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Vie de l'équipe

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Réunions d'équipe

(*) Nouvelles dates fixées à partir du 1er janvier 2017 : Les trois premiers mercredis du mois et le dernier mardi du mois de 13h30 à 15h30, Salle 526, Faculté de Médecine, CSTB 5e étage - 11 rue Humann
1er mercredi du mois : Réunion groupe A-M
2ème mercredi du mois : Journal Club
3ème mercredi du mois : Réunion groupe N-Z
4ème mardi du mois : Réunion Permanents

mai 2017

- 9-11/05 : 1er workshop 'Bring Your Own Data" BOYD sur "Cilipathies resources in Strasbourg" de l'infrastructure Européenne Elixir, organisé à Strasbourg par K. Chennen, O. Poch et J. Thompson, avec la participation des experts du nœud suisse.

avril 2017

- 03/04 : Arrivée d'un stagiaire DUT, Dylan Durand (encadrant J. Thompson)
- 05/04 : (*) présentation du groupe A-M
- 12/04 : (*) Journal Club
- 14/04 : Date du BYOD Ciliopathies (Bring Your Own Data) Strasbourg : 10-12 Mai (http://www.elixir-europe.org/events/bring-your-own-data-byod-workshop-ciliopathies-resources)
- 20/04 : Publication acceptée "Insights into ciliary genes and evolution from multi-level phylogenetic profiling" Nevers et al. Molecular Biology and Evolution
- 21/04 : Arrivée de Yasmina Jaafra, doctorante (co-directeurs de thèse : Aline Deruyver ; Mohamed Saber Naseur de l'Université de La Manouba, Tunisie)
- 25/04 : workshop "système immunitaires" organisé par Pierre Parrend au CSTB, présentations de Véronique Thomas-Vaslin, Julio Navarro Lara, Fabio Guigou, Pierre Masai.
- 25/04 : (*)réunion des permanents (OJ: CRBS, BICS, IFB, BYOD Strasbourg)
- 28/04 : participation d'Olivier Poch et Julie Thompson à la réunion IFB-Elixir "projet H2025" à l'Institut Pasteur à Paris

Mars 2017

- 04/03 : Publication acceptée "MyGeneFriends: a social network linking genes, genetic diseases and researchers" A. Allot et al.Journal of Medical Internet Research
- 06/03 : Intégration de Claudine Mayer, Institut Pasteur (Professeur associé)
- 07/03 : séminaire de Kirsley Chennen au Swiss Institute of Bioinformatics de Genève sur "Bioanalyses & software development in the field of rare disease: initiatives for the deciphering of the ciliary function and cilipathies". Recherche de nouveaux partenaires dans le cadre de l'organisation des BYODs de l'infrastructure Elixir-Excelerate.
- 08/03 : conférence de Christian Michel sur la bioinformatique théorique aux enseignants ISN de l'Académie de Strasbourg
- 08/03 : (*) présentation du groupe A-M
- 13/03 : Arrivée de deux stagiaires M1 BSBB, Nicolas Scalzitti et d'Asmaoul Housnat SA Thaoubane, (encadrant Julie Thompson)
- 13/03 : Arrivée d'une stagiaire M1 BSBB, Sarah Djeddi (encadrant Odile Lecompte)
- 13/03 : Arrivée d'un stagiaire classe 2nd, Remi Schilling (encadrant Anne Jeannin)
- 15/03 : (*) Journal Club
- 20/03 : Arrivée d'un stagiaire L3 informatique, Paul-Armand Michaud (encadrant Pierre Collet)
- 22/03 : (*) présentation du groupe N-Z
- 28/03 : (*) Réunion permanents (OJ : Budget, BYOD, ANR au 2ème tour, Bilan sorties)
- 28/03 : (*) Kickoff meeting projet ANR DUNE EOLE

