Équipe CSTB : Systèmes Complexes et Bioinformatique Translationnelle

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De Équipe CSTB : Systèmes Complexes et Bioinformatique Translationnelle
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| [[File:ajg_v_bw.png|150px]] ||  <div style="display: inline-block; width:30px;"></div>  || '''Maître de Conférences en informatique''' (section 27) au [http://icube.unistra.fr Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie], UMR CNRS 7357 -- [http://www.unistra.fr Université de Strasbourg],
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| [[File:ajg_v_bw.png|150px]] ||  <div style="display: inline-block; width:30px;"></div>  || '''Maîtresse de Conférences en informatique''' (section 27) au [http://icube.unistra.fr Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie], UMR CNRS 7357 -- [http://www.unistra.fr Université de Strasbourg],
 
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==Recherche==
 
==Recherche==
''TL;DR'': Mes principaux centres d'intérêts concernent le deep learning (apprentissage profond), la programmation massivement parallèle, la modélisation de systèmes complexes, l'intelligence collective et la modélisation de comportement.
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''TL;DR'' -- Je m'intéresse à l'étude des systèmes complexes au sens large. Actuellement, mes recherches portent sur l'apprentissage automatique et en particulier sur l'apprentissage profond, les systèmes de classeurs à anticipation et l'incertitude de ces modèles.
  
Toutes mes activités de recherche tournent ou ont tourné autour des systèmes complexes et leur étude. Aujourd'hui, je m'intéresse en particulier à l'apprentissage profond (deep learning) et le calcul massivement parallèle.
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Toutes mes activités de recherche tournent ou ont tourné autour des systèmes complexes et leur étude. Aujourd'hui, je m'intéresse en particulier à l'apprentissage profond (deep learning) et les systèmes à base de règles. En s'inspirant des riches concepts de la philosophie et des sciences humaines, nous essayons de mieux comprendre des notions telles que l'autonomie, l'explicabilité ou encore l'éthique, et comment ces notions s'inscrivent dans le domaine de l'intelligence artificielle.
Les domaines d'application de ces recherches sont variés, avec la mise en place d'écosystèmes éducationnels ([http://poem.unistra.fr/ POEM]), d'écosystèmes de calcul ([http://easea.unistra.fr/ EASEA]), d'écosystèmes de santé ([http://hope.unistra.fr/ HOPE] / [http://radar.unistra.fr/ RADAR]), de plateforme de simulation de systèmes complexes, mais aussi d'un écosystème fédérateur, le [http://cs-dc.org CS-DC], mutualisant des ressources de recherche et des ressources éducationnelles pour aborder les défis posés par la science des Systèmes Complexes.
 
  
Les différentes problématiques que nous étudions sont principalement : l'informatisation robuste et fiables de dossiers médicaux (et, de manière plus générale, de fichiers numériques), la fouille de données, la création de plateformes intelligentes exploitant l'intelligence humaine (détermination de trajectoires éducatives optimales, création de cartes de la connaissance), la sécurisation et détection d'anomalie dans les systèmes d'information.
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<!-- Les domaines d'application de ces recherches sont variés, avec la mise en place d'écosystèmes éducationnels ([http://poem.unistra.fr/ POEM]), d'écosystèmes de calcul ([http://easea.unistra.fr/ EASEA]), d'écosystèmes de santé ([http://hope.unistra.fr/ HOPE] / [http://radar.unistra.fr/ RADAR]), de plateforme de simulation de systèmes complexes, mais aussi d'un écosystème fédérateur, le [http://cs-dc.org CS-DC], mutualisant des ressources de recherche et des ressources éducationnelles pour aborder les défis posés par la science des Systèmes Complexes. -->
  
J'ai aussi quelques petits projets m'intéressant, en cours de définition, bourgeonnant avec paresse mais dont j'espère pouvoir faire quelque chose un jour : pilotage d'algorithmes évolutionnaires par des algorithmes d'apprentissage profond; exploitation de parallélisme massif pour estimer des partitionnements de données non étiquetées; modélisation intégrative de systèmes biologiques; exploration des possibilités de parallélisation avec les principes développés dans EASEA pour l'analyse de séquences ADN issues de séquençage haut débit; ...
 
