mardi du mois : Réunion groupe B (N-Z)
4ème mardi du mois : Réunion Permanents
4ème vendredi du mois : Présentations étudiants / stagiaires

Novembre 2019

-05/11 : (*) Réunion des permanents.
-07/11 : Présentations de quatre membres de l'équipe dans le cadre du Data Science and Artificial Intelligence Workshop d'ICube.
Anne Jeannin sur "Transfer Learning: review and recent advances", Romain Ohrand sur "Towards autonomy and explainability in Artificial Intelligence", Thomas Weber sur "RADMEL: An ensemble predictor to reveal disease-relevant missense variants with low degree of uncertainty", Claudine Mayer sur "Deep learning for protein fold recognition".
-27/11 : Participation de Julie Thompson, Olivier Poch et Kirsley Chennen à l'assemblée générale de l'Institut Français de Bioinformatique à Paris.
-28/11 : Participation d'Olivier Poch et Kirsley Chennen à la journée ELIXIR France à Paris.

octobre 2019

-01/10 : Revue de mi-projets AVIA / PECOC avec BioValley France.
-01-04/10 : Participation d'Audrey Defosset au congrès Recomb Comparative Genomics 2019 à Montpellier. Présentation d'un poster.
-08/10 : (*) Réunion des permanents.
-08/10 : Séminaire de Rabih Amhaz, présentation de ses sujets de recherche au sein du CSTB.
-14/10 : Visite Idriss Aberkane et présentation par Nicolas Scalzitti aux collaborateurs suisses dans le cadre du projet de perceptron sur l'annotation des génomes.
-15/10 : (*) Présentation groupe A (A-M).
-15/10 : Arrivée d'Anastasia Villien, M2 SYNVA apprentissage, SFC-ESPE, co-encadrants : Pierre Collet et Anne Jeannin-Girardon.
-22/10 : (*) Journal Club.
-24/10 : Bureau CRBS: point sur les retards bâtiment.
-29-30/10: Participation d'Anna Ouskova Leonteva, Pierre Collet et Pierre Parrend à l'Artiticial Evolution Conference EA2019 à Mulhouse. Manuscrit accepté :Fast evolutionary algorithm for solving large-scale multi-objective problems. A.Ouskova-Leonteva, P.Parrend, A.Jeannin-Girardon, P.Collet.
-31/10 : Présentation des doctorants : Romain Orhand et Thomas Weber.

septembre 2019

-02/09 : arrivée de Rabih Amhaz, Enseignant chercheur ECAM Strasbourg.
-03/09 : Brainstorming CSTB "systèmes complexes" présentation de Pierre Collet.
-05/09 : arrivée d'Igor E Silva Peretta, chercheur post-doctoral.
-06/09 : Publication de l'article 'Dila et al. Circular code motifs in the ribosome: a missing link in the evolution of translation?' dans le journal RNA.
-10/09 : (*) Réunion de rentrée des permanents.
-12-13/09: Présentation d'Anna Leonteva sur : "Fast evolutionary algorithm for multi-objective industrial problems" à l'International workshop on stochastic local serach algorithms à Lille.
-17/09 : (*) Présentation groupe A (A/M).
-19/09 : Participation d'Olivier Poch aux Biotech Day de l'ESBS, Présentation/poster à l'attention des entreprises.
-20/09 : Séminaire invité de David Bouyssié, Bioinformaticien, IPBS Toulouse, sur : "MS-based label-free quantification: concepts, algorithms and challenges".
-23-25/09 : Présentation d'Odile Lecompte sur :"OrthoInspector 3.0: an integrative resource to explore gene evolution" au 23rd Evolutionary biology meeting à Marseille.
-24/09 : (*) Présentation groupe B (N/Z).
-30/09 : Présentation par Pierre Collet des travaux de l'équipe en IA explicable, éthique et autonome au Dr. Thibault de Ravel d’Esclapon, Maître de Conférence en droit impliqué en droit et IA.
-30/09 : Dépôt avec Shannon Whitlock (Laboratoire de Matière Quantique Exotique) d'un projet Eucor Seed Money "Quantum Machine Learning" avec KIT et Bâle.

août 2019

-02-03/08 : Pierre Collet invited speaker à la conférence 2nd International Meeting on Quantum Mechanics and Applications Chicago.
-25-28/08 : Visite de G. Joret (Université Libre de Bruxelles).
-25-31/08 : Visite de W. Cames van Batenburg (Université Libre de Bruxelles).

juillet 2019

-01-02/07 : Ecole d'été Practical Bioinformatics pour les doctorants Vie et Santé (Responsable : O. Lecompte).
-01-04/07 : visite d'Ismaila Diouf, Maître de Conférences à l'université Cheikh Anta Diop de Dakar et Président de la Société de la Science des Systèmes Complexes du Sénégal, invité par Pierre Collet.
-01-05/07 : Présentation poster de Romain Orhand à la conférence PFIA 2019 à Toulouse.
-01-06/07 : Visite de Zelealem B. Yilma, Carnegie Mellon University Qatar. Collaboration Jean-Sebastien Sereni.
-03/07 : Séminaire CSTB sur l'intelligence artificielle/Deep learning. Présentation des travaux réalisés et perspectives.
-04/07 : Séminaire de mathématiques discrètes : Around the Petersen colouring conjecture, Karlsruhe Institute of Technology, J.-S. Sereni.
-05/07 : Soutenance mi-thèse, Ulviya Abdulkarimova, co-directeur de thèse, Pierre Collet.
-08/07 : Arrivée de Célia Enderlin, stagiaire M1/BSIB SdV, encadrant Yannis Nevers.
-08/07 : Participation de J.-S. Sereni au jury de thèse de Théo Pierron en tant que rapporteur, LaBRI, Bordeaux.
-08/07 : Intégration de Rabih Amhaz, en qualité de chercheur associé.
-09/07 : Matinée CSTB "DATA". Présentations de : Pierre Parrend, Arnaud Kress, Laetitia Poidevin, Luc Moulinier, Kirsley Chennen, Thowas Weber, Nicolas Scalzitti, Anne Jeannin.
-10/07 : Séminaire "Graphes et Optimisation" : Around the Petersen colouring conjecture, LaBRI, Bordeaux, J.-S. Sereni.
-17/07 : Séminaire invité, Pr. Eric Westhof, IBMC, Université de Strasbourg sur : "code circulaire dans les génomes", invité par Julie Thompson.
-21-26/07 : Participation de Romain Orhand à la 3rd International Summer School on Deep Learning à Varsovie.
-27/07-02/08 : Odile Lecompte, conférencière invitée à la 67th NIBB Conference/6th Quest for Orthologs Meeting, Okazaki, Japon.
-27/07-02/08 : Participation de Yannis Nevers à la 67th NIBB Conference/6th Quest for Orthologs Meeting, Okazaki, Japon.

