Différences entre les versions de « Julie Thompson »

Version actuelle datée du 30 novembre 2016 à 10:58

Directeur de Recherche CNRS, au Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie de l'Université de Strasbourg, Unité Mixte de Recherche CNRS 7357.
Co-responsable de la thématique LBGI Bioinformatique et Génomique Intégratives.
Responsable de la plate-forme bio-informatique, systèmes complexes BICS et la plate-forme bio-informatique de Strasbourg BISTRO.

Recherche

Mes centres d'intérêt concernent essentiellement le développement d’approches in silico robustes, automatisées et intégrées (approches analytiques, statistiques, intégration et fouille de données, extraction et représentation des connaissances...) pour étudier l'évolution et le comportement des systèmes biologiques complexes (« hyperstructures », réseaux, etc.) chez l'homme et divers modèles animaux. Profitant de nos approches informatiques intégrées et dans le cadre de collaborations au niveau international, national et local, nous participons à l'analyse de systèmes complexes impliqués dans diverses maladies humaines, notamment l'étude des déficiences fonctionnelles liées aux maladies rétiniennes ou du cerveau, l'identification de variations génétiques liées aux ciliopathies et la caractérisation du contexte génomique et transcriptomique dans divers cancers.

Projets en cours (avec financement)

Partenaire, projet FRM : 1000 exomes contre les myopathies: identification et analyse intégrée de nouveaux gènes (2014-2017)
Partenaire, projet ANR infrastructure: “ReNaBi-IFB : Bioinformatique structurale" (2013-2020)
Task leader, projet ANR infrastructure BIPBIP: ‘Bayesian inference paradigm: Biology in processors’ (2012-2017)
Responsable développement bioinformatique pour INSTRUCT : European Strategy Forum for Research Infrastructures (ESFRI) (2011-2016)
Responsable développement bioinformatique pour le ‘French Infrastructure for Integrated Structural Biology’ (FRISBI) (2011-2016)
Task leader, projet ANR : EvolHHuPro, “Definition of evolutionary histories for the human proteome” (2007-2010)
Task leader, projet AFM Décrypthon: “Large-scale identification of transcriptional networks during myogenesis" (2007-2009)
Partenaire, projet FP7: SPINE2-Complexes (From Receptor to Gene: Structures of complexes from signalling pathways linking immunology, neurobiology and cancer) (2006-2009)

Projets en cours (sans financement)

Implication dans le projet UniTwin Complex Systems Digital Campus de l'UNESCO
Analyses évolutives des séquences protéiques issues des données NGS, appliqués à la Santé en collaboration avec l'équipe Science des Données et Connaissances et la thématique l'optimisation stochastique.
GREMSAP (GRid Evolutionary Multiple Sequence Alignment Platform), en collaboration avec la thématique l'optimisation stochastique.
Social Network Clinical Database for Intellectual Disabilities : Mise en place d’un réseau social de patients autour de maladies génétiques amenant des déficiences intellectuelles, en collaboration avec la thématique l'optimisation stochastique, l’équipe Médecine translationnelle et neurogénétique, IGBMC et l’Université Cheikh Anta Diop au Sénégal.
Infrastructure big data pour l’analyse translationnelle des mutations impliquées dans les maladies génétiques humaines. SM2PH-central a pour but l’intégration de données hétérogènes (génomiques, phénotypiques, évolutives, réseaux cellulaires, …), avec les méthodes de fouilles de données (règles d’associations, programmation logique inductive, …).

Autres activités

Représentant français pour l’infrastructure européenne Elixir, Programmes of Work : (i) ‘data interoperability strategy’ et (ii) ‘training’

Membre suppléant du Comité de Pilotage de l’Institut Français de Bioinformatique (IFB)

Auteur de livre "Statistics for Bioinformatics : Methods for multiple sequence alignment", ISTE Science Publishing (en cours)

Editeur de livre “Functional proteomics: Methods and protocols”, Springer Humana Press, USA

Editorial board BMC Bioinformatics, Current Bioinformatics, PeerJ

Reviewing Bioinformatics, BMC Bioinformatics, BMC Evolutionary Biology, Nucleic Acids Research, Proteins: Structure, Function and Bioinformatics, Journal of Molecular Evolution

Expertise

HCERES (LBMC, Lyon; 2015)

ANR, expertise projets

Membre du comité pilotage: FRM Analyse Bioinformatique, 2014

Membre du committee, ‘Gravitation’ program, Netherlands Organisation for Scientific Research, 2012