  
 
===Publications===
 
===Publications===
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* Calcul : [http://easea.unistra.fr/ EASEA CLOUD]
 
* Calcul : [http://easea.unistra.fr/ EASEA CLOUD]
 
* [http://cs-dc.org CS-DC]
 
* [http://cs-dc.org CS-DC]
<!--* Biologie computationnelle : GEM-->
 
  
 
Cliquez [[Anne_Jeannin_Anciens_Projets|ICI]] pour quelques anciens projets.
 
Cliquez [[Anne_Jeannin_Anciens_Projets|ICI]] pour quelques anciens projets.
  
 
==Encadrement scientifique==
 
==Encadrement scientifique==
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===Encadrement de thèses===
 +
* Quentin Christoffel [Oct. 2021-] (Directrice: A. Deruyver) Réduction des incertitudes des réseaux de neurones profonds par injection de connaissance
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* Hiba Khodji [Oct. 2020-] (Directeurs: J. Thompson & P. Collet) Prédiction d'erreur dans des alignements de séquences de gènes par réseaux convolutifs
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* Nicolas Scalzitti [Dec. 2018-] (Directeurs: J. Thompson & P. Collet) "New gene annotation and detection strategies for genome sequencing projects, by massively parallel coupled artificial intelligence and artificial evolution algorithms"
 +
* Romain Orhand [Oct. 2018 -] (Directeurs: P. Collet & P. Parrend) "Towards autonomous computers by combination of artificial intelligence and artificial evolution'
 +
* Anna Ouskova [Aout 2018-] (Directeurs: P. Collet & P. Parrend) "Evolutionary optimization of refrigeration systems using magnetocaloric alloy"
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===Encadrement d'étudiants en alternance===
 
===Encadrement d'étudiants en alternance===
 
*2016-2018
 
*2016-2018
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===Encadrement de stages===
 
===Encadrement de stages===
*Réseaux de régulation génétique de lymphocytes B : N. Demeure, M2/ENSIIE, 6 mois, 2017
+
* 2021
*Cartes concentriques multi-valuées (a.k.a. Magellan) : F. Delhomme (magistère de maths) et M. Vila (M1 Informatique et Science de l'Image). Co-endadrement : Basile Sauvage, MCF équipe IGG. 3 mois, 2017
+
** [master 2] Q. Christoffel / évaluation de l'incertitude de modèles d'apprentissage automatique par approche Bayesienne
 
+
* 2020
===Encadrement de thèses en cours===
+
** [master 2] H. Khodji / quantification de la transférabilité des caractéristiques latentes de réseaux de neurones profonds
* Nicolas Scalzitti [Dec. 2018-] (Directeurs: J. Thompson & P. Collet) "New gene annotation and detection strategies for genome sequencing projects, by massively parallel coupled artificial intelligence and artificial evolution algorithms"
+
** [master 1] Q. Christoffel / algorithmes génétiques pour l'explicabilité des réseaux de neurones profonds
* Romain Orhand [Oct. 2018 -] (Directeurs: P. Collet & P. Parrend) "Towards autonomous computers by combination of artificial intelligence and artificial evolution'
+
* 2019
* Anna Ouskova [Aout 2018-] (Directeurs: P. Collet & P. Parrend) "Evolutionary optimization of refrigeration systems using magnetocaloric alloy"
+
** [master 1] A. Oury Bah / algorithmes génétiques pour l'explicabilité des réseaux de neurones profonds
* Clément Schreiner [Jan. 2017-] (Directeur: P. Collet) "Intelligent ecosystem for massive personalized education"
+
** [master 1] A. Hutt / quantification de la transférabilité des caractéristiques latentes de réseaux de neurones profonds
 +
** [master 1 math] Corentin Mengel / ATLAS: Algebraic TopoLogy for dAta Similarity
 +
* 2017
 +
** [master 2] N. Demeurre / Réseaux de régulation génétique de lymphocytes B
 +
**[master 1] F. Delhomme et M. Vila (co-encadrement avec Basile Sauvage, MCF équipe IGG) Cartes concentriques multi-valuées (a.k.a. Magellan)
  
