Équipe CSTB - Systèmes Complexes, Bioinformatique Translationnelle

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De Équipe CSTB - Systèmes Complexes, Bioinformatique Translationnelle
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Vie de l'équipe

Réunions d'équipe (*) Dates fixées à partir du 1er janvier 2021 - Début des réunions à 13:30

1er mardi du mois : Réunion groupe A (A-M)
2ème mardi du mois : Journal Club
3ème mardi du mois : Réunion groupe B (N-Z)
4ème mardi du mois : Réunion Permanents

Le dernier jeudi du mois à 14:00 : Présentations des "Jeun's" pour préparation aux oraux suivies de questions (2 à 3 présentations de 12 min pour stagiaires et doctorants 1ère et 2ème année, 20 min pour doctorants 3ème année).

Décembre 2021

06,07,08-12: Retraite scientifique
10-12: Soutenance de thèse de Sarah Djeddi ""
15-12: Soutenance de thèse de Thomas Weber "Nouvelles méthodes d’évaluation des variations génétiques via une approche bioinformatique : application aux maladies humaines." encadrée par Kirsley Chennen et dirigée par Olivier Poch
16-12: Fête de Noël

Novembre 2021

02-11 : (*) présentation du groupe A (A-M)
02-11 : Validation de la plateforme POEM par la vice-présidence de l'UNISTRA pour intégration à Moodle
02-11 : Dépôt des projets ANR HyQo (Pierre Collet : Hybrid Quantum Optimization, Sinusit, FAR2M), (Anne Jeannin : ALLIANCE), ...
09-11 : (*) Réunion des permanents
09-11 : Arrivée de Lucille Herbay en stage M2 Biologie Structurale Intégrative et Bioinformatique (encadrante : Julie Thompson / Hiba Khodji)
09-11 : Arrivée de Dorine Merlat en stage M2 Biologie Structurale Intégrative et Bioinformatique (encadrante : Odile Lecompte)
10-11 : Participation à la réunion pour préparer l'AMI Ateliers de la Donnée (ADLD), Julie Thompson
15-11 : Arrivée d'Appoline Dubois en stage 3ème année ESBS (encadrantes : Odile Lecompte / Christelle Rutz)
16-11 : (*) Journal Club
18-11 : Visite de sécurité de nos locaux
22-11 : Participation à l'Open Access Week de l'Université de Strasbourg, Julie Thompson
23-11 : (*) présentation du groupe B (N-Z)
29/30-11 : Participation au Centre de données astronomiques de Strasbourg(CDS) Scientific Council Meeting, Julie Thompson
30-11 : (*) Réunion des permanents

Octobre 2021

01-10 : Arrivée de Quentin Christoffel, doctorant ED MSII, directrice de thèse Aline Deruyver
01-10 : Acceptation de l'article dans ICCNA (International Conference on Complex Networks and their Applications) "Anomaly Detection for CyberSecurity Using Inductive Node Embedding with Convolutional Graph Neural Networks" Amani Abou-Rida, Rabih Amhaz et Pierre Parrend
04-10 : livraison du projet Cybergraph, logiciel d'analyse de cybersécurité par graphes (stage Unistra financé dans le cadre COVID)
05-10 : Deuxième réunion de préparation pour l'HCERES
05-10 : (*) présentation du groupe A (A-M).
08-10 : Réunion du projet SmartFlow (GAIA-Axe transerse IFUI)
12-10 : (*) Journal Club.
15-10 : Acceptation du projet GEODE (Genome Evolution of Decapods) ANR PRCI (Coordinatrice : O. Lecompte, collaboration avec le LOEWE Centre for Translational Biodiversity Genomics, Francfort)
15-10 : Meeting CSTB - Institut de Myologie Paris Projet Myo-XIA 80|Prime CNRS IA
15-10 : Validation de l'inscription en thèse de Tam'Sy Ley (co-direction Pierre Collet, Johannes Schachenmayer, ISIS) sur l'informatique quantique (titre : "Resource estimation for practical quantum computing")
19-10 : Inauguration du CRBS
19-10 : (*) présentation du groupe B (N-Z).
20 10 : Dépôt projet AI-ReFuel dans le cadre de l'appel à projets générique ANR 2022 (PRCE) : "Conception de commandes assistées par intelligence artificielle pour l'amélioration de l'autonomie et de la durée de vie des véhicules légers à pile à combustible en zone urbaine"
21-10 : Réunion d'axe transverse IFUI. Présentation 'Trusted AI for the cybersecurity of critical systems', Pierre Parrend
26-10 : Participation à la réunion du Comité de Pilotage, Science ouverte de l'Unistra (J. Thompson)
26-10 : Kick-off meeting Projet ANR CilRet-Pass Paris
27-10 : Présentation du papier 'VizNN: Visual Data Augmentation with Convolutional Neural Networks for Cybersecurity Investigation', par Pierre Parrend et Al. à UR-AI-2021, Upper-Rhine Artificial Intelligence Symposium 2021, Kaiserslautern.
28-10 : Lancement d'un Projet de stage 'AI for anomaly detection case of cracks on pavement images', par Rabih Amhaz avec l'UFAZ à Baku, Azerbaïdjan.

Septembre 2021

01-09 : Arrivée de Ali AYADI comme maître de conférences à l'Université de Strasbourg, IUT Robert Schuman
02-09 : Soutenance de la thèse d'Ulviya Abdulkarimova "SINUS-IT: an evolutionary approach to harmonic analysis" co-dirigée par Christian Rolando (Université de Lille, laboratoire MSAP) et Pierre Collet
07-09 : Arrivée de Nathalie Al Makdessi comme Enseignante Chercheuse à l'ECAM Strasbourg
07-09 : (*) présentation du groupe A (A-M).
14-09 : (*) Journal Club.
17-09 : Première réunion de préparation pour l'HCERES
20-09 : Publication de l'article : "Novel approach combining transcriptional and evolutionary signatures to identify new multiciliation genes" Authors: Audrey Defosset, Dorine Merlat, Laetitia Poidevin, Yannis Nevers, Arnaud Kress, Olivier Poch, Odile Lecompte, dans la revue: Genes (Basel)
20-09 : Kick off meeting du projet INSERM-ANR CIL-RET PASS
21-09 : Séminaire au CRBS : "La génétique clinique prend son envol" de David Cox invité par le CSTB.
21-09 : (*) présentation du groupe B (N-Z).
27-09 : Acceptation de l'article : "Spliceator: multi-species splice site prediction using convolutional neural networks" Authors: Nicolas Scalzitti; Arnaud Kress; Romain Orhand; Thomas Weber; Luc Moulinier; Anne Jeannin-Girardon; Pierre Collet; Olivier Poch; Julie Dawn Thompson dans la revue : BMC Bioinformatics
27-09 : Réunion FRANCE-COHORTE pour la définition des besoins dans le cadre du projet INSERM-ANR RaReTIA :a pilot Artificial Intelligence project for Rare Retinal Diseases
28-09 : (*) Réunion des permanents
29-09 : Soutenance de la thèse de Nicolas Scalzitti "Nouvelle stratégie d'annotation des génomes par l'utilisation d'algorithmes d'intelligence artificielle" co-dirigée par Julie Thompson et Pierre Collet
30-09 : Participation au International Challenge for CAGI (Critical Assessment of Genome Interpretation) sur la base de l'IA MISTIC, participation de Thomas Weber, Kirsley Chennen et Olivier Poch

Août 2021

02-08 : Participation d'Odile Lecompte au congrès Quest for Orthologs 2021 (Francfort)
17-08 : démonstration de CyberGraph, outil d'identification d'attaques de cybersécurité (stage William Boehler, encadrement Pierre Parrend)
24-08 : lancement du projet Sec&Graph pour l'analyse comportementale pour la cybersécurité avec Majed Jaber (Liban)
25-08 : bilan intermédiaire du projet SmartFlow (API IFUI). Validation des applications de suivi des capteurs IBat, supervision réseau (SmartNet) et impact environnemental
26-08 : soutenance de M2 de Julien Michel (encadrement Pierre Parrend)
31-08 : (*) (visioh.bbb.unistra.fr) Réunion des permanents.

juillet 2021

01-07 : arrivée de Dorine Merlat en stage volontaire M1 Biologie Structurale Intégrative et Bioinformatique (encadrante : Odile Lecompte)
01-07 : comité de suivi de thèse de Soumaya Sellaouti qui est en co-tutelle avec l’université de Tunis, encadrée par Aline Deruyver et Saber Naceur
01-07 : élection de Claudine Mayer au Comité National (CoNRS) section 20 (membre A2)
02-07 : BBQ de l'équipe au plan d'eau du Baggersee
06-07 : Participation de Thomas Weber et Nicolas Scalzitti à JOBIM 2021
16-07: démonstration de l'application Cyber-AI / Intelligence Artificielle pour la cybersécurité, stages de Christopher Gauger et Marie-Solène Saint Paul (EPITA)
26-07: acceptation du projet "RaReTIA : the French Rare Eye Diseases Database (FREDD) for Retinitis Pigmentosa phenotype/genotype research: a pilot Artificial Intelligence project" dans le cadre de l’appel à manifestations d’intérêt INSERM/ANR « Accélérer la recherche et l’innovation sur les Maladies Rares grâce aux bases de données ».
27-07: acceptation du papier "VizNN: Visual Data Augmentation with Convolutional Neural Networks for Cybersecurity Investigation", de Amélie Raymond, Baptiste Brument and Pierre Parrend, pour la Upper-Rhine Artificial Intelligence Symposium 2021.

juin 2021

01-06 : arrivée de Léonardo Nassabain (M1 SDSC) en stage (modélisation d'événements climatiques). Encadrement Pierre Collet
01-06 : arrivée de Clément Ligneul (L3 informatique) en stage (interface EASEA / GAIA). Encadrement Pierre Collet / Anne Jeannin-Girardon
01-06 : arrivée de Baptiste Rostalski (L3 informatique) en stage (étude de la conjecture de Syracuse). Encadrement Pierre Collet
01-06 : arrivée de Julien Duprat (L3 informatique) en stage (calcul quantique). Encadrement Pierre Collet
01-06 : arrivée de Léo Cheneau (L3 informatique) en stage (calcul quantique). Encadrement Pierre Collet
01-06 : arrivée de Saidanur Sideifzada (L3 informatique UFAZ) en stage (modélisation d'événements climatiques et de correspondance DXA-échographie pour l'évaluation de la masse musculaire). Encadrement Pierre Collet
01-06 : (*) (visioh.bbb.unistra.fr) présentation du groupe A (A-M).
03-06 : Validation de l'arrivée de Cécilia Zanni-Merk en tant que membre associée extérieure de l'équipe.
03-06 : Création d'un club d'informatique quantique à l'UFR Mathématique et Informatique.
04-06 : Comité de Suivi de Thèse de Corentin Meyer sur le projet MYO-xIA avec la participation du Dr. Jocelyn Laporte, Dr. Cecilia Zanni-Merk et Dr. Claudine Mayer.
11-06 : Présentation Luc Negroni; responsable de la plateforme protéomique IGBMC et stagiaire IFB dans l'équipe/plateforme BIGGEST-ICube
14-06 : Dépôt projet PLGG-PREV3-REPRO (gliomes pédiatriques) dans le cadre APPEL À PROJETS 2021 INSERM Recherche en Prévention : "Apport de la biologie" Recherche fondamentale et translationnelle
16-06 : Participation de Thomas Weber et Nicolas Scalzitti à la 12e édition de la conférence "Young Researchers in Life Sciences"
18-06 : Obtention d'une bourse de thèse ministère par Quentin Christoffel sur le sujet : "Réduction des incertitudes de modèles d’apprentissage automatique par introduction de connaissances" 20-06 : le passage en phase II du projet RaReTIA (dans le cadre ACCELERER LA RECHERCHE ET L’INNOVATION SUR LES MALADIES RARES GRACE AUX BASES DE DONNEES) et son audition en grand oral le 07/07/2021
24-06 : Comité de suivi de thèse de C Rutz (Co-direction : O Lecompte et K Theissinger)
30-06 : Arrivée de Soumaya Sellaouti à Strasbourg pour 4 mois encadrée par Aline Deruyver

mai 2021

04-05 : (*) (visioh.bbb.unistra.fr) présentation du groupe A (A-M).
04-05 : Séminaire invité de Vincent Liard, Université Lumière Lyon 2.
06-05 : Séminaire invité d'Alexandra Fronville, maître de conférence au LaTIM (Laboratoire de traitement de l'information médicale) à Brest, sur : "Des mathématiques à la Biologie De la morphogenèse au cancer comprendre le contrôle de la croissance par la matrice extra-cellulaire".
06-05 : Dépot Projet "Glioblastomes Pédiatriques à mutations BRAF v600e", Olivier Poch partenaire AAP Alsace Cancer.
11-05 : (*) (visioh.bbb.unistra.fr) Journal Club.
18-05 : (*) (visioh.bbb.unistra.fr) présentation du groupe B (N-Z).
21-05 : Réunion SmartFlow du projet d'axe transverse IFUI / plates-formes InetLab+GAIA
25-05 : 1ère réunion sur le sujet 'Cybersécurité, graphes et IA'
25-05 : (*) (visioh.bbb.unistra.fr) Réunion des permanents.
25-05 : Séminaire Luc Negroni, responsable plateforme protéomique IGBMC: "Du spectre de masse aux dataframes: force et faiblesse de l'analyse protéomique".
26-05 : Comité de Suivi de Thèse de Célia Enderlin sur le projet DeepFold avec la participation de la Dre Julie Thompson et du Pr Alexandre Ourjoumtsev.
31-05 : Arrivée de * Dorine Merlat stagiaire M1 SdV, Biologie structurale intégrative et bio-informatique, Université de Strasbourg (31/05 au 16/07/21), encadrante Odile Lecompte.

