Équipe CSTB : Systèmes Complexes et Bioinformatique Translationnelle

Différences entre les versions de « Anne Jeannin-Girardon »

De Équipe CSTB : Systèmes Complexes et Bioinformatique Translationnelle
Aller à la navigation Aller à la recherche
 
(47 versions intermédiaires par 3 utilisateurs non affichées)
Ligne 1 : Ligne 1 :
[[Fichier:Jeannin.jpg|120px]]<br>[[en:Anne_Jeannin|--- English page ---]]
+
{|
 +
|-
 +
| [[File:ajg_v_bw.png|150px]] ||  <div style="display: inline-block; width:30px;"></div> || '''Maîtresse de Conférences HDR en informatique''' (section 27) au [http://icube.unistra.fr Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie], UMR CNRS 7357 -- [http://www.unistra.fr Université de Strasbourg],
 +
|}
  
  
* Maître de Conférences en informatique, au [http://icube.unistra.fr Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie] de l'[http://www.unistra.fr Université de Strasbourg], Unité Mixte de Recherche CNRS 7357.
+
===Activités récentes===
  
==Propositions de projets ou stages pour 2016-17 ==
+
==Recherche==
En apprentissage (2016 - 2018):
+
''TL;DR'' -- Je m'intéresse à l'intelligence artificielle et à l'apprentissage automatique et aux questions épistémologiques et éthiques qui entourent ce domaine.
*[[RADAR (Robust Anonymous DAta Records]]
 
*[[Spectrométrie de Masse]]
 
  
Stage d'été (2 à 3 mois) :
+
Je m’intéresse aujourd’hui à l’apprentissage automatique et à l’intelligence artificielle, tant d’un point de vue fondamental que pratique, par des recherches sur l’apprentissage par transfert, l’interprétabilité des modèles, leur incertitude ou encore sur la représentation des connaissances et avec des applications en bioinformatique ou en optimisation par exemple.
*[[Parallélisation sur GPU de calcul pour la chimie]]
+
En surplomb, j’essaye de mener une réflexion autour des questions épistémologiques et éthiques qui se posent lorsque l’on s’intéresse au domaine de l’intelligence artificielle.
  
([[Anciens projets]])
 
  
==A quoi sert la science ?==
+
===Publications===
*Une merveilleuse réponse par [http://www.franceculture.fr/emission-dernieres-nouvelles-de-l-univers-la-culture-scientifique-2013-09-01 André Brahic].
+
[https://publis.icube.unistra.fr/?author=Anne+Jeannin-Girardon Liste des publications]
*Des [[exemples d'application de la recherche fondamentale]] par René Trégouët, Sénateur, rapporteur de la Recherche et Président/fondateur du Groupe de Prospective du Sénat, extraits de son très bel [http://www.rtflash.fr/mystere-eternel-monde-est-qu-il-soit-comprehensible-cela-tient-miracle-albert-einstein/article éditorial de février 2016] suite à la [http://journals.aps.org/prl/abstract/10.1103/PhysRevLett.116.061102 détection d'ondes gravitationnelles par les équipes LIGO et VIRGO le 11 février 2016].
 
  
==Recherche==
+
[https://seafile.unistra.fr/f/7a94661aed88435480b7/?dl=1 HDR]
===Projets majeurs (et plateformes)===
 
====POEM (Personalised Open Education for the Masses)====
 
130k€
 
  
====EASEA (et EASEA-CLOUD)====
+
==Implication dans des projets==
Thèses et projets de recherche réalisés (à ma connaissance) avec (et sur) EASEA :
+
* Éducation : [http://poem.unistra.fr/ POEM] / Magellan / In-tuto
<ul>
+
* Santé : [http://hope.unistra.fr/ HOPE] / [http://radar.unistra.fr/ RADAR]
<li> Alejandro Rinçon Lopez, "Portage de la plateforme EASEA sur le Cloud", projet ANR EASEA-CLOUD, juin 2014 - mars 2015
+
* Calcul : [http://easea.unistra.fr/ EASEA CLOUD]
<li> Carlos Catania, ''Optimisation d'une flotte de véhicules médicaux'', Fev 2014 - Fev 2015,  pour la société Synovo
+
* [http://cs-dc.org CS-DC]
<li> Thomas Chabin, "Visualisation Scientifique d'algorithmes évolutionnaires distribués", projet ANR EASEA-CLOUD, mars 2014 - mars 2015
 
<li> Renaud Vanhoutrève (oct 13 -) ''Alignement de séquences protéiques pour une analyse de données NGS appliquée à la Santé'' en co-direction avec Julie Thompson, LBGI
 
<li> Igor Santos Peretta (oct 12 - Nov 15) ''Evolution of an integrated model for a complex system through massively parallel Genetic Programming'', en co-direction avec Keiji Yamanaka, Uberlandia, Brasil.
 
