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| − | == Vie de l'équipe==
| + | '''Activités de l'équipe en 2024''' | ''[[Activites archives|Années précédentes]]'' |
| − | ===Réunions d'équipe (*) Dates fixées à partir du 1er janvier 2022 - Début des réunions à 13:30 ===
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| − | 1er mardi du mois : Réunion groupe A (A-G)<br />
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| − | 2ème mardi du mois : Réunion groupe B (H-N)<br />
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| − | 3ème mardi du mois : Réunion groupe C (O-Z)<br />
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| − | 4ème mardi du mois : Réunion Permanents<br />
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| − | Le dernier jeudi du mois à 14:00 : Présentations des "Jeun's" pour préparation aux oraux suivies de questions (2 à 3 présentations de 12 min pour stagiaires et doctorants 1ère et 2ème année, 20 min pour doctorants 3ème année).<br />
| + | = Activités scientifiques = |
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| − | === Août 2022 === | + | == Mars == |
| − | 18/19-08 : Visite de Mikhail Isaev (School of Mathematics, Monash University)<br />
| + | 25/03: Article "Meyer et al. IMPatienT: an Integrated web application to digitize, process and explore Multimodal PATIENt daTa" accepté dans Journal of Neuromuscular Diseases.</br> |
| − | 18-08 : Exposé de M. Isaev au séminaire de calcul stochastique (IRMA) : <em>The expected number of spanning trees in random graphs with given degrees</em>. <br />
| + | 21/03: Séminaires d'échanges autour de la 'détection pour la cybersécurité' avec l'Université de Sherbrooke (suite à la visite de Février)</br> |
| | + | 21/03: Communications acceptées à RESSI (Rendez-Vous de la Recherche et de l'Enseignement de la Sécurité des Systèmes d'Information; mai) pour les doctorants de Pierre Parrend: Julien Michel, Majed Jaber, Côme Frappé-Vialatoux</br> |
| | + | 11/03: Le projet Chaire de professeur junior 'Atlas comparatif des répertoires de gènes et relations génotype-phénotype' porté par Odile Lecompte est accepté. </br> |
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| − | === Juillet 2022 === | + | == Février == |
| − | 01-07 : Participation de J.-S. Sereni au jury de thèse de Hoang La en tant qu'examinateur, LIRMM, Université de Montpellier<br />
| + | 23/02 : Article accepté : C. Frappé--Vialatoux et P. Parrend, Combining Physical and Network Data for Attack Detection in Water Distribution Networks, Water Distribution Systems Analysis (WDSA)/Computing and Control Water Industry (CCWI) Joint Conference, Ferrara, Italy.</br> |
| − | 06-07 : Exposé à <em>International Conference on Graph Theory</em>: <em>Spanning trees in regular graphs</em> (J.-S. Sereni)<br />
| + | 20/02 : Meeting Projet CILRET-PASS (PIA et ITMO Génétique Génomique et Bioinformatique d'AVIESAN): Avancées des travaux et perspectives.</br> |
| − | 18/22-07 : Visite de Ugo Giocanti (G-SCOP, Université Grenoble Alpes)<br />
| + | 12/02 : Séminaire invité par Prof Lennart Martens, Ghent University. Lennart est directeur de l'équipe CompOmics [https://www.compomics.com] et un spécialiste dans le développement d'outils pour l'analyse de données protéomique, y compris des approches basés sur l'IA.</br> |
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| − | === Juin 2022 === | + | == Janvier == |
| − | 01-06 : Début du stage volontaire L2 de Inès Wurch (Science de la vie, biologie moléculaire) encadré par Julie Thompson, Nicolas Scalzitti et Corentin Meyer<br /> | + | 29/01 : Projet CZI (Chan Zuckerberg Initiative) Collaborative Pairs Pilot Project Awards: "Moonlighting functions in neurodegenerative aaRSopathies", proposition non retenue</br> |
| − | 01-06 : Début du stage volontaire L2 de Jérémie Carabin (Science de la vie, biologie moléculaire) encadré par Julie Thompson, Olivier Poch<br /> | + | 24/01 : Soutenance de thèse d'Amani Abou-Rida, "Enhancing Detection and Explainability in Cybersecurity: A Shift from Machine Learning to Graph Learning.", supervisée par Rabih Amhaz et Pierre Parrend</br> |
