Faits marquants

Activités de l'équipe en 2023 | Années précédentes

Activités scientifiques

Janvier

24/01: Soutenance de thèse d'Amani Abou-Rida, "Enhancing Detection and Explainability in Cybersecurity: A Shift from Machine Learning to Graph Learning.", supervisée par Rabih Amhaz et Pierre Parrend
09/01: Article “Impact of Decentralized Autonomous Organizations (DAO) on society 5.0” accepté dans le 8th International Conference on Networks and Communications Rabih Amhaz)

Décembre

21/12 : Dépôt d'un projet dans le cadre de l'appel "Approches interdisciplinaires des processus oncogéniques et perspectives thérapeutiques" de l'ITMO Cancer (O. Lecompte, collaboration ICUBE/ LBP/ CRCM)
19-20/12 : Participation à l'AG de l'Institut Francais de Bioinformatique (Julie Thompson)
20/12 : Départ de Pierre Collet pour l'ITISB (Institut de Technologie en Innovation pour la Santé et le Bien-être) à Viña del Mar, Valparaiso, Université Andrés Bello, Chili
18/12 : Participation au jury de thèse de V Andriamanga - Université de Paris-Saclay (O. Lecompte)
14/12 : Participation au jury de thèse de Goran Bich - IGBMC (J. Thompson)
04/12 : Réunion avec Raphael Carapito et Raony Guimaraes (Centre de Recherche d'Immunologie et d'Hématologie) pour discuter d'une collaboration autour des analyses multi-omiques et IA
01/12 : Soutenance de thèse de Naser Ghannad, "Metaheuristics and machine learning algorithms for the inventive design problem-solving loop", supervisée par Roland de Guio et Pierre Parrend

Novembre

21/11 : Article "The MetaInvert soil invertebrate genome resource provides insights into below-ground biodiversity and evolution" (Collins et al.) accepté dans Communications Biology
20/11 : Conférence invitée : Ethique et IA, Université Andrés Bello, Viña del Mar, Chili, Pierre Collet
17/11 : Conférence invitée : Systèmes Complexes, Université Alberto Hurtado, Santiatgo du Chili, Pierre Collet
17/11 : Conférence invitée : Ethique et IA, Université Alberto Hurtado, Santiatgo du Chili, Pierre Collet
7/11 : Soutenance de thèse de Hiba Khodji, "Apprentissage profond et transfert de connaissances pour la détection d’erreurs dans les séquences biologiques" superviée par Julie Thompson, Anne Jeannin-Girardon et Pierre Collet

Octobre

30/10 : Emmenagement des nouveaux bureaux dans le batiment Clovis Vincent
23/10 : Article "Temporal dynamics of the immune response in Astacus astacus challenged with Aphanomyces astaci" accepté dans Fish and Shellfish Immunology (Boštjančić et al.)
20/10 : Soutenance de thèse de Corentin Meyer, CNRS 80|PRIME "MYO-xIA : IA explicable pour la classification intégrée et la prédiction des myopathies congénitales" co-dirigée par Olivier Poch, Pierre Collet
15/10 : Projet X-KDEVS - eXplainable Knowledge-Enhanced DEVS Simulation for Complex Systems, JCJC ANR2024 DEPOT (Ali Ayadi)
10/10 : Ali Ayadi a rejoint le comité scientifique du RED (Réseau DEVS - Discrete Event System Specification).
09/10 : Dépôt d'un projet de chaire de professeur junior (O. Lecompte)
02/10 : Début de la thèse de Quentin Rott (co-direction O. Lecompte, L. Choulier)

