Équipe CSTB : Systèmes Complexes et Bioinformatique Translationnelle

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== Vie de l'équipe==
 
== Vie de l'équipe==
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<span style="color:blue"><big>PRESENTATION EQUIPE(affichage correct à tout type d'écran)</big></span>
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===Réunions d'équipe (*) Dates fixées à partir du 1er janvier 2022 - Début des réunions à 13:30 ===
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1er  mardi du mois : Réunion groupe A (A-G)<br />
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2ème mardi du mois : Réunion groupe B (H-N)<br />
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3ème mardi du mois : Réunion groupe C (O-Z)<br />
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4ème mardi du mois : Réunion Permanents<br />
  
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===Réunions d'équipe===
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Le dernier jeudi du mois à 14:00 : Présentations des "Jeun's" pour préparation aux oraux suivies de questions (2 à 3 présentations de 12 min pour stagiaires et doctorants 1ère et 2ème année, 20 min pour doctorants 3ème année).<br />
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'''(*) Nouvelles dates fixées à partir du 1er septembre 2017 : les jeudis de 13h30 à 15h30, Salle 526, Faculté de Médecine, CSTB 5e étage - 11 rue Humann'''<br />
 
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1er  jeudi du mois  : Réunion groupe A-M<br />
 
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2ème jeudi du mois : Journal Club<br />
 
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3ème jeudi du mois : Réunion groupe N-Z<br />
 
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4ème jeudi du mois : Réunion Permanents<br />
 
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4ème vendredi du mois : Présentations étudiants / stagiaires<br />
 
  
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=== février 2018 ===
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=== Juin 2022 ===
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- 01/02 : Arrivée de Camille Depenveiller, stagiaire, ingénieur ESBS 3e année (encadrant Olivier Poch)<br />
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01-06 : Début du stage volontaire L2 de Inès Wurch (Science de la vie, biologie moléculaire) encadré par Julie Thompson, Nicolas Scalzitti et Corentin Meyer<br />
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- 08/02 : (*) journal club<br />
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01-06 : Début du stage volontaire L2 de Jérémie Carabin (Science de la vie, biologie moléculaire) encadré par Julie Thompson, Olivier Poch<br />
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- 15/02 : (*) présentation du groupe B (N-Z)<br />
 
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- 13/02 : Soutenance d'HDR de Jean-Sébastien Sereni sur "Aspects algébriques de coloration de graphes :
 
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coloration fractionnaire et nombre de colorations"<br />
 
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- 22/02 : (*) réunion permanents<br />
 
  
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=== janvier 2018 ===
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=== Mai 2022 ===
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- 08/01 : Arrivée de deux stagiaires M2 SVD, Nicolas Scalzitti (encadrants Laetitia Poidevin et Olivier Poch) et Thomas Weber (encadrant Julie Thompson)<br />
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03-05 : Réunion Permanents <br />
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- 11/01 : (*) réunion des permanents (OJ: site web de l'équipe, retraite Bingidays, mise en place de sessions orales mensuelles pour que les étudiants et stagiaires présentent leur travail, appels à projets, CRBS) suivie de la galette des rois de l'équipe<br />
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10-05 : Réunion groupe A (A-K)<br />
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- 14-20/01 : Présentation de Pierre Collet aux journées thématiques sur les systèmes complexes naturels et artificiels, Rochebrune Megève<br />  
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17-05 : Réunion groupe B (H-N)<br />
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- 15/01 : Démarrage du projet ANR CoolMagEvo avec la société CoolTech et l'UMR 6508 CRISMAT à l'EnsiCaen.
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17-05 : Installation de nos serveurs au DataCenter <br />
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- 18/01 : (*) journal club<br />
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17-05 : Séminaire de Kirsley Chennen : Printemps de la donnée, les données dans la thèse, organisé par l'Université de Strasbourg et l'Université de Haute-Alsace  <br />
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- 18/01: Attribution d'un bourse de soutien du programme « Exploration Japon » de l'ambassade de France au Japon pour Pierre Parrend à l'occasion de sa mission à l'Université Shinshu (Nagano) et de son invitation comme speaker invité à la conférence ICAROB (Beppu), du 27/1/2018 au 6/2/2018<br />
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20-05 : Séminaire d'équipe 'une éthique pour le 21è siècle', Pierre Collet <br />
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- 19/01 : Colloque scientifique organisé en l'honneur de Raymond Ripp, à la Faculté de Médecine Strasbourg. Intervenants: Jean-Claude Thierry, ancien chargé de mission auprès du Département des Sciences du Vivant du CNRS ; Thierry Leveillard,Institut de la Vision ; Marc Ruff et Philippe Dumas, IGBMC<br />
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23-05 : Réunion de préparation du projet UnivOAK 2 (Julie Thompson)<br />
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- 21/01 : Départ à la Retraite de Raymond Ripp<br />
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24-05 : Soutenance de thèse d'Anna Leonteva 'Evolutionary and Quantum-inspired Algorithms for the Optimization of Magnetic Cooling Systems', co-encadré par Pierre Collet, Pierre Parrend et Anne Jeannin<br />
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- 22--26/01 : co-organisation et participation à l'[http://graphlimitslyon.sciencesconf.org/ école de recherche sur les limites de graphes] à l'E.N.S. Lyon, et co-organisation du [http://graphlimits2018.sciencesconf.org/ colloque associé] (29/01--02/02), F. Pirot & J.-S. Sereni<br />
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30-05 : Présentation au comité de suivi de thèse de Corention Meyer, co-encadré par Olivier Poch et Pierre Collet<br />
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31-05 : Réunion Permanents <br />
  
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=== décembre 2017 ===
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=== Avril 2022 ===
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- 01/12 : Arrivée de Clément Schreiner, doctorant (directeur de thèse, Pierre Collet)<br />
 
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- 01/12 : Arrivée d'Ulviya Abdulkarimova, doctorante (directeur de thèse Erik-André Sauleau, co-directeur Pierre Collet)<br />
 
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- 07/12 : (*) Journal Club.<br />
 
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- 08/12 : Présentation de Claudine Mayer "Structural insights in topoisomerase"<br />
 
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- 08/12 : Présentation de Jean-Sébastien Sereni&nbsp;: "Graph Theory: a touch of colouring"<br />
 
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- 11/12 : Soutenance de thèse de Pierre Willaume "Modélisation de formes 3D par les graphes pour leur reconnaissance. Application à la vision 3D en robotique dans des tâches de Pick-and-Place" (directrice de thèse Aline Deruyver)<br />
 
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- 12/12 : Soutenance d'HRD de Pierre Parrend " Emergent Industrial Ecosystems/Systèmes industriels émergents" (Garant Pierre Collet)<br />
 
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- 12--15/12 : Visite de W. Cames van Batenburg dans le cadre d'un P.H.C.&nbsp;van Gogh<br />
 
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- 18/12 : Fête de Noël de l'équipe<br />
 
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- 21/12 : Validation du Projet "CoolMagEvo" par l'ANR (projet de recherche collaborative - entreprise)<br />
 
