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Team activities in 2023 | Previous years

Scientific highlights

December

21/12 : Submission of a project to the call "Approches interdisciplinaires des processus oncogéniques et perspectives thérapeutiques", ITMO Cancer (O. Lecompte, collaboration ICUBE/ LBP/ CRCM)
18/12 : Participation in the PhD jury of V Andriamanga - Université de Paris-Saclay (O. Lecompte)
19-20/12 : Participation in the annual general meeting of the Institut Francais de Bioinformatique (Julie Thompson)
14/12 : Participation in the PhD jury of Goran Bich - IGBMC (J. Thompson)
04/12 : Work meeting with Raphael Carapito and Raony Guimaraes (Centre de Recherche d'Immunologie et d'Hématologie) concerning a potential collaboration for multi-omic analyses and AI
01/12 : PhD thesis defense of Naser Ghannad, "Metaheuristics and machine learning algorithms for the inventive design problem-solving loop", supervised by Roland de Guio and Pierre Parrend

November

21/11 : Article "The MetaInvert soil invertebrate genome resource provides insights into below-ground biodiversity and evolution" (Collins et al.) accepted in Communications Biology
20/11 : Invited conference : Ethique et IA, Université Andrés Bello, Viña del Mar, Chili, Pierre Collet
17/11 : Invited conference : Systèmes Complexes, Université Alberto Hurtado, Santiatgo du Chili, Pierre Collet
17/11 : Invited conference : Ethique et IA, Université Alberto Hurtado, Santiatgo du Chili, Pierre Collet
7/11 : PhD thesis defense of Hiba Khodji, "Apprentissage profond et transfert de connaissances pour la détection d’erreurs dans les séquences biologiques" supervised by Julie Thompson, Anne Jeannin-Girardon and Pierre Collet

October

30/10 : Move to new offices at Clovis Vincent
23/10 : Article "Temporal dynamics of the immune response in Astacus astacus challenged with Aphanomyces astaci" accepted in Fish and Shellfish Immunology (Boštjančić et al.)
20/10 : Thesis defense by Corentin Meyer, CNRS 80|PRIME "MYO-xIA : IA explicable pour la classification intégrée et la prédiction des myopathies congénitales" supervisors Olivier Poch, Pierre Collet
15/10 : Project X-KDEVS - eXplainable Knowledge-Enhanced DEVS Simulation for Complex Systems, JCJC ANR2024 submitted (Ali Ayadi)
10/10 : Ali Ayadi ajoined the scientific committee of RED (Réseau DEVS - Discrete Event System Specification).
09/10 : Submission of a junior professor chair (O. Lecompte)
02/10 : Start of Phd thesis by Quentin Rott (co-direction O. Lecompte, L. Choulier)

September

28/09 : Project "EN HOPE SMART4CBT : "East North-Hematology Oncology PEdiatric consortium : research program of Social sciences, Microenvironment & multiomics Analyses in RadioTherapy resistance For Children Brain Tumors" LABELLISE centre de recherche intégrée d’excellence en cancérologie pédiatrique (PEDIACRIEX23) par l'Institut National de Cancer - (K. Chennen, A. Kress, L. Poidevin, porteur ICube: O. Poch)
21/09 : Steering committee of Project RaReTIA : Artificial Intelligence for Rare Eye Genetic Diseases" - (K. Chennen, A. Kress, porteur ICube: O. Poch)
20/09 : Project CZI (Chan Zuckerberg Initiative) Collaborative Pairs Pilot Project Awards: "Moonlighting functions in neurodegenerative aaRSopathies", passed the first round (11/08) and submission of final project (K. Chennen, A. Kress, C. Mayer, O. Poch, porteur : A. Ayadi)
5-8/09 : Participation at conference CrayfIT (Pavia, Italie) by Lena Bonassin, Christelle Rutz and Luka Bostjancic - Best presentation prize Luka Bostjancic
4-8/09 : Visite d'Ulviyya Abdulkarimova, maîtresse de conférence, membre associée de l'équipe CSTB, UFAZ French-Azerbaijani University
04/09 : Consortium agreeement signed fo the project "RaReTIA: Artificial Intelligence for Rare Eye Genetic Diseases" (K. Chennen, A. Kress, porteur ICube: O. Poch)
01/09 : Article "Modeling and simulation of the sars-cov-2 lung infection and immune response with cell-devs" accepted in Winter Simulation Conference 2023 (A. Ayadi et al.)
01/09 : Project Extreme Phenotpyes in Retinopathies, AAp Retina France submitted (K. Chennen, porteur ICube : O. Poch)
01/09 : Project EpiTarget in Glioma, AAP ERA-NET TransCan3 (Translational Cancer research) submitted (K. Chennen)
01/09 : Project Retina Rare Disease PartnerShip, AAP European Rare Diseases Research Alliance accepted (K. Chennen, Porteur ICube: O. Poch)

