Équipe CSTB : Systèmes Complexes et Bioinformatique Translationnelle

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'''Activités de l'équipe en 2022''' | ''[[Activites archives|Années précédentes]]''
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'''Activités de l'équipe en 2024''' | ''[[Activites archives|Années précédentes]]''
  
 
= Activités scientifiques =
 
= Activités scientifiques =
  
== Janvier 2023 ==
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== Mars ==
11/01: intervention à la [https://esbs.unistra.fr/acces-directs/actualites/actualite/default-ae15da7018 conférence Intelligence Artificielle de l'ESBS] : "Intelligence artificielle, éthique et santé" (A. Jeannin-Girardon)
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25/03: Article "Meyer et al. IMPatienT: an Integrated web application to digitize, process and explore Multimodal PATIENt daTa" accepté dans Journal of Neuromuscular Diseases.</br>
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21/03: Séminaires d'échanges autour de la 'détection pour la cybersécurité' avec l'Université de Sherbrooke (suite à la visite de Février)</br>
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21/03: Communications acceptées à RESSI (Rendez-Vous de la Recherche et de l'Enseignement de la Sécurité des Systèmes d'Information; mai) pour les doctorants de Pierre Parrend: Julien Michel, Majed Jaber, Côme Frappé-Vialatoux</br>
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11/03: Le projet Chaire de professeur junior 'Atlas comparatif des répertoires de gènes et relations génotype-phénotype' porté par Odile Lecompte est accepté. </br>
  
== Décembre 2022 ==
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== Février ==
20/12: Validation de l'organisation de la première conférence CCE'23 (Complex Computational Ecosystems) à l'UFAZ à Baku (24-27 avril 2023)<br />
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23/02 : Article accepté : C. Frappé--Vialatoux et P. Parrend, Combining Physical and Network Data for Attack Detection in Water Distribution Networks, Water Distribution Systems Analysis (WDSA)/Computing and Control Water Industry (CCWI) Joint Conference, Ferrara, Italy.</br>
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20/02 : Meeting Projet CILRET-PASS (PIA et ITMO Génétique Génomique et Bioinformatique d'AVIESAN): Avancées des travaux et perspectives.</br>
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12/02 : Séminaire invité par Prof Lennart Martens, Ghent University. Lennart est directeur de l'équipe CompOmics [https://www.compomics.com] et un spécialiste dans le développement d'outils pour l'analyse de données protéomique, y compris des approches basés sur l'IA.</br>
  
== Novembre 2022 ==
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== Janvier ==
2/11: démarrage de la thèse 'Contrat doctoral Grand-Est/EPITA' de Majed Jaber 'Structural and spectral analysis of dynamic graphs for attack detection' (Co-direction: Pierre Parrend, Aline Deruyver; co-encadrement: Nicolas Boutry, EPITA Paris)<br />
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29/01 : Projet CZI (Chan Zuckerberg Initiative) Collaborative Pairs Pilot Project Awards: "Moonlighting functions in neurodegenerative aaRSopathies", proposition non retenue</br>
09/11 : Soutenance de l'HDR de Anne Jeannin-Girardon, intitulée "Contributions à une approche épistémologique de l’intelligence artificielle"<br />
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24/01 : Soutenance de thèse d'Amani Abou-Rida, "Enhancing Detection and Explainability in Cybersecurity: A Shift from Machine Learning to Graph Learning.", supervisée par Rabih Amhaz et Pierre Parrend</br>
10/11 : Soutenance de la thèse de Romain Orhand, intitutlée "Vers une Intelligence Artificielle Autonome et Explicable pour des Environnements Incertains"<br />
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09/01 : Article “Impact of Decentralized Autonomous Organizations (DAO) on society 5.0” accepté dans le 8th International Conference on Networks and Communications Rabih Amhaz)</br>
25/11 : Participation au colloque de l'AFSCET [https://www.afscet.asso.fr/Ande22/entretiens-afscet-2022-programme.pdf Catégorisation et IA : Vision du monde et action sur le monde] par Pierre Collet
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05/01 : Article "Pathogenic missense variation in PABPC1L/EPAB causes female infertility due to oocyte maturation arrest at the germinal vesicle stage" Journal of Assisted Reproduction and Genetics (accepted in december) published on line (C. Mayer, K. Chennen)
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== Octobre 2022 ==
 
