Équipe CSTB : Systèmes Complexes et Bioinformatique Translationnelle

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==Recherche==
 
==Recherche==
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===Projets majeurs (et plateformes)===
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===Projets ===
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====EASEA (et EASEA-CLOUD)====
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====SHMPrep====
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Thèses et projets de recherche réalisés (à ma connaissance) avec (et sur) EASEA :
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====Thèse====
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<li> Alejandro Rinçon Lopez, "Portage de la plateforme EASEA sur le Cloud", projet ANR EASEA-CLOUD, juin 2014 - mars 2015
 
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<li> Carlos Catania, ''Optimisation d'une flotte de véhicules médicaux'', Fev 2014 - Fev 2015,  pour la société Synovo
 
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<li> Thomas Chabin, "Visualisation Scientifique d'algorithmes évolutionnaires distribués", projet ANR EASEA-CLOUD, mars 2014 - mars 2015
 
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<li> Renaud Vanhoutrève (oct 13 -) ''Alignement de séquences protéiques pour une analyse de données NGS appliquée à la Santé'' en co-direction avec Julie Thompson, LBGI
 
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<li> Igor Santos Peretta (oct 12 - Nov 15) ''Evolution of an integrated model for a complex system through massively parallel Genetic Programming'', en co-direction avec Keiji Yamanaka, Uberlandia, Brasil.
 
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<li> Farzad Sehat, ''Gestion de portefeuilles financiers par évolution artificielle'', M2 Recherche, mars - sept. 2011
 
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<li> Frédéric Krüger, ''Recherche de zéolithes par évolution artificielle'', M2 Recherche, mars - sept 2011
 
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<li> Arijit Biswas, thèse de l'IIT Kharagpur sur ''l'optimisation du processus d'extraction de Manganèse de nodules polymétalliques extraits de fonds sous-marins'', dirigée par le Professeur Nirupam Chakraborty,déc. 10.
 
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<li> Claire Bourgeois-République, ''Plateforme de réglage automatique et adaptatif d'implant cochléaire par algorithme évolutionnaire interactif,'' Université de Bourgogne, décembre 2004.
 
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<li> Philippe Guermeur, ''Vision robotique monoculaire : reconstruction du temps avant collision et de l'orientation des surfaces à partir de l'analyse de la déformation,'' Université de Rouen, octobre 2002.
 
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====HEVEA (Étude et Valorisation de lÉcologie Auditive)====
 
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Responsable Scientifique du projet RNTS (Projet Hospitalier de Recherche Clinique) HEVEA (130k€, Sept 05 - Sept 06) : expérimentation sur 10 patients d'un réglage d'implant cochléaire par algorithme évolutionnaire interactif.
 
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====Bio-Inspired Classification and Data-Mining Algorithms for Bioinformatics====
 
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Porteur du projet européen Interreg IIIa 182b Bio-Inspired Classification and Data-Mining Algorithms for BioInformatics avec l'Université du Kent à Canterbury (379 KEuros, Sept 06 - Août 07).
 
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====Emergence of Computation in Cellular Automata====
 
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Responsable français du projet anglais EPSRC Emergence of Computation in Cellular Automata, EP/D066174/1 avec Andrew Adamatsky, de l'UWE-Bristol (137 KEuros, Sept 06 - Oct 07).
 
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====Magellan====
 
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Responsable scientifique du projet Magellan (1,7 MF, Sept 93 - Sept. 98) de Création d'un prototype fonctionnel de Chirurgie Assistée par Ordinateur pour l'ORL. Projet financé par l'Institut Électricité Santé (EDF), la Fondation de l'Avenir, l'APHP.
 
  
 
===Publications===
 
===Publications===
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* [http://icube-publis.unistra.fr/appli.php?author=Pierre+Collet&title=&team=toutes&annee1=&annee2=&nationalRank=toutes&project=tous Liste des publications]
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* [http://icube-publis.unistra.fr/appli.php?author=Anne+Jeannin&title=&team=toutes&annee1=&annee2=&nationalRank=toutes&project=tous Liste des publications]
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* [[Livres]]
 
  
 
===Encadrement doctoral et scientifique===
 
===Encadrement doctoral et scientifique===
 
====Encadrement de thèses en cours====
 
====Encadrement de thèses en cours====
 
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<li> Pierre Masai (Oct 14 -) "LEAN as a Complex System"
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<li>  
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<li> Fabio Guigou (Dec 14 -) "Gestion sécurisée des accès à des ressources virtuelles au sein d'environnements distribués par système immunitaire artificiel"
 
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<li> Renaud Vanhoutrève (oct 13 -) ''Alignement de séquences protéiques pour une analyse de données NGS appliquée à la Santé'' en co-direction avec Julie Thompson, LBGI
 
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<li> Jean Meunier (dec 13 -) ''Modélisation et optimisation d’un système de gestion énergétique pour bâtiments, intégrant la production photovoltaïque et le stockage par batteries'', en co-direction avec Dominique Knittel (LGeCo).
 
