Activites 2018

Activités de l'équipe en 2018 | Archives | Année courante

Activités scientifiques des membres

14/12 : Présentation de Gopal Dila sur "Circular codes in genomes" dans le cadre de la rencontre bioinformatique BIstrO/IFB à Strasbourg.

01/11 : Lancement de l'organisation du Symposium IComputation (IEEE Symposium on Immune Computation), SSCI, Balgalore.
06-12/11 : Déplacement de J.-S. Sereni à G-SCOP, Grenoble.
09/11 : Atelier CSTB autour du Deep Learning et de ses applications en bioinfo/santé, organisé par Anne Jeannin.
20/11 : Participation de Julie Thompson aux rencontres GDR Madics sur les sciences des données et santé au pôle API Illkirch.
25-29/11 : Déplacement de F. Pirot & J.-S. Sereni au département de mathématiques de l'université de Ljubljana dans le cadre d'un P.H.C. Proteus.

11-12/10 : Exposé « On (a:b)-choosability and fractional colourings » de Jean-Sébastien Sereni au colloque '40 années d'algorithmique de graphes' en l'honneur de Michel Habib, Paris.
16-18/10 : Déplacement de Jean-Sébastien Sereni à l'IRIF à Paris dans le cadre de la collaboration avec Amos Korman.
17/10 : Présentation : "Défis théoriques et pratiques de l'intelligence artificielle : focus sur la bio-santé" à la Journée Système 2018, Strasbourg, par Anne Jeannin
19/10 : Exposé « Fractional chromatic number of small degree graphs and girth » de François Pirot au séminaire Graphes@Lyon à l'E.N.S. Lyon.

12-15/09 : Participation d'Olivier Poch au BYOD "Rare disease & orphan drug registrie" à Rome dans le cadre du projet européen Elixir Excelerate.
20/09 : Démarrage du projet PECOC (optimisation du paramètrage des lentilles pour cataracts), porté par Pierre Collet, avec la société IVO et financé à 50% par la Région.

03-06/07 : Présentation d'Audrey Defosset aux journées ouvertes en biologie, informatique et mathématiques (JOBIM) à Marseille
10/7: Journée du DIR présentations: The Artificial Immune Ecosystem: an active learning metaheuristic for monitoring massive time series : Fabio Guigou
An ACO-based emergent mechanism for expert-based evaluation of multi-step attack scenarios : Julio Navarro Lara

26/06 : Exposé Colour space and number of 3-colourings, à A (Mini-)Symposium on Graph Theory, Radboud University Nijmegen, Pays-Bas, par J.-S. Sereni.
27/06 : Séminaire de Kirsley Chennen sur "Rare is beautiful: exploiting big data streams in rare genetic diseases" au MedFit 26-27/06 à Strasbourg. Première convention d’affaires internationale dédiée aux partenariats d’innovation dans le domaine des technologies médicales et du diagnostic.
27/06 : Participation de J.-S. Sereni au jury de thèse de W. Cames van Batenburg, Radboud University Nijmegen, Pays-Bas.

22/05 : Séminaire : Fractional chromatic number of small degree graphs and girth, IRIF, Paris, par F. Pirot
28-30/05 : Journées BingiDays au CIARUS à Strasbourg, retraite de l'équipe CSTB. Collaboratrice extérieure invitée : Diala Wehbe, Université de Lille.

26/04 : Séminaire de mathématiques discrètes: On the number of 3-colourings of graphs, Karlsruhe Institute of Technology, J.-S. Sereni.
27/04 : Présentation d'Audrey Defosset aux 6èmes journées scientifiques de la Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS) sur "Prediction of new multiciliogenesis genes using a fine-grained comparative genomic approach" .

05/03 : Participation de Kirsley Chennen, Olivier Poch et Julie Thompson au Bioinfomatics strategy meeting Europe 2018 à Zurich (Suisse)
13/03 : Exposé « Aspects extrémaux de la théorie des graphes », Journées ALEA, CIRM, Luminy, Jean-Sébastien Sereni
22/03 : réunion de démarrage du projet ANR CoolMagEvo

13/02 : Soutenance d'HDR de Jean-Sébastien Sereni sur "Aspects algébriques de coloration de graphes : coloration fractionnaire et nombre de colorations"