17 - 20 / 10 : Evaluation HCERES du laboratoire ICUBE et de l'équipe CSTB <br />
 
17/10 : Soumission d'un projet pour l'AAP ANR Science avec et pour la société – Recherches participatives 1 (SAPS-RA-RP1) 'GenIDA - Génétique de la Déficience Intellectuelle et des troubles du spectre Autistique' avec Pauline Burger, IGBMC.<br />
 
14/10 : Soumission d'un projet Chaire de professeur junior 'Atlas comparatif des répertoires de gènes et relations génotype-phénotype' porté par Odile Lecompte. <br />
 
14/10 : Jury de la thèse de Marwa Ben M'Barek de l'Université PSL intitulée "Détection de communautés dans les grands réseaux : Application aux réseaux d'interactions de gènes" (Pierre Collet, rapporteur) <br />
 
13/10 : Réunion de travail avec Emmanuelle Leize (Laboratoire de Spectrométrie de Masse des Interactions et des Systèmes) pour discuter d'un projet d'utilisation d'approches IA en protéomique. J. Thompson, K. Chennen.<br />
 
08/10 : Réunion de travail avec SDC (Nicolas Lachiche, Gabriel Frey) dans le cadre de la thèse de Hajer Zekri. J. Thompson, K. Chennen.<br />
 
04/10 : Présentation orale de Dorine Merlat au Congrès Biodiversity Genomics 2022 <br />
 
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== Septembre 2022 ==
 
29/09 - Arrivée de Ali Khudiyev (doctorant UFAZ en cotutelle avec l'Université du Pétrole en Azerbaidjan), co-direction Pierre Collet Latafat Gardashova, co-encadrant Rabih Amhaz<br />
 
15/09 - Arrivée de Rauf Fatali (doctorant UFAZ en cotutelle avec l'Université du Pétrole en Azerbaidjan), co-direction Aline Deruyver - Latafat Gardashova, co-encadrant Rabih Amhaz<br />
 
17/09 - 18/09 : Participation d'O. Lecompte au congrès Quest for Orthologs/ECCB (Sitges, Espagne)<br />
 
26/09 : Participation d'O. Lecompte au jury d'HDR de Camille Berthelot (Institut Pasteur)<br />
 
 
 
== Août 2022 ==
 
29/08 - 2/09 : Participation au colloque éducation à distance organisé par Jean-Luc Patry à l'Université de Vienne <br />
 
16/08 : Projet ANR CoRReau (aqua-terrorisme qui vise à compromettre la disponibilité et la qualité de l'eau potable dans une ville) accepté (Pierre Parrend)<br />
 
14/08 : Validation d'une bourse région XDGMed (P. Parrend, A. Deruyver)<br />
 
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== Juillet 2022 ==
 
01/07 : Participation de J.-S. Sereni au jury de thèse de Hoang La en tant qu'examinateur, LIRMM, Université de Montpellier<br />
 
06/07 : Exposé à <em>International Conference on Graph Theory</em>: <em>Spanning trees in regular graphs</em> (J.-S. Sereni)<br />
 
06/07 : Cours sur l'éthique à l'école d'été Data Ethics à Barcelone (Pierre Collet) <br />
 
08/07 : Fin du projet HILISIT (HybrIdation en LIcence ScIenTifique) (Pierre Collet) <br />
 
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== Juin 2022 ==
 
03/06 : Réunion avec Google Cloud pour présenter le projet OrthoInspector, et l'utilisation d'IA pour l'intégration de la structure 3D dans l'analyse des variants génétiques (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Arnaud Kress, Julie Thompson) <br />
 