<li> Farzad Sehat, ''Gestion de portefeuilles financiers par évolution artificielle'', M2 Recherche, mars - sept. 2011
 
<li> Frédéric Krüger, ''Recherche de zéolithes par évolution artificielle'', M2 Recherche, mars - sept 2011
 
<li> Arijit Biswas, thèse de l'IIT Kharagpur sur ''l'optimisation du processus d'extraction de Manganèse de nodules polymétalliques extraits de fonds sous-marins'', dirigée par le Professeur Nirupam Chakraborty,déc. 10.
 
<li> Claire Bourgeois-République, ''Plateforme de réglage automatique et adaptatif d'implant cochléaire par algorithme évolutionnaire interactif,'' Université de Bourgogne, décembre 2004.
 
<li> Philippe Guermeur, ''Vision robotique monoculaire : reconstruction du temps avant collision et de l'orientation des surfaces à partir de l'analyse de la déformation,'' Université de Rouen, octobre 2002.
 
</ul>
 
====HEVEA (Étude et Valorisation de lÉcologie Auditive)====
 
Responsable Scientifique du projet RNTS (Projet Hospitalier de Recherche Clinique) HEVEA (130k€, Sept 05 - Sept 06) : expérimentation sur 10 patients d'un réglage d'implant cochléaire par algorithme évolutionnaire interactif.
 
====Bio-Inspired Classification and Data-Mining Algorithms for Bioinformatics====
 
Porteur du projet européen Interreg IIIa 182b Bio-Inspired Classification and Data-Mining Algorithms for BioInformatics avec l'Université du Kent à Canterbury (379 KEuros, Sept 06 - Août 07).
 
====Emergence of Computation in Cellular Automata====
 
Responsable français du projet anglais EPSRC Emergence of Computation in Cellular Automata, EP/D066174/1 avec Andrew Adamatsky, de l'UWE-Bristol (137 KEuros, Sept 06 - Oct 07).
 
====Magellan====
 
Responsable scientifique du projet Magellan (1,7 MF, Sept 93 - Sept. 98) de Création d'un prototype fonctionnel de Chirurgie Assistée par Ordinateur pour l'ORL. Projet financé par l'Institut Électricité Santé (EDF), la Fondation de l'Avenir, l'APHP.
 
  
===Publications===
+
Cliquez [[Anne_Jeannin_Anciens_Projets|ICI]] pour quelques anciens projets.
* [http://icube-publis.unistra.fr/appli.php?author=Pierre+Collet&title=&team=toutes&annee1=&annee2=&nationalRank=toutes&project=tous Liste des publications]
 
* [[Livres]]
 
  
===Encadrement doctoral et scientifique===
+
==Encadrement scientifique==
====Encadrement de thèses en cours====
+
===Encadrement de thèses===
<ul>
+
* Ali Khudiyev [Oct. 2022 -] (Directrices : A. Jeannin-Girardon & Latafat Gardashova) Intelligence artificielle neuro-symbolique
<li> Pierre Masai (Oct 14 -) "LEAN as a Complex System"
+
* Quentin Christoffel [Oct. 2021-] (Directrice: A. Deruyver) Réduction des incertitudes des réseaux de neurones profonds par injection de connaissance
<li> Fabio Guigou (Dec 14 -) "Gestion sécurisée des accès à des ressources virtuelles au sein d'environnements distribués par système immunitaire artificiel"
+
* Hiba Khodji [Oct. 2020-] (Directeurs: J. Thompson & P. Collet) Prédiction d'erreur dans des alignements de séquences de gènes par réseaux convolutifs
<li> Renaud Vanhoutrève (oct 13 -) ''Alignement de séquences protéiques pour une analyse de données NGS appliquée à la Santé'' en co-direction avec Julie Thompson, LBGI
 
<li> Jean Meunier (dec 13 -) ''Modélisation et optimisation d’un système de gestion énergétique pour bâtiments, intégrant la production photovoltaïque et le stockage par batteries'', en co-direction avec Dominique Knittel (LGeCo).
 
</ul>
 
  
====Thèses soutenues (en tant que directeur ou co-directeur ou encadrant ou co-encadrant)====
+
* Nicolas Scalzitti [Dec. 2018- Sept. 2021] (Directeurs: J. Thompson & P. Collet) "New gene annotation and detection strategies for genome sequencing projects, by massively parallel coupled artificial intelligence and artificial evolution algorithms"
<ul>
+
* Romain Orhand [Oct. 2018 - Nov. 2022] (Directeurs: P. Collet & P. Parrend) "Towards autonomous computers by combination of artificial intelligence and artificial evolution'
<li> Igor Santos Peretta (oct 12 - nov 15) ''Evolution of an integrated model for a complex system through massively parallel Genetic Programming'', en co-direction avec Keiji Yamanaka, Uberlandia, Brasil.
+
* Anna Ouskova [Aout 2018- Mai 2022] (Directeurs: P. Collet & P. Parrend) "Evolutionary optimization of refrigeration systems using magnetocaloric alloy"
<li> Cécilia Zanni-Merk (11/13 - 11/14) thèse d'Habilitation à Diriger les Recherches) "Knowledge Technologies for Problem Solving in Engineering", garant : Pierre Collet, soutenue le 20 novembre 2014 à l'Université de Strasbourg
 
