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Vie de l'équipe

PRESENTATION EQUIPE(affichage correct à tout type d'écran)

Réunions d'équipe

(*) Nouvelles dates fixées à partir du 1er septembre 2017 : les jeudis de 13h30 à 15h30, Salle 526, Faculté de Médecine, CSTB 5e étage - 11 rue Humann
1er jeudi du mois : Réunion groupe A-M
2ème jeudi du mois : Journal Club
3ème jeudi du mois : Réunion groupe N-Z
4ème jeudi du mois : Réunion Permanents
4ème vendredi du mois : Présentations étudiants / stagiaires

février 2018

- 01/02 : Arrivée de Camille Depenveiller, stagiaire, ingénieur ESBS 3e année (encadrant Olivier Poch)
- 08/02 : (*) journal club
- 15/02 : (*) présentation du groupe B (N-Z)
- 13/02 : Soutenance d'HDR de Jean-Sébastien Sereni sur "Aspects algébriques de coloration de graphes : coloration fractionnaire et nombre de colorations"
- 22/02 : (*) réunion permanents
- 23/02 : Présentations des étudiants / stagiaires

• Nicolas Scalzitti, stagiaire M2 Biologie structurale, bioinformatique et biotechnologies
• Thomas Weber, stagiaire M2 Biologie structurale, bioinformatique et biotechnologies
• Julio Navarro Lara, doctorant informatique
• Camille Depenveiller, stagiaire ingénieur ESBS 3e année

janvier 2018

- 08/01 : Arrivée de deux stagiaires M2 SVD, Nicolas Scalzitti (encadrants Laetitia Poidevin et Olivier Poch) et Thomas Weber (encadrant Julie Thompson)
- 11/01 : (*) réunion des permanents (OJ: site web de l'équipe, retraite Bingidays, mise en place de sessions orales mensuelles pour que les étudiants et stagiaires présentent leur travail, appels à projets, CRBS) suivie de la galette des rois de l'équipe
- 14-20/01 : Présentation de Pierre Collet aux journées thématiques sur les systèmes complexes naturels et artificiels, Rochebrune Megève
- 15/01 : Démarrage du projet ANR CoolMagEvo avec la société CoolTech et l'UMR 6508 CRISMAT à l'EnsiCaen. - 18/01 : (*) journal club
- 18/01: Attribution d'un bourse de soutien du programme « Exploration Japon » de l'ambassade de France au Japon pour Pierre Parrend à l'occasion de sa mission à l'Université Shinshu (Nagano) et de son invitation comme speaker invité à la conférence ICAROB (Beppu), du 27/1/2018 au 6/2/2018
- 19/01 : Colloque scientifique organisé en l'honneur de Raymond Ripp, à la Faculté de Médecine Strasbourg. Intervenants: Jean-Claude Thierry, ancien chargé de mission auprès du Département des Sciences du Vivant du CNRS ; Thierry Leveillard,Institut de la Vision ; Marc Ruff et Philippe Dumas, IGBMC
- 21/01 : Départ à la Retraite de Raymond Ripp
- 22--26/01 : co-organisation et participation à l'école de recherche sur les limites de graphes à l'E.N.S. Lyon, et co-organisation du colloque associé (29/01--02/02), F. Pirot & J.-S. Sereni

décembre 2017

- 01/12 : Arrivée de Clément Schreiner, doctorant (directeur de thèse, Pierre Collet)
- 01/12 : Arrivée d'Ulviya Abdulkarimova, doctorante (directeur de thèse Erik-André Sauleau, co-directeur Pierre Collet)
- 07/12 : (*) Journal Club.
- 08/12 : Présentation de Claudine Mayer "Structural insights in topoisomerase"
- 08/12 : Présentation de Jean-Sébastien Sereni : "Graph Theory: a touch of colouring"
- 11/12 : Soutenance de thèse de Pierre Willaume "Modélisation de formes 3D par les graphes pour leur reconnaissance. Application à la vision 3D en robotique dans des tâches de Pick-and-Place" (directrice de thèse Aline Deruyver)
- 12/12 : Soutenance d'HRD de Pierre Parrend " Emergent Industrial Ecosystems/Systèmes industriels émergents" (Garant Pierre Collet)
- 12--15/12 : Visite de W. Cames van Batenburg dans le cadre d'un P.H.C. van Gogh
- 18/12 : Fête de Noël de l'équipe
- 21/12 : Validation du Projet "CoolMagEvo" par l'ANR (projet de recherche collaborative - entreprise)

