CSTB team: Complex Systems and Translational Bioinformatics

Difference between revisions of "News"

From CSTB team: Complex Systems and Translational Bioinformatics
Jump to navigation Jump to search
Line 3: Line 3:
 
<span style="color:blue"><big>TEAM PRESENTATION </big></span>
 
<span style="color:blue"><big>TEAM PRESENTATION </big></span>
 
===Team meetings===
 
===Team meetings===
'''(*) Every Tuesday 13h30 to 15h30, Room 526, Medical School, CSTB 5th floor - 11 rue Humann'''<br />
+
'''(*) Every Tuesday 13h30 to 15h30'''<br />
1st Tuesday of the month   : Reports of members A-M<br />
+
1st Tuesday of the month : Reports of members A-G<br />
2nd Tuesday of the month : Journal Club<br />
+
2nd Tuesday of the month : Reports of members H-N<br />
3rd Tuesday of the month : Reports of members N-Z<br />
+
3rd Tuesday of the month : Reports of members O-Z<br />
 
4th Tuesday of the month : Meeting for permanent members<br />
 
4th Tuesday of the month : Meeting for permanent members<br />
  
=== DECEMBER 2016 ===
+
Last Thusrday of the month at 14h00 :  Presentations of trainees/students followed by questions (2 to 3 presentations of 12 min for trainees and 1st and 2nd year PhD students, 20 min for 3rd year PhD students).<br />
  
* 06/12 : Presentation of Y.Nevers on available complete proteomes
+
=== May 2022 ===
* 07/12 : Presentation of J.Navarro Lara at SSCI (Symposium Series on Computational Intelligences) in Athens
+
03-05: Meeting for permanent members <br />
* 08/12 : Presentation of P.Willaume at SSCI (Symposium Series on Computational Intelligences) in Athens
 
* 08/12 : Presentation at "BioWin days", Louvain-la-Neuve, BELGIUM (A.Jeannin-Girardon, P.Collet and O.Poch)
 
* 13/12 : Presentation of K.Chennen on installation of a CSTB semantic web in the context of the Elixir project
 
* 15/12 : Fête de Noël
 
  
=== NOVEMBER 2016 ===
+
=== April 2022 ===
  
- 02/11 : Arrival of 2 Master 2 BSBB interns for 1 month : Audrey Fosset (supervisor Odile Lecompte) and Vincent Zilliox (supervisor Julie Thompson) <br />
+
01-04: End of Freezer project, with EPITA students (reaction tool in case of computer attack, which allows to prevent the connection of new users, the opening of new network accesses), supervised by Pierre Parrend<br />
- 08/11 : (*) Presentation of progress, group A-M <br />
+
04/08-04: Online colloque « Directed Minors & Digraphs Structure Theory », organised by J.-S. Sereni, R. Steiner & S. Wiederrecht in the context of the network « A Sparse (Graphs) Coalition »<br />
- 14/11 : Y.Nevers is the new representant for CSTB doctoral students <br />
+
05-04 : Meeting of steering committee Mentorat en Alsace - Université de Strasbourg and Université de Haute Alsace (O. Lecompte)<br />
- 14/11 : Integration of Catherine Guth (associated MCF) <br />
+
05-04 : Group meeting A (A-K)<br />
- 15/11 : Half-day of presentations in "deep learning et réseaux de neurones" <br />
+
05-04 : Meeting with SDC team (N. Lachiche, G. Frey) : graph-based analysis of biological networks<br />
- 15/11 : (*) Journal Club <br />
+
06-04 : Presentations by students Dorine Merlat, Tuba Uslu, Thimothé Benoit and Antony Seyller <br />
- 16/11 : Return of Salma Aouled El Haj Mohamed for 2 months (thesis co-director Julie-Thompson) <br />
+
07-04 : Article submission to BMC Bioinformatics journal : "IMPatienT: an integrated web application to digitize, process and explore multimodal patient data; C. Meyer et al." <br />
- 16/11 : Y.Nevers organised a JeBiF pub meeting in Strasbourg <br />
+
08-04 : Meeting of steering committee Open Science Unistra (J. Thompson)<br />
- 18/11 : Invited speech in Rennes (J.Thompson) <br/>
+
12-04 : Article accepted in Nucleic Acids Research : Nevers et al. 'The Quest for Orthologs orthology benchmark service in 2022'<br />
- 22/11 : (*) Presentation of progress, group N-Z <br />
+
12-04 : Journal Club<br />
- 25/11 : Presentations of projects by 2 Master2 ILC students, Alexandre Bruyant and Marc Haegelin <br />
+
14-04 : Article accepted in BMC Genomics : Boštjančić LL et al.'Host-pathogen coevolution drives innate immune response to Aphanomyces astaci infection in freshwater crayfish: transcriptomic evidence'<br /
- 25/11 : Presentation of CSTB for the CNRS DAS (O.Poch) <br />
+
19-04 : Group meeting B (L-Z)<br />
- 28/11 : Elixir conf-call, K.Chennen, O.Poch and J.Thompson <br />
+
20-04 : Meeting Institut Francais de Bioinformatique, GT Bioinfo Santé (K. Chennen, J. Thompson)<br />
- 28/11 : Presentation of CSTB for new lab members (O.Poch) <br />
+
21-04 : Article accepted in the conference AIAI2022 : Khodji et al. 'MERLIN: Identifying inaccuracies in Multiple Sequence Alignments using Object Detection'<br />
- 29/11 : A.Jeannin and P.Collet at the ImmuniComplexIT network workshop in Paris <br />
+
22-04 : Poster presentations at Doctoral School days for Sciences de la Vie et de la Santé (C. Rutz, C. Meyer)<br />
- 29/11 : (*) Meeting for permanent members (OJ : report of the CSTB presentation for the CNRS DAS; website: things to do; IT needs; infos concerning the new building)<br />
+
25-04 : First meeting of GT RDA (Research Data Alliance) Strasbourg (J. Thompson)<br />
 +
25-04 : Presentations by students Quentin Christoffel, Nicolas Haas and Arthur Vogt<br />
 +
25/29-04 : Visit of Z. Dvořák & B. Moore (Université Charles de Prague, République tchèque)<br />
 +
28-04 : Meeting with Société Urania Therapeutics-CSTB in the context of application for PhD funding CIFRE : "Development of an artificial intelligence algorithm dedicated to trans-reading therapies: Application to rare genetic diseases" (25/04/2022) (N. Haas, K. Chennen, O. Poch) <br />
 +
29-04 : First meeting of GT Données EST, RDG (Recherche Data Gouv) : 'Atelier de la donnée' projects (J. Thompson) <br />
  
