Équipe CSTB : Systèmes Complexes et Bioinformatique Translationnelle

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De Équipe CSTB : Systèmes Complexes et Bioinformatique Translationnelle
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'''Activités de l'équipe en 2023''' | ''[[Activites archives|Années précédentes]]''
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'''Activités de l'équipe en 2024''' | ''[[Activites archives|Années précédentes]]''
  
 
= Activités scientifiques =
 
= Activités scientifiques =
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== Avril ==
 
== Avril ==
  
6/04 : Article accepté dans Frontiers in Bioinformatics : Real or fake? Measuring the impact of protein annotation errors on estimates of domain gain and loss events, A. Kress et al. 2023<br /><br />
 
19/04 : Séminaire invité, P. Parrend : Trusted Graph for explainable detection of cyberattacks, au Cyber CNI Lecture Series (TALK.cybercni.fr) qui vise à sensibiliser tous les publics aux questions de cybersécurité et à permettre un dialogue permanent entre les experts de l'industrie et du monde universitaire et le grand public.<br /><br />
 
  
 
== Mars ==
 
== Mars ==
6/03 : Dépôt d'un sujet de thèse en codirection entre Laurence Choulier (Laboratoire de Bioimagerie et Pathologies, UMR7021) et Odile Lecompte<br />
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20/03: Conférence Grand Publique organisée par le Gouverneur Militaire de Strasbourg "l’IA de confiance au service de la cybersécurité" par Rabih Amhaz.</br>
6/03 : Dépôt d'un sujet de thèse en codirection entre Jean Louis Mandel (IGBMC) et Julie Thompson<br />
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25/03: Article "Meyer et al. IMPatienT: an Integrated web application to digitize, process and explore Multimodal PATIENt daTa" accepté dans Journal of Neuromuscular Diseases.</br>
13/03 : Présentation à la première rencontre du groupe de travail "Aspects Computationnels de l'Éthique" (GDR RADIA) au LIP6, Paris : "Éléments d'épistémologie et d'éthique des systèmes d’apprentissage automatique", Anne Jeannin-Girardon<br />
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21/03: Séminaires d'échanges autour de la 'détection pour la cybersécurité' avec l'Université de Sherbrooke (suite à la visite de Février)</br>
14/03 : Dépôt du projet SMART4CBT (Sciences sociales, Microenvironnement & analyses multiomiques dans la résistance au RadioThérapie dans les tumeurs cérébrales de l'enfant) pour la création d'un Centre de Recherche Intégrée Nord-Est en Oncopédiatrie (appel à projet national INCA), Olivier Poch<br />
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21/03: Communications acceptées à RESSI (Rendez-Vous de la Recherche et de l'Enseignement de la Sécurité des Systèmes d'Information; mai) pour les doctorants de Pierre Parrend: Julien Michel, Majed Jaber, Côme Frappé-Vialatoux</br>
15/03 : Rencontre avec les membres de la SATT CONECTUS pour la valorisation des outils du CSTB et de BiGEst-ICube, Olivier Poch, Arnaud Kress/Luc Mouliner<br />
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11/03: Le projet Chaire de professeur junior 'Atlas comparatif des répertoires de gènes et relations génotype-phénotype' porté par Odile Lecompte est accepté. </br>
26/03 : Dépôt de la maquette du nouveau parcours Bioinformatique et bioimagerie structurale du Master Sciences du vivant de Strasbourg (co-responsable : O. Lecompte)<br />
 
27-31/03 : Participation de  J.-S. Sereni au colloque en ligne « χ-boundedness », dans le cadre du réseau ''A Sparse (Graphs) Coalition''<br />
 
29/03 : Article publié dans le Journal of Fungi : C. Mayer et al. CeGAL: Redefining a Widespread Fungal-Specific Transcription Factor Family Using an In Silico Error-Tracking Approach<br />
 
  
 