Février 2017

- 08/02 : (*) présentation du groupe A-M
- 13/02 : Article accepté pour une conférence internationale, Pierre Willaume
- 13/02 : Arrivée du stagiaire Nestor Demeure Ingénieur ENSIIE (encadrant Anne Jeannin-Girardon)
- 14/02 : Séminaire interne sur : "Systèmes immunitaires artificiels", présentations de Pierre Parrend, Anne Jeannin, Pierre Masai, Fabio Guigou, Julio Navarro Lara
- 15/02 : (*) Journal Club
- 22/02 : (*) présentation du groupe N-Z

Janvier 2017

(*)A partir du 1er janvier 2017 les réunions d'équipe hebdomadaires se dérouleront le mercredi à 13h30 et les réunions des permanents tous les derniers mardis du mois à 13h30.
- 02/01 : arrivée de la stagiaire M2 Viviane Nguefack Ngoune (encadrant Julie Thompson)
- 03/01 : arrivée de la stagiaire M2 Audrey Defosset (encadrant Odile Lecompte)
- 11/01 : (*) présentation du groupe A-M et la galette des rois
- 18/01 : (*) Journal Club
- 19/01 : 3 Appels à Projets Internes ICube 2017 retenus pour le CSTB en inter-équipes dont un en porteur de projet :
Germinal center modeling, (CSTB/SMH), Anne Jeannin CSTB, porteur du projet.
Optim'R BICS (MIV/CSTB/plateforme BICS)
Cartes concentriques multi-valuées (IGG/CSTB)
- 24/01 : Thèse en informatique de Karim El Soufi sur :"Study of circular code motifs in nucleic acid sequences", sous la direction de Christian Michel
- 24/01 : Présentation de Yannis Nevers à la journée de rencontres autour de la bioinformatique organisée par la plateforme BIstrO de l'IFB
- 25/01 : (*) présentation du groupe N-Z
- 25/01 : Présentation de Pierre Collet sur "Les systèmes complexes : une nouvelle science née au XXe siècle" dans le cadre des conférences de l'IREM.
- 30/01 : Publication
Proteome evolution of deep-sea hydrothermal vent alvinellid polychaetes supports the ancestry of thermophily and subsequent adaptation to cold in some lineages. Fontanillas E, Galzitskaya OV, Lecompte O, Lobanov MY, Tanguy A, Mary J, Girguis PR, Hourdez S, Jollivet D. Genome Biology and Evolution (2017) evw298

DECEMBRE 2016

- 06/12 : Présentation de Yannis Nevers sur les protéomes complets disponibles.
- 07/12 : Présentation de Julio Navarro Lara au SSCI (Symposium Series on Computational Intelligences) à Athènes.
- 08/12 : Présentation de Pierre Willaume au SSCI (Symposium Series on Computational Intelligences) à Athènes.
- 08/12 : Présentation aux "BioWin days" à Louvain-la-Neuve, BELGIQUE (Anne Jeannin-Girardon, Pierre Collet et Olivier Poch).
- 13/12 : Présentation de Kirsley Chennen sur l'installation d'un web sémantique au CSTB dans le contexte du projet Elixir.
- 14/12 : Projet ANR DUNE EOLE accepté. CSTB est partenaire pour POEM.
- 15/12 : Fête de Noël du CSTB et du Laboratoire de Génétique Médicale.