=== OCTOBER 2016 ===
+
=== Mars 2022 ===
 +
01-03 : Meeting for permanent members <br />
 +
01-03 : Start of M2 internship by Henri Joel Azemena (Université de Lorraine) supervised by Ali Ayadi<br />
 +
01-03 : Start of PhD by Lena Bonassin - supervision : O. Lecompte, co-supervision : K. Theissinger (Francfort)<br />
 +
01-03 : Start of PhD by Ljudevit Luka Boštjančić - supervision : K. Theissinger (Francfort), co-supervision : O. Lecompte<br />
 +
01-03 : Two theses will start september 2022 co-supervised with Université ASOIU (Baku, Azerbaidjan)<br />
 +
02-03 : Project RainRARE, transcriptomic data reception and analysis ((Wojciech Krezel, Kirsley Chennen)<br />
 +
08-03 : Group meeting A (A-M)<br />
 +
09-03 : Meeting with Urania Therapeutics to discuss the scope of a PhD funding CIFRE (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Nicolas Hass, Jean-Paul Renaud)<br />
 +
11-03: Communication accepted for RESSI (Rendez-Vous de la Recherche et de l'Enseignement de la Sécurité des Systèmes d'Information)  'Teaching Machine Learning for Cybersecurity', Pierre Parrend<br />
 +
14-03 : Meeting to discuss participation of CSTB in the UE Master Omiques, Bioinbfo, données de santé (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Agnes Bloch-Zupan)<br />
 +
14-03 : Participation of O. Lecompte in the HDR jury of Anaïs Bardet, Université de Strasbourg<br />
 +
15-03 : Journal Club<br />
 +
16-03 : Meeting NMD (Non-Sens mediated mRNA decay) - Thérapies de Translecture (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Nicolas Hass, Jean-Paul Renaud, Fabrice Lejeune)<br />
 +
22-03 : Group meeting B (N-Z)<br />
 +
23 et 24-03 : Kick-off meeting of ANR PRCI GEODE at LOEWE Centre for Translational Biodiversity Genomics (Francfort) (O. Lecompte, C Rutz, D Merlat)<br />
 +
23-03 : Participation of J. Thompson in the HDR jury of Pierre Poulain, Université de Paris Diderot<br />
 +
24-03 : Submission of project ANR Correau on the cybersecurity of water networks (Pierre Parrend)<br />
 +
28-03 : Meeting with Google Cloud to discuss a possible collaboration on the OrthoInspector project, and use of IA for integration of 3D structure data in the analysis of genetic variants (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Arnaud Kress, Julie Thompson, Pierre Collet) <br />
 +
29-03 : Réunion Permanents<br />
 +
29-03 : Invitation au CAGI6 meeting (Challenge Critical Assessment of Genome Interpretation VIth version) suite aux prédiction fournies; résultats à venir<br />
 +
31-03 : Réunion avec Professeur Seiamak BAHRAM, PUPH Immunologie biologique, et Vincent Noblet, pour discuter d'une éventuelle collaboration autour d'un projet en analyse par IA des données multi-omiques (Julie Thompson, Olivier Poch, Pierre Collet).
  