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====Thèses soutenues (en tant que directeur ou co-directeur ou encadrant ou co-encadrant)====
 
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<li> Igor Santos Peretta (oct 12 - nov 15) ''Evolution of an integrated model for a complex system through massively parallel Genetic Programming'', en co-direction avec Keiji Yamanaka, Uberlandia, Brasil.
 
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<li> Cécilia Zanni-Merk (11/13 - 11/14) thèse d'Habilitation à Diriger les Recherches) "Knowledge Technologies for Problem Solving in Engineering", garant : Pierre Collet, soutenue le 20 novembre 2014 à l'Université de Strasbourg
 
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<li> Stéphane Querry (09/10 - 09/14) ''Control and modelling of autonomous aircrafts by evolutionary computing'', thèse confidentielle Polyvionics, sous la direction de Pierre Collet, soutenue le 29 septembre 2014 à l'Université de Strasbourg
 
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<li> Wei Yan, (09/10 - 02/14)''Modélisation de (Méta)Connaissances pour la Conception Inventive'', en co-direction avec Denis Cavallucci, LGeCo, co-encadrée par Cécilia Zanni-Merk. soutenue le 7 février 2014 à l'INSA de Strasbourg
 
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<li> Frédéric Krüger (10/11 - 02/14), ''Determination of end user power load profiles by parallel evolutionary computing'', sous la direction de Pierre Collet, soutenue le 17 février 2014 à Électricité de Strasbourg
 
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<li> Nicolas Lachiche (12/10 - 12/11 thèse d'Habilitation à Diriger des Recherches), ''Relational data mining guided by needs'', Garant : Pierre Collet, soutenue le 5 décembre 2011 à l'Université de Strasbourg
 
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<li> Ogier Maitre (10/08 - 09/11), ''GPGPU for Evolutionary Algorithms'', sous la direction de Pierre Collet, soutenue le 30 septembre 2011 à l'Université de Strasbourg
 
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<li> Olivier Kühn (10/07 - 10/10), ''Methodology for Knowledge-Based Engineering Template Update - Focus on
 
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Decision Support and Instances Update'', en co-direction avec Parisa Ghodous, thèse financée par la Société Prostep, soutenue le 22 octobre 2010 à l'Université de Strasbourg
 
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<li> Grégory Valgiani, ''Développement d'un paradigme d'optimisation par Hommilière et application à l'enseignement par internet'', Université du Littoral Côte d'Opale, thèse financée par la société Paraschool, sous la direction de Pierre Collet, soutenue en novembre 2006.
 
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<li> Claire Bourgeois-République, ''Plateforme de réglage automatique et adaptatif d'implant cochléaire par algorithme évolutionnaire interactif,'' Université de Bourgogne encadrée par Pierre Collet décembre 2004.
 
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<li> Yann Landrin-Schweitzer, ''Algorithmes génétiques interactifs pour le text-retrieval'', thèse de l'Université d'Orsay dirigée par Evelyne Lutton, co-encadrée par Pierre Collet, soutenue en septembre 2003.
 
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====Contrats post-doctoraux====
 
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<li> Alejandro Rinçon Lopez, "Portage de la plateforme EASEA sur le Cloud", projet ANR EASEA-CLOUD, juin 2014 - mars 2015
 
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<li> Carlos Catania, ''Optimisation d'une flotte de véhicules médicaux'', Fev 2014 - Fev 2015,  pour la société Synovo
 
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<li> Waldo Cancino, ''Portage de la plate-forme EASEA-CLOUD sur la grille'', Oct. 2012 - Oct 2013, projet ANR EASEA-CLOUD
 
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<li> Lidia Yamamoto, ''Artificial Chemistries on GPGPU'', Avril 2010 - Avril 2011, financement Région Alsace
 
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<li> Deepak Sharma, ''Projet Administrateur Réseau Artificiel (ARA)'', société Kelerio, Mai 2009 - Mai 2010
 
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<li> Pierrick Legrand, "Projet RNTS HÉVÉA :  Étude et Valorisation de l'Écologie Auditive", Sept 2005 - Sept 2006
 