| − | 03-06 : Réunion avec Google Cloud pour présenter le projet OrthoInspector, et l'utilisation d'IA pour l'intégration de la structure 3D dans l'analyse des variants génétiques (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Arnaud Kress, Julie Thompson) <br />
| + | 09/01 : Article “Impact of Decentralized Autonomous Organizations (DAO) on society 5.0” accepté dans le 8th International Conference on Networks and Communications Rabih Amhaz)</br> |
| − | 06-06 : Début du stage de Pierre Michel M1 SdV, Biologie structurale intégrative et bio-informatique, Université de Strasbourg encadré par Julie Thompson, Kirsley Chennen, Nicolas Scalzitti<br />
| + | 05/01 : Article "Pathogenic missense variation in PABPC1L/EPAB causes female infertility due to oocyte maturation arrest at the germinal vesicle stage" Journal of Assisted Reproduction and Genetics (accepted in december) published on line (C. Mayer, K. Chennen) |
| − | 10-06 : Participation de J.-S. Sereni au jury de thèse de Yitting Jiang en tant que rapporteur, IRIF, Université de Paris<br />
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| − | 13-06 : Présentation au comité de suivi de thèse de Hiba Khodji, co-encadrée par Pierre Collet / Anne Jeannin et Julie Thompson<br />
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| − | 15-06 : Présentation au comité de suivi de thèse de Christelle Rutz, encadrée par Odile Lecompte<br />
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| − | 15-06 : Intervention à la journée doctorale de l'UHA à Mulhouse : "Intelligence Artificielle : de la technique aux enjeux sociaux" (Anne Jeannin-Girardon)<br />
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| − | 16/17-06 : Kickoff meeting du projet Atelier de la Donnée, Unistra ADELE Helpdesk (J. Thompson)<br />
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| − | 20-06 : Présentation au comité de suivi de thèse de Alix Simon, co-encadrée par Jocelyn Laporte (IGBMC) et Julie Thompson<br />
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| − | 23-06 : Réunion pour discuter de l'évolution du Schéma Directeur du Numérique (J. Thompson)<br />
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| − | 24-06 : Comité de pilotage Science Ouverte de l'Unistra (J. Thompson)<br />
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| − | === Mai 2022 === | + | = Visiteurs = |
| − | 03-05 : Réunion Permanents <br />
| + | <br /> |
| − | 10-05 : Réunion groupe A (A-K)<br />
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| − | 17-05 : Réunion groupe B (H-N)<br />
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| − | 17-05 : Installation de nos serveurs au DataCenter <br />
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| − | 17-05 : Séminaire de Kirsley Chennen : Printemps de la donnée, les données dans la thèse, organisé par l'Université de Strasbourg et l'Université de Haute-Alsace <br />
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| − | 20-05 : Séminaire d'équipe 'une éthique pour le 21è siècle', Pierre Collet <br />
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| − | 23-05 : Réunion de préparation du projet UnivOAK 2 (Julie Thompson)<br />
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| − | 24-05 : Soutenance de thèse d'Anna Leonteva 'Evolutionary and Quantum-inspired Algorithms for the Optimization of Magnetic Cooling Systems', co-encadré par Pierre Collet, Pierre Parrend et Anne Jeannin<br />
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| − | 30-05 : Présentation au comité de suivi de thèse de Corention Meyer, co-encadré par Olivier Poch et Pierre Collet<br />
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| − | 31-05 : Réunion Permanents <br />
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| − | === Avril 2022 === | + | = Doctorats = |
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| − | 01-04: fin du projet Freezer avec les étudiants de l'EPITA (outil de réaction en cas d'attaque informatique, qui permet d'empêcher la connexion de nouveaux utilisateurs, l'ouverture de nouveaux accès réseaux), encadrés par Pierre Parrend<br />