Evaluator, Partnership Programme, PCCA 2011, Romanian National Council for Development and Innovation

Membre du Comité National, CNRS (2007-2008)

Membre du jury HDR : M Smail, 2014

Member du jury de thèse : Mokaddem A, Université de Tunis, 2014; E Bresso, Univeristé de Lorraine, 2013; C Kemena, CRG, Barcelona 2012, P Gouret Univ Provence 2010, France; M Vanhulsel Hasselt University, Belgium, 2009;

Organisation de manifestations / conférences European Conference Computational Biology (ECCB) 2014. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques JOBIM 2010-. ACS/IEEE International Conference on Computer Systems and Applications AICCSA'10.

Enseignement Bioinformatics and comparative genomics course, Université de la Réunion. (~20 H) (2013) Bioinformatics and comparative genomics course, Institut Pasteur Paris. (~20 H) (2010) Bioinformatics and comparative genomics course, organised by Institut Pasteur and EMBO. Brazil. (~20 H) (2008) Bioinformatics courses for IGBMC PhD program and Université de Strasbourg. (~10 H) (since 2007) Organisation of bioinformatics courses for IGBMC PhD programme and Université de Strasbourg (since 2007)

Supervision d'étudiants

PhD thesis: Aouled El Haj Mohamed S 2014-2017; Bermejo C 2013-2016; Vanhoutrève R 2013-2106; Linard B 2009-2012; Aniba MR 2007-2010;

Masters: Gass H 2016; Gilg M 2016; Bruxelles T 2015; Khenoussi W 2014; Bermejo C 2012; Schneider 2012; Lahure A 2011; Tankari A 2009; Karstens K 2008; Aniba MR 2007.

Prix ISI Web of Science, highly cited researcher in Biology and Biochemistry (isihighlycited.com, >75,000 citations); Prix Madeleine Lecoq de l’Académie des Sciences (2007); Prix Cristal du CNRS (2005)

Publications

Liste des publications

Contact

Dr. Julie Thompson
ICube, UMR CNRS 7357 
Faculté de Médecine
Bât. 3 5ième étage,
11 rue Humann
F-67000 Strasbourg

Mailing address:
Faculté de Médecine
ICube, UMR 7357
LBGI
4, rue Kirschleger
F- 67085 Strasbourg cedex

