Équipe CSTB - Systèmes Complexes, Bioinformatique Translationnelle

Karim El Soufi

De Équipe CSTB - Systèmes Complexes, Bioinformatique Translationnelle
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Thèse

Titre de la thèse: Code circulaires: algorithmes de recherche et de visualisation

Directeur de thèse: Christian MICHEL

Unité d’Accueil: ICube

Établissement de rattachement: Université de Strasbourg

Sujet: L'objectif de cette thèse est de poursuivre les développements théoriques des codes circulaires dans les gènes. Cette théorie, initiée en 1996 par l'équipe, fait actuellement l'objet de nombreux travaux internationaux, aussi bien en mathématiques (combinatoire et théorie des groupes) qu'en biologie.

Des motifs basés sur le code circulaire X autocomplémentaire et C3 identifié en 1996 dans les gènes des procaryotes et des eucaryotes, sont observés dans les ARN, c'est-à-dire dans des régions non codantes des protéines. Sept motifs X de longueur supérieure à 15 nucléotides sont identifiés dans les 16S ARN ribosomiques, et en particulier un motif X dans le centre de décodage qui reconnaît l'hélice codon-anticodon de l'ARN de transfert (Michel, 2012). De nombreux motifs apparaissent également de façon significative dans les régions 5’ et/ou 3’ de 16 ARN de transfert isoaccepteurs des procaryotes et eucaryotes (Michel, 2013). Un concept de code de translation des gènes basés sur deux codes est récemment proposé: un code génétique pour traduire les codons en acides aminés et un code circulaire pour retrouver et synchroniser la phase de lecture des gènes (Michel, 2012).