<li> Stéphane Querry (09/10 - 09/14) ''Control and modelling of autonomous aircrafts by evolutionary computing'', thèse confidentielle Polyvionics, sous la direction de Pierre Collet, soutenue le 29 septembre 2014 à l'Université de Strasbourg
 
<li> Wei Yan, (09/10 - 02/14)''Modélisation de (Méta)Connaissances pour la Conception Inventive'', en co-direction avec Denis Cavallucci, LGeCo, co-encadrée par Cécilia Zanni-Merk. soutenue le 7 février 2014 à l'INSA de Strasbourg
 
<li> Frédéric Krüger (10/11 - 02/14), ''Determination of end user power load profiles by parallel evolutionary computing'', sous la direction de Pierre Collet, soutenue le 17 février 2014 à Électricité de Strasbourg
 
<li> Nicolas Lachiche (12/10 - 12/11 thèse d'Habilitation à Diriger des Recherches), ''Relational data mining guided by needs'', Garant : Pierre Collet, soutenue le 5 décembre 2011 à l'Université de Strasbourg
 
<li> Ogier Maitre (10/08 - 09/11), ''GPGPU for Evolutionary Algorithms'', sous la direction de Pierre Collet, soutenue le 30 septembre 2011 à l'Université de Strasbourg
 
<li> Olivier Kühn (10/07 - 10/10), ''Methodology for Knowledge-Based Engineering Template Update - Focus on
 
Decision Support and Instances Update'', en co-direction avec Parisa Ghodous, thèse financée par la Société Prostep, soutenue le 22 octobre 2010 à l'Université de Strasbourg
 
<li> Grégory Valgiani, ''Développement d'un paradigme d'optimisation par Hommilière et application à l'enseignement par internet'', Université du Littoral Côte d'Opale, thèse financée par la société Paraschool, sous la direction de Pierre Collet, soutenue en novembre 2006.
 
<li> Claire Bourgeois-République, ''Plateforme de réglage automatique et adaptatif d'implant cochléaire par algorithme évolutionnaire interactif,'' Université de Bourgogne encadrée par Pierre Collet décembre 2004.
 
<li> Yann Landrin-Schweitzer, ''Algorithmes génétiques interactifs pour le text-retrieval'', thèse de l'Université d'Orsay dirigée par Evelyne Lutton, co-encadrée par Pierre Collet, soutenue en septembre 2003.
 
</ul>
 
  
====Contrats post-doctoraux====
+
===Encadrement d'étudiants en alternance===
<ul>
+
*2016-2018
<li> Alejandro Rinçon Lopez, "Portage de la plateforme EASEA sur le Cloud", projet ANR EASEA-CLOUD, juin 2014 - mars 2015
+
**[[RADAR (Robust Anonymous DAta Records|RADAR (Robust Anonymous DAta Records)]] : A. Bruyant
<li> Carlos Catania, ''Optimisation d'une flotte de véhicules médicaux'', Fev 2014 - Fev 2015,  pour la société Synovo
+
**[[Spectrométrie de Masse]] : M. Haegelin
<li> Waldo Cancino, ''Portage de la plate-forme EASEA-CLOUD sur la grille'', Oct. 2012 - Oct 2013, projet ANR EASEA-CLOUD
 
<li> Lidia Yamamoto, ''Artificial Chemistries on GPGPU'', Avril 2010 - Avril 2011, financement Région Alsace
 
<li> Deepak Sharma, ''Projet Administrateur Réseau Artificiel (ARA)'', société Kelerio, Mai 2009 - Mai 2010
 
<li> Pierrick Legrand, "Projet RNTS HÉVÉA : Étude et Valorisation de l'Écologie Auditive", Sept 2005 - Sept 2006
 