10/06 : Participation de J.-S. Sereni au jury de thèse de Yitting Jiang en tant que rapporteur, IRIF, Université de Paris<br />
 
15/06 : Intervention à la journée doctorale de l'UHA à Mulhouse : "Intelligence Artificielle : de la technique aux enjeux sociaux" (Anne Jeannin-Girardon)<br />
 
16-17/06 : Kickoff meeting du projet Atelier de la Donnée, Unistra ADELE Helpdesk (J. Thompson)<br />
 
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== Mai 2022 ==
 
17/05 : Séminaire de Kirsley Chennen : Printemps de la donnée, les données dans la thèse, organisé par l'Université de Strasbourg et l'Université de Haute-Alsace  <br />
 
20/05 : Séminaire d'équipe 'une éthique pour le 21è siècle', Pierre Collet <br />
 
<br />
 
 
 
== Avril 2022 ==
 
04-08/04 : Colloque en ligne « Directed Minors & Digraphs Structure Theory », organisé par J.-S. Sereni, R. Steiner & S. Wiederrecht dans le cadre du réseau « A Sparse (Graphs) Coalition »<br />
 
05/04 : Réunion avec l'équipe SDC (N. Lachiche, G. Frey) : analyse par graphes des réseaux biologiques<br />
 
20/04 : Réunion Institut Francais de Bioinformatique, GT Bioinfo Santé (K. Chennen, J. Thompson)<br />
 
22/04 : Présentations de posters aux ED days de l'ED des Sciences de la Vie et de la Santé (C. Rutz, C. Meyer)<br />
 
25/04 : Première réunion de GT RDA (Research Data Alliance) Strasbourg (J. Thompson)<br />
 
29/04 : Première réunion de GT Données EST, RDG (Recherche Data Gouv) : projets 'Atelier de la donnée' (J. Thompson) <br />
 
<br />
 
 
 
== Mars 2022 ==
 
02/03 : Projet RainRARE, reception des données de transcriptomique et analyse ((Wojciech Krezel, Kirsley Chennen)<br />
 
14/03 : Participation de O. Lecompte au jury d'HDR d'Anaïs Bardet, Université de Strasbourg<br />
 
16/03 : Réunion NMD (Non-Sens mediated mRNA decay) - Thérapies de Translecture (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Nicolas Hass, Jean-Paul Renaud, Fabrice Lejeune)<br />
 
23-24/03 : Kick-off meeting de l'ANR PRCI GEODE au LOEWE Centre for Translational Biodiversity Genomics (Francfort) (O. Lecompte, C Rutz, D Merlat)<br />
 
23/03 : Participation de J. Thompson au jury d'HDR de Pierre Poulain, Université de Paris Diderot<br />
 
29/03 : Invitation au CAGI6 meeting (Challenge Critical Assessment of Genome Interpretation VIth version) suite aux prédiction fournies; résultats à venir<br />
 
<br />
 
 
 
== Février 2022 ==
 
18/02 : Réunions de travail avec SDC, CSIP, FEMTO-ST, Mob-ion et AAQIUS dans le cadre du projet AI-ReFuel  ANR 2022 (préparation d'une proposition détaillée pour le passage à la phase 2), Ali Ayadi coordinateur du projet.<br />
 
23/02 : Réunion avec Laurence Choulier (faculté de pharmacie) pour discuter d'une co-direction de thèse possible (Quentin Rott), Julie Thompson, Odile Lecompte <br />
 
24/02 : Réunion avec Prof. Bourcier et Emilia Koestel, Ophtalmologue, CHU de Strasbourg pour discuter d'une collaboration possible suite au projet Myo-XIA, avec Corentin Meyer, Julie Thompson, Olivier Poch, Pierre Collet <br />
 
<br />
 
 
 
== Janvier 2022 ==
 
03-07/01 : Participation (en ligne) de J.-S. Sereni au colloque <em>Graph Theory</em> à Oberwolfach (Allemagne) <br />
 
