Équipe CSTB - Systèmes Complexes, Bioinformatique Translationnelle

BIOGIM (Bioinformatics and Genomic Inferences for Medicine)

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BIOGIM a une longue expérience dans l’analyse, l’annotation et la fouille de données biomédicales. Notamment, dans le domaine des maladies génétiques rares, le BIOGIM cherche à identifier les associations entre génotype et phénotype et à comprendre les patterns et tendances dans les données. Les méthodes traditionnelles, qui ont été fructueuses dans l’étude de systèmes simples, trouvent leurs limites lorsqu'elles sont appliquées à des systèmes dynamiques complexes, où le patrimoine génétique de chaque patient sous-tend un grand nombre de variations qui interagissent les unes avec les autres produisant des effets depuis le niveau atomique jusqu’à l'organisme.

Les questions que nous abordons aujourd'hui se focalisent d’une part, sur la façon d'identifier les points critiques dans un système biologique complexe et d’autre part, sur la façon de prédire l'impact des perturbations (mutations, médicaments, par exemples) sur la stabilité et le comportement du système. Cela nécessite une modélisation théorique multi-échelle et multimodale des fonctions biologiques et de leurs régulations qui sous-tendent les phénotypes observés, et ce, dans un contexte de prise en compte de leurs interactions dynamiques avec l’environnement.