Septembre

28/09 : Projet "EN HOPE SMART4CBT : "East North-Hematology Oncology PEdiatric consortium : research program of Social sciences, Microenvironment & multiomics Analyses in RadioTherapy resistance For Children Brain Tumors" LABELLISE centre de recherche intégrée d’excellence en cancérologie pédiatrique (PEDIACRIEX23) par l'Institut National de Cancer - (K. Chennen, A. Kress, L. Poidevin, porteur ICube: O. Poch)
21/09 : Comite de Pilotage du Projet RaReTIA : Artificial Intelligence for Rare Eye Genetic Diseases" - (K. Chennen, A. Kress, porteur ICube: O. Poch)
20/09 : Projet CZI (Chan Zuckerberg Initiative) Collaborative Pairs Pilot Project Awards: "Moonlighting functions in neurodegenerative aaRSopathies", pré-proposition retenue (11/08) et DEPOT projet final - (K. Chennen, A. Kress, C. Mayer, O. Poch, porteur : A. Ayadi)
5-8/09 : Participation au congrès CrayfIT (Pavia, Italie) de Lena Bonassin, Christelle Rutz et Luka Bostjancic - Prix de la meilleure présentation pour Luka Bostjancic
4-8/09 : Visite d'Ulviyya Abdulkarimova, maîtresse de conférence, membre associée de l'équipe CSTB, UFAZ French-Azerbaijani University
05/09 : Candidature Unistra / ICube pour l'AAP EOSC Future – Mini Competition 2.0 within the OCRE Framework: NON RETENUE (K. Chennen, P. Collet, A. Kress, L. Moulinier, O. Poch, L. Poidevin, J. Thompson; porteuse : O. Lecompte)
04/09 : Accord de Consortium projet "RaReTIA: Artificial Intelligence for Rare Eye Genetic Diseases" SIGNE (K. Chennen, A. Kress, porteur ICube: O. Poch)
01/09 : Article "Modeling and simulation of the sars-cov-2 lung infection and immune response with cell-devs" accepté dans Winter Simulation Conference 2023 (A. Ayadi et al.)
01/09 : Projet Extreme Phenotpyes in Retinopathies, AAp Retina France DEPOT (K. Chennen, porteur ICube : O. Poch)
01/09 : Projet EpiTarget in Glioma, AAP ERA-NET TransCan3 (Translational Cancer research) DEPOT (K. Chennen)
01/09 : Projet Retina Rare Disease PartnerShip, AAP European Rare Diseases Research Alliance ACCEPTE (K. Chennen, Porteur ICube: O. Poch)

Août

31/08 : Lancement de « Innovations in Graph Theory », revue mathématique sur la théorie des graphes et ses interactions avec d'autres domaines. La revue suit le modèle « Diamond open access » : gratuite pour les auteurs, gratuite pour les lecteurs.
14/08 : Obtention d'une thèse CIFRE financé par IBM, sur l'algorithmique quantique par le doctorant Léo Cheneau, directeur de thèse P. Collet
12/08 : Article "Abundance and diversification of repetitive elements in Decapoda genomes" (C. Rutz et al.) accepté dans Genes
11/08 : Projet accepté pour Cycle 2 of Chan Zuckerberg Initiative (CZI) Collaborative Pairs Pilot Project Awards : 'Moonlight functions in neurodegenerative aaRsopathies', porteur Ali Ayadi

Juillet

31/07 : Participation au Comité de suivi de thèse d'Hosna Baniadam (EMBL) - O. Lecompte
12/07: Lancement du WP4 du projet ANR Correau (Détection d'attaque dans les réseaux d'eau) dont ICube est leader - P. Parrend
11/07 : Participation au jury PhD de Hrishikesh Dhondge, INRIA Nancy - J. Thompson
07/07 : Obtention d'un contrat doctoral (ED Vie et Santé) par Quentin Rott (co-direction L. Choulier et O. Lecompte)
03/07 : Participation d'O. Lecompte au jury d'HDR de Catherine Mathé (Université Toulouse III)

Juin

29-30/06 : Bingi Days, retraite de l'équipe
29/06 : Réunion avec IBM pour le financement d'une thèse CIFRE sur l'algorithmique quantique
28/06 : Embauche (probable) de Anna Leonteva par la startup QPerfect sur un post-doc en informatique quantique
22/06 : Submission d'un projet à l'AAP Chan Zuckerberg Initiative maladies neurodégénératives (A. Ayadi)
20/06 : Sélection à l'oral du concours d'attribution des contrats doctoraux (ED Vie et Santé) de Lucille Herbay et Quentin Rott du CSTB
16/06 : Organisation d'un atelier autour de l'engagement des scientifiques dans la société dans le cadre du Mentorat en Alsace - O. Lecompte
02/06 : Séminaire invité, O. Lecompte - Exploration of genomes beyond classical model species : applications and challenges - IGBMC
01/06 : Article accepté dans SIMULATION - Transactions of The Society for Modeling and Simulation : Combining DEVS simulation and ontological modeling for a hierarchical analysis of the SARS-CoV-2 replication, A. Ayadi et al. 2023
01/06 : Participation au workshop ICUBE KAIST 2023 "Philosophical Exploration on Machine Learning", Pierre Collet