17/01 : Participation d'O. Lecompte au meeting organisé par le consortium européen ERGA (European Reference Genome ATlas)<br />
 
18-19/01 : Meeting Institut de Myologie Paris; Projet: IA et base de connaissances multi-niveaux pour le diagnostic des myopathies congénitales (Corentin Meyer/Olivier Poch/Kirsley Chennen)<br />
 
21/01 : Réunion avec la société CInflows e-solutions for medical workflows, sur l'utilisation de l'IA pour la détermination de la taille de valves cardiaques et sur l'anonymisation de fichiers médicaux<br>
 
24/01 : Réunion avec la société Urania Therapeutics, sur la création d'une base de connaissances dédiées aux thérapies des maladies génétiques à faux-sens technologie des molécules de 'Read-Through' au sein des ribosomes (Olivier Poch/Kirsley Chennen/Nicolas Haas)<br />
 
<br />
 
  
 
= Visiteurs =
 
= Visiteurs =
18-19/08 : Visite de Mikhail Isaev (School of Mathematics, Monash University)<br />
 
18/08 : Exposé de M. Isaev au séminaire de calcul stochastique (IRMA) : <em>The expected number of spanning trees in random graphs with given degrees</em>. <br />
 
<br />
 
 
18-22/07 : Visite de Ugo Giocanti (G-SCOP, Université Grenoble Alpes)<br />
 
<br />
 
 
25-29/04 : Visite de Z. Dvořák & B. Moore (Université Charles de Prague, République tchèque)<br />
 
<br />
 
 
07-11/02 : Visite de J. Volec (Czech Technical University, République tchèque). <br />
 
10/02 : Exposé de J. Volec au séminaire de calcul stochastique (IRMA) : <em>Graph limits, common graphs and Sidorenko's conjecture</em>. <br />
 
 
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= Doctorats =
 
= Doctorats =
10/10 : Comité de suivi de thèse de Luka Ljudevit Boštjančić, co-encadré par Odile Lecompte <br />
 
13/10 : Comité de suivi de thèse de Lena Bonassin, co-encadré par Odile Lecompte<br />
 
01/10 : Début de la thèse de Dorine Merlat (Direction : O. Lecompte)<br />
 
 
13/06 : Présentation au comité de suivi de thèse de Hiba Khodji, co-encadrée par Pierre Collet / Anne Jeannin et Julie Thompson<br />
 
15/06 : Présentation au comité de suivi de thèse de Christelle Rutz, encadrée par Odile Lecompte<br />
 
20/06 : Présentation au comité de suivi de thèse de Alix Simon, co-encadrée par Jocelyn Laporte (IGBMC) et Julie Thompson<br />
 
<br />
 
 
24/05 : Soutenance de thèse d'Anna Leonteva 'Evolutionary and Quantum-inspired Algorithms for the Optimization of Magnetic Cooling Systems', co-encadré par Pierre Collet, Pierre Parrend et Anne Jeannin<br />
 
30/05 : Présentation au comité de suivi de thèse de Corention Meyer, co-encadré par Olivier Poch et Pierre Collet<br />
 
<br />
 
 
01/03 : Début de la thèse de Lena Bonassin - direction : O. Lecompte, co-direction : K. Theissinger (Francfort)<br />
 
01/03 : Début de la thèse de Ljudevit Luka Boštjančić - direction : K. Theissinger (Francfort), co-direction : O. Lecompte<br />
 
<br />
 
 
11/01 : Début de la thèse de Julien Michel sur le projet Damiage, direction de thèse Pierre Parrend (programme RAPID, porté par l'EPITA) <br />
 
25/01 : Session de travail 'Détection d'anomalies dans les réseaux' avec les doctorants et post-doctorants de Réseau (Cristel Pelsser) et CSTB (Pierre Parrend)<br />
 
<br />
 
  
 
