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TEAM PRESENTATION
Team meetings
(*) Every Tuesday 13h30 to 15h30
1st Tuesday of the month : Reports of members A-G
2nd Tuesday of the month : Reports of members H-N
3rd Tuesday of the month : Reports of members O-Z
4th Tuesday of the month : Meeting for permanent members
Last Thusrday of the month at 14h00 : Presentations of trainees/students followed by questions (2 to 3 presentations of 12 min for trainees and 1st and 2nd year PhD students, 20 min for 3rd year PhD students).
May 2022
03-05: Meeting for permanent members
April 2022
01-04: End of Freezer project, with EPITA students (reaction tool in case of computer attack, which allows to prevent the connection of new users, the opening of new network accesses), supervised by Pierre Parrend
04/08-04: Online colloque « Directed Minors & Digraphs Structure Theory », organised by J.-S. Sereni, R. Steiner & S. Wiederrecht in the context of the network « A Sparse (Graphs) Coalition »
05-04 : Meeting of steering committee Mentorat en Alsace - Université de Strasbourg and Université de Haute Alsace (O. Lecompte)
05-04 : Group meeting A (A-K)
05-04 : Meeting with SDC team (N. Lachiche, G. Frey) : graph-based analysis of biological networks
06-04 : Presentations by students Dorine Merlat, Tuba Uslu, Thimothé Benoit and Antony Seyller
07-04 : Article submission to BMC Bioinformatics journal : "IMPatienT: an integrated web application to digitize, process and explore multimodal patient data; C. Meyer et al."
08-04 : Meeting of steering committee Open Science Unistra (J. Thompson)
12-04 : Article accepted in Nucleic Acids Research : Nevers et al. 'The Quest for Orthologs orthology benchmark service in 2022'
12-04 : Journal Club
14-04 : Article accepted in BMC Genomics : Boštjančić LL et al.'Host-pathogen coevolution drives innate immune response to Aphanomyces astaci infection in freshwater crayfish: transcriptomic evidence'
19-04 : Group meeting B (L-Z)
20-04 : Meeting Institut Francais de Bioinformatique, GT Bioinfo Santé (K. Chennen, J. Thompson)
21-04 : Article accepted in the conference AIAI2022 : Khodji et al. 'MERLIN: Identifying inaccuracies in Multiple Sequence Alignments using Object Detection'
22-04 : Poster presentations at Doctoral School days for Sciences de la Vie et de la Santé (C. Rutz, C. Meyer)
25-04 : First meeting of GT RDA (Research Data Alliance) Strasbourg (J. Thompson)
25-04 : Presentations by students Quentin Christoffel, Nicolas Haas and Arthur Vogt
25/29-04 : Visit of Z. Dvořák & B. Moore (Université Charles de Prague, République tchèque)
28-04 : Meeting with Société Urania Therapeutics-CSTB in the context of application for PhD funding CIFRE : "Development of an artificial intelligence algorithm dedicated to trans-reading therapies: Application to rare genetic diseases" (25/04/2022) (N. Haas, K. Chennen, O. Poch)
29-04 : First meeting of GT Données EST, RDG (Recherche Data Gouv) : 'Atelier de la donnée' projects (J. Thompson)
Mars 2022
01-03 : Meeting for permanent members
01-03 : Start of M2 internship by Henri Joel Azemena (Université de Lorraine) supervised by Ali Ayadi
01-03 : Start of PhD by Lena Bonassin - supervision : O. Lecompte, co-supervision : K. Theissinger (Francfort)
01-03 : Start of PhD by Ljudevit Luka Boštjančić - supervision : K. Theissinger (Francfort), co-supervision : O. Lecompte
01-03 : Two theses will start september 2022 co-supervised with Université ASOIU (Baku, Azerbaidjan)
