Équipe CSTB : Systèmes Complexes et Bioinformatique Translationnelle

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'''TITRE DE LA THÈSE''' : Nouvelles stratégies d'annotation et de détection de gènes pour les projets de séquençage de génome par des algorithmes massivement parallèles d’intelligence artificielle et d'évolution artificielle.
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'''TITRE DE LA THÈSE''' : Nouvelle stratégie d'annotation des génomes par l'utilisation d'algorithmes d'intelligence artificielle.
  
 
'''RESPONSABLES DE LA THÈSE''' : THOMPSON Julie & COLLET Pierre
 
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'''ECOLE DOCTORALE DE RATTACHEMENT''' : École doctorale des sciences de la vie et de la santé - ED 414
 
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== '''Publications''' ==
 
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* Scalzitti, N., Jeannin-Girardon, A., Collet, P. et al. A benchmark study of ab initio gene prediction methods in diverse eukaryotic organisms. BMC Genomics 21, 293 (2020).
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* Scalzitti, N., Jeannin-Girardon, A., Collet, P. et al. A benchmark study of ab initio gene prediction methods in diverse eukaryotic organisms. BMC Genomics 21, 293 (2020). [https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-020-6707-9 PMID: 32272892]
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* Meyer C, Scalzitti N, Jeannin-Girardon A, Collet P, Poch O, Thompson JD. Understanding the causes of errors in eukaryotic protein-coding gene prediction: a case study of primate proteomes. BMC Bioinformatics. 2020 Nov 10;21(1):513. doi: 10.1186/s12859-020-03855-1. [https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-020-03855-1 PMID: 33172385]
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Spliceator - a Splice Site prediction tool : http://www.lbgi.fr/spliceator/ <br/>
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G3PO data - https://zenodo.org/record/4081640#.YWlI5xpBxPY
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G3PO : http://git.lbgi.fr/scalzitti/Benchmark_study <br/>
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Spliceator : https://git.unistra.fr/nscalzitti/spliceator <br/>
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SpliceSLEIA : https://git.unistra.fr/nscalzitti/splicesleia <br/>
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== '''Communications''' ==
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=== '''Orals''' ===
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* Artificial intelligence in genome annotation - Challenges & Opportunities - Scalzitti, N., Jeannin-Girardon, A., Collet, P., Poch, O. and Thompson, JD., Organisation Mondiale de la santé, département innovation santé, 17 décembre 2019 (Genève, Suisse)
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* Annotation de génome et Intelligence Artificielle - Ecole d’hiver - Les journées de Rochebrune. Rencontres interdisciplinaires sur les systèmes complexes naturels et artificiels. 28e édition, 19-25 janvier 2020 (Megève, France)
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* New strategies for genome annotation using deep learning algorithm - Scalzitti, N., Jeannin-Girardon, A., Kress, A., Moulinier, L., Orhand, R., Collet, P., Poch, O. and Thompson, JD. - Journées du Campus d’Illkirch, 19 avril 2021 (Illkirch, France)
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* Prediction of splice sites using an evolutionary algorithm - Scalzitti, N., Jeannin-Girardon, A., Kress, A., Collet, P., Poch, O. and Thompson, JD. - Data Science and Artificial Intelligence workshop, 20 avril 2021 (Strasbourg, France)
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* Spliceator: A new strategy for genome annotation using a deep learning algorithm - Scalzitti, N., Jeannin-Girardon, A., Collet, P., Poch, O. and Thompson, JD., 12ème édition Young Researchers in Life Sciences, 16-18 juin 2021 (Paris, France)
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=== '''Posters''' ===
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* A new strategy for genome annotation using a deep learning algorithm - Scalzitti, N., Jeannin-Girardon, A., Collet, P., Poch, O. and Thompson, JD., Doctoral School Days, 21-22 avril 2021 (Strasbourg, France)
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* A new strategy for genome annotation using a deep learning algorithm - Scalzitti, N., Jeannin-Girardon, A., Collet, P., Poch, O. and Thompson, JD., 8èmes journées de la FMTS, 22 avril 2021 (Strasbourg, France)
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* Spliceator: A new strategy for genome annotation using a deep learning algorithm - Scalzitti, N., Jeannin-Girardon, A., Collet, P., Poch, O. and Thompson, JD., IGBMC-FMI Graduate student symposium, 26-29 avril 2021 (Illkirch, France)
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* Spliceator: A new strategy for genome annotation using a deep learning algorithm - Scalzitti, N., Jeannin-Girardon, A., Collet, P., Poch, O. and Thompson, JD., Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, 6-9 juillet 2021 (Paris, France)
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== '''Prix''' ==
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Lauréat de la meilleure présentation aux "Journées du Campus d’Illkirch" (2021)<br>
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Second prix des présentations de posters aux journées de l'Ecole Doctorale (2021)
  