Tel : +33 (0)3 68 85 32 96 
courriel :  thompson@unistra.fr

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 [[Image:thompson.jpg]]
 * Directeur de Recherche CNRS, au [http://icube.unistra.fr Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie] de l'[http://www.unistra.fr Université de Strasbourg], Unité Mixte de Recherche CNRS 7357.
-* Co-responsable de [http://lbgi.fr LBGI Bioinformatique et Génomique Intégratives].
+* Co-responsable de la thématique [http://lbgi.fr LBGI Bioinformatique et Génomique Intégratives].
-* Responsable de la plate-forme bioinformatique [http://bioinfo-bistro.fr BISTRO].
+* Responsable de la plate-forme bio-informatique, systèmes complexes [http://plateforme.icube.unistra.fr/bics BICS] et la plate-forme bio-informatique de Strasbourg [http://bioinfo-bistro.fr BISTRO].
 ==Recherche==
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-==Projets en cours==
+==Projets en cours (avec financement) ==
+* Partenaire, projet FRM : 1000 exomes contre les myopathies: identification et analyse intégrée de nouveaux gènes (2014-2017)
+* Partenaire, projet ANR infrastructure: “ReNaBi-IFB : Bioinformatique structurale" (2013-2020)
+* Task leader, projet ANR infrastructure BIPBIP: ‘Bayesian inference paradigm: Biology in processors’ (2012-2017)
+* Responsable développement bioinformatique pour INSTRUCT : European Strategy Forum for Research Infrastructures (ESFRI) (2011-2016)
+* Responsable développement bioinformatique pour le ‘French Infrastructure for Integrated Structural Biology’ (FRISBI) (2011-2016)
+* Task leader, projet ANR : EvolHHuPro, “Definition of evolutionary histories for the human proteome” (2007-2010)
+* Task leader, projet AFM Décrypthon: “Large-scale identification of transcriptional networks during myogenesis" (2007-2009)
+* Partenaire, projet FP7: SPINE2-Complexes (From Receptor to Gene: Structures of complexes from signalling pathways linking immunology, neurobiology and cancer) (2006-2009)
-* Implication dans le projet Européen Infrastructures [www.structuralbiology.eu/ INSTRUCT]
+==Projets en cours (sans financement) ==
-* Implication dans le projet ANR Infrastructures BIPBIP: Paradigme d'Inference Bayesienne pour la Biologie Structurale in silico
+* Implication dans le projet [http://unitwin-cs.org UniTwin Complex Systems Digital Campus de l'UNESCO]
-* Implication dans le projet [http://unitwin-cs.org UniTwin Complex Systems Digital Campus de l'UNESCO]
+* Analyses évolutives des séquences protéiques issues des données NGS, appliqués à la Santé en collaboration avec l'équipe [[Science des Données et Connaissances]] et la thématique [[Evolution_artificielle,_optimisation_et_apprentissage|l'optimisation stochastique]].
-* Analyses évolutives des séquences protéiques issues des données NGS, appliqués à la Santé en collaboration avec les thématiques [[Fouille_de_données|la fouille de données]] et [[Evolution_artificielle,_optimisation_et_apprentissage|l'optimisation stochastique]].
+* GREMSAP (GRid Evolutionary Multiple Sequence Alignment Platform), en collaboration avec la thématique [[Evolution_artificielle,_optimisation_et_apprentissage|l'optimisation stochastique]].
-* GREMSAP (GRid Evolutionary Multiple Sequence Alignment Platform), en collaboration avec la thématique [[Evolution_artificielle,_optimisation_et_apprentissage|l'optimisation stochastique]], l’Institut des Systèmes Complexes Paris Île de France, l’Institut de Neurobiologie Albert Fressard.
 * Social Network Clinical Database for Intellectual Disabilities : Mise en place d’un réseau social de patients autour de maladies génétiques amenant des déficiences intellectuelles, en collaboration avec la thématique [[Evolution_artificielle,_optimisation_et_apprentissage|l'optimisation stochastique]], l’équipe [http://www.igbmc.fr/research/department/4/team/44/ Médecine translationnelle et neurogénétique, IGBMC] et [http://www.ucad.sn l’Université Cheikh Anta Diop au Sénégal].
-* Infrastructure big data pour l’analyse translationnelle des mutations impliquées dans les maladies génétiques humaines. BIRD/SM2PH-central a pour but l’intégration de données hétérogènes (génomiques, phénotypiques, évolutives, réseaux cellulaires, …), avec les méthodes de fouilles de données (règles d’associations, programmation logique inductive, …), et inclut la conception d'un langage de requête sémantique (BIRD-QL) et le développement d’interfaces graphiques originales.
