Équipe CSTB : Systèmes Complexes et Bioinformatique Translationnelle

Pierre Collet

De Équipe CSTB : Systèmes Complexes et Bioinformatique Translationnelle
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Poste de Maître de Conférences en 27è section pour la rentrée 2016-17
  • Professeur en informatique, au Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie de l'Université de Strasbourg, Unité Mixte de Recherche CNRS 7357.
  • Co-coordinateur (avec le Pr Cyrille Bertelle, de l'Université du Havre) de l'UniTwin CS-DC de l'UNESCO présidé par Paul Bourgine
  • Coordinateur de ECCE (E-lab on Complex Computational Ecosystems).
  • Coordinateur du Campus Numérique des Systèmes Complexes de l'Université de Strasbourg depuis mai 2012.
  • Directeur du département d'informatique de l'UFR Maths-Info de l'Université de Strasbourg. depuis juillet 2011.
  • Membre de l'Executive Committee et du Conseil de la Complex Systems Society
  • Membre du Board du Complex Systems Digital Campus (UniTwin UNESCO)
  • Responsable de la thématique Evolution artificielle, optimisation et apprentissage (SONIC : Stochastic Optimisation and Nature Inspired Computing) de l'équipe BFO.
  • Reponsable de l'équipe BFO (Bioinformatique théorique, Fouille de données et Optimisation stochastique) de 2007 à 2012.
  • Responsable du comité "Computing Ecosystem" et membre du comité "Educational Ecosystem" du CS-DC (Campus International des Systèmes Complexes)
  • Membre du conseil de la Complex Systems Society de 2012 à 2014, responsable du WorkGroup CERE (Computational Ecosystem for Research and Education) de l'UniTwin UNESCO sur les Systèmes Complexes.
  • Président de l'Association Evolution Artificielle de 2003 à 2008 (après en avoir été le trésorier de 1999 à 2003).
  • Membre du comité directeur des conférences internationales sur l'Evolution Artificielle (organisées par l'association Evolution Artificielle) depuis 2001.
  • Membre du comité directeur des conférences EuroGP depuis 2005.
  • Fondateur et organisateur des 2 premières écoles d'été françaises sur l'Evolution Artificielle à Yravals en 2006 et 2007.
  • Expert pour l'Agence Nationale pour la Recherche (ANR) française, pour l'Engineering and Physical Sciences Research Council (EPSRC) britannique, pour le comité ECOS-Sud, pour les Conseils Régionaux, ...
  • Associate Editor du Journal of Artificial Evolution and Applications (Stefano Cagnoni, éditeur en chef) depuis janvier 2007.
  • Membre de l'International Advisory Board de la 25è European Conference on Modelling and Simulation.
  • Nombre d'Erdös de 3 grâce à Pierre Liardet, décédé en Août 2014. Pierre était un grand mathématicien, très ouvert, qui répondait toujours présent lorsqu'on le sollicitait.

Organisation de manifestations / conférences :

  • CS-DC'15 : Président du Comité d'Organisation de la première e-conférence mondiale sur les Systèmes Complexes, sept-oct 2015, Phoenix, Arizona.
  • Bioinformatics Europe 2015 London : Animateur de la table ronde Large scale computing tasks using cloud and mobile resources.
  • Co-chair avec Man Leung Wong du track Parallel Evolutionary Systems de la conférence GECCO'11 à Dublin.
  • Guest Editor avec Man Leung Wong d'un numéro spécial du journal international Springer Genetic Programming and Evolvable Machines intitulé Evolutionary Algorithms for Data Mining, à paraître (cf. cfp).
  • Chairman de la session Evolutionary Multiobjective Optimization de la conférence GECCO'10 à Portland.
  • Animation du tutoriel Evolutionary Computation on GPUs avec Wolfgang Banzhaf et Simon Harding de la conférence GECCO'10 à Portland.
  • EA'09 : Président de la 9ème Conférence Internationale sur l'Evolution Artificielle, oct 2009, Strasbourg.
  • Conférencier invité de la conférence Algorytmy Ewolucyjne i Optymalizacja Globalna'09 à Zawoja, Pologne.
  • Co-organisateur de la 8ème Conférence Internationale sur l'Evolution Artificielle (EA'07) à Tours, octobre 2007.
  • Organisateur de la deuxième école d'été sur l'Evolution Artificielle</a> à Yravals en mai 2007.
  • Chairman, avec Valentin Masero du track Computer Applications in Health Care (CAHC'07) du 22ème; Symposium on Applied Computing de l'ACM (SAC'07) à Séoul (Corée du sud), mars 2007.
  • Organisateur de la première école d'été sur l'Evolution Artificielle à Yravals en juin 2006.
  • Programme Chair, avec Marco Tomassini de la 9ème conférence internationale sur la programmation génétique EURO-GP'06 à Budapest (Hongrie).
  • Chairman, avec Valentin Masero du track Computer Applications in Health Care (CAHC'06) du 21è Symposium on Applied Computing de l'ACM (SAC'06) à Dijon (France).
  • Co-organisateur des Conférences Internationales EA'05 (Lille) et EA'03 (Marseille).
  • Publication Chair de la 8è conférence internationale sur la programmation génétique EURO-GP'05 à Lausanne (Suisse).
  • Président de la 5ème Conférence Internationale sur l'Evolution Artificielle (EA'01) au Creusot (France).
  • Co-organisateur des JETs (Journées Évolutionnaires Trimestrielles) 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17.