</ul>
 
  
====Encadrement de stages de recherche====
+
===Encadrement de stages===
<ul>
+
* 2022
<li> Thomas Chabin, "Visualisation Scientifique d'algorithmes évolutionnaires distribués", projet ANR EASEA-CLOUD, mars 2014 - mars 2015
+
** [master 2] L. Wehrli / Interprétabilité des réseaux de neurones artificiels (co-encadrement avec S. Marc-Zwecker et D. Bernhard)
<li> Frédéric Krüger, ''Recherche de zéolithes par évolution artificielle'', M2 Recherche, mars - sept 2011
+
* 2021
<li> Farzad Sehat, ''Gestion de portefeuilles financiers par évolution artificielle'', M2 Recherche, mars - sept. 2011
+
** [master 2] Q. Christoffel / évaluation de l'incertitude de modèles d'apprentissage automatique par approche Bayesienne
<li> Arijit Biswas, thèse de l'IIT Kharagpur sur ''l'optimisation du processus d'extraction de Manganèse de nodules polymétalliques extraits de fonds sous-marins'', dirigée par le Professeur Nirupam Chakraborty, avr. 09 - déc. 09
+
* 2020
<li> Ariel Tchougang, ''Etude du Context-Aware Crossover en Programmation Génétique'', M2 Recherche, mars 08 - sept 08
+
** [master 2] H. Khodji / quantification de la transférabilité des caractéristiques latentes de réseaux de neurones profonds
</ul>
+
** [master 1] Q. Christoffel / algorithmes génétiques pour l'explicabilité des réseaux de neurones profonds
===Diffusion scientifique===
+
* 2019
<ul>
+
** [master 1] A. Oury Bah / algorithmes génétiques pour l'explicabilité des réseaux de neurones profonds
<li>Conférences invitées
+
** [master 1] A. Hutt / quantification de la transférabilité des caractéristiques latentes de réseaux de neurones profonds
<ul>
+
** [master 1 math] Corentin Mengel / ATLAS: Algebraic TopoLogy for dAta Similarity
<li> ''Évolution, évolution artificielle et diversité'', Clôture du Colloque Biodiversité et Résilience, 12 - 14 octobre 2015, Institut des Systèmes Complexes Paris Île-de-France.
+
* 2017
<li> ''Les Systèmes Complexes : une nouvelle science intégrative et prédictive pour une Santé 4P'', conférence de clôture du [http://www.asc.sn/congresDakar2013/ 7è Congrès Francophone Mondial de Chirurgie] à Dakar, Sénégal, 6/12/13
+
** [master 2] N. Demeurre / Réseaux de régulation génétique de lymphocytes B
<li> [[media:AfficheTaiwan0513.pdf|''Personalised Open Education for the Masses'']], 2013 International Conference Future Earth Science Learning Embedded with Emerging Technologies International Conference, Taiwan Normal University, 17/05/13
+
**[master 1] F. Delhomme et M. Vila (co-encadrement avec Basile Sauvage, MCF équipe IGG) Cartes concentriques multi-valuées (a.k.a. Magellan)
<li> ''Towards Inventive Computers thanks to Artificial Evolution'', Triz Future 2012, Portugal.
 
<li> Terrasses du Numérique
 
<li> 2/06/2009: Keynote de la conférence [http://kaeiog.elka.pw.edu.pl/index.php?page=index Algorytmy Ewolucyjne i Optymalizacja Globalna'09] à Zawoja, Pologne : ''Artificial Evolution algorithms can use GPGPUs''
 
</ul>
 
<li>Tutoriels
 
<ul>
 
<li> PPSN 2011
 
<li>[http://www.sigevo.org/gecco-2010/tutorials.html#ecgpu Computation on GPUs] with W. Banzhaf and S. Harding, Genetic and Evolutionary Computation Conference, GECCO 2010
 
<li> GECCO 2009
 
</ul>
 
<li>Séminaires
 
<ul>
 
<li>[https://my.vub.ac.be/nieuws/ecco-seminar-personalised-open-education-masses-poem ECCO Seminar: Personalised Open Education for the Masses (POEM), Vrije Universiteit Brussel] 11/04/2014
 
<li> [https://who.rocq.inria.fr/Gilles.Dowek/MoocLab/13janvier/collet.pptx ''POEM : Personalised Open Education for the Masses''], Séminaire Mooc-lab INRIA [https://who.rocq.inria.fr/Gilles.Dowek/MoocLab/13janvier/ Moocs : de la correction automatique à la personnalisation des cursus], Inria, Paris, 13 janvier 2014
 
<li> Institut des Systèmes Complexes
 
</ul>
 
</ul>
 
====Prix et distinctions====
 
<ul>
 
<li> Best Paper Award de la conférence EvoPAR'14 pour le papier :  [http://icube-publis.unistra.fr/papr/2014/4-LGCB14  E. Lutton, H. Gilbert, W. Cancino, B. Bach, P. Parrend, P. Collet, ''Visualisation of Island-Based Parallel Genetic Algorithms'', EVOPar, Granada, Espagne, Springer, LNCS, avril 2014]
 
<li> Prix de la compétition [http://www.gpgpgpu.com/gecco2012/ GPUs for Genetic and Evolutionary Computation] de la conférence mondiale GECCO’12 pour le papier P. Collet, F. Krüger, O. Maitre, ''GECCO 2012 GPGPU competition: The EASEA parallelization platform'', Gecco 2012, Philadelphia
 