  
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=== novembre 2017 ===
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01-04: fin du projet Freezer avec les étudiants de l'EPITA (outil de réaction en cas d'attaque informatique, qui permet d'empêcher la connexion de nouveaux utilisateurs, l'ouverture de nouveaux accès réseaux), encadrés par Pierre Parrend<br />
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- 02/11 : (*) Présentation du groupe A-M<br />
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04/08-04: Colloque en ligne « Directed Minors & Digraphs Structure Theory », organisé par J.-S. Sereni, R. Steiner & S. Wiederrecht dans le cadre du réseau « A Sparse (Graphs) Coalition »<br />
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- 05-08/11 : [https://www.irif.fr/~charbit/STRUCO/Meetings/2017-11-Strasbourg/index.html Colloque] du L.I.A. STRUCO à Strasbourg, co-organisé par P. Charbit & J.-S. Sereni.<br />
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05-04 : Réunion du comité de pilotage Mentorat en Alsace - Université de Strasbourg et Université de Haute Alsace (O. Lecompte)<br />
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- 06/11 : arrivée de Clémentine Leporcq, Quentin Rott et Thomas Weber, stagiaires M2 (encadrant Julie Thompson)<br />  
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05-04 : Réunion groupe A (A-K)<br />
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- 08-10/11 : Visite de F. Havet dans le cadre du L.I.A. STRUCO.<br />
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05-04 : Réunion avec l'équipe SDC (N. Lachiche, G. Frey) : analyse par graphes des réseaux biologiques<br />
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- 09/11 : (*) Journal Club<br />
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06-04 : Présentations de Dorine Merlat, Tuba Uslu, Thimothé Benoit et Antony Seyller dans le cadre des "Présentations des jeunes"<br />
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- 13/11 : arrivée de Laura Dutto, stagiaire Ingénieur ESBS (encadrant Odile Lecompte)<br />
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07-04 : Soumission au journal BMC Bioinformatics du manuscrit : "IMPatienT: an integrated web application to digitize, process and explore multimodal patient data; C. Meyer et al." <br />
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- 13/11 : Pierre Collet élu directeur du GIS Réseau National des Systèmes Complexes (RNSC)(CA-GIS du 13/11)<br />
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08-04 : Comité de pilotage Science Ouverte de l'Unistra (J. Thompson)<br />
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- 16/11 : (*) Présentation du groupe N-Z<br />
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12-04 : Article accepté dans Nucleic Acids Research : Nevers et al. 'The Quest for Orthologs orthology benchmark service in 2022'<br />
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- 21/11 : [https://4pfactory.wordpress.com/2017/09/21/4p-factory-workshop-21112017/ workshop] 4P Factory à Strasbourg, co-organisé par Pierre Parrend<br />
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12-04 : Journal Club<br />
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- 26-28/11 : Participation de Christian Michel au Kick off-Event CAMMBIO (Kompetenzzentrum für algorithmische und mathematische Methoden in der Biologie, Biotechnologie und Medizin) à Mannheim, Allemagne<br />
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14-04 : Article accepté dans BMC Genomics : Boštjančić LL et al.'Host-pathogen coevolution drives innate immune response to Aphanomyces astaci infection in freshwater crayfish: transcriptomic evidence'<br />
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- 29/11 : Journée Charles Hermite "[http://www.iecl.univ-lorraine.fr/%7EManfred.Madritsch/JCH2017/ Complexité&nbsp;:Théorie des graphes et théorie des nombres]", organisée par M. Madritsch, C. Raïssi, J.-S. Sereni et T. Stoll<br />
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19-04 : Réunion groupe B (L-Z)<br />
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- 30/11 : (*) Présentation du groupe A-M<br />
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20-04 : Réunion Institut Francais de Bioinformatique, GT Bioinfo Santé (K. Chennen, J. Thompson)<br />
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21-04 : Article accepté dans la conference AIAI2022 : Khodji et al. 'MERLIN: Identifying inaccuracies in Multiple Sequence Alignments using Object Detection'<br />
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22-04 : Présentations de posters aux ED days de l'ED des Sciences de la Vie et de la Santé (C. Rutz, C. Meyer)<br />
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25-04 : Première réunion de GT RDA (Research Data Alliance) Strasbourg (J. Thompson)<br />
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25-04 : Présentation de Quentin Christoffel, Nicolas Haas et Arthur Vogt dans le cadre des "Présentations des jeunes" <br />
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25/29-04 : Visite de Z. Dvořák & B. Moore (Université Charles de Prague, République tchèque)<br />
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28-04 : Réunion Société Urania Therapeutics-CSTB dans le cadre du dépôt de demande de la bourse CIFRE : "Développement d’un algorithme d’intelligence artificielle dédié aux thérapies de translecture : Application aux maladies génétiques rares" (25/04/2022) (N. Haas, K. Chennen, O. Poch) <br />
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29-04 : Première réunion de GT Données EST, RDG (Recherche Data Gouv) : projets 'Atelier de la donnée' (J. Thompson) <br />
  
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=== octobre 2017 ===
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=== Mars 2022 ===
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- 01/10 : Arrivée d'Audrey Defosset, doctorante, directrice de thèse Odile Lecompte<br />
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01-03 : Réunion Permanents <br />
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- 01/10 : Arrivée de Gopal Krishna Dila, doctorant, directeur de thèse Christian Michel<br />
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01-03 : Début du stage M2 de Henri Joel Azemena (Master de l'Université de Lorraine) encadré par Ali Ayadi<br />
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- 01/10 : Arrivée de François Pirot, doctorant, Directeur de thèse Miguel Couceiro, Université de Lorraine, 02/18 co-directeur de thèse Jean-Sébastien Sereni.<br />
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01-03 : Début de la thèse de Lena Bonassin - direction : O. Lecompte, co-direction : K. Theissinger (Francfort)<br />
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- 05/10 : (*) Présentation du groupe A-M<br />
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01-03 : Début de la thèse de Ljudevit Luka Boštjančić - direction : K. Theissinger (Francfort), co-direction : O. Lecompte<br />
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- 05/10 : Journée Pôle de Compétitivité au Palais Universitaire (Contact Projet Médecine Connectée, Anna Leonteva)<br />
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01-03 : Deux thèses démarreront en septembre 2022 en cotutelle avec l'Université ASOIU (Baku, Azerbaidjan)<br />
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- 11/10 : Meeting Projet Médecine Connectée, David Bruchlen ScienceMeUp<br />
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02-03 : Porjet RainRARE, reception des données de transcriptomique et analyse ((Wojciech Krezel, Kirsley Chennen)<br />
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- 12/10 : (*) Journal Club<br />
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08-03 : Réunion groupe A (A-M)<br />
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- 12/10 : 3 ANR déposées:  1 CSTB porteur, 2 partenaire<br />
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09-03 : Réunion Urania Therapeutics discussion sur les contours d'une bourse CIFRE (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Nicolas Hass, Jean-Paul Renaud)<br />
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- 13-15/10 :  Participation de l'équipe à la Fête de la Science à Strasbourg. Animation d'un stand sur "la nouvelle science des systèmes complexes" pour les scolaires et le grand public. Pierre Collet, Anne Jeannin-Girardon, Julio Navaro Lara, Yannis Nevers, Raymond Ripp.<br />
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11-03: acceptation d'une communication pour RESSI (Rendez-Vous de la Recherche et de l'Enseignement de la Sécurité des Systèmes d'Information)  'Teaching Machine Learning for Cybersecurity', Pierre Parrend<br />
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- 19/10 : (*) Présentation du groupe N-Z<br />
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14-03 : Réunion Discussion Participation CSTB à l'UE Master Omiques, Bioibfo, données de santé (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Agnes Bloch-Zupan)<br />
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- 23/10 : Meeting rare disease Linked Data and Ontology Task Force (LDOTF) Elixir 2<br />
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14-03 : Participation de O. Lecompte au jury d'HDR d'Anaïs Bardet, Université de Strasbourg<br />
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- 24-25/10 : Workshop Final ANR Infrastructure BIPBIP: Paris présentation WP/CSTB<br />
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15-03 : Journal Club<br />
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- 25-27/10 : 13th Biennial International Conference on Artificial Evolution, Paris. Participation de Pierre Collet, Anne Jeannin-Girardon, Pierre Parrend.<br />
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16-03 : Réunion NMD (Non-Sens mediated mRNA decay) - Thérapies de Translecture (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Nicolas Hass, Jean-Paul Renaud, Fabrice Lejeune)<br />
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22-03 : Réunion groupe B (N-Z)<br />
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23 et 24-03 : Kick-off meeting de l'ANR PRCI GEODE au LOEWE Centre for Translational Biodiversity Genomics (Francfort) (O. Lecompte, C Rutz, D Merlat)<br />
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23-03 : Participation de J. Thompson au jury d'HDR de Pierre Poulain, Université de Paris Diderot<br />
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24-03 : Soumission de l'ANR Correau sur la cybersécurité des réseaux d'eau (Pierre Parrend)<br />
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28-03 : Réunion avec plusieurs membres de Google Cloud pour discuter d'une éventuelle collaboration autour du projet OrthoInspector, et l'utilisation d'IA pour l'intégration de la structure 3D dans l'analyse des variants génétiques (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Arnaud Kress, Julie Thompson, Pierre Collet) <br />
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29-03 : Réunion Permanents<br />
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29-03 : Invitation au CAGI6 meeting (Challenge Critical Assessment of Genome Interpretation VIth version) suite aux prédiction fournies; résultats à venir<br />
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31-03 : Réunion avec Professeur Seiamak BAHRAM, PUPH Immunologie biologique, et Vincent Noblet, pour discuter d'une éventuelle collaboration autour d'un projet en analyse par IA des données multi-omiques (Julie Thompson, Olivier Poch, Pierre Collet).
  
