Activites 2019

Activités de l'équipe en 2019 | Archives | Année courante

Activités scientifiques des membres

16-19/12: Présentation de Yesmina Jaafra à la 18e IEEE conférence à Boca Raton, USA.

04-05/11 : Colloque Structure, Sparsity and Randomness à Nimègue (Pays-Bas), co-organisé par R. J. Kang & J.-S. Sereni.
07/11 : Présentations de quatre membres de l'équipe dans le cadre du Data Science and Artificial Intelligence Workshop d'ICube.
Anne Jeannin sur "Transfer Learning: review and recent advances", Romain Ohrand sur "Towards autonomy and explainability in Artificial Intelligence", Thomas Weber sur "RADMEL: An ensemble predictor to reveal disease-relevant missense variants with low degree of uncertainty", Claudine Mayer sur "Deep learning for protein fold recognition".
27/11 : Participation de Julie Thompson, Olivier Poch et Kirsley Chennen à l'assemblée générale de l'Institut Français de Bioinformatique à Paris.
28/11 : Participation d'Olivier Poch et Kirsley Chennen à la journée ELIXIR France à Paris.

01-04/10 : Participation d'Audrey Defosset au congrès Recomb Comparative Genomics 2019 à Montpellier. Présentation d'un poster.
08/10 : Séminaire de Rabih Amhaz, présentation de ses sujets de recherche au sein du CSTB.
14/10 : Présentation par Nicolas Scalzitti aux collaborateurs suisses dans le cadre du projet de perceptron sur l'annotation des génomes.
29-30/10: Participation d'Anna Ouskova Leonteva, Pierre Collet et Pierre Parrend à l'Artiticial Evolution Conference EA2019 à Mulhouse.

03/09 : Brainstorming CSTB "systèmes complexes" présentation de Pierre Collet.
12-13/09: Présentation d'Anna Leonteva sur : "Fast evolutionary algorithm for multi-objective industrial problems" à l'International workshop on stochastic local serach algorithms à Lille.
19/09 : Participation d'Olivier Poch aux Biotech Day de l'ESBS, Présentation/poster à l'attention des entreprises.
23-25/09 : Présentation d'Odile Lecompte sur :"OrthoInspector 3.0: an integrative resource to explore gene evolution" au 23rd Evolutionary biology meeting à Marseille.
30/09 : Présentation par Pierre Collet des travaux de l'équipe en IA explicable, éthique et autonome au Dr. Thibault de Ravel d’Esclapon, Maître de Conférence en droit impliqué en droit et IA.

02-03/08 : Pierre Collet invited speaker à la conférence 2nd International Meeting on Quantum Mechanics and Applications Chicago.

01-02/07 : Ecole d'été Practical Bioinformatics pour les doctorants Vie et Santé (Responsable : O. Lecompte).
01-05/07 : Présentation poster de Romain Orhand à la conférence PFIA 2019 à Toulouse.
03/07 : Séminaire CSTB sur l'intelligence artificielle/Deep learning. Présentation des travaux réalisés et perspectives.
04/07 : Séminaire de mathématiques discrètes : Around the Petersen colouring conjecture, Karlsruhe Institute of Technology, J.-S. Sereni.
09/07 : Matinée CSTB "DATA". Présentations de : Pierre Parrend, Arnaud Kress, Laetitia Poidevin, Luc Moulinier, Kirsley Chennen, Thowas Weber, Nicolas Scalzitti, Anne Jeannin.
10/07 : Séminaire "Graphes et Optimisation" : Around the Petersen colouring conjecture, LaBRI, Bordeaux, J.-S. Sereni.
21-26/07 : Participation de Romain Orhand à la 3rd International Summer School on Deep Learning à Varsovie.
27/07-02/08 : Odile Lecompte, conférencière invitée à la 67th NIBB Conference/6th Quest for Orthologs Meeting, Okazaki, Japon.
27/07-02/08 : Participation de Yannis Nevers à la 67th NIBB Conference/6th Quest for Orthologs Meeting, Okazaki, Japon.

03-07/06 : Présentation de Christian Michel à la 6th International Conference in Code Biology, Friedrichsdorf, Allemagne.
9-15/06 : Présentation de Yesmina Jaafra à la 36th annual conference ICML, Long Beach, CA, USA.

