Équipe CSTB : Systèmes Complexes et Bioinformatique Translationnelle

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Vie de l'équipe

ESSAI PRESENTATION EQUIPE A REPRENDRE (Anne-Sophie --> affichage correct à tout type d'écran)

AVRIL 2016


- Publications :
1) Standardized benchmarking in the quest for orthologs.

Altenhoff AM, Boeckmann B, Capella-Gutierrez S, Dalquen DA, DeLuca T, Forslund K, Huerta-Cepas J, Linard B, Pereira C, Pryszcz LP, Schreiber F, da Silva AS, Szklarczyk D, Train CM, Bork P, Lecompte O, von Mering C, Xenarios I, Sjölander K, Jensen LJ, Martin MJ, Muffato M; Quest for Orthologs consortium, Gabaldón T, Lewis SE, Thomas PD, Sonnhammer E, Dessimoz C.
Nat Methods. 2016 [Epub ahead of print]

2) Identification of an Alternative Splicing Product of the Otx2 Gene Expressed in the Neural Retina and Retinal Pigmented Epithelial Cells.

Kole C, Berdugo N, Da Silva C, Aït-Ali N, Millet-Puel G, Pagan D, Blond F, Poidevin L, Ripp R, Fontaine V, Wincker P, Zack DJ, Sahel JA, Poch O, Léveillard T.
PLoS One. 2016;11(3):e0150758.

- 07/04 : Cours sur les codes circulaires dans les gènes à l'Ecole des Jeunes Chercheurs en Informatique Mathématiques (EJCIM 16) (C. Michel)

MARS 2016

Les réunions d'équipe hebdomadaires se dérouleront le mardi à 14h à partir de Mars 2016. L'ordre des présentations des groupes reste inchangé. Programmation des réunions des permanents tous les premiers Mardis du mois. - 03/03 : réunion préparation de l'HCERES, bilan sur le wiki CSTB
- 08/03 : ELIXIR All Hands meeting Barcelone 7-9 Mars (participants J. Thompson/O. Poch)
https://www.elixir-europe.org/events/elixir-all-hands-2016
- 11/03 : présentation Systèmes immunitaires artificiels par Cédric Pupka vendredi à 14h (Encadrant P. Parrend)
- 15/03 : Arrivée Stagiaire Anna Leontova (Encadrant J. Thompson)
- 16/03 : 4P Factory workshop, 4P-Factory e-room + Grand Amphi de Math Unistra (P. Parrend) 

          https://4pfactory.wordpress.com/4p-factory-workshop-2016-program/

- 17/03 : Meeting Bilan Annuel de l'ANR Infrastructure BIPBIP (25 participants) à Strasbourg (locaux CSTB)
- 21/03 : Visite de Amy Gooch (Université de Durham) (du 21/03 au 01/04)
- 22/03 : Présentation mi-parcours des 3 stagiaires M2 BSBI
- 25/03 : « Science Days » de SANOFI - Journée "L’innovation scientifique au service des patients"

         Présentation  Poster VarScrut Centre de Congrès, Le Port-Marly (78) (O. Poch)

- 31/03 : Visite Introduction à la recherche (étudiants de L3)
- Déplacement de P. Collet à Bakou pour le montage d'une nouvelle université, 

         l'Université Franco-Azerbaïdjanaise (UFAZ)
  • Finalisation du volume Springer Proceedings in Complexity 
         First Complex Systems Digital Campus World E-Conference 2015 (Edits P.Bourgine, P.Collet, P.Parrend).
  • 2 Papiers acceptés à CEC et Gecco :
    • CEC'16: Author(s): Jean Meunier, Julier Rohmer, Dominique Knittel and Pierre Collet
         Title: Metaheuristic Based Battery Control Optimization of a Photovoltaic System with Grid Connexion
    • GECCO'16: Author(s): N. Hamze, P. Collet, and C. Essert
         Title: Introducing Pareto-based MOEA to Neurosurgery Preoperative Path Planning
 