| + | = Stages = |
| − | 04/08-04: Colloque en ligne « Directed Minors & Digraphs Structure Theory », organisé par J.-S. Sereni, R. Steiner & S. Wiederrecht dans le cadre du réseau « A Sparse (Graphs) Coalition »<br />
| + | 11/03 : Début du stage M1 de Jérémie Carabin, M2 Biologie Structurale Intégrative et Bioinformatique. Encadrement: Kirsley Chennen et Olivier Poch<br /> |
| − | 05-04 : Réunion du comité de pilotage Mentorat en Alsace - Université de Strasbourg et Université de Haute Alsace (O. Lecompte)<br />
| + | 11/03 : Début du stage M1 de Marie Siroux, M1 Biologie Structurale Intégrative et Bioinformatique. Encadrement: Kirsley Chennen<br /> |
| − | 05-04 : Réunion groupe A (A-K)<br />
| + | 11/03 : Début du stage M1 de Céline Masson, M1 Biologie Structurale Intégrative et Bioinformatique. Encadrement: Julie Thompson<br /> |
| − | 05-04 : Réunion avec l'équipe SDC (N. Lachiche, G. Frey) : analyse par graphes des réseaux biologiques<br />
| + | 11/03 : Début du stage M1 de Mathilda Moser, M1 Biologie Structurale Intégrative et Bioinformatique. Encadrement: Odile Lecompte <br /> |
| − | 06-04 : Présentations de Dorine Merlat, Tuba Uslu, Thimothé Benoit et Antony Seyller dans le cadre des "Présentations des jeunes"<br />
| + | 01/02 : Début du stage M2 de Emil Aliyev, à l'ICAM, Supervisor: Rabih AMHAZ<br /> |
| − | 07-04 : Soumission au journal BMC Bioinformatics du manuscrit : "IMPatienT: an integrated web application to digitize, process and explore multimodal patient data; C. Meyer et al." <br />
| + | 01/02 : Début du stage M2 de Adem Boukhari, ICAM Data Scientist, Supervisor: Kirsley Chennen<br /> |
| − | 08-04 : Comité de pilotage Science Ouverte de l'Unistra (J. Thompson)<br />
| + | 01/02 : Début du stage de Hugues Petitjean, ICAM Data Scientist, Supervisor: Kirsley Chennen<br /> |
| − | 12-04 : Article accepté dans Nucleic Acids Research : Nevers et al. 'The Quest for Orthologs orthology benchmark service in 2022'<br />
| + | 07/01 : Début du stage M2 de Zephyrin Enaux, M2 BSIB. Encadrement: Julie Thompson et Anne Jeannin-Girardon <br /> |
| − | 12-04 : Journal Club<br />
| + | 07/01 : Début du stage M1 de Laura Billard, M1 Biologie Santé. Encadrement: Kirsley Chennen <br /> |
| − | 14-04 : Article accepté dans BMC Genomics : Boštjančić LL et al.'Host-pathogen coevolution drives innate immune response to Aphanomyces astaci infection in freshwater crayfish: transcriptomic evidence'<br />
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| − | 19-04 : Réunion groupe B (L-Z)<br />
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| − | 20-04 : Réunion Institut Francais de Bioinformatique, GT Bioinfo Santé (K. Chennen, J. Thompson)<br />
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| − | 21-04 : Article accepté dans la conference AIAI2022 : Khodji et al. 'MERLIN: Identifying inaccuracies in Multiple Sequence Alignments using Object Detection'<br />
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| − | 22-04 : Présentations de posters aux ED days de l'ED des Sciences de la Vie et de la Santé (C. Rutz, C. Meyer)<br />
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| − | 25-04 : Première réunion de GT RDA (Research Data Alliance) Strasbourg (J. Thompson)<br />
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| − | 25-04 : Présentation de Quentin Christoffel, Nicolas Haas et Arthur Vogt dans le cadre des "Présentations des jeunes" <br />
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| − | 25/29-04 : Visite de Z. Dvořák & B. Moore (Université Charles de Prague, République tchèque)<br />
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| − | 28-04 : Réunion Société Urania Therapeutics-CSTB dans le cadre du dépôt de demande de la bourse CIFRE : "Développement d’un algorithme d’intelligence artificielle dédié aux thérapies de translecture : Application aux maladies génétiques rares" (25/04/2022) (N. Haas, K. Chennen, O. Poch) <br />