- 04/10 : (*) Presentation of progress, group A-M<br />
+
=== Février 2022 ===
- 12/10 : (*) Journal Club<br />
+
01-02 : Meeting for permanent members <br />
- 14/10 : Thesis of Kirsley Chennen ''Rare diseases and 'Big Data' : bioinformatics solutions for knowledge-guided analysis''<br />
+
08-02 : Group meeting (A-M) <br />
- 15-16/10 : Participation in Fête de la Science in Strasbourg. Organisation of a booth by P. Collet, A. Jeannin, P. Parrend <br />
+
15-02 : Journal Club <br />
- 18/10 : (*) Presentation of progress, group N-Z<br />
+
22-02 : Group meeting B (N-Z) <br />
- 24/10 : (*) Conf call ELIXIR --> Detailed discussions about obtaining a future BYOD (Bring Your Own Data) in Strasbourg <br />
 
- 25/10 : (*) Meeting for permanent members  (OJ : ANR projects submitted; new entrants; Elixir project)<br />
 
- 25/10 : Medical thesis of Yvan Herenger (ex-intern) ''Cataractes congénitales génétiques : apport du séquençage haut débit dans le diagnostic et la prise en charge''<br />
 
  
=== SEPTEMBER 2016 ===
+
28-02 : Début de stage M1S2 de Tuba Uslu (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadrée par Julie Thompson <br />
 +
28-02 : Début de stage fin d'étude de Souliman El Moussaoui (ECAM formation Data Science) encadrée par Julie Thompson, Kirlsey Chennen, Nicolas Scalzitti, collaboration Jean Muller, Laboratoire de diagnostic génétique, CHU de Strasbourg <br />
 +
28-02 : Début de stage M1S2 de Timothé Benoît (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadré par Claudine Mayer <br />
 +
28-02 : Début de stage M1S2 de Anthony Seyller (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadré par Claudine Mayer et Kirsley Chennen <br />
 +
28-02 : Début de stage de Khayala Gaybaliyeva, M2 Sciences de Données et Intelligence Artificielle, Université Franco-Azerbaidjanaise, encadrante Nathalie Al Makdessi<br />
 +
28-02 : Début de stage de Mahir Israyilov, M2 Sciences de Données et Intelligence Artificielle, Université Franco-Azerbaidjanaise, encadrants Ali Ayadi, Anne Jeannin-Girardon et Pierre Collet<br />
  
- 01/09 : Arrival of Anne Jeannin, lecturer at University of Strasbourg<br />
+
25-02 : Acceptation du projet RARETIA ANR-20-MRB-00XX-03 (ANR/Investissements d'Avenir: Accélérer la Recherche et l'innovation sur les maladies rares grâce aux bases de données)<br />
- 02/09 : Party for Anne Jeannin and promotion of Pierre Collet to PRCE<br />
+
18-02 : Réunions de travail avec SDC, CSIP, FEMTO-ST, Mob-ion et AAQIUS dans le cadre du projet AI-ReFuel  ANR 2022 (préparation d'une proposition détaillée pour le passage à la phase 2), Ali Ayadi coordinateur du projet.<br />
- 05-07/09 : Presentation of Pierre Masai at the 20th conference KES 2016 in York, UK
+
21-02 : Réunion de préparation du projet Correau, ANR phase 2 (INRAE, Eurométropole, CNAM, ICube)<br />
<br />
+
04-02 : Fin de projet MedCTF - application de gestion de données médicale pour challenge de cybersécurité, stage de Tayyip Gedik (encadrement Pierre Parrend) <br />
- 12/09 : CRBS gouvernance meeting, Olivier Poch<br />
 
- 20/09 : (*) Presentation of progress, group A-M<br />
 
- 20-23/09 : Poster presentation by Yannis Nevers at 20th Evolutionary Biology Meeting in Marseille <br />
 
- 21/09 : Arrival of 2 Master2 ILC students, Alexandre Bruyant and Marc Haegelin<br />
 
- 22/09 : 1 day meeting between CSTB and  Dr. Partap Chauhan concerning project of modeling for Ayurvedic medicine<br />
 
- 23/09 : 1articles accepted in international conferences, Pierre Willaume and Julio Navarro Lara<br />
 
-26/09  : Restart of monthly conf call meetings for H2020 project "Elixir Excelerate"<br />
 
- 27/09 : (*) Presentation of progress, group N-Z<br />
 
- 28/09 : Visit of Dr. Christian Rolando from Université de Lille in the context of Master 2 internship of Marc Haegelin<br />
 
- 30/09 : 1 day BIONICS meeting organised by Pierre Parrend at CSTB<br />
 
  
=== AUGUST 2016 ===
+
16-02 : Soumission d'un pre-proposal "Development of new analytic tools and pathways to accelerate diagnosis and facilitate diagnostic monitoring of rare diseases" au AP European Joint Programme Rare Diseases, en collaboration avec Amélie Piton, IGBMC. <br />
 +
16-02 : Soumission d'un pre-proposal "RAinMARK : New tools and predictive markers for better patient care and treatment solutions in MCOPS12" au AP European Joint Programme Rare Diseases, en collaboration avec Wojciech KREZEL, IGBMC. <br />
 +
09-02 : soumission d'une réponse au Appel à manifestation d’intérêt - Chaire de professeur junior "GROOT: atlas of Gene RepertOire evOluTion", Odile Lecompte <br />
  
