Activites 2021

Activités de l'équipe en 2021 | Archives | Année courante

Activités scientifiques des membres

06-08/12 : Retraite scientifique
10/12 : Keynote de Pierre Collet à la conférence "2021 IEEE International Conference on Electronic Communications, Internet of Things and Big Data", Taiwan
10/12 : Bilan final du projet SmartFlow : Analyse de données en flux pour la détection d’anomalies dans le bâtiment intelligent (axe transverse IFUI), Pierre Parrend
10/12 : Lancement du projet API xAD (eXplainable Detection Anomaly), porteur Ali Ayadi
10/12 : Lancement du projet AMAT "Analyse Méthodologique des différentes approches d'Apprentissage automatique dans le contexte de la réponse à un Traitement : cancer du sein HER2- positive", API ICuben porteur Nathalie Al Makdessi

22/11 : Participation à l'Open Access Week de l'Université de Strasbourg, Julie Thompson

08/10 : Réunion du projet SmartFlow (GAIA-Axe transerse IFUI)
15/10 : Meeting CSTB - Institut de Myologie Paris Projet Myo-XIA 80|Prime CNRS IA
21/10 : Réunion d'axe transverse IFUI. Présentation 'Trusted AI for the cybersecurity of critical systems', Pierre Parrend
26/10 : Kick-off meeting Projet ANR CilRet-Pass Paris
27/10 : Présentation du papier 'VizNN: Visual Data Augmentation with Convolutional Neural Networks for Cybersecurity Investigation', par Pierre Parrend et Al. à UR-AI-2021, Upper-Rhine Artificial Intelligence Symposium 2021, Kaiserslautern.

20/09 : Kick off meeting du projet INSERM-ANR CIL-RET PASS
27/09 : Réunion FRANCE-COHORTE pour la définition des besoins dans le cadre du projet INSERM-ANR RaReTIA : a pilot Artificial Intelligence project for Rare Retinal Diseases
30/09 : Participation au International Challenge for CAGI (Critical Assessment of Genome Interpretation) sur la base de l'IA MISTIC, participation de Thomas Weber, Kirsley Chennen et Olivier Poch

02/08 : Participation d'Odile Lecompte au congrès Quest for Orthologs 2021 (Francfort)
24/08 : Lancement du projet Sec&Graph pour l'analyse comportementale pour la cybersécurité avec Majed Jaber (Liban)
25/08 : Bilan intermédiaire du projet SmartFlow (API IFUI). Validation des applications de suivi des capteurs IBat, supervision réseau (SmartNet) et impact environnemental

06/07 : Participation de Thomas Weber et Nicolas Scalzitti à JOBIM 2021

03/06 : Création d'un club d'informatique quantique à l'UFR Mathématique et Informatique.
11/06 : Présentation Luc Negroni; responsable de la plateforme protéomique IGBMC et stagiaire IFB dans l'équipe/plateforme BIGGEST-ICube
16/06 : Participation de Thomas Weber et Nicolas Scalzitti à la 12e édition de la conférence "Young Researchers in Life Sciences"

21/05 : Réunion SmartFlow du projet d'axe transverse IFUI / plates-formes InetLab+GAIA
25/05 : 1ère réunion sur le sujet 'Cybersécurité, graphes et IA'

06/04 : Réunion projet EUCOR Quantum Machine Learning
08/04 : Organisation d'un tutoriel sur l'optimisation quantique.
15/05 : Exposé « The rendezvous problem: the cost of breaking symmetry », séminaire de mathématiques discrètes, Karlsruher Institut für Technologie, donné par J.-S. Sereni.
19/04 : Participation de Thomas Weber et Nicolas Scalzitti aux "Journées du Campus d'Illkirch".
20/04 : Participation de Nicolas Scalzitti au Data Science and Artificial Intelligence workshop d'ICube.
21/04 : Présentation d'un ePoster par Thomas Weber, Christelle Rutz et Nicolas Scalzitti aux Doctoral School Days 2021.
22/04 : Présentation d'un ePoster par Thomas Weber et Nicolas Scalzitti aux 8èmes journées de la Fédération de Médecine Translationnelle Strasbourg (FMTS).
28/04 : Présentation d'un ePoster par Thomas Weber et Nicolas Scalzitti à 'IGBMC-FMI Graduate Student 2021 Symposium'.