= Stages =
 
= Stages =
01/06 : Début du stage volontaire L2 de Inès Wurch (Science de la vie, biologie moléculaire) encadrée par Julie Thompson, Nicolas Scalzitti et Corentin Meyer<br />
+
11/03 : Début du stage M1 de Jérémie Carabin, M2 Biologie Structurale Intégrative et Bioinformatique. Encadrement: Kirsley Chennen et Olivier Poch<br />
01/06 : Début du stage volontaire L2 de Jérémie Carabin (Science de la vie, biologie moléculaire) encadré par Julie Thompson, Olivier Poch<br />
+
11/03 : Début du stage M1 de Marie Siroux, M1 Biologie Structurale Intégrative et Bioinformatique. Encadrement: Kirsley Chennen<br />
06/06 : Début du stage de Pierre Michel, M1 SdV, Biologie structurale intégrative et bio-informatique, Université de Strasbourg encadré par Julie Thompson, Kirsley Chennen, Nicolas Scalzitti<br />
+
11/03 : Début du stage M1 de Céline Masson, M1 Biologie Structurale Intégrative et Bioinformatique. Encadrement: Julie Thompson<br />
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+
11/03 : Début du stage M1 de Mathilda Moser, M1 Biologie Structurale Intégrative et Bioinformatique. Encadrement: Odile Lecompte <br />
 
+
01/02 : Début du stage M2 de Emil Aliyev, à l'ICAM, Supervisor: Rabih AMHAZ<br />
01/04 : fin du projet Freezer avec les étudiants de l'EPITA (outil de réaction en cas d'attaque informatique, qui permet d'empêcher la connexion de nouveaux utilisateurs, l'ouverture de nouveaux accès réseaux), encadrés par Pierre Parrend<br />
+
01/02 : Début du stage M2 de Adem Boukhari, ICAM Data Scientist, Supervisor: Kirsley Chennen<br />
<br />
+
01/02 : Début du stage de Hugues Petitjean, ICAM Data Scientist, Supervisor: Kirsley Chennen<br />
 
+
07/01 : Début du stage M2 de Zephyrin Enaux, M2 BSIB. Encadrement: Julie Thompson et Anne Jeannin-Girardon <br />
01/03 : Début du stage M2 de Henri Joel Azemena (Master de l'Université de Lorraine) encadré par Ali Ayadi<br />
+
07/01 : Début du stage M1 de Laura Billard, M1 Biologie Santé. Encadrement: Kirsley Chennen <br />
<br />
 
 
 
28/02 : Début de stage M1S2 de Tuba Uslu (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadrée par Julie Thompson <br />
 
28/02 : Début de stage fin d'étude de Souliman El Moussaoui (ECAM formation Data Science) encadrée par Julie Thompson, Kirlsey Chennen, Nicolas Scalzitti, collaboration Jean Muller, Laboratoire de diagnostic génétique, CHU de Strasbourg <br />
 
28/02 : Début de stage M1S2 de Timothé Benoît (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadré par Claudine Mayer <br />
 
28/02 : Début de stage M1S2 de Anthony Seyller (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadré par Claudine Mayer et Kirsley Chennen <br />
 
28/02 : Début de stage de Khayala Gaybaliyeva, M2 Sciences de Données et Intelligence Artificielle, Université Franco-Azerbaidjanaise, encadrante Nathalie Al Makdessi<br />
 
28/02 : Début de stage de Mahir Israyilov, M2 Sciences de Données et Intelligence Artificielle, Université Franco-Azerbaidjanaise, encadrants Ali Ayadi, Anne Jeannin-Girardon et Pierre Collet<br />
 
<br />
 
 
 
03/01 : Début du stage M2S4 de Dorine Merlat (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadrée par O. Lecompte <br />
 
03/01 : Début du stage M2S4 de Nicolas Haas (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadré par O. Poch et K. Chennen <br />
 
03/01 : Début du stage M2S4 de Arthur Vogt (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadré par C. Mayer <br />
 
<br />
 
 
 
  
 