== Février ==
 
== Février ==
02/02 : Réunion de travail avec Emmanuelle Leize (Laboratoire de Spectrométrie de Masse des Interactions et des Systèmes) pour discuter d'une collaboration autour de l'utilisation d'approches IA en protéomique. J. Thompson, K. Chennen.<br />
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23/02 : Article accepté : C. Frappé--Vialatoux et P. Parrend, Combining Physical and Network Data for Attack Detection in Water Distribution Networks, Water Distribution Systems Analysis (WDSA)/Computing and Control Water Industry (CCWI) Joint Conference, Ferrara, Italy.</br>
02-03/02 : Participation de Dorine Merlat à la conférence Omics Days 2023 (Montpellier)<br />
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20/02 : Meeting Projet CILRET-PASS (PIA et ITMO Génétique Génomique et Bioinformatique d'AVIESAN): Avancées des travaux et perspectives.</br>
8/02 : Participation au cercle de mentorat (O. Lecompte)
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12/02 : Séminaire invité par Prof Lennart Martens, Ghent University. Lennart est directeur de l'équipe CompOmics [https://www.compomics.com] et un spécialiste dans le développement d'outils pour l'analyse de données protéomique, y compris des approches basés sur l'IA.</br>
  
 
== Janvier ==
 
== Janvier ==
09/01 : Séminaire invité de D. Merlat - ERGA Annotation Committee<br />
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29/01 : Projet CZI (Chan Zuckerberg Initiative) Collaborative Pairs Pilot Project Awards: "Moonlighting functions in neurodegenerative aaRSopathies", proposition non retenue</br>
11/01: intervention à la [https://esbs.unistra.fr/acces-directs/actualites/actualite/default-ae15da7018 conférence Intelligence Artificielle de l'ESBS] : "Intelligence artificielle, éthique et santé" (A. Jeannin-Girardon)<br />
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24/01 : Soutenance de thèse d'Amani Abou-Rida, "Enhancing Detection and Explainability in Cybersecurity: A Shift from Machine Learning to Graph Learning.", supervisée par Rabih Amhaz et Pierre Parrend</br>
12/01: Participation aux Journées des Universités (O. Lecompte)<br />
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09/01 : Article “Impact of Decentralized Autonomous Organizations (DAO) on society 5.0” accepté dans le 8th International Conference on Networks and Communications Rabih Amhaz)</br>
23-25/01 : Présentation d'un poster aux rencontres ALPHY (Grenoble) par Dorine Merlat
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05/01 : Article "Pathogenic missense variation in PABPC1L/EPAB causes female infertility due to oocyte maturation arrest at the germinal vesicle stage" Journal of Assisted Reproduction and Genetics (accepted in december) published on line (C. Mayer, K. Chennen)
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= Visiteurs =
 
= Visiteurs =
04-08/04 : Visite de J. Volec (Czech Technical University, République tchèque). <br />
 
 
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= Doctorats =
 
= Doctorats =
 
 
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= Stages =
 
= Stages =
15/03 : Début du stage M1 de Burak Arti, M1 BSIB. Encadrement: Julie Thompson et Laetitia Poidevin <br />
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11/03 : Début du stage M1 de Jérémie Carabin, M2 Biologie Structurale Intégrative et Bioinformatique. Encadrement: Kirsley Chennen et Olivier Poch<br />
15/03 : Début du stage M1 de Julien Schaffer, M1 BSIB. Encadrement: Julie Thompson et Kirsley Chennen <br />
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11/03 : Début du stage M1 de Marie Siroux, M1 Biologie Structurale Intégrative et Bioinformatique. Encadrement: Kirsley Chennen<br />
15/03 : Début du stage M1 de Dehelia Chettouf, M1 BSIB. Encadrement: Claudine Mayer, Kirsley Chennen et Olivier Poch <br />
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11/03 : Début du stage M1 de Céline Masson, M1 Biologie Structurale Intégrative et Bioinformatique. Encadrement: Julie Thompson<br />
15/03 : Début du stage M1 de Migena Bejko, M1 BSIB. Encadrement: Kirsley Chennen, Claudine Mayer et Olivier Poch <br />
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11/03 : Début du stage M1 de Mathilda Moser, M1 Biologie Structurale Intégrative et Bioinformatique. Encadrement: Odile Lecompte <br />
15/03 : Début du stage M1 de Deborah Antonio, M1 BSIB. Encadrement: Claudine Mayer et Olivier Poch <br />
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01/02 : Début du stage M2 de Emil Aliyev, à l'ICAM, Supervisor: Rabih AMHAZ<br />
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01/02 : Début du stage M2 de Adem Boukhari, ICAM Data Scientist, Supervisor: Kirsley Chennen<br />
27/02 : Début du stage M2 de Fazil Mammadov, UFAZ, Baku. Encadrement: Rabih Amhaz <br />
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01/02 : Début du stage de Hugues Petitjean, ICAM Data Scientist, Supervisor: Kirsley Chennen<br />
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07/01 : Début du stage M2 de Zephyrin Enaux, M2 BSIB. Encadrement: Julie Thompson et Anne Jeannin-Girardon <br />
15/01 : Début du stage M2 de Lucille Herbay (Science de la vie, biologie moléculaire) encadrée par Julie Thompson, Arnaud Kress<br />
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07/01 : Début du stage M1 de Laura Billard, M1 Biologie Santé. Encadrement: Kirsley Chennen <br />
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= Activités administratives =
 