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| − | 29-04 : Première réunion de GT Données EST, RDG (Recherche Data Gouv) : projets 'Atelier de la donnée' (J. Thompson) <br />
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| − | === Mars 2022 === | + | = Activités administratives = |
| − | 01-03 : Réunion Permanents <br />
| + | <br /> |
| − | 01-03 : Début du stage M2 de Henri Joel Azemena (Master de l'Université de Lorraine) encadré par Ali Ayadi<br />
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| − | 01-03 : Début de la thèse de Lena Bonassin - direction : O. Lecompte, co-direction : K. Theissinger (Francfort)<br />
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| − | 01-03 : Début de la thèse de Ljudevit Luka Boštjančić - direction : K. Theissinger (Francfort), co-direction : O. Lecompte<br />
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| − | 01-03 : Deux thèses démarreront en septembre 2022 en cotutelle avec l'Université ASOIU (Baku, Azerbaidjan)<br />
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| − | 02-03 : Porjet RainRARE, reception des données de transcriptomique et analyse ((Wojciech Krezel, Kirsley Chennen)<br />
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| − | 08-03 : Réunion groupe A (A-M)<br />
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| − | 09-03 : Réunion Urania Therapeutics discussion sur les contours d'une bourse CIFRE (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Nicolas Hass, Jean-Paul Renaud)<br />
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| − | 11-03: acceptation d'une communication pour RESSI (Rendez-Vous de la Recherche et de l'Enseignement de la Sécurité des Systèmes d'Information) 'Teaching Machine Learning for Cybersecurity', Pierre Parrend<br />
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| − | 14-03 : Réunion Discussion Participation CSTB à l'UE Master Omiques, Bioibfo, données de santé (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Agnes Bloch-Zupan)<br />
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| − | 14-03 : Participation de O. Lecompte au jury d'HDR d'Anaïs Bardet, Université de Strasbourg<br />
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| − | 15-03 : Journal Club<br />
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| − | 16-03 : Réunion NMD (Non-Sens mediated mRNA decay) - Thérapies de Translecture (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Nicolas Hass, Jean-Paul Renaud, Fabrice Lejeune)<br />
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| − | 22-03 : Réunion groupe B (N-Z)<br />
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| − | 23 et 24-03 : Kick-off meeting de l'ANR PRCI GEODE au LOEWE Centre for Translational Biodiversity Genomics (Francfort) (O. Lecompte, C Rutz, D Merlat)<br />
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| − | 23-03 : Participation de J. Thompson au jury d'HDR de Pierre Poulain, Université de Paris Diderot<br />
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| − | 24-03 : Soumission de l'ANR Correau sur la cybersécurité des réseaux d'eau (Pierre Parrend)<br />
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| − | 28-03 : Réunion avec plusieurs membres de Google Cloud pour discuter d'une éventuelle collaboration autour du projet OrthoInspector, et l'utilisation d'IA pour l'intégration de la structure 3D dans l'analyse des variants génétiques (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Arnaud Kress, Julie Thompson, Pierre Collet) <br />
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| − | 29-03 : Réunion Permanents<br />
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| − | 29-03 : Invitation au CAGI6 meeting (Challenge Critical Assessment of Genome Interpretation VIth version) suite aux prédiction fournies; résultats à venir<br />
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| − | 31-03 : Réunion avec Professeur Seiamak BAHRAM, PUPH Immunologie biologique, et Vincent Noblet, pour discuter d'une éventuelle collaboration autour d'un projet en analyse par IA des données multi-omiques (Julie Thompson, Olivier Poch, Pierre Collet).