Mai

3/05 : Article en collaboration avec le Swiss Institute of Bioinformatics accepté dans Genome Biology - Nevers, Glover, Dessimoz & Lecompte - "Protein length distribution is remarkably uniform across the three of life"
08-09/05 : Participation au Soil Invertebrate Genome Initiative meeting (Francfort), O. Lecompte et D. Merlat
10-12/05 : Participation au RESSI (Rendez-Vous de la Recherche et de l'Enseignement de la Sécurité des Systèmes d'Information), M. Jaber, J. Michel, P. Parrend.
11/05 : Séminaire de mathématiques discrètes : Spanning trees in regular graphs, KIT - Karlsruher Institut für Technologie, J.-S. Sereni.
12/05 : Parition d'une communication grand public : 'Enseignement supérieur et désinformation: quel bilan dans les écoles d’ingénieur ?', dans 'Lutte contre les manipulations de l’information: Regards croisés de spécialistes et d’acteurs du domaine' Livre Blanc du Pôle d’Excellence Cyber, avec la participation de P. Parrend.
20/05 : Le projet EN HOPE SMART 4CBT (East North-Hematology Oncology PEdiatric consortium offering a research program of Social sciences, Microenvironment & multiomics Analyses in RadioTherapy resistance For Children Brain Tumors) déposé dans le cadre de l'appel à projet PEDIACRIEX23 pour la labellisation de centres de recherche intégrée d'excellence en cancérologie pédiatrique a été retenu pour audition devant le comité d'experts internationaux qui aura lieu le 28 Juin 2023
24/05 : Keynote aux Journées Nationales des MIAGE, "Quel lien entre science, éthique et IA ?", Pierre Collet
25-26/05 : Participation au colloque HILISIT à Marseille : "POEM : Intégration de l'intertutorat et de ChatGPT à l'éducation", Pierre Collet

Avril

6/04 : Article accepté dans Frontiers in Bioinformatics : Real or fake? Measuring the impact of protein annotation errors on estimates of domain gain and loss events, A. Kress et al. 2023
15/4 : Arrivée de Côme Frappé-Vialatoux, Projet ANR Correau (détection d'attaque sur les réseaux d'eau)
19/04 : Séminaire invité, P. Parrend : Trusted Graph for explainable detection of cyberattacks, au Cyber CNI Lecture Series (TALK.cybercni.fr) qui vise à sensibiliser tous les publics aux questions de cybersécurité et à permettre un dialogue permanent entre les experts de l'industrie et du monde universitaire et le grand public.
26/04 : 'Best Paper Award' à la conférence Complex Computational Ecosystems 2023, Baku : "Metrics for Evaluating Interface Explainability Models for Cyberattack Detection in IoT Data”, Amani Abou Rida
25-27/04 : Organisation de la première conférence internationale à comité de lecture CCE'23 avec publication Springer à Baku : https://cce-2023.ufaz.az/

Mars

6/03 : Dépôt d'un sujet de thèse en codirection entre Laurence Choulier (Laboratoire de Bioimagerie et Pathologies, UMR7021) et Odile Lecompte
6/03 : Dépôt d'un sujet de thèse en codirection entre Jean Louis Mandel (IGBMC) et Julie Thompson
13/03 : Présentation à la première rencontre du groupe de travail "Aspects Computationnels de l'Éthique" (GDR RADIA) au LIP6, Paris : "Éléments d'épistémologie et d'éthique des systèmes d’apprentissage automatique", Anne Jeannin-Girardon
14/03 : Dépôt du projet SMART4CBT (Sciences sociales, Microenvironnement & analyses multiomiques dans la résistance au RadioThérapie dans les tumeurs cérébrales de l'enfant) pour la création d'un Centre de Recherche Intégrée Nord-Est en Oncopédiatrie (appel à projet national INCA), Olivier Poch
15/03 : Rencontre avec les membres de la SATT CONECTUS pour la valorisation des outils du CSTB et de BiGEst-ICube, Olivier Poch, Arnaud Kress/Luc Mouliner
26/03 : Dépôt de la maquette du nouveau parcours Bioinformatique et bioimagerie structurale du Master Sciences du vivant de Strasbourg (co-responsable : O. Lecompte)
27-31/03 : Participation de J.-S. Sereni au colloque en ligne « χ-boundedness », dans le cadre du réseau A Sparse (Graphs) Coalition
29/03 : Article publié dans le Journal of Fungi : C. Mayer et al. CeGAL: Redefining a Widespread Fungal-Specific Transcription Factor Family Using an In Silico Error-Tracking Approach

Février

02/02 : Réunion de travail avec Emmanuelle Leize (Laboratoire de Spectrométrie de Masse des Interactions et des Systèmes) pour discuter d'une collaboration autour de l'utilisation d'approches IA en protéomique. J. Thompson, K. Chennen.
02-03/02 : Participation de Dorine Merlat à la conférence Omics Days 2023 (Montpellier)
8/02 : Participation au cercle de mentorat (O. Lecompte)

Janvier

09/01 : Séminaire invité de D. Merlat - ERGA Annotation Committee
11/01: intervention à la conférence Intelligence Artificielle de l'ESBS : "Intelligence artificielle, éthique et santé" (A. Jeannin-Girardon)
12/01: Participation aux Journées des Universités (O. Lecompte)
23-25/01 : Présentation d'un poster aux rencontres ALPHY (Grenoble) par Dorine Merlat

Visiteurs

4-8/09 : Visite d'Ulviyya Abdulkarimova, maitre de conférence, UFAZ French-Azerbaijani University
24-28/07 : Visite de Z. B. Yilma (Carnegie Mellon University in Quatar).
28/06-03/07 : Visite de F. Jouve (Université de Bordeaux).