=== JULY 2016 ===
+
02/03-02 : Organisation des réunions <em>Coalition Café</em> (en ligne) par S. Cambie, R. J. Kang, J.-S. Sereni & Y. Yuditski.<br />
 
+
07/11-02 : visite de J. Volec (Czech Technical University, République tchèque). <br />
- 08/07 : Front page of newsletter n°126 of University of Strasbourg, 08/07/2016.<br />
+
10-02 : Exposé de J. Volec au séminaire de calcul stochastique (IRMA) : <em>Graph limits, common graphs and Sidorenko's conjecture</em>. <br />
Hélène Gass, Master2 intern in bioinformatics, ranked 4th in world apnea championships 2016 (16x 50m). Double champion of France 2015 (record and gold medal)<br />
+
23-02 : Réunion avec Laurence Choulier (faculté de pharmacie) pour discuter d'une co-direction de thèse possible (Quentin Rott), Julie Thompson, Odile Lecompte <br />
 
+
24-02 : Réunion avec Prof. Bourcier et Emilia Koestel, Ophtalmologue, CHU de Strasbourg pour discuter d'une collaboration possible suite au projet Myo-XIA, avec Corentin Meyer, Julie Thompson, Olivier Poch, Pierre Collet <br />
=== JUNE 2016 ===
 
- 01/06 : Arrival of L3 intern, Laurine Huber (Supervisor Pierre Collet)<br />
 
- 02/06 : IGMA meeting on IT for CRBS (Centre de Recherche en Biomédecine de Strasbourg)<br />
 
- 07/06 : Presentation of UFAZ (Université franco-azerbaïdjanaise) project by the presidency (Pierre Collet co-rector)<br />
 
- 07/06 : (*) Meeting for permanent members (OJ: preparation of weekly meetings;  HCERES report; dates for annual team BBQ and SONIC meeting day)<br />
 
- 14/06 : (*) Presentation of progress, group A<br />
 
- 15/06 : (*) Meeting for permanent members to discuss HCERES "scientific strategies & perspectives"<br />
 
- 15/06 : Arrival of intern (observation internship) Mickaël Wagner (Supervisor Olivier Poch)<br />
 
- 21/06 : (*) Journal Club<br />
 
- 23/06 : Mid thesis defence Salma Aouled El Haj Mohamed (thesis co-director Julie-Thompson)<br />
 
- 23/06 : Scientific council of ECAM (Olivier Poch)<br />
 
- 28/06 : Presentation by Yannis Nevers at Journées ouvertes en biologie informatique et mathématiques (JOBIM) in Lyon 28-30 June. Participation of Salma Aouled El Haj Mohamed.<br />
 
- 27/06 : Presentation by intern Fantin Mesny (supervisor Odile Lecompte) "Analysis of interactions in protein networks"<br />
 
- 28/06 : Annual team BBQ<br />
 
- 30/06 : Promotion of Pierre Collet to PRCE<br />
 
 
 
=== MAI 2016 ===
 
- 03/05 : (*) Meeting for permanent members (OJ : preparation of weekly meetings ; team budgets and spending; 1st version of HCERES report)<br />
 
- 10/05 : (*) Presentation of progress, group A <br />
 
- 11-13/05 : Evaluation of INRA engineers(LEAN philosophy, EPST skills dashboard, constructive messages for engineers) (Olivier Poch) <br />
 
- 12/05 : Anne Jeannin ranked 1st for the lecturer post in the team <br />
 
- 17/05 : (*) Journal Club, presentation of Yann Hode (supervisor Aline Deruyver)<br />
 
- 17/05 : Arrival of ESBS intern, Fantin Mesny (supervisor Odile Lecompte)<br />
 
- 19/05 : Validation of thesis funding for Cédric Pupka by SYNOVO <br />
 
- 19/05 : Validation of internship funding by fondation N-Light (management of JIVA Ayurveda cohort)<br />
 
- 19/05 : (*) Meeting for permanent members : HCERES-SWOT <br />
 
- 24/05 : (*) Presentation of progress, group B<br />
 
- 30/05 : Arrival of BTS intern Mickaël Joly (supervisor, Raymond Ripp)<br />
 
- 31/05 : Presentation by Fantin Mesny (supervisor Odile Lecompte) "Analysis of gene lists in bioinformatics"<br />
 
 
 
=== APRIL 2016 ===
 
- 05/04 : (*) Meeting for permanent members (OJ : preparation of weekly meetings ; upcoming intern presentations/competitions/mid-thesis defence)<br />
 
- 07/04 : Course on circular codes in genes at Ecole des Jeunes Chercheurs en Informatique Mathématiques (EJCIM 16) (Christian Michel)<br />
 