juin 2019

- 01/06 : Projet IDEX attractivité UNISTRA (Investissement d'Avenir) attribué à Odile Lecompte sur "Génomique comparative multi-niveaux", durée 24 mois.
- 03/06 : arrivée d'Amadou Oury Bah, stagiaire M1 informatique : Sciences de données et systèmes complexes, encadrante Anne Jeannin.
- 03/06 : arrivée d'Amarin Hutt, stagiaire M1 informatique : Sciences de données et systèmes complexes, encadrante Anne Jeannin.
- 03-07/06 : Présentation de Christian Michel à la 6th International Conference in Code Biology, Friedrichsdorf, Allemagne.
- 06/06 : (*) Présentation du groupe A (A-M).
- 9-15/06 : Présentation de Yesmina Jaafra à la 36th annual conference ICML, Long Beach, CA, USA.
- 11-12/06 : Installation d'une machine PARSEC de 180TFlops à l'INSA de Rouen par Anne Jeannin et Pierre Collet
- 13/06 : (*) Journal Club.
- 14/06 : soutenance mi-thèse de Gopal Dila, directeur de thèse, Christian Michel.
- 17/06 : arrivée de Rémi Trimbour, stagiaire double cursus Médecine Sciences, encadrante Julie Thompson.
- 18/06 : Soutenance de thèse de Fabio Guigou sur "The Artificial Immune Ecosystem: a scalable immune-inspired active classifier", Directeur de thèse, Pierre Collet.
- 18/06 : Séminaire avec Me Cécile Doutriaux sur le Droit et l'IA
- 19/06 : Barbecue du CSTB.
- 19/06 : soutenance mi-thèse de Martin Starman, Co-Directeur de thèse, Christian Michel.
- 19-30/06 : Visite de Zelealem B. Yilma, Carnegie Mellon University Qatar, invité par Jean-Sébastien Sereni.
- 21/06 : Cérémonie des remises de Prix de thèse de l'Université. Y. Nevers lauréat du prix de la commission Recherche.
- 25/06 : soutenance mi-thèse Andrey Defosset, directrice de thèse, Odile Lecompte.
- 27/06 : présentation de Kirsley Chennen "An ensemble approach to predict disease-relevant missense variants with low degree of uncertainty" à l'Ecole d'été LabEX Transplantex du 26 au 28 juin à Strasbourg.
- 27/06 : Présentation d'Olivier Poch sur OMICs and Big Data exploitation in rare genetics diseases: Application to ciliopathies" à l'Ecole d'été LabEX Transplantex du 26 au 28 juin à Strasbourg.
- 27/06 : Participation de Julie Thompson à la journée '360 POSSIBLES - Innovons ensemble dans le Grand Est'.
- 26/06 : Mise en ligne du MOOC FUN Vers une planète apprenante de François Taddei, intervenant, Pierre Collet sur la plateforme POEM.
- 24-28/06 : Installation d'une machine PARSEC de 200 TFlops à l'Université de Nouakchott Al Aasriya par Anne Jeannin et Pierre Collet

mai 2019

- 05-07/05 : participation de Pierre Collet et présentation d'Olivier Poch au kick-off meeting et à la conférence d'ouverture "Lifetime" à Berlin. Le projet LifeTime porté par le CNRS pour la France a été sélectionné comme candidat possible au projet européen H2020 FET Flagshipde.
- 07/05 : (*) Présentation du groupe A (A-M).
- 09/05 : Séminaire de Fabrice Bray et Christian Rolando de l'Université de Lille sur : "Protéomics analysis of bones from the scladina site" dans le cadre d'un projet de collaboration.
- 13/03 : arrivée de Quentin Christoffel, stagiaire L3 informatique, encadrant Pierre Collet.
- 13/05 : le projet de recherche "Génomique comparative multi-niveaux" déposé par Odile Lecompte dans le cadre de l'appel à projet Idex 2019 attractivité a obtenu un financement de l'UNISTRA pour une durée de 24 mois.
- 14/05 : (*) Journal Club.
- 14/05 : Kick-off meeting du projet RAinRARE avec les partenaires canadiens, suisses et français (Olivier Poch et Wojciech Krezel) à l'IGBMC, Illkirch.
- 15-17/05 : Colloque « Graph theory and sparse structures » à IRIF (Paris), co-organisé par J.-S. Sereni.
- 16/05 : Participation de J.-S. Sereni au jury d'H.D.R. de Pierre Charbit (IRIF, Paris).
- 20/05 : arrivée de François Gaillot, stagiaire L3 SdV Biologie Moléculaire et Cellulaire, encadrante Julie Thompson.
- 20-25/05 : Visite de R. Škrekovski (Univ. Ljubljana), invité par Jean-Sébastien Sereni.
- 21/05 : (*) Présentation du groupe B (N-Z).
- 23/05 : Présentation d'Odile Lecompte à la journée scientifique de l'Unité Génétique Moléculaire, Génomique, Microbiologie (GMGM)
- 28/05 : (*) Réunion des permanents.
- 31/05 : Minisymposium: Quantum Approaches on Computing; Organisateur Pierre Collet; Petit Amphithéâtre de Mathématiques (PAM), UFR Math-Info

avril 2019

- 01-04/04 : Visite de Jake Cooper (Univ. Brno).
- 02/04 : Prix de thèse 2018 de l'Université de Strasbourg décerné à Yannis Nevers.
- 04/04 : (*) Présentation du groupe A (A-M).
- 04/04 : séminaire de Kirsley Chennen sur "From variant analysis to integrate multi-level analysis in rare diseases" au Centre de recherche d'immunologie et d'hématologie de Strasbourg.
- 08/04 : arrivée d'Arnaud Buzon, Stagiaire M1 ORI BBM&RC, Université de Lorraine, encadrante Claudine Mayer.
- 11/04 : (*) Journal Club.
- 25/04 : (*) Réunion des permanents.

mars 2019

- 01/03 : confirmation de la nomination de Pierre Parrend en tant que Professeur de l’Enseignement Supérieur au 01/01/2019 (statut FESIC, association loi de 1901 de l'enseignement supérieur privé français, regroupant des établissement d’enseignement supérieur privé d’intérêt général (EESPIG) à but non lucratif).
- 01/03 : Démarrage du projet européen "LifeTime" de l'appel H2020-FETFLAG-2018-2020 avec la participation de 18 pays européens, 8 participants français représentés par le CNRS. Olivier Poch, WP4 Task leader.
- 05/03 : (*) Présentation du groupe A (A-M).
- 05-06/03 : Participation d'Odile Lecompte au Comité HCERES S2-M2SV-ST4 à Lille
- 11-16/03 : Visite de Zdeněk Dvořák (Univ. Prague) dans le cadre du L.I.A. STRUCO et d'un P.H.C. Barrande.
- 12-14/03 : Participation de J. Thompson au comité d'évaluation HCERES de l'INRIA.
- 14/03 : Soutenance de thèse de Julio Navarro Lara sur "Modélisation et identification de cyberattaques multi-étapes dans des ensembles d’événements" (directrice de thèse Aline Deruyver).
- 18/03 : Arrivée de trois stagiaires M1 en Biologie structurale intégrative et bio-informatique, Célia Enderlin (encadrant Yannis Nevers); Franck Martin (encadrante Julie Thompson); Christelle Rutz (encadrante Odile Lecompte).
- 19/03 : (*) Présentation du groupe B (N-Z).
- 22/03 : Cérémonie des prix de thèse 2018 de la Société de Biologie de Strasbourg. Yannis Nevers lauréat du Prix de l'Ecole Doctorale des Sciences de la Vie et de la Santé.
- 24-31/03 : Visite de Jake Cooper (Univ. Brno).
- 25/03 : Séminaire invité du Pr. Amos Bairoch du Swiss Institute of Bioinformatics sur "The Cellosaurus, a knowledge resource to help navigate the cell line jungle". Amphi du Forum de la Faculté de Médecine à 11:00.
- 26/03 : (*) Réunion des permanents.

février 2019

- 04/02 : Présentation de Reinhard Diestel de l'Université d'Hambourg sur l'application de ses concepts de théorie des graphes aux travaux du CSTB (clustering, reconnaissance d'images, alignement des gènes). Invité par Jean-Sébastien Sereni.
- 05/02 : Réunion Cadrage Institut Thématique Interdisciplinaire.
- 07/02 : (*) Présentation groupe A (A-M).
- 07/02 : Présentation d'Audrey Defosset sur "Evolutionary study of multiciliation genes in Vertebrates using a novel comparative genomic approach" aux rencontres Alphy 2019:Bioinformatics and evolutionary genomics à Paris les 7 et 8 février.
- 14/02 : (*) Journal Club.
- 15/02 : Conférence du projet européen "LifeTime" de l'appel H2020-FETFLAG-2018-2020 avec la participation de 18 pays européens, 8 participants français représentés par le CNRS. Olivier Poch, participant.
- 20/02 : séminaire de Yannis Nevers à l'Université de Lausanne sur "Exploitation of large-scale orthology inference for studying genotype-phenotype relationships", invité par le Pr. Christophe Dessimoz.
- 28/02 : (*) Réunion des permanents.

janvier 2019

-01/01 : Début du projet européen "RAinRARE" sélectionné dans le cadre de l'appel à projet transnational pour la recherche sur les maladies rares pour une durée de 3 ans. Olivier Poch partenaire.
- 06-11/01 : Participation de J.-S. Sereni au colloque "Graph Theory 2019" à Oberwolfach (Allemagne).
- 08/01 : (*) Présentation groupe A (A-M).
- 15/01 : séminaire d'Olivier Poch sur "Réseaux biologiques au service de la compréhension des maladies génétiques" à la journée scientifique FCH "Méthodes et modèles pour comprendre les réseaux biologiques" au LORIA, Vandoeuvre-lès-Nancy.
- 15/01 : (*)Journal Club.
- 16/01 : Galette des rois de l'équipe.
- 17/01 : Visite de X. Goaoc (École des Mines de Nancy).
- 21-25/01 : Participation de Pierre Collet et Romain Orhand à la semaine thématique sur les Systèmes Complexes de Rochebrune.
- 20-27/01 : Visite de J. Pekárek (IÚUK, Charles Univ. in Prague) dans le cadre du L.I.A. STRUCO.
- 22/01 : (*) Présentation groupe B (N-Z).
- 29/01 : (*) Réunion des permanents.