 
</ul>
 
</ul>
  
 
====Encadrement de stages de recherche====
 
====Encadrement de stages de recherche====
 
<ul>
 
<ul>
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<li> Thomas Chabin, "Visualisation Scientifique d'algorithmes évolutionnaires distribués", projet ANR EASEA-CLOUD, mars 2014 - mars 2015
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<li>
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<li> Frédéric Krüger, ''Recherche de zéolithes par évolution artificielle'', M2 Recherche, mars - sept 2011
 
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<li> Farzad Sehat, ''Gestion de portefeuilles financiers par évolution artificielle'', M2 Recherche, mars - sept. 2011
 
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<li> Arijit Biswas, thèse de l'IIT Kharagpur sur ''l'optimisation du processus d'extraction de Manganèse de nodules polymétalliques extraits de fonds sous-marins'', dirigée par le Professeur Nirupam Chakraborty, avr. 09 - déc. 09
 
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<li> Ariel Tchougang, ''Etude du Context-Aware Crossover en Programmation Génétique'', M2 Recherche, mars 08 - sept 08
 
 
</ul>
 
</ul>
 
===Diffusion scientifique===
 
===Diffusion scientifique===
 
<ul>
 
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<li>Conférences invitées
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<li>
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<ul>
 
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<li> ''Évolution, évolution artificielle et diversité'', Clôture du Colloque Biodiversité et Résilience, 12 - 14 octobre 2015, Institut des Systèmes Complexes Paris Île-de-France.
 
−
<li> ''Les Systèmes Complexes : une nouvelle science intégrative et prédictive pour une Santé 4P'', conférence de clôture du [http://www.asc.sn/congresDakar2013/ 7è Congrès Francophone Mondial de Chirurgie] à Dakar, Sénégal, 6/12/13
 
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<li> [[media:AfficheTaiwan0513.pdf|''Personalised Open Education for the Masses'']], 2013 International Conference Future Earth Science Learning Embedded with Emerging Technologies International Conference, Taiwan Normal University, 17/05/13
 
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<li> ''Towards Inventive Computers thanks to Artificial Evolution'', Triz Future 2012, Portugal.
 
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<li> Terrasses du Numérique
 
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<li> 2/06/2009: Keynote de la conférence [http://kaeiog.elka.pw.edu.pl/index.php?page=index Algorytmy Ewolucyjne i Optymalizacja Globalna'09] à Zawoja, Pologne : ''Artificial Evolution algorithms can use GPGPUs''
 
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</ul>
 
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<li>Tutoriels
 
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<ul>
 
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<li> PPSN 2011
 
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<li>[http://www.sigevo.org/gecco-2010/tutorials.html#ecgpu Computation on GPUs] with W. Banzhaf and S. Harding, Genetic and Evolutionary Computation Conference, GECCO 2010
 
−
<li> GECCO 2009
 
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</ul>
 
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<li>Séminaires
 
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<ul>
 
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<li>[https://my.vub.ac.be/nieuws/ecco-seminar-personalised-open-education-masses-poem ECCO Seminar: Personalised Open Education for the Masses (POEM), Vrije Universiteit Brussel] 11/04/2014
 
−
<li> [https://who.rocq.inria.fr/Gilles.Dowek/MoocLab/13janvier/collet.pptx ''POEM : Personalised Open Education for the Masses''], Séminaire Mooc-lab INRIA [https://who.rocq.inria.fr/Gilles.Dowek/MoocLab/13janvier/ Moocs : de la correction automatique à la personnalisation des cursus], Inria, Paris, 13 janvier 2014
 
−
<li> Institut des Systèmes Complexes
 
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</ul>
 
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</ul>
 
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====Prix et distinctions====
 
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<ul>
 
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<li> Best Paper Award de la conférence EvoPAR'14 pour le papier :  [http://icube-publis.unistra.fr/papr/2014/4-LGCB14  E. Lutton, H. Gilbert, W. Cancino, B. Bach, P. Parrend, P. Collet, ''Visualisation of Island-Based Parallel Genetic Algorithms'', EVOPar, Granada, Espagne, Springer, LNCS, avril 2014]
 
−
<li> Prix de la compétition [http://www.gpgpgpu.com/gecco2012/ GPUs for Genetic and Evolutionary Computation] de la conférence mondiale GECCO’12 pour le papier P. Collet, F. Krüger, O. Maitre, ''GECCO 2012 GPGPU competition: The EASEA parallelization platform'', Gecco 2012, Philadelphia
 
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</ul>
 
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====Vulgarisation====
 
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<ul>
 
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<li> [[Dépêche AEF No 190761 du 6/12/13]] (Agence Éducation Formation), rédigée par Pascaline Marion
 
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<li> DNA
 
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<li> savoirs
 
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</ul>
 
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====Diffusion logicielle====
 
−
 
 
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===Responsabilités scientifiques===
 
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<ul>
 
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<li> Domaine :
 
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<ul>
 
−
<li> Optimisation de probl&egrave;mes complexes par
 
−
algorithmes stochastiques inspir&eacute;s de la nature.
 
