Équipe CSTB - Systèmes Complexes, Bioinformatique Translationnelle

Collaborations

De Équipe CSTB - Systèmes Complexes, Bioinformatique Translationnelle
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Theme LBGI

Nos projets, allant d’études moléculaires de bas niveau jusqu’aux applications cliniques, nécessitent d’une part, des collaborations étroites avec les informaticiens et bioinformaticiens théoriques (notamment au sein de l’équipe BFO), et d’autre part, des liens rapprochés avec la biologie expérimentale et médicale, notamment au sein des équipes de l'IGBMC et de la Faculté de Médecine de Strasbourg, pour développer ou améliorer les algorithmes dans un cadre de médecine translationnelle.

Développement de logiciels bioinformatiques :

  • Institut Francais de Bioinformatique
  • INSTRUCT European Consortium
  • FRISBI French Consortium
  • BIP:BIP (Bayesian inference paradigm: Biology in processors) Consortium
  • GJ. Barton; Univeristy of Dundee, Scotland
  • P. Collet, N. Lachiche, P. Gançarski; ICube, Strasbourg
  • A. Dejaegere; IGBMC, Strasbourg
  • MD. Devignes; LORIA, Nancy
  • P Sempé, X. Mary; IBM France
  • TJ. Gibson; EMBL, Heidelberg, Germany
  • DG. Higgins; University College Dublin, Ireland
  • P. Jollivet; Station Biologique de Roscoff
  • B. Klaholtz; IGBMC, Strasbourg
  • P. Koehl; UC Davis, USA
  • G. Labesse; CBS, Montpellier
  • C. Marino Buslje; Uni. Buenos Aires, Argentina
  • C. Mayer; Institut Pasteur, Paris
  • P. Pontarotti; Marseille
  • E. Pontelli; University of New Mexico, USA
  • AK. Royyuru; IBM Watson, USA
  • P. Schultz; IGBMC, Strasbourg
  • D. Moras; IGBMC, Strasbourg
  • A. Stoltzfus; NIST, USA
  • A. Van Dorsselaer; IPHC, Strasbourg

Développement de bases de données :

  • P. Bork; EMBL, Heidelberg, Germany
  • P. Dollé; IGBMC, Strasbourg
  • W. Krezel; IGBMC, Strasbourg
  • A. Pujol; Barcelona University, Spain

Ciliopathies :

  • H. Dollfus; LGM, Strasbourg
  • JL. Mandel; IGBMC, Strasbourg

Myopathies/AFM Décrypthon :

  • J. Laporte; IGBMC, Strasbourg
  • C. Marcelle; Melbourne University, Australia
  • T. Toursel; AFM, Paris

Maladies rétiniennes :

  • AMD Consortium (7 worldwide teams)
  • EVI-Genoret Consortium (42 European teams)
  • I. Audo; Université Pierre et Marie Curie, Paris
  • S. Bhattacharya; Inst. Ophthalmology, London, UK
  • J. Demongeot; U. Joseph Fourier, Grenoble
  • C. Grimm; Zurich, Switzerland
  • T. Léveillard; Institut de la Vision, Paris
  • J. Sahel; Institut de la Vision, Paris
  • C. Zeitz; Institut de la Vision, Paris
  • D. Zack; John Hopkins Hospital, Baltimore USA

Cancer de la prostate :

  • J. Abecassis, IGBMC, Strasbourg
  • M. Cecchini; University of Bern, Switzerland
  • J. Schalken; NCMLS, Nijmegen, Netherland
  • B. Wazylick; IGBMC, Strasbourg

Analyse de données de génomique fonctionnelle :

  • TF. Baumert; UdS, Strasbourg
  • B. Bihain; Genclis SAS, Nancy
  • A. Bloch-Zupan; IGBMC, Strasbourg
  • L. Brino; IGBMC, Strasbourg
  • P. Carbon; IBMC, Strasbourg
  • C. da Silva; Génoscope ; Evry
  • E. Friedrich; University of Luxembourg
  • J. Laporte; IGBMC, Strasbourg
  • A. Marchini; University of Heidelberg, Germany
  • R. Romand; IGBMC, Strasbourg
  • M. Roux; INIST, Nancy
  • M. Sissler; IBMC, Strasbourg
  • L. Tora; IGBMC, Strasbourg
  • L. Vallar; CRP-Santé, Luxembourg
  • V Laudet; ENS, Lyon

Theme SONIC

Department of Computer Science, Memorial University of Newfoundland, St John, Canada 
Venue du Pr Wolfgang Banzhaf dans l'équipe pendant 6 mois (d'avril 2010 à septembre 2010) pour y développer la chimie artificielle sur carte GPGPU.
Instituto de Tecnologia Quimica , Universidad Politecnica de Valencia (Espagne) 
Collaboration sur la recherche de nouvelles zéolites, avec plusieurs articles de conférence et de journaux scientifiques soumis.
Indian Institute of Technology of Kharagpur (Inde) 
avec la venue du doctorant Arijit Biswas pendant 8 mois (d'avril 2009 à décembre 2009) dans l'équipe dans le cadre d'une bourse franco-indienne Sandwitch. Un article de journal international a été soumis.
Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Système d'informations, Université de Lyon 
co-tutelle de la thèse d'Olvier Kuhn (cf. ci-dessus).
Société PROSTEP France et Allemagne 
Thèse CIFRE d'Olivier Kuhn.
Société POLYVIONICS 
Thèse de Stéphane Querry.
Equipe Image et Calcul Parallèle Scientifique (ICPS) du LSIIT, dirigée par Philippe Clauss 
Un papier a été accepté à EuroPar'09 (Ogier et al. 2009b).
Projet INRIA ALEA, Centre de Recherche Bordeaux Sud Ouest et Service ORL de l'Hôpital Avicenne 
plusieurs articles de journaux et chapitres de livre publiés.
Bristol Institute of Technology, University of the West of England 
collaboration avec l'équipe d'Andy Adamatzky, et plusieurs articles publiés.

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L'utilisation de méthodes évolutionnaires tisse des liens évidents avec la thématique Bioinformatique Théorique de l'équipe, notamment concernant l'étude d'opérateurs génétiques destinés à modifier le génotype des individus que l'on fait évoluer. Jusqu'à maintenant, l'évolution artificielle ne s'inspire de l'évolution naturelle que dans les grandes lignes. Le rapprochement avec la thématique Bioinformatique Théorique permet aux informaticiens d'accéder à des connaissances beaucoup plus précises sur les mécanismes génétiques biologiques, pour affiner les modèles qu'ils utilisent, et inversement, les biologistes peuvent apprendre de l'expérience in silico des chercheurs en évolution artificielle.

Les liens sont très forts aussi avec la thématique Fouille de données et classification, car les méthodes évolutionnaires permettent aussi de créer des classifieurs et extracteurs de connaissance (supervisés ou non) par programmation génétique, par exemple (cf. thèses de Sébastien Derivaux et Jonathan Weber).