NOVEMBRE 2016

- 02/11 : Arrivée de 2 stagiaires Master 2 BSBB pour le stage d'un mois : Audrey Fosset (encadrant Odile Lecompte) et Vincent Zilliox (encadrant Julie Thompson)
- 08/11 : (*) Présentation des travaux, groupe A-M
- 14/11 : Yannis Nevers est le nouveau représentant des doctorants du CSTB
- 14/11 : Intégration de Catherine Guth (MCF associé)
- 15/11 : Matinée de présentations "deep learning et réseaux de neurones"
- 15/11 : (*) Journal Club
- 16/11 : Retour de Salma Aouled El Haj Mohamed pour 2 mois (co-directeur de thèse Julie-Thompson)
- 16/11 : Yannis Nevers a organisé un rassemblement JeBiF pub à Strasbourg
- 18/11 : Séminaire invité (Julie Thompson), journée Big Data du Master de Bioinformatique, Université de Rennes
- 22/11 : (*) Présentation des travaux, groupe N-Z
- 25/11 : Présentations des projets des deux apprentis Master2 ILC, Alexandre Bruyant et Marc Haegelin
- 25/11 : Présentation du CSTB devant les DAS CNRS (Olivier Poch)
- 28/11 : Elixir conf-call avec Kirsley Chennen, Olivier Poch et Julie Thompson
- 28/11 : Présentation du CSTB aux nouveaux entrants d'ICube (Olivier Poch)
- 29/11 : Séminaire d'Anne Jeannin, Pierre Parrend et Pierre Collet au colloque du réseau ImmuniComplexIT à Paris
- 29/11 : (*) Réunion permanents (OJ : CR de la présentation du CSTB devant les DAS du CNRS; site web: points à améliorer; besoins en informatique; précisions sur le nouveau bâtiment)

OCTOBRE 2016

- 04/10 : (*) Présentation des travaux, groupe A-M
- 12/10 : (*) Journal Club
- 13-14/10 : Présentation de POEM au ministère lors des journées Stratégies du Numérique dans l'Enseignement Supérieur, en France et à l'International au Ministère. La présentation de 15mn peut être visionnée ici.
- 14/10 : Thèse en bioinformatique de Kirsley Chennen "Maladies rares et 'Big Data' : solutions bioinformatiques vers une analyse guidée par les connaissances" sous la co-direction d'Olivier Poch & Hélène Dollfus
- 15-16/10 : Participation à la Fête de la Science à Strasbourg. Animation d'un stand par Pierre Collet, Anne Jeannin, Pierre Parrend
- 18/10 : (*) Présentation des travaux, groupe N-Z
- 24/10 : (*) TéléConférence ELIXIR --> Discussions avancées pour obtenir un futur BYOD (Bring Your Own Data) à Strasbourg
- 25/10 : (*) Réunion permanents (OJ : bilan des ANR déposées; bilan des futurs arrivées; mise au point projet Elixir)
- 25/10 : Thèse en médecine de Yvan Herenger (ancien stagiaire) Cataractes congénitales génétiques : apport du séquençage haut débit dans le diagnostic et la prise en charge

SEPTEMBRE 2016

- 01/09 : Arrivée d'Anne Jeannin, maître de conférence à l'Université de Strasbourg
- 02/09 : Pot de bienvenue pour l'arrivée d'Anne Jeannin et la promotion de Pierre Collet au grade de PRCE
- 05-07/09 : Présentation de Pierre Masai à la 20ème conférence KES 2016 à York, UK
- 12/09 : Réunion de gouvernance du CRBS, Olivier Poch
- 20/09 : (*) Présentation des travaux, groupe A-M
- 20-23/09 : Présentation d'un poster par Yannis Nevers au 20th Evolutionary Biology Meeting à Marseille
- 21/09 : Arrivée de deux apprentis Master2 ILC, Alexandre Bruyant et Marc Haegelin
- 22/09 : Journée d'échange CSTB avec le Dr. Partap Chauhan autour du projet modélisation médecine Ayurvedique
- 23/09 : Deux articles acceptés pour des conférences internationales, Pierre Willaume et Julio Navarro Lara
-26/09 : Reprise des téléconférences mensuelles dans le cadre du projet H2020 "Elixir Excelerate"
- 27/09 : (*) Présentation des travaux, groupe N-Z
- 28/09 : Visite du Dr. Christian Rolando de l'Université de Lille dans le cadre du projet de Master 2 de Marc Haegelin
- 30/09 : Journée BIONICS organisée par Pierre Parrend au CSTB

JUILLET 2016

- 08/07 : A la Une de L'Actu n°126 de l'Université de Strasbourg, édition du 08/07/2016.
Hélène Gass, stagiaire Master2 en bioinformatique, classée 4e au championnat du monde 2016 d'apnée (16x 50m). Double championne de France 2015 (record et médaille d'or)

