Équipe CSTB : Systèmes Complexes et Bioinformatique Translationnelle

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| [[File:ajg_v_bw.png|150px]] ||  <div style="display: inline-block; width:30px;"></div> || '''Maîtresse de Conférences HDR en informatique''' (section 27) au [http://icube.unistra.fr Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie], UMR CNRS 7357 -- [http://www.unistra.fr Université de Strasbourg],
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* '''Maître de Conférences en informatique''', au [http://icube.unistra.fr Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie] de l'[http://www.unistra.fr Université de Strasbourg], Unité Mixte de Recherche CNRS 7357.
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===Activités récentes===
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* Membre de la société des systèmes complexes (CSS) [http://cssociety.org/ cssociety.org]
 
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==Propositions de projets ou stages pour 2016-17 ==
 
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En apprentissage (2016 - 2018):
 
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*[[RADAR (Robust Anonymous DAta Records]]
 
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*[[Spectrométrie de Masse]]
 
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Stage d'été (2 à 3 mois) :
 
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*[[Parallélisation sur GPU de calcul pour la chimie]]
 
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([[Anciens projets]])
 
  
 
==Recherche==
 
==Recherche==
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Je suis aujourd'hui principalement intéressée par l'étude des systèmes complexes, le deep learning et le parallélisme. Mes recherches m'ont amenée à m'immerger dans des disciplines variées: bioinformatique, biologie computationnelle, biologie cellulaire et moléculaire, mathématiques (probabilités et statistiques, équations différentielles ordinaires, équations aux dérivées partielles), physique et notions de chimie (réactions, diffusions) avec pour objectif principal de proposer des modélisation hybrides multi-échelles de systèmes complexes (principalement des systèmes biologiques).
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''TL;DR'' -- Je m'intéresse à l'intelligence artificielle et à l'apprentissage automatique et aux questions épistémologiques et éthiques qui entourent ce domaine.
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===Recherches actuelles (2016-)===
 
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Ayant pour fil conducteur l'étude des systèmes complexes, mes recherches sont aujourd'hui orientées vers le deep learning et le parallélisme, la modélisation et la simulation de systèmes immunitaires et la morphogenèse de tissus biologiques. Les domaines d'applications qui m'intéressent particulièrement concernent les écosystèmes de santé, à travers la gestion de cohortes médicales (informatisations fiables et robustes de dossiers médicaux; fouille de données) et les écosystèmes éducatifs avec, notamment, la propriété de faire émerger des chemins éducatifs optimaux. J'ai aussi un faible pour l'intelligence artificielle... :-)
 
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===Modélisation de système immunitaire===
 
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(Université d'état de New York à Stony Brook)
 
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Durant mes recherches post-doctorales, j'ai travaillé à la modélisation de systèmes immunitaires. Je m'intéressais en particulier aux réactions dans les centres germinatifs, ces structures émergentes dans le noeuds lymphoïdes secondaires lors de la réponse immunitaire. C'est dans ces structures que l'affinité des récepteurs des lymphocytes B (dont la forme secrétée est l'anticorps) avec les antigènes va s'affiner, grâce au processus de maturation de l'affinité. L'idée était de considérer le problème de la modélisation sur plusieurs échelles: au niveau mésoscopique, avec les aspects spatiaux propres aux centres germinatifs (migrations des lymphocytes B sous l'effet de signaux chimiques) mais aussi en considérant les intéractions entres cellules dans ces structures (lymphocytes B / lymphocytes T; lymphocytes B / cellules folliculaires dendritiques). À l'échelle sous-cellulaire, un modèle mutationnel est appliqué sur les séquences d'immunoglobulines (Ig) pour prendre en compte les mutations de ces séquences sous l'action de l'enzyme AID (Activation-Induced cytidine Deaminase) et les voies de réparation de l'ADN, error-prone dans le cas des mutations hyper-somatiques des cellules B. L'affinité des Ig est re-évaluée après mutation (intéractions protéine-protéine) et un processus de sélection permet d'"exporter" ou non les cellules B hors du centre germinatif.
 