27/06 : Présentation de Kirsley Chennen "An ensemble approach to predict disease-relevant missense variants with low degree of uncertainty" à l'Ecole d'été LabEX Transplantex du 26 au 28 juin à Strasbourg.
27/06 : Présentation d'Olivier Poch sur OMICs and Big Data exploitation in rare genetics diseases: Application to ciliopathies" à l'Ecole d'été LabEX Transplantex du 26 au 28 juin à Strasbourg.
27/06 : Participation de Julie Thompson à la journée '360 POSSIBLES - Innovons ensemble dans le Grand Est'.

05-07/05 : Participation de Pierre Collet et présentation d'Olivier Poch au kick-off meeting et à la conférence d'ouverture "Lifetime" à Berlin. Le projet LifeTime porté par le CNRS pour la France a été sélectionné comme candidat possible au projet européen H2020 FET Flagshipde.
14/05 : Kick-off meeting du projet RAinRARE avec les partenaires canadiens, suisses et français (Olivier Poch et Wojciech Krezel) à l'IGBMC, Illkirch.
15-17/05 : Colloque « Graph theory and sparse structures » à IRIF (Paris), co-organisé par J.-S. Sereni.
16/05 : Participation de J.-S. Sereni au jury d'H.D.R. de Pierre Charbit (IRIF, Paris).
23/05 : Présentation d'Odile Lecompte à la journée scientifique de l'Unité Génétique Moléculaire, Génomique, Microbiologie (GMGM)
31/05 : Minisymposium: Quantum Approaches on Computing; Organisateur Pierre Collet; Petit Amphithéâtre de Mathématiques (PAM), UFR Math-Info

04/04 : séminaire de Kirsley Chennen sur "From variant analysis to integrate multi-level analysis in rare diseases" au Centre de recherche d'immunologie et d'hématologie de Strasbourg.

01/03 : Démarrage du projet européen "LifeTime" de l'appel H2020-FETFLAG-2018-2020 avec la participation de 18 pays européens, 8 participants français représentés par le CNRS. Olivier Poch, WP4 Task leader.
12-14/03 : Participation de J. Thompson au comité d'évaluation HCERES de l'INRIA.

07/02 : Présentation d'Audrey Defosset sur "Evolutionary study of multiciliation genes in Vertebrates using a novel comparative genomic approach" aux rencontres Alphy 2019:Bioinformatics and evolutionary genomics à Paris les 7 et 8 février.
15/02 : Conférence du projet européen "LifeTime" de l'appel H2020-FETFLAG-2018-2020 avec la participation de 18 pays européens, 8 participants français représentés par le CNRS. Olivier Poch, participant.
20/02 : séminaire de Yannis Nevers à l'Université de Lausanne sur "Exploitation of large-scale orthology inference for studying genotype-phenotype relationships", invité par le Pr. Christophe Dessimoz.

01/01 : Début du projet européen "RAinRARE" sélectionné dans le cadre de l'appel à projet transnational pour la recherche sur les maladies rares pour une durée de 3 ans. Olivier Poch partenaire.
06-11/01 : Participation de J.-S. Sereni au colloque "Graph Theory 2019" à Oberwolfach (Allemagne).
15/01 : séminaire d'Olivier Poch sur "Réseaux biologiques au service de la compréhension des maladies génétiques" à la journée scientifique FCH "Méthodes et modèles pour comprendre les réseaux biologiques" au LORIA, Vandoeuvre-lès-Nancy.
21-25/01 : Participation de Pierre Collet et Romain Orhand à la semaine thématique sur les Systèmes Complexes de Rochebrune.

Visiteurs

04/12 : Séminaire invité, Dr. Youri Timsit, Directeur de recherche à l'Institut Méditerranéen d'Océanologie de Marseille, sur : "Du concept de nano-machines à l'idée de nano-cerveaux : réseaux protéiques et flux d'information dans les ribosomes" .

11-15/11 : Visite de J. Pekárek (Univ. Charles, Prague, République tchèque) dans le cadre du L.I.A. STRUCO. (Collaboration Jean-Sebastien Sereni.)

14/10 : Visite Idriss Aberkane.

20/09 : Séminaire invité de David Bouyssié, Bioinformaticien, IPBS Toulouse, sur : "MS-based label-free quantification: concepts, algorithms and challenges".

25-28/08 : Visite de G. Joret (Université Libre de Bruxelles).
25-31/08 : Visite de W. Cames van Batenburg (Université Libre de Bruxelles).