+* Infrastructure big data pour l’analyse translationnelle des mutations impliquées dans les maladies génétiques humaines. SM2PH-central a pour but l’intégration de données hétérogènes (génomiques, phénotypiques, évolutives, réseaux cellulaires, …), avec les méthodes de fouilles de données (règles d’associations, programmation logique inductive, …).
-==Publications==
+==Autres activités==
-Khenoussi W, Vanhoutrève R, Poch O, Thompson JD. SIBIS: a Bayesian model for inconsistent protein sequence estimation. Bioinformatics. 2014 30:2432-9.
+Représentant français pour l’infrastructure européenne Elixir, Programmes of Work : (i) ‘data interoperability strategy’ et (ii) ‘training’
-Bermejo-Das-Neves C, Nguyen HN, Poch O, Thompson JD. A comprehensive study of small non-frameshift insertions/deletions in proteins and prediction of their phenotypic effects by a machine learning method (KD4i). BMC Bioinformatics. 2014 15:111.
+Membre suppléant du Comité de Pilotage de l’Institut Français de Bioinformatique (IFB)
-Nguyen H, Luu TD, Poch O, Thompson JD. Knowledge discovery in variant databases using inductive logic programming. Bioinform Biol Insights. 2013 7:119-31.
+'''Auteur de livre'''
+"Statistics for Bioinformatics : Methods for multiple sequence alignment", ISTE Science Publishing (en cours)
-Bedez F, Linard B, Brochet X, Ripp R, Thompson JD, Moras D, Lecompte O, Poch O. Functional insights into the core-TFIIH from a comparative survey. Genomics. 2013 101(3):178-86.
+'''Editeur de livre'''
+“Functional proteomics: Methods and protocols”, Springer Humana Press, USA
-Levasseur A, Paganini J, Dainat J, Thompson JD, Poch O, Pontarotti P, Gouret P. The chordate proteome history database. Evol Bioinform Online. 2012;8:437-47.
+'''Editorial board'''
+BMC Bioinformatics, Current Bioinformatics, PeerJ
-De Craene JO, Ripp R, Lecompte O, Thompson JD, Poch O, Friant S. Evolutionary analysis of the ENTH/ANTH/VHS protein superfamily reveals a coevolution between membrane trafficking and metabolism. BMC Genomics. 2012 13:297.
+'''Reviewing'''
+Bioinformatics, BMC Bioinformatics, BMC Evolutionary Biology, Nucleic Acids Research, Proteins: Structure, Function and Bioinformatics, Journal of Molecular Evolution
-Luu TD, Rusu A, Walter V, Linard B, Poidevin L, Ripp R, Moulinier L, Muller J, Raffelsberger W, Wicker N, Lecompte O, Thompson JD, Poch O, Nguyen H. KD4v: Comprehensible Knowledge Discovery System for Missense Variant. Nucleic Acids Res. 2012 40(Web Server issue):W71-5.
-Luu TD, Rusu AM, Walter V, Ripp R, Moulinier L, Muller J, Toursel T, Thompson JD, Poch O, Nguyen H. MSV3d: database of human MisSense Variants mapped to 3D protein structure. Database (Oxford). 2012 2012:bas018.
-Linard B, Nguyen NH, Prosdocimi F, Poch O, Thompson JD. EvoluCode: Evolutionary Barcodes as a Unifying Framework for Multilevel Evolutionary Data. Evol Bioinform Online. 2012;8:61-77.
-Prosdocimi F, Linard B, Pontarotti P, Poch O, Thompson JD. Controversies in modern evolutionary biology: the imperative for error detection and quality control. BMC Genomics. 2012 13:5.
-Sievers F, Wilm A, Dineen D, Gibson TJ, Karplus K, Li W, Lopez R, McWilliam H, Remmert M, Söding J, Thompson JD, Higgins DG. Fast, scalable generation of high-quality protein multiple sequence alignments using Clustal Omega. Mol Syst Biol. 2011 7:539.
-Thompson JD, Linard B, Lecompte O, Poch O. A comprehensive benchmark study of multiple sequence alignment methods: current challenges and future perspectives. PLoS One. 2011 6(3):e18093.
-Linard B, Thompson JD, Poch O, Lecompte O (2011) OrthoInspector: comprehensive orthology analysis and visual exploration. BMC Bioinformatics 12:11.
-Thompson JD, Linard B, Lecompte O, Poch O (2011) A Comprehensive benchmark study of multiple sequence alignment methods: current challenges and future perspectives. PLoS ONE 6:e18093
-Aniba MR, Poch O, Marchler-Bauer A, Thompson JD (2010) AlexSys: a knowledge-based expert system for multiple sequence alignment construction and analysis. Nucleic Acids Res 38(19): 6338-6349
