Julie Thompson

• Directeur de Recherche CNRS, au Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie de l'Université de Strasbourg, Unité Mixte de Recherche CNRS 7357.
• Co-responsable de la thématique LBGI Bioinformatique et Génomique Intégratives.
• Responsable de la plate-forme bio-informatique, systèmes complexes BICS et la plate-forme bio-informatique de Strasbourg BISTRO.

Recherche

Mes centres d'intérêt concernent essentiellement le développement d’approches in silico robustes, automatisées et intégrées (approches analytiques, statistiques, intégration et fouille de données, extraction et représentation des connaissances...) pour étudier l'évolution et le comportement des systèmes biologiques complexes (« hyperstructures », réseaux, etc.) chez l'homme et divers modèles animaux. Profitant de nos approches informatiques intégrées et dans le cadre de collaborations au niveau international, national et local, nous participons à l'analyse de systèmes complexes impliqués dans diverses maladies humaines, notamment l'étude des déficiences fonctionnelles liées aux maladies rétiniennes ou du cerveau, l'identification de variations génétiques liées aux ciliopathies et la caractérisation du contexte génomique et transcriptomique dans divers cancers.

Projets en cours (avec financement)

• Partenaire, projet FRM : 1000 exomes contre les myopathies: identification et analyse intégrée de nouveaux gènes (2014-2017)
• Partenaire, projet ANR infrastructure: “ReNaBi-IFB : Bioinformatique structurale" (2013-2020)
• Task leader, projet ANR infrastructure BIPBIP: ‘Bayesian inference paradigm: Biology in processors’ (2012-2017)
• Responsable développement bioinformatique pour INSTRUCT : European Strategy Forum for Research Infrastructures (ESFRI) (2011-2016)
• Responsable développement bioinformatique pour le ‘French Infrastructure for Integrated Structural Biology’ (FRISBI) (2011-2016)
• Task leader, projet ANR : EvolHHuPro, “Definition of evolutionary histories for the human proteome” (2007-2010)
• Task leader, projet AFM Décrypthon: “Large-scale identification of transcriptional networks during myogenesis" (2007-2009)
• Partenaire, projet FP7: SPINE2-Complexes (From Receptor to Gene: Structures of complexes from signalling pathways linking immunology, neurobiology and cancer) (2006-2009)

Projets en cours (sans financement)

• Implication dans le projet UniTwin Complex Systems Digital Campus de l'UNESCO
• Analyses évolutives des séquences protéiques issues des données NGS, appliqués à la Santé en collaboration avec l'équipe Science des Données et Connaissances et la thématique l'optimisation stochastique.
• GREMSAP (GRid Evolutionary Multiple Sequence Alignment Platform), en collaboration avec la thématique l'optimisation stochastique.
• Social Network Clinical Database for Intellectual Disabilities : Mise en place d’un réseau social de patients autour de maladies génétiques amenant des déficiences intellectuelles, en collaboration avec la thématique l'optimisation stochastique, l’équipe Médecine translationnelle et neurogénétique, IGBMC et l’Université Cheikh Anta Diop au Sénégal.
• Infrastructure big data pour l’analyse translationnelle des mutations impliquées dans les maladies génétiques humaines. SM2PH-central a pour but l’intégration de données hétérogènes (génomiques, phénotypiques, évolutives, réseaux cellulaires, …), avec les méthodes de fouilles de données (règles d’associations, programmation logique inductive, …).

Autres activités

Représentant français pour l’infrastructure européenne Elixir, Programmes of Work : (i) ‘data interoperability strategy’ et (ii) ‘training’

Membre suppléant du Comité de Pilotage de l’Institut Français de Bioinformatique (IFB)

Auteur de livre "Statistics for Bioinformatics : Methods for multiple sequence alignment", ISTE Science Publishing (en cours)

Editeur de livre “Functional proteomics: Methods and protocols”, Springer Humana Press, USA

Editorial board BMC Bioinformatics, Current Bioinformatics, PeerJ

Reviewing Bioinformatics, BMC Bioinformatics, BMC Evolutionary Biology, Nucleic Acids Research, Proteins: Structure, Function and Bioinformatics, Journal of Molecular Evolution

Expertise

HCERES (LBMC, Lyon; 2015)

ANR, expertise projets

Membre du comité pilotage: FRM Analyse Bioinformatique, 2014

Membre du committee, ‘Gravitation’ program, Netherlands Organisation for Scientific Research, 2012

Evaluator, Partnership Programme, PCCA 2011, Romanian National Council for Development and Innovation

Membre du Comité National, CNRS (2007-2008)

Membre du jury HDR : M Smail, 2014

Member du jury de thèse : Mokaddem A, Université de Tunis, 2014; E Bresso, Univeristé de Lorraine, 2013; C Kemena, CRG, Barcelona 2012, P Gouret Univ Provence 2010, France; M Vanhulsel Hasselt University, Belgium, 2009;

Organisation de manifestations / conférences European Conference Computational Biology (ECCB) 2014. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques JOBIM 2010-. ACS/IEEE International Conference on Computer Systems and Applications AICCSA'10.

Enseignement Bioinformatics and comparative genomics course, Université de la Réunion. (~20 H) (2013) Bioinformatics and comparative genomics course, Institut Pasteur Paris. (~20 H) (2010) Bioinformatics and comparative genomics course, organised by Institut Pasteur and EMBO. Brazil. (~20 H) (2008) Bioinformatics courses for IGBMC PhD program and Université de Strasbourg. (~10 H) (since 2007) Organisation of bioinformatics courses for IGBMC PhD programme and Université de Strasbourg (since 2007)

Supervision d'étudiants

PhD thesis: Aouled El Haj Mohamed S 2014-2017; Bermejo C 2013-2016; Vanhoutrève R 2013-2106; Linard B 2009-2012; Aniba MR 2007-2010;

Masters: Gass H 2016; Gilg M 2016; Bruxelles T 2015; Khenoussi W 2014; Bermejo C 2012; Schneider 2012; Lahure A 2011; Tankari A 2009; Karstens K 2008; Aniba MR 2007.

Prix ISI Web of Science, highly cited researcher in Biology and Biochemistry (isihighlycited.com, >75,000 citations); Prix Madeleine Lecoq de l’Académie des Sciences (2007); Prix Cristal du CNRS (2005)

Publications

• Liste des publications

Contact

Dr. Julie Thompson
ICube, UMR CNRS 7357 
Faculté de Médecine
Bât. 3 5ième étage,
11 rue Humann
F-67000 Strasbourg

Mailing address:
Faculté de Médecine
ICube, UMR 7357
LBGI
4, rue Kirschleger
F- 67085 Strasbourg cedex

Tel : +33 (0)3 68 85 32 96 
courriel :  thompson@unistra.fr