01-04/07 : Visite d'Ismaila Diouf, Maître de Conférences à l'université Cheikh Anta Diop de Dakar et Président de la Société de la Science des Systèmes Complexes du Sénégal, invité par Pierre Collet.
01-06/07 : Visite de Zelealem B. Yilma, Carnegie Mellon University Qatar. (Collaboration Jean-Sebastien Sereni.)
17/07 : Séminaire invité, Pr. Eric Westhof, IBMC, Université de Strasbourg sur : "code circulaire dans les génomes", invité par Julie Thompson.

18/06 : Séminaire avec Me Cécile Doutriaux sur le Droit et l'IA
19-30/06 : Visite de Zelealem B. Yilma, Carnegie Mellon University Qatar, invité par Jean-Sébastien Sereni.

09/05 : Séminaire de Fabrice Bray et Christian Rolando de l'Université de Lille sur : "Protéomics analysis of bones from the scladina site" dans le cadre d'un projet de collaboration.
20-25/05 : Visite de R. Škrekovski (Univ. Ljubljana), invité par Jean-Sébastien Sereni.

01-04/04 : Visite de Jake Cooper (Univ. Brno). (Collaboration Jean-Sebastien Sereni.)

11-16/03 : Visite de Zdeněk Dvořák (Univ. Prague) dans le cadre du L.I.A. STRUCO et d'un P.H.C. Barrande. (Collaboration Jean-Sebastien Sereni.)
24-31/03 : Visite de Jake Cooper (Univ. Brno). (Collaboration Jean-Sébastien Sereni.)
25/03 : Séminaire invité du Pr. Amos Bairoch du Swiss Institute of Bioinformatics sur "The Cellosaurus, a knowledge resource to help navigate the cell line jungle". Amphi du Forum de la Faculté de Médecine à 11:00.

04/02 : Présentation de Reinhard Diestel de l'Université d'Hambourg sur l'application de ses concepts de théorie des graphes aux travaux du CSTB (clustering, reconnaissance d'images, alignement des gènes). Invité par Jean-Sébastien Sereni.

17/01 : Visite de X. Goaoc (École des Mines de Nancy). (Collaboration Jean-Sébastien Sereni.)
20-27/01 : Visite de J. Pekárek (IÚUK, Charles Univ. in Prague) dans le cadre du L.I.A. STRUCO. (Collaboration Jean-Sébastien Sereni.)

Doctorats

04/11 : Soutenance de thèse de François Pirot, co-encadré par R. J. Kang & J.-S. Sereni.

05/07 : Soutenance mi-thèse, Ulviya Abdulkarimova, co-directeur de thèse, Pierre Collet.
08/07 : Participation de J.-S. Sereni au jury de thèse de Théo Pierron en tant que rapporteur, LaBRI, Bordeaux.

14/06 : Soutenance mi-thèse de Gopal Dila, directeur de thèse, Christian Michel.
18/06 : Soutenance de thèse de Fabio Guigou sur "The Artificial Immune Ecosystem: a scalable immune-inspired active classifier", Directeur de thèse, Pierre Collet.
19/06 : Soutenance mi-thèse de Martin Starman, Co-Directeur de thèse, Christian Michel.
25/06 : Soutenance mi-thèse Andrey Defosset, directrice de thèse, Odile Lecompte.

14/03 : Soutenance de thèse de Julio Navarro Lara sur "Modélisation et identification de cyberattaques multi-étapes dans des ensembles d’événements" (directrice de thèse Aline Deruyver).

Stages

12/11 : Arrivée de Clément Chevalier, stagiaire M2 SdV biologie structurale ingérativ et bio-informatique, encadrante Claudine Mayer.
12/11 : Arrivée de Manh Dung Do, stagiaire M2 SdV biologie structurale ingérativ et bio-informatique, encadrante Julie Thompson.

15/10 : Arrivée d'Anastasia Villien, M2 SYNVA apprentissage, SFC-ESPE, co-encadrants : Pierre Collet et Anne Jeannin-Girardon.

08/07 : Arrivée de Célia Enderlin, stagiaire M1/BSIB SdV, encadrant Yannis Nevers.

03/06 : arrivée d'Amadou Oury Bah, stagiaire M1 informatique : Sciences de données et systèmes complexes, encadrante Anne Jeannin.
03/06 : arrivée d'Amarin Hutt, stagiaire M1 informatique : Sciences de données et systèmes complexes, encadrante Anne Jeannin.
17/06 : arrivée de Rémi Trimbour, stagiaire double cursus Médecine Sciences, encadrante Julie Thompson.