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Ce type d'approche peut permettre de s'interroger sur la diversité du répertoire de gènes permettant de constituer les Ig, la diversité clonale dans les centres germinatifs ou encore sur la distribution des motifs préférentiellement ciblés par l'enzyme AID dans les différents gènes constituant les Ig. Au niveau spatial, cette approche permet par exemple de prendre en compte des phénomènes comme la non-hétérogénéité de la distribution des endosomes dans les cellules B lors de leur division ou encore de considérer la réponse immunitaire sous un angle méta-populations.
 
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Lors de ce post-doc j'ai également participé à la finalisation d'un logiciel pour l'alignement de séquences d'Ig issues de séquençage haut débit.
 
  
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===Simulation numérique de morphogenèse de tissus biologique===
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Je m’intéresse aujourd’hui à l’apprentissage automatique et à l’intelligence artificielle, tant d’un point de vue fondamental que pratique, par des recherches sur l’apprentissage par transfert, l’interprétabilité des modèles, leur incertitude ou encore sur la représentation des connaissances et avec des applications en bioinformatique ou en optimisation par exemple.
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(Université de Brest)
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En surplomb, j’essaye de mener une réflexion autour des questions épistémologiques et éthiques qui se posent lorsque l’on s’intéresse au domaine de l’intelligence artificielle.
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J’ai travaillé, lors de ma thèse, à la proposition de modèles et d’outils pour la simulation numérique de morphogenèse de tissus. Les technologies utilisées aujourd’hui en biologie moléculaire et cellulaire permettent l’obtention d’un volume important de données et la proposition de modèles qui soient à la fois intégratifs, explicatifs et prédictifs peut permettre d’aller plus loin dans la compréhension des systèmes biologiques.
 
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Trois verrous majeurs sont identifiés lorsque l’on souhaite modéliser et simuler des systèmes multi- cellulaires. Le premier concerne le nombre important de cellules qu’il faut considérer et qui, du point de vue de la simulation, requiert une puissance de calcul considérable. Le second concerne les interactions de ces cellules, qui sont à la fois complexes et nombreuses. Enfin, le dernier verrou est celui des différentes échelles à considérer lors de l’étude de systèmes multi-cellulaires. Pour aborder la résolution de ces problématiques, deux stratégies non-exclusives sont à considérer : d’une part, les volumes de données accessibles favorisent les approches de modélisation intégratives et les approches multi-modèles. D’autre part, la puissance de calcul à notre disposition aujourd’hui permet la simulation de modèles complexes et l’émergence de la programmation hétérogène peut faciliter l’exécution de sous-modèles en sélectionnant de manière appropriée différentes plateformes d’exécution.
 
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Dans l’optique d’étudier, en simulation, le développement de tissus sains ou pathologiques, nous avons proposé deux éléments distincts. D’une part, un modèle biomécanique de cellule virtuelle qui comprend les principaux mécanismes impliqués dans la morphogenèse de tissus (division, différentiation, adhésion différentielle, migration, signalisation, apoptose, mécanotransduction). D’autre part, une plateforme pour la résolution numérique de modèles complexes, construite en C++/OpenCL et offrant des structures de données et des algorithmes adaptés à une exécution parallèle, a été mise au point. Nous avons mis en œuvre différents cas d’étude afin d’obtenir des éléments de validation du modèle et de la plateforme de simulation.
 
  
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===Dynamique de l'interaction chez des agents en environnement virtuel===
 
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(Université de Brest)
 
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Les travaux que j’ai réalisés lors de mon master recherche traitent de la question de l’autonomie et de l’interactivité d’agents en environnement virtuel. Les approches existantes pour modéliser des comporte- ments d’agents sont basées sur la définition de règles ou sur du raisonnement mais les agents peuvent alors manquer de réactivité face à des perturbations survenant dans l’environnement. Une manière de gagner en réactivité est la génération dynamique de règles mais nous avons souhaité explorer une approche qui ne nécessite pas d’expliciter les comportements des entités, même dynamiquement, tout en obtenant des comportements adaptatifs et réactifs face à des perturbations survenant dans le système.
 