08-12/03 : Colloque en ligne « Entropy Compression and Related Methods », organisé par R. J. Kang & J.-S. Sereni dans le cadre du réseau « A Sparse (Graphs) Coalition ».

22-26/02 : Participation (J.-S. Sereni) au colloque en ligne « Generalized coloring numbers and friends », organisé dans le cadre du réseau « A Sparse (Graphs) Coalition ».
26/02 : Présentation/cours d'Olivier Poch dans le cadre du double cursus Médecine-Sciences sur : Nouvelles technologies : L’avenir de la bioinformatique en médecine.

04-08/01 : Participation de Célia Enderlin, Corentin Meyer et Romain Ohrand à la online Winter School AI 4 Health, organisée par le Health Data Hub et les Instituts interdisciplinaires d'IA de Paris, Nice et Grenoble.
21/01 : Kickoff meeting de l'ITI HealthTech

Visiteurs

21/09 : Séminaire au CRBS : "La génétique clinique prend son envol" de David Cox invité par le CSTB.

04/05 : Séminaire invité de Vincent Liard, Université Lumière Lyon 2.
06/05 : Séminaire invité d'Alexandra Fronville, maître de conférence au LaTIM (Laboratoire de traitement de l'information médicale) à Brest, sur : "Des mathématiques à la Biologie : de la morphogenèse au cancer comprendre le contrôle de la croissance par la matrice extra-cellulaire".
25/05 : Séminaire Luc Negroni, responsable plateforme protéomique IGBMC: "Du spectre de masse aux dataframes: force et faiblesse de l'analyse protéomique".

06/04 : Séminaire invité de Thomas Paris, Université de Lorraine, sur "Co-simulation process: Case study on NetLogo integration".

23/03 : Séminaire de Ali Ayadi

Doctorats

10/12: Soutenance de thèse de Sarah Djeddi "Identification de mécanismes pathologiques et thérapeutiques de myopathies congénitales par analyse intégrée d’omiques" co-dirigée par Julie Thompson et Jocelyn Laporte
15/12 : Soutenance de thèse de Thomas Weber "Nouvelles méthodes d’évaluation des variations génétiques via une approche bioinformatique : application aux maladies humaines." encadrée par Kirsley Chennen et dirigée par Olivier Poch

02/11 : Arrivée de Tam'si Ley, doctorant en informatique quantique, co-direction Pierre Collet, Johannes Schachenmayer, ISIS

01/10 : Arrivée de Quentin Christoffel, doctorant ED MSII, directrice de thèse Aline Deruyver

02/09 : Soutenance de la thèse d'Ulviya Abdulkarimova "SINUS-IT: an evolutionary approach to harmonic analysis" co-dirigée par Christian Rolando (Université de Lille, laboratoire MSAP) et Pierre Collet
29/09 : Soutenance de la thèse de Nicolas Scalzitti "Nouvelle stratégie d'annotation des génomes par l'utilisation d'algorithmes d'intelligence artificielle" co-dirigée par Julie Thompson et Pierre Collet

01/07 : comité de suivi de thèse de Soumaya Sellaouti qui est en co-tutelle avec l’université de Tunis, encadrée par Aline Deruyver et Saber Naceur

04/06 : Comité de Suivi de Thèse de Corentin Meyer sur le projet MYO-xIA avec la participation du Dr. Jocelyn Laporte, Dr. Cecilia Zanni-Merk et Dr. Claudine Mayer.
24/06 : Comité de suivi de thèse de C Rutz (Co-direction : O Lecompte et K Theissinger)

26/05 : Comité de Suivi de Thèse de Célia Enderlin sur le projet DeepFold avec la participation de la Dre Julie Thompson et du Pr Alexandre Ourjoumtsev.