= Activités administratives =
 
= Activités administratives =
01/12 : Première assemblé Coalition for Advancing Research Assessment (COARA) (J. Thompson)<br />
 
01/12 : Réunion du groupe Research Data Alliance (RDA) de l'Université de Strasbourg (J. Thompson)<br />
 
 
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<br />
  
21/11 : Comité de pilotage Mentorat en Alsace (O. Lecompte) <br />
+
= Divers =
23/11 : Réunion pour l'organisation d'une école de printemps IA Alsace Tech (O. Lecompte)<br />
 
22/11 : Comité de pilotage Science Ouverte de l'Unistra (J. Thompson)<br />
 
24/11 : Comité de pilotage Atelier de la donnée ADELE (J. Thompson)<br />
 
<br />
 
 
 
14/10 : Comité de pilotage Science Ouverte de l'Unistra (J. Thompson)<br />
 
24/10 : RDA organisational assembly (J. Thompson)<br />
 
25/10 : Réunion collège EOSC France (J. Thompson)<br />
 
04/10 : Comité de pilotage Mentorat en Alsace (O. Lecompte) <br />
 
<br />
 
 
 
28/09 : RDA organisational assembly (J. Thompson)<br />
 
<br />
 
  
23/06 : Réunion pour discuter de l'évolution du Schéma Directeur du Numérique (J. Thompson)<br />
 
24/06 : Comité de pilotage Science Ouverte de l'Unistra (J. Thompson)<br />
 
 
<br />
 
<br />
 
23/05 : Réunion de préparation du projet UnivOAK 2 (Julie Thompson)<br />
 
<br />
 
 
05/04 : Réunion du comité de pilotage Mentorat en Alsace - Université de Strasbourg et Université de Haute Alsace (O. Lecompte)<br />
 
08/04 : Comité de pilotage Science Ouverte de l'Unistra (J. Thompson)<br />
 
28/04 : Réunion Société Urania Therapeutics-CSTB dans le cadre du dépôt de demande de la bourse CIFRE : "Développement d’un algorithme d’intelligence artificielle dédié aux thérapies de translecture : Application aux maladies génétiques rares" (25/04/2022) (N. Haas, K. Chennen, O. Poch) <br />
 
<br />
 
 
09/03 : Réunion Urania Therapeutics discussion sur les contours d'une bourse CIFRE (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Nicolas Hass, Jean-Paul Renaud)<br />
 
14/03 : Réunion Discussion Participation CSTB à l'UE Master Omiques, Bioibfo, données de santé (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Agnes Bloch-Zupan)<br />
 
24/03 : Soumission de l'ANR Correau sur la cybersécurité des réseaux d'eau (Pierre Parrend)<br />
 
28/03 : Réunion avec plusieurs membres de Google Cloud pour discuter d'une éventuelle collaboration autour du projet OrthoInspector, et l'utilisation d'IA pour l'intégration de la structure 3D dans l'analyse des variants génétiques (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Arnaud Kress, Julie Thompson, Pierre Collet) <br />
 
31/03 : Réunion avec Professeur Seiamak BAHRAM, PUPH Immunologie biologique, et Vincent Noblet, pour discuter d'une éventuelle collaboration autour d'un projet en analyse par IA des données multi-omiques (Julie Thompson, Olivier Poch, Pierre Collet).<br />
 
<br />
 
 
02-03/02 : Organisation des réunions <em>Coalition Café</em> (en ligne) par S. Cambie, R. J. Kang, J.-S. Sereni & Y. Yuditski.<br />
 
04/02 : Fin de projet MedCTF - application de gestion de données médicale pour challenge de cybersécurité, stage de Tayyip Gedik (encadrement Pierre Parrend) <br />
 
09/02 : Soumission d'une réponse au Appel à manifestation d’intérêt - Chaire de professeur junior "GROOT: atlas of Gene RepertOire evOluTion", Odile Lecompte <br />
 