02-03 : Project RainRARE, transcriptomic data reception and analysis ((Wojciech Krezel, Kirsley Chennen)
08-03 : Group meeting A (A-M)
09-03 : Meeting with Urania Therapeutics to discuss the scope of a PhD funding CIFRE (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Nicolas Hass, Jean-Paul Renaud)
11-03: Communication accepted for RESSI (Rendez-Vous de la Recherche et de l'Enseignement de la Sécurité des Systèmes d'Information) 'Teaching Machine Learning for Cybersecurity', Pierre Parrend
14-03 : Meeting to discuss participation of CSTB in the UE Master Omiques, Bioinbfo, données de santé (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Agnes Bloch-Zupan)
14-03 : Participation of O. Lecompte in the HDR jury of Anaïs Bardet, Université de Strasbourg
15-03 : Journal Club
16-03 : Meeting NMD (Non-Sens mediated mRNA decay) - Thérapies de Translecture (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Nicolas Hass, Jean-Paul Renaud, Fabrice Lejeune)
22-03 : Group meeting B (N-Z)
23 et 24-03 : Kick-off meeting of ANR PRCI GEODE at LOEWE Centre for Translational Biodiversity Genomics (Francfort) (O. Lecompte, C Rutz, D Merlat)
23-03 : Participation of J. Thompson in the HDR jury of Pierre Poulain, Université de Paris Diderot
24-03 : Submission of project ANR Correau on the cybersecurity of water networks (Pierre Parrend)
28-03 : Meeting with Google Cloud to discuss a possible collaboration on the OrthoInspector project, and use of IA for integration of 3D structure data in the analysis of genetic variants (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Arnaud Kress, Julie Thompson, Pierre Collet)
29-03 : Réunion Permanents
29-03 : Invitation au CAGI6 meeting (Challenge Critical Assessment of Genome Interpretation VIth version) suite aux prédiction fournies; résultats à venir
31-03 : Réunion avec Professeur Seiamak BAHRAM, PUPH Immunologie biologique, et Vincent Noblet, pour discuter d'une éventuelle collaboration autour d'un projet en analyse par IA des données multi-omiques (Julie Thompson, Olivier Poch, Pierre Collet).
Février 2022
01-02 : Meeting for permanent members
08-02 : Group meeting (A-M)
15-02 : Journal Club
22-02 : Group meeting B (N-Z)
28-02 : Début de stage M1S2 de Tuba Uslu (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadrée par Julie Thompson
28-02 : Début de stage fin d'étude de Souliman El Moussaoui (ECAM formation Data Science) encadrée par Julie Thompson, Kirlsey Chennen, Nicolas Scalzitti, collaboration Jean Muller, Laboratoire de diagnostic génétique, CHU de Strasbourg
28-02 : Début de stage M1S2 de Timothé Benoît (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadré par Claudine Mayer
28-02 : Début de stage M1S2 de Anthony Seyller (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadré par Claudine Mayer et Kirsley Chennen
28-02 : Début de stage de Khayala Gaybaliyeva, M2 Sciences de Données et Intelligence Artificielle, Université Franco-Azerbaidjanaise, encadrante Nathalie Al Makdessi
28-02 : Début de stage de Mahir Israyilov, M2 Sciences de Données et Intelligence Artificielle, Université Franco-Azerbaidjanaise, encadrants Ali Ayadi, Anne Jeannin-Girardon et Pierre Collet
25-02 : Acceptation du projet RARETIA ANR-20-MRB-00XX-03 (ANR/Investissements d'Avenir: Accélérer la Recherche et l'innovation sur les maladies rares grâce aux bases de données)
18-02 : Réunions de travail avec SDC, CSIP, FEMTO-ST, Mob-ion et AAQIUS dans le cadre du projet AI-ReFuel ANR 2022 (préparation d'une proposition détaillée pour le passage à la phase 2), Ali Ayadi coordinateur du projet.