Stages

09/11 : Arrivée de Lucille Herbay en stage M2 Biologie Structurale Intégrative et Bioinformatique (encadrante : Julie Thompson / Hiba Khodji)
09/11 : Arrivée de Dorine Merlat en stage M2 Biologie Structurale Intégrative et Bioinformatique (encadrante : Odile Lecompte)
09/11 : Arrivée de Nicolas Haas en stage M2 Biologie Structurale Intégrative et Bioinformatique (encadrants : Olivier Poch / Kirsley Chennen)
15/11 : Arrivée d'Appoline Dubois en stage 3ème année ESBS (encadrantes : Odile Lecompte / Christelle Rutz)

04/10 : Livraison du projet Cybergraph, logiciel d'analyse de cybersécurité par graphes (stage Unistra financé dans le cadre COVID)

26/08 : Soutenance de M2 de Julien Michel (encadrement Pierre Parrend)

01/07 : Arrivée de Dorine Merlat en stage volontaire M1 Biologie Structurale Intégrative et Bioinformatique (encadrante : Odile Lecompte)

01/06 : Arrivée de Léonardo Nassabain (M1 SDSC) en stage (modélisation d'événements climatiques). Encadrement Pierre Collet
01/06 : Arrivée de Clément Ligneul (L3 informatique) en stage (interface EASEA / GAIA). Encadrement Pierre Collet / Anne Jeannin-Girardon
01/06 : Arrivée de Baptiste Rostalski (L3 informatique) en stage (étude de la conjecture de Syracuse). Encadrement Pierre Collet
01/06 : Arrivée de Julien Duprat (L3 informatique) en stage (calcul quantique). Encadrement Pierre Collet
01/06 : Arrivée de Léo Cheneau (L3 informatique) en stage (calcul quantique). Encadrement Pierre Collet
01/06 : Arrivée de Saidanur Sideifzada (L3 informatique UFAZ) en stage (modélisation d'événements climatiques et de correspondance DXA-échographie pour l'évaluation de la masse musculaire). Encadrement Pierre Collet
30/06 : Arrivée de Soumaya Sellaouti à Strasbourg pour 4 mois encadrée par Aline Deruyver

31/05 : Arrivée de Dorine Merlat stagiaire M1 SdV, Biologie structurale intégrative et bio-informatique, Université de Strasbourg (31/05 au 16/07/21), encadrante Odile Lecompte.

08/04 : Arrivée de Luc Negroni, stagiaire DU BII, Université Paris-Diderot (08/04 au 31/05) encadrante Julie Thompson.
14/04 : arrivée de William Boehler, stagiaire M2 informatique, Sciences et ingénierie des réseaux, de l'internet et des systèmes, Université de Strasbourg (14/04 au 30/099/21), encadrant Pierre Parrend.

01/03 : Arrivée de Dorine Merlat, stagiaire M1 SdV, BSIB (01/03 au 16/04/21), encadrante Odile Lecompte.
01/03 : Arrivée de Nicolas Haas, stagiaire M1 SdV, BSIB (01/03 au 16/04/21), encadrante Odile Lecompte.
01/03 : Arrivée de Lucille Herbay, stagiaire M1 SdV, BSIB (01/03 au 16/04/21), encadrante Julie Thompson.
15/03 : Arrive de Raed Alwan, stagiaire M2 maths et applis parcours maths de l'info, cryptographie, Université de Rennes (15/03 au 15/09/21), encadrant Rabih Amhaz.

15/02 : Arrivée de Quentin Christoffel, stagiaire M2 informatique, sciences des données et systèmes complexes (15/02 au 30/07/21), encadrante Anne Jeannin.
22/02 : Arrivée de Julien Michel, stagiaire M2 informatique, sciences des données et systèmes complexes (22/02 au 30/07/21), encadrant Pierre Parrend.