</ul>
 
  
====Vulgarisation====
+
===Encadrement d'étudiants dans le cadre de projets de recherche (~150h)===
<ul>
+
* 2020-21
<li> [[Dépêche AEF No 190761 du 6/12/13]] (Agence Éducation Formation), rédigée par Pascaline Marion
+
** N. Mountasir / étude comparatives de méthodes d'évaluation d'incertitude de réseaux de neurones profonds
<li> DNA
+
** E. Chetouane / interprétabilité de réseaux de neurones artificiels (co-encadrement avec S. Marc-Zwecker et D. Bernhard)
<li> savoirs
+
* 2019-20
</ul>
+
** Q. Christoffel / algorithmes évolutionnaires pour l'explicabilité des réseaux de neurones profonds
 +
** F. Nawfal / étude comparative de méthodes d'apprentissage par transfert
 +
* 2018-19
 +
** Elisa Kalbé "Collision detection: comparison of cognitive and geometric approaches"
 +
** Gaël Mukunde "Apprentissage et identification de propriétés au sein des séquences de protéines" (Avec O. Poch & L. Moulinier)
 +
** Mathieu Haller "Apprentissage profond pour la classification de repliements de protéines" (Avec C. Mayer)
 +
** Amarin Hutt "Apprentissage multi-tâches, apprentissage par transfert : adaptabilité des réseaux de neurones" (Avec R. Orhand)
 +
*2017-18
 +
** Elisa Kalbé "Non-representational approaches for agent behavior modelling"
 +
** Maxime Seyer "Non-representational approaches for agent behavior modelling"
  
====Diffusion logicielle====
 
  
===Responsabilités scientifiques===
+
===Diffusion scientifique===
<ul>
+
* [Jan. 2023] "Intelligence artificielle, éthique et santé", intervention à la conférence IA de l'ESBS "L'IA au service de la santé : éthique et cas d'usage"
<li> Domaine :
+
* [Juin 2022] "Intelligence artificielle : de la technique aux enjeux sociaux", intervention à la journée doctorale de l'université de Haute Alsace à Mulhouse
<ul>
+
* [Fev. 2020] "Quelle intégration des systèmes intelligents dans nos sociétés ?" Intervention a la table ronde ''Intelligence artificielle et démocratie: vers quelles interactions et enjeux ?'' du Jardin des Sciences de l'université de Strasbourg
<li> Optimisation de probl&egrave;mes complexes par
+
* [Nov. 2019] "Transfert learning: review and recent advances", workshop de l'axe de recherche Data Science and Artificial Intelligence de ICube
algorithmes stochastiques inspir&eacute;s de la nature.
+
* [Oct. 2018] "Défis théoriques et pratiques de l'intelligence artificielle" Présentation aux Journées Systèmes 2018 à Strasbourg  [https://webcast.in2p3.fr/video/defis-theoriques-et-pratiques-de-lintelligence-artificielle / Vidéo de l'intervention]
<li> Parallélisation des algorithmes évolutionnaires sur clusters parallèles et cartes massivement parallèles de type GPGPU (General Purpose Graphic Processing Units).
+
* [2016, 2017] Animation (avec Pierre Collet) du stand du Campus Numérique des Systèmes Complexes de la Fête de la Science
</ul>
 
<li> Applications : fouille de donn&eacute;es en bio-informatique,
 
optimisation du param&eacute;trage d'implants cochl&eacute;aires,
 
optimisation de parcours p&eacute;dagogiques, recherche en automates
 
cellulaires, ...
 
<li>Sp&eacute;cialiste en :
 
  <ul>
 
    <li>Systèmes Complexes
 
    <li>Programmation G&eacute;n&eacute;tique,
 
    <li>Algorithmes &eacute;volutionnaires (algorithmes
 
        g&eacute;n&eacute;tiques, strat&eacute;gies d'&eacute;volution, et
 
        autres paradigmes connexes),
 
    <li>Algorithmes &eacute;volutionnaires interactifs,
 
    <li>Optimisation par essaim particulaire et par colonies de fourmis (OCF).
 
    <li>&Eacute;mergence (parall&eacute;lisme au niveau des donn&eacute;es,
 
    agents autonomes, ...).
 
    <li>Systèmes éducatifs intelligents.
 
    <li>Chirurgie Assistée par Ordinateur.
 
    <li>Avionique et mécanique du vol.
 
  </ul>
 
<li>Membre de l'<i>Advisory Board</i>, et auteur de trois chapitres du
 
livre [http://www.rennard.org/nicem/index.html Handbook of Research on Nature Inspired Computing for Economics and Management], (avec comit&eacute;
 
de lecture international), coordonné par [http://www.rennard.org/ J.-P. Rennard], Sept. 2006.
 