Décembre 2018

- 03/12 : Arrivée de Nicolas Scalzitti, doctorant V&S, co-directeurs de thèse Julie Thompson et Pierre Collet.
- 03-08/12 : Visite de R. Škrekovski (Univ. Ljubljana) à CSTB dans le cadre d'un P.H.C. Proteus.
- 06/12 : (*) Présentation groupe A (A-M).
- 10/12 : Soumission d'un appel à projet IDEX Attractivité 2019 "GRAIL : Génomique compaRAtIve muLti-niveaux" par Odile Lecompte.
- 12/12 : Fête de Noël de l'équipe.
- 13/12 : (*)Journal Club.
- 14/12 : Séminaire de Frédéric Chalmel, Chargé de Recherche INSERM à l'institut de recherche en santé et environnement travail (IRSET) de Rennes, sur "Spermatogenesis in modern humans: how did we succeed our hydrid speciation?".
- 14/12 : Présentation de Gopal Dila sur "Circular codes in genomes" dans le cadre de la rencontre bioinformatique BIstrO/IFB à Strasbourg.
- 14/12 : Soutenance de thèse de Yannis Nevers sur "Exploitation de marqueurs évolutifs pour l’étude des relations génotype/phénotype. Application aux ciliopathies" (directrice de thèse Odile Lecompte).

Novembre 2018

- 05/11 : Attribution d'une bourse de Eurolife à Thomas Weber pour l’Ecole d’hiver Eurolife à Obergurgl en Autriche du 16 au 21 décembre 2018. Evènement soutenu par l’université Franco-Allemande (UFA).
- 06/11 : (*) Présentation groupe A (A-M).
- 06-12/11 : Déplacement de J.-S. Sereni à G-SCOP, Grenoble.
- 09/11 : Atelier CSTB autour du Deep Learning et de ses applications en bioinfo/santé, organisé par Anne Jeannin.
- 12/11 : Soutenance de thèse de Yann Hode sur "Contribution à l’interprétation d’images et vérification de la consistance d’un graphe" (directrice de thèse Aline Deruyver).
- 12/11 : arrivée de Mathias Galati, stagiaire M2 Biologie structurale intégrative et bio-informatique, encadrante Claudine Mayer.
- 12/11 : arrivée de Jean-Baptiste Lamouche, stagiaire M2 Biologie structurale intégrative et bio-informatique, encadrant Olivier Poch.
- 13/11 : (*) Journal Club.
- 13/11 : Financement du projet «RAinRARE» obtenu dans le cadre de l’appel JTC2018 de l’ERA-Net E-Rare-3. Partenaire du projet : Olivier Poch.
- 14-21/11 : Visite de R. Hušek & P. Korcsok (Univ. Prague) à CSTB dans le cadre du L.I.A. STRUCO et d'un P.H.C. Barrande.
- 20/11 : (*) Présentation groupe B (N-Z).
- 20/11 : Participation de Julie Thompson aux rencontres GDR Madics sur les sciences des données et santé au pôle API Illkirch.
- 25-29/11 : Déplacement de F. Pirot & J.-S. Sereni au département de mathématiques de l'université de Ljubljana dans le cadre d'un P.H.C. Proteus.
- 27/11 : réunion des permanents.

Octobre 2018

- 01/10 : Arrivée de Thomas Weber, doctorant V&S, co-directeurs de thèse Olivier Poch, Julie Thompson.
- 01/10 : Arrivée de Romain Orhand, doctorant MSII, co-directeurs de thèse Pierre Collet, Pierre Parrend.
- 02/10 : Participation de Julie Thompson et Olivier Poch à la journée de lancement du projet pilote "INEX-MED" de l'Institut Français de Bioinformatique à Paris.
- 04/10 : (*) Présentation groupe (A) A-M.
- 08/10 : Début des séances de sport pour les membres du CSTB,le lundi de 12:00 à 13:00, sous la direction de notre coach Anna Ouskova-Leonteva.
- 10/10 : Déplacement de Pierre Collet et Olivier Poch à Neuchatel, prise de contact avec la SA General Bionics pour des projets de thèse.
- 11/10 : (*) Journal Club.
- 11-12/10 : Exposé « On (a:b)-choosability and fractional colourings » de Jean-Sébastien Sereni au colloque '40 années d'algorithmique de graphes' en l'honneur de Michel Habib, Paris.
- 17/10 : Présentation : "Défis théoriques et pratiques de l'intelligence artificielle : focus sur la bio-santé" à la Journée Système 2018, Strasbourg, par Anne Jeannin
- 18/10 : (*) Présentation groupe (B) N-Z.
- 16-18/10 : Déplacement de Jean-Sébastien Sereni à l'IRIF à Paris dans le cadre de la collaboration avec Amos Korman.
- 19/10 : Exposé « Fractional chromatic number of small degree graphs and girth » de François Pirot au séminaire Graphes@Lyon à l'E.N.S. Lyon.
- 25/10 : (*) Réunion des permanents.
- 25/10 : Dépôt des projets ANR MECAPLAX (équipe CSTB porteur), CoRREau (porteur IRSTEA à Bordeaux), ImmunoSimulAge (Porteur: Sorbonne Université)

Septembre 2018

- 01/09 : Accueil en Délégation CNRS de Claudine Mayer, Professeure Université Paris Diderot.
- 01/09 : Odile Lecompte est nommée membre de la Commission scientifique spécialisée 1 INSERM.
- 04/09 : (*) Réunion des permanents.
- 11/09 : (*) Journal Club.
- 12-15/09 : Participation d'Olivier Poch au BYOD "Rare disease & orphan drug registrie" à Rome dans le cadre du projet européen Elixir Excelerate.
- 18/09 : (*) Présentation du groupe B (N-Z).
- 20/09 : Démarrage du projet PECOC (optimisation du paramètrage des lentilles pour cataracts), porté par Pierre Collet, avec la société IVO et financé à 50% par la Région.
- 24-28/09 : Visite d'A. Goodall (Univ. Prague) dans le cadre du L.I.A. STRUCO, collaboration Jean-Sébastien Sereni.
- 25/09 : (*) Réunion des permanents.
- 28/09 : Dépôt d'une demande de labellisation d'OrthoInspector (base de données et outils dédiés à la génomique comparative) dans ELIXIR.
- 30/09 : Participation à la manifestation d'intention ArtIC (Artificial Intelligence for Care), avec 2 demandes de chaires (Julie Thompson, Pierre Collet)

août 2018

- 01/08 : Arrivée d'Anna Ouskova Leonteva, doctorante MSII, co-directeurs de thèse Pierre Collet, Pierre Parrend.
- 27/08 : Arrivée d'Eloi Schmauch, stagiaire M1 double cursus Médecine-Sciences, encadrante Julie Thompson.