04/01 : Arrivée de Selim Turan, stagiaire M2, SdV BSIB (04/01-28/05/21), encadrant Olivier Poch.
26/01 : Arrivée de Ursula Houessou, stagiaire M2, ESBS (26/01-26/06/21), co-encadrement Julie Thompson, ICube et Amelie Piton, IGBMC.
27/01 : Arrivée de Lalla-Aicha Koné, doctorante mauritanienne de l'Université de Nouakchott en co-direction avec Pierre Collet

Activités administratives

01/12 : Nomination de Julie Thompson comme chargée de mission 'Données et ouverture des données de recherche' pour l'Unistra
15/12 : Soumission du projet Strasbourgeois pour répondre à l'AMI ADLD (Atelier de la Donnée), participation de Julie Thompson

02/11 : Dépôt des projets ANR HyQo (Pierre Collet : Hybrid Quantum Optimization, Sinusit, FAR2M), (Anne Jeannin : ALLIANCE), ...
10/11 : Participation à la réunion pour préparer l'AMI Ateliers de la Donnée (ADLD), Julie Thompson
29-30/11 : Participation au Centre de données astronomiques de Strasbourg(CDS) Scientific Council Meeting, Julie Thompson

05/10 : Deuxième réunion de préparation pour l'HCERES
15/10 : Acceptation du projet GEODE (Genome Evolution of Decapods) ANR PRCI (Coordinatrice : O. Lecompte, collaboration avec le LOEWE Centre for Translational Biodiversity Genomics, Francfort)
20/10 : Dépôt projet AI-ReFuel dans le cadre de l'appel à projets générique ANR 2022 (PRCE) : "Conception de commandes assistées par intelligence artificielle pour l'amélioration de l'autonomie et de la durée de vie des véhicules légers à pile à combustible en zone urbaine"
26/10 : Participation à la réunion du Comité de Pilotage, Science ouverte de l'Unistra (J. Thompson)
28/10 : Lancement d'un Projet de stage 'AI for anomaly detection case of cracks on pavement images', par Rabih Amhaz avec l'UFAZ à Baku, Azerbaïdjan.

17/09 : Première réunion de préparation pour l'HCERES

01/07 : Élection de Claudine Mayer au Comité National (CoNRS) section 20 (membre A2)
26/07 : Acceptation du projet "RaReTIA : the French Rare Eye Diseases Database (FREDD) for Retinitis Pigmentosa phenotype/genotype research: a pilot Artificial Intelligence project" dans le cadre de l’appel à manifestations d’intérêt INSERM/ANR « Accélérer la recherche et l’innovation sur les Maladies Rares grâce aux bases de données ».

14/06 : Dépôt projet PLGG-PREV3-REPRO (gliomes pédiatriques) dans le cadre APPEL À PROJETS 2021 INSERM Recherche en Prévention : "Apport de la biologie" Recherche fondamentale et translationnelle
18/06 : Obtention d'une bourse de thèse ministère par Quentin Christoffel sur le sujet : "Réduction des incertitudes de modèles d’apprentissage automatique par introduction de connaissances" 20/06 : Le passage en phase II du projet RaReTIA (dans le cadre ACCELERER LA RECHERCHE ET L’INNOVATION SUR LES MALADIES RARES GRACE AUX BASES DE DONNEES) et son audition en grand oral le 07/07/2021

06/05 : Dépot Projet "Glioblastomes Pédiatriques à mutations BRAF v600e", Olivier Poch partenaire AAP Alsace Cancer.

