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TEAM PRESENTATION

Team meetings

(*) Every Tuesday 13h30 to 15h30, Room 526, Medical School, CSTB 5th floor - 11 rue Humann
1st Tuesday of the month : Reports of members A-M
2nd Tuesday of the month : Journal Club
3rd Tuesday of the month : Reports of members N-Z
4th Tuesday of the month : Meeting for permanent members

DECEMBER 2016

• 06/12 : Presentation of Y.Nevers on available complete proteomes
• 07/12 : Presentation of J.Navarro Lara at SSCI (Symposium Series on Computational Intelligences) in Athens
• 08/12 : Presentation of P.Willaume at SSCI (Symposium Series on Computational Intelligences) in Athens
• 08/12 : Presentation at "BioWin days", Louvain-la-Neuve, BELGIUM (A.Jeannin-Girardon, P.Collet and O.Poch)
• 13/12 : Presentation of K.Chennen on installation of a CSTB semantic web in the context of the Elixir project
• 15/12 : Fête de Noël

NOVEMBER 2016

- 02/11 : Arrival of 2 Master 2 BSBB interns for 1 month : Audrey Fosset (supervisor Odile Lecompte) and Vincent Zilliox (supervisor Julie Thompson)
- 08/11 : (*) Presentation of progress, group A-M
- 14/11 : Y.Nevers is the new representant for CSTB doctoral students
- 14/11 : Integration of Catherine Guth (associated MCF)
- 15/11 : Half-day of presentations in "deep learning et réseaux de neurones"
- 15/11 : (*) Journal Club
- 16/11 : Return of Salma Aouled El Haj Mohamed for 2 months (thesis co-director Julie-Thompson)
- 16/11 : Y.Nevers organised a JeBiF pub meeting in Strasbourg
- 18/11 : Invited speech in Rennes (J.Thompson)
- 22/11 : (*) Presentation of progress, group N-Z
- 25/11 : Presentations of projects by 2 Master2 ILC students, Alexandre Bruyant and Marc Haegelin
- 25/11 : Presentation of CSTB for the CNRS DAS (O.Poch)
- 28/11 : Elixir conf-call, K.Chennen, O.Poch and J.Thompson
- 28/11 : Presentation of CSTB for new lab members (O.Poch)
- 29/11 : A.Jeannin and P.Collet at the ImmuniComplexIT network workshop in Paris
- 29/11 : (*) Meeting for permanent members (OJ : report of the CSTB presentation for the CNRS DAS; website: things to do; IT needs; infos concerning the new building)

OCTOBER 2016

- 04/10 : (*) Presentation of progress, group A-M
- 12/10 : (*) Journal Club
- 14/10 : Thesis of Kirsley Chennen Rare diseases and 'Big Data' : bioinformatics solutions for knowledge-guided analysis
- 15-16/10 : Participation in Fête de la Science in Strasbourg. Organisation of a booth by P. Collet, A. Jeannin, P. Parrend
- 18/10 : (*) Presentation of progress, group N-Z
- 24/10 : (*) Conf call ELIXIR --> Detailed discussions about obtaining a future BYOD (Bring Your Own Data) in Strasbourg
- 25/10 : (*) Meeting for permanent members (OJ : ANR projects submitted; new entrants; Elixir project)
- 25/10 : Medical thesis of Yvan Herenger (ex-intern) Cataractes congénitales génétiques : apport du séquençage haut débit dans le diagnostic et la prise en charge