Juillet 2018

- 03-06/07 : Présentation d'Audrey Defosset aux journées ouvertes en biologie, informatique et mathématiques (JOBIM) à Marseille
- 10/7: Journée du DIR présentations: The Artificial Immune Ecosystem: an active learning metaheuristic for monitoring massive time series : Fabio Guigou
An ACO-based emergent mechanism for expert-based evaluation of multi-step attack scenarios : Julio Navarro Lara
- 20/07 : Soutenance de thèse de R. de Joannis de Verclos (Univ. Grenoble Alpes), co-encadré par L. Esperet & J.-S. Sereni

Juin 2018

- 04/06 : Arrivée de Priscilla Deschamps, stagiaire M1 Microbiologie, Univ Claude Bernard, Lyon, encadrante Claudine Mayer.
- 07/06 : (*) Présentation du groupe A (A-M)
- 11/06 : Arrivée de Martin Heitz, stagiaire L3 ingénierie, MathInfo, encadrante Catherine Guth
- 11/06 : Jean-Sébastien Sereni est admis au concours DR2 CNRS ouvert en section 06.
- 15/06 : Validation de la candidature de Romain Orhand pour le contrat doctoral fléché du Département Informatique Recherche de ICUBE sur un sujet IA+EA
- 22/06 : Barbecue annuel du CSTB.
- 26/06 : Exposé Colour space and number of 3-colourings, à A (Mini-)Symposium on Graph Theory, Radboud University Nijmegen, Pays-Bas, par J.-S. Sereni.
- 26/06 : Validation de la candidature de Anna Leonteva à la bourse de thèse du projet ANR CoolMagEvo
- 27/06 : Séminaire de Kirsley Chennen sur "Rare is beautiful: exploiting big data streams in rare genetic diseases" au MedFit 26-27/06 à Strasbourg. Première convention d’affaires internationale dédiée aux partenariats d’innovation dans le domaine des technologies médicales et du diagnostic.
- 27/06 : Participation de J.-S. Sereni au jury de thèse de W. Cames van Batenburg, Radboud University Nijmegen, Pays-Bas.
- 28/06 : (*) Réunion des permanents.

mai 2018

- 03/05 : (*) Présentation du groupe A (A-M)
- lancement de l'organisation du Symposium IComputation (IEEE Symposium on Immune Computation), SSCI, Balgalore, novembre 2018
- 17/05 : (*) Journal Club
- 22/05 : Séminaire : Fractional chromatic number of small degree graphs and girth, IRIF, Paris, par F. Pirot
- 24/05 : (*) Présentation du groupe B (N-Z)
- 28-30/05 : Journées BingiDays au CIARUS à Strasbourg, retraite de l'équipe CSTB. Collaboratrice extérieure invitée : Diala Wehbe, Université de Lille.

avril 2018

- 05/04 : (*) Présentation du groupe A (A-M)
- 12/04 : (*) Journal Club
- 16/04 : (*) Arrivée d'Olivier Dennler, stagiaire M1 SdVE Université de Rennes, encadrante Julie Thompson.
- 19/04 : (*) Présentation du groupe B (N-Z)
- 26/04 : Séminaire de mathématiques discrètes: On the number of 3-colourings of graphs, Karlsruhe Institute of Technology, J.-S. Sereni.
- 27/04 : Présentation d'Audrey Defosset aux 6èmes journées scientifiques de la Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS) sur "Prediction of new multiciliogenesis genes using a fine-grained comparative genomic approach" .

mars 2018

- 01/03 : arrivée de Martin Starman, Doctorant, Directeur de thèse Christian Michel
- 01/03 : (*) Présentation du groupe A (A-M)
- 05/03 : Participation de Kirsley Chennen, Olivier Poch et Julie Thompson au Bioinfomatics strategy meeting Europe 2018 à Zurich (Suisse)
- 08/03 : (*) Journal Club
- 13/03 : Exposé « Aspects extrémaux de la théorie des graphes », Journées ALEA, CIRM, Luminy, Jean-Sébastien Sereni
- 15/03 : (*) Présentation du groupe B (N-Z)
- 19/03 : arrivée de cinq stagiaires M1 - SdV : Mathias Galati (encadrante Julie Thompson), Victor Grentzinger, (encadrante Odile Lecompte), Max Hengel (encadrante Julie Thompson), Mateusz Rauch (encadrants Odile Lecompte, Yannis Nevers), David Stocklausen (encadrant Olivier Poch)
- 19/03 : arrivée d'un stagiaire M2 - Faculté des Sciences et Technique de Tanger, Maroc (encadrant Pierre Parrend)
- 22/03 : réunion de démarrage du projet ANR CoolMagEvo
- 29/03 : Présentations des étudiants / stagiaires

  • Alexandre Bruyant, Master2 informatique
  • Camille Depenveiller, stagiaire ingénieur ESBS 3e année
  • Gopal Dila, doctorant informatique
  • François Pirot, doctorant informatique

- journaux acceptés:

P. Parrend, F. Guigou, J. Navarro, A. Deruyver, P. Collet, Artificial Immune Ecosystems: the role of expert-based learning in artificial cognition, Journal of Robotics, Networking and Artificial Life, Atlantis Press, page 5, mars 2018

P. Parrend, J. Navarro, F. Guigou, A. Deruyver, P. Collet, Foundations and Applications of Artificial Intelligence for Zero-day and Multi-Step Attack Detection, EURASIP Journal on Information Security, Springer, page 29, 2018

février 2018

- 01/02 : Arrivée de Camille Depenveiller, stagiaire, ingénieur ESBS 3e année (encadrant Olivier Poch)
- 08/02 : (*) journal club
- 13/02 : Soutenance d'HDR de Jean-Sébastien Sereni sur "Aspects algébriques de coloration de graphes : coloration fractionnaire et nombre de colorations"
- 15/02 : (*) présentation du groupe B (N-Z)
- 22/02 : (*) réunion permanents
- 23/02 : Présentations des étudiants / stagiaires

  • Nicolas Scalzitti, stagiaire M2 Biologie structurale, bioinformatique et biotechnologies
  • Thomas Weber, stagiaire M2 Biologie structurale, bioinformatique et biotechnologies
  • Julio Navarro Lara, doctorant informatique
  • Camille Depenveiller, stagiaire ingénieur ESBS 3e année

janvier 2018

- 08/01 : Arrivée de deux stagiaires M2 SdV, Nicolas Scalzitti (encadrants Laetitia Poidevin et Olivier Poch) et Thomas Weber (encadrant Julie Thompson)
- 11/01 : (*) réunion des permanents (OJ: site web de l'équipe, retraite Bingidays, mise en place de sessions orales mensuelles pour que les étudiants et stagiaires présentent leur travail, appels à projets, CRBS) suivie de la galette des rois de l'équipe
- 14-20/01 : Présentation de Pierre Collet aux journées thématiques sur les systèmes complexes naturels et artificiels, Rochebrune Megève
- 15/01 : Démarrage du projet ANR CoolMagEvo avec la société CoolTech et l'UMR 6508 CRISMAT à l'EnsiCaen. - 18/01 : (*) journal club
- 18/01: Attribution d'un bourse de soutien du programme « Exploration Japon » de l'ambassade de France au Japon pour Pierre Parrend à l'occasion de sa mission à l'Université Shinshu (Nagano) et de son invitation comme speaker invité à la conférence ICAROB (Beppu), du 27/1/2018 au 6/2/2018
- 19/01 : Colloque scientifique organisé en l'honneur de Raymond Ripp, à la Faculté de Médecine Strasbourg. Intervenants: Jean-Claude Thierry, ancien chargé de mission auprès du Département des Sciences du Vivant du CNRS ; Thierry Leveillard,Institut de la Vision ; Marc Ruff et Philippe Dumas, IGBMC
- 21/01 : Départ à la Retraite de Raymond Ripp
- 22--26/01 : co-organisation et participation à l'école de recherche sur les limites de graphes à l'E.N.S. Lyon, et co-organisation du colloque associé (29/01--02/02), F. Pirot & J.-S. Sereni

