Équipe CSTB : Systèmes Complexes et Bioinformatique Translationnelle

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==Recherche==
 
==Recherche==
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Je suis principalement intéressée par l'étude des systèmes complexes, l'apprentissage automatique et le parallélisme. Mes recherches m'ont amenée à m'immerger dans des disciplines variées: bioinformatique, biologie computationnelle, biologie cellulaire et moléculaire, mathématiques (probabilités et statistiques, équations différentielles ordinaires, équations aux dérivées partielles), physique et notions de chimie (réactions, diffusions) avec pour objectif principal de proposer des modélisation hybrides multi-échelles de systèmes complexes (principalement des systèmes biologiques).
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Toutes mes activités de recherche tournent ou ont tournées autour des systèmes complexes et leur études. Aujourd'hui, je m'intéresse en particulier à l'apprentissage profond (deep learning) et le calcul massivement parallèle.
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Les domaines d'application de ces recherches sont variés avec la mise en place d'écosystèmes éducationnels ([http://poem.unistra.fr/ POEM]), d'écosystèmes de calcul ([http://easea.unistra.fr/ EASEA]), d'écosystèmes de santé ([http://hope.unistra.fr/ HOPE] / [http://radar.unistra.fr/ RADAR]), de plateforme de simulation (GEM : Germinal center Modeling), mais aussi d'un écosystème fédérateur, le [http://cs-dc.org CS-DC], mutualisant des ressources de recherche et des ressources éducationnelles pour aborder les défis posés par la science des Systèmes Complexes.
  
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Ayant pour fil conducteur l'étude des systèmes complexes, mes recherches sont aujourd'hui orientées vers le deep learning et le parallélisme, la modélisation et la simulation de systèmes immunitaires et la morphogenèse de tissus biologiques. Les domaines d'applications qui m'intéressent particulièrement concernent les écosystèmes de santé, à travers la gestion de cohortes médicales (informatisations fiables et robustes de dossiers médicaux; fouille de données) et les écosystèmes éducatifs (trajectoires éducatives optimales, cartes de la connaissance, ...)
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Les différentes problématiques que nous étudions sont principalement : l'informatisation robuste et fiables de dossiers médicaux (et, de manière plus générale, de fichiers numériques), la fouille de données, la création de plateformes intelligente exploitant l'intelligence humaine (détermination de trajectoires éducatives optimales, création de cartes de la connaissance), la sécurisation et détection d'anomalie dans les systèmes d'information.
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J'ai aussi quelques petits projets m'intéressant, en cours de définition, bourgeonnant avec paresse mais dont j'espère pouvoir faire quelque chose un jour : pilotage d'algorithmes évolutionnaires par des algorithmes d'apprentissage profond; exploitation de parallélisme massif pour estimer des partitionnements de données non étiquetées; modélisation intégrative de systèmes biologiques; exploration des possibilités de parallélisation avec les principes développés dans EASEA pour l'analyse de séquences ADN issues de séquençage haut débit; ...
  
 
===Publications===
 
===Publications===
 
[http://icube-publis.unistra.fr/appli.php?author=Anne+Jeannin&title=&team=toutes&annee1=&annee2=&nationalRank=toutes&project=tous Liste des publications]
 
[http://icube-publis.unistra.fr/appli.php?author=Anne+Jeannin&title=&team=toutes&annee1=&annee2=&nationalRank=toutes&project=tous Liste des publications]
  
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==Anciens Projets==
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==Implication dans des projets==
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''gravitant autour de la science des systèmes complexes''
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* Éducation : [http://poem.unistra.fr/ POEM] / Magellan / In-tuto
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* Santé : [http://hope.unistra.fr/ HOPE] / [http://radar.unistra.fr/ RADAR]
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* Calcul : [http://easea.unistra.fr/ EASEA CLOUD]
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* [http://cs-dc.org CS-DC]
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* Biologie computationnelle : GEM
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Cliquez [[Anne_Jeannin_Anciens_Projets|ICI]] pour quelques anciens projets.
 
