Équipe CSTB - Systèmes Complexes, Bioinformatique Translationnelle

Pierre Collet

De Équipe CSTB - Systèmes Complexes, Bioinformatique Translationnelle
Aller à : navigation, rechercher

Pierre0718 440x600.jpg

Professeur en informatique (Classe Exceptionnelle HEE2, PEDR), au Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie de l'Université de Strasbourg, Unité Mixte de Recherche CNRS 7357.

Etudes à l'étranger, propositions de stages

A quoi sert la science ?

Responsabilités actuelles

Administratives

  • Directeur du Réseau National des Systèmes Complexes (RNSC), Groupement d'Intérêt Scientifique (GIS) depuis novembre 2017.
  • Co-responsable (avec Olivier Poch) de l'équipe Systèmes Complexes et Bioinformatique Théorique créée au 1er janvier 2016.
  • Co-fondateur et co-coordinateur (avec le Pr Cyrille Bertelle, de l'Université du Havre) de l'UniTwin CS-DC de l'UNESCO, un réseau de 130 universités dans 38 pays dont l'objectif est de développer la nouvelle science des Systèmes Complexes par l'éducation et la recherche. Le CS-DC est donc très similaire à une grande université internationale. Il a été validé par Irina Bokova, Directrice Générale de l'UNESCO en juillet 2014. Le président du CS-DC est Paul Bourgine.
  • Co-directeur scientifique (avec Jean-Marc Planeix, Philippe Turek et Eckart Hötzel) de l'Université Franco-Azerbaidjanaise UFAZ depuis septembre 2016
  • Correspondant Relations Internationales du Département d'Informatique de l'UFR Mathématique et Informatique depuis sept. 2016
  • Membre du bureau et du conseil de l'UniTwin Complex Systems Digital Campus de l'UNESCO depuis juillet 2014
  • Coordinateur de ECCE (e-laboratoire international sur les écosystèmes de calcul complexes) depuis juillet 2015.
  • Coordinateur du Campus Numérique des Systèmes Complexes de l'Université de Strasbourg depuis mai 2012.
  • Membre du comité des sages de l'Association Evolution Artificielle depuis 2008
  • Membre du comité directeur des conférences EuroGP depuis 2005.
  • Membre du comité directeur des conférences internationales sur l'Evolution Artificielle (organisées par l'association Evolution Artificielle) depuis 2001.

Scientifiques

Enseignement

Recherche

Domaines de recherche

  • Optimisation de problèmes complexes par algorithmes stochastiques inspirés de la nature.
  • Parallélisation des algorithmes évolutionnaires sur clusters parallèles et cartes massivement parallèles de type GPGPU (General Purpose Graphic Processing Units).
  • Applications : fouille de données en bio-informatique, optimisation du paramétrage d'implants cochléaires, optimisation de parcours pédagogiques, recherche en automates cellulaires, ...
  • Spécialiste en :
    • Systèmes Complexes
    • Programmation Génétique,
    • Algorithmes évolutionnaires (algorithmes génétiques, stratégies d'évolution, et autres paradigmes connexes),
    • Algorithmes évolutionnaires interactifs,
    • Optimisation par essaim particulaire et par colonies de fourmis (OCF).
    • Émergence (parallélisme au niveau des données, agents autonomes, ...).
    • Systèmes éducatifs intelligents.
    • Chirurgie Assistée par Ordinateur.
    • Avionique et mécanique du vol.

    Projets majeurs (et plateformes)

    POEM (Personalised Open Education for the Masses)

    EASEA CLOUD Thèses et projets de recherche réalisés (à ma connaissance) avec (et sur) EASEA :