22/04 : Dépôt Projet "RaReTiA : Designing a novel French Rare Eye Diseases Database (FREDD) for phenotype- genotype research in the field of Retinitis Pigmentosa: RaReTiA a pilot artificial intelligence project." Olivier Poch partenaire ANR INVESTISSEMENTS D'AVENIR ACCÉLÉRER LA RECHERCHE ET L’INNOVATION SUR LES MALADIES RARES.
26/04 : Dépôt Projet GEODE (Genome Evolution of Decapods) ANR PRCI (Coordinatrice : O. Lecompte, collaboration avec le LOEWE Centre for Translational Biodiversity Genomics, Francfort)

19/03 : Projet CIL-RET PASS, lauréat de l'AAP Maladies Rares 2020 dans le cadre du programme d'Investissement d'Avenir. Olivier Poch, partenaire du projet.
26/03 : Discussion avec laa société QuantFi pour transférer une thèse CIFRE du LRI à ICUBE

Divers

16/12 : Démonstration du logiciel de détection d'attaques par graphe Cybergraphe (Pierre Parrend)

02/11 : Validation de la plateforme POEM par la vice-présidence de l'UNISTRA pour intégration à Moodle
18/11 : Visite de sécurité de nos locaux

19/10 : Inauguration du CRBS

01/09 : Arrivée de Ali AYADI comme maître de conférences à l'Université de Strasbourg, IUT Robert Schuman
07/09 : Arrivée de Nathalie Al Makdessi comme Enseignante Chercheuse à l'ECAM Strasbourg

17/08 : démonstration de CyberGraph, outil d'identification d'attaques de cybersécurité (stage William Boehler, encadrement Pierre Parrend)

16/07: démonstration de l'application Cyber-AI / Intelligence Artificielle pour la cybersécurité, stages de Christopher Gauger et Marie-Solène Saint Paul (EPITA)

03/06 : Validation de l'arrivée de Cécilia Zanni-Merk en tant que membre associée extérieure de l'équipe.

27/04 : Nicolas Scalzitti a obtenu le prix de la meilleure présentation lors de l'édition 2021 des Journées du Campus d'Illkirch qui s'est déroulée le lundi 19 avril pour sa communication orale sur: New strategies for genome annotation using deep learning algorithm.
27/04 : Nicolas Scalzitti a obtenu le second prix pour son poster "A new strategy for genome annotation using a deep learning algorithm" aux journées de l'Ecole Doctorale 21-22 avril 2021 (Strasbourg, France).

01/02 : Laetitia Poidevin, est candidate pour être la représentante du personnel ICube aux réunions CLHSCT « commission hygiène et sécurité et conditions de travail » du CRBS.

Vie de l'équipe

Réunions d'équipe

Dates fixées à partir du 1er janvier - Début des réunions à 13:30

1er mardi du mois : Réunion groupe A (A-M)
2ème mardi du mois : Journal Club
3ème mardi du mois : Réunion groupe C (N-Z)
4ème mardi du mois : Réunion Permanents

Session "Jeun's"

Le dernier jeudi du mois à 14:00 : Présentations des "jeunes" pour préparation aux oraux suivies de questions (2 à 3 présentations de 12 min pour stagiaires et doctorants 1ère et 2ème année, 20 min pour doctorants 3ème année).

25/11 : (*) Session "Jeun's" Présentation de Naser Ghannad.
29/04 : (*) Session "Jeun's" Présentation de Thomas Weber travaux thèse, Ursula Houessou et Julien Michel travaux stage.
26/03 : (*) Session "Jeun's" Présentation de Christelle Rutz travaux thèse, Sélim Turan et Dorine Merlat travaux stage.
25/02 : (*) Session "Jeun's" Présentation en anglais d'Arnaud Buzon, de Célia Enderlin et Nicolas Scalzitti sur leur sujet de thèse, résultats et papiers obtenus/réalisés.
28/01 : (*) Session "Jeun's" Présentation d'Amani Abou Rida et Corentin Meyer sur leurs projets de thèse et les travaux réalisés.

02/07 : BBQ de l'équipe au plan d'eau du Baggersee