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| − | '''Activités de l'équipe en 2023''' | ''[[Activites archives|Années précédentes]]'' | + | '''Activités de l'équipe en 2024''' | ''[[Activites archives|Années précédentes]]'' |
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| | = Activités scientifiques = | | = Activités scientifiques = |
| − | == Novembre ==
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| − | 20/11 : Conférence invitée : Ethique et IA, Université Andrés Bello, Viña del Mar, Chili, Pierre Collet<br>
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| − | 17/11 : Conférence invitée : Systèmes Complexes, Université Alberto Hurtado, Santiatgo du Chili, Pierre Collet<br>
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| − | 17/11 : Conférence invitée : Ethique et IA, Université Alberto Hurtado, Santiatgo du Chili, Pierre Collet<br>
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| − | 7/11 : Soutenance de thèse de Hiba Khodji, "Apprentissage profond et transfert de connaissances pour la détection d’erreurs dans les séquences biologiques" superviée par Julie Thompson, Anne Jeannin-Girardon et Pierre Collet<br>
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| − | == Octobre ==
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| − | 30/10 : Emmenagement des nouveaux bureaux dans le batiment Clovis Vincent<br>
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| − | 23/10 : Article "Temporal dynamics of the immune response in Astacus astacus challenged with Aphanomyces astaci" accepté dans Fish and Shellfish Immunology (Boštjančić et al.)<br>
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| − | 20/10 : Soutenance de thèse de Corentin Meyer, CNRS 80|PRIME "MYO-xIA : IA explicable pour la classification intégrée et la prédiction des myopathies congénitales" co-dirigée par Olivier Poch, Pierre Collet<br>
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| − | 15/10 : Projet X-KDEVS - eXplainable Knowledge-Enhanced DEVS Simulation for Complex Systems, JCJC ANR2024 DEPOT (Ali Ayadi)<br>
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| − | 10/10 : Ali Ayadi a rejoint le comité scientifique du RED (Réseau DEVS - Discrete Event System Specification).<br>
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| − | 09/10 : Dépôt d'un projet de chaire de professeur junior (O. Lecompte)<br>
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| − | 02/10 : Début de la thèse de Quentin Rott (co-direction O. Lecompte, L. Choulier)<br>
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| − | == Septembre ==
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| − | 28/09 : Projet "EN HOPE SMART4CBT : "East North-Hematology Oncology PEdiatric consortium : research program of Social sciences, Microenvironment & multiomics Analyses in RadioTherapy resistance For Children Brain Tumors" '''LABELLISE''' centre de recherche intégrée d’excellence en cancérologie pédiatrique (PEDIACRIEX23) par l'Institut National de Cancer - (K. Chennen, A. Kress, L. Poidevin, porteur ICube: O. Poch)</br>
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| − | 21/09 : '''Comite de Pilotage''' du Projet RaReTIA : Artificial Intelligence for Rare Eye Genetic Diseases" - (K. Chennen, A. Kress, porteur ICube: O. Poch)</br>
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| − | 20/09 : Projet CZI (Chan Zuckerberg Initiative) Collaborative Pairs Pilot Project Awards: "Moonlighting functions in neurodegenerative aaRSopathies", pré-proposition retenue (11/08) et '''DEPOT''' projet final - (K. Chennen, A. Kress, C. Mayer, O. Poch, porteur : A. Ayadi)</br>
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| − | 5-8/09 : Participation au congrès CrayfIT (Pavia, Italie) de Lena Bonassin, Christelle Rutz et Luka Bostjancic - Prix de la meilleure présentation pour Luka Bostjancic</br>
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| − | 4-8/09 : Visite d'Ulviyya Abdulkarimova, maîtresse de conférence, membre associée de l'équipe CSTB, UFAZ French-Azerbaijani University </br>
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| − | 05/09 : Candidature Unistra / ICube pour l'AAP EOSC Future – Mini Competition 2.0 within the OCRE Framework: '''NON RETENUE''' (K. Chennen, P. Collet, A. Kress, L. Moulinier, O. Poch, L. Poidevin, J. Thompson; porteuse : O. Lecompte)</br>
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| − | 04/09 : Accord de Consortium projet "RaReTIA: Artificial Intelligence for Rare Eye Genetic Diseases" '''SIGNE''' (K. Chennen, A. Kress, porteur ICube: O. Poch)</br>
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| − | 01/09 : Article "Modeling and simulation of the sars-cov-2 lung infection and immune response with cell-devs" accepté dans Winter Simulation Conference 2023 (A. Ayadi et al.)</br>
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| − | 01/09 : Projet Extreme Phenotpyes in Retinopathies, AAp Retina France '''DEPOT''' (K. Chennen, porteur ICube : O. Poch)</br>
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| − | 01/09 : Projet EpiTarget in Glioma, AAP ERA-NET TransCan3 (Translational Cancer research) '''DEPOT''' (K. Chennen)</br>
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| − | 01/09 : Projet Retina Rare Disease PartnerShip, AAP European Rare Diseases Research Alliance '''ACCEPTE''' (K. Chennen, Porteur ICube: O. Poch)</br>
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| − | == Août ==
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| − | 31/08 : Lancement de « [https://igt.centre-mersenne.org/ Innovations in Graph Theory] », revue mathématique sur la théorie des graphes et ses interactions avec d'autres domaines.