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=== septembre 2017 ===
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=== Février 2022 ===
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- 01/09 : Arrivée de Jean-Sébastien Sereni, Chargé de Recherche CNRS, précédemment au LORIA (Nancy)<br />
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01-02 : (*) réunion des permanents <br />
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- 01/09 : Julie Thompson est F1000 Faculty member in Bioinformatics, Biomedical Informatics & Computational Biology (https://f1000.com/prime/thefaculty/member/499999771097522671)<br />
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08-02 : (*) présentation du groupe A (A-M) <br />
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- 01/09 : Participation de Pierre Collet au Global Positive Forum à Paris,sous le haut patronage du Président de la République.<br />
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15-02 : (*) Journal Club <br />
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- 05/09 : Keynote de Pierre Collet à la conférence KES 2017 à Marseille : http://kes2017.kesinternational.org/index.php<br />
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22-02 : (*) présentation du groupe B (N-Z) <br />
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- 06/09 : (*) présentation du groupe A-M<br />
 
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- 12/09 : Démarrage du projet HOPE avec présentation des projets Genida et Radar<br />
 
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- 14/09 : (*) Journal Club<br />
 
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- 14/09 : Présentation d'Anne Jeannin-Girardon sur "Estimation de paramètres pour la modélisation de réponses immunitaires" au séminaire SimCells à Brest<br />
 
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- 12-15/09 : Participation de Yannis Nevers à la conférence 13th [BC]2 Basel Computational Biology Conférence à Bâle<br />
 
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- 17-22/09 : Participation de Kirsley Chennen au BYOD "Rare Disease Registries" d'Elixir-Excelerate à Rome<br />
 
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- 21/09 : (*) présentation du groupe N-Z<br />
 
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- 25--29/09 : visite de Z. Dvo&#345;&aacute;k et J. Pekárek dans le cadre du L.I.A. STRUCO<br />
 
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- 28/09 : Pot de bienvenue pour l'arrivée de Jean-Sébastien Sereni, nouveau membre permanent et d'Audrey Defosset et Gopal Krishna Dila, doctorants. <br />
 
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- 28/09 : (*) réunion de rentrée des permanents<br />
 
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- 29/09 : Séminaire invité, Dr. Daniel T. Jones sur "Lean as management system for the future" Lean Enterprise Academy, Herefordshire, UK<br />
 
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- 29/09 : Soutenance de thèse de Pierre Masai sur "Modeling the lean organization as a complex system", Directeur de thèse, Pierre Collet<br />
 
  
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=== juillet 2017 ===
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28-02 : Début de stage M1S2 de Tuba Uslu (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadrée par Julie Thompson <br />
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- 03/07 : Arrivée d'un stagiaire 2année EPITECH, Maxime Grosjean (encadrant : Luc Moulinier)<br />
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28-02 : Début de stage fin d'étude de Souliman El Moussaoui (ECAM formation Data Science) encadrée par Julie Thompson, Kirlsey Chennen, Nicolas Scalzitti, collaboration Jean Muller, Laboratoire de diagnostic génétique, CHU de Strasbourg <br />
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- 03-06/07 : Participation de Yannis Nevers aux journées ouvertes en biologie, informatique et mathématiques et à la rencontre annuelle des jeunes bioinformaticiens à Lille<br />
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28-02 : Début de stage M1S2 de Timothé Benoît (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadré par Claudine Mayer <br />
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- 06-07/07: séminaire d'Olivier Poch au colloque "Traitement informatique de larges données en Biologies" à Tours.<br />
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28-02 : Début de stage M1S2 de Anthony Seyller (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadré par Claudine Mayer et Kirsley Chennen <br />
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- 11-17/07 : Présentation  de POEM à Taipei,Taïwan par Pierre Collet<br />
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28-02 : Début de stage de Khayala Gaybaliyeva, M2 Sciences de Données et Intelligence Artificielle, Université Franco-Azerbaidjanaise, encadrante Nathalie Al Makdessi<br />
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- 13/07 : Séminaire invité, Dr. Pascal Barbry, Directeur IPMC Sophia Antipolis sur : Regulation of multiciliogenesis by non coding RNAs<br />
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28-02 : Début de stage de Mahir Israyilov, M2 Sciences de Données et Intelligence Artificielle, Université Franco-Azerbaidjanaise, encadrants Ali Ayadi, Anne Jeannin-Girardon et Pierre Collet<br />
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- 16-22/07 : Participation de Catherine Guth et Anne Jeannin-Girardon à l'international school of deep learning à Bilbao, Espagne<br />
 
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- 17-25/07 : Déplacement de Pierre Collet à Osaka, Japon dans le cadre de la collaboration du projet EASEA Cloud<br />
 
  
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=== juin 2017 ===
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25-02 : Acceptation du projet RARETIA ANR-20-MRB-00XX-03 (ANR/Investissements d'Avenir: Accélérer la Recherche et l'innovation sur les maladies rares grâce aux bases de données)<br />
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- 08-10/06 : Participation d'Odile Lecompte au 5th international quest for orthologs meeting et au symposium on evolution of gene families, Los Angeles, CA, USA<br />
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18-02 : Réunions de travail avec SDC, CSIP, FEMTO-ST, Mob-ion et AAQIUS dans le cadre du projet AI-ReFuel  ANR 2022 (préparation d'une proposition détaillée pour le passage à la phase 2), Ali Ayadi coordinateur du projet.<br />
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- 12/06 : Pierre Collet anime une table ronde "Deep or wide? Analytics, personnel, and scientific inquiry in an era of disposable data" à la 7th Bioinformatics strategy meeting à Londres<br />
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21-02 : Réunion de préparation du projet Correau, ANR phase 2 (INRAE, Eurométropole, CNAM, ICube)<br />
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- 12/06 : Arrivée d'un stagiaire M1, Nicolas Scalzitti,  (encadrant : Raymond Ripp)<br />
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04-02 : Fin de projet MedCTF - application de gestion de données médicale pour challenge de cybersécurité, stage de Tayyip Gedik (encadrement Pierre Parrend) <br />
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- 12/06 : Arrivée d'un stagiaire Magistère 2, Fabien Delhomme (co-encadrant : Anne Jeannin Girardon)<br/>
 
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- 14/06 : (*) Journal Club et démo de POMEv2 par Isaac Abtosi et Pierre Collet<br />
 
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- 15/06 : Pierre Collet Associate Editor de l' ''Eurasia Journal of Mathematics, Science and Technology Education''. <br />
 
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- 20-26/06:  Présentation de POEM à Taipei,Taïwan par Isaac Abtosi et Pierre Collet<br />
 
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- 21-06 : Barbecue annuel de l'équipe<br />
 
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- 25-06 : Tutoriel portant sur le Deep Learning à la conférence IEEE NEWCAS'17 (Strasbourg) par Anne Jeannin<br/>
 
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- 26/06 : Arrivée d'un stagiaire de 2nd, Arthur Caillol (encadrant : Pierre Collet)<br />
 
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- 27/06 : soutenance mi-these de Julio Navarro Lara et Fabio Guigou <br />
 
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- 27/06 : (*) réunion des permanents (OJ : nouveau CR en septembre, CRBS, actualités des différents projets...)<br />
 
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- 28/06 : soutenance mi-thèse de Yannis Nevers, directrice de thèse Odile Lecompte<br />
 
  
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=== mai 2017 ===
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16-02 : Soumission d'un pre-proposal "Development of new analytic tools and pathways to accelerate diagnosis and facilitate diagnostic monitoring of rare diseases" au AP European Joint Programme Rare Diseases, en collaboration avec Amélie Piton, IGBMC. <br />
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- 03/05 : (*) présentation du groupe A-M<br />
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16-02 : Soumission d'un pre-proposal "RAinMARK : New tools and predictive markers for better patient care and treatment solutions in MCOPS12" au AP European Joint Programme Rare Diseases, en collaboration avec Wojciech KREZEL, IGBMC. <br />
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- 08-12/05: Présentations de Pierre Willaume et Aline Deruyvere à la 15e IAPR International Conference on Machine Vision Applications à Nagoya, Japon.<br />
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09-02 : soumission d'une réponse au Appel à manifestation d’intérêt - Chaire de professeur junior "GROOT: atlas of Gene RepertOire evOluTion", Odile Lecompte <br />
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- 10-12/05 : 1er workshop 'Bring Your Own Data" BOYD sur "Cilipathies resources in Strasbourg" de l'infrastructure Européenne Elixir, (http://www.elixir-europe.org/events/bring-your-own-data-byod-workshop-ciliopathies-resources) organisé à Strasbourg par K. Chennen, O. Poch et J. Thompson, avec la participation des experts du nœud suisse.<br />
 
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- 17/05 : (*) Journal Club<br />
 
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- 22/05 : Arrivée d'un stagiaire 1ère année ingénieur ESBS,  Birger Lenz (encadrant Raymond Ripp)<br />
 
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- 24/05 : (*) présentation du groupe N-Z<br />
 
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- 30/05 : (*) réunion des permanent (OJ : CRBS, BBQ, divers)<br />
 
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- 31/05 : Présentations de Dylan Durand, stagiaire DUT (encadrant J. Thompson) et de Yasmina Jaafra, doctorante (co-directrice: Aline Deruyver)<br />
 