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Nous nous sommes tournés vers des concepts de psychologie cognitive écologique et en particulier vers un approche qui stipule que le couplage de systèmes dynamiques doit permettre l’émergence de comportements et, finalement, l’obtention d’un système se montrant à la fois adaptatif et réactif. Nous avons choisi de mettre en pratique ce concept à travers la modélisation d’une tâche basique, consistant à faire rebondir une balle sur une raquette car cette tâche est un système qui a été bien caractérisé dans le domaine de la psychologie cognitive. Malgré la simplicité de la tâche mise en oeuvre, l’approche originale développée dans ce travail a toutefois permis l’obtention de comportements réactifs et adaptatifs de la part d’entités en environnement virtuel sans que des règles comportementales soient définies dans le système, même dynamiquement.
 
  
 
===Publications===
 
===Publications===
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[http://icube-publis.unistra.fr/appli.php?author=Anne+Jeannin&title=&team=toutes&annee1=&annee2=&nationalRank=toutes&project=tous Liste des publications]
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[https://publis.icube.unistra.fr/?author=Anne+Jeannin-Girardon Liste des publications]
  
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* Revues internationales avec comité de lecture
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[https://seafile.unistra.fr/f/7a94661aed88435480b7/?dl=1 HDR]
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[1] Jeannin-Girardon A., Ballet P. et Rodin V., « Large scale tissue morphogenesis simulation on he- terogenous systems based on a flexible biomechanical cell model », Dans IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (TCBB), 12(5) :1021-1033, Sept.-Oct. 2015.
 
  
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[2] Jeannin-Girardon A., Ballet P. et Rodin V., « A software architecture for multi-cellular system simulations on graphics processing units », Acta Biotheoretica, vol. 61, no. 3, pp. 317–327, 2013a.
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==Implication dans des projets==
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* Éducation : [http://poem.unistra.fr/ POEM] / Magellan / In-tuto
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* Santé : [http://hope.unistra.fr/ HOPE] / [http://radar.unistra.fr/ RADAR]
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* Calcul : [http://easea.unistra.fr/ EASEA CLOUD]
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* [http://cs-dc.org CS-DC]
  
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[3] Buche C., Jeannin-Girardon A. et De Loor P., « Simulation theory and anticipation as a basis for interactive virtual character in an uncertain world. Application to a human-virtual characters interaction for juggling », Computer Animation and Virtual Worlds (CAVW), Computer Animation and Social Agents (CASA’11) Special Issue, 22(2-3) :133-139, 2011.
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Cliquez [[Anne_Jeannin_Anciens_Projets|ICI]] pour quelques anciens projets.
  
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* Conférences internationales invitées
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==Encadrement scientifique==
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[4] Rodin V., Jeannin-Girardon A., Sarr A., Rivière J., Fronville A. et Ballet P., « A multi-agent approach for virtual tissue morphogenesis », Dans 2nd Symposium on Complex Biodynamics & Networks, Tsuruoka (Japan), 11-13 may, 2015.
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===Encadrement de thèses===
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* Ali Khudiyev [Oct. 2022 -] (Directrices : A. Jeannin-Girardon & Latafat Gardashova) Intelligence artificielle neuro-symbolique
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* Quentin Christoffel [Oct. 2021-] (Directrice: A. Deruyver) Réduction des incertitudes des réseaux de neurones profonds par injection de connaissance
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* Hiba Khodji [Oct. 2020-] (Directeurs: J. Thompson & P. Collet) Prédiction d'erreur dans des alignements de séquences de gènes par réseaux convolutifs
  