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| − | La revue suit le modèle « Diamond open access » : gratuite pour les auteurs, gratuite pour les lecteurs.<br />
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| − | 14/08 : Obtention d'une thèse CIFRE financé par IBM, sur l'algorithmique quantique par le doctorant Léo Cheneau, directeur de thèse P. Collet<br />
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| − | 12/08 : Article "Abundance and diversification of repetitive elements in Decapoda genomes" (C. Rutz ''et al.'') accepté dans Genes <br />
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| − | 11/08 : Projet accepté pour Cycle 2 of Chan Zuckerberg Initiative (CZI) Collaborative Pairs Pilot Project Awards : 'Moonlight functions in neurodegenerative aaRsopathies', porteur Ali Ayadi <br />
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| − | == Juillet ==
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| − | 31/07 : Participation au Comité de suivi de thèse d'Hosna Baniadam (EMBL) - O. Lecompte<br />
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| − | 12/07: Lancement du WP4 du projet ANR Correau (Détection d'attaque dans les réseaux d'eau) dont ICube est leader - P. Parrend<br />
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| − | 11/07 : Participation au jury PhD de Hrishikesh Dhondge, INRIA Nancy - J. Thompson <br />
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| − | 07/07 : Obtention d'un contrat doctoral (ED Vie et Santé) par Quentin Rott (co-direction L. Choulier et O. Lecompte)<br />
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| − | 03/07 : Participation d'O. Lecompte au jury d'HDR de Catherine Mathé (Université Toulouse III)<br />
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| − | == Juin ==
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| − | 29-30/06 : Bingi Days, retraite de l'équipe <br />
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| − | 29/06 : Réunion avec IBM pour le financement d'une thèse CIFRE sur l'algorithmique quantique<br />
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| − | 28/06 : Embauche (probable) de Anna Leonteva par la startup QPerfect sur un post-doc en informatique quantique<br />
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| − | 22/06 : Submission d'un projet à l'AAP Chan Zuckerberg Initiative maladies neurodégénératives (A. Ayadi)<br />
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| − | 20/06 : Sélection à l'oral du concours d'attribution des contrats doctoraux (ED Vie et Santé) de Lucille Herbay et Quentin Rott du CSTB <br />
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| − | 16/06 : Organisation d'un atelier autour de l'engagement des scientifiques dans la société dans le cadre du Mentorat en Alsace - O. Lecompte<br />
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| − | 02/06 : Séminaire invité, O. Lecompte - Exploration of genomes beyond classical model species : applications and challenges - IGBMC<br />
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| − | 01/06 : Article accepté dans SIMULATION - Transactions of The Society for Modeling and Simulation : ''Combining DEVS simulation and ontological modeling for a hierarchical analysis of the SARS-CoV-2 replication'', A. Ayadi et al. 2023<br />
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| − | 01/06 : Participation au workshop [https://human4d.unistra.fr/index.php/ICube_KAIST_Workshop2023 ICUBE KAIST 2023] "Philosophical Exploration on Machine Learning", Pierre Collet<br/>
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| − | == Mai ==
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| − | 3/05 : Article en collaboration avec le Swiss Institute of Bioinformatics accepté dans Genome Biology - Nevers, Glover, Dessimoz & Lecompte - "Protein length distribution is remarkably uniform across the three of life"<br>
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| − | 08-09/05 : Participation au Soil Invertebrate Genome Initiative meeting (Francfort), O. Lecompte et D. Merlat <br>