  
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=== avril 2017 ===
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02/03-02 : Organisation des réunions <em>Coalition Café</em> (en ligne) par S. Cambie, R. J. Kang, J.-S. Sereni & Y. Yuditski.<br />
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- 03/04 : Arrivée d'un stagiaire DUT, Dylan Durand (encadrant J. Thompson)<br />
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07/11-02 : visite de J. Volec (Czech Technical University, République tchèque). <br />
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- 05/04 : (*) présentation du groupe A-M <br />
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10-02 : Exposé de J. Volec au séminaire de calcul stochastique (IRMA) : <em>Graph limits, common graphs and Sidorenko's conjecture</em>. <br />
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- 12/04 : (*) Journal Club <br />
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23-02 : Réunion avec Laurence Choulier (faculté de pharmacie) pour discuter d'une co-direction de thèse possible (Quentin Rott), Julie Thompson, Odile Lecompte <br />
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- 14/04 : Date du BYOD Ciliopathies (Bring Your Own Data) Strasbourg : 10-12 Mai (http://www.elixir-europe.org/events/bring-your-own-data-byod-workshop-ciliopathies-resources)<br />
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24-02 : Réunion avec Prof. Bourcier et Emilia Koestel, Ophtalmologue, CHU de Strasbourg pour discuter d'une collaboration possible suite au projet Myo-XIA, avec Corentin Meyer, Julie Thompson, Olivier Poch, Pierre Collet <br />
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- 20/04 : Publication acceptée "Insights into ciliary genes and evolution from multi-level phylogenetic profiling" Nevers et al. Molecular Biology and Evolution<br />
 
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- 21/04 : Arrivée de Yasmina Jaafra, doctorante (co-directeurs de thèse : Aline Deruyver ; Mohamed Saber Naseur de l'Université de La Manouba, Tunisie)<br />
 
−
- 25/04 : workshop "système immunitaires" organisé par Pierre Parrend au CSTB, présentations de Véronique Thomas-Vaslin, Julio Navarro Lara, Fabio Guigou, Pierre Masai.<br />
 
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- 25/04 : (*)réunion des permanents (OJ: CRBS, BICS, IFB, BYOD Strasbourg)<br />
 
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- 28/04 : participation d'Olivier Poch et Julie Thompson à la réunion IFB-Elixir "projet H2025" à l'Institut Pasteur à Paris<br />
 
  
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=== Mars 2017 ===
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=== Janvier 2022 ===
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- 04/03 : Publication acceptée "MyGeneFriends: a social network linking genes, genetic diseases and researchers"  A. Allot et al.Journal of Medical Internet Research<br />
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03-01 : Début du stage M2S4 de Dorine Merlat (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadrée par O. Lecompte <br />
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- 06/03 : Intégration de Claudine Mayer, Institut Pasteur (Professeur associé)<br />  
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03-01 : Début du stage M2S4 de Nicolas Haas (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadré par O. Poch et K. Chennen <br />
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- 07/03 : séminaire de Kirsley Chennen au Swiss Institute of Bioinformatics de Genève sur "Bioanalyses & software development in the field of rare disease: initiatives for the deciphering of the ciliary function and cilipathies". Recherche de nouveaux partenaires dans le cadre de l'organisation des BYODs de l'infrastructure Elixir-Excelerate.<br />  
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03-01 : Début du stage M2S4 de Arthur Vogt (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadré par C. Mayer <br />
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- 08/03 : conférence  de Christian Michel sur la bioinformatique théorique aux enseignants ISN de l'Académie de Strasbourg <br />  
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03/07-01 : Participation (en ligne) de J.-S. Sereni au colloque <em>Graph Theory</em> à Oberwolfach (Allemagne) <br />
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- 08/03 : (*) présentation du groupe A-M <br />
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11-1: Lancement de la thèse de Julien Michel sur le projet Damiage, direction de thèse Pierre Parrend (programme RAPID, porté par l'EPITA) <br />
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- 13/03 : Arrivée de deux stagiaires M1 BSBB, Nicolas Scalzitti et d'Asmaoul Housnat SA Thaoubane,  (encadrant Julie Thompson)<br />  
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11-01 : (*) présentation du groupe A (A-M) <br />
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- 13/03 : Arrivée d'une stagiaire M1 BSBB, Sarah Djeddi (encadrant Odile Lecompte)<br />  
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11-01 : Assemblée Générale de l'IFB, pour discuter de la prochaine feuille de route 2022-2027 <br />
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- 13/03 : Arrivée d'un stagiaire classe 2nd, Remi Schilling (encadrant Anne Jeannin) <br />  
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17-01 : Participation d'O. Lecompte au meeting organisé par le consortium européen ERGA (European Reference Genome ATlas)<br />
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- 15/03 : (*) Journal Club <br />
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18-01 : (*) Journal Club <br />
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- 20/03 : Arrivée d'un stagiaire L3 informatique, Paul-Armand Michaud (encadrant Pierre Collet)<br />
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18/19-01 : Meeting Institut de Myologie Paris; Projet: IA et base de connaissances multi-niveaux pour le diagnostic des myopathies congénitales (Corentin Meyer/Olivier Poch/Kirsley Chennen)<br />
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- 22/03 : (*) présentation du groupe N-Z <br />
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20-01 : Réunion préparatoire écriture projet European Joint Programme RARE DISEASES (Olivier Poch/Kirsley Chennen)<br />
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- 28/03 : (*) Réunion permanents  (OJ : Budget, BYOD, ANR au 2ème tour, Bilan sorties) <br />
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21-01 : Réunion avec la société CInflows e-solutions for medical workflows, sur l'utilisation de l'IA pour la détermination de la taille de valves cardiaques et sur l'anonymisation de fichiers médicaux<br>
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- 28/03 : (*) Kickoff meeting projet ANR DUNE EOLE <br />
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24-01 : Réunion avec la société Urania Therapeutics, sur la création d'une base de connaissances dédiées aux thérapies des maladies génétiques à faux-sens technologie des molécules de 'Read-Through' au sein des ribosomes (Olivier Poch/Kirsley Chennen/Nicolas Haas)<br />
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25-2: session de travail 'Détection d'anomalies dans les réseaux' avec les doctorants et post-doctorants de Réseau (Cristel Pelsser) et CSTB (Pierre Parrend)<br />
 +
25-01 : (*) présentation du groupe B (N-Z)<br />
 +
27-01 : Présentation de Lalla Aicha Koné et Yohan Solon dans le cadre des "Présentations des jeunes"<br />
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31-01 : réunion de préparation du projet RDG AMI Atelier de la donnée (Julie Thompson)<br />
  
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=== Février 2017 ===
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[https://cstb.icube.unistra.fr/index.php/ArchivesActualit%C3%A9s Archive des actualités]
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- 08/02 : (*) présentation du groupe A-M <br />
 
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- 13/02 : Article accepté pour une conférence internationale, Pierre Willaume <br />
 
−
- 13/02 : Arrivée du stagiaire Nestor Demeure Ingénieur ENSIIE (encadrant Anne Jeannin-Girardon) <br />
 
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- 14/02 : Séminaire interne sur : "Systèmes immunitaires artificiels", présentations de Pierre Parrend, Anne Jeannin, Pierre Masai, Fabio Guigou, Julio Navarro Lara<br />
 
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- 15/02 : (*) Journal Club <br />
 
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- 22/02 : (*) présentation du groupe N-Z <br />
 
−
 
 
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=== Janvier 2017 ===
 
−
'''(*)A partir du 1er janvier 2017 les réunions d'équipe hebdomadaires se dérouleront le mercredi à 13h30 et les réunions des permanents tous les derniers mardis du mois à 13h30.'''<br />
 
−
- 02/01 : arrivée de la stagiaire M2 Viviane Nguefack Ngoune (encadrant Julie Thompson)<br />
 
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- 03/01 : arrivée de la stagiaire M2 Audrey Defosset (encadrant Odile Lecompte)<br />
 
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- 11/01 : (*) présentation du groupe A-M et la galette des rois <br />
 
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- 18/01 : (*) Journal Club <br />
 
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- 19/01 : 3 Appels à Projets Internes ICube 2017 retenus pour le CSTB en inter-équipes dont un en porteur de projet : <br />
 
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Germinal center modeling, (CSTB/SMH), Anne Jeannin CSTB, porteur du projet.<br />
 
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Optim'R BICS (MIV/CSTB/plateforme BICS)<br />
 
−
Cartes concentriques multi-valuées (IGG/CSTB)<br />
 
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- 24/01 : Thèse en informatique de Karim El Soufi sur :"Study of circular code motifs in nucleic acid sequences", sous la direction de Christian Michel <br />
 
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- 24/01 : Présentation de Yannis Nevers à la journée de rencontres autour de la bioinformatique organisée par la plateforme BIstrO de l'IFB <br />
 
−
- 25/01 : (*) présentation du groupe N-Z <br />
 
−
- 25/01 : Présentation de Pierre Collet sur "Les systèmes complexes : une nouvelle science née au XXe siècle" dans le cadre des conférences de l'IREM.<br />
 