    • Alejandro Rinçon Lopez, "Portage de la plateforme EASEA sur le Cloud", projet ANR EASEA-CLOUD, juin 2014 - mars 2015
    • Carlos Catania, Optimisation d'une flotte de véhicules médicaux, Fev 2014 - Fev 2015, pour la société Synovo
    • Thomas Chabin, "Visualisation Scientifique d'algorithmes évolutionnaires distribués", projet ANR EASEA-CLOUD, mars 2014 - mars 2015
    • Renaud Vanhoutrève (oct 13 -) Alignement de séquences protéiques pour une analyse de données NGS appliquée à la Santé en co-direction avec Julie Thompson, LBGI
    • Igor Santos Peretta (oct 12 - Nov 15) Evolution of an integrated model for a complex system through massively parallel Genetic Programming, en co-direction avec Keiji Yamanaka, Uberlandia, Brasil.
    • Farzad Sehat, Gestion de portefeuilles financiers par évolution artificielle, M2 Recherche, mars - sept. 2011
    • Frédéric Krüger, Recherche de zéolithes par évolution artificielle, M2 Recherche, mars - sept 2011
    • Arijit Biswas, thèse de l'IIT Kharagpur sur l'optimisation du processus d'extraction de Manganèse de nodules polymétalliques extraits de fonds sous-marins, dirigée par le Professeur Nirupam Chakraborty,déc. 10.
    • Claire Bourgeois-République, Plateforme de réglage automatique et adaptatif d'implant cochléaire par algorithme évolutionnaire interactif, Université de Bourgogne, décembre 2004.
    • Philippe Guermeur, Vision robotique monoculaire : reconstruction du temps avant collision et de l'orientation des surfaces à partir de l'analyse de la déformation, Université de Rouen, octobre 2002.

    HEVEA (Étude et Valorisation de l'Écologie Auditive) Responsable Scientifique du projet RNTS (Projet Hospitalier de Recherche Clinique) HEVEA (130k€, Sept 05 - Sept 06) : expérimentation sur 10 patients d'un réglage d'implant cochléaire par algorithme évolutionnaire interactif. Bio-Inspired Classification and Data-Mining Algorithms for Bioinformatics Porteur du projet européen Interreg IIIa 182b Bio-Inspired Classification and Data-Mining Algorithms for BioInformatics avec l'Université du Kent à Canterbury (379 KEuros, Sept 06 - Août 07). Emergence of Computation in Cellular Automata Responsable français du projet anglais EPSRC Emergence of Computation in Cellular Automata, EP/D066174/1 avec Andrew Adamatsky, de l'UWE-Bristol (137 KEuros, Sept 06 - Oct 07). Magellan Responsable scientifique du projet Magellan (1,7 MF, Sept 93 - Sept. 98) de Création d'un prototype fonctionnel de Chirurgie Assistée par Ordinateur pour l'ORL. Projet financé par l'Institut Électricité Santé (EDF), la Fondation de l'Avenir, l'APHP.

    Anciens projets

    Publications

    • Liste des publications
    • Nombre d'Erdös de 3 grâce à la publication d'un livre avec Pierre Liardet, décédé en Août 2014. Pierre était un grand mathématicien, très ouvert, qui répondait toujours présent lorsqu'on le sollicitait.
    • Livres
    • Editeur en chef, avec Evelyne Lutton, d'un numéro double sur l'Evolution Artificielle du journal TSI (Lavoisier), Janvier 2007.
    • Auteur du langage EASEA (EAsy Specification of Evolutionary Algorithms)

    Prix et distinctions

    diffusion scientifique

    Keynotes

    • Biowin days
    • ICAMMP - IV
    • Évolution, évolution artificielle et diversité, Clôture du Colloque Biodiversité et Résilience, 12 - 14 octobre 2015, Institut des Systèmes Complexes Paris Île-de-France.
    • "Influence de la cyberscience sur la vie de l’homme et sa vision du monde", Colloque XXIè siècle, une nouvelle renaissance ?, 21/06/2014 (transcription)
    • Les Systèmes Complexes : une nouvelle science intégrative et prédictive pour une Santé 4P, conférence de clôture du 7è Congrès Francophone Mondial de Chirurgie à Dakar, Sénégal, 6/12/13
    • Personalised Open Education for the Masses, 2013 International Conference Future Earth Science Learning Embedded with Emerging Technologies International Conference, Taiwan Normal University, 17/05/13
    • Towards Inventive Computers thanks to Artificial Evolution, Triz Future 2012, Portugal.
    • 2/06/2009: Keynote de la conférence Algorytmy Ewolucyjne i Optymalizacja Globalna'09 à Zawoja, Pologne : Artificial Evolution algorithms can use GPGPUs