novembre 2017

- 02/11 : (*) Présentation du groupe A-M
- 05-08/11 : Colloque du L.I.A. STRUCO à Strasbourg, co-organisé par P. Charbit & J.-S. Sereni.
- 06/11 : arrivée de Clémentine Leporcq, Quentin Rott et Thomas Weber, stagiaires M2 (encadrant Julie Thompson)
- 08-10/11 : Visite de F. Havet dans le cadre du L.I.A. STRUCO.
- 09/11 : (*) Journal Club
- 13/11 : arrivée de Laura Dutto, stagiaire Ingénieur ESBS (encadrant Odile Lecompte)
- 13/11 : Pierre Collet élu directeur du GIS Réseau National des Systèmes Complexes (RNSC)(CA-GIS du 13/11)
- 16/11 : (*) Présentation du groupe N-Z
- 21/11 : workshop 4P Factory à Strasbourg, co-organisé par Pierre Parrend
- 26-28/11 : Participation de Christian Michel au Kick off-Event CAMMBIO (Kompetenzzentrum für algorithmische und mathematische Methoden in der Biologie, Biotechnologie und Medizin) à Mannheim, Allemagne
- 29/11 : Journée Charles Hermite "Complexité :Théorie des graphes et théorie des nombres", organisée par M. Madritsch, C. Raïssi, J.-S. Sereni et T. Stoll
- 30/11 : (*) Présentation du groupe A-M

octobre 2017

- 01/10 : Arrivée d'Audrey Defosset, doctorante, directrice de thèse Odile Lecompte
- 01/10 : Arrivée de Gopal Krishna Dila, doctorant, directeur de thèse Christian Michel
- 01/10 : Arrivée de François Pirot, doctorant, Directeur de thèse Miguel Couceiro, Université de Lorraine, 02/18 co-directeur de thèse Jean-Sébastien Sereni.
- 05/10 : (*) Présentation du groupe A-M
- 05/10 : Journée Pôle de Compétitivité au Palais Universitaire (Contact Projet Médecine Connectée, Anna Leonteva)
- 11/10 : Meeting Projet Médecine Connectée, David Bruchlen ScienceMeUp
- 12/10 : (*) Journal Club
- 12/10 : 3 ANR déposées: 1 CSTB porteur, 2 partenaire
- 13-15/10 : Participation de l'équipe à la Fête de la Science à Strasbourg. Animation d'un stand sur "la nouvelle science des systèmes complexes" pour les scolaires et le grand public. Pierre Collet, Anne Jeannin-Girardon, Julio Navaro Lara, Yannis Nevers, Raymond Ripp.
- 19/10 : (*) Présentation du groupe N-Z
- 23/10 : Meeting rare disease Linked Data and Ontology Task Force (LDOTF) Elixir 2
- 24-25/10 : Workshop Final ANR Infrastructure BIPBIP: Paris présentation WP/CSTB
- 25-27/10 : 13th Biennial International Conference on Artificial Evolution, Paris. Participation de Pierre Collet, Anne Jeannin-Girardon, Pierre Parrend.

septembre 2017

- 01/09 : Arrivée de Jean-Sébastien Sereni, Chargé de Recherche CNRS, précédemment au LORIA (Nancy)
- 01/09 : Julie Thompson est F1000 Faculty member in Bioinformatics, Biomedical Informatics & Computational Biology (https://f1000.com/prime/thefaculty/member/499999771097522671)
- 01/09 : Participation de Pierre Collet au Global Positive Forum à Paris,sous le haut patronage du Président de la République.
- 05/09 : Keynote de Pierre Collet à la conférence KES 2017 à Marseille : http://kes2017.kesinternational.org/index.php
- 06/09 : (*) présentation du groupe A-M
- 12/09 : Démarrage du projet HOPE avec présentation des projets Genida et Radar
- 14/09 : (*) Journal Club
- 14/09 : Présentation d'Anne Jeannin-Girardon sur "Estimation de paramètres pour la modélisation de réponses immunitaires" au séminaire SimCells à Brest
- 12-15/09 : Participation de Yannis Nevers à la conférence 13th [BC]2 Basel Computational Biology Conférence à Bâle
- 17-22/09 : Participation de Kirsley Chennen au BYOD "Rare Disease Registries" d'Elixir-Excelerate à Rome
- 21/09 : (*) présentation du groupe N-Z
- 25--29/09 : visite de Z. Dvořák et J. Pekárek dans le cadre du L.I.A. STRUCO
- 28/09 : Pot de bienvenue pour l'arrivée de Jean-Sébastien Sereni, nouveau membre permanent et d'Audrey Defosset et Gopal Krishna Dila, doctorants.
- 28/09 : (*) réunion de rentrée des permanents
- 29/09 : Séminaire invité, Dr. Daniel T. Jones sur "Lean as management system for the future" Lean Enterprise Academy, Herefordshire, UK
- 29/09 : Soutenance de thèse de Pierre Masai sur "Modeling the lean organization as a complex system", Directeur de thèse, Pierre Collet