SEPTEMBER 2016

- 01/09 : Arrival of Anne Jeannin, lecturer at University of Strasbourg
- 02/09 : Party for Anne Jeannin and promotion of Pierre Collet to PRCE
- 05-07/09 : Presentation of Pierre Masai at the 20th conference KES 2016 in York, UK
- 12/09 : CRBS gouvernance meeting, Olivier Poch
- 20/09 : (*) Presentation of progress, group A-M
- 20-23/09 : Poster presentation by Yannis Nevers at 20th Evolutionary Biology Meeting in Marseille
- 21/09 : Arrival of 2 Master2 ILC students, Alexandre Bruyant and Marc Haegelin
- 22/09 : 1 day meeting between CSTB and Dr. Partap Chauhan concerning project of modeling for Ayurvedic medicine
- 23/09 : 1articles accepted in international conferences, Pierre Willaume and Julio Navarro Lara
-26/09 : Restart of monthly conf call meetings for H2020 project "Elixir Excelerate"
- 27/09 : (*) Presentation of progress, group N-Z
- 28/09 : Visit of Dr. Christian Rolando from Université de Lille in the context of Master 2 internship of Marc Haegelin
- 30/09 : 1 day BIONICS meeting organised by Pierre Parrend at CSTB

JULY 2016

- 08/07 : Front page of newsletter n°126 of University of Strasbourg, 08/07/2016.
Hélène Gass, Master2 intern in bioinformatics, ranked 4th in world apnea championships 2016 (16x 50m). Double champion of France 2015 (record and gold medal)

JUNE 2016

- 01/06 : Arrival of L3 intern, Laurine Huber (Supervisor Pierre Collet)
- 02/06 : IGMA meeting on IT for CRBS (Centre de Recherche en Biomédecine de Strasbourg)
- 07/06 : Presentation of UFAZ (Université franco-azerbaïdjanaise) project by the presidency (Pierre Collet co-rector)
- 07/06 : (*) Meeting for permanent members (OJ: preparation of weekly meetings; HCERES report; dates for annual team BBQ and SONIC meeting day)
- 14/06 : (*) Presentation of progress, group A
- 15/06 : (*) Meeting for permanent members to discuss HCERES "scientific strategies & perspectives"
- 15/06 : Arrival of intern (observation internship) Mickaël Wagner (Supervisor Olivier Poch)
- 21/06 : (*) Journal Club
- 23/06 : Mid thesis defence Salma Aouled El Haj Mohamed (thesis co-director Julie-Thompson)
- 23/06 : Scientific council of ECAM (Olivier Poch)
- 28/06 : Presentation by Yannis Nevers at Journées ouvertes en biologie informatique et mathématiques (JOBIM) in Lyon 28-30 June. Participation of Salma Aouled El Haj Mohamed.
- 27/06 : Presentation by intern Fantin Mesny (supervisor Odile Lecompte) "Analysis of interactions in protein networks"
- 28/06 : Annual team BBQ
- 30/06 : Promotion of Pierre Collet to PRCE

MAI 2016

- 03/05 : (*) Meeting for permanent members (OJ : preparation of weekly meetings ; team budgets and spending; 1st version of HCERES report)
- 10/05 : (*) Presentation of progress, group A
- 11-13/05 : Evaluation of INRA engineers(LEAN philosophy, EPST skills dashboard, constructive messages for engineers) (Olivier Poch)
- 12/05 : Anne Jeannin ranked 1st for the lecturer post in the team
- 17/05 : (*) Journal Club, presentation of Yann Hode (supervisor Aline Deruyver)
- 17/05 : Arrival of ESBS intern, Fantin Mesny (supervisor Odile Lecompte)
- 19/05 : Validation of thesis funding for Cédric Pupka by SYNOVO
- 19/05 : Validation of internship funding by fondation N-Light (management of JIVA Ayurveda cohort)
- 19/05 : (*) Meeting for permanent members : HCERES-SWOT
- 24/05 : (*) Presentation of progress, group B
- 30/05 : Arrival of BTS intern Mickaël Joly (supervisor, Raymond Ripp)
- 31/05 : Presentation by Fantin Mesny (supervisor Odile Lecompte) "Analysis of gene lists in bioinformatics"

