Activites 2020
Activités de l'équipe en 2020 | Archives | Année courante
Activités scientifiques des membres
01/12 : Soutenance HDR de Salma Mesmoudi sur "Résolution de problèmes et intégration de données multi-échelle et multi-source : approche géométrique et dynamiques complexes", Pierre Collet garant scientifique.
07-12/12 : Participation de Célia Enderlin à la online conference on Thirty-fourth Neural Information Processing Systems, USA.
18/11: Présentation de Célia Enderlin au workshop AI for Healthcare ICube-IHU sur : DeepFold : deep learning for protein fold recognition.
03/09 : Visio projet ELIXIR RAinRARE
31/08-02/09 : Participation de Kirsley Chennen à la formation de l'Institut Français de Bioinformatique sur les principes FAIR appliqués à la bioinformatique, Paris
07/07 : workshop AICS (Artificiel Intelligence and Complex Systems) organisé par Pierre Parrend.
8-12/07 : Participation d'Anna Leonteva et Romain Orhand à la Genetic and Evolutionary Computation Conférence, Visioconférence Cancun.
24/06 : Participation d'Olivier Poch au colloque/visioconférence organisé par la fondation des maladies rares sur : "Enjeux et Défis de la Recherche dans les maladies rares. Comprendre pour développer des traitements".
30/06-03/07 : participation de Laetitia Poidevin aux journées ouvertes de biologie informatique et mathématiques (JOBIM 2020) Visioconférence Montpellier.
-Projet COVID-19 et projets associés, courant Avril:<br />
- Collaboration N. Entz (Strasbourg): Etude infection SARS-COV2 dans une cohorte pédiatrique alsacienne → Re-Dépôt ANR/ARC/Armée... en Avril<br />
- Collaboration J.E. Mejia (Toulouse): Adaptation SARS-COV2 à la souris → Début des analyses séq/structure → Ecriture Projet en cours<br />
- Collaboration C. ISEL-GRIFFITHS (Paris): Création base de données sur Réassortiment/Evolution des génomes viraux; cas test: Influenza<br />
- Collaboration A. Laprie (Strasbourg): Fédération/FAIRification bases de connaissances en cancérologie → En attente<br />
15-17/04 : Présentation d'un poster par Dila Gopal sur "Circular code and the genetic code" au 48th European Mathematical Genetics Meeting 2020, Lausanne. Vidéo-conference organisée par l'Université de Lausanne.
16-21/02 : Déplacement de Jean-Sébastien Sereni à l'Université Libre de Bruxelles, chez G. Joret, dans le cadre du partenariat Hubert Curien Tournesol.
19/02 : Séminaire « Around the Petersen colouring conjecture », Université Libre de Bruxelles, J.-S. Sereni.
19-25/01 : Participation de Nicolas Scalzitti et Pierre Collet à l'EC Rochebrune sur les systèmes complexes naturels et artiticiels, Megève.
19-25/01 : Romain Ohrand, co-organisateur de l'EC Rochebrune sur les systèmes complexes naturels et artiticiels, Megève.
27/01 : Présentation d'Audrey Defosset sur: "Multi-level phytogenetic profiling with BLUR" lors de la rencontre Bioinformatique de Strasbourg. Participation de Julie Thompson, Luc Moulinier, Arnaud Kress.
27/01 : Kickoff Meeting du projet de séquençage du génome de l'écrevisse noble à Landau. Participantes : Odile Lecompte et Christelle Rutz
Visiteurs
02-04/03 : Visite de M. Teegen (Univ. Hambourg, Allemagne) au CSTB.
13/03 : Visite du Dr K. Theissinger, de C Francesconi et de L. Boštjančić (Univ. Coblence-Landau, Allemagne) pour une réunion de travail sur le projet Astacus (avec O. Lecompte et L. Poidevin)
05/02 : Visite de R. Diestel (Univ. Hambourg, Allemagne) à CSTB.
07/02 : Visite de R. Diestel (Univ. Hambourg, Allemagne) à CSTB.
07/02 : Intervention de Anne Jeannin-Girardon à la table ronde "Intelligence Artificielle et Démocratie" dans le cadre du Jardin des Sciences (Bischwiller)
Doctorats
11/12 : Soutenance de thèse de Martin Starman sur "Codes circulaires dans l'évolution du code génétique", Directeur de thèse Christian Michel.