... et ici, une un peu trop longue biographie de Pierre Collet.

Propositions de projets ou stages pour 2015-16

(Anciens projets)

A quoi sert la science ?

Recherche

Projets majeurs (et plateformes)

POEM (Personalised Open Education for the Masses)

130k€

EASEA (et EASEA-CLOUD)

Thèses et projets de recherche réalisés (à ma connaissance) avec (et sur) EASEA :

  • Alejandro Rinçon Lopez, "Portage de la plateforme EASEA sur le Cloud", projet ANR EASEA-CLOUD, juin 2014 - mars 2015
  • Carlos Catania, Optimisation d'une flotte de véhicules médicaux, Fev 2014 - Fev 2015, pour la société Synovo
  • Thomas Chabin, "Visualisation Scientifique d'algorithmes évolutionnaires distribués", projet ANR EASEA-CLOUD, mars 2014 - mars 2015
  • Renaud Vanhoutrève (oct 13 -) Alignement de séquences protéiques pour une analyse de données NGS appliquée à la Santé en co-direction avec Julie Thompson, LBGI
  • Igor Santos Peretta (oct 12 - Nov 15) Evolution of an integrated model for a complex system through massively parallel Genetic Programming, en co-direction avec Keiji Yamanaka, Uberlandia, Brasil.
  • Farzad Sehat, Gestion de portefeuilles financiers par évolution artificielle, M2 Recherche, mars - sept. 2011
  • Frédéric Krüger, Recherche de zéolithes par évolution artificielle, M2 Recherche, mars - sept 2011
  • Arijit Biswas, thèse de l'IIT Kharagpur sur l'optimisation du processus d'extraction de Manganèse de nodules polymétalliques extraits de fonds sous-marins, dirigée par le Professeur Nirupam Chakraborty,déc. 10.
  • Claire Bourgeois-République, Plateforme de réglage automatique et adaptatif d'implant cochléaire par algorithme évolutionnaire interactif, Université de Bourgogne, décembre 2004.
  • Philippe Guermeur, Vision robotique monoculaire : reconstruction du temps avant collision et de l'orientation des surfaces à partir de l'analyse de la déformation, Université de Rouen, octobre 2002.

HEVEA (Étude et Valorisation de lÉcologie Auditive)

Responsable Scientifique du projet RNTS (Projet Hospitalier de Recherche Clinique) HEVEA (130k€, Sept 05 - Sept 06) : expérimentation sur 10 patients d'un réglage d'implant cochléaire par algorithme évolutionnaire interactif.

Bio-Inspired Classification and Data-Mining Algorithms for Bioinformatics

Porteur du projet européen Interreg IIIa 182b Bio-Inspired Classification and Data-Mining Algorithms for BioInformatics avec l'Université du Kent à Canterbury (379 KEuros, Sept 06 - Août 07).

Emergence of Computation in Cellular Automata

Responsable français du projet anglais EPSRC Emergence of Computation in Cellular Automata, EP/D066174/1 avec Andrew Adamatsky, de l'UWE-Bristol (137 KEuros, Sept 06 - Oct 07).

Magellan

Responsable scientifique du projet Magellan (1,7 MF, Sept 93 - Sept. 98) de Création d'un prototype fonctionnel de Chirurgie Assistée par Ordinateur pour l'ORL. Projet financé par l'Institut Électricité Santé (EDF), la Fondation de l'Avenir, l'APHP.

