Faits marquants

Activités de l'équipe en 2022 | Années précédentes

Activités scientifiques

Janvier 2023

11/01: intervention à la conférence Intelligence Artificielle de l'ESBS : "Intelligence artificielle, éthique et santé" (A. Jeannin-Girardon)

Décembre 2022

20/12: Validation de l'organisation de la première conférence CCE'23 (Complex Computational Ecosystems) à l'UFAZ à Baku (24-27 avril 2023)

Novembre 2022

2/11: démarrage de la thèse 'Contrat doctoral Grand-Est/EPITA' de Majed Jaber 'Structural and spectral analysis of dynamic graphs for attack detection' (Co-direction: Pierre Parrend, Aline Deruyver; co-encadrement: Nicolas Boutry, EPITA Paris)
09/11 : Soutenance de l'HDR de Anne Jeannin-Girardon, intitulée "Contributions à une approche épistémologique de l’intelligence artificielle"
10/11 : Soutenance de la thèse de Romain Orhand, intitutlée "Vers une Intelligence Artificielle Autonome et Explicable pour des Environnements Incertains"
25/11 : Participation au colloque de l'AFSCET Catégorisation et IA : Vision du monde et action sur le monde par Pierre Collet

Octobre 2022

17 - 20 / 10 : Evaluation HCERES du laboratoire ICUBE et de l'équipe CSTB
17/10 : Soumission d'un projet pour l'AAP ANR Science avec et pour la société – Recherches participatives 1 (SAPS-RA-RP1) 'GenIDA - Génétique de la Déficience Intellectuelle et des troubles du spectre Autistique' avec Pauline Burger, IGBMC.
14/10 : Soumission d'un projet Chaire de professeur junior 'Atlas comparatif des répertoires de gènes et relations génotype-phénotype' porté par Odile Lecompte.
14/10 : Jury de la thèse de Marwa Ben M'Barek de l'Université PSL intitulée "Détection de communautés dans les grands réseaux : Application aux réseaux d'interactions de gènes" (Pierre Collet, rapporteur)
13/10 : Réunion de travail avec Emmanuelle Leize (Laboratoire de Spectrométrie de Masse des Interactions et des Systèmes) pour discuter d'un projet d'utilisation d'approches IA en protéomique. J. Thompson, K. Chennen.
08/10 : Réunion de travail avec SDC (Nicolas Lachiche, Gabriel Frey) dans le cadre de la thèse de Hajer Zekri. J. Thompson, K. Chennen.
04/10 : Présentation orale de Dorine Merlat au Congrès Biodiversity Genomics 2022

Septembre 2022

29/09 - Arrivée de Ali Khudiyev (doctorant UFAZ en cotutelle avec l'Université du Pétrole en Azerbaidjan), co-direction Pierre Collet Latafat Gardashova, co-encadrant Rabih Amhaz
15/09 - Arrivée de Rauf Fatali (doctorant UFAZ en cotutelle avec l'Université du Pétrole en Azerbaidjan), co-direction Aline Deruyver - Latafat Gardashova, co-encadrant Rabih Amhaz
17/09 - 18/09 : Participation d'O. Lecompte au congrès Quest for Orthologs/ECCB (Sitges, Espagne)
26/09 : Participation d'O. Lecompte au jury d'HDR de Camille Berthelot (Institut Pasteur)

Août 2022

29/08 - 2/09 : Participation au colloque éducation à distance organisé par Jean-Luc Patry à l'Université de Vienne
16/08 : Projet ANR CoRReau (aqua-terrorisme qui vise à compromettre la disponibilité et la qualité de l'eau potable dans une ville) accepté (Pierre Parrend)
14/08 : Validation d'une bourse région XDGMed (P. Parrend, A. Deruyver)

Juillet 2022

01/07 : Participation de J.-S. Sereni au jury de thèse de Hoang La en tant qu'examinateur, LIRMM, Université de Montpellier
06/07 : Exposé à International Conference on Graph Theory: Spanning trees in regular graphs (J.-S. Sereni)
06/07 : Cours sur l'éthique à l'école d'été Data Ethics à Barcelone (Pierre Collet)
08/07 : Fin du projet HILISIT (HybrIdation en LIcence ScIenTifique) (Pierre Collet)

Juin 2022

03/06 : Réunion avec Google Cloud pour présenter le projet OrthoInspector, et l'utilisation d'IA pour l'intégration de la structure 3D dans l'analyse des variants génétiques (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Arnaud Kress, Julie Thompson)
10/06 : Participation de J.-S. Sereni au jury de thèse de Yitting Jiang en tant que rapporteur, IRIF, Université de Paris
15/06 : Intervention à la journée doctorale de l'UHA à Mulhouse : "Intelligence Artificielle : de la technique aux enjeux sociaux" (Anne Jeannin-Girardon)
16-17/06 : Kickoff meeting du projet Atelier de la Donnée, Unistra ADELE Helpdesk (J. Thompson)