01/11: Arrivée d'Hiba Khodji, doctorante ED MSII, co-directeurs de thèse Pierre Collet, Julie Thompson.
02/11: Arrivée de Lalla Aicha Koné, doctorante ED MSII, directeur Pierre Collet en cotutelle avec l'Université de Mauritanie Al Aasria (codirecteur Ahmedou Haouba).
02/11: Arrivée d'Ahmed Abdi Sidi Ahmed, doctorant ED MSII, directeur Pierre Parrend en cotutelle avec l'Université de Mauritanie Al Aasria (codirecteur Mohamed Salihi).
12/11: soutenance de thèse (Visioconférence) de Gopal Dila sur "motifs de codes circulaires dans les gènes codant les protéines et les ARN ribosomaux" sous la direction de Christian Michel,
01/10 : Arrivée de Célia Enderlin, doctorante ED SdV, co-directeurs de thèse Olivier Poch, Claudine Mayer.
01/10 : Arrivée de Corentin Meyer, doctorant ED SdV, co-directeurs de thèse Olivier Poch, Pierre Collet.
01/10 : Arrivée de Amani Abou Rida, doctorant ED MSII co-directeurs de thèse Pierre Parrend, Aline Deruyver.
01/10 : Arrivée de Christelle Rutz, doctorante ED SdV, co-directeurs de thèse Odile Lecompte, Kathrin Theissinger.
11/09 : soutenance de thèse d'Audrey Defosset sur : "Etude évolutive multi-niveaux des gènes de la multiciliation chez les Métazoaires" sous la direction d'Odile Lecompte et Olivier Poch.
11/09 : soutenance de thèse de Yesmina Jaafra sur : "Méta-Apprentissage par Renforcement pour le Contrôle Adaptatif" sous la direction d'Aline Deruyver et Saber Naceur.
15/09 : soutenance de thèse Carlos Bermejo Das Neves sur : "Modex: probabilistic semantic network approach for the study of genotypephenotype relations in the context of human genetic diseases" sous la direction de Julie Thompson et Olivier Poch.
02/07 : soutenance mi-thèse Nicolas Scalzitti.
19/06 : soutenance mi-thèse Romain Orhand.
23/06 : soutenance mi-thèse Anna Leonteva.
23/06 : soutenance mi-thèse Thomas Weber.
10/02 : Démarrage de la thèse de Nuraddin Sadili, (direction Pierre Collet, co-direction Cécilia Zanni-Merk, co-encadrement Anne Jeannin-Girardon)
Stages
09/11: début du stage de Selim Turan, stagiaire M2, SdV BSIB (09/11-04/12/20), encadrant Olivier Poch.
09/11: début du stage de Lucien Hoffbech, stagiaire M2, SdV BSIB (09/11-04/12/20), encadrante Julie Thompson.
05/10 : arrivée d'Arnaud Buzon, stagiaire M2 Biotechnologies et Ingénierie Moléculaire, Université Nancy, encadrante Claudine Mayer.
01/07 : arrivée de Loup Petit, stagiaire M1 ESBS en télétravail (01/07 au 28/08/20) encadrante Julie Thompson.
03/06 : début du stage de Quentin Christoffel, stagiaire M1 informatique, sciences des données et des systèmes complexes (03/06-31/07/20), encadrante Anne Jeannin.
12/06 : début du stage de Louis Bodot étudiant 3e année (E.N.S. Ulm) (12/06-07/08/20), encadrant Jean-Sébastien Sereni.
12/06 : début du stage de Baptiste Mouillon étudiant 3e année (E.N.S. Ulm) (12/06-07/08/20), encadrants Christian Michel & Jean-Sébastien Sereni.
15/06 : début du stage de Lucien Hoffbeck, stagiaire M1, SdV (15-06/31/07/20), encadrante Odile Lecompte.
29/06 : arrivée d'Ursula Houessou, stagiaire M1 ESBS (29/06 au 31/07/20) encadrante Julie Thompson.
18/05 : début du stage de Vincent Sifferlen,stagiaire M2 ingénieur généraliste ECAM, encadrant Pierre Parrend.
18/05 : début du stage d'Alexandre Roux, stagiare M2 ingénieur généraliste ECAM, encadrant, Pierre Parrend.