APRIL 2016

- 05/04 : (*) Réunion des permanents (OJ : préparation des réunions hebdomadaires ; bilan des présentations stagiaires/concours/mi-thèse à venir)
- 07/04 : Cours sur les codes circulaires dans les gènes à l'Ecole des Jeunes Chercheurs en Informatique Mathématiques (EJCIM 16) (Christian Michel)
- 12/04 : (*) Présentation des travaux, groupe A
- 19/04 : (*) Journal Club, présentations rapides de publications jugées intéressantes
- 26/04 : (*) Présentation des travaux, groupe B
- 28/04 : Visite Introduction à la recherche (étudiants de L3)
- 29/04 : Présentations aux quatrièmes journées scientifiques de la Fédération de Médecine Translationnelle Strasbourg (FMTS) de:

Carlos Bermejo Das Neves : "MODEX: An artificial intelligence engine designed for systems biomedicine"
Yannis Nevers : "Prediction and characterization of ciliary proteins by comparative genomics"

- Publications :
1) Standardized benchmarking in the quest for orthologs.

Altenhoff AM, Boeckmann B, Capella-Gutierrez S, Dalquen DA, DeLuca T, Forslund K, Huerta-Cepas J, Linard B, Pereira C, Pryszcz LP, Schreiber F, da Silva AS, Szklarczyk D, Train CM, Bork P, Lecompte O, von Mering C, Xenarios I, Sjölander K, Jensen LJ, Martin MJ, Muffato M; Quest for Orthologs consortium, Gabaldón T, Lewis SE, Thomas PD, Sonnhammer E, Dessimoz C.

Nat Methods. 2016 [Epub ahead of print]

2) Identification of an Alternative Splicing Product of the Otx2 Gene Expressed in the Neural Retina and Retinal Pigmented Epithelial Cells.

Kole C, Berdugo N, Da Silva C, Aït-Ali N, Millet-Puel G, Pagan D, Blond F, Poidevin L, Ripp R, Fontaine V, Wincker P, Zack DJ, Sahel JA, Poch O, Léveillard T.
PLoS One. 2016;11(3):e0150758.

MARS 2016

A partir de mars les réunions d'équipe hebdomadaires se dérouleront le mardi à 14h00 . L'ordre des présentations des groupes reste inchangé.
Programmation des réunions des permanents tous les premiers mardis du mois à 14h00.

- 01/03 : (*) Réunion des permanents (OJ : préparation des réunions hebdomadaires ; liste des points à aborder à la réunion préparatoire de l'HCERES le 03 mars ; bilan des entrées/sorties au CSTB ; bilan des financements
- 03/03 : (*) Réunion préparatoire de l'HCERES
- 03/03 : réunion préparation de l'HCERES, bilan sur le wiki CSTB
- 08/03 : ELIXIR All Hands meeting Barcelone 7-9 Mars (participants Julie Thompson/Olivier Poch)

https://www.elixir-europe.org/events/elixir-all-hands-2016

- 08/03 : (*) Présentation des travaux, groupe A
- 11/03 : présentation Systèmes immunitaires artificiels par Cédric Pupka vendredi à 14h (Encadrant Pierre Parrend)
- 15/03 : Arrivée Stagiaire Anna Leontova (Encadrant Julie Thompson)
- 15/03 : (*) Présentation des travaux, groupe B
- 16/03 : 4P Factory workshop, 4P-Factory e-room + Grand Amphi de Math Unistra (Pierre Parrend)

https://4pfactory.wordpress.com/4p-factory-workshop-2016-program/

- 17/03 : Meeting Bilan Annuel de l'ANR Infrastructure BIPBIP à Strasbourg au CSTB Faculté de Médecine (25 participants)
- 21/03 : Visite de Amy Gooch (Université de Durham) (du 21/03 au 01/04)
- 22/03 : Présentation mi-parcours des 3 stagiaires M2 BSBI
- 25/03 : « Science Days » de SANOFI - Journée "L’innovation scientifique au service des patients"