 
===Encadrement d'étudiants dans le cadre de projets de recherche (~150h)===
 
===Encadrement d'étudiants dans le cadre de projets de recherche (~150h)===
*2017-18
+
* 2020-21
** Elisa Kalbé "Non-representational approaches for agent behavior modelling"
+
** N. Mountasir / étude comparatives de méthodes d'évaluation d'incertitude de réseaux de neurones profonds
** Maxime Seyer "Non-representational approaches for agent behavior modelling"
+
* 2019-20
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** Q. Christoffel / algorithmes évolutionnaires pour l'explicabilité des réseaux de neurones profonds
 +
** F. Nawfal / étude comparative de méthodes d'apprentissage par transfert
 
* 2018-19
 
* 2018-19
 
** Elisa Kalbé "Collision detection: comparison of cognitive and geometric approaches"
 
** Elisa Kalbé "Collision detection: comparison of cognitive and geometric approaches"
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** Mathieu Haller "Apprentissage profond pour la classification de repliements de protéines" (Avec C. Mayer)
 
** Mathieu Haller "Apprentissage profond pour la classification de repliements de protéines" (Avec C. Mayer)
 
** Amarin Hutt "Apprentissage multi-tâches, apprentissage par transfert : adaptabilité des réseaux de neurones" (Avec R. Orhand)
 
** Amarin Hutt "Apprentissage multi-tâches, apprentissage par transfert : adaptabilité des réseaux de neurones" (Avec R. Orhand)
 +
*2017-18
 +
** Elisa Kalbé "Non-representational approaches for agent behavior modelling"
 +
** Maxime Seyer "Non-representational approaches for agent behavior modelling"
 +
  
 
===Diffusion scientifique===
 
===Diffusion scientifique===
* Présentation aux Journées Systèmes 2018 à Strasbourg (oct. 2018): "Défis théoriques et pratiques de l'intelligence artificielle" [https://webcast.in2p3.fr/video/defis-theoriques-et-pratiques-de-lintelligence-artificielle / Vidéo de l'intervention]
+
* [Fev. 2020] "Quelle intégration des systèmes intelligents dans nos sociétés ?" Intervention a la table ronde ''Intelligence artificielle et démocratie: vers quelles interactions et enjeux ?'' du Jardin des Sciences de l'université de Strasbourg
* Animation (avec Pierre Collet) du stand du Campus Numérique des Systèmes Complexes de la Fête de la Science (2016 et 2017)
+
* [Nov. 2019] "Transfert learning: review and recent advances", workshop de l'axe de recherche Data Science and Artificial Intelligence de ICube
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* [Oct. 2018] "Défis théoriques et pratiques de l'intelligence artificielle" Présentation aux Journées Systèmes 2018 à Strasbourg  [https://webcast.in2p3.fr/video/defis-theoriques-et-pratiques-de-lintelligence-artificielle / Vidéo de l'intervention]
 +
* [2016, 2017] Animation (avec Pierre Collet) du stand du Campus Numérique des Systèmes Complexes de la Fête de la Science
  
  
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==Responsabilités administratives et scientifiques==
 
==Responsabilités administratives et scientifiques==
 
===Responsabilités administratives===
 
===Responsabilités administratives===
 +
* Responsable pédagogique de la L3 informatique de l'UFR Math-Info de l'université de Strasbourg depuis sept. 2020
 
* Membre du conseil de l'UFR Mathématique et Informatique de l'Université de Strasbourg depuis décembre 2017
 
* Membre du conseil de l'UFR Mathématique et Informatique de l'Université de Strasbourg depuis décembre 2017
* Coordinatrice pédagogique du parcours Math-Info de la licence de l'Université franco-azerbaïdjanaise (UFAZ) depuis septembre 2017
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* Coordinatrice pédagogique du parcours Math-Info de la licence de l'Université franco-azerbaïdjanaise (UFAZ): septembre 2017 à décembre 2020
 
* Membre du Comité d'Experts en informatique 27è section de l'Université de Strasbourg depuis septembre 2016
 
* Membre du Comité d'Experts en informatique 27è section de l'Université de Strasbourg depuis septembre 2016
 
* Membre du comité de sélection pour un poste de maître de conférences en informatique à l'IUT Robert Schuman (2017)
 
* Membre du comité de sélection pour un poste de maître de conférences en informatique à l'IUT Robert Schuman (2017)
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==Contact==
 