14-20/01 : Présentation de Pierre Collet aux journées thématiques sur les systèmes complexes naturels et artificiels, Rochebrune Megève
15/01 : Démarrage du projet ANR CoolMagEvo avec la société CoolTech et l'UMR 6508 CRISMAT à l'EnsiCaen. 19/01 : Colloque scientifique organisé en l'honneur de Raymond Ripp, à la Faculté de Médecine Strasbourg. Intervenants: Jean-Claude Thierry, ancien chargé de mission auprès du Département des Sciences du Vivant du CNRS ; Thierry Leveillard,Institut de la Vision ; Marc Ruff et Philippe Dumas, IGBMC
22--26/01 : co-organisation et participation à l'école de recherche sur les limites de graphes à l'E.N.S. Lyon, et co-organisation du colloque associé (29/01--02/02), F. Pirot & J.-S. Sereni

Visiteurs

03-08/12 : Visite de R. Škrekovski (Univ. Ljubljana) à CSTB dans le cadre d'un P.H.C. Proteus. (Collaboration Jean-Sébastien Sereni.)
14/12 : Séminaire du Dr.Frédéric Chalmel, Chargé de Recherche INSERM à l'institut de recherche en santé et environnement travail (IRSET) de Rennes, sur "Spermatogenesis in modern humans: how did we succeed our hydrid speciation?".

14-21/11 : Visite de R. Hušek & P. Korcsok (Univ. Prague) à CSTB dans le cadre du L.I.A. STRUCO et d'un P.H.C. Barrande. (Collaboration Jean-Sébastien Sereni.)

02/10 : Participation de Julie Thompson et Olivier Poch à la journée de lancement du projet pilote "INEX-MED" de l'Institut Français de Bioinformatique à Paris.

24-28/09 : Visite d'A. Goodall (Univ. Prague) dans le cadre du L.I.A. STRUCO. (Collaboration Jean-Sébastien Sereni.)

Doctorats

03/12 : Arrivée de Nicolas Scalzitti, doctorant V&S, co-directeurs de thèse Julie Thompson et Pierre Collet.
14/12 : Soutenance de thèse de Yannis Nevers sur "Exploitation de marqueurs évolutifs pour l’étude des relations génotype/phénotype. Application aux ciliopathies" (directrice de thèse Odile Lecompte).

12/11 : Soutenance de thèse de Yann Hode sur "Contribution à l’interprétation d’images et vérification de la consistance d’un graphe" (directrice de thèse Aline Deruyver).

01/10 : Arrivée de Thomas Weber, doctorant V&S, co-directeurs de thèse Olivier Poch, Julie Thompson.
01/10 : Arrivée de Romain Orhand, doctorant MSII, co-directeurs de thèse Pierre Collet, Pierre Parrend.

01/08 : Arrivée d'Anna Ouskova Leonteva, doctorante MSII, co-directeurs de thèse Pierre Collet, Pierre Parrend.

20/07 : Soutenance de thèse de R. de Joannis de Verclos (Univ. Grenoble Alpes), co-encadré par L. Esperet & J.-S. Sereni

01/03 : arrivée de Martin Starman, Doctorant, Directeur de thèse Christian Michel

Stages

12/11 : arrivée de Mathias Galati, stagiaire M2 Biologie structurale intégrative et bio-informatique, encadrante Claudine Mayer.
12/11 : arrivée de Jean-Baptiste Lamouche, stagiaire M2 Biologie structurale intégrative et bio-informatique, encadrant Olivier Poch.

27/08 : Arrivée d'Eloi Schmauch, stagiaire M1 double cursus Médecine-Sciences, encadrante Julie Thompson.

04/06 : Arrivée de Priscilla Deschamps, stagiaire M1 Microbiologie, Univ Claude Bernard, Lyon, encadrante Claudine Mayer.
11/06 : Arrivée de Martin Heitz, stagiaire L3 ingénierie, MathInfo, encadrante Catherine Guth

16/04 : Arrivée d'Olivier Dennler, stagiaire M1 SdVE Université de Rennes, encadrante Julie Thompson.