Avril 2021

01-04 : Article "Linard et al. Ten years of collaborative progress in the Quest for Orthologs" accepté pour publication dans Molecular Biology and Evolution
06-04 : (*) (visioh.bbb.unistra.fr) présentation du groupe A (A-M).
06-04 : Séminaire invité de Thomas Paris, Université de Lorraine, sur "Co-simulation process: Case study on NetLogo integration".
08-04 : Organisation d'un tutoriel sur l'optimisation quantique.
08/04 : arrivée de Luc Negroni, stagiaire DU BII, Université Paris-Diderot (08/04 au 31/05/21) encadrante Julie Thompson.
06-04 : Réunion projet EUCOR Quantum Machine Learning
13-04 : (*) Visioconférence (visioh.bbb.unistra.fr) Journal Club.
14-04 : arrivée de William Boehler, stagiaire M2 informatique, Sciences et ingénierie des réseaux, de l'internet et des systèmes, Université de Strasbourg (14/04 au 30/099/21), encadrant Pierre Parrend.
15-05 : Exposé « The rendezvous problem: the cost of breaking symmetry », séminaire de mathématiques discrètes, Karlsruher Institut für Technologie, donné par J.-S. Sereni.
19-04 : Participation de Thomas Weber et Nicolas Scalzitti aux "Journées du Campus d'Illkirch".
20-04 : Participation de Nicolas Scalzitti au Data Science and Artificial Intelligence workshop d'ICube.
20-04 : (*)Visioconférence (visioh.bbb.unistra.fr) présentation du groupe B (N-Z).
21-04 : Présentation d'un ePoster par Thomas Weber, Christelle Rutz et Nicolas Scalzitti aux Doctoral School Days 2021.
22-04 : Présentation d'un ePoster par Thomas Weber et Nicolas Scalzitti aux 8èmes journées de la Fédération de Médecine Translationnelle Strasbourg (FMTS).
22-04 : Dépot Projet "RaReTiA : Designing a novel French Rare Eye Diseases Database (FREDD) for phenotype- genotype research in the field of Retinitis Pigmentosa: RaReTiA a pilot artificial intelligence project." Olivier Poch partenaire ANR INVESTISSEMENTS D'AVENIR ACCÉLÉRER LA RECHERCHE ET L’INNOVATION SUR LES MALADIES RARES.
26-04 : Dépôt Projet GEODE (Genome Evolution of Decapods) ANR PRCI (Coordinatrice : O. Lecompte, collaboration avec le LOEWE Centre for Translational Biodiversity Genomics, Francfort)
27-04 : (*) (visioh.bbb.unistra.fr) Réunion des permanents.
27-04 : Nicolas Scalzitti a obtenu le prix de la meilleure présentation lors de l'édition 2021 des Journées du Campus d'Illkirch qui s'est déroulée le lundi 19 avril pour sa communication orale sur: New strategies for genome annotation using deep learning algorithm.
27-04 : Nicolas Scalzitti a obtenu le second prix pour son poster "A new strategy for genome annotation using a deep learning algorithm" aux journées de l'Ecole Doctorale 21-22 avril 2021 (Strasbourg, France).
28-04 : Présentation d'un ePoster par Thomas Weber et Nicolas Scalzitti à 'IGBMC-FMI Graduate Student 2021 Symposium'.
28-04 : Article "Djeddi S. et al. Multi-omics comparisons of different forms of centronuclear myopathies and the effects of several therapeutic strategies", accepté pour publication dans le journal Molecular Therapy.
29-04 : (*) Session "jeun's" (visioh.bbb.unistra.fr) Présentation de Thomas Weber travaux thèse, Ursula Houessou et Julien Michel travaux stage.
30-04 : Article " Entz-Werlé et al. A DNA Repair and Cell-Cycle Gene Expression Signature in Pediatric High-Grade Gliomas: Prognostic and Therapeutic Value" accepté pour publication dans le journal Cancers.

Mars 2021

01-03 : Arrivée de 3 stagiaires, Dorine Merlat et Nicolas Haas, stagiaires M1 SdV, BSIB (01/03 au 16/04/21), encadrante Odile Lecompte. Lucille Herbay, Stagiaire M1 SdV, BSIB (01/03 au 16/04/21) encadrante Julie Thompson.
02-03 : (*)Visioconférence (visio.listislab.fr) présentation du groupe A (A-M).
08/12-03 : Colloque en ligne « Entropy Compression and Related Methods », organisé par R. J. Kang & J.-S. Sereni dans le cadre du réseau « A Sparse (Graphs) Coalition ».
09-03 : (*)Visioconférence (visio.listislab.fr) Journal Club.
15-03 : Arrive de Raed Alwan, stagiaire M2 maths et applis parcours maths de l'info, cryptographie, Université de Rennes (15-03 au 15/09/21), encadrant Rabih Amhaz.
16-03 : (*)Visioconférence (visio.listislab.fr) présentation du groupe B (N-Z).
19-03 : Projet CIL-RET PASS, lauréat de l'AAP Maladies Rares 2020 dans le cadre du programme d'Investissement d'Avenir. Olivier Poch, partenaire du projet.
23-03 : (*) Réunion des permanents (visioh.bbb.unistra.fr) et séminaire de Ali Ayadi
26-03 : (*) Session "jeun's" (visioh.bbb.unistra.fr) Présentation de Christelle Rutz travaux thèse, Sélim Turan et Dorine Merlat travaux stage.
26-03 : Discussion avec laa société QuantFi pour transférer une thèse CIFRE du LRI à ICUBE

Février 2021

01-02 : Laetitia Poidevin, est candidate pour être la représentante du personnel ICube aux réunions CLHSCT « commission hygiène et sécurité et conditions de travail » du CRBS.
02-02 : (*)Visioconférence (visio.listislab.fr) présentation du groupe A (A-M).
09-02 : (*)Visioconférence (visio.listislab.fr) Journal Club.
15-02 : Arrivée de Quentin Christoffel, stagiaire M2 informatique, sciences des données et systèmes complexes (15/02 au 30/07/21), encadrante Anne Jeannin.
16-02 : (*)Visioconférence (visio.listislab.fr) présentation du groupe B (N-Z).
22/26-02 : Participation (J.-S. Sereni) au colloque en ligne « Generalized coloring numbers and friends », organisé dans le cadre du réseau « A Sparse (Graphs) Coalition ».
22-02 : Arrivée de Julien Michel, stagiaire M2 informatique, sciences des données et systèmes complexes (22/02 au 30/07/21), encadrant Pierre Parrend.
23-02 : (*)Visioconférence (visio.bbb.unistra.fr) Réunion des permanents.
25-02 : (*) Session "jeun's" (visioh.bbb.unistra.fr) Présentation en anglais d'Arnaud Buzon, de Célia Enderlin et Nicolas Scalzitti sur leur sujet de thèse, résultats et papiers obtenus/réalisés.
26-02 : Présentation/cours d'Olivier Poch dans le cadre du double cursus Médecine-Sciences sur : Nouvelles technologies : L’avenir de la bioinformatique en médecine.

Janvier 2021

04-01 : Arrivée de Selim Turan, stagiaire M2, SdV BSIB (04/01-28/05/21), encadrant Olivier Poch.
04/08-01 : Participation de Célia Enderlin, Corentin Meyer et Romain Ohrand à la online Winter School AI 4 Health, organisée par le Health Data Hub et les Instituts interdisciplinaires d'IA de Paris, Nice et Grenoble.
05-01 : (*)Visioconférence (visio.listislab.fr) présentation du groupe A (A-M).
12-01 : (*)Visioconférence (visio.listislab.fr) Journal Club.
19-01 : (*)Visioconférence (visio.listislab.fr) présentation du groupe B (N-Z).
20-01 : Article accepted in Biosystems Journal, Thompson et al. Potential role of the X circular code in the regulation of gene expression.
21-01 : Kickoff meeting de l'ITI HealthTech
26-01 : (*)Visioconférence (visio.listislab.fr) Réunion des permanents.
26-01 : Arrivée de Ursula Houessou, stagiaire M2, ESBS (26/01-26/06/21), co-encadrement Julie Thompson, ICube et Amelie Piton, IGBMC.
27-01 : Arrivée de Lalla-Aicha Koné, doctorante mauritanienne de l'Université de Nouakchott en co-direction avec Pierre Collet 28-01 : (*) Session "Jeun's", (visio.listislab.fr) présentation d'Amani Abou Rida et Corentin Meyer sur leurs projets de thèse et les travaux réalisés.

Decembre 2020

01-12 : dépôt de 2 projets ANR, en tant que partenaires (ThermoMag avec la société Ubiblue, Sparked "System of Professional Act and Reflexive Knowledge editing" porté par l'ESPE)
01-12 : dépôt du projet ANR Sinus-It, en tant que porteur
01-12 : dépôt du projet ANR PRCI Geode, en tant que porteur
01-12 : dépôt du projet ANR PRCE "From Cep3 to GAL4, characterization of CeGAL family members as new antifungal targets" avec Novalix
01-12: dépôt du projet ANR Correau
01-12 : soutenance HDR de Salma Mesmoudi sur "Résolution de problèmes et intégration de données multi-échelle et multi-source : approche géométrique et dynamiques complexes", Pierre Collet garant scientifique.
07-12/12 : Participation de Célia Enderlin à la online conference on Thirty-fourth Neural Information Processing Systems, USA.
08-12 : (*)Visioconférence (visio.listislab.fr) Journal Club.
11-12 : Soutenance de thèse de Martin Starman sur "Codes circulaires dans l'évolution du code génétique", Directeur de thèse Christian Michel.
15-12 : (*)Visioconférence (visio.listislab.fr) Fête de Noël.
18-12 : Financement du projet EquipEx+ "Investissements d'Avenir / Equipements Structurants pour la Recherche " : aQCess "Atomic Quantum Computing as a Service", porté par Unistra
24-12 : Avancement de Luc Moulinier au grade d'ingénieur de recherche 1ère classe.

Novembre 2020

01-11: Arrivée d'Hiba Khodji, doctorante ED MSII, co-directeurs de thèse Pierre Collet, Julie Thompson.
02-11: Arrivée de Lalla Aicha Koné, doctorante ED MSII, directeur Pierre Collet en cotutelle avec l'Université de Mauritanie Al Aasria (codirecteur Ahmedou Haouba).
02-11: Arrivée d'Ahmed Abdi Sidi Ahmed, doctorant ED MSII, directeur Pierre Parrend en cotutelle avec l'Université de Mauritanie Al Aasria (codirecteur Mohamed Salihi).
03-11: (*)Visioconférence (visio.listislab.fr) présentation du groupe A (A-M).
09-11: début du stage de Selim Turan, stagiaire M2, SdV BSIB (09/11-04/12/20), encadrant Olivier Poch.
09-11: début du stage de Lucien Hoffbech, stagiaire M2, SdV BSIB (09/11-04/12/20), encadrante Julie Thompson.
10-11: (*)Visioconférence (visio.listislab.fr) Journal Club.
12-11: soutenance de thèse (Visioconférence) de Gopal Dila sur "motifs de codes circulaires dans les gènes codant les protéines et les ARN ribosomaux" sous la direction de Christian Michel,
17-11: (*)Visioconférence (visio.listislab.fr) présentation du groupe B (N-Z).
18-11: Présentation de Célia Enderlin au workshop AI for Healthcare ICube-IHU sur : DeepFold : deep learning for protein fold recognition.
20-11: Publication de l'article 'Defosset et al. Proteome-scale detection of differential conservation patterns at protein and sub-protein levels with BLUR. Genome Biol Evol. 2020'.
20-11: Publication de l'article 'Meyer et al. Understanding the causes of errors in eukaryotic protein-coding gene prediction: a case study of primate proteomes.BMC Bioinformatics. 2020'.
24-11: (*)Visioconférence (visio.listislab.fr) Réunion des permanents.
26-11: Dépôt de trois Appels à projet Maladies Rares INSERM en partenariat avec l'IGBMC et le laboratoire de génétique médicale de Strasbourg.

Octobre 2020

01-10 : arrivée de 4 doctorants :

  • Célia Enderlin ED SdV, co-directeurs de thèse Olivier Poch, Claudine Mayer.
  • Corentin Meyer ED SdV, co-directeurs de thèse Olivier Poch, Pierre Collet.
  • Amani Abou Rida ED MSII co-directeurs de thèse Pierre Parrend, Aline Deruyver.
  • Christelle Rutz ED SdV, co-directeurs de thèse Odile Lecompte, Kathrin Theissinger.