20/04 : début du stage (télétravail) de Mireille Akouvi Degue, stagiaire M2 systèmes intelligents et multimedias, IFI, Université Nationale Vietnam, encadrant, Rabih Amhaz
02/03 : arrivée de Clémence Langbour, stagiaire M1, SdV biologie Structurale intégrative et bio-informatique, encadrante, Claudine Mayer.
02/03 : arrivée d'Augusta Rayard, stagiaire M1, SdV biologie Structurale intégrative et bio-informatique, encadrante, Julie Thompson.
02/03 : arrivée de Lucien Hoffbeck, stagiaire M1, SdV biologie Structurale intégrative et bio-informatique, encadrantes, Odile Lecompte et Laetitia Poidevin.
02/03 : arrivée de Hiba Khodji, stagiaire M2, M2SI Institut National Statistique et Economie Appliqué, Rabat, Maroc, encadrante, Anne Jeannin.
06/01 : arrivée de Christelle Rutz, stagiaire M2 SdV biologie Structurale intégrative et bio-informatique, encadrante Odile Lecompte.
06/01: arrivée de Célia Enderlin, stagiaire M2 SdV biologie Structurale intégrative et bio-informatique, encadrante Claudine Mayer.
13/01 : arrivée de Corentin Meyer, stagiaire M2 ESBS Biotechnologies: biotechnologie et analyse haut débit, encadrante Julie Thompson.
Activités administratives
01/12 : dépôt de 2 projets ANR, en tant que partenaires (ThermoMag avec la société Ubiblue, Sparked "System of Professional Act and Reflexive Knowledge editing" porté par l'ESPE)
01/12 : dépôt du projet ANR Sinus-It, en tant que porteur
01/12 : dépôt du projet ANR PRCI Geode, en tant que porteur
01/12 : dépôt du projet ANR PRCE "From Cep3 to GAL4, characterization of CeGAL family members as new antifungal targets" avec Novalix
01/12 : dépôt du projet ANR Correau
18/12 : Financement du projet EquipEx+ "Investissements d'Avenir / Equipements Structurants pour la Recherche " : aQCess "Atomic Quantum Computing as a Service", porté par Unistra
26/11 : Dépôt de trois Appels à projet Maladies Rares INSERM en partenariat avec l'IGBMC et le laboratoire de génétique médicale de Strasbourg.
03/09 : Réunion référents déménagements CRBS
29/05 : Préparation dossier EquipEx aQCess (Atomic Quantum Computing as a Service)
30/03 : Soumission du pré-projet CrayProTec à l'appel ERA-NET ICRAD (International Coordination of Research on infectious Animal Diseases).
07/02 : Projet "MYO-xIA: IA explicable pour la classification intégrée et la prédiction des myopathies congénitales" de Pierre Collet lauréat de l'appel à projet CNRS 80/Prime 2020.
10/02 : validation du projet EUCOR Quamtum Machine Learning (seed money) avec Shannon Whitlock (UNISTRA), Karlsruhe Institute of Technology, University of Basel
Divers
24/12 : Avancement de Luc Moulinier au grade d'ingénieur de recherche 1ère classe.
02/10 : Déménagement des membres du CSTB dans les nouveaux locaux du Centre de Recherche en Biomédecine de Strasbourg (CRBS).
10/07 : Christelle Rutz a obtenu la bourse de thèse de l'école doctorale vie et santé.
11/06 : Amani Abou Rida, Célia Enderlin et Hiba Khodji ont obtenu la bourse doctorale au concours de recrutement du programme ArtIC.
30/04 : Visioconférence (13h45 - 16h15) journée “visite" des étudiants de L3 Math-Info. Présentation des travaux de l'équipe par Pierre Collet en vue des inscriptions au Master SDSC.
Vie de l'équipe
Réunions d'équipe
Dates fixées à partir du 1er janvier - Début des réunions à 13:30
1er mardi du mois : Réunion groupe A (A-M)
2ème mardi du mois : Journal Club
3ème mardi du mois : Réunion groupe C (N-Z)
4ème mardi du mois : Réunion Permanents
Session "Jeun's"
31/01 : (*) Session "Jeun's" Présentation de Nicolas Scalzitti : A benchmark study of ab initio gene prediction methods in diverse eukaryotic organisms.
05/03 : (*) Session "Jeun's" Présentation de l'avancée des travaux et des résultats obtenus par les stagiaires, Corentin Meyer, Christelle Rutz, Célia Enderlin, dans le cadre de leur sage de fin d'étude M2.