Anne Jeannin-Girardon

Maître de Conférences en informatique (section 27) au Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie, UMR CNRS 7357 -- Université de Strasbourg,

Recherche

TL;DR: Mes principaux centres d'intérêts concernent le deep learning (apprentissage profond), la programmation massivement parallèle, la modélisation de systèmes complexes, l'intelligence collective et la modélisation de comportement.

Toutes mes activités de recherche tournent ou ont tourné autour des systèmes complexes et leur étude. Aujourd'hui, je m'intéresse en particulier à l'apprentissage profond (deep learning) et le calcul massivement parallèle. Les domaines d'application de ces recherches sont variés, avec la mise en place d'écosystèmes éducationnels (POEM), d'écosystèmes de calcul (EASEA), d'écosystèmes de santé (HOPE / RADAR), de plateforme de simulation de systèmes complexes, mais aussi d'un écosystème fédérateur, le CS-DC, mutualisant des ressources de recherche et des ressources éducationnelles pour aborder les défis posés par la science des Systèmes Complexes.

Les différentes problématiques que nous étudions sont principalement : l'informatisation robuste et fiables de dossiers médicaux (et, de manière plus générale, de fichiers numériques), la fouille de données, la création de plateformes intelligentes exploitant l'intelligence humaine (détermination de trajectoires éducatives optimales, création de cartes de la connaissance), la sécurisation et détection d'anomalie dans les systèmes d'information.

J'ai aussi quelques petits projets m'intéressant, en cours de définition, bourgeonnant avec paresse mais dont j'espère pouvoir faire quelque chose un jour : pilotage d'algorithmes évolutionnaires par des algorithmes d'apprentissage profond; exploitation de parallélisme massif pour estimer des partitionnements de données non étiquetées; modélisation intégrative de systèmes biologiques; exploration des possibilités de parallélisation avec les principes développés dans EASEA pour l'analyse de séquences ADN issues de séquençage haut débit; ...

Publications

Liste des publications

Implication dans des projets

• Éducation : POEM / Magellan / In-tuto
• Santé : HOPE / RADAR
• Calcul : EASEA CLOUD
• CS-DC

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Encadrement scientifique

Encadrement d'étudiants en alternance

• 2016-2018
  • RADAR (Robust Anonymous DAta Records) : A. Bruyant
  • Spectrométrie de Masse : M. Haegelin

Encadrement de stages

• Réseaux de régulation génétique de lymphocytes B : N. Demeure, M2/ENSIIE, 6 mois, 2017
• Cartes concentriques multi-valuées (a.k.a. Magellan) : F. Delhomme (magistère de maths) et M. Vila (M1 Informatique et Science de l'Image). Co-endadrement : Basile Sauvage, MCF équipe IGG. 3 mois, 2017

Encadrement de thèses en cours

• Nicolas Scalzitti [Dec. 2018-] (Directeurs: J. Thompson & P. Collet) "New gene annotation and detection strategies for genome sequencing projects, by massively parallel coupled artificial intelligence and artificial evolution algorithms"
• Romain Orhand [Oct. 2018 -] (Directeurs: P. Collet & P. Parrend) "Towards autonomous computers by combination of artificial intelligence and artificial evolution'
• Anna Ouskova [Aout 2018-] (Directeurs: P. Collet & P. Parrend) "Evolutionary optimization of refrigeration systems using magnetocaloric alloy"
• Clément Schreiner [Jan. 2017-] (Directeur: P. Collet) "Intelligent ecosystem for massive personalized education"

Encadrement d'étudiants dans le cadre de projets de recherche (~150h)

• 2017-18
  • Elisa Kalbé "Non-representational approaches for agent behavior modelling"
  • Maxime Seyer "Non-representational approaches for agent behavior modelling"
• 2018-19
  • Elisa Kalbé "Collision detection: comparison of cognitive and geometric approaches"
  • Gaël Mukunde "Apprentissage et identification de propriétés au sein des séquences de protéines" (Avec O. Poch & L. Moulinier)
  • Mathieu Haller "Apprentissage profond pour la classification de repliements de protéines" (Avec C. Mayer)
  • Amarin Hutt "Apprentissage multi-tâches, apprentissage par transfert : adaptabilité des réseaux de neurones" (Avec R. Orhand)

Diffusion scientifique

• Présentation aux Journées Systèmes 2018 à Strasbourg (oct. 2018): "Défis théoriques et pratiques de l'intelligence artificielle" / Vidéo de l'intervention
• Animation (avec Pierre Collet) du stand du Campus Numérique des Systèmes Complexes de la Fête de la Science (2016 et 2017)

Enseignement

Depuis 2016

• Introduction à la programmation web
• Algorithmique et programmation
• Anglais pour l'informatique
• Programmation orientée objet
• Intelligence artificielle & deep learning

Avant 2016 (Univ. Brest)

• Algorithmique et programmation
• Certificat informatique et internet
• Environnements informatiques
• Langages de programmation
• Algorithmique fondamentale et graphes
• Programmation C avancée
• Java et outillage projet
• Réseaux IP: concepts, programmation et applications
• Modélisation cognitive et réactive
• Compilation, modèles et langages pour les systèmes parallèles

Responsabilités administratives et scientifiques

Responsabilités administratives

• Membre du conseil de l'UFR Mathématique et Informatique de l'Université de Strasbourg depuis décembre 2017
• Coordinatrice pédagogique du parcours Math-Info de la licence de l'Université franco-azerbaïdjanaise (UFAZ) depuis septembre 2017
• Membre du Comité d'Experts en informatique 27è section de l'Université de Strasbourg depuis septembre 2016
• Membre du comité de sélection pour un poste de maître de conférences en informatique à l'IUT Robert Schuman (2017)

Responsabilités scientifiques

• Révision d'article pour le journal AIMS Cell and Tissue Engineering (2017)
• Révision d'articles pour la conférence EA 2017
• Membre des comités d'organisation et de programme de la conférence EA 2017
• Révision d'article pour la conférence ICAROB 2018
• Expertise scientifique de dossier de thèse CIFRE pour l'ANRT (2017, 2018)
• Expertise scientifique pour le pôle de compétitivité BioWin (Wallonie) (2017)

Contact

Mon bureau est situé au 4 rue Kirschleger, Bâtiment 3 de la Faculté de Médecine au 5è étage (équipe CSTB).

Anne Jeannin-Girardon
ICUBE - UMR CNRS 7357
Tél : +33 (0)3.68.85.45.80 / Fax : +33 (0)3.68.85.44.55
4 rue Kirschleger, 67000 Strasbourg

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