décembre 2017

- 01/12 : Arrivée de Clément Schreiner, doctorant (directeur de thèse, Pierre Collet)
- 01/12 : Arrivée d'Ulviya Abdulkarimova, doctorante (directeur de thèse Erik-André Sauleau, co-directeur Pierre Collet)
- 07/12 : (*) Journal Club.
- 08/12 : Présentation de Claudine Mayer "Structural insights in topoisomerase"
- 08/12 : Présentation de Jean-Sébastien Sereni : "Graph Theory: a touch of colouring"
- 11/12 : Soutenance de thèse de Pierre Willaume "Modélisation de formes 3D par les graphes pour leur reconnaissance. Application à la vision 3D en robotique dans des tâches de Pick-and-Place" (directrice de thèse Aline Deruyver)
- 12/12 : Soutenance d'HRD de Pierre Parrend " Emergent Industrial Ecosystems/Systèmes industriels émergents" (Garant Pierre Collet)
- 12--15/12 : Visite de W. Cames van Batenburg dans le cadre d'un P.H.C. van Gogh
- 18/12 : Fête de Noël de l'équipe
- 21/12 : Validation du Projet "CoolMagEvo" par l'ANR (projet de recherche collaborative - entreprise)

novembre 2017

- 02/11 : (*) Présentation du groupe A-M
- 05-08/11 : Colloque du L.I.A. STRUCO à Strasbourg, co-organisé par P. Charbit & J.-S. Sereni.
- 06/11 : arrivée de Clémentine Leporcq, Quentin Rott et Thomas Weber, stagiaires M2 (encadrant Julie Thompson)
- 08-10/11 : Visite de F. Havet dans le cadre du L.I.A. STRUCO.
- 09/11 : (*) Journal Club
- 13/11 : arrivée de Laura Dutto, stagiaire Ingénieur ESBS (encadrant Odile Lecompte)
- 13/11 : Pierre Collet élu directeur du GIS Réseau National des Systèmes Complexes (RNSC)(CA-GIS du 13/11)
- 16/11 : (*) Présentation du groupe N-Z
- 21/11 : workshop 4P Factory à Strasbourg, co-organisé par Pierre Parrend
- 26-28/11 : Participation de Christian Michel au Kick off-Event CAMMBIO (Kompetenzzentrum für algorithmische und mathematische Methoden in der Biologie, Biotechnologie und Medizin) à Mannheim, Allemagne
- 29/11 : Journée Charles Hermite "Complexité :Théorie des graphes et théorie des nombres", organisée par M. Madritsch, C. Raïssi, J.-S. Sereni et T. Stoll
- 30/11 : (*) Présentation du groupe A-M

octobre 2017

- 01/10 : Arrivée d'Audrey Defosset, doctorante, directrice de thèse Odile Lecompte
- 01/10 : Arrivée de Gopal Krishna Dila, doctorant, directeur de thèse Christian Michel
- 01/10 : Arrivée de François Pirot, doctorant, Directeur de thèse Miguel Couceiro, Université de Lorraine, 02/18 co-directeur de thèse Jean-Sébastien Sereni.
- 05/10 : (*) Présentation du groupe A-M
- 05/10 : Journée Pôle de Compétitivité au Palais Universitaire (Contact Projet Médecine Connectée, Anna Leonteva)
- 11/10 : Meeting Projet Médecine Connectée, David Bruchlen ScienceMeUp
- 12/10 : (*) Journal Club
- 12/10 : 3 ANR déposées: 1 CSTB porteur, 2 partenaire
- 13-15/10 : Participation de l'équipe à la Fête de la Science à Strasbourg. Animation d'un stand sur "la nouvelle science des systèmes complexes" pour les scolaires et le grand public. Pierre Collet, Anne Jeannin-Girardon, Julio Navaro Lara, Yannis Nevers, Raymond Ripp.
- 19/10 : (*) Présentation du groupe N-Z
- 23/10 : Meeting rare disease Linked Data and Ontology Task Force (LDOTF) Elixir 2
- 24-25/10 : Workshop Final ANR Infrastructure BIPBIP: Paris présentation WP/CSTB
- 25-27/10 : 13th Biennial International Conference on Artificial Evolution, Paris. Participation de Pierre Collet, Anne Jeannin-Girardon, Pierre Parrend.

septembre 2017

- 01/09 : Arrivée de Jean-Sébastien Sereni, Chargé de Recherche CNRS, précédemment au LORIA (Nancy)
- 01/09 : Julie Thompson est F1000 Faculty member in Bioinformatics, Biomedical Informatics & Computational Biology (https://f1000.com/prime/thefaculty/member/499999771097522671)
- 01/09 : Participation de Pierre Collet au Global Positive Forum à Paris,sous le haut patronage du Président de la République.
- 05/09 : Keynote de Pierre Collet à la conférence KES 2017 à Marseille : http://kes2017.kesinternational.org/index.php
- 06/09 : (*) présentation du groupe A-M
- 12/09 : Démarrage du projet HOPE avec présentation des projets Genida et Radar
- 14/09 : (*) Journal Club
- 14/09 : Présentation d'Anne Jeannin-Girardon sur "Estimation de paramètres pour la modélisation de réponses immunitaires" au séminaire SimCells à Brest
- 12-15/09 : Participation de Yannis Nevers à la conférence 13th [BC]2 Basel Computational Biology Conférence à Bâle
- 17-22/09 : Participation de Kirsley Chennen au BYOD "Rare Disease Registries" d'Elixir-Excelerate à Rome
- 21/09 : (*) présentation du groupe N-Z
- 25--29/09 : visite de Z. Dvořák et J. Pekárek dans le cadre du L.I.A. STRUCO
- 28/09 : Pot de bienvenue pour l'arrivée de Jean-Sébastien Sereni, nouveau membre permanent et d'Audrey Defosset et Gopal Krishna Dila, doctorants.
- 28/09 : (*) réunion de rentrée des permanents
- 29/09 : Séminaire invité, Dr. Daniel T. Jones sur "Lean as management system for the future" Lean Enterprise Academy, Herefordshire, UK
- 29/09 : Soutenance de thèse de Pierre Masai sur "Modeling the lean organization as a complex system", Directeur de thèse, Pierre Collet

juillet 2017

- 03/07 : Arrivée d'un stagiaire 2année EPITECH, Maxime Grosjean (encadrant : Luc Moulinier)
- 03-06/07 : Participation de Yannis Nevers aux journées ouvertes en biologie, informatique et mathématiques et à la rencontre annuelle des jeunes bioinformaticiens à Lille
- 06-07/07: séminaire d'Olivier Poch au colloque "Traitement informatique de larges données en Biologies" à Tours.
- 11-17/07 : Présentation de POEM à Taipei,Taïwan par Pierre Collet
- 13/07 : Séminaire invité, Dr. Pascal Barbry, Directeur IPMC Sophia Antipolis sur : Regulation of multiciliogenesis by non coding RNAs
- 16-22/07 : Participation de Catherine Guth et Anne Jeannin-Girardon à l'international school of deep learning à Bilbao, Espagne
- 17-25/07 : Déplacement de Pierre Collet à Osaka, Japon dans le cadre de la collaboration du projet EASEA Cloud

juin 2017

- 08-10/06 : Participation d'Odile Lecompte au 5th international quest for orthologs meeting et au symposium on evolution of gene families, Los Angeles, CA, USA
- 12/06 : Pierre Collet anime une table ronde "Deep or wide? Analytics, personnel, and scientific inquiry in an era of disposable data" à la 7th Bioinformatics strategy meeting à Londres
- 12/06 : Arrivée d'un stagiaire M1, Nicolas Scalzitti, (encadrant : Raymond Ripp)
- 12/06 : Arrivée d'un stagiaire Magistère 2, Fabien Delhomme (co-encadrant : Anne Jeannin Girardon)
- 14/06 : (*) Journal Club et démo de POMEv2 par Isaac Abtosi et Pierre Collet
- 15/06 : Pierre Collet Associate Editor de l' Eurasia Journal of Mathematics, Science and Technology Education.
- 20-26/06: Présentation de POEM à Taipei,Taïwan par Isaac Abtosi et Pierre Collet
- 21-06 : Barbecue annuel de l'équipe
- 25-06 : Tutoriel portant sur le Deep Learning à la conférence IEEE NEWCAS'17 (Strasbourg) par Anne Jeannin
- 26/06 : Arrivée d'un stagiaire de 2nd, Arthur Caillol (encadrant : Pierre Collet)
- 27/06 : soutenance mi-these de Julio Navarro Lara et Fabio Guigou
- 27/06 : (*) réunion des permanents (OJ : nouveau CR en septembre, CRBS, actualités des différents projets...)
- 28/06 : soutenance mi-thèse de Yannis Nevers, directrice de thèse Odile Lecompte