Publications

Encadrement doctoral et scientifique

Encadrement de thèses en cours

  • Pierre Masai (Oct 14 -) "LEAN as a Complex System"
  • Fabio Guigou (Dec 14 -) "Gestion sécurisée des accès à des ressources virtuelles au sein d'environnements distribués par système immunitaire artificiel"
  • Renaud Vanhoutrève (oct 13 -) Alignement de séquences protéiques pour une analyse de données NGS appliquée à la Santé en co-direction avec Julie Thompson, LBGI
  • Jean Meunier (dec 13 -) Modélisation et optimisation d’un système de gestion énergétique pour bâtiments, intégrant la production photovoltaïque et le stockage par batteries, en co-direction avec Dominique Knittel (LGeCo).

Thèses soutenues (en tant que directeur ou co-directeur ou encadrant ou co-encadrant)

  • Igor Santos Peretta (oct 12 - nov 15) Evolution of an integrated model for a complex system through massively parallel Genetic Programming, en co-direction avec Keiji Yamanaka, Uberlandia, Brasil.
  • Cécilia Zanni-Merk (11/13 - 11/14) thèse d'Habilitation à Diriger les Recherches) "Knowledge Technologies for Problem Solving in Engineering", garant : Pierre Collet, soutenue le 20 novembre 2014 à l'Université de Strasbourg
  • Stéphane Querry (02/10 - 09/14) Control and modelling of autonomous aircrafts by evolutionary computing, thèse confidentielle Polyvionics, sous la direction de Pierre Collet, soutenue le 29 septembre 2014 à l'Université de Strasbourg
  • Wei Yan, (09/10 - 02/14)Modélisation de (Méta)Connaissances pour la Conception Inventive, en co-direction avec Denis Cavallucci, LGeCo, co-encadrée par Cécilia Zanni-Merk. soutenue le 7 février 2014 à l'INSA de Strasbourg
  • Frédéric Krüger (10/11 - 02/14), Determination of end user power load profiles by parallel evolutionary computing, sous la direction de Pierre Collet, soutenue le 17 février 2014 à Électricité de Strasbourg
  • Nicolas Lachiche (12/10 - 12/11 thèse d'Habilitation à Diriger des Recherches), Relational data mining guided by needs, Garant : Pierre Collet, soutenue le 5 décembre 2011 à l'Université de Strasbourg
  • Ogier Maitre (10/08 - 09/11), GPGPU for Evolutionary Algorithms, sous la direction de Pierre Collet, soutenue le 30 septembre 2011 à l'Université de Strasbourg
  • Olivier Kühn (10/07 - 10/10), Methodology for Knowledge-Based Engineering Template Update - Focus on Decision Support and Instances Update, en co-direction avec Parisa Ghodous, thèse financée par la Société Prostep, soutenue le 22 octobre 2010 à l'Université de Strasbourg
  • Grégory Valgiani, Développement d'un paradigme d'optimisation par Hommilière et application à l'enseignement par internet, Université du Littoral Côte d'Opale, thèse financée par la société Paraschool, sous la direction de Pierre Collet, soutenue en novembre 2006.
  • Claire Bourgeois-République, Plateforme de réglage automatique et adaptatif d'implant cochléaire par algorithme évolutionnaire interactif, Université de Bourgogne encadrée par Pierre Collet décembre 2004.
  • Yann Landrin-Schweitzer, Algorithmes génétiques interactifs pour le text-retrieval, thèse de l'Université d'Orsay dirigée par Evelyne Lutton, co-encadrée par Pierre Collet, soutenue en septembre 2003.

Contrats post-doctoraux

  • Alejandro Rinçon Lopez, "Portage de la plateforme EASEA sur le Cloud", projet ANR EASEA-CLOUD, juin 2014 - mars 2015
  • Carlos Catania, Optimisation d'une flotte de véhicules médicaux, Fev 2014 - Fev 2015, pour la société Synovo
  • Waldo Cancino, Portage de la plate-forme EASEA-CLOUD sur la grille, Oct. 2012 - Oct 2013, projet ANR EASEA-CLOUD
  • Lidia Yamamoto, Artificial Chemistries on GPGPU, Avril 2010 - Avril 2011, financement Région Alsace
  • Deepak Sharma, Projet Administrateur Réseau Artificiel (ARA), société Kelerio, Mai 2009 - Mai 2010
  • Pierrick Legrand, "Projet RNTS HÉVÉA : Étude et Valorisation de l'Écologie Auditive", Sept 2005 - Sept 2006

Encadrement de stages de recherche

  • Thomas Chabin, "Visualisation Scientifique d'algorithmes évolutionnaires distribués", projet ANR EASEA-CLOUD, mars 2014 - mars 2015
  • Frédéric Krüger, Recherche de zéolithes par évolution artificielle, M2 Recherche, mars - sept 2011
  • Farzad Sehat, Gestion de portefeuilles financiers par évolution artificielle, M2 Recherche, mars - sept. 2011
  • Arijit Biswas, thèse de l'IIT Kharagpur sur l'optimisation du processus d'extraction de Manganèse de nodules polymétalliques extraits de fonds sous-marins, dirigée par le Professeur Nirupam Chakraborty, avr. 09 - déc. 09
  • Ariel Tchougang, Etude du Context-Aware Crossover en Programmation Génétique, M2 Recherche, mars 08 - sept 08