05-10 : arrivée d'Arnaud Buzon, stagiaire M2 Biotechnologies et Ingénierie Moléculaire, Université Nancy, encadrante Claudine Mayer.
02-10 : Déménagement des membres du CSTB dans les nouveaux locaux du Centre de Recherche en Biomédecine de Strasbourg (CRBS).
06-10 : (*) Réunion groupe A (A-M)
13-10 : (*) Journal Club.
20-10 : (*) Réunion groupe B (N-Z)
27:10 : (*) Réunion des permanents

Septembre 2020

03-09 : Visio projet ELIXIR RAinRARE
03-09 : Réunion référents déménagements CRBS
08-09 : (*) Réunion des permanents.
11-09 : soutenance de thèse d'Audrey Defosset sur : "Etude évolutive multi-niveaux des gènes de la multiciliation chez les Métazoaires" sous la direction d'Odile Lecompte et Olivier Poch.
11-09 : soutenance de thèse de Yesmina Jaafra sur : "Méta-Apprentissage par Renforcement pour le Contrôle Adaptatif" sous la direction d'Aline Deruyver et Saber Naceur.
15-09 : soutenance de thèse Carlos Bermejo Das Neves sur : "Modex: probabilistic semantic network approach for the study of genotypephenotype relations in the context of human genetic diseases" sous la direction de Julie Thompson et Olivier Poch.
22-09: réunion groupe A (A-M)
29-09: réunion groupe B (N-Z)

Août 2020

31-08/02-09 : Participation de Kirsley Chennen à la formation de l'Institut Français de Bioinformatique sur les principes FAIR appliqués à la bioinformatique, Paris
25-08 : Publication "Characterization of accessory genes in coronavirus genomes." Michel CJ, Mayer C, Poch O, Thompson JD. Virol J. 2020 Aug 27;17(1):131. doi: 10.1186/s12985-020-01402-1.

Juillet 2020

30-06/03-07 : participation de Laetitia Poidevin aux journées ouvertes de biologie informatique et mathématiques (JOBIM 2020) Visioconférence Montpellier.
01-07 : arrivée de Loup Petit, stagiaire M1 ESBS en télétravail (01/07 au 28/08/20) encadrante Julie Thompson.
02-07 : soutenance mi-thèse Nicolas Scalzitti.
07-07 : workshop AICS (Artificiel Intelligence and Complex Systems) organisé par Pierre Parrend.
09-07 : (*) En présentiel et visioconférence (visio.listislab.fr) Présentation Groupe B (N-Z).
8/12-07 : Participation d'Anna Leonteva et Romain Orhand à la Genetic and Evolutionary Computation Conférence, Visioconférence Cancun.
10-07 : Christelle Rutz a obtenu la bourse de thèse de l'école doctorale vie et santé.

Juin 2020

02-06 : (*) Visioconférence (visio.listislab.fr) Présentation Groupe A (A-M).
03-06 : début du stage de Quentin Christoffel, stagiaire M1 informatique, sciences des données et des systèmes complexes (03/06-31/07/20), encadrante Anne Jeannin.
09-06 : (*) Visioconférence (visio.listislab.fr) Journal Club.
11-06 : Amani Abou Rida, Célia Enderlin et Hiba Khodji ont obtenu la bourse doctorale au concours de recrutement du programme ArtIC.
12-06 : début du stage de Louis Bodot étudiant 3e année (E.N.S. Ulm) (12/06-07/08/20), encadrants Jean-Sébastien Sereni.
12-06 : début du stage de Baptiste Mouillon étudiant 3e année (E.N.S. Ulm) (12/06-07/08/20), encadrants Christian Michel & Jean-Sébastien Sereni.
15-06 : début du stage de Lucien Hoffbeck, stagiaire M1, SdV (15-06/31/07/20), encadrante Odile Lecompte.
16-06 : (*) Visioconférence (visio.listislab.fr) Présentation Groupe B (N-Z).
19-06 : soutenance mi-thèse Romain Orhand.
23-06 : soutenance mi-thèse Anna Leonteva.
23-06 : soutenance mi-thèse Thomas Weber.
23-06 : (*) Visioconférence (visio.listislab.fr) Réunion des permanents.
24-06 : Participation d'Olivier Poch au colloque/visioconférence organisé par la fondation des maladies rares sur : "Enjeux et Défis de la Recherche dans les maladies rares. Comprendre pour développer des traitements​".
29-06 : arrivée d'Ursula Houessou, stagiaire M1 ESBS (29/06 au 31/07/20) encadrante Julie Thompson.
30-06 : (*) Visioconférence (visio.listislab.fr) Présentation Groupe A (A-M).

Mai 2020

05-05 : (*) Visioconférence (visio.listislab.fr) Présentation Groupe A (A-M).
12-05 : (*) Visioconférence (visio.listislab.fr)Journal Club.
13-05 : Chapitre de livre "Orthology: promises and challenges" accepté pour publication (Y Nevers, A Defosset, O Lecompte)
18-05 : début du stage de Vincent Sifferlen,stagiaire M2 ingénieur généraliste ECAM, encadrant Pierre Parrend.
18-05 : début du stage d'Alexandre Roux, stagiare M2 ingénieur généraliste ECAM, encadrant, Pierre Parrend.
19-05 : (*) Visioconférence (visio.listislab.fr) Présentation Groupe N (N-Z).
26-05 : (*) Visioconférence (visio.listislab.fr) Réunion des permanents.
29-05 : Préparation dossier EquipEx aQCess (Atomic Quantum Computing as a Service)

Avril 2020

-Projet COVID-19 et projets associés, courant Avril:<br />
             - Collaboration N. Entz (Strasbourg): Etude infection SARS-COV2 dans une cohorte pédiatrique alsacienne → Re-Dépôt ANR/ARC/Armée... en Avril<br />
             - Collaboration J.E. Mejia (Toulouse): Adaptation SARS-COV2 à la souris  → Début des analyses séq/structure → Ecriture Projet en cours<br />
             - Collaboration C. ISEL-GRIFFITHS (Paris): Création base de données sur Réassortiment/Evolution des génomes viraux; cas test: Influenza<br />
             - Collaboration A. Laprie (Strasbourg): Fédération/FAIRification bases de connaissances en cancérologie → En attente<br />

-07/04 : (*) Visioconférence (visio.listislab.fr) Présentation Groupe A (A-M).
-14/04 : (*) Visioconférence (visio.listislab.fr)Journal Club.
-15-17/04 : Présentation d'un poster par Dila Gopal sur "Circular code and the genetic code" au 48th European Mathematical Genetics Meeting 2020, Lausanne. Vidéo-conference organisée par l'Université de Lausanne.
-20/04 : début du stage (télétravail) de Mireille Akouvi Degue, stagiaire M2 systèmes intelligents et multimedias, IFI, Université Nationale Vietnam, encadrant, Rabih Amhaz
-20/04 : Acceptation de la publication "The Quest for Orthologs benchmark service and consensus calls in 2020" dans la revue Nucleic Acids Research
-21/04 : (*) Visioconférence (visio.listislab.fr) Présentation Groupe N (N-Z).
-28/04 : (*) Visioconférence (visio.listislab.fr) Réunion des permanents.
-30/04 : Visioconférence (13h45 - 16h15) journée “visite" des étudiants de L3 Math-Info. Présentation des travaux de l'équipe par Pierre Collet en vue des inscriptions au Master SDSC.

Mars 2020

-02-04/03 : Visite de M. Teegen (Univ. Hambourg, Allemagne) au CSTB.
-02/03 : arrivée de Clémence Langbour, stagiaire M1, SdV biologie Structurale intégrative et bio-informatique, encadrante, Claudine Mayer.
-02/03 : arrivée d'Augusta Rayard, stagiaire M1, SdV biologie Structurale intégrative et bio-informatique, encadrante, Julie Thompson.
-02/03 : arrivée de Lucien Hoffbeck, stagiaire M1, SdV biologie Structurale intégrative et bio-informatique, encadrantes, Odile Lecompte et Laetitia Poidevin.
-02/03 : arrivée de Hiba Khodji, stagiaire M2, M2SI Institut National Statistique et Economie Appliqué, Rabat, Maroc, encadrante, Anne Jeannin.
-03/03 : (*)Réunion des permanents.
-05/03 : Présentation de l'avancée des travaux et des résultats obtenus par les stagiaires, Corentin Meyer, Christelle Rutz, Célia Enderlin, dans le cadre de leur sage de fin d'étude M2.
-10/03 : (*) Présentation Groupe A (A-M).
-13/03 : Visite du Dr K. Theissinger, de C Francesconi et de L. Boštjančić (Univ. Coblence-Landau, Allemagne) pour une réunion de travail sur le projet Astacus (avec O. Lecompte et L. Poidevin)
-21/03 : Article de G Dila et al. 'Optimality of circular codes versus the genetic code after frameshift errors' publié dans Biosystems.
-24/03 : (*) Visioconférence (visio.listislab.fr) Présentation Groupe N (N-Z).
-28/03 : Article de N Scalzitti et al. 'A benchmark study of ab initio gene prediction methods in diverse eukaryotic organisms' publié dans BMC Genomics.
-30/03 : Soumission du pré-projet CrayProTec à l'appel ERA-NET ICRAD (International Coordination of Research on infectious Animal Diseases).
-31/03 : (*) Visioconférence (visio.listislab.fr) Réunion des permanents.

Février 2020

-04/02 : (*)Réunion des permanents.
-05/02 : Visite de R. Diestel (Univ. Hambourg, Allemagne) à CSTB.
-07/02 : Visite de R. Diestel (Univ. Hambourg, Allemagne) à CSTB.
-07/02 : Projet "MYO-xIA: IA explicable pour la classification intégrée et la prédiction des myopathies congénitales" de Pierre Collet lauréat de l'appel à projet CNRS 80/Prime 2020.
-07/02 : Intervention de Anne Jeannin-Girardon à la table ronde "Intelligence Artificielle et Démocratie" dans le cadre du Jardin des Sciences (Bischwiller)
-10/02 : validation du projet EUCOR Quamtum Machine Learning (seed money) avec Shannon Whitlock (UNISTRA), Karlsruhe Institute of Technology, University of Basel
-10/02 : Démarrage de la thèse de Nuraddin Sadili, (direction Pierre Collet, co-direction Cécilia Zanni-Merk, co-encadrement Anne Jeannin-Girardon)
-11/02 : (*)Présentation groupe A (A-M).
-16-21/02 : Déplacement de Jean-Sébastien Sereni à l'Université Libre de Bruxelles, chez G. Joret, dans le cadre du partenariat Hubert Curien Tournesol.
-19/02 : Séminaire « Around the Petersen colouring conjecture », Université Libre de Bruxelles, J.-S. Sereni.
-18/02 : (*)Journal Club.
-25/02 : (*)Présentation groupe B (N-Z).

Janvier 2020

-06/01 : arrivée de Christelle Rutz, stagiaire M2 SdV biologie Structurale intégrative et bio-informatique, encadrante Odile Lecompte.
-06/01: arrivée de Célia Enderlin, stagiaire M2 SdV biologie Structurale intégrative et bio-informatique, encadrante Claudine Mayer.
-13/01 : arrivée de Corentin Meyer, stagiaire M2 ESBS Biotechnologies: biotechnologie et analyse haut débit, encadrante Julie Thompson.
-14/01 : (*) Réunion du groupe A (A-M) suivi de la galette des rois.
-19-25/01 : Participation de Nicolas Scalzitti et Pierre Collet à l'EC Rochebrune sur les systèmes complexes naturels et artiticiels, Megève.
-19-25/01 : Romain Ohrand, co-organisateur de l'EC Rochebrune sur les systèmes complexes naturels et artiticiels, Megève.
-27/01 : Présentation d'Audrey Defosset sur: "Multi-level phytogenetic profiling with BLUR" lors de la rencontre Bioinformatique de Strasbourg. Participation de Julie Thompson, Luc Moulinier, Arnaud Kress.
-21/01 : (*) Journal Club.
-27/01 : Kickoff Meeting du projet de séquençage du génome de l'écrevisse noble à Landau. Participantes : Odile Lecompte et Christelle Rutz
-28/01 : (*) Réunion du groupe B (N-Z).
-31/03 : Début session 2020 des présentations doctorants et stagiaires. Nicolas Scalzitti, doctorant sur : A benchmark study of ab initio gene prediction methods in diverse eukaryotic organisms.

Décembre 2019

-03/12 : (*) Réunion des permanents.
-04/12 :Séminaire invité, Dr. Youri Timsit, Directeur de recherche à l'Institut Méditerranéen d'Océanologie de Marseille, sur : "Du concept de nano-machines à l'idée de nano-cerveaux : réseaux protéiques et flux d'information dans les ribosomes" .
-16-19/12: Présentation de Yesmina Jaafra à la 18e IEEE conférence à Boca Raton, USA.
-17/12 : (*) Journal Club.
-19/12 : Fête de Noël de l'équipe.