-Aniba MR, Poch O, Thompson JD (2010) Issues in bioinformatics benchmarking: the case study of multiple sequence alignment. Nucleic Acids Res 38(21): 7353-7363
+'''Expertise'''
-Procter JB, Thompson JD, Letunic I, Creevey C, Jossinet F, Barton GJ (2010) Visualization of multiple alignments, phylogenies and gene family evolution. Nat Methods 7(3 Suppl):S16-25
+HCERES (LBMC, Lyon; 2015)
-Muller J, Creevey CJ, Thompson JD, Arendt D, Bork P (2010) AQUA: automated quality improvement for multiple sequence alignments. Bioinformatics. 26(2):263-5.
+ANR, expertise projets
-Aniba MR, Siguenza S, Friedrich A, Plewniak F, Poch O, Marchler-Bauer A, Thompson JD (2009) Knowledge-based expert systems and a proof-of-concept case study for multiple sequence alignment construction and analysis. Brief Bioinform 10(1): 11-23
+Membre du comité pilotage: FRM Analyse Bioinformatique, 2014
-Gouret P, Thompson JD, Pontarotti P (2009) PhyloPattern: regular expressions to identify complex patterns in phylogenetic trees. BMC Bioinformatics. 10:298.
+Membre du committee, ‘Gravitation’ program, Netherlands Organisation for Scientific Research, 2012
-Ruano-Rubio V, Poch O, Thompson JD (2009) Comparison of eukaryotic phylogenetic profiling approaches using species tree aware methods. BMC Bioinformatics 10: 383
+Evaluator, Partnership Programme, PCCA 2011, Romanian National Council for Development and Innovation
-Prosdocimi F, Chisham B, Pontelli E, Thompson JD, Stoltzfus A (2009) Initial implementation of a comparative data analysis ontology. Evol Bioinform Online. 5:47-66.
+Membre du Comité National, CNRS (2007-2008)
-Levasseur A, Pontarotti P, Poch O, Thompson JD (2008) Strategies for reliable exploitation of evolutionary concepts in high throughput biology. Evol Bioinform Online 4: 121-137
+Membre du jury HDR : M Smail, 2014
-Perrodou E, Chica C, Poch O, Gibson TJ, Thompson JD (2008) A new protein linear motif benchmark for multiple sequence alignment software. BMC Bioinformatics 9(1): 213
+Member du jury de thèse : Mokaddem A, Université de Tunis, 2014; E Bresso, Univeristé de Lorraine, 2013; C Kemena, CRG, Barcelona 2012, P Gouret Univ Provence 2010, France; M Vanhulsel Hasselt University, Belgium, 2009;
-Larkin MA, Blackshields G, Brown NP, Chenna R, McGettigan PA, McWilliam H, Valentin F, Wallace IM, Wilm A, Lopez R, Thompson JD, Gibson TJ, Higgins DG (2007) Clustal W and Clustal X version 2.0. Bioinformatics 23(21):2947-8.
-Thompson JD, Muller A, Waterhouse A, Procter J, Barton GJ, Plewniak F, Poch O. MACSIMS: multiple alignment of complete sequences information management system. BMC Bioinformatics. 2006 7:318.
-Bianchetti L, Thompson JD, Lecompte O, Plewniak F, Poch O. vALId: validation of protein sequence quality based on multiple alignment data. J Bioinform Comput Biol. 2005 3(4):929-47.
-Thompson JD, Koehl P, Ripp R, Poch O. BAliBASE 3.0: latest developments of the multiple sequence alignment benchmark. Proteins. 2005 61(1):127-36.
-Thompson JD, Holbrook SR, Katoh K, Koehl P, Moras D, Westhof E, Poch O. MAO: a Multiple Alignment Ontology for nucleic acid and protein sequences. Nucleic Acids Res. 2005 33(13):4164-71.
-Chalmel F, Lardenois A, Thompson JD, Muller J, Sahel JA, Léveillard T, Poch O. GOAnno: GO annotation based on multiple alignment. Bioinformatics. 2005 21(9):2095-6.
-Thompson JD, Prigent V, Poch O. LEON: multiple aLignment Evaluation Of Neighbours. Nucleic Acids Res. 2004 32(4):1298-307.
-Plewniak F, Bianchetti L, Brelivet Y, Carles A, Chalmel F, Lecompte O, Mochel T, Moulinier L, Muller A, Muller J, Prigent V, Ripp R, Thierry JC, Thompson JD, Wicker N, Poch O. PipeAlign: A new toolkit for protein family analysis. Nucleic Acids Res. 2003 31(13):3829-32.
-Chenna R, Sugawara H, Koike T, Lopez R, Gibson TJ, Higgins DG, Thompson JD. Multiple sequence alignment with the Clustal series of programs. Nucleic Acids Res. 2003 31(13):3497-500.
-Thompson JD, Thierry JC, Poch O. RASCAL: rapid scanning and correction of multiple sequence alignments. Bioinformatics. 2003 19(9):1155-61.
-Thompson JD, Plewniak F, Ripp R, Thierry JC, Poch O. Towards a reliable objective function for multiple sequence alignments. J Mol Biol. 2001 314(4):937-51.
-Lecompte O, Thompson JD, Plewniak F, Thierry J, Poch O. Multiple alignment of complete sequences (MACS) in the post-genomic era. Gene. 2001 270(1-2):17-30.