Cliquez [[Anne_Jeannin_Anciens_Projets|ICI]] pour quelques anciens projets.
  
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==Encadrement doctoral et scientifique==
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==Encadrement scientifique==
 
===Encadrement d'étudiants en alternance===
 
===Encadrement d'étudiants en alternance===
 
*2016-2018
 
*2016-2018
 
**[[RADAR (Robust Anonymous DAta Records|RADAR (Robust Anonymous DAta Records)]]
 
**[[RADAR (Robust Anonymous DAta Records|RADAR (Robust Anonymous DAta Records)]]
 
**[[Spectrométrie de Masse]]
 
**[[Spectrométrie de Masse]]
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===Encadrement de master===
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*Réseaux de régulation génétiques de lymphocytes B (6 mois, 2017)
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*Cartes concentriques multi-valuées (2017)
  
 
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Version du 9 mai 2017 à 16:30


Recherche

Toutes mes activités de recherche tournent ou ont tournées autour des systèmes complexes et leur études. Aujourd'hui, je m'intéresse en particulier à l'apprentissage profond (deep learning) et le calcul massivement parallèle. Les domaines d'application de ces recherches sont variés avec la mise en place d'écosystèmes éducationnels (POEM), d'écosystèmes de calcul (EASEA), d'écosystèmes de santé (HOPE / RADAR), de plateforme de simulation (GEM : Germinal center Modeling), mais aussi d'un écosystème fédérateur, le CS-DC, mutualisant des ressources de recherche et des ressources éducationnelles pour aborder les défis posés par la science des Systèmes Complexes.

Les différentes problématiques que nous étudions sont principalement : l'informatisation robuste et fiables de dossiers médicaux (et, de manière plus générale, de fichiers numériques), la fouille de données, la création de plateformes intelligente exploitant l'intelligence humaine (détermination de trajectoires éducatives optimales, création de cartes de la connaissance), la sécurisation et détection d'anomalie dans les systèmes d'information.

J'ai aussi quelques petits projets m'intéressant, en cours de définition, bourgeonnant avec paresse mais dont j'espère pouvoir faire quelque chose un jour : pilotage d'algorithmes évolutionnaires par des algorithmes d'apprentissage profond; exploitation de parallélisme massif pour estimer des partitionnements de données non étiquetées; modélisation intégrative de systèmes biologiques; exploration des possibilités de parallélisation avec les principes développés dans EASEA pour l'analyse de séquences ADN issues de séquençage haut débit; ...

Publications

Liste des publications

Implication dans des projets

gravitant autour de la science des systèmes complexes

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Encadrement scientifique

Encadrement d'étudiants en alternance

Encadrement de master

  • Réseaux de régulation génétiques de lymphocytes B (6 mois, 2017)
  • Cartes concentriques multi-valuées (2017)

Enseignement

  • Introduction à la programmation web
  • Anglais pour l'informatique
  • Intelligence artificielle
  • Optimisation stochastique inspirée par la nature
  • Évolution artificielle massivement parallèle


  • Algorithmique et programmation
  • Certificat informatique et internet
  • Environnements informatiques
  • Langages de programmation
  • Algorithmique fondamentale et graphes
  • Programmation C avancée
  • Java et outillage projet
  • Réseaux IP: concepts, programmation et applications
  • Modélisation cognitive et réactive
  • Compilation, modèles et langages pour les systèmes parallèles

Responsabilités administratives

  • Membre du Comité d'Experts en informatique 27è section de l'Université de Strasbourg depuis septembre 2016.

Contact

Mon bureau est situé au 4 rue Kirschleger, Bâtiment 3 de la Faculté de Médecine au 5è étage (équipe CSTB). 

Anne Jeannin-Girardon
ICUBE - UMR CNRS 7357
Tél : +33 (0)3.68.85.45.80 / Fax : +33 (0)3.68.85.44.55
4 rue Kirschleger, 67000 Strasbourg

courriel : Anne.Jeannin @ unistra.Fr

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