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| − | 10-12/05 : Participation au RESSI (Rendez-Vous de la Recherche et de l'Enseignement de la Sécurité des Systèmes d'Information), M. Jaber, J. Michel, P. Parrend. <br>
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| − | 11/05 : Séminaire de mathématiques discrètes : Spanning trees in regular graphs, KIT - Karlsruher Institut für Technologie, J.-S. Sereni. <br>
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| − | 12/05 : Parition d'une communication grand public : 'Enseignement supérieur et désinformation: quel bilan dans les écoles d’ingénieur ?', dans 'Lutte contre les manipulations de l’information: Regards croisés de spécialistes et d’acteurs du domaine' Livre Blanc du Pôle d’Excellence Cyber, avec la participation de P. Parrend. <br>
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| − | 20/05 : Le '''projet EN HOPE SMART 4CBT''' (East North-Hematology Oncology PEdiatric consortium offering a research program of Social sciences, Microenvironment & multiomics Analyses in RadioTherapy resistance For Children Brain Tumors) déposé dans le cadre de l'appel à projet PEDIACRIEX23 pour la labellisation de centres de recherche intégrée d'excellence en cancérologie pédiatrique '''a été retenu pour audition devant le comité d'experts internationaux qui aura lieu le 28 Juin 2023''' <br>
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| − | 24/05 : Keynote aux [https://jnm2023.parisnanterre.fr/ Journées Nationales des MIAGE], "Quel lien entre science, éthique et IA ?", Pierre Collet<br>
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| − | 25-26/05 : Participation au colloque HILISIT à Marseille : "POEM : Intégration de l'intertutorat et de ChatGPT à l'éducation", Pierre Collet<br>
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| − | == Avril ==
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| − | 6/04 : Article accepté dans Frontiers in Bioinformatics : Real or fake? Measuring the impact of protein annotation errors on estimates of domain gain and loss events, A. Kress et al. 2023<br />
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| − | 15/4 : Arrivée de Côme Frappé-Vialatoux, Projet ANR Correau (détection d'attaque sur les réseaux d'eau)<br />
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| − | 19/04 : Séminaire invité, P. Parrend : Trusted Graph for explainable detection of cyberattacks, au Cyber CNI Lecture Series (TALK.cybercni.fr) qui vise à sensibiliser tous les publics aux questions de cybersécurité et à permettre un dialogue permanent entre les experts de l'industrie et du monde universitaire et le grand public.<br />
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| − | 26/04 : 'Best Paper Award' à la conférence Complex Computational Ecosystems 2023, Baku : "Metrics for Evaluating Interface Explainability Models for Cyberattack Detection in IoT Data”, Amani Abou Rida <br />
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| − | 25-27/04 : Organisation de la première conférence internationale à comité de lecture CCE'23 avec publication Springer à Baku : https://cce-2023.ufaz.az/
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| | == Mars == | | == Mars == |
| − | 6/03 : Dépôt d'un sujet de thèse en codirection entre Laurence Choulier (Laboratoire de Bioimagerie et Pathologies, UMR7021) et Odile Lecompte<br />
| + | 25/03: Article "Meyer et al. IMPatienT: an Integrated web application to digitize, process and explore Multimodal PATIENt daTa" accepté dans Journal of Neuromuscular Diseases.</br> |
| − | 6/03 : Dépôt d'un sujet de thèse en codirection entre Jean Louis Mandel (IGBMC) et Julie Thompson<br />
| + | 21/03: Séminaires d'échanges autour de la 'détection pour la cybersécurité' avec l'Université de Sherbrooke (suite à la visite de Février)</br> |
| − | 13/03 : Présentation à la première rencontre du groupe de travail "Aspects Computationnels de l'Éthique" (GDR RADIA) au LIP6, Paris : "Éléments d'épistémologie et d'éthique des systèmes d’apprentissage automatique", Anne Jeannin-Girardon<br />