19-22/06 : Visite de A. Goodall (Université Charles de Prague, République tchèque) et F. Jouve (Université de Bordeaux).

31/05 : Visite de Miklos Balint (Loewe Centre for Translational Biodiversity genomics, Francfort)

04-08/04 : Visite de J. Volec (Czech Technical University, République tchèque).

Doctorats

03/05 : Committee de suivi individuel (CSI) de Alix Simon, encadrants J. Thompson et J. Laporte (IGBMC)
16/05 : Comité de suivi individuel (CSI) de Luka Boštjančić, encadrantes O. Lecompte et K. Theissinger (LOEWE Centre for Translational Biodiversity Genomics, Frankfurt)
17/05 : Comité de suivi individuel (CSI) de Lena Bonassin, encadrantes O. Lecompte et K. Theissinger (LOEWE Centre for Translational Biodiversity Genomics, Frankfurt)
30/05 : Comité de suivi individuel (CSI) de Christelle Rutz, encadrante O. Lecompte
31/05 : Committee de suivi individuel (CSI) de Nicolas Haas, encadrant O. Poch
31/05 : Comité de suivi individuel (CSI) de Dorine Merlat, encadrants O. Lecompte et Miklos Balint (LOEWE Centre for Translational Biodiversity Genomics, Frankfurt)

Stages

15/03 : Début du stage M1 de Burak Arti, M1 BSIB. Encadrement: Julie Thompson et Laetitia Poidevin
15/03 : Début du stage M1 de Julien Schaffer, M1 BSIB. Encadrement: Julie Thompson et Kirsley Chennen
15/03 : Début du stage M1 de Dehelia Chettouf, M1 BSIB. Encadrement: Claudine Mayer, Kirsley Chennen et Olivier Poch
15/03 : Début du stage M1 de Migena Bejko, M1 BSIB. Encadrement: Kirsley Chennen, Claudine Mayer et Olivier Poch
15/03 : Début du stage M1 de Deborah Antonio, M1 BSIB. Encadrement: Claudine Mayer et Olivier Poch

27/02 : Début du stage M2 de Fazil Mammadov, UFAZ, Baku. Encadrement: Rabih Amhaz

15/01 : Début du stage M2 de Lucille Herbay (Science de la vie, biologie moléculaire) encadrée par Julie Thompson, Arnaud Kress

Activités administratives

07/12 : Conseil de CRBS (J. Thompson)
01/12 : Réunion bilan de la 1ère année du mentorat en Alsace et lancement de la 2ème année (O. Lecompte)
27/11 : Réunion portant sur les perspectives du CRBS avec les tutelles, représentées par Eric Simon pour l’Inserm et Eric Westhof pour l’Unistra
04/10 : Comité de pilotage Mentorat en Alsace (O. Lecompte)
31/08 : Réunion pour l'allocation des bureaux Clovis Vincent (J. Thompson)
09/02 : Réunion du groupe de travail RDA Unistra (J. Thompson, Paulette Lieby)
10/02 : Comité de pilotage Science Ouverte de l'Unistra (J. Thompson)

20/01 : Réunion d'organisation du nouveau master Unistra en bioinformatique et bioimagerie structurale, prévu en 2024 (O. Lecompte, J. Thompson)
23/01 : RDA organisational assembly (J. Thompson)

Divers

7/02 : Première session de la formation VSSH (Violence Sexiste et Sexuelle et Homophobe)
21/03 : Deuxième session de la formation VSSH (Violence Sexiste et Sexuelle et Homophobe)

Vie de l'équipe

Réunions d'équipe

Dates fixées à partir du 1er janvier - Début des réunions à 13:30

1er mardi du mois : Réunion groupe A (A-G)
2ème mardi du mois : Réunion groupe B (H-N)
3ème mardi du mois : Réunion groupe C (O-Z)
4ème mardi du mois : Réunion Permanents

Session "Jeun's"

Chaque jeudi à 14:00 : Présentations des "jeunes" pour préparation aux oraux suivies de questions (2 à 3 présentations de 12 min pour stagiaires et doctorants 1ère et 2ème année, 20 min pour doctorants 3ème année).

06/04 : (*) Session "Jeun's" Présentation de Arnaud Kress
06/04 : (*) Session "Jeun's" Présentation de Ihsane Errami
30/03 : (*) Session "Jeun's" Présentation de Corentin Meyer
23/03 : (*) Session "Jeun's" Présentations de Deborah Antonio, Burak Arti, Migena Bejko, Dehelia Chettouf et Julien Schaffer
16/03 : (*) Session "Jeun's" Présentations d'Anne Jeannin-Girardon et Hiba Khodji

23/02 : (*) Réunion pour discuter de l'organisation des présentations