Mai 2022

17/05 : Séminaire de Kirsley Chennen : Printemps de la donnée, les données dans la thèse, organisé par l'Université de Strasbourg et l'Université de Haute-Alsace
20/05 : Séminaire d'équipe 'une éthique pour le 21è siècle', Pierre Collet

Avril 2022

04-08/04 : Colloque en ligne « Directed Minors & Digraphs Structure Theory », organisé par J.-S. Sereni, R. Steiner & S. Wiederrecht dans le cadre du réseau « A Sparse (Graphs) Coalition »
05/04 : Réunion avec l'équipe SDC (N. Lachiche, G. Frey) : analyse par graphes des réseaux biologiques
20/04 : Réunion Institut Francais de Bioinformatique, GT Bioinfo Santé (K. Chennen, J. Thompson)
22/04 : Présentations de posters aux ED days de l'ED des Sciences de la Vie et de la Santé (C. Rutz, C. Meyer)
25/04 : Première réunion de GT RDA (Research Data Alliance) Strasbourg (J. Thompson)
29/04 : Première réunion de GT Données EST, RDG (Recherche Data Gouv) : projets 'Atelier de la donnée' (J. Thompson)

Mars 2022

02/03 : Projet RainRARE, reception des données de transcriptomique et analyse ((Wojciech Krezel, Kirsley Chennen)
14/03 : Participation de O. Lecompte au jury d'HDR d'Anaïs Bardet, Université de Strasbourg
16/03 : Réunion NMD (Non-Sens mediated mRNA decay) - Thérapies de Translecture (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Nicolas Hass, Jean-Paul Renaud, Fabrice Lejeune)
23-24/03 : Kick-off meeting de l'ANR PRCI GEODE au LOEWE Centre for Translational Biodiversity Genomics (Francfort) (O. Lecompte, C Rutz, D Merlat)
23/03 : Participation de J. Thompson au jury d'HDR de Pierre Poulain, Université de Paris Diderot
29/03 : Invitation au CAGI6 meeting (Challenge Critical Assessment of Genome Interpretation VIth version) suite aux prédiction fournies; résultats à venir

Février 2022

18/02 : Réunions de travail avec SDC, CSIP, FEMTO-ST, Mob-ion et AAQIUS dans le cadre du projet AI-ReFuel ANR 2022 (préparation d'une proposition détaillée pour le passage à la phase 2), Ali Ayadi coordinateur du projet.
23/02 : Réunion avec Laurence Choulier (faculté de pharmacie) pour discuter d'une co-direction de thèse possible (Quentin Rott), Julie Thompson, Odile Lecompte
24/02 : Réunion avec Prof. Bourcier et Emilia Koestel, Ophtalmologue, CHU de Strasbourg pour discuter d'une collaboration possible suite au projet Myo-XIA, avec Corentin Meyer, Julie Thompson, Olivier Poch, Pierre Collet

Janvier 2022

03-07/01 : Participation (en ligne) de J.-S. Sereni au colloque Graph Theory à Oberwolfach (Allemagne)
17/01 : Participation d'O. Lecompte au meeting organisé par le consortium européen ERGA (European Reference Genome ATlas)
18-19/01 : Meeting Institut de Myologie Paris; Projet: IA et base de connaissances multi-niveaux pour le diagnostic des myopathies congénitales (Corentin Meyer/Olivier Poch/Kirsley Chennen)
21/01 : Réunion avec la société CInflows e-solutions for medical workflows, sur l'utilisation de l'IA pour la détermination de la taille de valves cardiaques et sur l'anonymisation de fichiers médicaux
24/01 : Réunion avec la société Urania Therapeutics, sur la création d'une base de connaissances dédiées aux thérapies des maladies génétiques à faux-sens technologie des molécules de 'Read-Through' au sein des ribosomes (Olivier Poch/Kirsley Chennen/Nicolas Haas)

Visiteurs

18-19/08 : Visite de Mikhail Isaev (School of Mathematics, Monash University)
18/08 : Exposé de M. Isaev au séminaire de calcul stochastique (IRMA) : The expected number of spanning trees in random graphs with given degrees.

18-22/07 : Visite de Ugo Giocanti (G-SCOP, Université Grenoble Alpes)

25-29/04 : Visite de Z. Dvořák & B. Moore (Université Charles de Prague, République tchèque)

07-11/02 : Visite de J. Volec (Czech Technical University, République tchèque).
10/02 : Exposé de J. Volec au séminaire de calcul stochastique (IRMA) : Graph limits, common graphs and Sidorenko's conjecture.