juillet 2017

- 03/07 : Arrivée d'un stagiaire 2année EPITECH, Maxime Grosjean (encadrant : Luc Moulinier)
- 03-06/07 : Participation de Yannis Nevers aux journées ouvertes en biologie, informatique et mathématiques et à la rencontre annuelle des jeunes bioinformaticiens à Lille
- 06-07/07: séminaire d'Olivier Poch au colloque "Traitement informatique de larges données en Biologies" à Tours.
- 11-17/07 : Présentation de POEM à Taipei,Taïwan par Pierre Collet
- 13/07 : Séminaire invité, Dr. Pascal Barbry, Directeur IPMC Sophia Antipolis sur : Regulation of multiciliogenesis by non coding RNAs
- 16-22/07 : Participation de Catherine Guth et Anne Jeannin-Girardon à l'international school of deep learning à Bilbao, Espagne
- 17-25/07 : Déplacement de Pierre Collet à Osaka, Japon dans le cadre de la collaboration du projet EASEA Cloud

juin 2017

- 08-10/06 : Participation d'Odile Lecompte au 5th international quest for orthologs meeting et au symposium on evolution of gene families, Los Angeles, CA, USA
- 12/06 : Pierre Collet anime une table ronde "Deep or wide? Analytics, personnel, and scientific inquiry in an era of disposable data" à la 7th Bioinformatics strategy meeting à Londres
- 12/06 : Arrivée d'un stagiaire M1, Nicolas Scalzitti, (encadrant : Raymond Ripp)
- 12/06 : Arrivée d'un stagiaire Magistère 2, Fabien Delhomme (co-encadrant : Anne Jeannin Girardon)
- 14/06 : (*) Journal Club et démo de POMEv2 par Isaac Abtosi et Pierre Collet
- 15/06 : Pierre Collet Associate Editor de l' Eurasia Journal of Mathematics, Science and Technology Education.
- 20-26/06: Présentation de POEM à Taipei,Taïwan par Isaac Abtosi et Pierre Collet
- 21-06 : Barbecue annuel de l'équipe
- 25-06 : Tutoriel portant sur le Deep Learning à la conférence IEEE NEWCAS'17 (Strasbourg) par Anne Jeannin
- 26/06 : Arrivée d'un stagiaire de 2nd, Arthur Caillol (encadrant : Pierre Collet)
- 27/06 : soutenance mi-these de Julio Navarro Lara et Fabio Guigou
- 27/06 : (*) réunion des permanents (OJ : nouveau CR en septembre, CRBS, actualités des différents projets...)
- 28/06 : soutenance mi-thèse de Yannis Nevers, directrice de thèse Odile Lecompte

mai 2017

- 03/05 : (*) présentation du groupe A-M
- 08-12/05: Présentations de Pierre Willaume et Aline Deruyvere à la 15e IAPR International Conference on Machine Vision Applications à Nagoya, Japon.
- 10-12/05 : 1er workshop 'Bring Your Own Data" BOYD sur "Cilipathies resources in Strasbourg" de l'infrastructure Européenne Elixir, (http://www.elixir-europe.org/events/bring-your-own-data-byod-workshop-ciliopathies-resources) organisé à Strasbourg par K. Chennen, O. Poch et J. Thompson, avec la participation des experts du nœud suisse.
- 17/05 : (*) Journal Club
- 22/05 : Arrivée d'un stagiaire 1ère année ingénieur ESBS, Birger Lenz (encadrant Raymond Ripp)
- 24/05 : (*) présentation du groupe N-Z
- 30/05 : (*) réunion des permanent (OJ : CRBS, BBQ, divers)
- 31/05 : Présentations de Dylan Durand, stagiaire DUT (encadrant J. Thompson) et de Yasmina Jaafra, doctorante (co-directrice: Aline Deruyver)

