Équipe CSTB : Systèmes Complexes et Bioinformatique Translationnelle

Parallélisation sur GPU de calcul pour la chimie

De Équipe CSTB : Systèmes Complexes et Bioinformatique Translationnelle
Révision datée du 24 mai 2016 à 15:02 par Collet (discussion | contributions)
(diff) ← Version précédente | Voir la version actuelle (diff) | Version suivante → (diff)
Aller à la navigation Aller à la recherche
* Encadrants : Pr Pierre Collet, Pr Marc Heny
* Lieu du l'apprentissage : Laboratoire ICUBE, équipe CSTB, 3 rue Humann, 67000 Strasbourg
* Stage d'été 2016 de 2 à 3 mois


Programmation sur GPU (CUDA/OPENCL) du calcul de l’énergie d'interaction d'un système moléculaire (modélisation moléculaire)

Nous utilisons de manière routinière un programme (MDA) de calcul de l'énergie d'interaction par groupes (interactions entre ensembles d'atomes choisis). Ce programme utilise la sommation d'Ewald pour le calcul des interactions électrostatiques de systèmes périodiques. Cette méthode décompose le calcul en deux parties : un calcul dans l'espace direct limité par un rayon maximal d'interaction (cutoff) et un calcul dans l'espace réciproque (transformée de Fourier).

Le but de ce stage sera d'essayer de paralléliser sur GPU (Nvidia GTX780) ces deux calculs (déjà parallélisés en mémoire partagée avec openmp) de manière efficiente.