= Activités administratives =
 
9/02 : Réunion du groupe de travail RDA Unistra (J. Thompson, Paulette Lieby)<br />
 
10/02 : Comité de pilotage Science Ouverte de l'Unistra (J. Thompson)<br />
 
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20/01 : Réunion d'organisation du nouveau master Unistra en bioinformatique et bioimagerie structurale, prévu en 2024 (O. Lecompte, J. Thompson)<br />
 
23/01 : RDA organisational assembly (J. Thompson)<br />
 
 
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= Divers =
 
= Divers =
7/02 : Première session de la formation VSSH (Violence Sexiste et Sexuelle et Homophobe) <br />
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21/03 : Deuxième session de la formation VSSH (Violence Sexiste et Sexuelle et Homophobe) <br />
 
 
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'''Dates fixées à partir du 1er janvier - Début des réunions à 13:30'''<br />
 
'''Dates fixées à partir du 1er janvier - Début des réunions à 13:30'''<br />
  
1er  mardi du mois : Réunion groupe A (A-G)<br />
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1er  mardi du mois : Réunion groupe A (A-M)<br />
2ème mardi du mois : Réunion groupe B (H-N)<br />
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2ème mardi du mois : Journal Club<br />
3ème mardi du mois : Réunion groupe C (O-Z)<br />
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3ème mardi du mois : Réunion groupe C (N-Z)<br />
 
4ème mardi du mois : Réunion Permanents<br />
 
4ème mardi du mois : Réunion Permanents<br />
  
 
== Session "Jeun's" ==
 
== Session "Jeun's" ==
'''Chaque jeudi à 14:00''' :  Présentations des "jeunes" pour préparation aux oraux suivies de questions (2 à 3 présentations de 12 min pour stagiaires et doctorants 1ère et 2ème année, 20 min pour doctorants 3ème année).<br />
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'''Un mardi sur deux à 15:00''' :  Présentations des "jeunes" pour préparation aux oraux suivies de questions (2 à 3 présentations de 12 min pour stagiaires et doctorants 1ère et 2ème année, 20 min pour doctorants 3ème année).<br />
 
 
 
 
 
 
06/04 : (*) Session "Jeun's" Présentation de Arnaud Kress<br />
 
06/04 : (*) Session "Jeun's" Présentation de Ihsane Errami<br />
 
30/03 : (*) Session "Jeun's" Présentation de Corentin Meyer<br />
 
23/03 : (*) Session "Jeun's" Présentations de Deborah Antonio, Burak Arti, Migena Bejko, Dehelia Chettouf et Julien Schaffer<br />
 
16/03 : (*) Session "Jeun's" Présentations d'Anne Jeannin-Girardon et Hiba Khodji<br />
 
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23/02 : (*) Réunion pour discuter de l'organisation des présentations<br />
 
 
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[[en:Activities]]
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[[en:News]]