mai 2017

- 03/05 : (*) présentation du groupe A-M
- 08-12/05: Présentations de Pierre Willaume et Aline Deruyvere à la 15e IAPR International Conference on Machine Vision Applications à Nagoya, Japon.
- 10-12/05 : 1er workshop 'Bring Your Own Data" BOYD sur "Cilipathies resources in Strasbourg" de l'infrastructure Européenne Elixir, (http://www.elixir-europe.org/events/bring-your-own-data-byod-workshop-ciliopathies-resources) organisé à Strasbourg par K. Chennen, O. Poch et J. Thompson, avec la participation des experts du nœud suisse.
- 17/05 : (*) Journal Club
- 22/05 : Arrivée d'un stagiaire 1ère année ingénieur ESBS, Birger Lenz (encadrant Raymond Ripp)
- 24/05 : (*) présentation du groupe N-Z
- 30/05 : (*) réunion des permanent (OJ : CRBS, BBQ, divers)
- 31/05 : Présentations de Dylan Durand, stagiaire DUT (encadrant J. Thompson) et de Yasmina Jaafra, doctorante (co-directrice: Aline Deruyver)

avril 2017

- 03/04 : Arrivée d'un stagiaire DUT, Dylan Durand (encadrant J. Thompson)
- 05/04 : (*) présentation du groupe A-M
- 12/04 : (*) Journal Club
- 14/04 : Date du BYOD Ciliopathies (Bring Your Own Data) Strasbourg : 10-12 Mai (http://www.elixir-europe.org/events/bring-your-own-data-byod-workshop-ciliopathies-resources)
- 20/04 : Publication acceptée "Insights into ciliary genes and evolution from multi-level phylogenetic profiling" Nevers et al. Molecular Biology and Evolution
- 21/04 : Arrivée de Yasmina Jaafra, doctorante (co-directeurs de thèse : Aline Deruyver ; Mohamed Saber Naseur de l'Université de La Manouba, Tunisie)
- 25/04 : workshop "système immunitaires" organisé par Pierre Parrend au CSTB, présentations de Véronique Thomas-Vaslin, Julio Navarro Lara, Fabio Guigou, Pierre Masai.
- 25/04 : (*)réunion des permanents (OJ: CRBS, BICS, IFB, BYOD Strasbourg)
- 28/04 : participation d'Olivier Poch et Julie Thompson à la réunion IFB-Elixir "projet H2025" à l'Institut Pasteur à Paris

Mars 2017

- 04/03 : Publication acceptée "MyGeneFriends: a social network linking genes, genetic diseases and researchers" A. Allot et al.Journal of Medical Internet Research
- 06/03 : Intégration de Claudine Mayer, Institut Pasteur (Professeur associé)
- 07/03 : séminaire de Kirsley Chennen au Swiss Institute of Bioinformatics de Genève sur "Bioanalyses & software development in the field of rare disease: initiatives for the deciphering of the ciliary function and cilipathies". Recherche de nouveaux partenaires dans le cadre de l'organisation des BYODs de l'infrastructure Elixir-Excelerate.
- 08/03 : conférence de Christian Michel sur la bioinformatique théorique aux enseignants ISN de l'Académie de Strasbourg
- 08/03 : (*) présentation du groupe A-M
- 13/03 : Arrivée de deux stagiaires M1 BSBB, Nicolas Scalzitti et d'Asmaoul Housnat SA Thaoubane, (encadrant Julie Thompson)
- 13/03 : Arrivée d'une stagiaire M1 BSBB, Sarah Djeddi (encadrant Odile Lecompte)
- 13/03 : Arrivée d'un stagiaire classe 2nd, Remi Schilling (encadrant Anne Jeannin)
- 15/03 : (*) Journal Club
- 20/03 : Arrivée d'un stagiaire L3 informatique, Paul-Armand Michaud (encadrant Pierre Collet)
- 22/03 : (*) présentation du groupe N-Z
- 28/03 : (*) Réunion permanents (OJ : Budget, BYOD, ANR au 2ème tour, Bilan sorties)
- 28/03 : (*) Kickoff meeting projet ANR DUNE EOLE

Février 2017

- 08/02 : (*) présentation du groupe A-M
- 13/02 : Article accepté pour une conférence internationale, Pierre Willaume
- 13/02 : Arrivée du stagiaire Nestor Demeure Ingénieur ENSIIE (encadrant Anne Jeannin-Girardon)
- 14/02 : Séminaire interne sur : "Systèmes immunitaires artificiels", présentations de Pierre Parrend, Anne Jeannin, Pierre Masai, Fabio Guigou, Julio Navarro Lara
- 15/02 : (*) Journal Club
- 22/02 : (*) présentation du groupe N-Z

Janvier 2017

(*)A partir du 1er janvier 2017 les réunions d'équipe hebdomadaires se dérouleront le mercredi à 13h30 et les réunions des permanents tous les derniers mardis du mois à 13h30.
- 02/01 : arrivée de la stagiaire M2 Viviane Nguefack Ngoune (encadrant Julie Thompson)
- 03/01 : arrivée de la stagiaire M2 Audrey Defosset (encadrant Odile Lecompte)
- 11/01 : (*) présentation du groupe A-M et la galette des rois
- 18/01 : (*) Journal Club
- 19/01 : 3 Appels à Projets Internes ICube 2017 retenus pour le CSTB en inter-équipes dont un en porteur de projet :
Germinal center modeling, (CSTB/SMH), Anne Jeannin CSTB, porteur du projet.
Optim'R BICS (MIV/CSTB/plateforme BICS)
Cartes concentriques multi-valuées (IGG/CSTB)
- 24/01 : Thèse en informatique de Karim El Soufi sur :"Study of circular code motifs in nucleic acid sequences", sous la direction de Christian Michel
- 24/01 : Présentation de Yannis Nevers à la journée de rencontres autour de la bioinformatique organisée par la plateforme BIstrO de l'IFB
- 25/01 : (*) présentation du groupe N-Z
- 25/01 : Présentation de Pierre Collet sur "Les systèmes complexes : une nouvelle science née au XXe siècle" dans le cadre des conférences de l'IREM.
- 30/01 : Publication
Proteome evolution of deep-sea hydrothermal vent alvinellid polychaetes supports the ancestry of thermophily and subsequent adaptation to cold in some lineages. Fontanillas E, Galzitskaya OV, Lecompte O, Lobanov MY, Tanguy A, Mary J, Girguis PR, Hourdez S, Jollivet D. Genome Biology and Evolution (2017) evw298

DECEMBRE 2016

- 06/12 : Présentation de Yannis Nevers sur les protéomes complets disponibles.
- 07/12 : Présentation de Julio Navarro Lara au SSCI (Symposium Series on Computational Intelligences) à Athènes.
- 08/12 : Présentation de Pierre Willaume au SSCI (Symposium Series on Computational Intelligences) à Athènes.
- 08/12 : Présentation aux "BioWin days" à Louvain-la-Neuve, BELGIQUE (Anne Jeannin-Girardon, Pierre Collet et Olivier Poch).
- 13/12 : Présentation de Kirsley Chennen sur l'installation d'un web sémantique au CSTB dans le contexte du projet Elixir.
- 14/12 : Projet ANR DUNE EOLE accepté. CSTB est partenaire pour POEM.
- 15/12 : Fête de Noël du CSTB et du Laboratoire de Génétique Médicale.