Jurys de thèse

  • En tant que Président :
    • Amir Jaberzadeh, "Simulation of heat transfer and automatic optimization of multiple probes trajectories for pre-operative planning of percutaneous thermoablation interventions", thèse en Informatique de l'Université de Strasbourg, dirigée par Caroline Essert, soutenue le 13 février 2015.
    • Messaouda Mechelfekh, "L’islam spirituel contemporain au travers d’Internet : interactions, modélisation et prospective", Thèse de doctorat en Langues et littératures étrangères de l'Université de Strasbourg, dirigée par Eric Geoffroy soutenue le 11 septembre 2014.
    • Idriss Aberkane, Ballade de la Conscience entre Orient et Occident : une perspective soufie sur la conscience occidentale, connectant The Kasidah de R. F. Burton et The Waste Land de T. S. Eliot, Thèse en Études Méditerranéennes et Littérature Comparée de l'Université de Strasbourg, dirigée par Eric Geoffroy et Patrick Laude, soutenue le 16 juin 2014.
    • Jonathan Fréchard, Systèmes d'entraînement de bandes flexibles : optimisation multicritère des performances dynamiques par approche évolutionnaire, Thèse en automatique de l'Université de Strasbourg (INSA) dirigée par Dominique Knittel, soutenue le 2 juillet 2013.
    • Alexis Bultey, Représentation hybride des heuristiques et méta-heuristiques utilisées pour la conception innovante, INSA de Strasbourg, juin 2009.
    • Camélia Ignat, Improving Statistical Alignment and Translation Using Highly Multilingual Corpora, INSA de Strabourg, juin 2009.
    • Arnaud Quirin
  • En tant que rapporteur :
    • Idriss Aberkane, "Mind Ergonomy for the Knowledge Economy", Thèse en Gestion de l'Université Paris Saclay Ecole Polytechnique, dirigée par Pierre-Jean Benghozi et Paul Bourgine, soutenue le 3 février 2016.
    • Meysam Hashemi, "Modélisation mathématique et simulation numérique de populations neuronales thalamo-corticales dans le contexte de l'anesthésie générale", Thèse en informatique de l'Université de Lorraine, dirigée par Axel Hutt, soutenue le 14 janvier 2016.
    • Abdelhamid Zouhair, "Raisonnement à Partir de Cas Dynamique Multi-agent - Application à un Système de Tuteur Intelligent", Thèse en informatique en cotutelle de l'Université du Havre (co-direction Cyrille Bertelle) et de l'Université Abelmalek Essaâdi (Maroc, co-direction Benaissa Amami), soutenue le 20 octobre 2014.
    • Gilian Basso, Approche à base d’agents pour l’ingeniérie et le contrôle de micro-réseaux, Thèse en Informatique de l'Université de Technologie Belfort-Montbéliard, dirigée par Vincent Hilaire, soutenue le 9 décembre 2013.
    • Mathieu Chouchane, Optimisation spatio-temporelle d’efforts de recherche pour cibles manoeuvrantes et intelligentes, Thèse en Informatique de l'Université d'Aix-Marseille, dirigée par Mustapha Ouladsine et encadrée par Sébastien Paris et François le Gland, soutenue le 17 octobre 2013.
    • Manuel Clergue, Paysages et Dynamiques : contributions à l'évolution artificielle, Thèse d'Habilitation à Diriger des Recherches de l'Université des Antilles et de la Guyane, soutenue le 7 décembre 2011.
    • Sébastien Derivaux, Construction et classification d'objets à partir d'images de télédétection par une approche itérative guidée par des connaissances du domaine, Université de Strasbourg, avril 2009. Rapporteur : Renaud Barate, « Apprentissage de fonctions visuelles pour un robot mobile par programmation génétique, » Ecole Nationale Supérieur de Techniques Avancées, novembre 2009.
    • Laura Diosan, Exploring Hybrid Approaches based on Evolutionary Algorithms, INSA de Rouen, octobre 2008.
    • Amir Nakib, Conception de méta-heuristiques d'optimisation pour la segmentation automatique d'images. Application à des images biomédicales, Université Paris 12, décembre 2007.
    • Dalibor Fiala, 'Web Mining Methods for the Detection of Authoritative Sources, Université Louis Pasteur, Strasbourg, novembre 2007.
    • Salma Mesmoudi, Conception d'un système informatique mimétique pour résoudre le problème du voyageur de commerce : Application à la cartographie physique du génome, Université de Tanger, Novembre 2005.
  • En tant qu'exminateur :
    • Aymen Sellaouti, Méthode collaborative de segmentation et classification d'objets à partir d'images de télédétection à très haute résolution spatiale, thèse en informatique de l'Université de Strasbourg en co-tutelle avec l'Université de Tunis, dirigée par Aline Deruyver et Khaled Bsaïes, soutenue le 16 septembre 2014
    • Jean-Noël Martin, No Free Lunch et recherche de solutions structurantes en coloration, Thèse en informatique de l'Université Technologique de Belfort-Montbéliard, dirigée par Alexandre Caminada, soutenue le 9 décembre 2010
    • Olivier Pauplin, Adaptation de l'algorithme des mouches à un environnement dynamique réel, Université Paris V, septembre 2007.
    • Kamel Slimani, Système d'échange et de partage de connaissances pour l'aide à la conception collaborative, Université Lyon I, septembre 2006.
    • Amine Boumaza, Application de l'Algorithme des Mouches à la trajectoire de robots virtuels, Université d'Orsay, Mai 2004.
    • Emmanuel Sapin, Recherche par algorithmes évolutionnaires d'automates cellulaires universels, Univ. de Bourgogne, décembre 2003.
    • Philippe Guermeur, Vision robotique monoculaire : reconstruction du temps avant collision et de l'orientation des surfaces à partir de l'analyse de la déformation, Université de Rouen, octobre 2002.
    • Bogdan Stanciulescu, Identification de modèles physiques d'animation par évolution artificielle, Université Joseph Fourier de Grenoble, mai 2002.
    • Olivier Roux, Mémoire dans les algorithmes à colonie de fourmis, Université du Littoral, décembre 2001.