16/02 : Soumission d'un pre-proposal "Development of new analytic tools and pathways to accelerate diagnosis and facilitate diagnostic monitoring of rare diseases" au AP European Joint Programme Rare Diseases, en collaboration avec Amélie Piton, IGBMC. <br />
 
16/02 : Soumission d'un pre-proposal "RAinMARK : New tools and predictive markers for better patient care and treatment solutions in MCOPS12" au AP European Joint Programme Rare Diseases, en collaboration avec Wojciech KREZEL, IGBMC. <br />
 
21/02 : Réunion de préparation du projet Correau, ANR phase 2 (INRAE, Eurométropole, CNAM, ICube)<br />
 
25/02 : Acceptation du projet RARETIA ANR-20-MRB-00XX-03 (ANR/Investissements d'Avenir: Accélérer la Recherche et l'innovation sur les maladies rares grâce aux bases de données)<br />
 
<br />
 
 
11/01 : Assemblée Générale de l'IFB, pour discuter de la prochaine feuille de route 2022-2027 <br />
 
20/01 : Réunion préparatoire écriture projet European Joint Programme RARE DISEASES (Olivier Poch/Kirsley Chennen)<br />
 
31/01 : réunion de préparation du projet RDG AMI Atelier de la donnée (Julie Thompson)<br />
 
<br />
 
 
= Divers =
 
17/05 : Installation de nos serveurs au DataCenter <br />
 
<br />
 
 
  
 
= Vie de l'équipe =
 
= Vie de l'équipe =
Ligne 214 : Ligne 47 :
 
'''Dates fixées à partir du 1er janvier - Début des réunions à 13:30'''<br />
 
'''Dates fixées à partir du 1er janvier - Début des réunions à 13:30'''<br />
  
1er  mardi du mois : Réunion groupe A (A-G)<br />
+
1er  mardi du mois : Réunion groupe A (A-M)<br />
2ème mardi du mois : Réunion groupe B (H-N)<br />
+
2ème mardi du mois : Journal Club<br />
3ème mardi du mois : Réunion groupe C (O-Z)<br />
+
3ème mardi du mois : Réunion groupe C (N-Z)<br />
 
4ème mardi du mois : Réunion Permanents<br />
 
4ème mardi du mois : Réunion Permanents<br />
  
 
== Session "Jeun's" ==
 
== Session "Jeun's" ==
'''Le dernier jeudi du mois à 14:00''' :  Présentations des "jeunes" pour préparation aux oraux suivies de questions (2 à 3 présentations de 12 min pour stagiaires et doctorants 1ère et 2ème année, 20 min pour doctorants 3ème année).<br />
+
'''Un mardi sur deux à 15:00''' :  Présentations des "jeunes" pour préparation aux oraux suivies de questions (2 à 3 présentations de 12 min pour stagiaires et doctorants 1ère et 2ème année, 20 min pour doctorants 3ème année).<br />
  
24/11 : (*) Session "Jeun's" Présentations de Rauf Fatali et Ali Khudiyev<br />
+
<br />
25/04 : (*) Session "Jeun's" Présentations de Quentin Christoffel, Nicolas Haas et Arthur Vogt<br />
+
[[en:News]]
06/04 : (*) Session "Jeun's" Présentations de Dorine Merlat, Tuba Uslu, Thimothé Benoit et Antony Seyller<br />
 
27/01 : (*) Session "Jeun's" Présentations de Lalla Aicha Koné et Yohan Solon<br />
 
 
 
[[en:Activities]]
 

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Activités de l'équipe en 2024 | Années précédentes

Activités scientifiques

Mars

25/03: Article "Meyer et al. IMPatienT: an Integrated web application to digitize, process and explore Multimodal PATIENt daTa" accepté dans Journal of Neuromuscular Diseases.
21/03: Séminaires d'échanges autour de la 'détection pour la cybersécurité' avec l'Université de Sherbrooke (suite à la visite de Février)
21/03: Communications acceptées à RESSI (Rendez-Vous de la Recherche et de l'Enseignement de la Sécurité des Systèmes d'Information; mai) pour les doctorants de Pierre Parrend: Julien Michel, Majed Jaber, Côme Frappé-Vialatoux
11/03: Le projet Chaire de professeur junior 'Atlas comparatif des répertoires de gènes et relations génotype-phénotype' porté par Odile Lecompte est accepté.