Version actuelle datée du 6 mai 2024 à 14:01

Activités de l'équipe en 2024 | Années précédentes

Activités scientifiques

Avril

Mars

20/03: Conférence Grand Publique organisée par le Gouverneur Militaire de Strasbourg "l’IA de confiance au service de la cybersécurité" par Rabih Amhaz.
25/03: Article "Meyer et al. IMPatienT: an Integrated web application to digitize, process and explore Multimodal PATIENt daTa" accepté dans Journal of Neuromuscular Diseases.
21/03: Séminaires d'échanges autour de la 'détection pour la cybersécurité' avec l'Université de Sherbrooke (suite à la visite de Février)
21/03: Communications acceptées à RESSI (Rendez-Vous de la Recherche et de l'Enseignement de la Sécurité des Systèmes d'Information; mai) pour les doctorants de Pierre Parrend: Julien Michel, Majed Jaber, Côme Frappé-Vialatoux
11/03: Le projet Chaire de professeur junior 'Atlas comparatif des répertoires de gènes et relations génotype-phénotype' porté par Odile Lecompte est accepté.

Février

23/02 : Article accepté : C. Frappé--Vialatoux et P. Parrend, Combining Physical and Network Data for Attack Detection in Water Distribution Networks, Water Distribution Systems Analysis (WDSA)/Computing and Control Water Industry (CCWI) Joint Conference, Ferrara, Italy.
20/02 : Meeting Projet CILRET-PASS (PIA et ITMO Génétique Génomique et Bioinformatique d'AVIESAN): Avancées des travaux et perspectives.
12/02 : Séminaire invité par Prof Lennart Martens, Ghent University. Lennart est directeur de l'équipe CompOmics [1] et un spécialiste dans le développement d'outils pour l'analyse de données protéomique, y compris des approches basés sur l'IA.

Janvier

29/01 : Projet CZI (Chan Zuckerberg Initiative) Collaborative Pairs Pilot Project Awards: "Moonlighting functions in neurodegenerative aaRSopathies", proposition non retenue
24/01 : Soutenance de thèse d'Amani Abou-Rida, "Enhancing Detection and Explainability in Cybersecurity: A Shift from Machine Learning to Graph Learning.", supervisée par Rabih Amhaz et Pierre Parrend
09/01 : Article “Impact of Decentralized Autonomous Organizations (DAO) on society 5.0” accepté dans le 8th International Conference on Networks and Communications Rabih Amhaz)
05/01 : Article "Pathogenic missense variation in PABPC1L/EPAB causes female infertility due to oocyte maturation arrest at the germinal vesicle stage" Journal of Assisted Reproduction and Genetics (accepted in december) published on line (C. Mayer, K. Chennen)

Visiteurs


Doctorats

Stages

11/03 : Début du stage M1 de Jérémie Carabin, M2 Biologie Structurale Intégrative et Bioinformatique. Encadrement: Kirsley Chennen et Olivier Poch
11/03 : Début du stage M1 de Marie Siroux, M1 Biologie Structurale Intégrative et Bioinformatique. Encadrement: Kirsley Chennen
11/03 : Début du stage M1 de Céline Masson, M1 Biologie Structurale Intégrative et Bioinformatique. Encadrement: Julie Thompson
11/03 : Début du stage M1 de Mathilda Moser, M1 Biologie Structurale Intégrative et Bioinformatique. Encadrement: Odile Lecompte
01/02 : Début du stage M2 de Emil Aliyev, à l'ICAM, Supervisor: Rabih AMHAZ
01/02 : Début du stage M2 de Adem Boukhari, ICAM Data Scientist, Supervisor: Kirsley Chennen
01/02 : Début du stage de Hugues Petitjean, ICAM Data Scientist, Supervisor: Kirsley Chennen
07/01 : Début du stage M2 de Zephyrin Enaux, M2 BSIB. Encadrement: Julie Thompson et Anne Jeannin-Girardon
07/01 : Début du stage M1 de Laura Billard, M1 Biologie Santé. Encadrement: Kirsley Chennen

Activités administratives


Divers


Vie de l'équipe

Réunions d'équipe

Dates fixées à partir du 1er janvier - Début des réunions à 13:30

1er mardi du mois : Réunion groupe A (A-M)
2ème mardi du mois : Journal Club
3ème mardi du mois : Réunion groupe C (N-Z)
4ème mardi du mois : Réunion Permanents

Session "Jeun's"

Un mardi sur deux à 15:00 : Présentations des "jeunes" pour préparation aux oraux suivies de questions (2 à 3 présentations de 12 min pour stagiaires et doctorants 1ère et 2ème année, 20 min pour doctorants 3ème année).