NOVEMBRE 2016

- 02/11 : Arrivée de 2 stagiaires Master 2 BSBB pour le stage d'un mois : Audrey Fosset (encadrant Odile Lecompte) et Vincent Zilliox (encadrant Julie Thompson)
- 08/11 : (*) Présentation des travaux, groupe A-M
- 14/11 : Yannis Nevers est le nouveau représentant des doctorants du CSTB
- 14/11 : Intégration de Catherine Guth (MCF associé)
- 15/11 : Matinée de présentations "deep learning et réseaux de neurones"
- 15/11 : (*) Journal Club
- 16/11 : Retour de Salma Aouled El Haj Mohamed pour 2 mois (co-directeur de thèse Julie-Thompson)
- 16/11 : Yannis Nevers a organisé un rassemblement JeBiF pub à Strasbourg
- 18/11 : Séminaire invité (Julie Thompson), journée Big Data du Master de Bioinformatique, Université de Rennes
- 22/11 : (*) Présentation des travaux, groupe N-Z
- 25/11 : Présentations des projets des deux apprentis Master2 ILC, Alexandre Bruyant et Marc Haegelin
- 25/11 : Présentation du CSTB devant les DAS CNRS (Olivier Poch)
- 28/11 : Elixir conf-call avec Kirsley Chennen, Olivier Poch et Julie Thompson
- 28/11 : Présentation du CSTB aux nouveaux entrants d'ICube (Olivier Poch)
- 29/11 : Séminaire d'Anne Jeannin, Pierre Parrend et Pierre Collet au colloque du réseau ImmuniComplexIT à Paris
- 29/11 : (*) Réunion permanents (OJ : CR de la présentation du CSTB devant les DAS du CNRS; site web: points à améliorer; besoins en informatique; précisions sur le nouveau bâtiment)

OCTOBRE 2016

- 04/10 : (*) Présentation des travaux, groupe A-M
- 12/10 : (*) Journal Club
- 13-14/10 : Présentation de POEM au ministère lors des journées Stratégies du Numérique dans l'Enseignement Supérieur, en France et à l'International au Ministère. La présentation de 15mn peut être visionnée ici.
- 14/10 : Thèse en bioinformatique de Kirsley Chennen "Maladies rares et 'Big Data' : solutions bioinformatiques vers une analyse guidée par les connaissances" sous la co-direction d'Olivier Poch & Hélène Dollfus
- 15-16/10 : Participation à la Fête de la Science à Strasbourg. Animation d'un stand par Pierre Collet, Anne Jeannin, Pierre Parrend
- 18/10 : (*) Présentation des travaux, groupe N-Z
- 24/10 : (*) TéléConférence ELIXIR --> Discussions avancées pour obtenir un futur BYOD (Bring Your Own Data) à Strasbourg
- 25/10 : (*) Réunion permanents (OJ : bilan des ANR déposées; bilan des futurs arrivées; mise au point projet Elixir)
- 25/10 : Thèse en médecine de Yvan Herenger (ancien stagiaire) Cataractes congénitales génétiques : apport du séquençage haut débit dans le diagnostic et la prise en charge

SEPTEMBRE 2016

- 01/09 : Arrivée d'Anne Jeannin, maître de conférence à l'Université de Strasbourg
- 02/09 : Pot de bienvenue pour l'arrivée d'Anne Jeannin et la promotion de Pierre Collet au grade de PRCE
- 05-07/09 : Présentation de Pierre Masai à la 20ème conférence KES 2016 à York, UK
- 12/09 : Réunion de gouvernance du CRBS, Olivier Poch
- 20/09 : (*) Présentation des travaux, groupe A-M
- 20-23/09 : Présentation d'un poster par Yannis Nevers au 20th Evolutionary Biology Meeting à Marseille
- 21/09 : Arrivée de deux apprentis Master2 ILC, Alexandre Bruyant et Marc Haegelin
- 22/09 : Journée d'échange CSTB avec le Dr. Partap Chauhan autour du projet modélisation médecine Ayurvedique
- 23/09 : Deux articles acceptés pour des conférences internationales, Pierre Willaume et Julio Navarro Lara
-26/09  : Reprise des téléconférences mensuelles dans le cadre du projet H2020 "Elixir Excelerate"
- 27/09 : (*) Présentation des travaux, groupe N-Z
- 28/09 : Visite du Dr. Christian Rolando de l'Université de Lille dans le cadre du projet de Master 2 de Marc Haegelin
- 30/09 : Journée BIONICS organisée par Pierre Parrend au CSTB

AOUT 2016

JUILLET 2016

- 08/07 : A la Une de L'Actu n°126 de l'Université de Strasbourg, édition du 08/07/2016.
Hélène Gass, stagiaire Master2 en bioinformatique, classée 4e au championnat du monde 2016 d'apnée (16x 50m). Double championne de France 2015 (record et médaille d'or)

JUIN 2016

- 01/06 : Arrivée stagiaire L3 Laurine Huber (Encadrant Pierre Collet)
- 02/06 : Réunion IGMA sur l'informatique du CRBS (Centre de Recherche en Biomédecine de Strasbourg)
- 07/06 : Présentation du projet UFAZ (Université franco-azerbaïdjanaise) par la présidence (Pierre Collet co-recteur)
- 07/06 : (*) Réunion des permanents (OJ: préparation des réunions hebdomadaires ; point sur l'avancement du rapport HCERES ; dates à trouver pour le BBQ annuel de l'équipe et la journée SONIC)
- 14/06 : (*) Présentation des travaux, groupe A
- 15/06 : (*) Réunion des permanents HCERES "strategies & perspectives scientifiques"
- 15/06 : Arrivée stagiaire (stage observation) Mickaël Wagner (Encadrant Olivier Poch)
- 21/06 : (*) Journal Club
- 23/06 : Soutenance mi-thèse Salma Aouled El Haj Mohamed (co-directeur de thèse Julie-Thompson)
- 23/06 : Conseil scientifique de l'ECAM (Olivier Poch)
- 28/06 : Présentation de Yannis Nevers aux Journées ouvertes en biologie informatique et mathématiques (JOBIM) à Lyon du 28 au 30 juin. Participation de Salma Aouled El Haj Mohamed.
- 27/06 : Présentation mi-parcours de Fantin Mesny (stagiaire d'Odile Lecompte) "Analyse d'interaction des réseaux protéiques"
- 28/06 : Barbecue annuel de l'équipe
- 30/06 : Promotion de Pierre Collet au grade de PRCE

MAI 2016

- 03/05 : (*) Réunion des permanents (OJ : préparation des réunions hebdomadaires ; budgets alloués et dépenses de l'équipe; 1ère version du rapport HCERES)
- 10/05 : (*) Présentation des travaux, groupe A
- 11-13/05 : Evaluation ingénieurs INRA (LEAN philosophie, tableau de bord des compétences EPST, message constructif à l'ingénieur) (Olivier Poch)
- 12/05 : Classement en n°1 d'Anne Jeannin sur un poste MCF pour l'équipe
- 17/05 : (*) Journal Club, présentation de Yann Hode (doctorant d'Aline Deruyver)
- 17/05 : Arrivée Stagiaire ESBS, Fantin Mesny (Encadrant Odile Lecompte)
- 19/05 : Validation du financement de la thèse de Cédric Pupka par la société SYNOVO
- 19/05 : Validation du financement d'un apprenti par la fondation N-Light (gestion de la cohorte JIVA Ayurveda)
- 19/05 : (*) réunion des permanents : HCERES-SWOT
- 24/05 : (*) Présentation des travaux/résultats, groupe B
- 30/05 : Arrivée Stagiaire BTS Mickaël Joly (Encadrant, Raymond Ripp)
- 31/05 : Présentation de Fantin Mesny (stagiaire d'Odile Lecompte) "Analyse de listes de gènes en bioinformatique"

AVRIL 2016

- 05/04 : (*) Réunion des permanents (OJ : préparation des réunions hebdomadaires ; bilan des présentations stagiaires/concours/mi-thèse à venir)
- 07/04 : Cours sur les codes circulaires dans les gènes à l'Ecole des Jeunes Chercheurs en Informatique Mathématiques (EJCIM 16) (Christian Michel)
- 12/04 : (*) Présentation des travaux, groupe A
- 19/04 : (*) Journal Club, présentations rapides de publications jugées intéressantes
- 26/04 : (*) Présentation des travaux, groupe B
- 28/04 : Visite Introduction à la recherche (étudiants de L3)
- 29/04 : Présentations aux quatrièmes journées scientifiques de la Fédération de Médecine Translationnelle Strasbourg (FMTS) de:

Carlos Bermejo Das Neves : "MODEX: An artificial intelligence engine designed for systems biomedicine"
Yannis Nevers : "Prediction and characterization of ciliary proteins by comparative genomics"

- Publications :
1) Standardized benchmarking in the quest for orthologs.

