Parallélisation sur GPU de calcul pour la chimie

Programmation sur GPU (CUDA/OPENCL) du calcul de l’énergie d'interaction d'un système moléculaire (modélisation moléculaire)

Nous utilisons de manière routinière un programme (MDA) de calcul de l'énergie d'interaction par groupes (interactions entre ensembles d'atomes choisis). Ce programme utilise la sommation d'Ewald pour le calcul des interactions électrostatiques de systèmes périodiques. Cette méthode décompose le calcul en deux parties : un calcul dans l'espace direct limité par un rayon maximal d'interaction (cutoff) et un calcul dans l'espace réciproque (transformée de Fourier).

Le but de ce stage sera d'essayer de paralléliser sur GPU (Nvidia GTX780) ces deux calculs (déjà parallélisés en mémoire partagée avec openmp) de manière efficiente.