21-02 : Réunion de préparation du projet Correau, ANR phase 2 (INRAE, Eurométropole, CNAM, ICube)
04-02 : Fin de projet MedCTF - application de gestion de données médicale pour challenge de cybersécurité, stage de Tayyip Gedik (encadrement Pierre Parrend)
16-02 : Soumission d'un pre-proposal "Development of new analytic tools and pathways to accelerate diagnosis and facilitate diagnostic monitoring of rare diseases" au AP European Joint Programme Rare Diseases, en collaboration avec Amélie Piton, IGBMC.
16-02 : Soumission d'un pre-proposal "RAinMARK : New tools and predictive markers for better patient care and treatment solutions in MCOPS12" au AP European Joint Programme Rare Diseases, en collaboration avec Wojciech KREZEL, IGBMC.
09-02 : soumission d'une réponse au Appel à manifestation d’intérêt - Chaire de professeur junior "GROOT: atlas of Gene RepertOire evOluTion", Odile Lecompte
02/03-02 : Organisation des réunions Coalition Café (en ligne) par S. Cambie, R. J. Kang, J.-S. Sereni & Y. Yuditski.
07/11-02 : visite de J. Volec (Czech Technical University, République tchèque).
10-02 : Exposé de J. Volec au séminaire de calcul stochastique (IRMA) : Graph limits, common graphs and Sidorenko's conjecture.
23-02 : Réunion avec Laurence Choulier (faculté de pharmacie) pour discuter d'une co-direction de thèse possible (Quentin Rott), Julie Thompson, Odile Lecompte
24-02 : Réunion avec Prof. Bourcier et Emilia Koestel, Ophtalmologue, CHU de Strasbourg pour discuter d'une collaboration possible suite au projet Myo-XIA, avec Corentin Meyer, Julie Thompson, Olivier Poch, Pierre Collet
Janvier 2022
03-01 : Début du stage M2S4 de Dorine Merlat (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadrée par O. Lecompte
03-01 : Début du stage M2S4 de Nicolas Haas (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadré par O. Poch et K. Chennen
03-01 : Début du stage M2S4 de Arthur Vogt (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadré par C. Mayer
03/07-01 : Participation (en ligne) de J.-S. Sereni au colloque Graph Theory à Oberwolfach (Allemagne)
11-1: Lancement de la thèse de Julien Michel sur le projet Damiage, direction de thèse Pierre Parrend (programme RAPID, porté par l'EPITA)
11-01 : (*) présentation du groupe A (A-M)
11-01 : Assemblée Générale de l'IFB, pour discuter de la prochaine feuille de route 2022-2027
17-01 : Participation d'O. Lecompte au meeting organisé par le consortium européen ERGA (European Reference Genome ATlas)
18-01 : (*) Journal Club
18/19-01 : Meeting Institut de Myologie Paris; Projet: IA et base de connaissances multi-niveaux pour le diagnostic des myopathies congénitales (Corentin Meyer/Olivier Poch/Kirsley Chennen)
20-01 : Réunion préparatoire écriture projet European Joint Programme RARE DISEASES (Olivier Poch/Kirsley Chennen)
21-01 : Réunion avec la société CInflows e-solutions for medical workflows, sur l'utilisation de l'IA pour la détermination de la taille de valves cardiaques et sur l'anonymisation de fichiers médicaux
24-01 : Réunion avec la société Urania Therapeutics, sur la création d'une base de connaissances dédiées aux thérapies des maladies génétiques à faux-sens technologie des molécules de 'Read-Through' au sein des ribosomes (Olivier Poch/Kirsley Chennen/Nicolas Haas)
25-2: session de travail 'Détection d'anomalies dans les réseaux' avec les doctorants et post-doctorants de Réseau (Cristel Pelsser) et CSTB (Pierre Parrend)
25-01 : Group meeting B (N-Z)
27-01 : Presentations by students Lalla Aicha Koné and Yohan Solon
31-01 : réunion de préparation du projet RDG AMI Atelier de la donnée (Julie Thompson)