- 12/04 : (*) Presentation of progress, group A <br />
 
- 19/04 : (*) Journal Club<br />
 
- 26/04 : (*) Presentation of progress, group B<br />
 
- 28/04 : Visit 'Introduction to research' (L3 students)<br /> 
 
- 29/04 : Prssentations at quatrièmes journées scientifiques of the Fédération de Médecine Translationnelle Strasbourg (FMTS): <br />
 
:::Carlos Bermejo Das Neves : "MODEX: An artificial intelligence engine designed for systems biomedicine" <br /> Yannis Nevers : "Prediction and characterization of ciliary proteins by comparative genomics"<br />
 
 
 
- '''Publications''' :<br />
 
'''1) Standardized benchmarking in the quest for orthologs.'''<br />
 
:''Altenhoff AM, Boeckmann B, Capella-Gutierrez S, Dalquen DA, DeLuca T, Forslund K, Huerta-Cepas J, Linard B, Pereira C, Pryszcz LP, Schreiber F, da Silva AS, Szklarczyk D, Train CM, Bork P, Lecompte O, von Mering C, Xenarios I, Sjölander K, Jensen LJ, Martin MJ, Muffato M; Quest for Orthologs consortium, Gabaldón T, Lewis SE, Thomas PD, Sonnhammer E, Dessimoz C.''
 
:<u>Nat Methods. 2016 [Epub ahead of print]</u><br />
 
'''2) Identification of an Alternative Splicing Product of the Otx2 Gene Expressed in the Neural Retina and Retinal Pigmented Epithelial Cells.'''<br />
 
:''Kole C, Berdugo N, Da Silva C, Aït-Ali N, Millet-Puel G, Pagan D, Blond F, Poidevin L, Ripp R, Fontaine V, Wincker P, Zack DJ, Sahel JA, Poch O, Léveillard T.''<br /><u>PLoS One. 2016;11(3):e0150758.</u> <br /><br />
 
 
 
=== MARCH 2016 ===
 
'''''Starting in March, the weekly team meetings will be held on Tuesday at 14h00.''''' <br />
 
'''''Programming of meetings for permanent members, every 1st Tuesday of the month at 14h00.'''''<br />   
 
 
 
- 01/03 : (*) Meeting for permanent members (OJ : preparation of weekly meetings ; liste des points à aborder à la réunion préparatoire de l'HCERES le 03 mars ; bilan des entrées/sorties au CSTB ; bilan des financements<br />
 
- 03/03 : (*) HCERES preparatory meeting<br />
 
- 03/03 : HCERES, summary on the CSTB wiki <br />
 
- 08/03 : ELIXIR All Hands meeting Barcelona 7-9 March (Julie Thompson/Olivier Poch) <br />
 
:::https://www.elixir-europe.org/events/elixir-all-hands-2016<br />  
 
- 08/03 : (*) Presentation of progress, group A<br />
 
- 11/03 : Presentation of Artifical Immun Systems by Cédric Pupka at 14h (supervisor Pierre Parrend)<br />
 
- 15/03 : Arrival of intern Anna Leontova (supervisor Julie Thompson)<br />
 
- 15/03 : (*) Presentation of progress, group B<br />
 
- 16/03 : 4P Factory workshop, 4P-Factory e-room + Grand Amphi de Math Unistra (Pierre Parrend)  <br /> 
 
:::https://4pfactory.wordpress.com/4p-factory-workshop-2016-program/<br />
 
- 17/03 : Annual general meeting of ANR Infrastructure BIPBIP in Strasbourg at CSTB Medical school (25 participants)  <br />
 
- 21/03 : Visit of Amy Gooch (University of Durham) (21/03 to 01/04)<br />  
 
- 22/03 : Presentations by 3 M2 BSBI interns<br />
 
- 25/03 : « Science Days » of SANOFI - "Scientific innovation for patients"<br />
 
:::Poster presentation  of VarScrut, Centre de Congrès, Le Port-Marly (78) (Olivier Poch)<br />
 
- 29/03 : (*) Journal Club<br />
 
- Mission by Pierre Collet to Bakou to set up a new university, Université Franco-Azerbaïdjanaise (UFAZ)<br />  
 
- Finalisation of Springer Proceedings book on Complexity ''First Complex Systems Digital Campus World E-Conference 2015'' (Edits P.Bourgine, P.Collet, P.Parrend).<br />
 
- '''2 Papers accepted at CEC and Gecco :''' <br />
 
- CEC'16: Author(s):  ''Jean Meunier, Julier Rohmer, Dominique Knittel and Pierre Collet''<br />
 
:::Title: Metaheuristic Based Battery Control Optimization of a Photovoltaic System with Grid Connexion<br />  
 
- GECCO'16: Author(s): ''N. Hamze, P. Collet, and C. Essert''<br />  
 
:::Title: Introducing Pareto-based MOEA to Neurosurgery Preoperative Path Planning<br />
 