avril 2017

- 03/04 : Arrivée d'un stagiaire DUT, Dylan Durand (encadrant J. Thompson)
- 05/04 : (*) présentation du groupe A-M
- 12/04 : (*) Journal Club
- 14/04 : Date du BYOD Ciliopathies (Bring Your Own Data) Strasbourg : 10-12 Mai (http://www.elixir-europe.org/events/bring-your-own-data-byod-workshop-ciliopathies-resources)
- 20/04 : Publication acceptée "Insights into ciliary genes and evolution from multi-level phylogenetic profiling" Nevers et al. Molecular Biology and Evolution
- 21/04 : Arrivée de Yasmina Jaafra, doctorante (co-directeurs de thèse : Aline Deruyver ; Mohamed Saber Naseur de l'Université de La Manouba, Tunisie)
- 25/04 : workshop "système immunitaires" organisé par Pierre Parrend au CSTB, présentations de Véronique Thomas-Vaslin, Julio Navarro Lara, Fabio Guigou, Pierre Masai.
- 25/04 : (*)réunion des permanents (OJ: CRBS, BICS, IFB, BYOD Strasbourg)
- 28/04 : participation d'Olivier Poch et Julie Thompson à la réunion IFB-Elixir "projet H2025" à l'Institut Pasteur à Paris

Mars 2017

- 04/03 : Publication acceptée "MyGeneFriends: a social network linking genes, genetic diseases and researchers" A. Allot et al.Journal of Medical Internet Research
- 06/03 : Intégration de Claudine Mayer, Institut Pasteur (Professeur associé)
- 07/03 : séminaire de Kirsley Chennen au Swiss Institute of Bioinformatics de Genève sur "Bioanalyses & software development in the field of rare disease: initiatives for the deciphering of the ciliary function and cilipathies". Recherche de nouveaux partenaires dans le cadre de l'organisation des BYODs de l'infrastructure Elixir-Excelerate.
- 08/03 : conférence de Christian Michel sur la bioinformatique théorique aux enseignants ISN de l'Académie de Strasbourg
- 08/03 : (*) présentation du groupe A-M
- 13/03 : Arrivée de deux stagiaires M1 BSBB, Nicolas Scalzitti et d'Asmaoul Housnat SA Thaoubane, (encadrant Julie Thompson)
- 13/03 : Arrivée d'une stagiaire M1 BSBB, Sarah Djeddi (encadrant Odile Lecompte)
- 13/03 : Arrivée d'un stagiaire classe 2nd, Remi Schilling (encadrant Anne Jeannin)
- 15/03 : (*) Journal Club
- 20/03 : Arrivée d'un stagiaire L3 informatique, Paul-Armand Michaud (encadrant Pierre Collet)
- 22/03 : (*) présentation du groupe N-Z
- 28/03 : (*) Réunion permanents (OJ : Budget, BYOD, ANR au 2ème tour, Bilan sorties)
- 28/03 : (*) Kickoff meeting projet ANR DUNE EOLE

Février 2017

- 08/02 : (*) présentation du groupe A-M
- 13/02 : Article accepté pour une conférence internationale, Pierre Willaume
- 13/02 : Arrivée du stagiaire Nestor Demeure Ingénieur ENSIIE (encadrant Anne Jeannin-Girardon)
- 14/02 : Séminaire interne sur : "Systèmes immunitaires artificiels", présentations de Pierre Parrend, Anne Jeannin, Pierre Masai, Fabio Guigou, Julio Navarro Lara
- 15/02 : (*) Journal Club
- 22/02 : (*) présentation du groupe N-Z

Janvier 2017

(*)A partir du 1er janvier 2017 les réunions d'équipe hebdomadaires se dérouleront le mercredi à 13h30 et les réunions des permanents tous les derniers mardis du mois à 13h30.
- 02/01 : arrivée de la stagiaire M2 Viviane Nguefack Ngoune (encadrant Julie Thompson)
- 03/01 : arrivée de la stagiaire M2 Audrey Defosset (encadrant Odile Lecompte)
- 11/01 : (*) présentation du groupe A-M et la galette des rois
- 18/01 : (*) Journal Club
- 19/01 : 3 Appels à Projets Internes ICube 2017 retenus pour le CSTB en inter-équipes dont un en porteur de projet :
Germinal center modeling, (CSTB/SMH), Anne Jeannin CSTB, porteur du projet.
Optim'R BICS (MIV/CSTB/plateforme BICS)
Cartes concentriques multi-valuées (IGG/CSTB)
- 24/01 : Thèse en informatique de Karim El Soufi sur :"Study of circular code motifs in nucleic acid sequences", sous la direction de Christian Michel
- 24/01 : Présentation de Yannis Nevers à la journée de rencontres autour de la bioinformatique organisée par la plateforme BIstrO de l'IFB
- 25/01 : (*) présentation du groupe N-Z
- 25/01 : Présentation de Pierre Collet sur "Les systèmes complexes : une nouvelle science née au XXe siècle" dans le cadre des conférences de l'IREM.
- 30/01 : Publication
Proteome evolution of deep-sea hydrothermal vent alvinellid polychaetes supports the ancestry of thermophily and subsequent adaptation to cold in some lineages. Fontanillas E, Galzitskaya OV, Lecompte O, Lobanov MY, Tanguy A, Mary J, Girguis PR, Hourdez S, Jollivet D. Genome Biology and Evolution (2017) evw298