−
* Conférences internationales
+
* Nicolas Scalzitti [Dec. 2018- Sept. 2021] (Directeurs: J. Thompson & P. Collet) "New gene annotation and detection strategies for genome sequencing projects, by massively parallel coupled artificial intelligence and artificial evolution algorithms"
−
[5] Jeannin-Girardon A., Ballet P. et Rodin V., « In silico study of mechanical stresses at the cellular level during tissue development », Dans 13th IEEE International Conference on BioInformatics and BioEngineering (BIBE 2013), 2013c.
+
* Romain Orhand [Oct. 2018 - Nov. 2022] (Directeurs: P. Collet & P. Parrend) "Towards autonomous computers by combination of artificial intelligence and artificial evolution'
 +
* Anna Ouskova [Aout 2018- Mai 2022] (Directeurs: P. Collet & P. Parrend) "Evolutionary optimization of refrigeration systems using magnetocaloric alloy"
  
−
[6] Jeannin-Girardon A., Ballet P. et Rodin V., « An effcient biomechanical cell model to simulate large multi-cellular tissue morphogenesis : application to cell sorting simulation on GPU », Dans 2nd Internatio- nal Conference on Theory and Practice of Natural Computing (TPNC 2013), LNCS volume 8273, pages 96-107, 2013b.
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===Encadrement d'étudiants en alternance===
 +
*2016-2018
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**[[RADAR (Robust Anonymous DAta Records|RADAR (Robust Anonymous DAta Records)]] : A. Bruyant
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**[[Spectrométrie de Masse]] : M. Haegelin
  
−
* Ouvrages, chapitres d’ouvrage
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===Encadrement de stages===
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[7] Jeannin-Girardon A., Développement d’un modèle logiciel de cellule sur processeurs multi-cœurs pour la simulation de morphogenèse de tissus, thèse de doctorat, Université de Bretagne Occidentale, 2014.
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* 2022
 +
** [master 2] L. Wehrli / Interprétabilité des réseaux de neurones artificiels (co-encadrement avec S. Marc-Zwecker et D. Bernhard)
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* 2021
 +
** [master 2] Q. Christoffel / évaluation de l'incertitude de modèles d'apprentissage automatique par approche Bayesienne
 +
* 2020
 +
** [master 2] H. Khodji / quantification de la transférabilité des caractéristiques latentes de réseaux de neurones profonds
 +
** [master 1] Q. Christoffel / algorithmes génétiques pour l'explicabilité des réseaux de neurones profonds
 +
* 2019
 +
** [master 1] A. Oury Bah / algorithmes génétiques pour l'explicabilité des réseaux de neurones profonds
 +
** [master 1] A. Hutt / quantification de la transférabilité des caractéristiques latentes de réseaux de neurones profonds
 +
** [master 1 math] Corentin Mengel / ATLAS: Algebraic TopoLogy for dAta Similarity
 +
* 2017
 +
** [master 2] N. Demeurre / Réseaux de régulation génétique de lymphocytes B
 +
**[master 1] F. Delhomme et M. Vila (co-encadrement avec Basile Sauvage, MCF équipe IGG) Cartes concentriques multi-valuées (a.k.a. Magellan)
  
−
[8] Ballet P., Pothet A., Misevic G., Jeannin-Girardon A., Fronville A. et Rodin V., Une approche multi- agent pour la simulation en biologie cellulaire, Dans Le vivant discret et continu. Modes de représentation en biologie théorique, Eds. Matériologiques chap. 6, p. 155–194, 2013.
+
===Encadrement d'étudiants dans le cadre de projets de recherche (~150h)===
 +
* 2020-21
 +
** N. Mountasir / étude comparatives de méthodes d'évaluation d'incertitude de réseaux de neurones profonds
 +
** E. Chetouane / interprétabilité de réseaux de neurones artificiels (co-encadrement avec S. Marc-Zwecker et D. Bernhard)
 +
* 2019-20
 +
** Q. Christoffel / algorithmes évolutionnaires pour l'explicabilité des réseaux de neurones profonds
 +
** F. Nawfal / étude comparative de méthodes d'apprentissage par transfert
 +
* 2018-19
 +
** Elisa Kalbé "Collision detection: comparison of cognitive and geometric approaches"
 +
** Gaël Mukunde "Apprentissage et identification de propriétés au sein des séquences de protéines" (Avec O. Poch & L. Moulinier)
 +
** Mathieu Haller "Apprentissage profond pour la classification de repliements de protéines" (Avec C. Mayer)
 +
** Amarin Hutt "Apprentissage multi-tâches, apprentissage par transfert : adaptabilité des réseaux de neurones" (Avec R. Orhand)
 +
*2017-18
 +
** Elisa Kalbé "Non-representational approaches for agent behavior modelling"
 +
** Maxime Seyer "Non-representational approaches for agent behavior modelling"
  