JUIN 2016

- 01/06 : Arrivée stagiaire L3 Laurine Huber (Encadrant Pierre Collet)
- 02/06 : Réunion IGMA sur l'informatique du CRBS (Centre de Recherche en Biomédecine de Strasbourg)
- 07/06 : Présentation du projet UFAZ (Université franco-azerbaïdjanaise) par la présidence (Pierre Collet co-recteur)
- 07/06 : (*) Réunion des permanents (OJ: préparation des réunions hebdomadaires ; point sur l'avancement du rapport HCERES ; dates à trouver pour le BBQ annuel de l'équipe et la journée SONIC)
- 14/06 : (*) Présentation des travaux, groupe A
- 15/06 : (*) Réunion des permanents HCERES "strategies & perspectives scientifiques"
- 15/06 : Arrivée stagiaire (stage observation) Mickaël Wagner (Encadrant Olivier Poch)
- 21/06 : (*) Journal Club
- 23/06 : Soutenance mi-thèse Salma Aouled El Haj Mohamed (co-directeur de thèse Julie-Thompson)
- 23/06 : Conseil scientifique de l'ECAM (Olivier Poch)
- 28/06 : Présentation de Yannis Nevers aux Journées ouvertes en biologie informatique et mathématiques (JOBIM) à Lyon du 28 au 30 juin. Participation de Salma Aouled El Haj Mohamed.
- 27/06 : Présentation mi-parcours de Fantin Mesny (stagiaire d'Odile Lecompte) "Analyse d'interaction des réseaux protéiques"
- 28/06 : Barbecue annuel de l'équipe
- 30/06 : Promotion de Pierre Collet au grade de PRCE

MAI 2016

- 03/05 : (*) Réunion des permanents (OJ : préparation des réunions hebdomadaires ; budgets alloués et dépenses de l'équipe; 1ère version du rapport HCERES)
- 10/05 : (*) Présentation des travaux, groupe A
- 11-13/05 : Evaluation ingénieurs INRA (LEAN philosophie, tableau de bord des compétences EPST, message constructif à l'ingénieur) (Olivier Poch)
- 12/05 : Classement en n°1 d'Anne Jeannin sur un poste MCF pour l'équipe
- 17/05 : (*) Journal Club, présentation de Yann Hode (doctorant d'Aline Deruyver)
- 17/05 : Arrivée Stagiaire ESBS, Fantin Mesny (Encadrant Odile Lecompte)
- 19/05 : Validation du financement de la thèse de Cédric Pupka par la société SYNOVO
- 19/05 : Validation du financement d'un apprenti par la fondation N-Light (gestion de la cohorte JIVA Ayurveda)
- 19/05 : (*) réunion des permanents : HCERES-SWOT
- 24/05 : (*) Présentation des travaux/résultats, groupe B
- 30/05 : Arrivée Stagiaire BTS Mickaël Joly (Encadrant, Raymond Ripp)
- 31/05 : Présentation de Fantin Mesny (stagiaire d'Odile Lecompte) "Analyse de listes de gènes en bioinformatique"

AVRIL 2016

- 05/04 : (*) Réunion des permanents (OJ : préparation des réunions hebdomadaires ; bilan des présentations stagiaires/concours/mi-thèse à venir)
- 07/04 : Cours sur les codes circulaires dans les gènes à l'Ecole des Jeunes Chercheurs en Informatique Mathématiques (EJCIM 16) (Christian Michel)
- 12/04 : (*) Présentation des travaux, groupe A
- 19/04 : (*) Journal Club, présentations rapides de publications jugées intéressantes
- 26/04 : (*) Présentation des travaux, groupe B
- 28/04 : Visite Introduction à la recherche (étudiants de L3)
- 29/04 : Présentations aux quatrièmes journées scientifiques de la Fédération de Médecine Translationnelle Strasbourg (FMTS) de:

Carlos Bermejo Das Neves : "MODEX: An artificial intelligence engine designed for systems biomedicine"
Yannis Nevers : "Prediction and characterization of ciliary proteins by comparative genomics"

- Publications :
1) Standardized benchmarking in the quest for orthologs.