    Conférences invitées

    • Terrasses du Numérique
    • Diversité en biologie

    Séminaires

    Tutoriels

    • PPSN 2011
    • Computation on GPUs with W. Banzhaf and S. Harding, Genetic and Evolutionary Computation Conference, GECCO 2010
    • GECCO 2009

    Ecoles d'été

    • Education numérique à l'X

    Articles dans la presse

    Diffusion logicielle

    • POEM
    • EASEA CLOUD
    • HOPE

    Encadrement doctoral et de recherche

    Direction / co-direction / encadrement / co-encadrement de thèses en cours

    • Romain Orhand
    • Anna Ouskova
    • Ulviya Abdulkarimova
    • Clément Schreiner

    Thèses soutenues (en tant que directeur / co-directeur / garant / encadrant / co-encadrant)

    • Fabio Guigou (Dec 14 - Juin 19) "The Artificial Immune Ecosystem: a scalable immune-inspired active classifier", co-encadrant : Pierre Parrend, thèse de l'Université de Strasbourg soutenue le 18 juin 2019 à l'Université de Strasbourg
    • Pierre Parrend (décembre 2017) Emergent Industrial Ecosystems, Habilitation à Diriger des Recherches de l'Université de Strasbourg soutenue le 12 décembre 2017 à l'ECAM, Strasbourg
    • Pierre Masai (Oct 14 - Sept 17) "Modeling the lean organization as a complex system", thèse de l'Université de Strasbourg soutenue le 29 septembre 2017 à l'Université de Strasbourg
    • Igor Santos Peretta (oct 12 - sept 15) Evolution of an integrated model for a complex system through massively parallel Genetic Programming, en co-direction avec Keiji Yamanaka, thèse de l'Université de Strasbourg en co-tutelle avec l'université d'Uberlandia soutenue le 19 septembre 2015 à l'Université d'Uberlandia, Brésil.
    • Cécilia Zanni-Merk (11/13 - 11/14) thèse d'Habilitation à Diriger les Recherches) "Knowledge Technologies for Problem Solving in Engineering", garant : Pierre Collet, soutenue le 20 novembre 2014 à l'Université de Strasbourg
    • Stéphane Querry (09/10 - 09/14) Control and modelling of autonomous aircrafts by evolutionary computing, thèse confidentielle Polyvionics, sous la direction de Pierre Collet, soutenue le 29 septembre 2014 à l'Université de Strasbourg
    • Wei Yan, (09/10 - 02/14)Modélisation de (Méta)Connaissances pour la Conception Inventive, en co-direction avec Denis Cavallucci, LGeCo, co-encadrée par Cécilia Zanni-Merk. soutenue le 7 février 2014 à l'INSA de Strasbourg
    • Frédéric Krüger (10/11 - 02/14), Determination of end user power load profiles by parallel evolutionary computing, sous la direction de Pierre Collet, soutenue le 17 février 2014 à Électricité de Strasbourg
    • Nicolas Lachiche (12/10 - 12/11 thèse d'Habilitation à Diriger des Recherches), Relational data mining guided by needs, Garant : Pierre Collet, soutenue le 5 décembre 2011 à l'Université de Strasbourg
    • Ogier Maitre (10/08 - 09/11), GPGPU for Evolutionary Algorithms, sous la direction de Pierre Collet, soutenue le 30 septembre 2011 à l'Université de Strasbourg
    • Olivier Kühn (10/07 - 10/10), Methodology for Knowledge-Based Engineering Template Update - Focus on Decision Support and Instances Update, en co-direction avec Parisa Ghodous, thèse financée par la Société Prostep, soutenue le 22 octobre 2010 à l'Université de Strasbourg
    • Grégory Valigiani, Développement d'un paradigme d'optimisation par Hommilière et application à l'enseignement par internet, Université du Littoral Côte d'Opale, thèse financée par la société Paraschool, sous la direction de Pierre Collet, soutenue en novembre 2006.
    • Claire Bourgeois-République, Plateforme de réglage automatique et adaptatif d'implant cochléaire par algorithme évolutionnaire interactif, Université de Bourgogne encadrée par Pierre Collet décembre 2004.
    • Yann Landrin-Schweitzer, Algorithmes génétiques interactifs pour le text-retrieval, thèse de l'Université d'Orsay dirigée par Evelyne Lutton, co-encadrée par Pierre Collet, soutenue en septembre 2003.