<li> Editeur en chef, avec [mailto:evelyne.lutton@inria.fr Evelyne Lutton], d'un numéro double sur l'[http://www.lavoisier.fr/notice/fr2746216280.html Evolution Artificielle] du journal TSI (Lavoisier), Janvier 2007.
 
<li> Auteur du langage [http://sourceforge.net/projects/easea EASEA] (<i>EAsy Specification of Evolutionary Algorithms</i>)
 
<!-- <li> Parrain du site [http://in.silico.free.fr in.silico], et mod&eacute;rateur du forum sur l'[http://in.silico.free.fr/nouveaux_forums/viewforum.php?f=9&sid=9ecdb327d1c13fa68135e128131171e8 &eacute;volution artificielle].
 
<li> S&eacute;rie d'entretiens sur le site
 
[http://in.silico.free.fr in.silico] (entretiens [http://in.silico.free.fr/index.php?mod=articles&ac=commentaires&id=3 1], [http://in.silico.free.fr/index.php?mod=articles&ac=commentaires&id=4 2], &agrave; suivre ...).-->
 
<li>Entretien dans le magazine [http://www.automatesintelligents.com/interviews/2001/avr/p_collet.html Automates Intelligents] d'avril 2001.
 
</ul>
 
  
==Anciens Projets==
 
Cliquez [[Pierre_Collet_Anciens_Projets|ICI]] pour quelques anciens projets.
 
  
 
==Enseignement==
 
==Enseignement==
* Cours
+
===Depuis 2016===
** [[Articles Introduction à la Recherche | Introduction à la Recherche L3]],
+
* Introduction à la programmation web
** [[Support de cours CPI | Culture et Pratique de l'Informatique L1]],
+
* Algorithmique et programmation
** Intelligence Artificielle L3,
+
* Anglais pour l'informatique
** Evolution Artificielle,
+
* Programmation orientée objet
** Syst&egrave;mes d'exploitation et architecture des ordinateurs,
+
* Intelligence artificielle & deep learning
** Algorithmique,
 
** langages C, C++, Java.
 
** [[media:PratiqueDesSystemes.pdf|Pratique des Systèmes d'Exploitation]]
 
** [[media:FondementDesSystemes.pdf|Fondements des Systèmes d'Exploitation]]
 
** [[media:Alinea.pdf|Algèbre Linéaire Appliquée]]
 
** [[PC_-_Anglais_Scientifique|Anglais scientifique]]
 
* Documents généraux
 
** [[media:tdVim.pdf|Commencer avec vi]].
 
** [[media:initLaTeX.pdf|Commencer avec LaTeX]] [http://dpt-info.u-strasbg.fr/~collet/stages/initLaTeX.tgz (tarball à détarer dans un répertoire)].
 
* Responsable du [http://dess-icc.univ-littoral.fr MASTER CCI](Comp&eacute;tence Compl&eacute;mentaire en Informatique) de l'ULCO de 2003 &agrave; 2006.
 
  
==Responsabilités administratives==
+
===Avant 2016 (Univ. Brest)===
* Directeur du Département d'Informatique de l'UFR Mathématique et Informatique de l'Université de Strasbourg depuis juillet 2011
+
* Algorithmique et programmation
* Membre du Comité d'Experts en informatique 27è section depuis 2010.
+
* Certificat informatique et internet
* Président du comité de sélection
+
* Environnements informatiques
==Liens généraux==
+
* Langages de programmation
* [[Pourquoi la biodiversité est essentielle pour l'homme]] ?
+
* Algorithmique fondamentale et graphes
* [[À quoi sert la recherche fondamentale]] ?
+
* Programmation C avancée
 +
* Java et outillage projet
 +
* Réseaux IP: concepts, programmation et applications
 +
* Modélisation cognitive et réactive
 +
* Compilation, modèles et langages pour les systèmes parallèles
  
==Liens personnels==
+
==Responsabilités administratives et scientifiques==
Page web de [http://maths.collet.free.fr/ Val&eacute;rie Collet].
+
===Responsabilités administratives===
 +
* Responsable pédagogique de la L3 informatique de l'UFR Math-Info de l'université de Strasbourg depuis sept. 2020
 +
* Membre du conseil de l'UFR Mathématique et Informatique de l'Université de Strasbourg de décembre 2017 à décembre 2021
 +
* Coordinatrice pédagogique du parcours Math-Info de la licence de l'Université franco-azerbaïdjanaise (UFAZ): septembre 2017 à décembre 2020
 +
* Membre du Comité d'Experts en informatique 27è section de l'Université de Strasbourg depuis septembre 2016
 +
* Membre du comité de sélection pour un poste de maître de conférences en informatique à l'IUT Robert Schuman (2017)
 +
 