Novembre 2019

-04/11 : Soutenance de thèse de François Pirot, co-encadré par R. J. Kang & J.-S. Sereni.
-04-05/11 : colloque Structure, Sparsity and Randomness à Nimègue (Pays-Bas), co-organisé par R. J. Kang & J.-S. Sereni.
-05/11 : (*) Réunion des permanents.
-07/11 : Présentations de quatre membres de l'équipe dans le cadre du Data Science and Artificial Intelligence Workshop d'ICube.
Anne Jeannin sur "Transfer Learning: review and recent advances", Romain Ohrand sur "Towards autonomy and explainability in Artificial Intelligence", Thomas Weber sur "RADMEL: An ensemble predictor to reveal disease-relevant missense variants with low degree of uncertainty", Claudine Mayer sur "Deep learning for protein fold recognition".
-12/11 : (*) Présentation groupe A (A-M).
-12/11: arrivée de Clément Chevalier, stagiaire M2 SdV biologie structurale ingérativ et bio-informatique, encadrante Claudine Mayer.
-12/11: arrivée de Manh Dung Do, stagiaire M2 SdV biologie structurale ingérativ et bio-informatique, encadrante Julie Thompson.
-11-15/11 : visite de J. Pekárek (Univ. Charles, Prague, République tchèque) dans le cadre du L.I.A. STRUCO.
-19/11 : (*)Journal Club.
-26/11: (*) Présentation groupe B (N-Z).
-26/11 : Nomination de Laetitia Poidevin dans le grade des Ingénieurs d'étude hors classe.
-27/11 : Participation de Julie Thompson, Olivier Poch et Kirsley Chennen à l'assemblée générale de l'Institut Français de Bioinformatique à Paris.
-28/11 : Participation d'Olivier Poch et Kirsley Chennen à la journée ELIXIR France à Paris.
-28/11 : Retour d'Arnaud Kress suite à la visite des locaux du CRBS : beaucoup reste à faire, pas de date fixée pour le déménagement de l'équipe.
-29/11 : Présentations des doctorants : Anna Leonteva, Sarah Djeddi de l'IGBMC (co-direction Julie Thompson et Jocelyn Laporte de l'IGBMC).

octobre 2019

-01/10 : Revue de mi-projets AVIA / PECOC avec BioValley France.
-01-04/10 : Participation d'Audrey Defosset au congrès Recomb Comparative Genomics 2019 à Montpellier. Présentation d'un poster.
-08/10 : (*) Réunion des permanents.
-08/10 : Séminaire de Rabih Amhaz, présentation de ses sujets de recherche au sein du CSTB.
-14/10 : Visite Idriss Aberkane et présentation par Nicolas Scalzitti aux collaborateurs suisses dans le cadre du projet de perceptron sur l'annotation des génomes.
-15/10 : (*) Présentation groupe A (A-M).
-15/10 : Arrivée d'Anastasia Villien, M2 SYNVA apprentissage, SFC-ESPE, co-encadrants : Pierre Collet et Anne Jeannin-Girardon.
-22/10 : (*) Journal Club.
-24/10 : Bureau CRBS: point sur les retards bâtiment.
-29-30/10: Participation d'Anna Ouskova Leonteva, Pierre Collet et Pierre Parrend à l'Artiticial Evolution Conference EA2019 à Mulhouse. Manuscrit accepté :Fast evolutionary algorithm for solving large-scale multi-objective problems. A.Ouskova-Leonteva, P.Parrend, A.Jeannin-Girardon, P.Collet.
-31/10 : Présentation des doctorants : Romain Orhand et Thomas Weber.

septembre 2019

-02/09 : arrivée de Rabih Amhaz, Enseignant chercheur ECAM Strasbourg.
-03/09 : Brainstorming CSTB "systèmes complexes" présentation de Pierre Collet.
-05/09 : arrivée d'Igor E Silva Peretta, chercheur post-doctoral.
-06/09 : Publication de l'article 'Dila et al. Circular code motifs in the ribosome: a missing link in the evolution of translation?' dans le journal RNA.
-10/09 : (*) Réunion de rentrée des permanents.
-12-13/09: Présentation d'Anna Leonteva sur : "Fast evolutionary algorithm for multi-objective industrial problems" à l'International workshop on stochastic local serach algorithms à Lille.
-17/09 : (*) Présentation groupe A (A/M).
-19/09 : Participation d'Olivier Poch aux Biotech Day de l'ESBS, Présentation/poster à l'attention des entreprises.
-20/09 : Séminaire invité de David Bouyssié, Bioinformaticien, IPBS Toulouse, sur : "MS-based label-free quantification: concepts, algorithms and challenges".
-23-25/09 : Présentation d'Odile Lecompte sur :"OrthoInspector 3.0: an integrative resource to explore gene evolution" au 23rd Evolutionary biology meeting à Marseille.
-24/09 : (*) Présentation groupe B (N/Z).
-30/09 : Présentation par Pierre Collet des travaux de l'équipe en IA explicable, éthique et autonome au Dr. Thibault de Ravel d’Esclapon, Maître de Conférence en droit impliqué en droit et IA.
-30/09 : Dépôt avec Shannon Whitlock (Laboratoire de Matière Quantique Exotique) d'un projet Eucor Seed Money "Quantum Machine Learning" avec KIT et Bâle.

août 2019

-02-03/08 : Pierre Collet invited speaker à la conférence 2nd International Meeting on Quantum Mechanics and Applications Chicago.
-25-28/08 : Visite de G. Joret (Université Libre de Bruxelles).
-25-31/08 : Visite de W. Cames van Batenburg (Université Libre de Bruxelles).

juillet 2019

-01-02/07 : Ecole d'été Practical Bioinformatics pour les doctorants Vie et Santé (Responsable : O. Lecompte).
-01-04/07 : visite d'Ismaila Diouf, Maître de Conférences à l'université Cheikh Anta Diop de Dakar et Président de la Société de la Science des Systèmes Complexes du Sénégal, invité par Pierre Collet.
-01-05/07 : Présentation poster de Romain Orhand à la conférence PFIA 2019 à Toulouse.
-01-06/07 : Visite de Zelealem B. Yilma, Carnegie Mellon University Qatar. Collaboration Jean-Sebastien Sereni.
-03/07 : Séminaire CSTB sur l'intelligence artificielle/Deep learning. Présentation des travaux réalisés et perspectives.
-04/07 : Séminaire de mathématiques discrètes : Around the Petersen colouring conjecture, Karlsruhe Institute of Technology, J.-S. Sereni.
-05/07 : Soutenance mi-thèse, Ulviya Abdulkarimova, co-directeur de thèse, Pierre Collet.
-08/07 : Arrivée de Célia Enderlin, stagiaire M1/BSIB SdV, encadrant Yannis Nevers.
-08/07 : Participation de J.-S. Sereni au jury de thèse de Théo Pierron en tant que rapporteur, LaBRI, Bordeaux.
-08/07 : Intégration de Rabih Amhaz, en qualité de chercheur associé.
-09/07 : Matinée CSTB "DATA". Présentations de : Pierre Parrend, Arnaud Kress, Laetitia Poidevin, Luc Moulinier, Kirsley Chennen, Thowas Weber, Nicolas Scalzitti, Anne Jeannin.
-10/07 : Séminaire "Graphes et Optimisation" : Around the Petersen colouring conjecture, LaBRI, Bordeaux, J.-S. Sereni.
-17/07 : Séminaire invité, Pr. Eric Westhof, IBMC, Université de Strasbourg sur : "code circulaire dans les génomes", invité par Julie Thompson.
-21-26/07 : Participation de Romain Orhand à la 3rd International Summer School on Deep Learning à Varsovie.
-27/07-02/08 : Odile Lecompte, conférencière invitée à la 67th NIBB Conference/6th Quest for Orthologs Meeting, Okazaki, Japon.
-27/07-02/08 : Participation de Yannis Nevers à la 67th NIBB Conference/6th Quest for Orthologs Meeting, Okazaki, Japon.

juin 2019

- 01/06 : Projet IDEX attractivité UNISTRA (Investissement d'Avenir) attribué à Odile Lecompte sur "Génomique comparative multi-niveaux", durée 24 mois.
- 03/06 : arrivée d'Amadou Oury Bah, stagiaire M1 informatique : Sciences de données et systèmes complexes, encadrante Anne Jeannin.
- 03/06 : arrivée d'Amarin Hutt, stagiaire M1 informatique : Sciences de données et systèmes complexes, encadrante Anne Jeannin.
- 03-07/06 : Présentation de Christian Michel à la 6th International Conference in Code Biology, Friedrichsdorf, Allemagne.
- 06/06 : (*) Présentation du groupe A (A-M).
- 9-15/06 : Présentation de Yesmina Jaafra à la 36th annual conference ICML, Long Beach, CA, USA.
- 11-12/06 : Installation d'une machine PARSEC de 180TFlops à l'INSA de Rouen par Anne Jeannin et Pierre Collet
- 13/06 : (*) Journal Club.
- 14/06 : soutenance mi-thèse de Gopal Dila, directeur de thèse, Christian Michel.
- 17/06 : arrivée de Rémi Trimbour, stagiaire double cursus Médecine Sciences, encadrante Julie Thompson.
- 18/06 : Soutenance de thèse de Fabio Guigou sur "The Artificial Immune Ecosystem: a scalable immune-inspired active classifier", Directeur de thèse, Pierre Collet.
- 18/06 : Séminaire avec Me Cécile Doutriaux sur le Droit et l'IA
- 19/06 : Barbecue du CSTB.
- 19/06 : soutenance mi-thèse de Martin Starman, Co-Directeur de thèse, Christian Michel.
- 19-30/06 : Visite de Zelealem B. Yilma, Carnegie Mellon University Qatar, invité par Jean-Sébastien Sereni.
- 21/06 : Cérémonie des remises de Prix de thèse de l'Université. Y. Nevers lauréat du prix de la commission Recherche.
- 25/06 : soutenance mi-thèse Andrey Defosset, directrice de thèse, Odile Lecompte.
- 27/06 : présentation de Kirsley Chennen "An ensemble approach to predict disease-relevant missense variants with low degree of uncertainty" à l'Ecole d'été LabEX Transplantex du 26 au 28 juin à Strasbourg.
- 27/06 : Présentation d'Olivier Poch sur OMICs and Big Data exploitation in rare genetics diseases: Application to ciliopathies" à l'Ecole d'été LabEX Transplantex du 26 au 28 juin à Strasbourg.
- 27/06 : Participation de Julie Thompson à la journée '360 POSSIBLES - Innovons ensemble dans le Grand Est'.
- 26/06 : Mise en ligne du MOOC FUN Vers une planète apprenante de François Taddei, intervenant, Pierre Collet sur la plateforme POEM.
- 24-28/06 : Installation d'une machine PARSEC de 200 TFlops à l'Université de Nouakchott Al Aasriya par Anne Jeannin et Pierre Collet

mai 2019

- 05-07/05 : participation de Pierre Collet et présentation d'Olivier Poch au kick-off meeting et à la conférence d'ouverture "Lifetime" à Berlin. Le projet LifeTime porté par le CNRS pour la France a été sélectionné comme candidat possible au projet européen H2020 FET Flagshipde.
- 07/05 : (*) Présentation du groupe A (A-M).
- 09/05 : Séminaire de Fabrice Bray et Christian Rolando de l'Université de Lille sur : "Protéomics analysis of bones from the scladina site" dans le cadre d'un projet de collaboration.
- 13/03 : arrivée de Quentin Christoffel, stagiaire L3 informatique, encadrant Pierre Collet.
- 13/05 : le projet de recherche "Génomique comparative multi-niveaux" déposé par Odile Lecompte dans le cadre de l'appel à projet Idex 2019 attractivité a obtenu un financement de l'UNISTRA pour une durée de 24 mois.
- 14/05 : (*) Journal Club.
- 14/05 : Kick-off meeting du projet RAinRARE avec les partenaires canadiens, suisses et français (Olivier Poch et Wojciech Krezel) à l'IGBMC, Illkirch.
- 15-17/05 : Colloque « Graph theory and sparse structures » à IRIF (Paris), co-organisé par J.-S. Sereni.
- 16/05 : Participation de J.-S. Sereni au jury d'H.D.R. de Pierre Charbit (IRIF, Paris).
- 20/05 : arrivée de François Gaillot, stagiaire L3 SdV Biologie Moléculaire et Cellulaire, encadrante Julie Thompson.
- 20-25/05 : Visite de R. Škrekovski (Univ. Ljubljana), invité par Jean-Sébastien Sereni.
- 21/05 : (*) Présentation du groupe B (N-Z).
- 23/05 : Présentation d'Odile Lecompte à la journée scientifique de l'Unité Génétique Moléculaire, Génomique, Microbiologie (GMGM)
- 28/05 : (*) Réunion des permanents.
- 31/05 : Minisymposium: Quantum Approaches on Computing; Organisateur Pierre Collet; Petit Amphithéâtre de Mathématiques (PAM), UFR Math-Info

avril 2019

- 01-04/04 : Visite de Jake Cooper (Univ. Brno).
- 02/04 : Prix de thèse 2018 de l'Université de Strasbourg décerné à Yannis Nevers.
- 04/04 : (*) Présentation du groupe A (A-M).
- 04/04 : séminaire de Kirsley Chennen sur "From variant analysis to integrate multi-level analysis in rare diseases" au Centre de recherche d'immunologie et d'hématologie de Strasbourg.
- 08/04 : arrivée d'Arnaud Buzon, Stagiaire M1 ORI BBM&RC, Université de Lorraine, encadrante Claudine Mayer.
- 11/04 : (*) Journal Club.
- 25/04 : (*) Réunion des permanents.