August

31/08 : Launch of « Innovations in Graph Theory », mathematical journal on graph theory and interactions with other domains. Journal follows the « Diamond open access » model : free for authors, free for readers.
14/08 : Obtention of thesis funding from IBM, on quantic algorithms by Léo Cheneau, supervisor P. Collet
12/08 : Article "Abundance and diversification of repetitive elements in Decapoda genomes" (C. Rutz et al.) accepted in Genes
11/08 : Project accepted in round 2 of Chan Zuckerberg Initiative (CZI) Collaborative Pairs Pilot Project Awards : 'Moonlight functions in neurodegenerative aaRsopathies', porteur Ali Ayadi

July

31/07 : Participation in thesis committee of Hosna Baniadam (EMBL) - O. Lecompte
12/07: Start of WP4 for the project ANR Correau (Détection d'attaque dans les réseaux d'eau) : leader ICube - P. Parrend
11/07 : Participation in thesis jury of Hrishikesh Dhondge, INRIA Nancy - J. Thompson
07/07 : Obtention of PhD funding (DS Life and Health) by Quentin Rott (co-supervisors L. Choulier and O. Lecompte)
03/07 : Participation by O. Lecompte in HDR jury of Catherine Mathé (Université Toulouse III)

May

10-12/05 : Participation at RESSI (Rendez-Vous de la Recherche et de l'Enseignement de la Sécurité des Systèmes d'Information), M. Jaber, J. Michel, P. Parrend.
11/05 : Discrete mathematics seminaire : Spanning trees in regular graphs, KIT - Karlsruher Institut für Technologie, J.-S. Sereni.
12/05 : Publication of a document for the general public : 'Enseignement supérieur et désinformation: quel bilan dans les écoles d’ingénieur ?', in 'Lutte contre les manipulations de l’information: Regards croisés de spécialistes et d’acteurs du domaine' White paper from the Pôle d’Excellence Cyber, contribution from P. Parrend.

April

6/04 : Article accepted in Frontiers in Bioinformatics : Real or fake? Measuring the impact of protein annotation errors on estimates of domain gain and loss events, A. Kress et al. 2023
15/4 : Start of PhD thesis by Côme Frappé-Vialatoux, ANR project Correau (detection of attacks on water networks)
19/04 : Invited talk by P. Parrend : Trusted Graph for explainable detection of cyberattacks, au Cyber CNI Lecture Series (TALK.cybercni.fr) which aims to raise awareness of cybersecurity issues among all audiences and to enable a permanent dialogue between industry and academic experts and the general public.
26/04 : "Best Paper Award" at the conference Complex Computational Ecosystems 2023, Baku : "Metrics for Evaluating Interface Explainability Models for Cyberattack Detection in IoT Data”, Amani Abou Rida

March

6/03 : Submission of a co-supervised thesis between Laurence Choulier (Laboratoire de Bioimagerie et Pathologies, UMR7021) and Odile Lecompte
6/03 : Submission of a co-supervised thesis betweene Jean Louis Mandel (IGBMC) and Julie Thompson
13/03 : Presentation at the first working group meeting "Aspects Computationnels de l'Éthique" (GDR RADIA) at LIP6, Paris : "Éléments d'épistémologie et d'éthique des systèmes d’apprentissage automatique", Anne Jeannin-Girardon
14/03 : Submission of a project SMART4CBT (Sciences sociales, Microenvironnement & analyses multiomiques dans la résistance au RadioThérapie dans les tumeurs cérébrales de l'enfant) pour la création d'un Centre de Recherche Intégrée Nord-Est en Oncopédiatrie (National AAP INCA), Olivier Poch
15/03 : Meeting with members of SATT CONECTUS concerning valorisation of tools developed by CSTB and BiGEst-ICube, Olivier Poch, Arnaud Kress/Luc Mouliner
26/03 : Submission of the plan for the new Bioinformatics and Structural Bioimaging course of the Strasbourg Master in Life Sciences (co-head : O. Lecompte)
27-31/03 : Presentation of J.-S. Sereni at the online symposium « χ-boundedness », in the context of the network A Sparse (Graphs) Coalition
29/03 : Article published in Journal of Fungi : C. Mayer et al. CeGAL: Redefining a Widespread Fungal-Specific Transcription Factor Family Using an In Silico Error-Tracking Approach