Altenhoff AM, Boeckmann B, Capella-Gutierrez S, Dalquen DA, DeLuca T, Forslund K, Huerta-Cepas J, Linard B, Pereira C, Pryszcz LP, Schreiber F, da Silva AS, Szklarczyk D, Train CM, Bork P, Lecompte O, von Mering C, Xenarios I, Sjölander K, Jensen LJ, Martin MJ, Muffato M; Quest for Orthologs consortium, Gabaldón T, Lewis SE, Thomas PD, Sonnhammer E, Dessimoz C.
Nat Methods. 2016 [Epub ahead of print]

2) Identification of an Alternative Splicing Product of the Otx2 Gene Expressed in the Neural Retina and Retinal Pigmented Epithelial Cells.

Kole C, Berdugo N, Da Silva C, Aït-Ali N, Millet-Puel G, Pagan D, Blond F, Poidevin L, Ripp R, Fontaine V, Wincker P, Zack DJ, Sahel JA, Poch O, Léveillard T.
PLoS One. 2016;11(3):e0150758.

MARS 2016

A partir de mars les réunions d'équipe hebdomadaires se dérouleront le mardi à 14h00 . L'ordre des présentations des groupes reste inchangé.
Programmation des réunions des permanents tous les premiers mardis du mois à 14h00.

- 01/03 : (*) Réunion des permanents (OJ : préparation des réunions hebdomadaires ; liste des points à aborder à la réunion préparatoire de l'HCERES le 03 mars ; bilan des entrées/sorties au CSTB ; bilan des financements
- 03/03 : (*) Réunion préparatoire de l'HCERES
- 03/03 : réunion préparation de l'HCERES, bilan sur le wiki CSTB
- 08/03 : ELIXIR All Hands meeting Barcelone 7-9 Mars (participants Julie Thompson/Olivier Poch)

https://www.elixir-europe.org/events/elixir-all-hands-2016

- 08/03 : (*) Présentation des travaux, groupe A
- 11/03 : présentation Systèmes immunitaires artificiels par Cédric Pupka vendredi à 14h (Encadrant Pierre Parrend)
- 15/03 : Arrivée Stagiaire Anna Leontova (Encadrant Julie Thompson)
- 15/03 : (*) Présentation des travaux, groupe B
- 16/03 : 4P Factory workshop, 4P-Factory e-room + Grand Amphi de Math Unistra (Pierre Parrend)

https://4pfactory.wordpress.com/4p-factory-workshop-2016-program/

- 17/03 : Meeting Bilan Annuel de l'ANR Infrastructure BIPBIP à Strasbourg au CSTB Faculté de Médecine (25 participants)
- 21/03 : Visite de Amy Gooch (Université de Durham) (du 21/03 au 01/04)
- 22/03 : Présentation mi-parcours des 3 stagiaires M2 BSBI
- 25/03 : « Science Days » de SANOFI - Journée "L’innovation scientifique au service des patients"

Présentation Poster VarScrut Centre de Congrès, Le Port-Marly (78) (Olivier Poch)

- 29/03 : (*) Journal Club, présentations rapides de publications jugées intéressantes
- Déplacement de Pierre Collet à Bakou pour le montage d'une nouvelle université, l'Université Franco-Azerbaïdjanaise (UFAZ)
- Finalisation du volume Springer Proceedings in Complexity First Complex Systems Digital Campus World E-Conference 2015 (Edits P.Bourgine, P.Collet, P.Parrend).
- 2 Papiers acceptés à CEC et Gecco :
- CEC'16: Author(s): Jean Meunier, Julier Rohmer, Dominique Knittel and Pierre Collet

Title: Metaheuristic Based Battery Control Optimization of a Photovoltaic System with Grid Connexion

- GECCO'16: Author(s): N. Hamze, P. Collet, and C. Essert

Title: Introducing Pareto-based MOEA to Neurosurgery Preoperative Path Planning

FEVRIER 2016

- 04/02 : (*) Réunion des permanents (OJ : préparation des réunions hebdomadaires ; bilan des activités de janvier : a- CR ComDir Icube du 01/02, b- CR AG IFB du 26/01 ; Finances/appels d'offre ; Divers)
- 10/02 : (*) Présentation des travaux, groupe A
- 12/02 : réunion SATT Connectus, Licence VarScrut
- 17/02 : (*) Journal Club, présentations rapides de publications jugées intéressantes
- 22/02 : Arrivée Stagiaire Master Cédric Pupka (Encadrant Pierre Parrend)
- 24/02 : (*) Présentation des travaux, groupe B
- 25/02 : AG ICube
- 2 ANR sur 3 ont passé la phase 1 - papier EvoBio accepté:

Authors: Elise Rosati, Morgan Madec, Abir Rezgui, Quentin Colman, Nicolas Toussaint, Christophe Lallement, Pierre Collet
Title: Application of Evolutionary Algorithms for the Optimization of Genetic Regulatory Networks

JANVIER 2016

Les réunions d'équipe hebdomadaires du mercredi se dérouleront le Jeudi à partir de Janvier.
L'ordre des présentations des groupes reste inchangé.
- 04/01 : Arrivée Stagiaire Master2 Hélène Gass (Encadrant Julie Thompson)
- 04/01 : Arrivée Stagiaire Master2 Morgane Gilg (Encadrant Julie Thompson)
- 06/01 : (*) Réunion des permanents du CSTB (OJ: debriefing des Bingi Days Retraite de l'équipe les 10 et 11 décembre, Maison des Associations Strasbourg ; Préparation HCERES; Financements)
- 11/01 : Arrivée Stagiaire Master2 Vanessa Fernandes-Cardoso (Encadrant Olivier Poch)
- 13/01 : Présentation skype de Salma Aouled El Haj
- 18/01 : (*) Réunion budget, regroupement et identification des informations en prévision de l'HCERES
- 20/01 : (*) Présentation des travaux, groupe A
- 22/01 : présentation des chaires et Unitwin UNESCO-Unistra à l'Institut Lebel (Pierre Collet)
- 25-26/01 : Assemblée générale de l'institut français de bioinformatique, participation aux ateliers sur les modèles économiques des plateformes et sur la rentabilité de la participation au projet Infradev "Elixir Excelerate" (Olivier Poch)
- 27/01 : présentation d'Alexis Allot (ancien thésard)
- 28/01 : (*) Présentation des travaux, groupe B

***** 2015 *****

- 09-11/12/2015 : Bingi Days, retraite CSTB à la Maison des Associations, place des Orphelins
- 09/10/2015 : Alexis ALLOT a soutenu sa thèse en bioinformatique.
- 08/10/2015 : Carlos BERMEJO DAS NEVES a soutenu sa mi-thèse en bioinformatique.
- 01/10/2015 : Arrivées des premiers stagiaires / étudiants de la thèmatique SONIC dans les locaux de la Faculté de Médecine.

Décembre

- 02/12 : Troisième réunion préparatoire des permanents de l'équipe CSTB
- 9-11/12 : Bingi Days, retraite CSTB
- 16/12 : Présentation de Nicolas Lachiche ‘clowdflows : an open sourced cloud based platform for composition, execution, and sharing of interactive machine learning and data mining workflows’.

Novembre

- 04/11 : Seconde réunion préparatoire des permanents de l'équipe CSTB
- 19/11 : Journal club (articles à déposer pour mardi soir)
- 27/11 : Présentation des travaux, groupe A

Octobre

- 07/10 : Première réunion préparatoire des permanents de l'équipe CSTB
- 14/10 : Première réunion de toute l'équipe CSTB
- 21/10 : Journal club (articles à déposer pour mardi soir)
- 28/10 : Présentation des travaux, groupe B