Équipe CSTB : Systèmes Complexes et Bioinformatique Translationnelle

Julie Thompson

De Équipe CSTB : Systèmes Complexes et Bioinformatique Translationnelle
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Mes centres d'intérêt concernent essentiellement le développement d’approches in silico robustes, automatisées et intégrées (approches analytiques, statistiques, intégration et fouille de données, extraction et représentation des connaissances...) pour étudier l'évolution et le comportement des systèmes biologiques complexes (« hyperstructures », réseaux, etc.) chez l'homme et divers modèles animaux. Profitant de nos approches informatiques intégrées et dans le cadre de collaborations au niveau international, national et local, nous participons à l'analyse de systèmes complexes impliqués dans diverses maladies humaines, notamment l'étude des déficiences fonctionnelles liées aux maladies rétiniennes ou du cerveau, l'identification de variations génétiques liées aux ciliopathies et la caractérisation du contexte génomique et transcriptomique dans divers cancers.


Projets en cours

  • Implication dans le projet Européen Infrastructures [www.structuralbiology.eu/ INSTRUCT]
  • Implication dans le projet ANR Infrastructures BIPBIP: Paradigme d'Inference Bayesienne pour la Biologie Structurale in silico
  • Implication dans le projet UniTwin Complex Systems Digital Campus de l'UNESCO
  • Analyses évolutives des séquences protéiques issues des données NGS, appliqués à la Santé en collaboration avec les thématiques la fouille de données et l'optimisation stochastique.
  • GREMSAP (GRid Evolutionary Multiple Sequence Alignment Platform), en collaboration avec la thématique l'optimisation stochastique, l’Institut des Systèmes Complexes Paris Île de France, l’Institut de Neurobiologie Albert Fressard.
  • Social Network Clinical Database for Intellectual Disabilities : Mise en place d’un réseau social de patients autour de maladies génétiques amenant des déficiences intellectuelles, en collaboration avec la thématique l'optimisation stochastique, l’équipe Médecine translationnelle et neurogénétique, IGBMC et l’Université Cheikh Anta Diop au Sénégal.
  • Infrastructure big data pour l’analyse translationnelle des mutations impliquées dans les maladies génétiques humaines. BIRD/SM2PH-central a pour but l’intégration de données hétérogènes (génomiques, phénotypiques, évolutives, réseaux cellulaires, …), avec les méthodes de fouilles de données (règles d’associations, programmation logique inductive, …), et inclut la conception d'un langage de requête sémantique (BIRD-QL) et le développement d’interfaces graphiques originales.


Publications

Khenoussi W, Vanhoutrève R, Poch O, Thompson JD. SIBIS: a Bayesian model for inconsistent protein sequence estimation. Bioinformatics. 2014 30:2432-9.

Bermejo-Das-Neves C, Nguyen HN, Poch O, Thompson JD. A comprehensive study of small non-frameshift insertions/deletions in proteins and prediction of their phenotypic effects by a machine learning method (KD4i). BMC Bioinformatics. 2014 15:111.

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Autres activités

Editeur de livre “Functional proteomics: Methods and protocols”, Springer Humana Press, USA

Editorial board Current Bioinformatics, Molecular Biotechnology

Reviewing Bioinformatics, BMC Bioinformatics, BMC Evolutionary Biology, Nucleic Acids Research, Proteins: Structure, Function and Bioinformatics, Journal of Molecular Evolution Grant reviews for ANR Membre du committee, ‘Gravitation’ program, Netherlands Organisation for Scientific Research, 2012Evaluator, Partnership Programme, PCCA 2011, Romanian National Council for Development and Innovation Member of Comité National, CNRS (2007-2008) Member of thesis Jury: E Bresso, Univeristé de Lorraine, 2013; C Kemena, CRG, Barcelona 2012, P Gouret Univ Provence 2010, France; M Vanhulsel Hasselt University, Belgium, 2009;

Organisation de manifestations / conférences European Conference Computational Biology (ECCB) 2014. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques JOBIM 2010-2012. ACS/IEEE International Conference on Computer Systems and Applications AICCSA'10.

Enseignement Bioinformatics and comparative genomics course, Unioversité de la Réunion. (~20 H) (2013) Bioinformatics and comparative genomics course, Institut Pasteur Paris. (~20 H) (2010) Bioinformatics and comparative genomics course, organised by Institut Pasteur and EMBO. Brazil. (~20 H) (2008) Bioinformatics courses for IGBMC PhD program and Université de Strasbourg. (~10 H) (since 2007) Organisation of bioinformatics courses for IGBMC PhD programme and Université de Strasbourg (since 2007)

Supervision d'étudiants Post-docs: Prosdocimi F 2008-2009; Ruano-Rubio V 2008-2009;

PhD thesis: Bermejo C 2013-2016; Vanhoutrève 2013-2106; Linard B 2009-2012; Aniba MR 2007-2010; Masters: Lahure A 2011; Tankari A 2009; Karstens K 2008; Aniba MR 2007.

Prix ISI Web of Science, highly cited researcher in Biology and Biochemistry (isihighlycited.com, >75,000 citations); Prix Madeleine Lecoq de l’Académie des Sciences (2007); Prix Cristal du CNRS (2005)

Contact

Dr. Julie Thompson
ICube, UMR CNRS 7357 
Faculté de Médecine
Bât. 3 5ième étage,
11 rue Humann
F-67000 Strasbourg

Mailing address:
Faculté de Médecine
ICube, UMR 7357
LBGI
4, rue Kirschleger
F- 67085 Strasbourg cedex



Tel : +33 (0)3 68 85 32 96 
courriel :  thompson@unistra.fr
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