13/05 : Arrivée de Quentin Christoffel, stagiaire L3 informatique, encadrant Pierre Collet.
20/05 : Arrivée de François Gaillot, stagiaire L3 SdV Biologie Moléculaire et Cellulaire, encadrante Julie Thompson.

18/03 : Arrivée de Célia Enderlin, M1 Biologie structurale intégrative et bio-informatique, encadrée par Yannis Nevers.
18/03 : Arrivée de Franck Martin, M1 Biologie structurale intégrative et bio-informatique, encadré par Julie Thompson.
18/03 : Arrivée de Christelle Rutz, M1 Biologie structurale intégrative et bio-informatique, encadré par Odile Lecompte.

Activités administratives

28/11 : Retour d'Arnaud Kress suite à la visite des locaux du CRBS : beaucoup reste à faire, pas de date fixée pour le déménagement de l'équipe.

24/10 : Bureau CRBS: point sur les retards bâtiment.
01/10 : Revue de mi-projets AVIA / PECOC avec BioValley France.

30/09 : Dépôt avec Shannon Whitlock (Laboratoire de Matière Quantique Exotique) d'un projet Eucor Seed Money "Quantum Machine Learning" avec KIT et Bâle.

01/06 : Projet IDEX attractivité UNISTRA (Investissement d'Avenir) attribué à Odile Lecompte sur "Génomique comparative multi-niveaux", durée 24 mois.

13/05 : Le projet de recherche "Génomique comparative multi-niveaux" déposé par Odile Lecompte dans le cadre de l'appel à projet Idex 2019 attractivité a obtenu un financement de l'UNISTRA pour une durée de 24 mois.

08/04 : Arrivée d'Arnaud Buzon, Stagiaire M1 ORI BBM&RC, Université de Lorraine, encadrante Claudine Mayer.

05-06/03 : Participation d'Odile Lecompte au Comité HCERES S2-M2SV-ST4 à Lille

05/02 : Réunion Cadrage Institut Thématique Interdisciplinaire.

Divers

26/11 : Nomination de Laetitia Poidevin dans le grade des Ingénieurs d'étude hors classe.

02/09 : Arrivée de Rabih Amhaz, Enseignant chercheur ECAM Strasbourg.
05/09 : Arrivée d'Igor E Silva Peretta, chercheur post-doctoral.

08/07 : Intégration de Rabih Amhaz, en qualité de chercheur associé.

11-12/06 : Installation d'une machine PARSEC de 180TFlops à l'INSA de Rouen par Anne Jeannin et Pierre Collet
21/06 : Cérémonie des remises de Prix de thèse de l'Université. Y. Nevers lauréat du prix de la commission Recherche.
24-28/06 : Installation d'une machine PARSEC de 200 TFlops à l'Université de Nouakchott Al Aasriya par Anne Jeannin et Pierre Collet
26/06 : Mise en ligne du MOOC FUN Vers une planète apprenante de François Taddei, intervenant, Pierre Collet sur la plateforme POEM.

02/04 : Prix de thèse 2018 de l'Université de Strasbourg décerné à Yannis Nevers.

01/03 : Confirmation de la nomination de Pierre Parrend en tant que Professeur de l’Enseignement Supérieur au 01/01/2019 (statut FESIC, association loi de 1901 de l'enseignement supérieur privé français, regroupant des établissement d’enseignement supérieur privé d’intérêt général (EESPIG) à but non lucratif).
22/03 : Cérémonie des prix de thèse 2018 de la Société de Biologie de Strasbourg. Yannis Nevers lauréat du Prix de l'Ecole Doctorale des Sciences de la Vie et de la Santé.

Vie de l'équipe

Réunions d'équipe

Dates fixées à partir du 1er janvier - Début des réunions à 13:30

1er mardi du mois : Réunion groupe A (A-M)
2ème mardi du mois : Journal Club
3ème mardi du mois : Réunion groupe C (N-Z)
4ème mardi du mois : Réunion Permanents

Session "Jeun's"

29/11 : (*) Session "Jeun's" Présentations d'Anna Leonteva et Sarah Djeddi de l'IGBMC (co-direction Julie Thompson et Jocelyn Laporte de l'IGBMC).
31/10 : (*) Session "Jeun's" Présentation de Romain Orhand et Thomas Weber.

19/12 : Fête de Noël de l'équipe.

19/06 : Barbecue du CSTB.

16/01 : Galette des rois de l'équipe.