09/03 : Arrivée de Mathias Galati, M1 - SdV, encadré par Julie Thompson.
09/03 : Arrivée de Victor Grentzinger, M1 - SdV, encadré par Odile Lecompte.
09/03 : Arrivée de Max Hengel, M1 - SdV, encadré par Julie Thompson.
09/03 : Arrivée de Mateusz Rauch, M1 - SdV, encadré par Odile Lecompte et Yannis Nevers.
09/03 : Arrivée de David Stocklausen, M1 -SdV, encadré par Olivier Poch.
19/03 : Arrivée d'un stagiaire M2 - Faculté des Sciences et Technique de Tanger, Maroc (encadrant Pierre Parrend)

01/02 : Arrivée de Camille Depenveiller, stagiaire, ingénieur ESBS 3e année (encadrant Olivier Poch)

08/01 : Arrivée de deux stagiaires M2 SdV, Nicolas Scalzitti (encadrants Laetitia Poidevin et Olivier Poch) et Thomas Weber (encadrant Julie Thompson)

Activités administratives

10/12 : Soumission d'un appel à projet IDEX Attractivité 2019 "GRAIL : Génomique compaRAtIve muLti-niveaux" par Odile Lecompte.

10/10 : Déplacement de Pierre Collet et Olivier Poch à Neuchatel, prise de contact avec la SA General Bionics pour des projets de thèse.
25/10 : Dépôt des projets ANR MECAPLAX (équipe CSTB porteur), CoRREau (porteur IRSTEA à Bordeaux), ImmunoSimulAge (Porteur: Sorbonne Université)

28/09 : Dépôt d'une demande de labellisation d'OrthoInspector (base de données et outils dédiés à la génomique comparative) dans ELIXIR.
30/09 : Participation à la manifestation d'intention ArtIC (Artificial Intelligence for Care), avec 2 demandes de chaires (Julie Thompson, Pierre Collet)

Divers

05/11 : Attribution d'une bourse de Eurolife à Thomas Weber pour l’Ecole d’hiver Eurolife à Obergurgl en Autriche du 16 au 21 décembre 2018. Evènement soutenu par l’université Franco-Allemande (UFA).
13/11 : Financement du projet «RAinRARE» obtenu dans le cadre de l’appel JTC2018 de l’ERA-Net E-Rare-3. Partenaire du projet : Olivier Poch.

01/09 : Accueil en Délégation CNRS de Claudine Mayer, Professeure Université Paris Diderot.
01/09 : Odile Lecompte est nommée membre de la Commission scientifique spécialisée 1 INSERM.

11/06 : Jean-Sébastien Sereni est admis au concours DR2 CNRS ouvert en section 06.
15/06 : Validation de la candidature de Romain Orhand pour le contrat doctoral fléché du Département Informatique Recherche de ICUBE sur un sujet IA+EA
26/06 : Validation de la candidature de Anna Leonteva à la bourse de thèse du projet ANR CoolMagEvo

18/01: Attribution d'une bourse de soutien du programme « Exploration Japon » de l'ambassade de France au Japon pour Pierre Parrend à l'occasion de sa mission à l'Université Shinshu (Nagano) et de son invitation comme speaker invité à la conférence ICAROB (Beppu), du 27/1/2018 au 6/2/2018
21/01 : Départ à la Retraite de Raymond Ripp

Vie de l'équipe

Réunions d'équipe

Dates fixées à partir du 1er janvier - Début des réunions à 13:30

1er mardi du mois : Réunion groupe A (A-M)
2ème mardi du mois : Journal Club
3ème mardi du mois : Réunion groupe C (N-Z)
4ème mardi du mois : Réunion Permanents

Session "Jeun's"

31/03 : Début session 2020 des présentations doctorants et stagiaires. br />

29/03 : (*) Session "Jeun's" Présentations d'Alexandre Bruyant, M2 informatique, de Camille Depenveiller, stagiaire ingénieur ESBS 3e année, de Gopal Dila, doctorant informatique et de François Pirot, doctorant informatique.

23/02 : (*) Session "Jeun's" Présentations de Nicolas Scalzitti, stagiaire M2 Biologie structurale, bioinformatique et biotechnologies, de Thomas Weber, stagiaire M2 Biologie structurale, bioinformatique et biotechnologies, de Julio Navarro Lara, doctorant informatique et de Camille Depenveiller, stagiaire ingénieur ESBS 3e année

d'Anna Leonteva et Sarah Djeddi de l'IGBMC (co-direction Julie Thompson et Jocelyn Laporte de l'IGBMC).
31/10 : (*) Session "Jeun's" Présentation de Romain Orhand et Thomas Weber.

12/12 : Fête de Noël de l'équipe.

08/10 : Début des séances de sport pour les membres du CSTB,le lundi de 12:00 à 13:00, sous la direction de notre coach Anna Ouskova-Leonteva.

22/06 : Barbecue annuel du CSTB.