</nowiki>





AVRIL 2016
         
* Publications: 
1) Standardized benchmarking in the quest for orthologs.
   Altenhoff AM, Boeckmann B, Capella-Gutierrez S, Dalquen DA, DeLuca T, Forslund K, 
   Huerta-Cepas J, Linard B, Pereira C, Pryszcz LP, Schreiber F, da Silva AS, Szklarczyk D, 
   Train CM, Bork P, Lecompte O, von Mering C, Xenarios I, Sjölander K, Jensen LJ, Martin MJ, 
   Muffato M; Quest for Orthologs consortium, Gabaldón T, Lewis SE, Thomas PD, Sonnhammer E, Dessimoz C.
   Nat Methods. 2016 [Epub ahead of print]
2) Identification of an Alternative Splicing Product of the Otx2 Gene Expressed in the 
   Neural Retina and Retinal Pigmented Epithelial Cells.
   Kole C, Berdugo N, Da Silva C, Aït-Ali N, Millet-Puel G, Pagan D, Blond F, Poidevin L, Ripp R, 
   Fontaine V, Wincker P, Zack DJ, Sahel JA, Poch O, Léveillard T.
   PLoS One. 2016;11(3):e0150758. 

* 07/04: Cours sur les codes circulaires dans les gènes à l'Ecole des Jeunes Chercheurs en Informatique Mathématiques (EJCIM 16) (C. Michel)
 
 

MARS 2016
         
 Les réunions d'équipe hebdomadaires se dérouleront le mardi à 14h à partir de Mars.
 L'ordre des présentations des groupes reste inchangé. 
 Programmation des réunions des permanents tous les premiers Mardis du mois.

* 03/03 : réunion préparation de l'HCERES, bilan sur le wiki CSTB
* 08/03 : ELIXIR All Hands meeting Barcelone 7-9 Mars (participants J. Thompson/O. Poch) 
           https://www.elixir-europe.org/events/elixir-all-hands-2016
* 11/03 : présentation Systèmes immunitaires artificiels par Cédric Pupka vendredi à 14h (Encadrant P. Parrend)
* 15/03 : Arrivée Stagiaire Anna Leontova (Encadrant J. Thompson)
* 16/03 : 4P Factory workshop, 4P-Factory e-room + Grand Amphi de Math Unistra (P. Parrend)    
           https://4pfactory.wordpress.com/4p-factory-workshop-2016-program/
* 17/03 : Meeting Bilan Annuel de l'ANR Infrastructure BIPBIP (25 participants) à Strasbourg (locaux CSTB)
* 21/03 : Visite de Amy Gooch (Université de Durham) (du 21/03 au 01/04)
* 22/03 : Présentation mi-parcours des 3 stagiaires M2 BSBI
* 25/03 : « Science Days » de SANOFI - Journée "L’innovation scientifique au service des patients"  
          Présentation  Poster VarScrut Centre de Congrès, Le Port-Marly (78) (O. Poch)
* 31/03 : Visite Introduction à la recherche (étudiants de L3)         
* Déplacement de P. Collet à Bakou pour le montage d'une nouvelle université, 
          l'Université Franco-Azerbaïdjanaise (UFAZ)
* Finalisation du volume Springer Proceedings in Complexity 
          ''First Complex Systems Digital Campus World E-Conference 2015'' (Edits P.Bourgine, P.Collet, P.Parrend).
* 2 Papiers acceptés à CEC et Gecco : 
** CEC'16: Author(s):  Jean Meunier, Julier Rohmer, Dominique Knittel and Pierre Collet
          Title: Metaheuristic Based Battery Control Optimization of a Photovoltaic System with Grid Connexion
** GECCO'16: Author(s): N. Hamze, P. Collet, and C. Essert
          Title: Introducing Pareto-based MOEA to Neurosurgery Preoperative Path Planning
 

FEVRIER 2016
         
* 2 ANR sur 3 ont passé la phase 1
* papier EvoBio accepté:
        Authors: Elise Rosati, Morgan Made, Abir Rezgui, Quentin Colman, Nicolas Toussaint, Christophe Lallement, Pierre Collet 
        Title: Application of Evolutionary Algorithms for the Optimization of Genetic Regulatory Networks
* 12/02 : réunion SATT Connectus, Licence VarScrut
* 22/02 : Arrivée Stagiaire Master Cédric Pupka (Encadrant Pierre Parrend)
* 25/02 : AG ICube          
         