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- 30/01 : Publication <br />
 
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Proteome evolution of deep-sea hydrothermal vent alvinellid polychaetes supports the ancestry of thermophily and subsequent adaptation to cold in some lineages. Fontanillas E, Galzitskaya OV, Lecompte O, Lobanov MY, Tanguy A, Mary J, Girguis PR, Hourdez S, Jollivet D. Genome Biology and Evolution (2017) evw298
 
−
 
 
−
=== DECEMBRE 2016 ===
 
−
- 06/12 : Présentation de Yannis Nevers sur les protéomes complets disponibles.<br />
 
−
- 07/12 : Présentation de Julio Navarro Lara au SSCI (Symposium Series on Computational Intelligences) à Athènes.<br />
 
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- 08/12 : Présentation de Pierre Willaume au SSCI (Symposium Series on Computational Intelligences) à Athènes. <br />
 
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- 08/12 : Présentation aux "BioWin days" à Louvain-la-Neuve, BELGIQUE (Anne Jeannin-Girardon, Pierre Collet et Olivier Poch). <br />
 
−
- 13/12 : Présentation de Kirsley Chennen sur l'installation d'un web sémantique au CSTB dans le contexte du projet Elixir.<br />
 
−
- 14/12 : Projet ANR DUNE EOLE accepté. CSTB est partenaire pour POEM.<br />
 
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- 15/12 : Fête de Noël du CSTB et du Laboratoire de Génétique Médicale.<br />
 
−
 
 
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=== NOVEMBRE 2016 ===
 
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- 02/11 : Arrivée de 2 stagiaires Master 2 BSBB pour le stage d'un mois : Audrey Fosset (encadrant Odile Lecompte) et Vincent Zilliox (encadrant Julie Thompson) <br />
 
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- 08/11 : (*) Présentation des travaux, groupe A-M <br />
 
−
- 14/11 : Yannis Nevers est le nouveau représentant des doctorants du CSTB <br />
 
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- 14/11 : Intégration de Catherine Guth (MCF associé) <br />
 
−
- 15/11 : Matinée de présentations "deep learning et réseaux de neurones" <br />
 
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- 15/11 : (*) Journal Club <br />
 
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- 16/11 : Retour de Salma Aouled El Haj Mohamed pour 2 mois (co-directeur de thèse Julie-Thompson) <br />
 
−
- 16/11 : Yannis Nevers a organisé un rassemblement JeBiF pub à Strasbourg <br />
 
−
- 18/11 : Séminaire invité (Julie Thompson), journée Big Data du Master de Bioinformatique, Université de Rennes<br/>
 
−
- 22/11 : (*) Présentation des travaux, groupe N-Z <br />
 
−
- 25/11 : Présentations des projets des deux apprentis Master2 ILC, Alexandre Bruyant et Marc Haegelin <br />
 
−
- 25/11 : Présentation du CSTB devant les DAS CNRS (Olivier Poch) <br />
 
−
- 28/11 : Elixir conf-call avec Kirsley Chennen, Olivier Poch et Julie Thompson <br />
 
−
- 28/11 : Présentation du CSTB aux nouveaux entrants d'ICube (Olivier Poch) <br />
 
−
- 29/11 : Séminaire d'Anne Jeannin, Pierre Parrend et Pierre Collet au colloque du réseau ImmuniComplexIT à Paris <br />
 
−
- 29/11 : (*) Réunion permanents  (OJ : CR de la présentation du CSTB devant les DAS du CNRS; site web: points à améliorer; besoins en informatique; précisions sur le nouveau bâtiment)<br />
 
−
 
 
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=== OCTOBRE 2016 ===
 
−
- 04/10 : (*) Présentation des travaux, groupe A-M<br />
 
−
- 12/10 : (*) Journal Club<br />
 
−
- 13-14/10 : Présentation de POEM au ministère lors des journées [http://www.sup-numerique.gouv.fr/cid105404/les-strategies-du-numerique-dans-l-enseignement-superieur-en-france-et-a-l-international.html Stratégies du Numérique dans l'Enseignement Supérieur, en France et à l'International] au Ministère. La présentation de 15mn peut être visionnée [http://www.canal-u.tv/video/dgesip_a_mipnes/stratnum_j2_9a_des_approches_numeriques_inscrites_dans_l_adn_de_l_europe_revoir_le_direct_1ere_partie.25363 ici].<br />
 
−
- 14/10 : Thèse en bioinformatique de Kirsley Chennen "Maladies rares et 'Big Data' : solutions bioinformatiques vers une analyse guidée par les connaissances" sous la co-direction d'Olivier Poch & Hélène Dollfus''<br />
 
−
- 15-16/10 : Participation à la Fête de la Science à Strasbourg. Animation d'un stand par Pierre Collet, Anne Jeannin, Pierre Parrend <br />
 
−
- 18/10 : (*) Présentation des travaux, groupe N-Z<br />
 
−
- 24/10 : (*) TéléConférence ELIXIR --> Discussions avancées pour obtenir un futur BYOD (Bring Your Own Data) à Strasbourg <br />
 
−
- 25/10 : (*) Réunion permanents  (OJ : bilan des ANR déposées; bilan des futurs arrivées; mise au point projet Elixir)<br />
 
−
- 25/10 : Thèse en médecine de Yvan Herenger (ancien stagiaire) ''Cataractes congénitales génétiques : apport du séquençage haut débit dans le diagnostic et la prise en charge''<br />
 
−
 
 
−
=== SEPTEMBRE 2016 ===
 
−
- 01/09 : Arrivée d'Anne Jeannin, maître de conférence à l'Université de Strasbourg<br />
 
−
- 02/09 : Pot de bienvenue pour l'arrivée d'Anne Jeannin et la promotion de Pierre Collet au grade de PRCE<br />
 
−
- 05-07/09 : Présentation de Pierre Masai à la 20ème conférence KES 2016 à York, UK
 
−
<br />
 
−
- 12/09 : Réunion de gouvernance du CRBS, Olivier Poch<br />
 
−
- 20/09 : (*) Présentation des travaux, groupe A-M<br />
 
−
- 20-23/09 : Présentation d'un poster par Yannis Nevers au 20th Evolutionary Biology Meeting à Marseille <br />
 
−
- 21/09 : Arrivée de deux apprentis Master2 ILC, Alexandre Bruyant et Marc Haegelin<br />
 
−
- 22/09 : Journée d'échange CSTB avec le  Dr. Partap Chauhan autour du projet modélisation médecine Ayurvedique<br />
 
−
- 23/09 : Deux articles acceptés pour des conférences internationales, Pierre Willaume et Julio Navarro Lara<br />
 
−
-26/09  : Reprise des téléconférences mensuelles dans le cadre du projet H2020 "Elixir Excelerate"<br />
 
−
- 27/09 : (*) Présentation des travaux, groupe N-Z<br />
 
−
- 28/09 : Visite du Dr. Christian Rolando de l'Université de Lille dans le cadre du projet de Master 2 de Marc Haegelin<br />
 
−
- 30/09 : Journée BIONICS organisée par Pierre Parrend au CSTB<br />
 
−
 
 
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=== AOUT 2016 ===
 
−
 
 
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=== JUILLET 2016 ===
 
−
- 08/07 : A la Une de L'Actu n°126 de l'Université de Strasbourg, édition du 08/07/2016.<br />
 
−
Hélène Gass, stagiaire Master2 en bioinformatique, classée 4e au championnat du monde 2016 d'apnée (16x 50m). Double championne de France 2015 (record et médaille d'or)<br />
 
−
 
 
−
=== JUIN 2016 ===
 
−
- 01/06 : Arrivée stagiaire L3 Laurine Huber (Encadrant Pierre Collet)<br />
 
−
- 02/06 : Réunion IGMA sur l'informatique du CRBS (Centre de Recherche en Biomédecine de Strasbourg)<br />
 
−
- 07/06 : Présentation du projet UFAZ (Université franco-azerbaïdjanaise) par la présidence (Pierre Collet co-recteur)<br />
 
−
- 07/06 : (*) Réunion des permanents (OJ: préparation des réunions hebdomadaires ; point sur l'avancement du rapport HCERES ; dates à trouver pour le BBQ annuel de l'équipe et la journée SONIC)<br />
 
−
- 14/06 : (*) Présentation des travaux, groupe A<br />
 
−
- 15/06 : (*) Réunion des permanents HCERES "strategies & perspectives scientifiques"<br />
 
−
- 15/06 : Arrivée stagiaire (stage observation) Mickaël Wagner (Encadrant Olivier Poch)<br />
 
−
- 21/06 : (*) Journal Club<br />
 
−
- 23/06 : Soutenance mi-thèse Salma Aouled El Haj Mohamed (co-directeur de thèse Julie-Thompson)<br />
 