-Bahr A, Thompson JD, Thierry JC, Poch O. BAliBASE (Benchmark Alignment dataBASE): enhancements for repeats, transmembrane sequences and circular permutations. Nucleic Acids Res. 2001 29(1):323-6.
-Thompson JD, Plewniak F, Thierry J, Poch O. DbClustal: rapid and reliable global multiple alignments of protein sequences detected by database searches. Nucleic Acids Res. 2000 28(15):2919-26.
-Plewniak F, Thompson JD, Poch O.  Ballast: blast post-processing based on locally conserved segments. Bioinformatics. 2000 16(9):750-9.
-Thompson JD, Plewniak F, Poch O. A comprehensive comparison of multiple sequence alignment programs. Nucleic Acids Res. 1999 27(13):2682-90.
-Thompson JD, Plewniak F, Poch O. BAliBASE: a benchmark alignment database for the evaluation of multiple alignment programs. Bioinformatics. 1999 15(1):87-8.
-Jeanmougin F, Thompson JD, Gouy M, Higgins DG, Gibson TJ. Multiple sequence alignment with Clustal X. Trends Biochem Sci. 1998 23(10):403-5.
-Thompson JD, Gibson TJ, Plewniak F, Jeanmougin F, Higgins DG. The CLUSTAL_X windows interface: flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools. Nucleic Acids Res. 1997 25(24):4876-82.
-Higgins DG, Thompson JD, Gibson TJ. Using CLUSTAL for multiple sequence alignments. Methods Enzymol. 1996;266:383-402.
-Thompson JD, Higgins DG, Gibson TJ. CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Res. 1994 22(22):4673-80.
-Thompson JD, Higgins DG, Gibson TJ. Improved sensitivity of profile searches through the use of sequence weights and gap excision. Comput Appl Biosci. 1994 10(1):19-29.
-==Autres activités==
-'''Editeur de livre'''
-“Functional proteomics: Methods and protocols”, Springer Humana Press, USA
-'''Editorial board'''
-Current Bioinformatics, Molecular Biotechnology
-'''Reviewing'''
-Bioinformatics, BMC Bioinformatics, BMC Evolutionary Biology, Nucleic Acids Research, Proteins: Structure, Function and Bioinformatics, Journal of Molecular Evolution
-Grant reviews for ANR
-Membre du committee, ‘Gravitation’ program, Netherlands Organisation for Scientific Research, 2012Evaluator, Partnership Programme, PCCA 2011, Romanian National Council for Development and Innovation
-Member of Comité National, CNRS (2007-2008)
-Member of thesis Jury: E Bresso, Univeristé de Lorraine, 2013; C Kemena, CRG, Barcelona 2012, P Gouret Univ Provence 2010, France; M Vanhulsel Hasselt University, Belgium, 2009;
 '''Organisation de manifestations / conférences'''
 European Conference Computational Biology (ECCB) 2014.
-Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques JOBIM 2010-2012.
+Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques JOBIM 2010-.
 ACS/IEEE International Conference on Computer Systems and Applications AICCSA'10.
 '''Enseignement'''
-Bioinformatics and comparative genomics course, Unioversité de la Réunion. (~20 H) (2013)
+Bioinformatics and comparative genomics course, Université de la Réunion. (~20 H) (2013)
 Bioinformatics and comparative genomics course, Institut Pasteur Paris. (~20 H) (2010)
 Bioinformatics and comparative genomics course, organised by Institut Pasteur and EMBO. Brazil. (~20 H) (2008)
@@ Ligne 140 : / Ligne 74 : @@
 '''Supervision d'étudiants'''
-Post-docs: Prosdocimi F 2008-2009; Ruano-Rubio V 2008-2009;
+PhD thesis: Aouled El Haj Mohamed S 2014-2017; Bermejo C 2013-2016; Vanhoutrève R 2013-2106; Linard B 2009-2012; Aniba MR 2007-2010;
-PhD thesis: Bermejo C 2013-2016; Vanhoutrève 2013-2106; Linard B 2009-2012; Aniba MR 2007-2010; Masters: Lahure A 2011; Tankari A 2009; Karstens K 2008; Aniba MR 2007.
+Masters: Gass H 2016; Gilg M 2016; Bruxelles T 2015; Khenoussi W 2014; Bermejo C 2012; Schneider 2012; Lahure A 2011; Tankari A 2009; Karstens K 2008; Aniba MR 2007.
 '''Prix''' ISI Web of Science, highly cited researcher in Biology and Biochemistry (isihighlycited.com, >75,000 citations); Prix Madeleine Lecoq de l’Académie des Sciences (2007); Prix Cristal du CNRS (2005)
+==Publications==
+* [http://icube-publis.unistra.fr/appli.php?author=Julie+Thompson&title=&team=toutes&annee1=&annee2=&nationalRank=toutes&project=tous Liste des publications]
 ==Contact==

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