DECEMBRE 2016

- 06/12 : Présentation de Yannis Nevers sur les protéomes complets disponibles.
- 07/12 : Présentation de Julio Navarro Lara au SSCI (Symposium Series on Computational Intelligences) à Athènes.
- 08/12 : Présentation de Pierre Willaume au SSCI (Symposium Series on Computational Intelligences) à Athènes.
- 08/12 : Présentation aux "BioWin days" à Louvain-la-Neuve, BELGIQUE (Anne Jeannin-Girardon, Pierre Collet et Olivier Poch).
- 13/12 : Présentation de Kirsley Chennen sur l'installation d'un web sémantique au CSTB dans le contexte du projet Elixir.
- 14/12 : Projet ANR DUNE EOLE accepté. CSTB est partenaire pour POEM.
- 15/12 : Fête de Noël du CSTB et du Laboratoire de Génétique Médicale.

NOVEMBRE 2016

- 02/11 : Arrivée de 2 stagiaires Master 2 BSBB pour le stage d'un mois : Audrey Fosset (encadrant Odile Lecompte) et Vincent Zilliox (encadrant Julie Thompson)
- 08/11 : (*) Présentation des travaux, groupe A-M
- 14/11 : Yannis Nevers est le nouveau représentant des doctorants du CSTB
- 14/11 : Intégration de Catherine Guth (MCF associé)
- 15/11 : Matinée de présentations "deep learning et réseaux de neurones"
- 15/11 : (*) Journal Club
- 16/11 : Retour de Salma Aouled El Haj Mohamed pour 2 mois (co-directeur de thèse Julie-Thompson)
- 16/11 : Yannis Nevers a organisé un rassemblement JeBiF pub à Strasbourg
- 18/11 : Séminaire invité (Julie Thompson), journée Big Data du Master de Bioinformatique, Université de Rennes
- 22/11 : (*) Présentation des travaux, groupe N-Z
- 25/11 : Présentations des projets des deux apprentis Master2 ILC, Alexandre Bruyant et Marc Haegelin
- 25/11 : Présentation du CSTB devant les DAS CNRS (Olivier Poch)
- 28/11 : Elixir conf-call avec Kirsley Chennen, Olivier Poch et Julie Thompson
- 28/11 : Présentation du CSTB aux nouveaux entrants d'ICube (Olivier Poch)
- 29/11 : Séminaire d'Anne Jeannin, Pierre Parrend et Pierre Collet au colloque du réseau ImmuniComplexIT à Paris
- 29/11 : (*) Réunion permanents (OJ : CR de la présentation du CSTB devant les DAS du CNRS; site web: points à améliorer; besoins en informatique; précisions sur le nouveau bâtiment)

OCTOBRE 2016

- 04/10 : (*) Présentation des travaux, groupe A-M
- 12/10 : (*) Journal Club
- 13-14/10 : Présentation de POEM au ministère lors des journées Stratégies du Numérique dans l'Enseignement Supérieur, en France et à l'International au Ministère. La présentation de 15mn peut être visionnée ici.
- 14/10 : Thèse en bioinformatique de Kirsley Chennen "Maladies rares et 'Big Data' : solutions bioinformatiques vers une analyse guidée par les connaissances" sous la co-direction d'Olivier Poch & Hélène Dollfus
- 15-16/10 : Participation à la Fête de la Science à Strasbourg. Animation d'un stand par Pierre Collet, Anne Jeannin, Pierre Parrend
- 18/10 : (*) Présentation des travaux, groupe N-Z
- 24/10 : (*) TéléConférence ELIXIR --> Discussions avancées pour obtenir un futur BYOD (Bring Your Own Data) à Strasbourg
- 25/10 : (*) Réunion permanents (OJ : bilan des ANR déposées; bilan des futurs arrivées; mise au point projet Elixir)
- 25/10 : Thèse en médecine de Yvan Herenger (ancien stagiaire) Cataractes congénitales génétiques : apport du séquençage haut débit dans le diagnostic et la prise en charge