−
- 23/06 : Conseil scientifique de l'ECAM (Olivier Poch)<br />
 
−
- 28/06 : Présentation de Yannis Nevers aux Journées ouvertes en biologie informatique et mathématiques (JOBIM) à Lyon du 28 au 30 juin. Participation de Salma Aouled El Haj Mohamed.<br />
 
−
- 27/06 : Présentation mi-parcours de Fantin Mesny (stagiaire d'Odile Lecompte) "Analyse d'interaction des réseaux protéiques"<br />
 
−
- 28/06 : Barbecue annuel de l'équipe<br />
 
−
- 30/06 : Promotion de Pierre Collet au grade de PRCE<br />
 
−
 
 
−
=== MAI 2016 ===
 
−
- 03/05 : (*) Réunion des permanents (OJ : préparation des réunions hebdomadaires ; budgets alloués et dépenses de l'équipe; 1ère version du rapport HCERES)<br />
 
−
- 10/05 : (*) Présentation des travaux, groupe A <br />
 
−
- 11-13/05 : Evaluation ingénieurs INRA (LEAN philosophie, tableau de bord des compétences EPST, message constructif à l'ingénieur) (Olivier Poch) <br />
 
−
- 12/05 : Classement en n°1 d'Anne Jeannin sur un poste MCF pour l'équipe<br />
 
−
- 17/05 : (*) Journal Club, présentation de Yann Hode (doctorant d'Aline Deruyver)<br />
 
−
- 17/05 : Arrivée Stagiaire ESBS, Fantin Mesny (Encadrant Odile Lecompte)<br />
 
−
- 19/05 : Validation du financement de la thèse de Cédric Pupka par la société SYNOVO <br />
 
−
- 19/05 : Validation du financement d'un apprenti par la fondation N-Light (gestion de la cohorte JIVA Ayurveda)<br />
 
−
- 19/05 : (*) réunion des permanents : HCERES-SWOT <br />
 
−
- 24/05 : (*) Présentation des travaux/résultats, groupe B<br />
 
−
- 30/05 : Arrivée Stagiaire BTS Mickaël Joly (Encadrant, Raymond Ripp)<br />
 
−
- 31/05 : Présentation de Fantin Mesny (stagiaire d'Odile Lecompte) "Analyse de listes de gènes en bioinformatique"<br />
 
−
 
 
−
=== AVRIL 2016 ===
 
−
- 05/04 : (*) Réunion des permanents (OJ : préparation des réunions hebdomadaires ; bilan des présentations stagiaires/concours/mi-thèse à venir)<br />
 
−
- 07/04 : Cours sur les codes circulaires dans les gènes à l'Ecole des Jeunes Chercheurs en Informatique Mathématiques (EJCIM 16) (Christian Michel)<br />
 
−
- 12/04 : (*) Présentation des travaux, groupe A <br />
 
−
- 19/04 : (*) Journal Club, présentations rapides de publications jugées intéressantes<br />
 
−
- 26/04 : (*) Présentation des travaux, groupe B<br />
 
−
- 28/04 : Visite Introduction à la recherche (étudiants de L3)<br /> 
 
−
- 29/04 : Présentations aux quatrièmes journées scientifiques de la Fédération de Médecine Translationnelle Strasbourg (FMTS) de: <br />
 
−
:::Carlos Bermejo Das Neves : "MODEX: An artificial intelligence engine designed for systems biomedicine" <br /> Yannis Nevers : "Prediction and characterization of ciliary proteins by comparative genomics"<br />
 
−
 
 
−
- '''Publications''' :<br />
 
−
'''1) Standardized benchmarking in the quest for orthologs.'''<br />
 
−
:''Altenhoff AM, Boeckmann B, Capella-Gutierrez S, Dalquen DA, DeLuca T, Forslund K, Huerta-Cepas J, Linard B, Pereira C, Pryszcz LP, Schreiber F, da Silva AS, Szklarczyk D, Train CM, Bork P, Lecompte O, von Mering C, Xenarios I, Sjölander K, Jensen LJ, Martin MJ, Muffato M; Quest for Orthologs consortium, Gabaldón T, Lewis SE, Thomas PD, Sonnhammer E, Dessimoz C.''
 
−
:<u>Nat Methods. 2016 [Epub ahead of print]</u><br />
 
−
'''2) Identification of an Alternative Splicing Product of the Otx2 Gene Expressed in the Neural Retina and Retinal Pigmented Epithelial Cells.'''<br />
 
−
:''Kole C, Berdugo N, Da Silva C, Aït-Ali N, Millet-Puel G, Pagan D, Blond F, Poidevin L, Ripp R, Fontaine V, Wincker P, Zack DJ, Sahel JA, Poch O, Léveillard T.''<br /><u>PLoS One. 2016;11(3):e0150758.</u> <br /><br />
 
−
 
 
−
=== MARS 2016 ===
 
−
'''''A partir de mars les réunions d'équipe hebdomadaires se dérouleront le mardi à 14h00 . L'ordre des présentations des groupes reste inchangé.''''' <br />
 
−
'''''Programmation des réunions des permanents tous les premiers mardis du mois à 14h00.'''''<br />   
 
−
 
 
−
- 01/03 : (*) Réunion des permanents (OJ : préparation des réunions hebdomadaires ; liste des points à aborder à la réunion préparatoire de l'HCERES le 03 mars ; bilan des entrées/sorties au CSTB ; bilan des financements<br />
 
−
- 03/03 : (*) Réunion préparatoire de l'HCERES <br />
 
−
- 03/03 : réunion préparation de l'HCERES, bilan sur le wiki CSTB<br />
 
−
- 08/03 : ELIXIR All Hands meeting Barcelone 7-9 Mars (participants Julie Thompson/Olivier Poch) <br />
 
−
:::https://www.elixir-europe.org/events/elixir-all-hands-2016<br />
 
−
- 08/03 : (*) Présentation des travaux, groupe A<br />
 
−
- 11/03 : présentation Systèmes immunitaires artificiels par Cédric Pupka vendredi à 14h (Encadrant Pierre Parrend)<br />
 
−
- 15/03 : Arrivée Stagiaire Anna Leontova (Encadrant Julie Thompson)<br />
 
−
- 15/03 : (*) Présentation des travaux, groupe B<br />
 
−
- 16/03 : 4P Factory workshop, 4P-Factory e-room + Grand Amphi de Math Unistra (Pierre Parrend)  <br /> 
 
−
:::https://4pfactory.wordpress.com/4p-factory-workshop-2016-program/<br />
 
−
- 17/03 : Meeting Bilan Annuel de l'ANR Infrastructure BIPBIP à Strasbourg au CSTB Faculté de Médecine (25 participants)  <br />
 
−
- 21/03 : Visite de Amy Gooch (Université de Durham) (du 21/03 au 01/04)<br />
 
−
- 22/03 : Présentation mi-parcours des 3 stagiaires M2 BSBI<br />
 
−
- 25/03 : « Science Days » de SANOFI - Journée "L’innovation scientifique au service des patients"<br />
 
−
:::Présentation  Poster VarScrut Centre de Congrès, Le Port-Marly (78) (Olivier Poch)<br />
 
−
- 29/03 : (*) Journal Club, présentations rapides de publications jugées intéressantes<br />
 
−
- Déplacement de Pierre Collet à Bakou pour le montage d'une nouvelle université, l'Université Franco-Azerbaïdjanaise (UFAZ)<br />
 
−
- Finalisation du volume Springer Proceedings in Complexity ''First Complex Systems Digital Campus World E-Conference 2015'' (Edits P.Bourgine, P.Collet, P.Parrend).<br />
 
−
- '''2 Papiers acceptés à CEC et Gecco :''' <br />
 
−
- CEC'16: Author(s):  ''Jean Meunier, Julier Rohmer, Dominique Knittel and Pierre Collet''<br />
 
−
:::Title: Metaheuristic Based Battery Control Optimization of a Photovoltaic System with Grid Connexion<br />
 
−
- GECCO'16: Author(s): ''N. Hamze, P. Collet, and C. Essert''<br />
 
−
:::Title: Introducing Pareto-based MOEA to Neurosurgery Preoperative Path Planning<br />
 
−
 
 
−
=== FEVRIER 2016 ===
 
−
- 04/02 : (*) Réunion des permanents (OJ : préparation des réunions hebdomadaires ; bilan des activités de janvier : a- CR ComDir Icube du 01/02, b- CR AG IFB du 26/01 ; Finances/appels d'offre ; Divers)<br />
 
−
- 10/02 : (*) Présentation des travaux, groupe A<br />
 
−
- 12/02 : réunion SATT Connectus, Licence VarScrut<br />
 
−
- 17/02 : (*) Journal Club, présentations rapides de publications jugées intéressantes<br />
 