    Contrats post-doctoraux

    • Alejandro Rinçon Lopez, "Portage de la plateforme EASEA sur le Cloud", projet ANR EASEA-CLOUD, juin 2014 - mars 2015
    • Carlos Catania, Optimisation d'une flotte de véhicules médicaux, Fev 2014 - Fev 2015, pour la société Synovo
    • Waldo Cancino, Portage de la plate-forme EASEA-CLOUD sur la grille, Oct. 2012 - Oct 2013, projet ANR EASEA-CLOUD
    • Lidia Yamamoto, Artificial Chemistries on GPGPU, Avril 2010 - Avril 2011, financement Région Alsace
    • Deepak Sharma, Projet Administrateur Réseau Artificiel (ARA), société Kelerio, Mai 2009 - Mai 2010
    • Pierrick Legrand, "Projet RNTS HÉVÉA : Étude et Valorisation de l'Écologie Auditive", Sept 2005 - Sept 2006

    Encadrement de stages de recherche

    • Thomas Chabin, "Visualisation Scientifique d'algorithmes évolutionnaires distribués", projet ANR EASEA-CLOUD, mars 2014 - mars 2015
    • Frédéric Krüger, Recherche de zéolithes par évolution artificielle, M2 Recherche, mars - sept 2011
    • Farzad Sehat, Gestion de portefeuilles financiers par évolution artificielle, M2 Recherche, mars - sept. 2011
    • Arijit Biswas, thèse de l'IIT Kharagpur sur l'optimisation du processus d'extraction de Manganèse de nodules polymétalliques extraits de fonds sous-marins, dirigée par le Professeur Nirupam Chakraborty, avr. 09 - déc. 09
    • Ariel Tchougang, Etude du Context-Aware Crossover en Programmation Génétique, M2 Recherche, mars 08 - sept 08