SEPTEMBRE 2016

- 01/09 : Arrivée d'Anne Jeannin, maître de conférence à l'Université de Strasbourg
- 02/09 : Pot de bienvenue pour l'arrivée d'Anne Jeannin et la promotion de Pierre Collet au grade de PRCE
- 05-07/09 : Présentation de Pierre Masai à la 20ème conférence KES 2016 à York, UK
- 12/09 : Réunion de gouvernance du CRBS, Olivier Poch
- 20/09 : (*) Présentation des travaux, groupe A-M
- 20-23/09 : Présentation d'un poster par Yannis Nevers au 20th Evolutionary Biology Meeting à Marseille
- 21/09 : Arrivée de deux apprentis Master2 ILC, Alexandre Bruyant et Marc Haegelin
- 22/09 : Journée d'échange CSTB avec le Dr. Partap Chauhan autour du projet modélisation médecine Ayurvedique
- 23/09 : Deux articles acceptés pour des conférences internationales, Pierre Willaume et Julio Navarro Lara
-26/09 : Reprise des téléconférences mensuelles dans le cadre du projet H2020 "Elixir Excelerate"
- 27/09 : (*) Présentation des travaux, groupe N-Z
- 28/09 : Visite du Dr. Christian Rolando de l'Université de Lille dans le cadre du projet de Master 2 de Marc Haegelin
- 30/09 : Journée BIONICS organisée par Pierre Parrend au CSTB

JUILLET 2016

- 08/07 : A la Une de L'Actu n°126 de l'Université de Strasbourg, édition du 08/07/2016.
Hélène Gass, stagiaire Master2 en bioinformatique, classée 4e au championnat du monde 2016 d'apnée (16x 50m). Double championne de France 2015 (record et médaille d'or)

JUIN 2016

- 01/06 : Arrivée stagiaire L3 Laurine Huber (Encadrant Pierre Collet)
- 02/06 : Réunion IGMA sur l'informatique du CRBS (Centre de Recherche en Biomédecine de Strasbourg)
- 07/06 : Présentation du projet UFAZ (Université franco-azerbaïdjanaise) par la présidence (Pierre Collet co-recteur)
- 07/06 : (*) Réunion des permanents (OJ: préparation des réunions hebdomadaires ; point sur l'avancement du rapport HCERES ; dates à trouver pour le BBQ annuel de l'équipe et la journée SONIC)
- 14/06 : (*) Présentation des travaux, groupe A
- 15/06 : (*) Réunion des permanents HCERES "strategies & perspectives scientifiques"
- 15/06 : Arrivée stagiaire (stage observation) Mickaël Wagner (Encadrant Olivier Poch)
- 21/06 : (*) Journal Club
- 23/06 : Soutenance mi-thèse Salma Aouled El Haj Mohamed (co-directeur de thèse Julie-Thompson)
- 23/06 : Conseil scientifique de l'ECAM (Olivier Poch)
- 28/06 : Présentation de Yannis Nevers aux Journées ouvertes en biologie informatique et mathématiques (JOBIM) à Lyon du 28 au 30 juin. Participation de Salma Aouled El Haj Mohamed.
- 27/06 : Présentation mi-parcours de Fantin Mesny (stagiaire d'Odile Lecompte) "Analyse d'interaction des réseaux protéiques"
- 28/06 : Barbecue annuel de l'équipe
- 30/06 : Promotion de Pierre Collet au grade de PRCE

MAI 2016

- 03/05 : (*) Réunion des permanents (OJ : préparation des réunions hebdomadaires ; budgets alloués et dépenses de l'équipe; 1ère version du rapport HCERES)
- 10/05 : (*) Présentation des travaux, groupe A
- 11-13/05 : Evaluation ingénieurs INRA (LEAN philosophie, tableau de bord des compétences EPST, message constructif à l'ingénieur) (Olivier Poch)
- 12/05 : Classement en n°1 d'Anne Jeannin sur un poste MCF pour l'équipe
- 17/05 : (*) Journal Club, présentation de Yann Hode (doctorant d'Aline Deruyver)
- 17/05 : Arrivée Stagiaire ESBS, Fantin Mesny (Encadrant Odile Lecompte)
- 19/05 : Validation du financement de la thèse de Cédric Pupka par la société SYNOVO
- 19/05 : Validation du financement d'un apprenti par la fondation N-Light (gestion de la cohorte JIVA Ayurveda)
- 19/05 : (*) réunion des permanents : HCERES-SWOT
- 24/05 : (*) Présentation des travaux/résultats, groupe B
- 30/05 : Arrivée Stagiaire BTS Mickaël Joly (Encadrant, Raymond Ripp)
- 31/05 : Présentation de Fantin Mesny (stagiaire d'Odile Lecompte) "Analyse de listes de gènes en bioinformatique"