−
- 22/02 : Arrivée Stagiaire Master Cédric Pupka (Encadrant Pierre Parrend)<br />
 
−
- 24/02 : (*) Présentation des travaux, groupe B<br />
 
−
- 25/02 : AG ICube<br />
 
−
- 2 ANR sur 3 ont passé la phase 1
 
−
- '''papier EvoBio accepté''':
 
−
:::Authors: ''Elise Rosati, Morgan Madec, Abir Rezgui, Quentin Colman, Nicolas Toussaint, Christophe Lallement, Pierre Collet''
 
−
:::Title: Application of Evolutionary Algorithms for the Optimization of Genetic Regulatory Networks
 
−
 
 
−
=== JANVIER 2016 ===
 
−
Les réunions d'équipe hebdomadaires du mercredi se dérouleront le Jeudi à partir de Janvier.<br />
 
−
L'ordre des présentations des groupes reste inchangé.<br />
 
−
- 04/01 : Arrivée Stagiaire Master2 Hélène Gass (Encadrant Julie Thompson)<br />
 
−
- 04/01 : Arrivée Stagiaire Master2 Morgane Gilg (Encadrant Julie Thompson)<br />
 
−
- 06/01 : (*) Réunion des permanents du CSTB (OJ: debriefing des Bingi Days Retraite de l'équipe les 10 et 11 décembre, Maison des Associations Strasbourg ; Préparation HCERES; Financements)<br />
 
−
- 11/01 : Arrivée Stagiaire Master2 Vanessa Fernandes-Cardoso (Encadrant Olivier Poch)<br />
 
−
- 13/01 : Présentation skype de Salma Aouled El Haj<br />
 
−
- 18/01 : (*) Réunion budget, regroupement et identification des informations en prévision de l'HCERES<br />
 
−
- 20/01 : (*) Présentation des travaux, groupe A<br />
 
−
- 22/01 : présentation des chaires et Unitwin UNESCO-Unistra à l'Institut Lebel (Pierre Collet)<br />
 
−
- 25-26/01 : Assemblée générale de l'institut français de bioinformatique, participation aux ateliers sur les modèles économiques des plateformes et sur la rentabilité de la participation au projet Infradev "Elixir Excelerate" (Olivier Poch)<br />
 
−
- 27/01 : présentation d'Alexis Allot (ancien thésard)<br />
 
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- 28/01 : (*) Présentation des travaux, groupe B<br />
 
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=== ***** 2015  ***** ===
 
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- 09-11/12/2015 : Bingi Days, retraite CSTB à la Maison des Associations, place des Orphelins<br />
 
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- 09/10/2015 : Alexis ALLOT a soutenu sa thèse en bioinformatique.<br />
 
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- 08/10/2015 : Carlos BERMEJO DAS NEVES a soutenu sa mi-thèse en bioinformatique.<br />
 
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- 01/10/2015 : Arrivées des premiers stagiaires / étudiants de la thèmatique SONIC dans les locaux de la Faculté de Médecine.<br />
 
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==== Décembre====
 
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- 02/12 : Troisième réunion préparatoire des permanents de l'équipe CSTB<br />
 
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- 9-11/12 : Bingi Days, retraite CSTB <br />- 16/12 : Présentation de Nicolas Lachiche ‘clowdflows : an open sourced cloud based platform for composition, execution, and sharing of interactive machine learning and data mining workflows’.<br />
 
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==== Novembre====
 
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- 04/11 : Seconde réunion préparatoire des permanents de l'équipe CSTB<br />
 
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- 19/11 : Journal club (articles à déposer pour mardi soir)<br />
 
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- 27/11 : Présentation des travaux, groupe A<br />
 
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==== Octobre====
 
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- 07/10 : Première réunion préparatoire des permanents de l'équipe CSTB<br />
 
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- 14/10 : Première réunion de toute l'équipe CSTB<br />
 
−
- 21/10 : Journal club (articles à déposer pour mardi soir)<br />
 
−
- 28/10 : Présentation des travaux, groupe B<br />
 
  
 
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Version actuelle datée du 1 juin 2022 à 15:41

Vie de l'équipe

Réunions d'équipe (*) Dates fixées à partir du 1er janvier 2022 - Début des réunions à 13:30

1er mardi du mois : Réunion groupe A (A-G)
2ème mardi du mois : Réunion groupe B (H-N)
3ème mardi du mois : Réunion groupe C (O-Z)
4ème mardi du mois : Réunion Permanents

Le dernier jeudi du mois à 14:00 : Présentations des "Jeun's" pour préparation aux oraux suivies de questions (2 à 3 présentations de 12 min pour stagiaires et doctorants 1ère et 2ème année, 20 min pour doctorants 3ème année).

Juin 2022

01-06 : Début du stage volontaire L2 de Inès Wurch (Science de la vie, biologie moléculaire) encadré par Julie Thompson, Nicolas Scalzitti et Corentin Meyer
01-06 : Début du stage volontaire L2 de Jérémie Carabin (Science de la vie, biologie moléculaire) encadré par Julie Thompson, Olivier Poch

Mai 2022

03-05 : Réunion Permanents
10-05 : Réunion groupe A (A-K)
17-05 : Réunion groupe B (H-N)
17-05 : Installation de nos serveurs au DataCenter
17-05 : Séminaire de Kirsley Chennen : Printemps de la donnée, les données dans la thèse, organisé par l'Université de Strasbourg et l'Université de Haute-Alsace
20-05 : Séminaire d'équipe 'une éthique pour le 21è siècle', Pierre Collet
23-05 : Réunion de préparation du projet UnivOAK 2 (Julie Thompson)
24-05 : Soutenance de thèse d'Anna Leonteva 'Evolutionary and Quantum-inspired Algorithms for the Optimization of Magnetic Cooling Systems', co-encadré par Pierre Collet, Pierre Parrend et Anne Jeannin
30-05 : Présentation au comité de suivi de thèse de Corention Meyer, co-encadré par Olivier Poch et Pierre Collet
31-05 : Réunion Permanents

Avril 2022

01-04: fin du projet Freezer avec les étudiants de l'EPITA (outil de réaction en cas d'attaque informatique, qui permet d'empêcher la connexion de nouveaux utilisateurs, l'ouverture de nouveaux accès réseaux), encadrés par Pierre Parrend
04/08-04: Colloque en ligne « Directed Minors & Digraphs Structure Theory », organisé par J.-S. Sereni, R. Steiner & S. Wiederrecht dans le cadre du réseau « A Sparse (Graphs) Coalition »
05-04 : Réunion du comité de pilotage Mentorat en Alsace - Université de Strasbourg et Université de Haute Alsace (O. Lecompte)
05-04 : Réunion groupe A (A-K)
05-04 : Réunion avec l'équipe SDC (N. Lachiche, G. Frey) : analyse par graphes des réseaux biologiques
06-04 : Présentations de Dorine Merlat, Tuba Uslu, Thimothé Benoit et Antony Seyller dans le cadre des "Présentations des jeunes"
07-04 : Soumission au journal BMC Bioinformatics du manuscrit : "IMPatienT: an integrated web application to digitize, process and explore multimodal patient data; C. Meyer et al."
08-04 : Comité de pilotage Science Ouverte de l'Unistra (J. Thompson)
12-04 : Article accepté dans Nucleic Acids Research : Nevers et al. 'The Quest for Orthologs orthology benchmark service in 2022'
12-04 : Journal Club
14-04 : Article accepté dans BMC Genomics : Boštjančić LL et al.'Host-pathogen coevolution drives innate immune response to Aphanomyces astaci infection in freshwater crayfish: transcriptomic evidence'
19-04 : Réunion groupe B (L-Z)
20-04 : Réunion Institut Francais de Bioinformatique, GT Bioinfo Santé (K. Chennen, J. Thompson)
21-04 : Article accepté dans la conference AIAI2022 : Khodji et al. 'MERLIN: Identifying inaccuracies in Multiple Sequence Alignments using Object Detection'
22-04 : Présentations de posters aux ED days de l'ED des Sciences de la Vie et de la Santé (C. Rutz, C. Meyer)
25-04 : Première réunion de GT RDA (Research Data Alliance) Strasbourg (J. Thompson)
25-04 : Présentation de Quentin Christoffel, Nicolas Haas et Arthur Vogt dans le cadre des "Présentations des jeunes"
25/29-04 : Visite de Z. Dvořák & B. Moore (Université Charles de Prague, République tchèque)
28-04 : Réunion Société Urania Therapeutics-CSTB dans le cadre du dépôt de demande de la bourse CIFRE : "Développement d’un algorithme d’intelligence artificielle dédié aux thérapies de translecture : Application aux maladies génétiques rares" (25/04/2022) (N. Haas, K. Chennen, O. Poch)
29-04 : Première réunion de GT Données EST, RDG (Recherche Data Gouv) : projets 'Atelier de la donnée' (J. Thompson)