| + | 21/03: Communications acceptées à RESSI (Rendez-Vous de la Recherche et de l'Enseignement de la Sécurité des Systèmes d'Information; mai) pour les doctorants de Pierre Parrend: Julien Michel, Majed Jaber, Côme Frappé-Vialatoux</br> |
| − | 14/03 : Dépôt du projet SMART4CBT (Sciences sociales, Microenvironnement & analyses multiomiques dans la résistance au RadioThérapie dans les tumeurs cérébrales de l'enfant) pour la création d'un Centre de Recherche Intégrée Nord-Est en Oncopédiatrie (appel à projet national INCA), Olivier Poch<br />
| + | 11/03: Le projet Chaire de professeur junior 'Atlas comparatif des répertoires de gènes et relations génotype-phénotype' porté par Odile Lecompte est accepté. </br> |
| − | 15/03 : Rencontre avec les membres de la SATT CONECTUS pour la valorisation des outils du CSTB et de BiGEst-ICube, Olivier Poch, Arnaud Kress/Luc Mouliner<br />
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| − | 26/03 : Dépôt de la maquette du nouveau parcours Bioinformatique et bioimagerie structurale du Master Sciences du vivant de Strasbourg (co-responsable : O. Lecompte)<br />
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| − | 27-31/03 : Participation de J.-S. Sereni au colloque en ligne « χ-boundedness », dans le cadre du réseau ''A Sparse (Graphs) Coalition''<br />
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| − | 29/03 : Article publié dans le Journal of Fungi : C. Mayer et al. CeGAL: Redefining a Widespread Fungal-Specific Transcription Factor Family Using an In Silico Error-Tracking Approach<br />
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| | == Février == | | == Février == |
| − | 02/02 : Réunion de travail avec Emmanuelle Leize (Laboratoire de Spectrométrie de Masse des Interactions et des Systèmes) pour discuter d'une collaboration autour de l'utilisation d'approches IA en protéomique. J. Thompson, K. Chennen.<br />
| + | 23/02 : Article accepté : C. Frappé--Vialatoux et P. Parrend, Combining Physical and Network Data for Attack Detection in Water Distribution Networks, Water Distribution Systems Analysis (WDSA)/Computing and Control Water Industry (CCWI) Joint Conference, Ferrara, Italy.</br> |
| − | 02-03/02 : Participation de Dorine Merlat à la conférence Omics Days 2023 (Montpellier)<br />
| + | 20/02 : Meeting Projet CILRET-PASS (PIA et ITMO Génétique Génomique et Bioinformatique d'AVIESAN): Avancées des travaux et perspectives.</br> |
| − | 8/02 : Participation au cercle de mentorat (O. Lecompte)
| + | 12/02 : Séminaire invité par Prof Lennart Martens, Ghent University. Lennart est directeur de l'équipe CompOmics [https://www.compomics.com] et un spécialiste dans le développement d'outils pour l'analyse de données protéomique, y compris des approches basés sur l'IA.</br> |
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| | == Janvier == | | == Janvier == |
| − | 09/01 : Séminaire invité de D. Merlat - ERGA Annotation Committee<br />
| + | 29/01 : Projet CZI (Chan Zuckerberg Initiative) Collaborative Pairs Pilot Project Awards: "Moonlighting functions in neurodegenerative aaRSopathies", proposition non retenue</br> |
| − | 11/01: intervention à la [https://esbs.unistra.fr/acces-directs/actualites/actualite/default-ae15da7018 conférence Intelligence Artificielle de l'ESBS] : "Intelligence artificielle, éthique et santé" (A. Jeannin-Girardon)<br />
| + | 24/01 : Soutenance de thèse d'Amani Abou-Rida, "Enhancing Detection and Explainability in Cybersecurity: A Shift from Machine Learning to Graph Learning.", supervisée par Rabih Amhaz et Pierre Parrend</br> |
| − | 12/01: Participation aux Journées des Universités (O. Lecompte)<br />
| + | 09/01 : Article “Impact of Decentralized Autonomous Organizations (DAO) on society 5.0” accepté dans le 8th International Conference on Networks and Communications Rabih Amhaz)</br> |
| − | 23-25/01 : Présentation d'un poster aux rencontres ALPHY (Grenoble) par Dorine Merlat