Présentation Poster VarScrut Centre de Congrès, Le Port-Marly (78) (Olivier Poch)

- 29/03 : (*) Journal Club, présentations rapides de publications jugées intéressantes
- Déplacement de Pierre Collet à Bakou pour le montage d'une nouvelle université, l'Université Franco-Azerbaïdjanaise (UFAZ)
- Finalisation du volume Springer Proceedings in Complexity First Complex Systems Digital Campus World E-Conference 2015 (Edits P.Bourgine, P.Collet, P.Parrend).
- 2 Papiers acceptés à CEC et Gecco :
- CEC'16: Author(s): Jean Meunier, Julier Rohmer, Dominique Knittel and Pierre Collet

Title: Metaheuristic Based Battery Control Optimization of a Photovoltaic System with Grid Connexion

- GECCO'16: Author(s): N. Hamze, P. Collet, and C. Essert

Title: Introducing Pareto-based MOEA to Neurosurgery Preoperative Path Planning

FEVRIER 2016

- 04/02 : (*) Réunion des permanents (OJ : préparation des réunions hebdomadaires ; bilan des activités de janvier : a- CR ComDir Icube du 01/02, b- CR AG IFB du 26/01 ; Finances/appels d'offre ; Divers)
- 10/02 : (*) Présentation des travaux, groupe A
- 12/02 : réunion SATT Connectus, Licence VarScrut
- 17/02 : (*) Journal Club, présentations rapides de publications jugées intéressantes
- 22/02 : Arrivée Stagiaire Master Cédric Pupka (Encadrant Pierre Parrend)
- 24/02 : (*) Présentation des travaux, groupe B
- 25/02 : AG ICube
- 2 ANR sur 3 ont passé la phase 1 - papier EvoBio accepté:

Authors: Elise Rosati, Morgan Madec, Abir Rezgui, Quentin Colman, Nicolas Toussaint, Christophe Lallement, Pierre Collet

Title: Application of Evolutionary Algorithms for the Optimization of Genetic Regulatory Networks

JANVIER 2016

Les réunions d'équipe hebdomadaires du mercredi se dérouleront le Jeudi à partir de Janvier.
L'ordre des présentations des groupes reste inchangé.
- 04/01 : Arrivée Stagiaire Master2 Hélène Gass (Encadrant Julie Thompson)
- 04/01 : Arrivée Stagiaire Master2 Morgane Gilg (Encadrant Julie Thompson)
- 06/01 : (*) Réunion des permanents du CSTB (OJ: debriefing des Bingi Days Retraite de l'équipe les 10 et 11 décembre, Maison des Associations Strasbourg ; Préparation HCERES; Financements)
- 11/01 : Arrivée Stagiaire Master2 Vanessa Fernandes-Cardoso (Encadrant Olivier Poch)
- 13/01 : Présentation skype de Salma Aouled El Haj
- 18/01 : (*) Réunion budget, regroupement et identification des informations en prévision de l'HCERES
- 20/01 : (*) Présentation des travaux, groupe A
- 22/01 : présentation des chaires et Unitwin UNESCO-Unistra à l'Institut Lebel (Pierre Collet)
- 25-26/01 : Assemblée générale de l'institut français de bioinformatique, participation aux ateliers sur les modèles économiques des plateformes et sur la rentabilité de la participation au projet Infradev "Elixir Excelerate" (Olivier Poch)
- 27/01 : présentation d'Alexis Allot (ancien thésard)
- 28/01 : (*) Présentation des travaux, groupe B

• 9-11 December 2015 : CSTB retreat at the Maison des Associations, place des Orphelins

• 9 October 2015 : Alexis ALLOT defended his PhD in bioinformacs.

• 8 October 2015 : Carlos BERMEJO DAS NEVES defended his mid-PhD in bioinformacs.

• 1st October 2015 : First students from the SONIC group move into the Medical School building.