mars 2019

- 01/03 : confirmation de la nomination de Pierre Parrend en tant que Professeur de l’Enseignement Supérieur au 01/01/2019 (statut FESIC, association loi de 1901 de l'enseignement supérieur privé français, regroupant des établissement d’enseignement supérieur privé d’intérêt général (EESPIG) à but non lucratif).
- 01/03 : Démarrage du projet européen "LifeTime" de l'appel H2020-FETFLAG-2018-2020 avec la participation de 18 pays européens, 8 participants français représentés par le CNRS. Olivier Poch, WP4 Task leader.
- 05/03 : (*) Présentation du groupe A (A-M).
- 05-06/03 : Participation d'Odile Lecompte au Comité HCERES S2-M2SV-ST4 à Lille
- 11-16/03 : Visite de Zdeněk Dvořák (Univ. Prague) dans le cadre du L.I.A. STRUCO et d'un P.H.C. Barrande.
- 12-14/03 : Participation de J. Thompson au comité d'évaluation HCERES de l'INRIA.
- 14/03 : Soutenance de thèse de Julio Navarro Lara sur "Modélisation et identification de cyberattaques multi-étapes dans des ensembles d’événements" (directrice de thèse Aline Deruyver).
- 18/03 : Arrivée de trois stagiaires M1 en Biologie structurale intégrative et bio-informatique, Célia Enderlin (encadrant Yannis Nevers); Franck Martin (encadrante Julie Thompson); Christelle Rutz (encadrante Odile Lecompte).
- 19/03 : (*) Présentation du groupe B (N-Z).
- 22/03 : Cérémonie des prix de thèse 2018 de la Société de Biologie de Strasbourg. Yannis Nevers lauréat du Prix de l'Ecole Doctorale des Sciences de la Vie et de la Santé.
- 24-31/03 : Visite de Jake Cooper (Univ. Brno).
- 25/03 : Séminaire invité du Pr. Amos Bairoch du Swiss Institute of Bioinformatics sur "The Cellosaurus, a knowledge resource to help navigate the cell line jungle". Amphi du Forum de la Faculté de Médecine à 11:00.
- 26/03 : (*) Réunion des permanents.

février 2019

- 04/02 : Présentation de Reinhard Diestel de l'Université d'Hambourg sur l'application de ses concepts de théorie des graphes aux travaux du CSTB (clustering, reconnaissance d'images, alignement des gènes). Invité par Jean-Sébastien Sereni.
- 05/02 : Réunion Cadrage Institut Thématique Interdisciplinaire.
- 07/02 : (*) Présentation groupe A (A-M).
- 07/02 : Présentation d'Audrey Defosset sur "Evolutionary study of multiciliation genes in Vertebrates using a novel comparative genomic approach" aux rencontres Alphy 2019:Bioinformatics and evolutionary genomics à Paris les 7 et 8 février.
- 14/02 : (*) Journal Club.
- 15/02 : Conférence du projet européen "LifeTime" de l'appel H2020-FETFLAG-2018-2020 avec la participation de 18 pays européens, 8 participants français représentés par le CNRS. Olivier Poch, participant.
- 20/02 : séminaire de Yannis Nevers à l'Université de Lausanne sur "Exploitation of large-scale orthology inference for studying genotype-phenotype relationships", invité par le Pr. Christophe Dessimoz.
- 28/02 : (*) Réunion des permanents.

janvier 2019

-01/01 : Début du projet européen "RAinRARE" sélectionné dans le cadre de l'appel à projet transnational pour la recherche sur les maladies rares pour une durée de 3 ans. Olivier Poch partenaire.
- 06-11/01 : Participation de J.-S. Sereni au colloque "Graph Theory 2019" à Oberwolfach (Allemagne).
- 08/01 : (*) Présentation groupe A (A-M).
- 15/01 : séminaire d'Olivier Poch sur "Réseaux biologiques au service de la compréhension des maladies génétiques" à la journée scientifique FCH "Méthodes et modèles pour comprendre les réseaux biologiques" au LORIA, Vandoeuvre-lès-Nancy.
- 15/01 : (*)Journal Club.
- 16/01 : Galette des rois de l'équipe.
- 17/01 : Visite de X. Goaoc (École des Mines de Nancy).
- 21-25/01 : Participation de Pierre Collet et Romain Orhand à la semaine thématique sur les Systèmes Complexes de Rochebrune.
- 20-27/01 : Visite de J. Pekárek (IÚUK, Charles Univ. in Prague) dans le cadre du L.I.A. STRUCO.
- 22/01 : (*) Présentation groupe B (N-Z).
- 29/01 : (*) Réunion des permanents.

Décembre 2018

- 03/12 : Arrivée de Nicolas Scalzitti, doctorant V&S, co-directeurs de thèse Julie Thompson et Pierre Collet.
- 03-08/12 : Visite de R. Škrekovski (Univ. Ljubljana) à CSTB dans le cadre d'un P.H.C. Proteus.
- 06/12 : (*) Présentation groupe A (A-M).
- 10/12 : Soumission d'un appel à projet IDEX Attractivité 2019 "GRAIL : Génomique compaRAtIve muLti-niveaux" par Odile Lecompte.
- 12/12 : Fête de Noël de l'équipe.
- 13/12 : (*)Journal Club.
- 14/12 : Séminaire du Dr.Frédéric Chalmel, Chargé de Recherche INSERM à l'institut de recherche en santé et environnement travail (IRSET) de Rennes, sur "Spermatogenesis in modern humans: how did we succeed our hydrid speciation?".
- 14/12 : Présentation de Gopal Dila sur "Circular codes in genomes" dans le cadre de la rencontre bioinformatique BIstrO/IFB à Strasbourg.
- 14/12 : Soutenance de thèse de Yannis Nevers sur "Exploitation de marqueurs évolutifs pour l’étude des relations génotype/phénotype. Application aux ciliopathies" (directrice de thèse Odile Lecompte).

Novembre 2018

- 05/11 : Attribution d'une bourse de Eurolife à Thomas Weber pour l’Ecole d’hiver Eurolife à Obergurgl en Autriche du 16 au 21 décembre 2018. Evènement soutenu par l’université Franco-Allemande (UFA).
- 06/11 : (*) Présentation groupe A (A-M).
- 06-12/11 : Déplacement de J.-S. Sereni à G-SCOP, Grenoble.
- 09/11 : Atelier CSTB autour du Deep Learning et de ses applications en bioinfo/santé, organisé par Anne Jeannin.
- 12/11 : Soutenance de thèse de Yann Hode sur "Contribution à l’interprétation d’images et vérification de la consistance d’un graphe" (directrice de thèse Aline Deruyver).
- 12/11 : arrivée de Mathias Galati, stagiaire M2 Biologie structurale intégrative et bio-informatique, encadrante Claudine Mayer.
- 12/11 : arrivée de Jean-Baptiste Lamouche, stagiaire M2 Biologie structurale intégrative et bio-informatique, encadrant Olivier Poch.
- 13/11 : (*) Journal Club.
- 13/11 : Financement du projet «RAinRARE» obtenu dans le cadre de l’appel JTC2018 de l’ERA-Net E-Rare-3. Partenaire du projet : Olivier Poch.
- 14-21/11 : Visite de R. Hušek & P. Korcsok (Univ. Prague) à CSTB dans le cadre du L.I.A. STRUCO et d'un P.H.C. Barrande.
- 20/11 : (*) Présentation groupe B (N-Z).
- 20/11 : Participation de Julie Thompson aux rencontres GDR Madics sur les sciences des données et santé au pôle API Illkirch.
- 25-29/11 : Déplacement de F. Pirot & J.-S. Sereni au département de mathématiques de l'université de Ljubljana dans le cadre d'un P.H.C. Proteus.
- 27/11 : réunion des permanents.

Octobre 2018

- 01/10 : Arrivée de Thomas Weber, doctorant V&S, co-directeurs de thèse Olivier Poch, Julie Thompson.
- 01/10 : Arrivée de Romain Orhand, doctorant MSII, co-directeurs de thèse Pierre Collet, Pierre Parrend.
- 02/10 : Participation de Julie Thompson et Olivier Poch à la journée de lancement du projet pilote "INEX-MED" de l'Institut Français de Bioinformatique à Paris.
- 04/10 : (*) Présentation groupe (A) A-M.
- 08/10 : Début des séances de sport pour les membres du CSTB,le lundi de 12:00 à 13:00, sous la direction de notre coach Anna Ouskova-Leonteva.
- 10/10 : Déplacement de Pierre Collet et Olivier Poch à Neuchatel, prise de contact avec la SA General Bionics pour des projets de thèse.
- 11/10 : (*) Journal Club.
- 11-12/10 : Exposé « On (a:b)-choosability and fractional colourings » de Jean-Sébastien Sereni au colloque '40 années d'algorithmique de graphes' en l'honneur de Michel Habib, Paris.
- 17/10 : Présentation : "Défis théoriques et pratiques de l'intelligence artificielle : focus sur la bio-santé" à la Journée Système 2018, Strasbourg, par Anne Jeannin
- 18/10 : (*) Présentation groupe (B) N-Z.
- 16-18/10 : Déplacement de Jean-Sébastien Sereni à l'IRIF à Paris dans le cadre de la collaboration avec Amos Korman.
- 19/10 : Exposé « Fractional chromatic number of small degree graphs and girth » de François Pirot au séminaire Graphes@Lyon à l'E.N.S. Lyon.
- 25/10 : (*) Réunion des permanents.
- 25/10 : Dépôt des projets ANR MECAPLAX (équipe CSTB porteur), CoRREau (porteur IRSTEA à Bordeaux), ImmunoSimulAge (Porteur: Sorbonne Université)

Septembre 2018

- 01/09 : Accueil en Délégation CNRS de Claudine Mayer, Professeure Université Paris Diderot.
- 01/09 : Odile Lecompte est nommée membre de la Commission scientifique spécialisée 1 INSERM.
- 04/09 : (*) Réunion des permanents.
- 11/09 : (*) Journal Club.
- 12-15/09 : Participation d'Olivier Poch au BYOD "Rare disease & orphan drug registrie" à Rome dans le cadre du projet européen Elixir Excelerate.
- 18/09 : (*) Présentation du groupe B (N-Z).
- 20/09 : Démarrage du projet PECOC (optimisation du paramètrage des lentilles pour cataracts), porté par Pierre Collet, avec la société IVO et financé à 50% par la Région.
- 24-28/09 : Visite d'A. Goodall (Univ. Prague) dans le cadre du L.I.A. STRUCO, collaboration Jean-Sébastien Sereni.
- 25/09 : (*) Réunion des permanents.
- 28/09 : Dépôt d'une demande de labellisation d'OrthoInspector (base de données et outils dédiés à la génomique comparative) dans ELIXIR.
- 30/09 : Participation à la manifestation d'intention ArtIC (Artificial Intelligence for Care), avec 2 demandes de chaires (Julie Thompson, Pierre Collet)

août 2018

- 01/08 : Arrivée d'Anna Ouskova Leonteva, doctorante MSII, co-directeurs de thèse Pierre Collet, Pierre Parrend.
- 27/08 : Arrivée d'Eloi Schmauch, stagiaire M1 double cursus Médecine-Sciences, encadrante Julie Thompson.