Doctorats

10/10 : Comité de suivi de thèse de Luka Ljudevit Boštjančić, co-encadré par Odile Lecompte
13/10 : Comité de suivi de thèse de Lena Bonassin, co-encadré par Odile Lecompte
01/10 : Début de la thèse de Dorine Merlat (Direction : O. Lecompte)

13/06 : Présentation au comité de suivi de thèse de Hiba Khodji, co-encadrée par Pierre Collet / Anne Jeannin et Julie Thompson
15/06 : Présentation au comité de suivi de thèse de Christelle Rutz, encadrée par Odile Lecompte
20/06 : Présentation au comité de suivi de thèse de Alix Simon, co-encadrée par Jocelyn Laporte (IGBMC) et Julie Thompson

24/05 : Soutenance de thèse d'Anna Leonteva 'Evolutionary and Quantum-inspired Algorithms for the Optimization of Magnetic Cooling Systems', co-encadré par Pierre Collet, Pierre Parrend et Anne Jeannin
30/05 : Présentation au comité de suivi de thèse de Corention Meyer, co-encadré par Olivier Poch et Pierre Collet

01/03 : Début de la thèse de Lena Bonassin - direction : O. Lecompte, co-direction : K. Theissinger (Francfort)
01/03 : Début de la thèse de Ljudevit Luka Boštjančić - direction : K. Theissinger (Francfort), co-direction : O. Lecompte

11/01 : Début de la thèse de Julien Michel sur le projet Damiage, direction de thèse Pierre Parrend (programme RAPID, porté par l'EPITA)
25/01 : Session de travail 'Détection d'anomalies dans les réseaux' avec les doctorants et post-doctorants de Réseau (Cristel Pelsser) et CSTB (Pierre Parrend)

Stages

01/06 : Début du stage volontaire L2 de Inès Wurch (Science de la vie, biologie moléculaire) encadrée par Julie Thompson, Nicolas Scalzitti et Corentin Meyer
01/06 : Début du stage volontaire L2 de Jérémie Carabin (Science de la vie, biologie moléculaire) encadré par Julie Thompson, Olivier Poch
06/06 : Début du stage de Pierre Michel, M1 SdV, Biologie structurale intégrative et bio-informatique, Université de Strasbourg encadré par Julie Thompson, Kirsley Chennen, Nicolas Scalzitti

01/04 : fin du projet Freezer avec les étudiants de l'EPITA (outil de réaction en cas d'attaque informatique, qui permet d'empêcher la connexion de nouveaux utilisateurs, l'ouverture de nouveaux accès réseaux), encadrés par Pierre Parrend

01/03 : Début du stage M2 de Henri Joel Azemena (Master de l'Université de Lorraine) encadré par Ali Ayadi

28/02 : Début de stage M1S2 de Tuba Uslu (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadrée par Julie Thompson
28/02 : Début de stage fin d'étude de Souliman El Moussaoui (ECAM formation Data Science) encadrée par Julie Thompson, Kirlsey Chennen, Nicolas Scalzitti, collaboration Jean Muller, Laboratoire de diagnostic génétique, CHU de Strasbourg
28/02 : Début de stage M1S2 de Timothé Benoît (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadré par Claudine Mayer
28/02 : Début de stage M1S2 de Anthony Seyller (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadré par Claudine Mayer et Kirsley Chennen
28/02 : Début de stage de Khayala Gaybaliyeva, M2 Sciences de Données et Intelligence Artificielle, Université Franco-Azerbaidjanaise, encadrante Nathalie Al Makdessi
28/02 : Début de stage de Mahir Israyilov, M2 Sciences de Données et Intelligence Artificielle, Université Franco-Azerbaidjanaise, encadrants Ali Ayadi, Anne Jeannin-Girardon et Pierre Collet

03/01 : Début du stage M2S4 de Dorine Merlat (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadrée par O. Lecompte
03/01 : Début du stage M2S4 de Nicolas Haas (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadré par O. Poch et K. Chennen
03/01 : Début du stage M2S4 de Arthur Vogt (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadré par C. Mayer

Activités administratives

01/12 : Première assemblé Coalition for Advancing Research Assessment (COARA) (J. Thompson)
01/12 : Réunion du groupe Research Data Alliance (RDA) de l'Université de Strasbourg (J. Thompson)

21/11 : Comité de pilotage Mentorat en Alsace (O. Lecompte)
23/11 : Réunion pour l'organisation d'une école de printemps IA Alsace Tech (O. Lecompte)
22/11 : Comité de pilotage Science Ouverte de l'Unistra (J. Thompson)
24/11 : Comité de pilotage Atelier de la donnée ADELE (J. Thompson)

14/10 : Comité de pilotage Science Ouverte de l'Unistra (J. Thompson)
24/10 : RDA organisational assembly (J. Thompson)
25/10 : Réunion collège EOSC France (J. Thompson)
04/10 : Comité de pilotage Mentorat en Alsace (O. Lecompte)