−
[9] Jeannin-Girardon A., Couplage de systèmes dynamiques pour l’émergence de comportement en envi- ronnement virtuel : application au rebond de balle, mémoire de master recherche en informatique, Université de Bretagne Occidentale, http://dumas.ccsd.cnrs.fr/docs/00/63/64/31/PDF/Jeannin-Girardon.pdf, 2011.
 
  
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* Séminaires nationaux, communications
 
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[10] Jeannin-Girardon A. et Rodin. V, « Gestion efficace des ressources mémoire et de calcul pour l'exécution de systèmes multi-agents sur architectures parallèles avec OpenCL », Compas'2016, Conférence d'Informatique en Parallélisme, Architecture et Système, Session parallélisme #5: Support d'exécution, P5.1, 8 pages, Lorient (France), 5-8 juillet 2016.
 
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[11] Jeannin-Girardon A., Ballet P. et Rodin V., « Simulation biomécanique de cellules virtuelles. Étude in silico de contraintes mécaniques pendant le développement de tissus », Dans 2ème séminaire de l’équipe IHSEV, juillet 2013.
 
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[12] Guevel E., Jeannin-Girardon A. et Dezan C., « Du paramétrage de la granularité du calcul et de la localité des données des implémentations sur GPU - Expérimentations OpenCL », Dans Colloque annuel du GDR SOC-SIP, France, juin 2013.
 
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[13] Jeannin-Girardon A., Ballet P. et Rodin V., « Structure de données optimisée pour la conception de simulation de systèmes multi-cellulaires sur architecture GPU », Dans 2ème journée des doctorants de l’ED SICMA, sept. 2012.
 
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[14] Jeannin-Girardon A., Ballet P. et Rodin V., « Architecture logicielle pour la conception de simulation de systèmes multi-cellulaires sur GPU », Dans 32ème séminaire de la Société Francophone de Biologie Théorique (SFBT 2012), p. 25–26, 2012.
 
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[Meilleure présentation : prix Pierre Delattre 2012 décerné conjointement à 3 étudiants en thèse]
 
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===Encadrement doctoral et scientifique===
 
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====Encadrement de thèses en cours====
 
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====Encadrement de stages de recherche====
 
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===Diffusion scientifique===
 
===Diffusion scientifique===
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* [Jan. 2023] "Intelligence artificielle, éthique et santé", intervention à la conférence IA de l'ESBS "L'IA au service de la santé : éthique et cas d'usage"
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* [Juin 2022] "Intelligence artificielle : de la technique aux enjeux sociaux", intervention à la journée doctorale de l'université de Haute Alsace à Mulhouse
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* [Fev. 2020] "Quelle intégration des systèmes intelligents dans nos sociétés ?" Intervention a la table ronde ''Intelligence artificielle et démocratie: vers quelles interactions et enjeux ?'' du Jardin des Sciences de l'université de Strasbourg
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* [Nov. 2019] "Transfert learning: review and recent advances", workshop de l'axe de recherche Data Science and Artificial Intelligence de ICube
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* [Oct. 2018] "Défis théoriques et pratiques de l'intelligence artificielle" Présentation aux Journées Systèmes 2018 à Strasbourg  [https://webcast.in2p3.fr/video/defis-theoriques-et-pratiques-de-lintelligence-artificielle / Vidéo de l'intervention]
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* [2016, 2017] Animation (avec Pierre Collet) du stand du Campus Numérique des Systèmes Complexes de la Fête de la Science
  
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==Anciens Projets==
 
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Cliquez [[Anne_Jeannin_Anciens_Projets|ICI]] pour quelques anciens projets.
 