 
 
=== FEBRUARY 2016 ===
 
- 04/02 : (*) Meeting for permanent members (OJ : preparation of weekly meetings ; January activities : a- ComDir Icube 01/02 report, b-  IFB general meeint 26/01 report; Funding / Project calls ; Other)<br />
 
- 10/02 : (*) Presentation of progress, group A<br />
 
- 12/02 : Meeting with SATT Connectus, VarScrut license<br />
 
- 17/02 : (*) Journal Club<br />
 
- 22/02 : Arrival Masters intern Cédric Pupka (supervisor Pierre Parrend)<br />
 
- 24/02 : (*) Presentation of progress, group B<br />
 
- 25/02 : ICube general meeting<br />
 
- 2 ANR out of3 passed phase 1
 
- '''paper EvoBio accepted''':
 
:::Authors: ''Elise Rosati, Morgan Madec, Abir Rezgui, Quentin Colman, Nicolas Toussaint, Christophe Lallement, Pierre Collet''
 
:::Title: Application of Evolutionary Algorithms for the Optimization of Genetic Regulatory Networks
 
 
 
=== JANUARY 2016 ===
 
Weekly team meeetings will take place on Thursdays starting in January.<br />
 
 
 
- 04/01 : Arrival of Master2 intern Hélène Gass (supervisor Julie Thompson)<br />
 
- 04/01 : Arrival of Master2 intern Morgane Gilg (supervisor Julie Thompson)<br />
 
- 06/01 : (*) Meeting for permanent members CSTB (OJ: debriefing of Bingi Days team retreat 10/11 Dec, Maison des Associations Strasbourg ; Preparation of HCERES; funding)<br />
 
- 11/01 : Arrival of Master2 intern Vanessa Fernandes-Cardoso (supervisor Olivier Poch)<br />
 
- 13/01 : Presentation by skype by Salma Aouled El Haj<br />
 
- 18/01 : (*) Meeting to discuss budget, themes and identification of information to prepare HCERES<br />
 
- 20/01 : (*) Presentation of progress, group A<br />
 
- 22/01 : Presentation of chairs and Unitwin UNESCO-Unistra at Institut Lebel (Pierre Collet)<br />
 
- 25-26/01 : General meeting of the Institut français de bioinformatique, workshops on platform economic models and viability of participation in Infradev "Elixir Excelerate" project (Olivier Poch)<br />
 
- 27/01 : Presentation by Alexis Allot (ex doctoral student)<br />
 
- 28/01 : (*) Presentation of progress, group B<br />
 
 
 
* 9-11 December 2015 : CSTB retreat at the Maison des Associations, place des Orphelins
 
 
 
* 9 October 2015 : Alexis ALLOT defended his PhD in bioinformacs.
 
 
 
* 8 October 2015 : Carlos BERMEJO DAS NEVES defended his mid-PhD in bioinformacs.
 
 
 
* 1st October 2015 : First students from the SONIC group move into the Medical School building.
 
  
 +
=== Janvier 2022 ===
 +
03-01 : Début du stage M2S4 de Dorine Merlat (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadrée par O. Lecompte <br />
 +
03-01 : Début du stage M2S4 de Nicolas Haas (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadré par O. Poch et K. Chennen <br />
 +
03-01 : Début du stage M2S4 de Arthur Vogt (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadré par C. Mayer <br />
 +
03/07-01 : Participation (en ligne) de J.-S. Sereni au colloque <em>Graph Theory</em> à Oberwolfach (Allemagne) <br />
 +
11-1: Lancement de la thèse de Julien Michel sur le projet Damiage, direction de thèse Pierre Parrend (programme RAPID, porté par l'EPITA) <br />
 +
11-01 : (*) présentation du groupe A (A-M) <br />
 +
11-01 : Assemblée Générale de l'IFB, pour discuter de la prochaine feuille de route 2022-2027 <br />
 +
17-01 : Participation d'O. Lecompte au meeting organisé par le consortium européen ERGA (European Reference Genome ATlas)<br />
 +
18-01 : (*) Journal Club <br />
 +
18/19-01 : Meeting Institut de Myologie Paris; Projet: IA et base de connaissances multi-niveaux pour le diagnostic des myopathies congénitales (Corentin Meyer/Olivier Poch/Kirsley Chennen)<br />
 +
20-01 : Réunion préparatoire écriture projet European Joint Programme RARE DISEASES (Olivier Poch/Kirsley Chennen)<br />
 +
21-01 : Réunion avec la société CInflows e-solutions for medical workflows, sur l'utilisation de l'IA pour la détermination de la taille de valves cardiaques et sur l'anonymisation de fichiers médicaux<br>
 +
24-01 : Réunion avec la société Urania Therapeutics, sur la création d'une base de connaissances dédiées aux thérapies des maladies génétiques à faux-sens technologie des molécules de 'Read-Through' au sein des ribosomes (Olivier Poch/Kirsley Chennen/Nicolas Haas)<br />
 +
25-2: session de travail 'Détection d'anomalies dans les réseaux' avec les doctorants et post-doctorants de Réseau (Cristel Pelsser) et CSTB (Pierre Parrend)<br />
 +
25-01 : Group meeting B (N-Z)<br />
 +
27-01 : Presentations by students Lalla Aicha Koné and Yohan Solon<br />
 +
31-01 : réunion de préparation du projet RDG AMI Atelier de la donnée (Julie Thompson)<br />
  