AVRIL 2016

- 05/04 : (*) Réunion des permanents (OJ : préparation des réunions hebdomadaires ; bilan des présentations stagiaires/concours/mi-thèse à venir)
- 07/04 : Cours sur les codes circulaires dans les gènes à l'Ecole des Jeunes Chercheurs en Informatique Mathématiques (EJCIM 16) (Christian Michel)
- 12/04 : (*) Présentation des travaux, groupe A
- 19/04 : (*) Journal Club, présentations rapides de publications jugées intéressantes
- 26/04 : (*) Présentation des travaux, groupe B
- 28/04 : Visite Introduction à la recherche (étudiants de L3)
- 29/04 : Présentations aux quatrièmes journées scientifiques de la Fédération de Médecine Translationnelle Strasbourg (FMTS) de:

Carlos Bermejo Das Neves : "MODEX: An artificial intelligence engine designed for systems biomedicine"
Yannis Nevers : "Prediction and characterization of ciliary proteins by comparative genomics"

- Publications :
1) Standardized benchmarking in the quest for orthologs.

Altenhoff AM, Boeckmann B, Capella-Gutierrez S, Dalquen DA, DeLuca T, Forslund K, Huerta-Cepas J, Linard B, Pereira C, Pryszcz LP, Schreiber F, da Silva AS, Szklarczyk D, Train CM, Bork P, Lecompte O, von Mering C, Xenarios I, Sjölander K, Jensen LJ, Martin MJ, Muffato M; Quest for Orthologs consortium, Gabaldón T, Lewis SE, Thomas PD, Sonnhammer E, Dessimoz C.

Nat Methods. 2016 [Epub ahead of print]

2) Identification of an Alternative Splicing Product of the Otx2 Gene Expressed in the Neural Retina and Retinal Pigmented Epithelial Cells.

Kole C, Berdugo N, Da Silva C, Aït-Ali N, Millet-Puel G, Pagan D, Blond F, Poidevin L, Ripp R, Fontaine V, Wincker P, Zack DJ, Sahel JA, Poch O, Léveillard T.
PLoS One. 2016;11(3):e0150758.

MARS 2016

A partir de mars les réunions d'équipe hebdomadaires se dérouleront le mardi à 14h00 . L'ordre des présentations des groupes reste inchangé.
Programmation des réunions des permanents tous les premiers mardis du mois à 14h00.

- 01/03 : (*) Réunion des permanents (OJ : préparation des réunions hebdomadaires ; liste des points à aborder à la réunion préparatoire de l'HCERES le 03 mars ; bilan des entrées/sorties au CSTB ; bilan des financements
- 03/03 : (*) Réunion préparatoire de l'HCERES
- 03/03 : réunion préparation de l'HCERES, bilan sur le wiki CSTB
- 08/03 : ELIXIR All Hands meeting Barcelone 7-9 Mars (participants Julie Thompson/Olivier Poch)

https://www.elixir-europe.org/events/elixir-all-hands-2016

- 08/03 : (*) Présentation des travaux, groupe A
- 11/03 : présentation Systèmes immunitaires artificiels par Cédric Pupka vendredi à 14h (Encadrant Pierre Parrend)
- 15/03 : Arrivée Stagiaire Anna Leontova (Encadrant Julie Thompson)
- 15/03 : (*) Présentation des travaux, groupe B
- 16/03 : 4P Factory workshop, 4P-Factory e-room + Grand Amphi de Math Unistra (Pierre Parrend)

https://4pfactory.wordpress.com/4p-factory-workshop-2016-program/

- 17/03 : Meeting Bilan Annuel de l'ANR Infrastructure BIPBIP à Strasbourg au CSTB Faculté de Médecine (25 participants)
- 21/03 : Visite de Amy Gooch (Université de Durham) (du 21/03 au 01/04)
- 22/03 : Présentation mi-parcours des 3 stagiaires M2 BSBI
- 25/03 : « Science Days » de SANOFI - Journée "L’innovation scientifique au service des patients"

Présentation Poster VarScrut Centre de Congrès, Le Port-Marly (78) (Olivier Poch)