  
 
==Enseignement==
 
==Enseignement==
−
* Unistra (2016-)
+
===Depuis 2016===
−
** Introduction à la programmation web
+
* Introduction à la programmation web
−
** Anglais pour l'informatique
+
* Algorithmique et programmation
−
** Intelligence artificielle
+
* Anglais pour l'informatique
−
** Optimisation stochastique inspirée par la nature
+
* Programmation orientée objet
−
** Évolution artificielle massivement parallèle
+
* Intelligence artificielle & deep learning
 +
 
 +
===Avant 2016 (Univ. Brest)===
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* Algorithmique et programmation
 +
* Certificat informatique et internet
 +
* Environnements informatiques
 +
* Langages de programmation
 +
* Algorithmique fondamentale et graphes
 +
* Programmation C avancée
 +
* Java et outillage projet
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* Réseaux IP: concepts, programmation et applications
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* Modélisation cognitive et réactive
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* Compilation, modèles et langages pour les systèmes parallèles
  
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* Université de Brest (2011-2015)
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==Responsabilités administratives et scientifiques==
−
** Algorithmique et programmation
+
===Responsabilités administratives===
−
** Certificat informatique et internet
+
* Responsable pédagogique de la L3 informatique de l'UFR Math-Info de l'université de Strasbourg depuis sept. 2020
−
** Environnements informatiques
+
* Membre du conseil de l'UFR Mathématique et Informatique de l'Université de Strasbourg de décembre 2017 à décembre 2021
−
** Langages de programmation
+
* Coordinatrice pédagogique du parcours Math-Info de la licence de l'Université franco-azerbaïdjanaise (UFAZ): septembre 2017 à décembre 2020
−
** Algorithmique fondamentale et graphes
+
* Membre du Comité d'Experts en informatique 27è section de l'Université de Strasbourg depuis septembre 2016
−
** Programmation C avancée
+
* Membre du comité de sélection pour un poste de maître de conférences en informatique à l'IUT Robert Schuman (2017)
−
** Java et outillage projet
 
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** Réseaux IP: concepts, programmation et applications
 
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** Modélisation cognitive et réactive
 
−
** Compilation, modèles et langages pour les systèmes parallèles
 
  
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==Responsabilités administratives==
+
===Responsabilités scientifiques===
−
* Membre du Comité d'Experts en informatique 27è section de l'Université de Strasbourg depuis septembre 2016.
+
* Révision d'article pour le journal AIMS Cell and Tissue Engineering (2017)
 +
* Révision d'articles pour la conférence EA 2017
 +
* Membre des comités d'organisation et de programme de la conférence EA 2017
 +
* Révision d'article pour la conférence ICAROB 2018
 +
* Expertise scientifique de dossier de thèse CIFRE pour l'ANRT (2017, 2018)
 +
* Expertise scientifique pour le pôle de compétitivité BioWin (Wallonie) (2017)
  
 
==Contact==
 
==Contact==
−
Mon bureau est situé au 4 rue Kirschleger, Bâtiment 3 de la Faculté de Médecine au 5è étage (équipe CSTB).
+
Mon bureau est au CRBS (Centre de Recherche en Biomédecine de Strasbourg) au 1 rue Eugnène Boeckel, 67100 Strasbourg
  
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  Anne Jeannin
+
  Anne Jeannin-Girardon
 
  ICUBE - UMR CNRS 7357
 
  ICUBE - UMR CNRS 7357
−
  Tél : +33 (0)3.68.85.45.80 / Fax : +33 (0)3.68.85.44.55
+
CRBS
−
4 rue Kirschleger, 67000 Strasbourg
+
1 rue Eugène Boeckel, CS 60026, 67084 Strasbourg
 +
  Tél : 03 68 85 36 60 (accueil CRBS)
  
−
courriel : Anne.Jeannin @ unistra.Fr
+
[https://sites.google.com/view/annejeannin/contact Formulaire de contact en ligne]

Version actuelle datée du 8 mars 2023 à 21:11

Ajg v bw.png
Maîtresse de Conférences HDR en informatique (section 27) au Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie, UMR CNRS 7357 -- Université de Strasbourg,


Activités récentes

Recherche

TL;DR -- Je m'intéresse à l'intelligence artificielle et à l'apprentissage automatique et aux questions épistémologiques et éthiques qui entourent ce domaine.