 +
[https://cstb.icube.unistra.fr/index.php/ArchivesActualit%C3%A9s Archive des actualités]
  
  
  
 
[[fr:Actualités]]
 
[[fr:Actualités]]

Revision as of 10:33, 1 June 2022

News

TEAM PRESENTATION

Team meetings

(*) Every Tuesday 13h30 to 15h30
1st Tuesday of the month : Reports of members A-G
2nd Tuesday of the month : Reports of members H-N
3rd Tuesday of the month : Reports of members O-Z
4th Tuesday of the month : Meeting for permanent members

Last Thusrday of the month at 14h00 : Presentations of trainees/students followed by questions (2 to 3 presentations of 12 min for trainees and 1st and 2nd year PhD students, 20 min for 3rd year PhD students).

May 2022

03-05: Meeting for permanent members

April 2022

01-04: End of Freezer project, with EPITA students (reaction tool in case of computer attack, which allows to prevent the connection of new users, the opening of new network accesses), supervised by Pierre Parrend
04/08-04: Online colloque « Directed Minors & Digraphs Structure Theory », organised by J.-S. Sereni, R. Steiner & S. Wiederrecht in the context of the network « A Sparse (Graphs) Coalition »
05-04 : Meeting of steering committee Mentorat en Alsace - Université de Strasbourg and Université de Haute Alsace (O. Lecompte)
05-04 : Group meeting A (A-K)
05-04 : Meeting with SDC team (N. Lachiche, G. Frey) : graph-based analysis of biological networks
06-04 : Presentations by students Dorine Merlat, Tuba Uslu, Thimothé Benoit and Antony Seyller
07-04 : Article submission to BMC Bioinformatics journal : "IMPatienT: an integrated web application to digitize, process and explore multimodal patient data; C. Meyer et al."
08-04 : Meeting of steering committee Open Science Unistra (J. Thompson)
12-04 : Article accepted in Nucleic Acids Research : Nevers et al. 'The Quest for Orthologs orthology benchmark service in 2022'
12-04 : Journal Club
14-04 : Article accepted in BMC Genomics : Boštjančić LL et al.'Host-pathogen coevolution drives innate immune response to Aphanomyces astaci infection in freshwater crayfish: transcriptomic evidence'
19-04 : Group meeting B (L-Z)
20-04 : Meeting Institut Francais de Bioinformatique, GT Bioinfo Santé (K. Chennen, J. Thompson)
21-04 : Article accepted in the conference AIAI2022 : Khodji et al. 'MERLIN: Identifying inaccuracies in Multiple Sequence Alignments using Object Detection'
22-04 : Poster presentations at Doctoral School days for Sciences de la Vie et de la Santé (C. Rutz, C. Meyer)
25-04 : First meeting of GT RDA (Research Data Alliance) Strasbourg (J. Thompson)
25-04 : Presentations by students Quentin Christoffel, Nicolas Haas and Arthur Vogt
25/29-04 : Visit of Z. Dvořák & B. Moore (Université Charles de Prague, République tchèque)
28-04 : Meeting with Société Urania Therapeutics-CSTB in the context of application for PhD funding CIFRE : "Development of an artificial intelligence algorithm dedicated to trans-reading therapies: Application to rare genetic diseases" (25/04/2022) (N. Haas, K. Chennen, O. Poch)
29-04 : First meeting of GT Données EST, RDG (Recherche Data Gouv) : 'Atelier de la donnée' projects (J. Thompson)