Diffusion scientifique

Prix et distinctions

Vulgarisation

Diffusion logicielle

Responsabilités scientifiques

  • Domaine :
    • Optimisation de problèmes complexes par algorithmes stochastiques inspirés de la nature.
    • Parallélisation des algorithmes évolutionnaires sur clusters parallèles et cartes massivement parallèles de type GPGPU (General Purpose Graphic Processing Units).
  • Applications : fouille de données en bio-informatique, optimisation du paramétrage d'implants cochléaires, optimisation de parcours pédagogiques, recherche en automates cellulaires, ...
  • Spécialiste en :
    • Systèmes Complexes
    • Programmation Génétique,
    • Algorithmes évolutionnaires (algorithmes génétiques, stratégies d'évolution, et autres paradigmes connexes),
    • Algorithmes évolutionnaires interactifs,
    • Optimisation par essaim particulaire et par colonies de fourmis (OCF).
    • Émergence (parallélisme au niveau des données, agents autonomes, ...).
    • Systèmes éducatifs intelligents.
    • Chirurgie Assistée par Ordinateur.
    • Avionique et mécanique du vol.
  • Membre de l'Advisory Board, et auteur de trois chapitres du livre Handbook of Research on Nature Inspired Computing for Economics and Management, (avec comité de lecture international), coordonné par J.-P. Rennard, Sept. 2006.
  • Editeur en chef, avec Evelyne Lutton, d'un numéro double sur l'Evolution Artificielle du journal TSI (Lavoisier), Janvier 2007.
  • Auteur du langage EASEA (EAsy Specification of Evolutionary Algorithms)
  • Entretien dans le magazine Automates Intelligents d'avril 2001.

Anciens Projets

Cliquez ICI pour quelques anciens projets.

Enseignement

Responsabilités administratives

  • Directeur du Département d'Informatique de l'UFR Mathématique et Informatique de l'Université de Strasbourg depuis juillet 2011
  • Membre du Comité d'Experts en informatique 27è section depuis 2010.
  • Président du comité de sélection

Liens généraux

Liens personnels

Page web de Valérie Collet.

Contact

Mon bureau est le C337 (au 3ème étage) du bâtiment C du LSIIT (situé très logiquement entre le bâtiment B et le bâtiment A). 


Pr Pierre Collet
LSIIT - UMR7005
Pôle API
Bd Sébastien Brant - BP 10413
67412 Illkirch cedex

Tel : +33 (0)3 68.85.45.80 
Fax : +33 (0)3 68.85.44.45 
courriel : Pierre.Collet @ unistra.Fr

Page modifiée le 31 décembre 2009 à 08:44 (CET)

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