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| − | === Février 2022 === | + | = Divers = |
| − | 01-02 : (*) réunion des permanents <br />
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| − | 08-02 : (*) présentation du groupe A (A-M) <br />
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| − | 15-02 : (*) Journal Club <br />
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| − | 22-02 : (*) présentation du groupe B (N-Z) <br />
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| − | 28-02 : Début de stage M1S2 de Tuba Uslu (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadrée par Julie Thompson <br />
| + | <br /> |
| − | 28-02 : Début de stage fin d'étude de Souliman El Moussaoui (ECAM formation Data Science) encadrée par Julie Thompson, Kirlsey Chennen, Nicolas Scalzitti, collaboration Jean Muller, Laboratoire de diagnostic génétique, CHU de Strasbourg <br />
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| − | 28-02 : Début de stage M1S2 de Timothé Benoît (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadré par Claudine Mayer <br />
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| − | 28-02 : Début de stage M1S2 de Anthony Seyller (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadré par Claudine Mayer et Kirsley Chennen <br />
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| − | 28-02 : Début de stage de Khayala Gaybaliyeva, M2 Sciences de Données et Intelligence Artificielle, Université Franco-Azerbaidjanaise, encadrante Nathalie Al Makdessi<br />
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| − | 28-02 : Début de stage de Mahir Israyilov, M2 Sciences de Données et Intelligence Artificielle, Université Franco-Azerbaidjanaise, encadrants Ali Ayadi, Anne Jeannin-Girardon et Pierre Collet<br />
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| − | 25-02 : Acceptation du projet RARETIA ANR-20-MRB-00XX-03 (ANR/Investissements d'Avenir: Accélérer la Recherche et l'innovation sur les maladies rares grâce aux bases de données)<br />
| + | = Vie de l'équipe = |
| − | 18-02 : Réunions de travail avec SDC, CSIP, FEMTO-ST, Mob-ion et AAQIUS dans le cadre du projet AI-ReFuel ANR 2022 (préparation d'une proposition détaillée pour le passage à la phase 2), Ali Ayadi coordinateur du projet.<br />
| + | == Réunions d'équipe == |
| − | 21-02 : Réunion de préparation du projet Correau, ANR phase 2 (INRAE, Eurométropole, CNAM, ICube)<br />
| + | '''Dates fixées à partir du 1er janvier - Début des réunions à 13:30'''<br /> |
| − | 04-02 : Fin de projet MedCTF - application de gestion de données médicale pour challenge de cybersécurité, stage de Tayyip Gedik (encadrement Pierre Parrend) <br />
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| − | 16-02 : Soumission d'un pre-proposal "Development of new analytic tools and pathways to accelerate diagnosis and facilitate diagnostic monitoring of rare diseases" au AP European Joint Programme Rare Diseases, en collaboration avec Amélie Piton, IGBMC. <br />
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| − | 16-02 : Soumission d'un pre-proposal "RAinMARK : New tools and predictive markers for better patient care and treatment solutions in MCOPS12" au AP European Joint Programme Rare Diseases, en collaboration avec Wojciech KREZEL, IGBMC. <br />
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| − | 09-02 : soumission d'une réponse au Appel à manifestation d’intérêt - Chaire de professeur junior "GROOT: atlas of Gene RepertOire evOluTion", Odile Lecompte <br />
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| − | 02/03-02 : Organisation des réunions <em>Coalition Café</em> (en ligne) par S. Cambie, R. J. Kang, J.-S. Sereni & Y. Yuditski.<br />
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| − | 07/11-02 : visite de J. Volec (Czech Technical University, République tchèque). <br />
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| − | 10-02 : Exposé de J. Volec au séminaire de calcul stochastique (IRMA) : <em>Graph limits, common graphs and Sidorenko's conjecture</em>. <br />
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| − | 23-02 : Réunion avec Laurence Choulier (faculté de pharmacie) pour discuter d'une co-direction de thèse possible (Quentin Rott), Julie Thompson, Odile Lecompte <br />