Juillet 2018

- 03-06/07 : Présentation d'Audrey Defosset aux journées ouvertes en biologie, informatique et mathématiques (JOBIM) à Marseille
- 10/7: Journée du DIR présentations: The Artificial Immune Ecosystem: an active learning metaheuristic for monitoring massive time series : Fabio Guigou
An ACO-based emergent mechanism for expert-based evaluation of multi-step attack scenarios : Julio Navarro Lara
- 20/07 : Soutenance de thèse de R. de Joannis de Verclos (Univ. Grenoble Alpes), co-encadré par L. Esperet & J.-S. Sereni

Juin 2018

- 04/06 : Arrivée de Priscilla Deschamps, stagiaire M1 Microbiologie, Univ Claude Bernard, Lyon, encadrante Claudine Mayer.
- 07/06 : (*) Présentation du groupe A (A-M)
- 11/06 : Arrivée de Martin Heitz, stagiaire L3 ingénierie, MathInfo, encadrante Catherine Guth
- 11/06 : Jean-Sébastien Sereni est admis au concours DR2 CNRS ouvert en section 06.
- 15/06 : Validation de la candidature de Romain Orhand pour le contrat doctoral fléché du Département Informatique Recherche de ICUBE sur un sujet IA+EA
- 22/06 : Barbecue annuel du CSTB.
- 26/06 : Exposé Colour space and number of 3-colourings, à A (Mini-)Symposium on Graph Theory, Radboud University Nijmegen, Pays-Bas, par J.-S. Sereni.
- 26/06 : Validation de la candidature de Anna Leonteva à la bourse de thèse du projet ANR CoolMagEvo
- 27/06 : Séminaire de Kirsley Chennen sur "Rare is beautiful: exploiting big data streams in rare genetic diseases" au MedFit 26-27/06 à Strasbourg. Première convention d’affaires internationale dédiée aux partenariats d’innovation dans le domaine des technologies médicales et du diagnostic.
- 27/06 : Participation de J.-S. Sereni au jury de thèse de W. Cames van Batenburg, Radboud University Nijmegen, Pays-Bas.
- 28/06 : (*) Réunion des permanents.

mai 2018

- 03/05 : (*) Présentation du groupe A (A-M)
- lancement de l'organisation du Symposium IComputation (IEEE Symposium on Immune Computation), SSCI, Balgalore, novembre 2018
- 17/05 : (*) Journal Club
- 22/05 : Séminaire : Fractional chromatic number of small degree graphs and girth, IRIF, Paris, par F. Pirot
- 24/05 : (*) Présentation du groupe B (N-Z)
- 28-30/05 : Journées BingiDays au CIARUS à Strasbourg, retraite de l'équipe CSTB. Collaboratrice extérieure invitée : Diala Wehbe, Université de Lille.

avril 2018

- 05/04 : (*) Présentation du groupe A (A-M)
- 12/04 : (*) Journal Club
- 16/04 : (*) Arrivée d'Olivier Dennler, stagiaire M1 SdVE Université de Rennes, encadrante Julie Thompson.
- 19/04 : (*) Présentation du groupe B (N-Z)
- 26/04 : Séminaire de mathématiques discrètes: On the number of 3-colourings of graphs, Karlsruhe Institute of Technology, J.-S. Sereni.
- 27/04 : Présentation d'Audrey Defosset aux 6èmes journées scientifiques de la Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS) sur "Prediction of new multiciliogenesis genes using a fine-grained comparative genomic approach" .

mars 2018

- 01/03 : arrivée de Martin Starman, Doctorant, Directeur de thèse Christian Michel
- 01/03 : (*) Présentation du groupe A (A-M)
- 05/03 : Participation de Kirsley Chennen, Olivier Poch et Julie Thompson au Bioinfomatics strategy meeting Europe 2018 à Zurich (Suisse)
- 08/03 : (*) Journal Club
- 13/03 : Exposé « Aspects extrémaux de la théorie des graphes », Journées ALEA, CIRM, Luminy, Jean-Sébastien Sereni
- 15/03 : (*) Présentation du groupe B (N-Z)
- 19/03 : arrivée de cinq stagiaires M1 - SdV : Mathias Galati (encadrante Julie Thompson), Victor Grentzinger, (encadrante Odile Lecompte), Max Hengel (encadrante Julie Thompson), Mateusz Rauch (encadrants Odile Lecompte, Yannis Nevers), David Stocklausen (encadrant Olivier Poch)
- 19/03 : arrivée d'un stagiaire M2 - Faculté des Sciences et Technique de Tanger, Maroc (encadrant Pierre Parrend)
- 22/03 : réunion de démarrage du projet ANR CoolMagEvo
- 29/03 : Présentations des étudiants / stagiaires

  • Alexandre Bruyant, Master2 informatique
  • Camille Depenveiller, stagiaire ingénieur ESBS 3e année
  • Gopal Dila, doctorant informatique
  • François Pirot, doctorant informatique

- journaux acceptés:

P. Parrend, F. Guigou, J. Navarro, A. Deruyver, P. Collet, Artificial Immune Ecosystems: the role of expert-based learning in artificial cognition, Journal of Robotics, Networking and Artificial Life, Atlantis Press, page 5, mars 2018

P. Parrend, J. Navarro, F. Guigou, A. Deruyver, P. Collet, Foundations and Applications of Artificial Intelligence for Zero-day and Multi-Step Attack Detection, EURASIP Journal on Information Security, Springer, page 29, 2018

février 2018

- 01/02 : Arrivée de Camille Depenveiller, stagiaire, ingénieur ESBS 3e année (encadrant Olivier Poch)
- 08/02 : (*) journal club
- 13/02 : Soutenance d'HDR de Jean-Sébastien Sereni sur "Aspects algébriques de coloration de graphes : coloration fractionnaire et nombre de colorations"
- 15/02 : (*) présentation du groupe B (N-Z)
- 22/02 : (*) réunion permanents
- 23/02 : Présentations des étudiants / stagiaires

  • Nicolas Scalzitti, stagiaire M2 Biologie structurale, bioinformatique et biotechnologies
  • Thomas Weber, stagiaire M2 Biologie structurale, bioinformatique et biotechnologies
  • Julio Navarro Lara, doctorant informatique
  • Camille Depenveiller, stagiaire ingénieur ESBS 3e année

janvier 2018

- 08/01 : Arrivée de deux stagiaires M2 SdV, Nicolas Scalzitti (encadrants Laetitia Poidevin et Olivier Poch) et Thomas Weber (encadrant Julie Thompson)
- 11/01 : (*) réunion des permanents (OJ: site web de l'équipe, retraite Bingidays, mise en place de sessions orales mensuelles pour que les étudiants et stagiaires présentent leur travail, appels à projets, CRBS) suivie de la galette des rois de l'équipe
- 14-20/01 : Présentation de Pierre Collet aux journées thématiques sur les systèmes complexes naturels et artificiels, Rochebrune Megève
- 15/01 : Démarrage du projet ANR CoolMagEvo avec la société CoolTech et l'UMR 6508 CRISMAT à l'EnsiCaen. - 18/01 : (*) journal club
- 18/01: Attribution d'un bourse de soutien du programme « Exploration Japon » de l'ambassade de France au Japon pour Pierre Parrend à l'occasion de sa mission à l'Université Shinshu (Nagano) et de son invitation comme speaker invité à la conférence ICAROB (Beppu), du 27/1/2018 au 6/2/2018
- 19/01 : Colloque scientifique organisé en l'honneur de Raymond Ripp, à la Faculté de Médecine Strasbourg. Intervenants: Jean-Claude Thierry, ancien chargé de mission auprès du Département des Sciences du Vivant du CNRS ; Thierry Leveillard,Institut de la Vision ; Marc Ruff et Philippe Dumas, IGBMC
- 21/01 : Départ à la Retraite de Raymond Ripp
- 22--26/01 : co-organisation et participation à l'école de recherche sur les limites de graphes à l'E.N.S. Lyon, et co-organisation du colloque associé (29/01--02/02), F. Pirot & J.-S. Sereni

décembre 2017

- 01/12 : Arrivée de Clément Schreiner, doctorant (directeur de thèse, Pierre Collet)
- 01/12 : Arrivée d'Ulviya Abdulkarimova, doctorante (directeur de thèse Erik-André Sauleau, co-directeur Pierre Collet)
- 07/12 : (*) Journal Club.
- 08/12 : Présentation de Claudine Mayer "Structural insights in topoisomerase"
- 08/12 : Présentation de Jean-Sébastien Sereni : "Graph Theory: a touch of colouring"
- 11/12 : Soutenance de thèse de Pierre Willaume "Modélisation de formes 3D par les graphes pour leur reconnaissance. Application à la vision 3D en robotique dans des tâches de Pick-and-Place" (directrice de thèse Aline Deruyver)
- 12/12 : Soutenance d'HRD de Pierre Parrend " Emergent Industrial Ecosystems/Systèmes industriels émergents" (Garant Pierre Collet)
- 12--15/12 : Visite de W. Cames van Batenburg dans le cadre d'un P.H.C. van Gogh
- 18/12 : Fête de Noël de l'équipe
- 21/12 : Validation du Projet "CoolMagEvo" par l'ANR (projet de recherche collaborative - entreprise)

novembre 2017

- 02/11 : (*) Présentation du groupe A-M
- 05-08/11 : Colloque du L.I.A. STRUCO à Strasbourg, co-organisé par P. Charbit & J.-S. Sereni.
- 06/11 : arrivée de Clémentine Leporcq, Quentin Rott et Thomas Weber, stagiaires M2 (encadrant Julie Thompson)
- 08-10/11 : Visite de F. Havet dans le cadre du L.I.A. STRUCO.
- 09/11 : (*) Journal Club
- 13/11 : arrivée de Laura Dutto, stagiaire Ingénieur ESBS (encadrant Odile Lecompte)
- 13/11 : Pierre Collet élu directeur du GIS Réseau National des Systèmes Complexes (RNSC)(CA-GIS du 13/11)
- 16/11 : (*) Présentation du groupe N-Z
- 21/11 : workshop 4P Factory à Strasbourg, co-organisé par Pierre Parrend
- 26-28/11 : Participation de Christian Michel au Kick off-Event CAMMBIO (Kompetenzzentrum für algorithmische und mathematische Methoden in der Biologie, Biotechnologie und Medizin) à Mannheim, Allemagne
- 29/11 : Journée Charles Hermite "Complexité :Théorie des graphes et théorie des nombres", organisée par M. Madritsch, C. Raïssi, J.-S. Sereni et T. Stoll
- 30/11 : (*) Présentation du groupe A-M

octobre 2017

- 01/10 : Arrivée d'Audrey Defosset, doctorante, directrice de thèse Odile Lecompte
- 01/10 : Arrivée de Gopal Krishna Dila, doctorant, directeur de thèse Christian Michel
- 01/10 : Arrivée de François Pirot, doctorant, Directeur de thèse Miguel Couceiro, Université de Lorraine, 02/18 co-directeur de thèse Jean-Sébastien Sereni.
- 05/10 : (*) Présentation du groupe A-M
- 05/10 : Journée Pôle de Compétitivité au Palais Universitaire (Contact Projet Médecine Connectée, Anna Leonteva)
- 11/10 : Meeting Projet Médecine Connectée, David Bruchlen ScienceMeUp
- 12/10 : (*) Journal Club
- 12/10 : 3 ANR déposées: 1 CSTB porteur, 2 partenaire
- 13-15/10 : Participation de l'équipe à la Fête de la Science à Strasbourg. Animation d'un stand sur "la nouvelle science des systèmes complexes" pour les scolaires et le grand public. Pierre Collet, Anne Jeannin-Girardon, Julio Navaro Lara, Yannis Nevers, Raymond Ripp.
- 19/10 : (*) Présentation du groupe N-Z
- 23/10 : Meeting rare disease Linked Data and Ontology Task Force (LDOTF) Elixir 2
- 24-25/10 : Workshop Final ANR Infrastructure BIPBIP: Paris présentation WP/CSTB
- 25-27/10 : 13th Biennial International Conference on Artificial Evolution, Paris. Participation de Pierre Collet, Anne Jeannin-Girardon, Pierre Parrend.

septembre 2017

- 01/09 : Arrivée de Jean-Sébastien Sereni, Chargé de Recherche CNRS, précédemment au LORIA (Nancy)
- 01/09 : Julie Thompson est F1000 Faculty member in Bioinformatics, Biomedical Informatics & Computational Biology (https://f1000.com/prime/thefaculty/member/499999771097522671)
- 01/09 : Participation de Pierre Collet au Global Positive Forum à Paris,sous le haut patronage du Président de la République.
- 05/09 : Keynote de Pierre Collet à la conférence KES 2017 à Marseille : http://kes2017.kesinternational.org/index.php
- 06/09 : (*) présentation du groupe A-M
- 12/09 : Démarrage du projet HOPE avec présentation des projets Genida et Radar
- 14/09 : (*) Journal Club
- 14/09 : Présentation d'Anne Jeannin-Girardon sur "Estimation de paramètres pour la modélisation de réponses immunitaires" au séminaire SimCells à Brest
- 12-15/09 : Participation de Yannis Nevers à la conférence 13th [BC]2 Basel Computational Biology Conférence à Bâle
- 17-22/09 : Participation de Kirsley Chennen au BYOD "Rare Disease Registries" d'Elixir-Excelerate à Rome
- 21/09 : (*) présentation du groupe N-Z
- 25--29/09 : visite de Z. Dvořák et J. Pekárek dans le cadre du L.I.A. STRUCO
- 28/09 : Pot de bienvenue pour l'arrivée de Jean-Sébastien Sereni, nouveau membre permanent et d'Audrey Defosset et Gopal Krishna Dila, doctorants.
- 28/09 : (*) réunion de rentrée des permanents
- 29/09 : Séminaire invité, Dr. Daniel T. Jones sur "Lean as management system for the future" Lean Enterprise Academy, Herefordshire, UK
- 29/09 : Soutenance de thèse de Pierre Masai sur "Modeling the lean organization as a complex system", Directeur de thèse, Pierre Collet