28/09 : RDA organisational assembly (J. Thompson)

23/06 : Réunion pour discuter de l'évolution du Schéma Directeur du Numérique (J. Thompson)
24/06 : Comité de pilotage Science Ouverte de l'Unistra (J. Thompson)

23/05 : Réunion de préparation du projet UnivOAK 2 (Julie Thompson)

05/04 : Réunion du comité de pilotage Mentorat en Alsace - Université de Strasbourg et Université de Haute Alsace (O. Lecompte)
08/04 : Comité de pilotage Science Ouverte de l'Unistra (J. Thompson)
28/04 : Réunion Société Urania Therapeutics-CSTB dans le cadre du dépôt de demande de la bourse CIFRE : "Développement d’un algorithme d’intelligence artificielle dédié aux thérapies de translecture : Application aux maladies génétiques rares" (25/04/2022) (N. Haas, K. Chennen, O. Poch)

09/03 : Réunion Urania Therapeutics discussion sur les contours d'une bourse CIFRE (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Nicolas Hass, Jean-Paul Renaud)
14/03 : Réunion Discussion Participation CSTB à l'UE Master Omiques, Bioibfo, données de santé (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Agnes Bloch-Zupan)
24/03 : Soumission de l'ANR Correau sur la cybersécurité des réseaux d'eau (Pierre Parrend)
28/03 : Réunion avec plusieurs membres de Google Cloud pour discuter d'une éventuelle collaboration autour du projet OrthoInspector, et l'utilisation d'IA pour l'intégration de la structure 3D dans l'analyse des variants génétiques (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Arnaud Kress, Julie Thompson, Pierre Collet)
31/03 : Réunion avec Professeur Seiamak BAHRAM, PUPH Immunologie biologique, et Vincent Noblet, pour discuter d'une éventuelle collaboration autour d'un projet en analyse par IA des données multi-omiques (Julie Thompson, Olivier Poch, Pierre Collet).

02-03/02 : Organisation des réunions Coalition Café (en ligne) par S. Cambie, R. J. Kang, J.-S. Sereni & Y. Yuditski.
04/02 : Fin de projet MedCTF - application de gestion de données médicale pour challenge de cybersécurité, stage de Tayyip Gedik (encadrement Pierre Parrend)
09/02 : Soumission d'une réponse au Appel à manifestation d’intérêt - Chaire de professeur junior "GROOT: atlas of Gene RepertOire evOluTion", Odile Lecompte
16/02 : Soumission d'un pre-proposal "Development of new analytic tools and pathways to accelerate diagnosis and facilitate diagnostic monitoring of rare diseases" au AP European Joint Programme Rare Diseases, en collaboration avec Amélie Piton, IGBMC.
16/02 : Soumission d'un pre-proposal "RAinMARK : New tools and predictive markers for better patient care and treatment solutions in MCOPS12" au AP European Joint Programme Rare Diseases, en collaboration avec Wojciech KREZEL, IGBMC.
21/02 : Réunion de préparation du projet Correau, ANR phase 2 (INRAE, Eurométropole, CNAM, ICube)
25/02 : Acceptation du projet RARETIA ANR-20-MRB-00XX-03 (ANR/Investissements d'Avenir: Accélérer la Recherche et l'innovation sur les maladies rares grâce aux bases de données)

11/01 : Assemblée Générale de l'IFB, pour discuter de la prochaine feuille de route 2022-2027
20/01 : Réunion préparatoire écriture projet European Joint Programme RARE DISEASES (Olivier Poch/Kirsley Chennen)
31/01 : réunion de préparation du projet RDG AMI Atelier de la donnée (Julie Thompson)

Divers

17/05 : Installation de nos serveurs au DataCenter

Vie de l'équipe

Réunions d'équipe

Dates fixées à partir du 1er janvier - Début des réunions à 13:30

1er mardi du mois : Réunion groupe A (A-G)
2ème mardi du mois : Réunion groupe B (H-N)
3ème mardi du mois : Réunion groupe C (O-Z)
4ème mardi du mois : Réunion Permanents

Session "Jeun's"

Le dernier jeudi du mois à 14:00 : Présentations des "jeunes" pour préparation aux oraux suivies de questions (2 à 3 présentations de 12 min pour stagiaires et doctorants 1ère et 2ème année, 20 min pour doctorants 3ème année).

24/11 : (*) Session "Jeun's" Présentations de Rauf Fatali et Ali Khudiyev
25/04 : (*) Session "Jeun's" Présentations de Quentin Christoffel, Nicolas Haas et Arthur Vogt
06/04 : (*) Session "Jeun's" Présentations de Dorine Merlat, Tuba Uslu, Thimothé Benoit et Antony Seyller
27/01 : (*) Session "Jeun's" Présentations de Lalla Aicha Koné et Yohan Solon