Je m’intéresse aujourd’hui à l’apprentissage automatique et à l’intelligence artificielle, tant d’un point de vue fondamental que pratique, par des recherches sur l’apprentissage par transfert, l’interprétabilité des modèles, leur incertitude ou encore sur la représentation des connaissances et avec des applications en bioinformatique ou en optimisation par exemple. En surplomb, j’essaye de mener une réflexion autour des questions épistémologiques et éthiques qui se posent lorsque l’on s’intéresse au domaine de l’intelligence artificielle.


Publications

Liste des publications

HDR

Implication dans des projets

Cliquez ICI pour quelques anciens projets.

Encadrement scientifique

Encadrement de thèses

  • Ali Khudiyev [Oct. 2022 -] (Directrices : A. Jeannin-Girardon & Latafat Gardashova) Intelligence artificielle neuro-symbolique
  • Quentin Christoffel [Oct. 2021-] (Directrice: A. Deruyver) Réduction des incertitudes des réseaux de neurones profonds par injection de connaissance
  • Hiba Khodji [Oct. 2020-] (Directeurs: J. Thompson & P. Collet) Prédiction d'erreur dans des alignements de séquences de gènes par réseaux convolutifs
  • Nicolas Scalzitti [Dec. 2018- Sept. 2021] (Directeurs: J. Thompson & P. Collet) "New gene annotation and detection strategies for genome sequencing projects, by massively parallel coupled artificial intelligence and artificial evolution algorithms"
  • Romain Orhand [Oct. 2018 - Nov. 2022] (Directeurs: P. Collet & P. Parrend) "Towards autonomous computers by combination of artificial intelligence and artificial evolution'
  • Anna Ouskova [Aout 2018- Mai 2022] (Directeurs: P. Collet & P. Parrend) "Evolutionary optimization of refrigeration systems using magnetocaloric alloy"

Encadrement d'étudiants en alternance

Encadrement de stages

  • 2022
    • [master 2] L. Wehrli / Interprétabilité des réseaux de neurones artificiels (co-encadrement avec S. Marc-Zwecker et D. Bernhard)
  • 2021
    • [master 2] Q. Christoffel / évaluation de l'incertitude de modèles d'apprentissage automatique par approche Bayesienne
  • 2020
    • [master 2] H. Khodji / quantification de la transférabilité des caractéristiques latentes de réseaux de neurones profonds
    • [master 1] Q. Christoffel / algorithmes génétiques pour l'explicabilité des réseaux de neurones profonds
  • 2019
    • [master 1] A. Oury Bah / algorithmes génétiques pour l'explicabilité des réseaux de neurones profonds
    • [master 1] A. Hutt / quantification de la transférabilité des caractéristiques latentes de réseaux de neurones profonds
    • [master 1 math] Corentin Mengel / ATLAS: Algebraic TopoLogy for dAta Similarity
  • 2017
    • [master 2] N. Demeurre / Réseaux de régulation génétique de lymphocytes B
    • [master 1] F. Delhomme et M. Vila (co-encadrement avec Basile Sauvage, MCF équipe IGG) Cartes concentriques multi-valuées (a.k.a. Magellan)

Encadrement d'étudiants dans le cadre de projets de recherche (~150h)