==Contact==
Mon bureau est situé au 4 rue Kirschleger, Bâtiment 3 de la Faculté de Médecine au 5è étage (équipe CSTB).
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Mon bureau est au CRBS (Centre de Recherche en Biomédecine de Strasbourg) au 1 rue Eugnène Boeckel, 67100 Strasbourg
  
 
  Anne Jeannin-Girardon
 
  Anne Jeannin-Girardon
 
  ICUBE - UMR CNRS 7357
 
  ICUBE - UMR CNRS 7357
 
  Tél : +33 (0)3.68.85.45.80 / Fax : +33 (0)3.68.85.44.55
 
  Tél : +33 (0)3.68.85.45.80 / Fax : +33 (0)3.68.85.44.55
4 rue Kirschleger, 67000 Strasbourg
+
1 rue Eugène Boeckel, CS 60026, 67084 Strasbourg  
  
 
[https://sites.google.com/view/annejeannin/contact Formulaire de contact en ligne]
 
[https://sites.google.com/view/annejeannin/contact Formulaire de contact en ligne]

Version du 22 septembre 2021 à 10:24

Ajg v bw.png
Maîtresse de Conférences en informatique (section 27) au Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie, UMR CNRS 7357 -- Université de Strasbourg,


Activités récentes

Recherche

TL;DR -- Je m'intéresse à l'étude des systèmes complexes au sens large. Actuellement, mes recherches portent sur l'apprentissage automatique et en particulier sur l'apprentissage profond, les systèmes de classeurs à anticipation et l'incertitude de ces modèles.

Toutes mes activités de recherche tournent ou ont tourné autour des systèmes complexes et leur étude. Aujourd'hui, je m'intéresse en particulier à l'apprentissage profond (deep learning) et les systèmes à base de règles. En s'inspirant des riches concepts de la philosophie et des sciences humaines, nous essayons de mieux comprendre des notions telles que l'autonomie, l'explicabilité ou encore l'éthique, et comment ces notions s'inscrivent dans le domaine de l'intelligence artificielle.


Publications

Liste des publications

Implication dans des projets

Cliquez ICI pour quelques anciens projets.

Encadrement scientifique

Encadrement de thèses

  • Quentin Christoffel [Oct. 2021-] (Directrice: A. Deruyver) Réduction des incertitudes des réseaux de neurones profonds par injection de connaissance
  • Hiba Khodji [Oct. 2020-] (Directeurs: J. Thompson & P. Collet) Prédiction d'erreur dans des alignements de séquences de gènes par réseaux convolutifs
  • Nicolas Scalzitti [Dec. 2018-] (Directeurs: J. Thompson & P. Collet) "New gene annotation and detection strategies for genome sequencing projects, by massively parallel coupled artificial intelligence and artificial evolution algorithms"
  • Romain Orhand [Oct. 2018 -] (Directeurs: P. Collet & P. Parrend) "Towards autonomous computers by combination of artificial intelligence and artificial evolution'
  • Anna Ouskova [Aout 2018-] (Directeurs: P. Collet & P. Parrend) "Evolutionary optimization of refrigeration systems using magnetocaloric alloy"

Encadrement d'étudiants en alternance

Encadrement de stages

  • 2021
    • [master 2] Q. Christoffel / évaluation de l'incertitude de modèles d'apprentissage automatique par approche Bayesienne
  • 2020
    • [master 2] H. Khodji / quantification de la transférabilité des caractéristiques latentes de réseaux de neurones profonds
    • [master 1] Q. Christoffel / algorithmes génétiques pour l'explicabilité des réseaux de neurones profonds
  • 2019
    • [master 1] A. Oury Bah / algorithmes génétiques pour l'explicabilité des réseaux de neurones profonds
    • [master 1] A. Hutt / quantification de la transférabilité des caractéristiques latentes de réseaux de neurones profonds
    • [master 1 math] Corentin Mengel / ATLAS: Algebraic TopoLogy for dAta Similarity
  • 2017
    • [master 2] N. Demeurre / Réseaux de régulation génétique de lymphocytes B
    • [master 1] F. Delhomme et M. Vila (co-encadrement avec Basile Sauvage, MCF équipe IGG) Cartes concentriques multi-valuées (a.k.a. Magellan)