Février

23/02 : Article accepté : C. Frappé--Vialatoux et P. Parrend, Combining Physical and Network Data for Attack Detection in Water Distribution Networks, Water Distribution Systems Analysis (WDSA)/Computing and Control Water Industry (CCWI) Joint Conference, Ferrara, Italy.
20/02 : Meeting Projet CILRET-PASS (PIA et ITMO Génétique Génomique et Bioinformatique d'AVIESAN): Avancées des travaux et perspectives.
12/02 : Séminaire invité par Prof Lennart Martens, Ghent University. Lennart est directeur de l'équipe CompOmics [1] et un spécialiste dans le développement d'outils pour l'analyse de données protéomique, y compris des approches basés sur l'IA.

Janvier

29/01 : Projet CZI (Chan Zuckerberg Initiative) Collaborative Pairs Pilot Project Awards: "Moonlighting functions in neurodegenerative aaRSopathies", proposition non retenue
24/01 : Soutenance de thèse d'Amani Abou-Rida, "Enhancing Detection and Explainability in Cybersecurity: A Shift from Machine Learning to Graph Learning.", supervisée par Rabih Amhaz et Pierre Parrend
09/01 : Article “Impact of Decentralized Autonomous Organizations (DAO) on society 5.0” accepté dans le 8th International Conference on Networks and Communications Rabih Amhaz)
05/01 : Article "Pathogenic missense variation in PABPC1L/EPAB causes female infertility due to oocyte maturation arrest at the germinal vesicle stage" Journal of Assisted Reproduction and Genetics (accepted in december) published on line (C. Mayer, K. Chennen)

Visiteurs


Doctorats

Stages

11/03 : Début du stage M1 de Jérémie Carabin, M2 Biologie Structurale Intégrative et Bioinformatique. Encadrement: Kirsley Chennen et Olivier Poch
11/03 : Début du stage M1 de Marie Siroux, M1 Biologie Structurale Intégrative et Bioinformatique. Encadrement: Kirsley Chennen
11/03 : Début du stage M1 de Céline Masson, M1 Biologie Structurale Intégrative et Bioinformatique. Encadrement: Julie Thompson
11/03 : Début du stage M1 de Mathilda Moser, M1 Biologie Structurale Intégrative et Bioinformatique. Encadrement: Odile Lecompte
01/02 : Début du stage M2 de Emil Aliyev, à l'ICAM, Supervisor: Rabih AMHAZ
01/02 : Début du stage M2 de Adem Boukhari, ICAM Data Scientist, Supervisor: Kirsley Chennen
01/02 : Début du stage de Hugues Petitjean, ICAM Data Scientist, Supervisor: Kirsley Chennen
07/01 : Début du stage M2 de Zephyrin Enaux, M2 BSIB. Encadrement: Julie Thompson et Anne Jeannin-Girardon
07/01 : Début du stage M1 de Laura Billard, M1 Biologie Santé. Encadrement: Kirsley Chennen

Activités administratives


Divers


Vie de l'équipe

Réunions d'équipe

Dates fixées à partir du 1er janvier - Début des réunions à 13:30

1er mardi du mois : Réunion groupe A (A-M)
2ème mardi du mois : Journal Club
3ème mardi du mois : Réunion groupe C (N-Z)
4ème mardi du mois : Réunion Permanents

Session "Jeun's"

Un mardi sur deux à 15:00 : Présentations des "jeunes" pour préparation aux oraux suivies de questions (2 à 3 présentations de 12 min pour stagiaires et doctorants 1ère et 2ème année, 20 min pour doctorants 3ème année).