juillet 2017

- 03/07 : Arrivée d'un stagiaire 2année EPITECH, Maxime Grosjean (encadrant : Luc Moulinier)
- 03-06/07 : Participation de Yannis Nevers aux journées ouvertes en biologie, informatique et mathématiques et à la rencontre annuelle des jeunes bioinformaticiens à Lille
- 06-07/07: séminaire d'Olivier Poch au colloque "Traitement informatique de larges données en Biologies" à Tours.
- 11-17/07 : Présentation de POEM à Taipei,Taïwan par Pierre Collet
- 13/07 : Séminaire invité, Dr. Pascal Barbry, Directeur IPMC Sophia Antipolis sur : Regulation of multiciliogenesis by non coding RNAs
- 16-22/07 : Participation de Catherine Guth et Anne Jeannin-Girardon à l'international school of deep learning à Bilbao, Espagne
- 17-25/07 : Déplacement de Pierre Collet à Osaka, Japon dans le cadre de la collaboration du projet EASEA Cloud

juin 2017

- 08-10/06 : Participation d'Odile Lecompte au 5th international quest for orthologs meeting et au symposium on evolution of gene families, Los Angeles, CA, USA
- 12/06 : Pierre Collet anime une table ronde "Deep or wide? Analytics, personnel, and scientific inquiry in an era of disposable data" à la 7th Bioinformatics strategy meeting à Londres
- 12/06 : Arrivée d'un stagiaire M1, Nicolas Scalzitti, (encadrant : Raymond Ripp)
- 12/06 : Arrivée d'un stagiaire Magistère 2, Fabien Delhomme (co-encadrant : Anne Jeannin Girardon)
- 14/06 : (*) Journal Club et démo de POMEv2 par Isaac Abtosi et Pierre Collet
- 15/06 : Pierre Collet Associate Editor de l' Eurasia Journal of Mathematics, Science and Technology Education.
- 20-26/06: Présentation de POEM à Taipei,Taïwan par Isaac Abtosi et Pierre Collet
- 21-06 : Barbecue annuel de l'équipe
- 25-06 : Tutoriel portant sur le Deep Learning à la conférence IEEE NEWCAS'17 (Strasbourg) par Anne Jeannin
- 26/06 : Arrivée d'un stagiaire de 2nd, Arthur Caillol (encadrant : Pierre Collet)
- 27/06 : soutenance mi-these de Julio Navarro Lara et Fabio Guigou
- 27/06 : (*) réunion des permanents (OJ : nouveau CR en septembre, CRBS, actualités des différents projets...)
- 28/06 : soutenance mi-thèse de Yannis Nevers, directrice de thèse Odile Lecompte

mai 2017

- 03/05 : (*) présentation du groupe A-M
- 08-12/05: Présentations de Pierre Willaume et Aline Deruyvere à la 15e IAPR International Conference on Machine Vision Applications à Nagoya, Japon.
- 10-12/05 : 1er workshop 'Bring Your Own Data" BOYD sur "Cilipathies resources in Strasbourg" de l'infrastructure Européenne Elixir, (http://www.elixir-europe.org/events/bring-your-own-data-byod-workshop-ciliopathies-resources) organisé à Strasbourg par K. Chennen, O. Poch et J. Thompson, avec la participation des experts du nœud suisse.
- 17/05 : (*) Journal Club
- 22/05 : Arrivée d'un stagiaire 1ère année ingénieur ESBS, Birger Lenz (encadrant Raymond Ripp)
- 24/05 : (*) présentation du groupe N-Z
- 30/05 : (*) réunion des permanent (OJ : CRBS, BBQ, divers)
- 31/05 : Présentations de Dylan Durand, stagiaire DUT (encadrant J. Thompson) et de Yasmina Jaafra, doctorante (co-directrice: Aline Deruyver)

avril 2017

- 03/04 : Arrivée d'un stagiaire DUT, Dylan Durand (encadrant J. Thompson)
- 05/04 : (*) présentation du groupe A-M
- 12/04 : (*) Journal Club
- 14/04 : Date du BYOD Ciliopathies (Bring Your Own Data) Strasbourg : 10-12 Mai (http://www.elixir-europe.org/events/bring-your-own-data-byod-workshop-ciliopathies-resources)
- 20/04 : Publication acceptée "Insights into ciliary genes and evolution from multi-level phylogenetic profiling" Nevers et al. Molecular Biology and Evolution
- 21/04 : Arrivée de Yasmina Jaafra, doctorante (co-directeurs de thèse : Aline Deruyver ; Mohamed Saber Naseur de l'Université de La Manouba, Tunisie)
- 25/04 : workshop "système immunitaires" organisé par Pierre Parrend au CSTB, présentations de Véronique Thomas-Vaslin, Julio Navarro Lara, Fabio Guigou, Pierre Masai.
- 25/04 : (*)réunion des permanents (OJ: CRBS, BICS, IFB, BYOD Strasbourg)
- 28/04 : participation d'Olivier Poch et Julie Thompson à la réunion IFB-Elixir "projet H2025" à l'Institut Pasteur à Paris

Mars 2017

- 04/03 : Publication acceptée "MyGeneFriends: a social network linking genes, genetic diseases and researchers" A. Allot et al.Journal of Medical Internet Research
- 06/03 : Intégration de Claudine Mayer, Institut Pasteur (Professeur associé)
- 07/03 : séminaire de Kirsley Chennen au Swiss Institute of Bioinformatics de Genève sur "Bioanalyses & software development in the field of rare disease: initiatives for the deciphering of the ciliary function and cilipathies". Recherche de nouveaux partenaires dans le cadre de l'organisation des BYODs de l'infrastructure Elixir-Excelerate.
- 08/03 : conférence de Christian Michel sur la bioinformatique théorique aux enseignants ISN de l'Académie de Strasbourg
- 08/03 : (*) présentation du groupe A-M
- 13/03 : Arrivée de deux stagiaires M1 BSBB, Nicolas Scalzitti et d'Asmaoul Housnat SA Thaoubane, (encadrant Julie Thompson)
- 13/03 : Arrivée d'une stagiaire M1 BSBB, Sarah Djeddi (encadrant Odile Lecompte)
- 13/03 : Arrivée d'un stagiaire classe 2nd, Remi Schilling (encadrant Anne Jeannin)
- 15/03 : (*) Journal Club
- 20/03 : Arrivée d'un stagiaire L3 informatique, Paul-Armand Michaud (encadrant Pierre Collet)
- 22/03 : (*) présentation du groupe N-Z
- 28/03 : (*) Réunion permanents (OJ : Budget, BYOD, ANR au 2ème tour, Bilan sorties)
- 28/03 : (*) Kickoff meeting projet ANR DUNE EOLE

Février 2017

- 08/02 : (*) présentation du groupe A-M
- 13/02 : Article accepté pour une conférence internationale, Pierre Willaume
- 13/02 : Arrivée du stagiaire Nestor Demeure Ingénieur ENSIIE (encadrant Anne Jeannin-Girardon)
- 14/02 : Séminaire interne sur : "Systèmes immunitaires artificiels", présentations de Pierre Parrend, Anne Jeannin, Pierre Masai, Fabio Guigou, Julio Navarro Lara
- 15/02 : (*) Journal Club
- 22/02 : (*) présentation du groupe N-Z

Janvier 2017

(*)A partir du 1er janvier 2017 les réunions d'équipe hebdomadaires se dérouleront le mercredi à 13h30 et les réunions des permanents tous les derniers mardis du mois à 13h30.
- 02/01 : arrivée de la stagiaire M2 Viviane Nguefack Ngoune (encadrant Julie Thompson)
- 03/01 : arrivée de la stagiaire M2 Audrey Defosset (encadrant Odile Lecompte)
- 11/01 : (*) présentation du groupe A-M et la galette des rois
- 18/01 : (*) Journal Club
- 19/01 : 3 Appels à Projets Internes ICube 2017 retenus pour le CSTB en inter-équipes dont un en porteur de projet :
Germinal center modeling, (CSTB/SMH), Anne Jeannin CSTB, porteur du projet.
Optim'R BICS (MIV/CSTB/plateforme BICS)
Cartes concentriques multi-valuées (IGG/CSTB)
- 24/01 : Thèse en informatique de Karim El Soufi sur :"Study of circular code motifs in nucleic acid sequences", sous la direction de Christian Michel
- 24/01 : Présentation de Yannis Nevers à la journée de rencontres autour de la bioinformatique organisée par la plateforme BIstrO de l'IFB
- 25/01 : (*) présentation du groupe N-Z
- 25/01 : Présentation de Pierre Collet sur "Les systèmes complexes : une nouvelle science née au XXe siècle" dans le cadre des conférences de l'IREM.
- 30/01 : Publication
Proteome evolution of deep-sea hydrothermal vent alvinellid polychaetes supports the ancestry of thermophily and subsequent adaptation to cold in some lineages. Fontanillas E, Galzitskaya OV, Lecompte O, Lobanov MY, Tanguy A, Mary J, Girguis PR, Hourdez S, Jollivet D. Genome Biology and Evolution (2017) evw298

DECEMBRE 2016

- 06/12 : Présentation de Yannis Nevers sur les protéomes complets disponibles.
- 07/12 : Présentation de Julio Navarro Lara au SSCI (Symposium Series on Computational Intelligences) à Athènes.
- 08/12 : Présentation de Pierre Willaume au SSCI (Symposium Series on Computational Intelligences) à Athènes.
- 08/12 : Présentation aux "BioWin days" à Louvain-la-Neuve, BELGIQUE (Anne Jeannin-Girardon, Pierre Collet et Olivier Poch).
- 13/12 : Présentation de Kirsley Chennen sur l'installation d'un web sémantique au CSTB dans le contexte du projet Elixir.
- 14/12 : Projet ANR DUNE EOLE accepté. CSTB est partenaire pour POEM.
- 15/12 : Fête de Noël du CSTB et du Laboratoire de Génétique Médicale.

NOVEMBRE 2016

- 02/11 : Arrivée de 2 stagiaires Master 2 BSBB pour le stage d'un mois : Audrey Fosset (encadrant Odile Lecompte) et Vincent Zilliox (encadrant Julie Thompson)
- 08/11 : (*) Présentation des travaux, groupe A-M
- 14/11 : Yannis Nevers est le nouveau représentant des doctorants du CSTB
- 14/11 : Intégration de Catherine Guth (MCF associé)
- 15/11 : Matinée de présentations "deep learning et réseaux de neurones"
- 15/11 : (*) Journal Club
- 16/11 : Retour de Salma Aouled El Haj Mohamed pour 2 mois (co-directeur de thèse Julie-Thompson)
- 16/11 : Yannis Nevers a organisé un rassemblement JeBiF pub à Strasbourg
- 18/11 : Séminaire invité (Julie Thompson), journée Big Data du Master de Bioinformatique, Université de Rennes
- 22/11 : (*) Présentation des travaux, groupe N-Z
- 25/11 : Présentations des projets des deux apprentis Master2 ILC, Alexandre Bruyant et Marc Haegelin
- 25/11 : Présentation du CSTB devant les DAS CNRS (Olivier Poch)
- 28/11 : Elixir conf-call avec Kirsley Chennen, Olivier Poch et Julie Thompson
- 28/11 : Présentation du CSTB aux nouveaux entrants d'ICube (Olivier Poch)
- 29/11 : Séminaire d'Anne Jeannin, Pierre Parrend et Pierre Collet au colloque du réseau ImmuniComplexIT à Paris
- 29/11 : (*) Réunion permanents (OJ : CR de la présentation du CSTB devant les DAS du CNRS; site web: points à améliorer; besoins en informatique; précisions sur le nouveau bâtiment)

OCTOBRE 2016

- 04/10 : (*) Présentation des travaux, groupe A-M
- 12/10 : (*) Journal Club
- 13-14/10 : Présentation de POEM au ministère lors des journées Stratégies du Numérique dans l'Enseignement Supérieur, en France et à l'International au Ministère. La présentation de 15mn peut être visionnée ici.
- 14/10 : Thèse en bioinformatique de Kirsley Chennen "Maladies rares et 'Big Data' : solutions bioinformatiques vers une analyse guidée par les connaissances" sous la co-direction d'Olivier Poch & Hélène Dollfus
- 15-16/10 : Participation à la Fête de la Science à Strasbourg. Animation d'un stand par Pierre Collet, Anne Jeannin, Pierre Parrend
- 18/10 : (*) Présentation des travaux, groupe N-Z
- 24/10 : (*) TéléConférence ELIXIR --> Discussions avancées pour obtenir un futur BYOD (Bring Your Own Data) à Strasbourg
- 25/10 : (*) Réunion permanents (OJ : bilan des ANR déposées; bilan des futurs arrivées; mise au point projet Elixir)
- 25/10 : Thèse en médecine de Yvan Herenger (ancien stagiaire) Cataractes congénitales génétiques : apport du séquençage haut débit dans le diagnostic et la prise en charge