  • 2020-21
    • N. Mountasir / étude comparatives de méthodes d'évaluation d'incertitude de réseaux de neurones profonds
    • E. Chetouane / interprétabilité de réseaux de neurones artificiels (co-encadrement avec S. Marc-Zwecker et D. Bernhard)
  • 2019-20
    • Q. Christoffel / algorithmes évolutionnaires pour l'explicabilité des réseaux de neurones profonds
    • F. Nawfal / étude comparative de méthodes d'apprentissage par transfert
  • 2018-19
    • Elisa Kalbé "Collision detection: comparison of cognitive and geometric approaches"
    • Gaël Mukunde "Apprentissage et identification de propriétés au sein des séquences de protéines" (Avec O. Poch & L. Moulinier)
    • Mathieu Haller "Apprentissage profond pour la classification de repliements de protéines" (Avec C. Mayer)
    • Amarin Hutt "Apprentissage multi-tâches, apprentissage par transfert : adaptabilité des réseaux de neurones" (Avec R. Orhand)
  • 2017-18
    • Elisa Kalbé "Non-representational approaches for agent behavior modelling"
    • Maxime Seyer "Non-representational approaches for agent behavior modelling"


Diffusion scientifique

  • [Jan. 2023] "Intelligence artificielle, éthique et santé", intervention à la conférence IA de l'ESBS "L'IA au service de la santé : éthique et cas d'usage"
  • [Juin 2022] "Intelligence artificielle : de la technique aux enjeux sociaux", intervention à la journée doctorale de l'université de Haute Alsace à Mulhouse
  • [Fev. 2020] "Quelle intégration des systèmes intelligents dans nos sociétés ?" Intervention a la table ronde Intelligence artificielle et démocratie: vers quelles interactions et enjeux ? du Jardin des Sciences de l'université de Strasbourg
  • [Nov. 2019] "Transfert learning: review and recent advances", workshop de l'axe de recherche Data Science and Artificial Intelligence de ICube
  • [Oct. 2018] "Défis théoriques et pratiques de l'intelligence artificielle" Présentation aux Journées Systèmes 2018 à Strasbourg / Vidéo de l'intervention
  • [2016, 2017] Animation (avec Pierre Collet) du stand du Campus Numérique des Systèmes Complexes de la Fête de la Science


Enseignement

Depuis 2016

  • Introduction à la programmation web
  • Algorithmique et programmation
  • Anglais pour l'informatique
  • Programmation orientée objet
  • Intelligence artificielle & deep learning

Avant 2016 (Univ. Brest)

  • Algorithmique et programmation
  • Certificat informatique et internet
  • Environnements informatiques
  • Langages de programmation
  • Algorithmique fondamentale et graphes
  • Programmation C avancée
  • Java et outillage projet
  • Réseaux IP: concepts, programmation et applications
  • Modélisation cognitive et réactive
  • Compilation, modèles et langages pour les systèmes parallèles

Responsabilités administratives et scientifiques

Responsabilités administratives

  • Responsable pédagogique de la L3 informatique de l'UFR Math-Info de l'université de Strasbourg depuis sept. 2020
  • Membre du conseil de l'UFR Mathématique et Informatique de l'Université de Strasbourg de décembre 2017 à décembre 2021
  • Coordinatrice pédagogique du parcours Math-Info de la licence de l'Université franco-azerbaïdjanaise (UFAZ): septembre 2017 à décembre 2020
  • Membre du Comité d'Experts en informatique 27è section de l'Université de Strasbourg depuis septembre 2016
  • Membre du comité de sélection pour un poste de maître de conférences en informatique à l'IUT Robert Schuman (2017)

Responsabilités scientifiques

  • Révision d'article pour le journal AIMS Cell and Tissue Engineering (2017)
  • Révision d'articles pour la conférence EA 2017
  • Membre des comités d'organisation et de programme de la conférence EA 2017
  • Révision d'article pour la conférence ICAROB 2018
  • Expertise scientifique de dossier de thèse CIFRE pour l'ANRT (2017, 2018)
  • Expertise scientifique pour le pôle de compétitivité BioWin (Wallonie) (2017)

Contact

Mon bureau est au CRBS (Centre de Recherche en Biomédecine de Strasbourg) au 1 rue Eugnène Boeckel, 67100 Strasbourg 

Anne Jeannin-Girardon
ICUBE - UMR CNRS 7357
CRBS
1 rue Eugène Boeckel, CS 60026, 67084 Strasbourg 
Tél : 03 68 85 36 60 (accueil CRBS)

Formulaire de contact en ligne

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