Collaborations

Collaborations internationales

Nos principales collaborations avec des consortia et des équipes à l'internationale incluent :

• Consortium international Quest for Orthologs (QFO) depuis 2011 : avec ETH Zurich, Swiss Institute of Bioinformatics, Centre for Genomic Regulation (Barcelona Institute of Science and Technology), European Molecular Biology Laboratory (EMBL, Heildelberg), European Bioinformatics Institute, Institute of Molecular Life Science/University of Zurich, University of California, Lawrence Berkeley National Laboratory, University of Southern California, Science for Life Laboratory/ Stockholm University, University of Lausanne, University College of London, Center for Plant Systems Biology/Ghent University, Barcelona Supercomputing Center, The University of Tokyo, University of Oxford, University of Barcelona, University of Montpellier, Goethe University Frankfurt, Tokyo Institute of Technology, Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats, National Institutes of Natural Sciences (Okazaki).
• LOEWE Centre for translational biodiversity genomics (Francfort) depuis 2019, avec notamment l'obtention d’un financement ANR PRCI (ANR/DFG) en 2021.
• Swiss Institute of Bioinformatics/University of Lausanne depuis 2020
• Consortium européen ERGA (European Reference Genome Atlas) depuis 2021 : avec The Rockfeller University, Senckenberg Biodiversity and Climate Research Centre, University of Cambridge, Centre for Ecology, Evolution and Environmental Change (Portugal), Universita degli Studi di Milano, University of Göttingen, University of Florence, Uppsala University, University of Liege, University of Oslo, University of Cologne, Barcelona Institute of Science and Technology, University of Porto, Queen Mary University of London, University of Lausanne
• Université de Mannheim depuis 2013, sur le codage mathématique des gènes
• Consortium européen Elixir, services et ressources bioinformatiques, projet H2020, 22 pays membres et plus de 220 organismes de recherche
• Université de Nouakchott Al Aasria, Mauritanie, Mise en oeuvre d’un super-calculateur PARSEC dans la Grille de Calcul de l’Université, collaboration en cours via une doctorante
• Co-création en 2016 et co-direction opérationnelle de l’Université Franco-Azerbaidjanaise (UFAZ) - avec l’Université du Pétrole ASOIU.

Collaborations nationales

Au niveau national, nous maintenons des collaborations étroites avec :

• Station Biologique de Roscoff/ Sorbonne Universités
• Institut Français de Bioinformatique, réseau de 21 plateformes bioinformatiques
• Université de Lille, statistiques pour la phylogénie
• Université de Montpellier, analyse génomique comparative
• CEDRIC, Conservatoire National des Arts et Métiers, algorithmes pour la détection d’attaques complexes
• Laboratoire MSAP (Miniaturisation pour la Synthèse, l'Analyse et la Protéomique (MSAP) UAR 3290), Université de Lille

Collaborations locales

Au niveau régional, nos principales collaborations incluent :

• Laboratoire de Génétique Médicale/Institut de Génétique Médicale d'Alsace, INSERM U1112
• IBMC. Equipe Régulations post-transcriptionnelles et nutrition
• IBMC. Equipe Marie Sissler, analyse de variants génétiques
• IGBMC. Equipe Jocelyn Laporte, analyse de variants génétiques, co-porteurs de projets
• IGBMC. Equipe Amélie Piton, analyse de variants génétiques, co-porteurs de projets
• IGBMC. Equipe Jean-Louis Mandel. Protection des données génétiques
• UMR CNRS 7021 : Natacha Entz-Werlé, analyses transcriptomiques de gliomes
• INSERM 1109 : Olivier Huck, analyses, analyse transcriptomiques de macrophages infectés
• Université de Strasbourg : Dominique Guénot. Equipe « Progression Tumorale et Microenvironnement, Approches Translationnelles et Epidémiologie », analyses bioinformatiques de cancers du colon

Collaborations internes

Nous travaillons également avec d'autres équipes d'ICube, y compris :

• SDC, co-encadrement de doctorants et stagiaires
• IMAGes, serveur web pour services statistiques, co-porteur de projet API
• CSIP, migration de services au Data Center
• Réseaux, Interconnexion de plates-formes de recherche sur la détection d’anomalies dans l’Internet des Objets

Archive des collaborations