SEPTEMBRE 2016

- 01/09 : Arrivée d'Anne Jeannin, maître de conférence à l'Université de Strasbourg
- 02/09 : Pot de bienvenue pour l'arrivée d'Anne Jeannin et la promotion de Pierre Collet au grade de PRCE
- 05-07/09 : Présentation de Pierre Masai à la 20ème conférence KES 2016 à York, UK
- 12/09 : Réunion de gouvernance du CRBS, Olivier Poch
- 20/09 : (*) Présentation des travaux, groupe A-M
- 20-23/09 : Présentation d'un poster par Yannis Nevers au 20th Evolutionary Biology Meeting à Marseille
- 21/09 : Arrivée de deux apprentis Master2 ILC, Alexandre Bruyant et Marc Haegelin
- 22/09 : Journée d'échange CSTB avec le Dr. Partap Chauhan autour du projet modélisation médecine Ayurvedique
- 23/09 : Deux articles acceptés pour des conférences internationales, Pierre Willaume et Julio Navarro Lara
-26/09 : Reprise des téléconférences mensuelles dans le cadre du projet H2020 "Elixir Excelerate"
- 27/09 : (*) Présentation des travaux, groupe N-Z
- 28/09 : Visite du Dr. Christian Rolando de l'Université de Lille dans le cadre du projet de Master 2 de Marc Haegelin
- 30/09 : Journée BIONICS organisée par Pierre Parrend au CSTB

AOUT 2016

JUILLET 2016

- 08/07 : A la Une de L'Actu n°126 de l'Université de Strasbourg, édition du 08/07/2016.
Hélène Gass, stagiaire Master2 en bioinformatique, classée 4e au championnat du monde 2016 d'apnée (16x 50m). Double championne de France 2015 (record et médaille d'or)

JUIN 2016

- 01/06 : Arrivée stagiaire L3 Laurine Huber (Encadrant Pierre Collet)
- 02/06 : Réunion IGMA sur l'informatique du CRBS (Centre de Recherche en Biomédecine de Strasbourg)
- 07/06 : Présentation du projet UFAZ (Université franco-azerbaïdjanaise) par la présidence (Pierre Collet co-recteur)
- 07/06 : (*) Réunion des permanents (OJ: préparation des réunions hebdomadaires ; point sur l'avancement du rapport HCERES ; dates à trouver pour le BBQ annuel de l'équipe et la journée SONIC)
- 14/06 : (*) Présentation des travaux, groupe A
- 15/06 : (*) Réunion des permanents HCERES "strategies & perspectives scientifiques"
- 15/06 : Arrivée stagiaire (stage observation) Mickaël Wagner (Encadrant Olivier Poch)
- 21/06 : (*) Journal Club
- 23/06 : Soutenance mi-thèse Salma Aouled El Haj Mohamed (co-directeur de thèse Julie-Thompson)
- 23/06 : Conseil scientifique de l'ECAM (Olivier Poch)
- 28/06 : Présentation de Yannis Nevers aux Journées ouvertes en biologie informatique et mathématiques (JOBIM) à Lyon du 28 au 30 juin. Participation de Salma Aouled El Haj Mohamed.
- 27/06 : Présentation mi-parcours de Fantin Mesny (stagiaire d'Odile Lecompte) "Analyse d'interaction des réseaux protéiques"
- 28/06 : Barbecue annuel de l'équipe
- 30/06 : Promotion de Pierre Collet au grade de PRCE

MAI 2016

- 03/05 : (*) Réunion des permanents (OJ : préparation des réunions hebdomadaires ; budgets alloués et dépenses de l'équipe; 1ère version du rapport HCERES)
- 10/05 : (*) Présentation des travaux, groupe A
- 11-13/05 : Evaluation ingénieurs INRA (LEAN philosophie, tableau de bord des compétences EPST, message constructif à l'ingénieur) (Olivier Poch)
- 12/05 : Classement en n°1 d'Anne Jeannin sur un poste MCF pour l'équipe
- 17/05 : (*) Journal Club, présentation de Yann Hode (doctorant d'Aline Deruyver)
- 17/05 : Arrivée Stagiaire ESBS, Fantin Mesny (Encadrant Odile Lecompte)
- 19/05 : Validation du financement de la thèse de Cédric Pupka par la société SYNOVO
- 19/05 : Validation du financement d'un apprenti par la fondation N-Light (gestion de la cohorte JIVA Ayurveda)
- 19/05 : (*) réunion des permanents : HCERES-SWOT
- 24/05 : (*) Présentation des travaux/résultats, groupe B
- 30/05 : Arrivée Stagiaire BTS Mickaël Joly (Encadrant, Raymond Ripp)
- 31/05 : Présentation de Fantin Mesny (stagiaire d'Odile Lecompte) "Analyse de listes de gènes en bioinformatique"

AVRIL 2016

- 05/04 : (*) Réunion des permanents (OJ : préparation des réunions hebdomadaires ; bilan des présentations stagiaires/concours/mi-thèse à venir)
- 07/04 : Cours sur les codes circulaires dans les gènes à l'Ecole des Jeunes Chercheurs en Informatique Mathématiques (EJCIM 16) (Christian Michel)
- 12/04 : (*) Présentation des travaux, groupe A
- 19/04 : (*) Journal Club, présentations rapides de publications jugées intéressantes
- 26/04 : (*) Présentation des travaux, groupe B
- 28/04 : Visite Introduction à la recherche (étudiants de L3)
- 29/04 : Présentations aux quatrièmes journées scientifiques de la Fédération de Médecine Translationnelle Strasbourg (FMTS) de:

Carlos Bermejo Das Neves : "MODEX: An artificial intelligence engine designed for systems biomedicine"
Yannis Nevers : "Prediction and characterization of ciliary proteins by comparative genomics"

- Publications :
1) Standardized benchmarking in the quest for orthologs.

Altenhoff AM, Boeckmann B, Capella-Gutierrez S, Dalquen DA, DeLuca T, Forslund K, Huerta-Cepas J, Linard B, Pereira C, Pryszcz LP, Schreiber F, da Silva AS, Szklarczyk D, Train CM, Bork P, Lecompte O, von Mering C, Xenarios I, Sjölander K, Jensen LJ, Martin MJ, Muffato M; Quest for Orthologs consortium, Gabaldón T, Lewis SE, Thomas PD, Sonnhammer E, Dessimoz C.
Nat Methods. 2016 [Epub ahead of print]

2) Identification of an Alternative Splicing Product of the Otx2 Gene Expressed in the Neural Retina and Retinal Pigmented Epithelial Cells.

Kole C, Berdugo N, Da Silva C, Aït-Ali N, Millet-Puel G, Pagan D, Blond F, Poidevin L, Ripp R, Fontaine V, Wincker P, Zack DJ, Sahel JA, Poch O, Léveillard T.
PLoS One. 2016;11(3):e0150758.

MARS 2016

A partir de mars les réunions d'équipe hebdomadaires se dérouleront le mardi à 14h00 . L'ordre des présentations des groupes reste inchangé.
Programmation des réunions des permanents tous les premiers mardis du mois à 14h00.

- 01/03 : (*) Réunion des permanents (OJ : préparation des réunions hebdomadaires ; liste des points à aborder à la réunion préparatoire de l'HCERES le 03 mars ; bilan des entrées/sorties au CSTB ; bilan des financements
- 03/03 : (*) Réunion préparatoire de l'HCERES
- 03/03 : réunion préparation de l'HCERES, bilan sur le wiki CSTB
- 08/03 : ELIXIR All Hands meeting Barcelone 7-9 Mars (participants Julie Thompson/Olivier Poch)

https://www.elixir-europe.org/events/elixir-all-hands-2016

- 08/03 : (*) Présentation des travaux, groupe A
- 11/03 : présentation Systèmes immunitaires artificiels par Cédric Pupka vendredi à 14h (Encadrant Pierre Parrend)
- 15/03 : Arrivée Stagiaire Anna Leontova (Encadrant Julie Thompson)
- 15/03 : (*) Présentation des travaux, groupe B
- 16/03 : 4P Factory workshop, 4P-Factory e-room + Grand Amphi de Math Unistra (Pierre Parrend)

https://4pfactory.wordpress.com/4p-factory-workshop-2016-program/

- 17/03 : Meeting Bilan Annuel de l'ANR Infrastructure BIPBIP à Strasbourg au CSTB Faculté de Médecine (25 participants)
- 21/03 : Visite de Amy Gooch (Université de Durham) (du 21/03 au 01/04)
- 22/03 : Présentation mi-parcours des 3 stagiaires M2 BSBI
- 25/03 : « Science Days » de SANOFI - Journée "L’innovation scientifique au service des patients"

Présentation Poster VarScrut Centre de Congrès, Le Port-Marly (78) (Olivier Poch)

- 29/03 : (*) Journal Club, présentations rapides de publications jugées intéressantes
- Déplacement de Pierre Collet à Bakou pour le montage d'une nouvelle université, l'Université Franco-Azerbaïdjanaise (UFAZ)
- Finalisation du volume Springer Proceedings in Complexity First Complex Systems Digital Campus World E-Conference 2015 (Edits P.Bourgine, P.Collet, P.Parrend).
- 2 Papiers acceptés à CEC et Gecco :
- CEC'16: Author(s): Jean Meunier, Julier Rohmer, Dominique Knittel and Pierre Collet

Title: Metaheuristic Based Battery Control Optimization of a Photovoltaic System with Grid Connexion

- GECCO'16: Author(s): N. Hamze, P. Collet, and C. Essert

Title: Introducing Pareto-based MOEA to Neurosurgery Preoperative Path Planning

FEVRIER 2016

- 04/02 : (*) Réunion des permanents (OJ : préparation des réunions hebdomadaires ; bilan des activités de janvier : a- CR ComDir Icube du 01/02, b- CR AG IFB du 26/01 ; Finances/appels d'offre ; Divers)
- 10/02 : (*) Présentation des travaux, groupe A
- 12/02 : réunion SATT Connectus, Licence VarScrut
- 17/02 : (*) Journal Club, présentations rapides de publications jugées intéressantes
- 22/02 : Arrivée Stagiaire Master Cédric Pupka (Encadrant Pierre Parrend)
- 24/02 : (*) Présentation des travaux, groupe B
- 25/02 : AG ICube
- 2 ANR sur 3 ont passé la phase 1 - papier EvoBio accepté:

Authors: Elise Rosati, Morgan Madec, Abir Rezgui, Quentin Colman, Nicolas Toussaint, Christophe Lallement, Pierre Collet
Title: Application of Evolutionary Algorithms for the Optimization of Genetic Regulatory Networks

JANVIER 2016

Les réunions d'équipe hebdomadaires du mercredi se dérouleront le Jeudi à partir de Janvier.
L'ordre des présentations des groupes reste inchangé.
- 04/01 : Arrivée Stagiaire Master2 Hélène Gass (Encadrant Julie Thompson)
- 04/01 : Arrivée Stagiaire Master2 Morgane Gilg (Encadrant Julie Thompson)
- 06/01 : (*) Réunion des permanents du CSTB (OJ: debriefing des Bingi Days Retraite de l'équipe les 10 et 11 décembre, Maison des Associations Strasbourg ; Préparation HCERES; Financements)
- 11/01 : Arrivée Stagiaire Master2 Vanessa Fernandes-Cardoso (Encadrant Olivier Poch)
- 13/01 : Présentation skype de Salma Aouled El Haj
- 18/01 : (*) Réunion budget, regroupement et identification des informations en prévision de l'HCERES
- 20/01 : (*) Présentation des travaux, groupe A
- 22/01 : présentation des chaires et Unitwin UNESCO-Unistra à l'Institut Lebel (Pierre Collet)
- 25-26/01 : Assemblée générale de l'institut français de bioinformatique, participation aux ateliers sur les modèles économiques des plateformes et sur la rentabilité de la participation au projet Infradev "Elixir Excelerate" (Olivier Poch)
- 27/01 : présentation d'Alexis Allot (ancien thésard)
- 28/01 : (*) Présentation des travaux, groupe B

***** 2015 *****

- 09-11/12/2015 : Bingi Days, retraite CSTB à la Maison des Associations, place des Orphelins
- 09/10/2015 : Alexis ALLOT a soutenu sa thèse en bioinformatique.
- 08/10/2015 : Carlos BERMEJO DAS NEVES a soutenu sa mi-thèse en bioinformatique.
- 01/10/2015 : Arrivées des premiers stagiaires / étudiants de la thèmatique SONIC dans les locaux de la Faculté de Médecine.

Décembre

- 02/12 : Troisième réunion préparatoire des permanents de l'équipe CSTB
- 9-11/12 : Bingi Days, retraite CSTB
- 16/12 : Présentation de Nicolas Lachiche ‘clowdflows : an open sourced cloud based platform for composition, execution, and sharing of interactive machine learning and data mining workflows’.

Novembre

- 04/11 : Seconde réunion préparatoire des permanents de l'équipe CSTB
- 19/11 : Journal club (articles à déposer pour mardi soir)
- 27/11 : Présentation des travaux, groupe A

Octobre

- 07/10 : Première réunion préparatoire des permanents de l'équipe CSTB
- 14/10 : Première réunion de toute l'équipe CSTB
- 21/10 : Journal club (articles à déposer pour mardi soir)
- 28/10 : Présentation des travaux, groupe B