Altenhoff AM, Boeckmann B, Capella-Gutierrez S, Dalquen DA, DeLuca T, Forslund K, Huerta-Cepas J, Linard B, Pereira C, Pryszcz LP, Schreiber F, da Silva AS, Szklarczyk D, Train CM, Bork P, Lecompte O, von Mering C, Xenarios I, Sjölander K, Jensen LJ, Martin MJ, Muffato M; Quest for Orthologs consortium, Gabaldón T, Lewis SE, Thomas PD, Sonnhammer E, Dessimoz C.

Nat Methods. 2016 [Epub ahead of print]

2) Identification of an Alternative Splicing Product of the Otx2 Gene Expressed in the Neural Retina and Retinal Pigmented Epithelial Cells.

Kole C, Berdugo N, Da Silva C, Aït-Ali N, Millet-Puel G, Pagan D, Blond F, Poidevin L, Ripp R, Fontaine V, Wincker P, Zack DJ, Sahel JA, Poch O, Léveillard T.
PLoS One. 2016;11(3):e0150758.

MARS 2016

A partir de mars les réunions d'équipe hebdomadaires se dérouleront le mardi à 14h00 . L'ordre des présentations des groupes reste inchangé.
Programmation des réunions des permanents tous les premiers mardis du mois à 14h00.

- 01/03 : (*) Réunion des permanents (OJ : préparation des réunions hebdomadaires ; liste des points à aborder à la réunion préparatoire de l'HCERES le 03 mars ; bilan des entrées/sorties au CSTB ; bilan des financements
- 03/03 : (*) Réunion préparatoire de l'HCERES
- 03/03 : réunion préparation de l'HCERES, bilan sur le wiki CSTB
- 08/03 : ELIXIR All Hands meeting Barcelone 7-9 Mars (participants Julie Thompson/Olivier Poch)

https://www.elixir-europe.org/events/elixir-all-hands-2016

- 08/03 : (*) Présentation des travaux, groupe A
- 11/03 : présentation Systèmes immunitaires artificiels par Cédric Pupka vendredi à 14h (Encadrant Pierre Parrend)
- 15/03 : Arrivée Stagiaire Anna Leontova (Encadrant Julie Thompson)
- 15/03 : (*) Présentation des travaux, groupe B
- 16/03 : 4P Factory workshop, 4P-Factory e-room + Grand Amphi de Math Unistra (Pierre Parrend)

https://4pfactory.wordpress.com/4p-factory-workshop-2016-program/

- 17/03 : Meeting Bilan Annuel de l'ANR Infrastructure BIPBIP à Strasbourg au CSTB Faculté de Médecine (25 participants)
- 21/03 : Visite de Amy Gooch (Université de Durham) (du 21/03 au 01/04)
- 22/03 : Présentation mi-parcours des 3 stagiaires M2 BSBI
- 25/03 : « Science Days » de SANOFI - Journée "L’innovation scientifique au service des patients"

Présentation Poster VarScrut Centre de Congrès, Le Port-Marly (78) (Olivier Poch)

- 29/03 : (*) Journal Club, présentations rapides de publications jugées intéressantes
- Déplacement de Pierre Collet à Bakou pour le montage d'une nouvelle université, l'Université Franco-Azerbaïdjanaise (UFAZ)
- Finalisation du volume Springer Proceedings in Complexity First Complex Systems Digital Campus World E-Conference 2015 (Edits P.Bourgine, P.Collet, P.Parrend).
- 2 Papiers acceptés à CEC et Gecco :
- CEC'16: Author(s): Jean Meunier, Julier Rohmer, Dominique Knittel and Pierre Collet

Title: Metaheuristic Based Battery Control Optimization of a Photovoltaic System with Grid Connexion