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| − | 24-02 : Réunion avec Prof. Bourcier et Emilia Koestel, Ophtalmologue, CHU de Strasbourg pour discuter d'une collaboration possible suite au projet Myo-XIA, avec Corentin Meyer, Julie Thompson, Olivier Poch, Pierre Collet <br />
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| − | === Janvier 2022 ===
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| − | 03-01 : Début du stage M2S4 de Dorine Merlat (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadrée par O. Lecompte <br />
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| − | 03-01 : Début du stage M2S4 de Nicolas Haas (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadré par O. Poch et K. Chennen <br />
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| − | 03-01 : Début du stage M2S4 de Arthur Vogt (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadré par C. Mayer <br />
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| − | 03/07-01 : Participation (en ligne) de J.-S. Sereni au colloque <em>Graph Theory</em> à Oberwolfach (Allemagne) <br />
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| − | 11-1: Lancement de la thèse de Julien Michel sur le projet Damiage, direction de thèse Pierre Parrend (programme RAPID, porté par l'EPITA) <br />
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| − | 11-01 : (*) présentation du groupe A (A-M) <br />
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| − | 11-01 : Assemblée Générale de l'IFB, pour discuter de la prochaine feuille de route 2022-2027 <br />
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| − | 17-01 : Participation d'O. Lecompte au meeting organisé par le consortium européen ERGA (European Reference Genome ATlas)<br />
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| − | 18-01 : (*) Journal Club <br />
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| − | 18/19-01 : Meeting Institut de Myologie Paris; Projet: IA et base de connaissances multi-niveaux pour le diagnostic des myopathies congénitales (Corentin Meyer/Olivier Poch/Kirsley Chennen)<br />
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| − | 20-01 : Réunion préparatoire écriture projet European Joint Programme RARE DISEASES (Olivier Poch/Kirsley Chennen)<br />
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| − | 21-01 : Réunion avec la société CInflows e-solutions for medical workflows, sur l'utilisation de l'IA pour la détermination de la taille de valves cardiaques et sur l'anonymisation de fichiers médicaux<br>
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| − | 24-01 : Réunion avec la société Urania Therapeutics, sur la création d'une base de connaissances dédiées aux thérapies des maladies génétiques à faux-sens technologie des molécules de 'Read-Through' au sein des ribosomes (Olivier Poch/Kirsley Chennen/Nicolas Haas)<br />
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| − | 25-2: session de travail 'Détection d'anomalies dans les réseaux' avec les doctorants et post-doctorants de Réseau (Cristel Pelsser) et CSTB (Pierre Parrend)<br />
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| − | 25-01 : (*) présentation du groupe B (N-Z)<br />
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| − | 27-01 : Présentation de Lalla Aicha Koné et Yohan Solon dans le cadre des "Présentations des jeunes"<br />
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| − | 31-01 : réunion de préparation du projet RDG AMI Atelier de la donnée (Julie Thompson)<br />
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| − | [https://cstb.icube.unistra.fr/index.php/ArchivesActualit%C3%A9s Archive des actualités]
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| | + | 1er mardi du mois : Réunion groupe A (A-M)<br /> |
| | + | 2ème mardi du mois : Journal Club<br /> |
| | + | 3ème mardi du mois : Réunion groupe C (N-Z)<br /> |
| | + | 4ème mardi du mois : Réunion Permanents<br /> |
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| | + | == Session "Jeun's" == |
| | + | '''Un mardi sur deux à 15:00''' : Présentations des "jeunes" pour préparation aux oraux suivies de questions (2 à 3 présentations de 12 min pour stagiaires et doctorants 1ère et 2ème année, 20 min pour doctorants 3ème année).<br /> |
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| − | [[en:Highlights]] | + | <br /> |
| | + | [[en:News]] |