| + | 05/01 : Article "Pathogenic missense variation in PABPC1L/EPAB causes female infertility due to oocyte maturation arrest at the germinal vesicle stage" Journal of Assisted Reproduction and Genetics (accepted in december) published on line (C. Mayer, K. Chennen) |
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| | = Visiteurs = | | = Visiteurs = |
| − | 4-8/09 : Visite d'Ulviyya Abdulkarimova, maitre de conférence, UFAZ French-Azerbaijani University </br>
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| − | 24-28/07 : Visite de Z. B. Yilma (Carnegie Mellon University in Quatar). <br />
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| − | 28/06-03/07 : Visite de F. Jouve (Université de Bordeaux). <br />
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| − | 19-22/06 : Visite de A. Goodall (Université Charles de Prague, République tchèque) et F. Jouve (Université de Bordeaux). <br />
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| − | 31/05 : Visite de Miklos Balint (Loewe Centre for Translational Biodiversity genomics, Francfort)<br />
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| − | 04-08/04 : Visite de J. Volec (Czech Technical University, République tchèque). <br />
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| | = Doctorats = | | = Doctorats = |
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| − | 03/05 : Committee de suivi individuel (CSI) de Alix Simon, encadrants J. Thompson et J. Laporte (IGBMC)<br />
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| − | 16/05 : Comité de suivi individuel (CSI) de Luka Boštjančić, encadrantes O. Lecompte et K. Theissinger (LOEWE Centre for Translational Biodiversity Genomics, Frankfurt)<br />
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| − | 17/05 : Comité de suivi individuel (CSI) de Lena Bonassin, encadrantes O. Lecompte et K. Theissinger (LOEWE Centre for Translational Biodiversity Genomics, Frankfurt)<br />
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| − | 30/05 : Comité de suivi individuel (CSI) de Christelle Rutz, encadrante O. Lecompte <br />
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| − | 31/05 : Committee de suivi individuel (CSI) de Nicolas Haas, encadrant O. Poch <br />
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| − | 31/05 : Comité de suivi individuel (CSI) de Dorine Merlat, encadrants O. Lecompte et Miklos Balint (LOEWE Centre for Translational Biodiversity Genomics, Frankfurt)<br />
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| | = Stages = | | = Stages = |
| − | 15/03 : Début du stage M1 de Burak Arti, M1 BSIB. Encadrement: Julie Thompson et Laetitia Poidevin <br />
| + | 11/03 : Début du stage M1 de Jérémie Carabin, M2 Biologie Structurale Intégrative et Bioinformatique. Encadrement: Kirsley Chennen et Olivier Poch<br /> |
| − | 15/03 : Début du stage M1 de Julien Schaffer, M1 BSIB. Encadrement: Julie Thompson et Kirsley Chennen <br />
| + | 11/03 : Début du stage M1 de Marie Siroux, M1 Biologie Structurale Intégrative et Bioinformatique. Encadrement: Kirsley Chennen<br /> |
| − | 15/03 : Début du stage M1 de Dehelia Chettouf, M1 BSIB. Encadrement: Claudine Mayer, Kirsley Chennen et Olivier Poch <br />
| + | 11/03 : Début du stage M1 de Céline Masson, M1 Biologie Structurale Intégrative et Bioinformatique. Encadrement: Julie Thompson<br /> |
| − | 15/03 : Début du stage M1 de Migena Bejko, M1 BSIB. Encadrement: Kirsley Chennen, Claudine Mayer et Olivier Poch <br />
| + | 11/03 : Début du stage M1 de Mathilda Moser, M1 Biologie Structurale Intégrative et Bioinformatique. Encadrement: Odile Lecompte <br /> |
| − | 15/03 : Début du stage M1 de Deborah Antonio, M1 BSIB. Encadrement: Claudine Mayer et Olivier Poch <br />
| + | 01/02 : Début du stage M2 de Emil Aliyev, à l'ICAM, Supervisor: Rabih AMHAZ<br /> |
| − | <br />
| + | 01/02 : Début du stage M2 de Adem Boukhari, ICAM Data Scientist, Supervisor: Kirsley Chennen<br /> |
