Différences entre les versions de « Odile Lecompte »
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Mes activités de recherche combinent le développement d’outils nécessaires à la valorisation de données massives et leur application à l’étude de différents systèmes biologiques. Ces stratégies reposent pour une large part sur l’exploitation du message évolutif fourni par des approches de génomique comparative. Ces développements transverses sont exploités selon trois axes :<br /> | Mes activités de recherche combinent le développement d’outils nécessaires à la valorisation de données massives et leur application à l’étude de différents systèmes biologiques. Ces stratégies reposent pour une large part sur l’exploitation du message évolutif fourni par des approches de génomique comparative. Ces développements transverses sont exploités selon trois axes :<br /> | ||
* Annotation et exploitation massives de données « omiques » (annotation et comparaison de génomes procaryotes, développement d’approche protéogénomique, analyse de transcriptomes de Métazoaires), | * Annotation et exploitation massives de données « omiques » (annotation et comparaison de génomes procaryotes, développement d’approche protéogénomique, analyse de transcriptomes de Métazoaires), | ||
| − | * | + | * Etudes ciblées de réseaux de gènes ou de protéines (complexes protéiques impliqués dans le trafic membranaire, la traduction, la transcription et réseaux de régulation) par des approches comparatives et intégratives, |
| − | * | + | * Relations génotypes/phénotypes, en particulier dans les maladies génétiques rares. |
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Version du 1 mars 2016 à 19:07
Maître de Conférences HDR à l'Ecole Supérieure de Biotechnologie de Strasbourg (ESBS) de l'UDS
Equipe : Complex Systems and translational Bioinformatics (CSTB) du Laboratoire des Sciences de l'Ingénieur, de l'Informatique et de l'Imagerie (ICUBE, UMR 7357)
Recherche
Mes activités de recherche combinent le développement d’outils nécessaires à la valorisation de données massives et leur application à l’étude de différents systèmes biologiques. Ces stratégies reposent pour une large part sur l’exploitation du message évolutif fourni par des approches de génomique comparative. Ces développements transverses sont exploités selon trois axes :
- Annotation et exploitation massives de données « omiques » (annotation et comparaison de génomes procaryotes, développement d’approche protéogénomique, analyse de transcriptomes de Métazoaires),
- Etudes ciblées de réseaux de gènes ou de protéines (complexes protéiques impliqués dans le trafic membranaire, la traduction, la transcription et réseaux de régulation) par des approches comparatives et intégratives,
- Relations génotypes/phénotypes, en particulier dans les maladies génétiques rares.
Encadrement
Direction de thèse
- 2006-2009 N. Gagnière (co-directeur : O. Poch, IGBMC) Développement d’une suite logicielle pour l’analyse et l’annotation intégrative automatiques de transcrits et de protéines. Application aux banques d’ADNc de l’annélide polychète Alvinella pompejana.
- 2007-2010 Y.N. Anno (co-directeur : P. Carbon, IBMC) Établissement d'une architecture bioinformatique et biostatistique d’intégration et d’analyse des données génomiques, épigénétiques et phylogénétiques du génome humain. Application aux sites de fixation du facteur de transcription hSTAF/ZNF143.
- 2012-2015 A. Allot (co-directeur : O. Poch, ICUBE) MyGeneFriends : vers un nouveau rapport entre chercheurs et mégadonnées.
- 2015- Y. Nevers Des « big data » à la relation génotype-phénotype. Application aux ciliopathies
Encadrement de stage de Master M2S4
E. Perrodou (2004), N. Gagnière (2006), Y.N. Anno (2007), B. Linard (2009) A. Allot (2012), A. Nicol (2013), Y. Nevers (2015)
Enseignement
Principaux enseignements actuels
ESBS et Ecole Européenne de Chimie, Polymères et Matériaux (ECPM)
Module Bioinformatique (1ère année, niveau L3) - Elèves ingénieurs Biotechnologie et Chimie-Biotechnologie
Module Génomique (2ème année, niveau M1) - Elèves ingénieurs Biotechnologie
UE Génomique comparative et intégrative (3ème année, niveau M2) – mutualisation avec M2 Biologie Structurale, Bioinformatique et Biotechnologies / M2 Biologie synthétique / M2 Physiopathologie
Master Biologie Structurale, Bioinformatique, Biotechnologies (ESBS/Fac. Sciences de la Vie)
UE Analyse de séquences macromoléculaires (M1)
UE Structure et Analyse des Génomes et Epigénomes (M1)
UE Transcriptomes et Protéomes (M2)
Autres formations
Ecole Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé : Practical courses in Bioinformatics (école d’été)
Double Cursus Médecine-Sciences : Introduction à la Bioinformatique (Niv. L2, Faculté de Médecine)
Formation continue : Stage Des «big data» à la validation d’un gène cible
Responsabilités pédagogiques
Responsable de 6 Unités d’Enseignement
Responsable de l’école d’été « Practical courses in Bioinformatics » de l’Ecole Doctorale des Sciences de la Vie et de la Santé de l’UDS
Responsable du stage de formation continue « Des big data à la validation d’un gène cible – Initiation pratique à la bioinformatique translationnelle»
Publications
La liste complète de mes publications dans des revues internationales avec comité de lecture est disponible sur PubMed.