February

02/02 : Work meeting with Emmanuelle Leize (Laboratoire de Spectrométrie de Masse des Interactions et des Systèmes) to discuss a collaboration on the use of AI approaches in proteomics. J. Thompson, K. Chennen.
02-03/02 : Participation of Dorine Merlat at the conference Omics Days 2023 (Montpellier)
8/02 : Participation in mentoring circle (O. Lecompte)

January

09/01 : Invited talk by D. Merlat - ERGA Annotation Committee
11/01: intervention at conference Artificial Intelligence at ESBS : "Intelligence artificielle, éthique et santé" (A. Jeannin-Girardon) 12/01: Participation at Journées des Universités (O. Lecompte)
23-25/01 : Presentation of a poster at ALPHY meeting (Grenoble) by Dorine Merlat

Visitors

04-08/04 : Visit by J. Volec (Czech Technical University, Czech Republic).

Doctoral students

03/05 : Individual thesis follow-up committee (CSI) for Alix Simon, supervisors J. Thompson and J. Laporte (IGBMC)
16/05 : Individual thesis follow-up committee (CSI) for Luka Boštjančić, supervisors O. Lecompte et K. Theissinger (LOEWE Centre for Translational Biodiversity Genomics, Frankfurt)
30/05 : Individual thesis follow-up committee (CSI) for Christelle Rutz, supervisor O. Lecompte
31/05 : Individual thesis follow-up committee (CSI) for Nicolas Haas, supervisor O. Poch

Internships

15/03 : Start of M1 internship by Burak Arti, M1 BSIB, supervised by Julie Thompson and Laetitia Poidevin
15/03 : Start of M1 internship by Julien Schaffer, M1 BSIB, supervised by Julie Thompson and Kirsley Chennen
15/03 : Start of M1 internship by Dehelia Chettouf, M1 BSIB, supervised by Claudine Mayer, Kirsley Chennen and Olivier Poch
15/03 : Start of M1 internship by Migena Bejko, M1 BSIB, supervised by Kirsley Chennen, Claudine Mayer and Olivier Poch
15/03 : Start of M1 internship by Deborah Antonio, M1 BSIB, supervised by Claudine Mayer and Olivier Poch

27/02 : Start of M1 internship by Fazil Mammadov, UFAZ, Baku, supervised by Rabih Amhaz

15/01 : Start of M2 internship by Lucille Herbay (Science de la vie, biologie moléculaire) supervised by Julie Thompson, Arnaud Kress

Administrative activities

9/02 : Meeting of workgroup RDA Unistra (J. Thompson, Paulette Lieby)
10/02 : Steering committee Science Ouverte de l'Unistra (J. Thompson)

20/01 : Meeting to organise the new master Unistra in bioinformatics and structural bioimaging, for 2024 (O. Lecompte, J. Thompson)
23/01 : RDA organisational assembly (J. Thompson)

Miscellaneous

7/02 : First session of a training course on Sexual and Gender-Based Violence and Homophobia
21/03 : Second session of a training course on Sexual and Gender-Based Violence and Homophobia

Team life

Team meetings

(*) Every Tuesday 13h30 to 15h30
1st Tuesday of the month : Reports of members A-G
2nd Tuesday of the month : Reports of members H-N
3rd Tuesday of the month : Reports of members O-Z
4th Tuesday of the month : Meeting for permanent members

Each Thursday at 14h00 : Presentations of trainees/students followed by questions (2 to 3 presentations of 12 min for trainees and 1st and 2nd year PhD students, 20 min for 3rd year PhD students).

23/02 : (*) Meeting to discuss the organisation of the presentations

13/04 : (*) Session "Jeun's" Presentation by Arnaud Kress
06/04 : (*) Session "Jeun's" Presentation by Ihsane Errami
30/03 : (*) Session "Jeun's" Presentation by Corentin Meyer
23/03 : (*) Session "Jeun's" Presentation by Deborah Antonio, Burak Arti, Migena Bejko, Dehelia Chettouf and Julien Schaffer
16/03 : (*) Session "Jeun's" Presentation by Anne Jeannin-Girardon et Hiba Khodji