    Jurys de thèse

    • En tant que Président :
      • Yann hodé, Contribution à l'interprétation d'images et vérification de la consistance d'un graph, thèse en informatique de l'Université de Strasbourg, dirigée par Aline Deruyver, soutenue le 12 novembre 2018.
      • Karim el Soufi, Study of circular code motifs in nucleic acid sequences, thèse en informatique de l'Université de Strasbourg, dirigée par Christian Michel, soutenue le 24 janvier 2017
      • Amir Jaberzadeh, "Simulation of heat transfer and automatic optimization of multiple probes trajectories for pre-operative planning of percutaneous thermoablation interventions", thèse en Informatique de l'Université de Strasbourg, dirigée par Caroline Essert, soutenue le 13 février 2015.
      • Idriss Aberkane, Ballade de la Conscience entre Orient et Occident : une perspective soufie sur la conscience occidentale, connectant The Kasidah de R. F. Burton et The Waste Land de T. S. Eliot, Thèse en Études Méditerranéennes et Littérature Comparée de l'Université de Strasbourg, dirigée par Eric Geoffroy et Patrick Laude, soutenue le 16 juin 2014.
      • Jonathan Fréchard, Systèmes d'entraînement de bandes flexibles : optimisation multicritère des performances dynamiques par approche évolutionnaire, Thèse en automatique de l'Université de Strasbourg (INSA) dirigée par Dominique Knittel, soutenue le 2 juillet 2013.
      • Alexis Bultey, Représentation hybride des heuristiques et méta-heuristiques utilisées pour la conception innovante, INSA de Strasbourg, juin 2009.
      • Camélia Ignat, Improving Statistical Alignment and Translation Using Highly Multilingual Corpora, INSA de Strabourg, juin 2009.
      • Arnaud Quirin, "Images de télédétection Images hyperspectrales Intelligence artificielle Règles de classification Systèmes de classifieurs", thèse de l'Université Louis Pasteur dirigée par Jerzy Korczak et Massimo Menenti, soutenue en décembre 2005.
    • En tant que rapporteur :
      • Ahmed Hadj Said, Intégration du stockage dans les méthodes de planification des réseaux électriques basse tension, Thèse en informatique de l'Université Grenoble-Alpes, soutenue le 31 janvier 2018.
      • Idriss Aberkane, "Mind Ergonomy for the Knowledge Economy", Thèse en Gestion de l'Université Paris Saclay Ecole Polytechnique, dirigée par Pierre-Jean Benghozi et Paul Bourgine, soutenue le 3 février 2016.
      • Meysam Hashemi, "Modélisation mathématique et simulation numérique de populations neuronales thalamo-corticales dans le contexte de l'anesthésie générale", Thèse en informatique de l'Université de Lorraine, dirigée par Axel Hutt, soutenue le 14 janvier 2016.
      • Abdelhamid Zouhair, "Raisonnement à Partir de Cas Dynamique Multi-agent - Application à un Système de Tuteur Intelligent", Thèse en informatique en cotutelle de l'Université du Havre (co-direction Cyrille Bertelle) et de l'Université Abelmalek Essaâdi (Maroc, co-direction Benaissa Amami), soutenue le 20 octobre 2014.
      • Messaouda Mechelfekh, "L’islam spirituel contemporain au travers d’Internet : interactions, modélisation et prospective", Thèse de doctorat en Langues et littératures étrangères de l'Université de Strasbourg, dirigée par Eric Geoffroy soutenue le 11 septembre 2014.
      • Gilian Basso, Approche à base d’agents pour l’ingeniérie et le contrôle de micro-réseaux, Thèse en Informatique de l'Université de Technologie Belfort-Montbéliard, dirigée par Vincent Hilaire, soutenue le 9 décembre 2013.
      • Mathieu Chouchane, Optimisation spatio-temporelle d’efforts de recherche pour cibles manoeuvrantes et intelligentes, Thèse en Informatique de l'Université d'Aix-Marseille, dirigée par Mustapha Ouladsine et encadrée par Sébastien Paris et François le Gland, soutenue le 17 octobre 2013.
      • Manuel Clergue, Paysages et Dynamiques : contributions à l'évolution artificielle, Thèse d'Habilitation à Diriger des Recherches de l'Université des Antilles et de la Guyane, soutenue le 7 décembre 2011.
      • Sébastien Derivaux, Construction et classification d'objets à partir d'images de télédétection par une approche itérative guidée par des connaissances du domaine, Université de Strasbourg, avril 2009. Rapporteur : Renaud Barate, « Apprentissage de fonctions visuelles pour un robot mobile par programmation génétique, » Ecole Nationale Supérieur de Techniques Avancées, novembre 2009.
      • Laura Diosan, Exploring Hybrid Approaches based on Evolutionary Algorithms, INSA de Rouen, octobre 2008.
      • Amir Nakib, Conception de méta-heuristiques d'optimisation pour la segmentation automatique d'images. Application à des images biomédicales, Université Paris 12, décembre 2007.
      • Dalibor Fiala, 'Web Mining Methods for the Detection of Authoritative Sources, Université Louis Pasteur, Strasbourg, novembre 2007.
      • Salma Mesmoudi, Conception d'un système informatique mimétique pour résoudre le problème du voyageur de commerce : Application à la cartographie physique du génome, Université de Tanger, Novembre 2005.
    • En tant qu'examinateur :
      • Aymen Sellaouti, Méthode collaborative de segmentation et classification d'objets à partir d'images de télédétection à très haute résolution spatiale, thèse en informatique de l'Université de Strasbourg en co-tutelle avec l'Université de Tunis, dirigée par Aline Deruyver et Khaled Bsaïes, soutenue le 16 septembre 2014
      • Jean-Noël Martin, No Free Lunch et recherche de solutions structurantes en coloration, Thèse en informatique de l'Université Technologique de Belfort-Montbéliard, dirigée par Alexandre Caminada, soutenue le 9 décembre 2010
      • Olivier Pauplin, Adaptation de l'algorithme des mouches à un environnement dynamique réel, Université Paris V, septembre 2007.
      • Kamel Slimani, Système d'échange et de partage de connaissances pour l'aide à la conception collaborative, Université Lyon I, septembre 2006.
      • Amine Boumaza, Application de l'Algorithme des Mouches à la trajectoire de robots virtuels, Université d'Orsay, Mai 2004.
      • Emmanuel Sapin, Recherche par algorithmes évolutionnaires d'automates cellulaires universels, Univ. de Bourgogne, décembre 2003.
      • Philippe Guermeur, Vision robotique monoculaire : reconstruction du temps avant collision et de l'orientation des surfaces à partir de l'analyse de la déformation, Université de Rouen, octobre 2002.
      • Bogdan Stanciulescu, Identification de modèles physiques d'animation par évolution artificielle, Université Joseph Fourier de Grenoble, mai 2002.
      • Olivier Roux, Mémoire dans les algorithmes à colonie de fourmis, Université du Littoral, décembre 2001.