 
== '''Contact''' ==
 
== '''Contact''' ==
  
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Adresse e-mail: ''nicolas.scalzitti2@etu.unistra.fr'' - ''n.scalzitti@yahoo.com''
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Adresse e-mail: ''n.scalzitti@unistra.fr'' - ''n.scalzitti@yahoo.com'' <br/>
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<span style="color:#0A66C2">Linkedin</span> : [https://www.linkedin.com/in/nscalzitti/ in/nscalzitti/] <br/>
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<span style="color:#A6A8AB">ORC</span><span style="color:#A5CD39">ID</span> : [https://orcid.org/0000-0002-2477-3054 0000-0002-2477-3054]<br/>
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<span style="color:#4285F4">G</span><span style="color:#EA4335">o</span><span style="color:#FBBA00">o</span><span style="color:#4285F4">g</span><span style="color:#34A853">l</span><span style="color:#EA4335">e</span><span style="color:#767676"> Scholar</span> : [https://scholar.google.fr/citations?user=iOYfh6YAAAAJ&hl=fr&oi=sra N. Scalzitti]

Version actuelle datée du 15 octobre 2021 à 13:09

Thèse

TITRE DE LA THÈSE : Nouvelle stratégie d'annotation des génomes par l'utilisation d'algorithmes d'intelligence artificielle.

RESPONSABLES DE LA THÈSE : THOMPSON Julie & COLLET Pierre TUTEUR : JEANNIN-GIRARDON Anne

ECOLE DOCTORALE DE RATTACHEMENT : École doctorale des sciences de la vie et de la santé - ED 414

ÉQUIPE D’ACCUEIL DE LA THÈSE : Complex Systems and Translational Bioinformatics - ICube (UMR7357)

MOTS CLÉS : bioinformatique, annotation de génome, intelligence artificielle, évolution artificielle, Deep Learning


Publications

  • Scalzitti, N., Jeannin-Girardon, A., Collet, P. et al. A benchmark study of ab initio gene prediction methods in diverse eukaryotic organisms. BMC Genomics 21, 293 (2020). PMID: 32272892
  • Meyer C, Scalzitti N, Jeannin-Girardon A, Collet P, Poch O, Thompson JD. Understanding the causes of errors in eukaryotic protein-coding gene prediction: a case study of primate proteomes. BMC Bioinformatics. 2020 Nov 10;21(1):513. doi: 10.1186/s12859-020-03855-1. PMID: 33172385

Travaux

Sites web

Spliceator - a Splice Site prediction tool : http://www.lbgi.fr/spliceator/
G3PO data - https://zenodo.org/record/4081640#.YWlI5xpBxPY

Github

G3PO : http://git.lbgi.fr/scalzitti/Benchmark_study
Spliceator : https://git.unistra.fr/nscalzitti/spliceator
SpliceSLEIA : https://git.unistra.fr/nscalzitti/splicesleia

Communications

Orals

  • Artificial intelligence in genome annotation - Challenges & Opportunities - Scalzitti, N., Jeannin-Girardon, A., Collet, P., Poch, O. and Thompson, JD., Organisation Mondiale de la santé, département innovation santé, 17 décembre 2019 (Genève, Suisse)
  • Annotation de génome et Intelligence Artificielle - Ecole d’hiver - Les journées de Rochebrune. Rencontres interdisciplinaires sur les systèmes complexes naturels et artificiels. 28e édition, 19-25 janvier 2020 (Megève, France)
  • New strategies for genome annotation using deep learning algorithm - Scalzitti, N., Jeannin-Girardon, A., Kress, A., Moulinier, L., Orhand, R., Collet, P., Poch, O. and Thompson, JD. - Journées du Campus d’Illkirch, 19 avril 2021 (Illkirch, France)
  • Prediction of splice sites using an evolutionary algorithm - Scalzitti, N., Jeannin-Girardon, A., Kress, A., Collet, P., Poch, O. and Thompson, JD. - Data Science and Artificial Intelligence workshop, 20 avril 2021 (Strasbourg, France)
  • Spliceator: A new strategy for genome annotation using a deep learning algorithm - Scalzitti, N., Jeannin-Girardon, A., Collet, P., Poch, O. and Thompson, JD., 12ème édition Young Researchers in Life Sciences, 16-18 juin 2021 (Paris, France)


Posters

  • A new strategy for genome annotation using a deep learning algorithm - Scalzitti, N., Jeannin-Girardon, A., Collet, P., Poch, O. and Thompson, JD., Doctoral School Days, 21-22 avril 2021 (Strasbourg, France)
  • A new strategy for genome annotation using a deep learning algorithm - Scalzitti, N., Jeannin-Girardon, A., Collet, P., Poch, O. and Thompson, JD., 8èmes journées de la FMTS, 22 avril 2021 (Strasbourg, France)
  • Spliceator: A new strategy for genome annotation using a deep learning algorithm - Scalzitti, N., Jeannin-Girardon, A., Collet, P., Poch, O. and Thompson, JD., IGBMC-FMI Graduate student symposium, 26-29 avril 2021 (Illkirch, France)
  • Spliceator: A new strategy for genome annotation using a deep learning algorithm - Scalzitti, N., Jeannin-Girardon, A., Collet, P., Poch, O. and Thompson, JD., Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, 6-9 juillet 2021 (Paris, France)

Prix

Lauréat de la meilleure présentation aux "Journées du Campus d’Illkirch" (2021)
Second prix des présentations de posters aux journées de l'Ecole Doctorale (2021)

Contact

Adresse e-mail: n.scalzitti@unistra.fr - n.scalzitti@yahoo.com
Linkedin : in/nscalzitti/
ORCID : 0000-0002-2477-3054
Google Scholar : N. Scalzitti

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