 +
===Responsabilités scientifiques===
 +
* Révision d'article pour le journal AIMS Cell and Tissue Engineering (2017)
 +
* Révision d'articles pour la conférence EA 2017
 +
* Membre des comités d'organisation et de programme de la conférence EA 2017
 +
* Révision d'article pour la conférence ICAROB 2018
 +
* Expertise scientifique de dossier de thèse CIFRE pour l'ANRT (2017, 2018)
 +
* Expertise scientifique pour le pôle de compétitivité BioWin (Wallonie) (2017)
  
 
==Contact==
 
==Contact==
Mon bureau est le C337 (au 3ème étage) du bâtiment C du LSIIT (situé très logiquement entre le bâtiment B et le bâtiment A).
+
Mon bureau est au CRBS (Centre de Recherche en Biomédecine de Strasbourg) au 1 rue Eugnène Boeckel, 67100 Strasbourg
 
 
<br>
 
Pr Pierre Collet
 
LSIIT - UMR7005
 
Pôle API
 
Bd Sébastien Brant - BP 10413
 
67412 Illkirch cedex
 
  
  Tel : +33 (0)3 68.85.45.80
+
  Anne Jeannin-Girardon
Fax : +33 (0)3 68.85.44.45
+
ICUBE - UMR CNRS 7357
courriel : Pierre.Collet @ unistra.Fr
+
CRBS
 +
1 rue Eugène Boeckel, CS 60026, 67084 Strasbourg
 +
Tél : 03 68 85 36 60 (accueil CRBS)
  
Page modifiée le 31 décembre 2009 à 08:44 (CET)
+
[https://sites.google.com/view/annejeannin/contact Formulaire de contact en ligne]

Version actuelle datée du 8 mars 2023 à 21:11

Ajg v bw.png
Maîtresse de Conférences HDR en informatique (section 27) au Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie, UMR CNRS 7357 -- Université de Strasbourg,


Activités récentes

Recherche

TL;DR -- Je m'intéresse à l'intelligence artificielle et à l'apprentissage automatique et aux questions épistémologiques et éthiques qui entourent ce domaine.

Je m’intéresse aujourd’hui à l’apprentissage automatique et à l’intelligence artificielle, tant d’un point de vue fondamental que pratique, par des recherches sur l’apprentissage par transfert, l’interprétabilité des modèles, leur incertitude ou encore sur la représentation des connaissances et avec des applications en bioinformatique ou en optimisation par exemple. En surplomb, j’essaye de mener une réflexion autour des questions épistémologiques et éthiques qui se posent lorsque l’on s’intéresse au domaine de l’intelligence artificielle.


Publications

Liste des publications

HDR

Implication dans des projets

Cliquez ICI pour quelques anciens projets.

Encadrement scientifique

Encadrement de thèses

  • Ali Khudiyev [Oct. 2022 -] (Directrices : A. Jeannin-Girardon & Latafat Gardashova) Intelligence artificielle neuro-symbolique
  • Quentin Christoffel [Oct. 2021-] (Directrice: A. Deruyver) Réduction des incertitudes des réseaux de neurones profonds par injection de connaissance
  • Hiba Khodji [Oct. 2020-] (Directeurs: J. Thompson & P. Collet) Prédiction d'erreur dans des alignements de séquences de gènes par réseaux convolutifs
  • Nicolas Scalzitti [Dec. 2018- Sept. 2021] (Directeurs: J. Thompson & P. Collet) "New gene annotation and detection strategies for genome sequencing projects, by massively parallel coupled artificial intelligence and artificial evolution algorithms"
  • Romain Orhand [Oct. 2018 - Nov. 2022] (Directeurs: P. Collet & P. Parrend) "Towards autonomous computers by combination of artificial intelligence and artificial evolution'
  • Anna Ouskova [Aout 2018- Mai 2022] (Directeurs: P. Collet & P. Parrend) "Evolutionary optimization of refrigeration systems using magnetocaloric alloy"

Encadrement d'étudiants en alternance

Encadrement de stages

  • 2022
    • [master 2] L. Wehrli / Interprétabilité des réseaux de neurones artificiels (co-encadrement avec S. Marc-Zwecker et D. Bernhard)
  • 2021
    • [master 2] Q. Christoffel / évaluation de l'incertitude de modèles d'apprentissage automatique par approche Bayesienne
  • 2020
    • [master 2] H. Khodji / quantification de la transférabilité des caractéristiques latentes de réseaux de neurones profonds
    • [master 1] Q. Christoffel / algorithmes génétiques pour l'explicabilité des réseaux de neurones profonds
  • 2019
    • [master 1] A. Oury Bah / algorithmes génétiques pour l'explicabilité des réseaux de neurones profonds
    • [master 1] A. Hutt / quantification de la transférabilité des caractéristiques latentes de réseaux de neurones profonds
    • [master 1 math] Corentin Mengel / ATLAS: Algebraic TopoLogy for dAta Similarity
  • 2017
    • [master 2] N. Demeurre / Réseaux de régulation génétique de lymphocytes B
    • [master 1] F. Delhomme et M. Vila (co-encadrement avec Basile Sauvage, MCF équipe IGG) Cartes concentriques multi-valuées (a.k.a. Magellan)