    Anciens Projets

    Cliquez ICI pour quelques anciens projets.

    Organisation de manifestations / conférences

    • Co-organisation de la conférence internationale EA'2017 à Paris.
    • Co-organisation du satellite Territorial Intelligence for Multi-level Equity and Sustainability de la Conference on Complex Systems 2016 à Amsterdam.
    • CS-DC'15 : Président du Comité d'Organisation de la première e-conférence mondiale sur les Systèmes Complexes, sept-oct 2015, Phoenix, Arizona.
    • Bioinformatics Europe 2015 London : Animateur de la table ronde Large scale computing tasks using cloud and mobile resources.
    • Co-chair avec Man Leung Wong du track Parallel Evolutionary Systems de la conférence GECCO'11 à Dublin.
    • Guest Editor avec Man Leung Wong d'un numéro spécial du journal international Springer Genetic Programming and Evolvable Machines intitulé Evolutionary Algorithms for Data Mining, à paraître (cf. cfp).
    • Chairman de la session Evolutionary Multiobjective Optimization de la conférence GECCO'10 à Portland.
    • Animation du tutoriel Evolutionary Computation on GPUs avec Wolfgang Banzhaf et Simon Harding de la conférence GECCO'10 à Portland.
    • EA'09 : Président de la 9ème Conférence Internationale sur l'Evolution Artificielle, oct 2009, Strasbourg.
    • Conférencier invité de la conférence Algorytmy Ewolucyjne i Optymalizacja Globalna'09 à Zawoja, Pologne.
    • Co-organisateur de la 8ème Conférence Internationale sur l'Evolution Artificielle (EA'07) à Tours, octobre 2007.
    • Organisateur de la deuxième école d'été sur l'Evolution Artificielle</a> à Yravals en mai 2007.
    • Chairman, avec Valentin Masero du track Computer Applications in Health Care (CAHC'07) du 22ème; Symposium on Applied Computing de l'ACM (SAC'07) à Séoul (Corée du sud), mars 2007.
    • Organisateur de la première école d'été sur l'Evolution Artificielle à Yravals en juin 2006.
    • Programme Chair, avec Marco Tomassini de la 9ème conférence internationale sur la programmation génétique EURO-GP'06 à Budapest (Hongrie).
    • Chairman, avec Valentin Masero du track Computer Applications in Health Care (CAHC'06) du 21è Symposium on Applied Computing de l'ACM (SAC'06) à Dijon (France).
    • Co-organisateur des Conférences Internationales EA'05 (Lille) et EA'03 (Marseille).
    • Publication Chair de la 8è conférence internationale sur la programmation génétique EURO-GP'05 à Lausanne (Suisse).
    • Président de la 5ème Conférence Internationale sur l'Evolution Artificielle (EA'01) au Creusot (France).
    • Co-organisateur des JETs (Journées Évolutionnaires Trimestrielles) 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17.

    Et pour finir...

    ...une un peu trop longue biographie de Pierre Collet

    Un peu de poésie

    Contact

    Pr Pierre Collet
    Mon bureau est situé au 4 rue Kirschleger,
    Bâtiment 3 de la Faculté de Médecine
    5è étage (équipe CSTB).
    
    Pierre Collet
    ICUBE - UMR CNRS 7357
    Tél : +33 (0)3.68.85.45.80 / Fax : +33 (0)3.68.85.44.55
    4 rue Kirschleger, 67000 Strasbourg
    
    courriel : Pierre.Collet @ unistra.fr
    

    LogosCollet.jpg