JANVIER 2016
         
 Les réunions d'équipe hebdomadaires du mercredi se dérouleront le Jeudi à partir de
Janvier, l'ordre des présentations des groupes reste inchangé.
* 04/01 : Arrivée Stagiaire Master2 Hélène Gass (Encadrant J. Thompson) 
* 04/01 : Arrivée Stagiaire Master2 Morgane Gilg (Encadrant J. Thompson) 
* 06/01 : Réunion des permanents du CSTB, debriefing des Bingi Days Retraite de l'équipe
          (10 et 11 décembre à la maison des associations à Strasbourg)
* 11/01 : Arrivée Stagiaire Master2 Vanessa Fernandes-Cardoso (Encadrant Olivier Poch) 
* 18/01 : Réunion budget, regroupement et identification des informations en prévision de l'HCERES
* 22/01 : présentation des chaires et Unitwin UNESCO-Unistra à l'Institut Lebel (Pierre Collet)
* 25-26/01 : Assemblée générale de l'institut français de bioinformatique, participation aux
             ateliers sur les modèles économiques des plateformes et sur la rentabilité de la
             participation au projet Infradev "Elixir Excelerate" (Olivier Poch)
* 27/01 : présentation d'Alexis Allot (ancien thésard)

'*'************* 2015 Equipe ****************'*'

  • 09-11/12/2015 : Bingi Days, retraite CSTB à la Maison des Associations, place des Orphelins
  • 09/10/2015 : Alexis ALLOT a soutenu sa thèse en bioinformatique.
  • 08/10/2015 : Carlos BERMEJO DAS NEVES a soutenu sa mi-thèse en bioinformatique.
  • 01/10/2015 : Arrivées des premiers stagiaires / étudiants de la thèmatique SONIC dans les locaux de la Faculté de Médecine.


Réunions d'équipe

Le mardi de 14h00 à 15h, Salle 526, Faculté de Médecine, CSTB 5e étage - 11 rue Humann

2016

Avril

  • 05 avril : Réunion des permanents :
    • Préparation des réunions hebdomadaires
    • Bilan des présentations stagiaires /concours / mi-thèse à venir

Mars

  • 29 mars : JournalClub, présentations rapides de publications jugées intéressantes
  • 22 mars : Présentation mi-parcours des 3 stagiaires M2 BSBI
  • 15 mars : Présentation des travaux, groupe B
  • 08 mars : Présentation des travaux, groupe A
  • 03 mars : Réunion préparatoire de l'HCERES
  • 01 mars : Réunion des permanents :
    • Préparation des réunions hebdomadaires
    • Liste des points à aborder à la réunion préparatoire de l'HCERES le 03 mars
    • Bilan des entrées/sorties au CSTB
    • Bilan des financements

Février

  • 24 février : Présentation des travaux, groupe B
  • 17 février : JournalClub, présentations rapides de publications jugées intéressantes
  • 10 février : Présentation des travaux, groupe A
  • 04 février : Réunion des permanents :
    • Préparation des réunions hebdomadaires
    • Bilan des activités de janvier : a- CR ComDir Icube du 01/02, b- CR AG IFB du 26/01.
    • Finances/appels d'offre
    • Divers

Janvier

  • 28 janvier : Présentation des travaux, groupe B
  • 20 janvier : Présentation des travaux, groupe A
  • 13 janvier : Présentation skype de Salma Aouled El Haj
  • 06 janvier : Réunion des permanents :
    • Préparation HCERES
    • Debriefing Bingi Days
    • Financements

2015

Décembre

  • 16 décembre: Présentation de Nicolas Lachiche ‘clowdflows : an open sourced cloud based platform for composition, execution, and sharing of interactive machine learning and data mining workflows’.
  • 9-11 décembre: Bingi Days, retraite CSTB
  • 02 décembre: Troisième réunion préparatoire des permanents de l'équipe CSTB

Novembre

  • 27 novembre : Présentation des travaux, groupe A
  • 19 novembre : Journal club (articles à déposer pour mardi soir)
  • 11 novembre : Férié
  • 4 novembre : Seconde réunion préparatoire des permanents de l'équipe CSTB

Octobre

  • 28 octobre : Présentation des travaux, groupe B
  • 21 octobre : Journal club (articles à déposer pour mardi soir)
  • 14 octobre : Première réunion de toute l'équipe CSTB
  • 7 octobre : Première réunion préparatoire des permanents de l'équipe CSTB
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