- 29/03 : (*) Journal Club, présentations rapides de publications jugées intéressantes
- Déplacement de Pierre Collet à Bakou pour le montage d'une nouvelle université, l'Université Franco-Azerbaïdjanaise (UFAZ)
- Finalisation du volume Springer Proceedings in Complexity First Complex Systems Digital Campus World E-Conference 2015 (Edits P.Bourgine, P.Collet, P.Parrend).
- 2 Papiers acceptés à CEC et Gecco :
- CEC'16: Author(s): Jean Meunier, Julier Rohmer, Dominique Knittel and Pierre Collet

Title: Metaheuristic Based Battery Control Optimization of a Photovoltaic System with Grid Connexion

- GECCO'16: Author(s): N. Hamze, P. Collet, and C. Essert

Title: Introducing Pareto-based MOEA to Neurosurgery Preoperative Path Planning

FEVRIER 2016

- 04/02 : (*) Réunion des permanents (OJ : préparation des réunions hebdomadaires ; bilan des activités de janvier : a- CR ComDir Icube du 01/02, b- CR AG IFB du 26/01 ; Finances/appels d'offre ; Divers)
- 10/02 : (*) Présentation des travaux, groupe A
- 12/02 : réunion SATT Connectus, Licence VarScrut
- 17/02 : (*) Journal Club, présentations rapides de publications jugées intéressantes
- 22/02 : Arrivée Stagiaire Master Cédric Pupka (Encadrant Pierre Parrend)
- 24/02 : (*) Présentation des travaux, groupe B
- 25/02 : AG ICube
- 2 ANR sur 3 ont passé la phase 1 - papier EvoBio accepté:

Authors: Elise Rosati, Morgan Madec, Abir Rezgui, Quentin Colman, Nicolas Toussaint, Christophe Lallement, Pierre Collet

Title: Application of Evolutionary Algorithms for the Optimization of Genetic Regulatory Networks

JANVIER 2016

Les réunions d'équipe hebdomadaires du mercredi se dérouleront le Jeudi à partir de Janvier.
L'ordre des présentations des groupes reste inchangé.
- 04/01 : Arrivée Stagiaire Master2 Hélène Gass (Encadrant Julie Thompson)
- 04/01 : Arrivée Stagiaire Master2 Morgane Gilg (Encadrant Julie Thompson)
- 06/01 : (*) Réunion des permanents du CSTB (OJ: debriefing des Bingi Days Retraite de l'équipe les 10 et 11 décembre, Maison des Associations Strasbourg ; Préparation HCERES; Financements)
- 11/01 : Arrivée Stagiaire Master2 Vanessa Fernandes-Cardoso (Encadrant Olivier Poch)
- 13/01 : Présentation skype de Salma Aouled El Haj
- 18/01 : (*) Réunion budget, regroupement et identification des informations en prévision de l'HCERES
- 20/01 : (*) Présentation des travaux, groupe A
- 22/01 : présentation des chaires et Unitwin UNESCO-Unistra à l'Institut Lebel (Pierre Collet)
- 25-26/01 : Assemblée générale de l'institut français de bioinformatique, participation aux ateliers sur les modèles économiques des plateformes et sur la rentabilité de la participation au projet Infradev "Elixir Excelerate" (Olivier Poch)
- 27/01 : présentation d'Alexis Allot (ancien thésard)
- 28/01 : (*) Présentation des travaux, groupe B

***** 2015 *****

- 09-11/12/2015 : Bingi Days, retraite CSTB à la Maison des Associations, place des Orphelins
- 09/10/2015 : Alexis ALLOT a soutenu sa thèse en bioinformatique.
- 08/10/2015 : Carlos BERMEJO DAS NEVES a soutenu sa mi-thèse en bioinformatique.
- 01/10/2015 : Arrivées des premiers stagiaires / étudiants de la thèmatique SONIC dans les locaux de la Faculté de Médecine.

Décembre

- 02/12 : Troisième réunion préparatoire des permanents de l'équipe CSTB
- 9-11/12 : Bingi Days, retraite CSTB
- 16/12 : Présentation de Nicolas Lachiche ‘clowdflows : an open sourced cloud based platform for composition, execution, and sharing of interactive machine learning and data mining workflows’.

Novembre

- 04/11 : Seconde réunion préparatoire des permanents de l'équipe CSTB
- 19/11 : Journal club (articles à déposer pour mardi soir)
- 27/11 : Présentation des travaux, groupe A

Octobre

- 07/10 : Première réunion préparatoire des permanents de l'équipe CSTB
- 14/10 : Première réunion de toute l'équipe CSTB
- 21/10 : Journal club (articles à déposer pour mardi soir)
- 28/10 : Présentation des travaux, groupe B