Encadrement d'étudiants dans le cadre de projets de recherche (~150h)

  • 2020-21
    • N. Mountasir / étude comparatives de méthodes d'évaluation d'incertitude de réseaux de neurones profonds
  • 2019-20
    • Q. Christoffel / algorithmes évolutionnaires pour l'explicabilité des réseaux de neurones profonds
    • F. Nawfal / étude comparative de méthodes d'apprentissage par transfert
  • 2018-19
    • Elisa Kalbé "Collision detection: comparison of cognitive and geometric approaches"
    • Gaël Mukunde "Apprentissage et identification de propriétés au sein des séquences de protéines" (Avec O. Poch & L. Moulinier)
    • Mathieu Haller "Apprentissage profond pour la classification de repliements de protéines" (Avec C. Mayer)
    • Amarin Hutt "Apprentissage multi-tâches, apprentissage par transfert : adaptabilité des réseaux de neurones" (Avec R. Orhand)
  • 2017-18
    • Elisa Kalbé "Non-representational approaches for agent behavior modelling"
    • Maxime Seyer "Non-representational approaches for agent behavior modelling"


Diffusion scientifique

  • [Fev. 2020] "Quelle intégration des systèmes intelligents dans nos sociétés ?" Intervention a la table ronde Intelligence artificielle et démocratie: vers quelles interactions et enjeux ? du Jardin des Sciences de l'université de Strasbourg
  • [Nov. 2019] "Transfert learning: review and recent advances", workshop de l'axe de recherche Data Science and Artificial Intelligence de ICube
  • [Oct. 2018] "Défis théoriques et pratiques de l'intelligence artificielle" Présentation aux Journées Systèmes 2018 à Strasbourg / Vidéo de l'intervention
  • [2016, 2017] Animation (avec Pierre Collet) du stand du Campus Numérique des Systèmes Complexes de la Fête de la Science


Enseignement

Depuis 2016

  • Introduction à la programmation web
  • Algorithmique et programmation
  • Anglais pour l'informatique
  • Programmation orientée objet
  • Intelligence artificielle & deep learning

Avant 2016 (Univ. Brest)

  • Algorithmique et programmation
  • Certificat informatique et internet
  • Environnements informatiques
  • Langages de programmation
  • Algorithmique fondamentale et graphes
  • Programmation C avancée
  • Java et outillage projet
  • Réseaux IP: concepts, programmation et applications
  • Modélisation cognitive et réactive
  • Compilation, modèles et langages pour les systèmes parallèles

Responsabilités administratives et scientifiques

Responsabilités administratives

  • Responsable pédagogique de la L3 informatique de l'UFR Math-Info de l'université de Strasbourg depuis sept. 2020
  • Membre du conseil de l'UFR Mathématique et Informatique de l'Université de Strasbourg depuis décembre 2017
  • Coordinatrice pédagogique du parcours Math-Info de la licence de l'Université franco-azerbaïdjanaise (UFAZ): septembre 2017 à décembre 2020
  • Membre du Comité d'Experts en informatique 27è section de l'Université de Strasbourg depuis septembre 2016
  • Membre du comité de sélection pour un poste de maître de conférences en informatique à l'IUT Robert Schuman (2017)

Responsabilités scientifiques

  • Révision d'article pour le journal AIMS Cell and Tissue Engineering (2017)
  • Révision d'articles pour la conférence EA 2017
  • Membre des comités d'organisation et de programme de la conférence EA 2017
  • Révision d'article pour la conférence ICAROB 2018
  • Expertise scientifique de dossier de thèse CIFRE pour l'ANRT (2017, 2018)
  • Expertise scientifique pour le pôle de compétitivité BioWin (Wallonie) (2017)

Contact

Mon bureau est au CRBS (Centre de Recherche en Biomédecine de Strasbourg) au 1 rue Eugnène Boeckel, 67100 Strasbourg

Anne Jeannin-Girardon
ICUBE - UMR CNRS 7357
Tél : +33 (0)3.68.85.45.80 / Fax : +33 (0)3.68.85.44.55

1 rue Eugène Boeckel, CS 60026, 67084 Strasbourg

Formulaire de contact en ligne