| − | 27/02 : Début du stage M2 de Fazil Mammadov, UFAZ, Baku. Encadrement: Rabih Amhaz <br />
| + | 01/02 : Début du stage de Hugues Petitjean, ICAM Data Scientist, Supervisor: Kirsley Chennen<br /> |
| − | <br /> | + | 07/01 : Début du stage M2 de Zephyrin Enaux, M2 BSIB. Encadrement: Julie Thompson et Anne Jeannin-Girardon <br /> |
| − | 15/01 : Début du stage M2 de Lucille Herbay (Science de la vie, biologie moléculaire) encadrée par Julie Thompson, Arnaud Kress<br />
| + | 07/01 : Début du stage M1 de Laura Billard, M1 Biologie Santé. Encadrement: Kirsley Chennen <br /> |
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| | = Activités administratives = | | = Activités administratives = |
| − | 04/10 : Comité de pilotage Mentorat en Alsace (O. Lecompte)<br />
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| − | 31/08 : Réunion pour l'allocation des bureaux Clovis Vincent (J. Thompson) <br />
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| − | 9/02 : Réunion du groupe de travail RDA Unistra (J. Thompson, Paulette Lieby)<br />
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| − | 10/02 : Comité de pilotage Science Ouverte de l'Unistra (J. Thompson)<br />
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| − | 20/01 : Réunion d'organisation du nouveau master Unistra en bioinformatique et bioimagerie structurale, prévu en 2024 (O. Lecompte, J. Thompson)<br />
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| − | 23/01 : RDA organisational assembly (J. Thompson)<br />
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| | = Divers = | | = Divers = |
| − | 7/02 : Première session de la formation VSSH (Violence Sexiste et Sexuelle et Homophobe) <br />
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| − | 21/03 : Deuxième session de la formation VSSH (Violence Sexiste et Sexuelle et Homophobe) <br />
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| | '''Dates fixées à partir du 1er janvier - Début des réunions à 13:30'''<br /> | | '''Dates fixées à partir du 1er janvier - Début des réunions à 13:30'''<br /> |
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| − | 1er mardi du mois : Réunion groupe A (A-G)<br /> | + | 1er mardi du mois : Réunion groupe A (A-M)<br /> |
| − | 2ème mardi du mois : Réunion groupe B (H-N)<br /> | + | 2ème mardi du mois : Journal Club<br /> |
| − | 3ème mardi du mois : Réunion groupe C (O-Z)<br /> | + | 3ème mardi du mois : Réunion groupe C (N-Z)<br /> |
| | 4ème mardi du mois : Réunion Permanents<br /> | | 4ème mardi du mois : Réunion Permanents<br /> |
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| | == Session "Jeun's" == | | == Session "Jeun's" == |
| − | '''Chaque jeudi à 14:00''' : Présentations des "jeunes" pour préparation aux oraux suivies de questions (2 à 3 présentations de 12 min pour stagiaires et doctorants 1ère et 2ème année, 20 min pour doctorants 3ème année).<br /> | + | '''Un mardi sur deux à 15:00''' : Présentations des "jeunes" pour préparation aux oraux suivies de questions (2 à 3 présentations de 12 min pour stagiaires et doctorants 1ère et 2ème année, 20 min pour doctorants 3ème année).<br /> |
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| − | 06/04 : (*) Session "Jeun's" Présentation de Arnaud Kress<br />
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| − | 06/04 : (*) Session "Jeun's" Présentation de Ihsane Errami<br />
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| − | 30/03 : (*) Session "Jeun's" Présentation de Corentin Meyer<br />
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| − | 23/03 : (*) Session "Jeun's" Présentations de Deborah Antonio, Burak Arti, Migena Bejko, Dehelia Chettouf et Julien Schaffer<br />
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| − | 16/03 : (*) Session "Jeun's" Présentations d'Anne Jeannin-Girardon et Hiba Khodji<br />
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| − | 23/02 : (*) Réunion pour discuter de l'organisation des présentations<br />
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| | [[en:News]] | | [[en:News]] |