Mars 2022

01-03 : Réunion Permanents
01-03 : Début du stage M2 de Henri Joel Azemena (Master de l'Université de Lorraine) encadré par Ali Ayadi
01-03 : Début de la thèse de Lena Bonassin - direction : O. Lecompte, co-direction : K. Theissinger (Francfort)
01-03 : Début de la thèse de Ljudevit Luka Boštjančić - direction : K. Theissinger (Francfort), co-direction : O. Lecompte
01-03 : Deux thèses démarreront en septembre 2022 en cotutelle avec l'Université ASOIU (Baku, Azerbaidjan)
02-03 : Porjet RainRARE, reception des données de transcriptomique et analyse ((Wojciech Krezel, Kirsley Chennen)
08-03 : Réunion groupe A (A-M)
09-03 : Réunion Urania Therapeutics discussion sur les contours d'une bourse CIFRE (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Nicolas Hass, Jean-Paul Renaud)
11-03: acceptation d'une communication pour RESSI (Rendez-Vous de la Recherche et de l'Enseignement de la Sécurité des Systèmes d'Information) 'Teaching Machine Learning for Cybersecurity', Pierre Parrend
14-03 : Réunion Discussion Participation CSTB à l'UE Master Omiques, Bioibfo, données de santé (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Agnes Bloch-Zupan)
14-03 : Participation de O. Lecompte au jury d'HDR d'Anaïs Bardet, Université de Strasbourg
15-03 : Journal Club
16-03 : Réunion NMD (Non-Sens mediated mRNA decay) - Thérapies de Translecture (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Nicolas Hass, Jean-Paul Renaud, Fabrice Lejeune)
22-03 : Réunion groupe B (N-Z)
23 et 24-03 : Kick-off meeting de l'ANR PRCI GEODE au LOEWE Centre for Translational Biodiversity Genomics (Francfort) (O. Lecompte, C Rutz, D Merlat)
23-03 : Participation de J. Thompson au jury d'HDR de Pierre Poulain, Université de Paris Diderot
24-03 : Soumission de l'ANR Correau sur la cybersécurité des réseaux d'eau (Pierre Parrend)
28-03 : Réunion avec plusieurs membres de Google Cloud pour discuter d'une éventuelle collaboration autour du projet OrthoInspector, et l'utilisation d'IA pour l'intégration de la structure 3D dans l'analyse des variants génétiques (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Arnaud Kress, Julie Thompson, Pierre Collet)
29-03 : Réunion Permanents
29-03 : Invitation au CAGI6 meeting (Challenge Critical Assessment of Genome Interpretation VIth version) suite aux prédiction fournies; résultats à venir
31-03 : Réunion avec Professeur Seiamak BAHRAM, PUPH Immunologie biologique, et Vincent Noblet, pour discuter d'une éventuelle collaboration autour d'un projet en analyse par IA des données multi-omiques (Julie Thompson, Olivier Poch, Pierre Collet).

Février 2022

01-02 : (*) réunion des permanents
08-02 : (*) présentation du groupe A (A-M)
15-02 : (*) Journal Club
22-02 : (*) présentation du groupe B (N-Z)

28-02 : Début de stage M1S2 de Tuba Uslu (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadrée par Julie Thompson
28-02 : Début de stage fin d'étude de Souliman El Moussaoui (ECAM formation Data Science) encadrée par Julie Thompson, Kirlsey Chennen, Nicolas Scalzitti, collaboration Jean Muller, Laboratoire de diagnostic génétique, CHU de Strasbourg
28-02 : Début de stage M1S2 de Timothé Benoît (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadré par Claudine Mayer
28-02 : Début de stage M1S2 de Anthony Seyller (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadré par Claudine Mayer et Kirsley Chennen
28-02 : Début de stage de Khayala Gaybaliyeva, M2 Sciences de Données et Intelligence Artificielle, Université Franco-Azerbaidjanaise, encadrante Nathalie Al Makdessi
28-02 : Début de stage de Mahir Israyilov, M2 Sciences de Données et Intelligence Artificielle, Université Franco-Azerbaidjanaise, encadrants Ali Ayadi, Anne Jeannin-Girardon et Pierre Collet

25-02 : Acceptation du projet RARETIA ANR-20-MRB-00XX-03 (ANR/Investissements d'Avenir: Accélérer la Recherche et l'innovation sur les maladies rares grâce aux bases de données)
18-02 : Réunions de travail avec SDC, CSIP, FEMTO-ST, Mob-ion et AAQIUS dans le cadre du projet AI-ReFuel ANR 2022 (préparation d'une proposition détaillée pour le passage à la phase 2), Ali Ayadi coordinateur du projet.
21-02 : Réunion de préparation du projet Correau, ANR phase 2 (INRAE, Eurométropole, CNAM, ICube)
04-02 : Fin de projet MedCTF - application de gestion de données médicale pour challenge de cybersécurité, stage de Tayyip Gedik (encadrement Pierre Parrend)

16-02 : Soumission d'un pre-proposal "Development of new analytic tools and pathways to accelerate diagnosis and facilitate diagnostic monitoring of rare diseases" au AP European Joint Programme Rare Diseases, en collaboration avec Amélie Piton, IGBMC.
16-02 : Soumission d'un pre-proposal "RAinMARK : New tools and predictive markers for better patient care and treatment solutions in MCOPS12" au AP European Joint Programme Rare Diseases, en collaboration avec Wojciech KREZEL, IGBMC.
09-02 : soumission d'une réponse au Appel à manifestation d’intérêt - Chaire de professeur junior "GROOT: atlas of Gene RepertOire evOluTion", Odile Lecompte

02/03-02 : Organisation des réunions Coalition Café (en ligne) par S. Cambie, R. J. Kang, J.-S. Sereni & Y. Yuditski.
07/11-02 : visite de J. Volec (Czech Technical University, République tchèque).
10-02 : Exposé de J. Volec au séminaire de calcul stochastique (IRMA) : Graph limits, common graphs and Sidorenko's conjecture.
23-02 : Réunion avec Laurence Choulier (faculté de pharmacie) pour discuter d'une co-direction de thèse possible (Quentin Rott), Julie Thompson, Odile Lecompte
24-02 : Réunion avec Prof. Bourcier et Emilia Koestel, Ophtalmologue, CHU de Strasbourg pour discuter d'une collaboration possible suite au projet Myo-XIA, avec Corentin Meyer, Julie Thompson, Olivier Poch, Pierre Collet

Janvier 2022

03-01 : Début du stage M2S4 de Dorine Merlat (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadrée par O. Lecompte
03-01 : Début du stage M2S4 de Nicolas Haas (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadré par O. Poch et K. Chennen
03-01 : Début du stage M2S4 de Arthur Vogt (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadré par C. Mayer
03/07-01 : Participation (en ligne) de J.-S. Sereni au colloque Graph Theory à Oberwolfach (Allemagne)
11-1: Lancement de la thèse de Julien Michel sur le projet Damiage, direction de thèse Pierre Parrend (programme RAPID, porté par l'EPITA)
11-01 : (*) présentation du groupe A (A-M)
11-01 : Assemblée Générale de l'IFB, pour discuter de la prochaine feuille de route 2022-2027
17-01 : Participation d'O. Lecompte au meeting organisé par le consortium européen ERGA (European Reference Genome ATlas)
18-01 : (*) Journal Club
18/19-01 : Meeting Institut de Myologie Paris; Projet: IA et base de connaissances multi-niveaux pour le diagnostic des myopathies congénitales (Corentin Meyer/Olivier Poch/Kirsley Chennen)
20-01 : Réunion préparatoire écriture projet European Joint Programme RARE DISEASES (Olivier Poch/Kirsley Chennen)
21-01 : Réunion avec la société CInflows e-solutions for medical workflows, sur l'utilisation de l'IA pour la détermination de la taille de valves cardiaques et sur l'anonymisation de fichiers médicaux
24-01 : Réunion avec la société Urania Therapeutics, sur la création d'une base de connaissances dédiées aux thérapies des maladies génétiques à faux-sens technologie des molécules de 'Read-Through' au sein des ribosomes (Olivier Poch/Kirsley Chennen/Nicolas Haas)
25-2: session de travail 'Détection d'anomalies dans les réseaux' avec les doctorants et post-doctorants de Réseau (Cristel Pelsser) et CSTB (Pierre Parrend)
25-01 : (*) présentation du groupe B (N-Z)
27-01 : Présentation de Lalla Aicha Koné et Yohan Solon dans le cadre des "Présentations des jeunes"
31-01 : réunion de préparation du projet RDG AMI Atelier de la donnée (Julie Thompson)

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