Équipe CSTB - Systèmes Complexes, Bioinformatique Translationnelle

Laetitia Poidevin

De Équipe CSTB - Systèmes Complexes, Bioinformatique Translationnelle
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Ingénieur d'études en traitement de données biologiques à l'UDS au sein du thème LBGI de l'équipe CSTB

Mon activité s'articule principalement autour de deux axes:

  • Collecter, gérer, traiter, analyser et rendre accessible les données issues de la biologie à haut-débit

GxDb (Gene eXpression DataBase), développé en collaboration avec des membres du LBGI, est un outil de gestion, de traitement automatique, d’analyse et de visualisation des expériences de transcriptomique.

  • Analyse fonctionnelle

Cascade d'analyse afin d'extraire de l'information fonctionnelle à partir de listes de gènes.

Mots-clés: transcriptomique, base de données, programmation, bioanalyse

Mes publications récentes sont disponibles sur le site des publications du laboratoire.

Publications

Allot A, Chennen K, Nevers Y, Poidevin L, Kress A, Ripp R, Thompson JD, Poch O, Lecompte O. MyGeneFriends: A Social Network Linking Genes, Genetic Diseases, and Researchers. J Med Internet Res. 2017 Jun 16;19(6):e212.

Nevers Y, Prasad MK, Poidevin L, Chennen K, Allot A, Kress A, Ripp R, Thompson JD, Dollfus H, Poch O, Lecompte O. Insights into Ciliary Genes and Evolution from Multi-Level Phylogenetic Profiling. Mol Biol Evol. 2017 Aug 1;34(8):2016-2034.

Romain B, Benbrika-Nehmar R, Marisa L, Legrain M, Lobstein V, Oravecz A, Poidevin L, Bour C, Freund JN, Duluc I, Guenot D, Pencreach E. Histone hypoacetylation contributes to CXCL12 downregulation in colon cancer: impact on tumor growth and cell migration. Oncotarget. 2017 Jun 13;8(24):38351-38366.

Huck O, Al-Hashemi J, Poidevin L, Poch O, Davideau JL, Tenenbaum H, Amar S. Identification and Characterization of MicroRNA Differentially Expressed in Macrophages Exposed to Porphyromonas gingivalis Infection. Infect Immun. 2017 Feb 23;85(3).

Kole C, Berdugo N, Da Silva C, Aït-Ali N, Millet-Puel G, Pagan D, Blond F, Poidevin L, Ripp R, Fontaine V, Wincker P, Zack DJ, Sahel JA, Poch O, Léveillard T. Identification of an Alternative Splicing Product of the Otx2 Gene Expressed in the Neural Retina and Retinal Pigmented Epithelial Cells. PLoS One. 2016 Mar 17;11(3):e0150758.

Romand R, Ripp R, Poidevin L, Boeglin M, Geffers L, Dollé P, Poch O. Integrated annotation and analysis of in situ hybridization images using the ImAnno system: application to the ear and sensory organs of the fetal mouse. PLoS One. 2015 Feb 23;10(2):e0118024.

Allot A, Anno YN, Poidevin L, Ripp R, Poch O, Lecompte O. PARSEC: PAtteRn SEarch and Contextualization. Bioinformatics. 2013 Oct 15;29(20):2643-4.

Anamika K, Gyenis À, Poidevin L, Poch O, Tora L. RNA polymerase II pausing downstream of core histone genes is different from genes producing polyadenylated transcripts. PLoS One. 2012;7(6):e38769.

Luu TD, Rusu A, Walter V, Linard B, Poidevin L, Ripp R, Moulinier L, Muller J, Raffelsberger W, Wicker N, Lecompte O, Thompson JD, Poch O, Nguyen H. KD4v: Comprehensible Knowledge Discovery System for Missense Variant. Nucleic Acids Res. 2012 Jul;40(Web Server issue):W71-5.

Fridlich R, Delalande F, Jaillard C, Lu J, Poidevin L, Cronin T, Perrocheau L, Millet-Puel G, Niepon ML, Poch O, Holmgren A, Van Dorsselaer A, Sahel JA, Léveillard T. The thioredoxin-like protein rod-derived cone viability factor (RdCVFL) interacts with TAU and inhibits its phosphorylation in the retina. Mol Cell Proteomics. 2009 Jun;8(6):1206-18.

Kalathur RK, Gagniere N, Berthommier G, Poidevin L, Raffelsberger W, Ripp R, Léveillard T, Poch O. RETINOBASE: a web database, data mining and analysis platform for gene expression data on retina. BMC Genomics. 2008 May 5;9:208.