- GECCO'16: Author(s): N. Hamze, P. Collet, and C. Essert

Title: Introducing Pareto-based MOEA to Neurosurgery Preoperative Path Planning

FEVRIER 2016

- 04/02 : (*) Réunion des permanents (OJ : préparation des réunions hebdomadaires ; bilan des activités de janvier : a- CR ComDir Icube du 01/02, b- CR AG IFB du 26/01 ; Finances/appels d'offre ; Divers)
- 10/02 : (*) Présentation des travaux, groupe A
- 12/02 : réunion SATT Connectus, Licence VarScrut
- 17/02 : (*) Journal Club, présentations rapides de publications jugées intéressantes
- 22/02 : Arrivée Stagiaire Master Cédric Pupka (Encadrant Pierre Parrend)
- 24/02 : (*) Présentation des travaux, groupe B
- 25/02 : AG ICube
- 2 ANR sur 3 ont passé la phase 1 - papier EvoBio accepté:

Authors: Elise Rosati, Morgan Madec, Abir Rezgui, Quentin Colman, Nicolas Toussaint, Christophe Lallement, Pierre Collet

Title: Application of Evolutionary Algorithms for the Optimization of Genetic Regulatory Networks

JANVIER 2016

Les réunions d'équipe hebdomadaires du mercredi se dérouleront le Jeudi à partir de Janvier.
L'ordre des présentations des groupes reste inchangé.
- 04/01 : Arrivée Stagiaire Master2 Hélène Gass (Encadrant Julie Thompson)
- 04/01 : Arrivée Stagiaire Master2 Morgane Gilg (Encadrant Julie Thompson)
- 06/01 : (*) Réunion des permanents du CSTB (OJ: debriefing des Bingi Days Retraite de l'équipe les 10 et 11 décembre, Maison des Associations Strasbourg ; Préparation HCERES; Financements)
- 11/01 : Arrivée Stagiaire Master2 Vanessa Fernandes-Cardoso (Encadrant Olivier Poch)
- 13/01 : Présentation skype de Salma Aouled El Haj
- 18/01 : (*) Réunion budget, regroupement et identification des informations en prévision de l'HCERES
- 20/01 : (*) Présentation des travaux, groupe A
- 22/01 : présentation des chaires et Unitwin UNESCO-Unistra à l'Institut Lebel (Pierre Collet)
- 25-26/01 : Assemblée générale de l'institut français de bioinformatique, participation aux ateliers sur les modèles économiques des plateformes et sur la rentabilité de la participation au projet Infradev "Elixir Excelerate" (Olivier Poch)
- 27/01 : présentation d'Alexis Allot (ancien thésard)
- 28/01 : (*) Présentation des travaux, groupe B

***** 2015 *****

- 09-11/12/2015 : Bingi Days, retraite CSTB à la Maison des Associations, place des Orphelins
- 09/10/2015 : Alexis ALLOT a soutenu sa thèse en bioinformatique.
- 08/10/2015 : Carlos BERMEJO DAS NEVES a soutenu sa mi-thèse en bioinformatique.
- 01/10/2015 : Arrivées des premiers stagiaires / étudiants de la thèmatique SONIC dans les locaux de la Faculté de Médecine.

Décembre

- 02/12 : Troisième réunion préparatoire des permanents de l'équipe CSTB
- 9-11/12 : Bingi Days, retraite CSTB
- 16/12 : Présentation de Nicolas Lachiche ‘clowdflows : an open sourced cloud based platform for composition, execution, and sharing of interactive machine learning and data mining workflows’.

Novembre

- 04/11 : Seconde réunion préparatoire des permanents de l'équipe CSTB
- 19/11 : Journal club (articles à déposer pour mardi soir)
- 27/11 : Présentation des travaux, groupe A

Octobre

- 07/10 : Première réunion préparatoire des permanents de l'équipe CSTB
- 14/10 : Première réunion de toute l'équipe CSTB
- 21/10 : Journal club (articles à déposer pour mardi soir)
- 28/10 : Présentation des travaux, groupe B