Encadrement d'étudiants dans le cadre de projets de recherche (~150h)

  • 2020-21
    • N. Mountasir / étude comparatives de méthodes d'évaluation d'incertitude de réseaux de neurones profonds
    • E. Chetouane / interprétabilité de réseaux de neurones artificiels (co-encadrement avec S. Marc-Zwecker et D. Bernhard)
  • 2019-20
    • Q. Christoffel / algorithmes évolutionnaires pour l'explicabilité des réseaux de neurones profonds
    • F. Nawfal / étude comparative de méthodes d'apprentissage par transfert
  • 2018-19
    • Elisa Kalbé "Collision detection: comparison of cognitive and geometric approaches"
    • Gaël Mukunde "Apprentissage et identification de propriétés au sein des séquences de protéines" (Avec O. Poch & L. Moulinier)
    • Mathieu Haller "Apprentissage profond pour la classification de repliements de protéines" (Avec C. Mayer)
    • Amarin Hutt "Apprentissage multi-tâches, apprentissage par transfert : adaptabilité des réseaux de neurones" (Avec R. Orhand)
  • 2017-18
    • Elisa Kalbé "Non-representational approaches for agent behavior modelling"
    • Maxime Seyer "Non-representational approaches for agent behavior modelling"


Diffusion scientifique

  • [Jan. 2023] "Intelligence artificielle, éthique et santé", intervention à la conférence IA de l'ESBS "L'IA au service de la santé : éthique et cas d'usage"
  • [Juin 2022] "Intelligence artificielle : de la technique aux enjeux sociaux", intervention à la journée doctorale de l'université de Haute Alsace à Mulhouse
  • [Fev. 2020] "Quelle intégration des systèmes intelligents dans nos sociétés ?" Intervention a la table ronde Intelligence artificielle et démocratie: vers quelles interactions et enjeux ? du Jardin des Sciences de l'université de Strasbourg
  • [Nov. 2019] "Transfert learning: review and recent advances", workshop de l'axe de recherche Data Science and Artificial Intelligence de ICube
  • [Oct. 2018] "Défis théoriques et pratiques de l'intelligence artificielle" Présentation aux Journées Systèmes 2018 à Strasbourg / Vidéo de l'intervention
  • [2016, 2017] Animation (avec Pierre Collet) du stand du Campus Numérique des Systèmes Complexes de la Fête de la Science


Enseignement

Depuis 2016

  • Introduction à la programmation web
  • Algorithmique et programmation
  • Anglais pour l'informatique
  • Programmation orientée objet
  • Intelligence artificielle & deep learning

Avant 2016 (Univ. Brest)

  • Algorithmique et programmation
  • Certificat informatique et internet
  • Environnements informatiques
  • Langages de programmation
  • Algorithmique fondamentale et graphes
  • Programmation C avancée
  • Java et outillage projet
  • Réseaux IP: concepts, programmation et applications
  • Modélisation cognitive et réactive
  • Compilation, modèles et langages pour les systèmes parallèles

Responsabilités administratives et scientifiques

Responsabilités administratives

  • Responsable pédagogique de la L3 informatique de l'UFR Math-Info de l'université de Strasbourg depuis sept. 2020
  • Membre du conseil de l'UFR Mathématique et Informatique de l'Université de Strasbourg de décembre 2017 à décembre 2021
  • Coordinatrice pédagogique du parcours Math-Info de la licence de l'Université franco-azerbaïdjanaise (UFAZ): septembre 2017 à décembre 2020
  • Membre du Comité d'Experts en informatique 27è section de l'Université de Strasbourg depuis septembre 2016
  • Membre du comité de sélection pour un poste de maître de conférences en informatique à l'IUT Robert Schuman (2017)

Responsabilités scientifiques

  • Révision d'article pour le journal AIMS Cell and Tissue Engineering (2017)
  • Révision d'articles pour la conférence EA 2017
  • Membre des comités d'organisation et de programme de la conférence EA 2017
  • Révision d'article pour la conférence ICAROB 2018
  • Expertise scientifique de dossier de thèse CIFRE pour l'ANRT (2017, 2018)
  • Expertise scientifique pour le pôle de compétitivité BioWin (Wallonie) (2017)

Contact

Mon bureau est au CRBS (Centre de Recherche en Biomédecine de Strasbourg) au 1 rue Eugnène Boeckel, 67100 Strasbourg

Anne Jeannin-Girardon
ICUBE - UMR CNRS 7357
CRBS
1 rue Eugène Boeckel, CS 60026, 67084 Strasbourg 
Tél : 03 68 85 36 60 (accueil CRBS)

Formulaire de contact en ligne