−
<li> Parallélisation des algorithmes évolutionnaires sur clusters parallèles et cartes massivement parallèles de type GPGPU (General Purpose Graphic Processing Units).
 
−
</ul>
 
−
<li> Applications : fouille de donn&eacute;es en bio-informatique,
 
−
optimisation du param&eacute;trage d'implants cochl&eacute;aires,
 
−
optimisation de parcours p&eacute;dagogiques, recherche en automates
 
−
cellulaires, ...
 
−
<li>Sp&eacute;cialiste en :
 
−
  <ul>
 
−
    <li>Systèmes Complexes
 
−
    <li>Programmation G&eacute;n&eacute;tique,
 
−
    <li>Algorithmes &eacute;volutionnaires (algorithmes
 
−
        g&eacute;n&eacute;tiques, strat&eacute;gies d'&eacute;volution, et
 
−
        autres paradigmes connexes),
 
−
    <li>Algorithmes &eacute;volutionnaires interactifs,
 
−
    <li>Optimisation par essaim particulaire et par colonies de fourmis (OCF).
 
−
    <li>&Eacute;mergence (parall&eacute;lisme au niveau des donn&eacute;es,
 
−
    agents autonomes, ...).
 
−
    <li>Systèmes éducatifs intelligents.
 
−
    <li>Chirurgie Assistée par Ordinateur.
 
−
    <li>Avionique et mécanique du vol.
 
−
  </ul>
 
−
<li>Membre de l'<i>Advisory Board</i>, et auteur de trois chapitres du
 
−
livre [http://www.rennard.org/nicem/index.html Handbook of Research on Nature Inspired Computing for Economics and Management], (avec comit&eacute;
 
−
de lecture international), coordonné par [http://www.rennard.org/ J.-P. Rennard], Sept. 2006.
 
−
<li> Editeur en chef, avec [mailto:evelyne.lutton@inria.fr Evelyne Lutton], d'un numéro double sur l'[http://www.lavoisier.fr/notice/fr2746216280.html Evolution Artificielle] du journal TSI (Lavoisier), Janvier 2007.
 
−
<li> Auteur du langage [http://sourceforge.net/projects/easea EASEA] (<i>EAsy Specification of Evolutionary Algorithms</i>)
 
−
<!-- <li> Parrain du site [http://in.silico.free.fr in.silico], et mod&eacute;rateur du forum sur l'[http://in.silico.free.fr/nouveaux_forums/viewforum.php?f=9&sid=9ecdb327d1c13fa68135e128131171e8 &eacute;volution artificielle].
 
−
<li> S&eacute;rie d'entretiens sur le site
 
−
[http://in.silico.free.fr in.silico] (entretiens [http://in.silico.free.fr/index.php?mod=articles&ac=commentaires&id=3 1], [http://in.silico.free.fr/index.php?mod=articles&ac=commentaires&id=4 2], &agrave; suivre ...).-->
 
−
<li>Entretien dans le magazine [http://www.automatesintelligents.com/interviews/2001/avr/p_collet.html Automates Intelligents] d'avril 2001.
 
 
</ul>
 
</ul>
  

Version du 17 juillet 2016 à 04:26

Jeannin.jpg


Propositions de projets ou stages pour 2016-17

En apprentissage (2016 - 2018):

Stage d'été (2 à 3 mois) :

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Enseignement

Responsabilités administratives

  • Directeur du Département d'Informatique de l'UFR Mathématique et Informatique de l'Université de Strasbourg depuis juillet 2011
  • Membre du Comité d'Experts en informatique 27è section depuis 2010.
  • Président du comité de sélection

Liens généraux

Liens personnels

Page web de Valérie Collet.

Contact

Mon bureau est le C337 (au 3ème étage) du bâtiment C du LSIIT (situé très logiquement entre le bâtiment B et le bâtiment A). 


Pr Pierre Collet
LSIIT - UMR7005
Pôle API
Bd Sébastien Brant - BP 10413
67412 Illkirch cedex

Tel : +33 (0)3 68.85.45.80 
Fax : +33 (0)3 68.85.44.45 
courriel : Pierre.Collet @ unistra.Fr

Page modifiée le 31 décembre 2009 à 08:44 (CET)

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