Mars 2022

01-03 : Meeting for permanent members
01-03 : Start of M2 internship by Henri Joel Azemena (Université de Lorraine) supervised by Ali Ayadi
01-03 : Start of PhD by Lena Bonassin - supervision : O. Lecompte, co-supervision : K. Theissinger (Francfort)
01-03 : Start of PhD by Ljudevit Luka Boštjančić - supervision : K. Theissinger (Francfort), co-supervision : O. Lecompte
01-03 : Two theses will start september 2022 co-supervised with Université ASOIU (Baku, Azerbaidjan)
02-03 : Project RainRARE, transcriptomic data reception and analysis ((Wojciech Krezel, Kirsley Chennen)
08-03 : Group meeting A (A-M)
09-03 : Meeting with Urania Therapeutics to discuss the scope of a PhD funding CIFRE (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Nicolas Hass, Jean-Paul Renaud)
11-03: Communication accepted for RESSI (Rendez-Vous de la Recherche et de l'Enseignement de la Sécurité des Systèmes d'Information) 'Teaching Machine Learning for Cybersecurity', Pierre Parrend
14-03 : Meeting to discuss participation of CSTB in the UE Master Omiques, Bioinbfo, données de santé (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Agnes Bloch-Zupan)
14-03 : Participation of O. Lecompte in the HDR jury of Anaïs Bardet, Université de Strasbourg
15-03 : Journal Club
16-03 : Meeting NMD (Non-Sens mediated mRNA decay) - Thérapies de Translecture (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Nicolas Hass, Jean-Paul Renaud, Fabrice Lejeune)
22-03 : Group meeting B (N-Z)
23 et 24-03 : Kick-off meeting of ANR PRCI GEODE at LOEWE Centre for Translational Biodiversity Genomics (Francfort) (O. Lecompte, C Rutz, D Merlat)
23-03 : Participation of J. Thompson in the HDR jury of Pierre Poulain, Université de Paris Diderot
24-03 : Submission of project ANR Correau on the cybersecurity of water networks (Pierre Parrend)
28-03 : Meeting with Google Cloud to discuss a possible collaboration on the OrthoInspector project, and use of IA for integration of 3D structure data in the analysis of genetic variants (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Arnaud Kress, Julie Thompson, Pierre Collet)
29-03 : Réunion Permanents
29-03 : Invitation au CAGI6 meeting (Challenge Critical Assessment of Genome Interpretation VIth version) suite aux prédiction fournies; résultats à venir
31-03 : Réunion avec Professeur Seiamak BAHRAM, PUPH Immunologie biologique, et Vincent Noblet, pour discuter d'une éventuelle collaboration autour d'un projet en analyse par IA des données multi-omiques (Julie Thompson, Olivier Poch, Pierre Collet).

Février 2022

01-02 : Meeting for permanent members
08-02 : Group meeting (A-M)
15-02 : Journal Club
22-02 : Group meeting B (N-Z)

28-02 : Début de stage M1S2 de Tuba Uslu (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadrée par Julie Thompson
28-02 : Début de stage fin d'étude de Souliman El Moussaoui (ECAM formation Data Science) encadrée par Julie Thompson, Kirlsey Chennen, Nicolas Scalzitti, collaboration Jean Muller, Laboratoire de diagnostic génétique, CHU de Strasbourg
28-02 : Début de stage M1S2 de Timothé Benoît (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadré par Claudine Mayer
28-02 : Début de stage M1S2 de Anthony Seyller (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadré par Claudine Mayer et Kirsley Chennen
28-02 : Début de stage de Khayala Gaybaliyeva, M2 Sciences de Données et Intelligence Artificielle, Université Franco-Azerbaidjanaise, encadrante Nathalie Al Makdessi
28-02 : Début de stage de Mahir Israyilov, M2 Sciences de Données et Intelligence Artificielle, Université Franco-Azerbaidjanaise, encadrants Ali Ayadi, Anne Jeannin-Girardon et Pierre Collet

25-02 : Acceptation du projet RARETIA ANR-20-MRB-00XX-03 (ANR/Investissements d'Avenir: Accélérer la Recherche et l'innovation sur les maladies rares grâce aux bases de données)
18-02 : Réunions de travail avec SDC, CSIP, FEMTO-ST, Mob-ion et AAQIUS dans le cadre du projet AI-ReFuel ANR 2022 (préparation d'une proposition détaillée pour le passage à la phase 2), Ali Ayadi coordinateur du projet.
21-02 : Réunion de préparation du projet Correau, ANR phase 2 (INRAE, Eurométropole, CNAM, ICube)
04-02 : Fin de projet MedCTF - application de gestion de données médicale pour challenge de cybersécurité, stage de Tayyip Gedik (encadrement Pierre Parrend)

16-02 : Soumission d'un pre-proposal "Development of new analytic tools and pathways to accelerate diagnosis and facilitate diagnostic monitoring of rare diseases" au AP European Joint Programme Rare Diseases, en collaboration avec Amélie Piton, IGBMC.
16-02 : Soumission d'un pre-proposal "RAinMARK : New tools and predictive markers for better patient care and treatment solutions in MCOPS12" au AP European Joint Programme Rare Diseases, en collaboration avec Wojciech KREZEL, IGBMC.
09-02 : soumission d'une réponse au Appel à manifestation d’intérêt - Chaire de professeur junior "GROOT: atlas of Gene RepertOire evOluTion", Odile Lecompte

02/03-02 : Organisation des réunions Coalition Café (en ligne) par S. Cambie, R. J. Kang, J.-S. Sereni & Y. Yuditski.
07/11-02 : visite de J. Volec (Czech Technical University, République tchèque).
10-02 : Exposé de J. Volec au séminaire de calcul stochastique (IRMA) : Graph limits, common graphs and Sidorenko's conjecture.
23-02 : Réunion avec Laurence Choulier (faculté de pharmacie) pour discuter d'une co-direction de thèse possible (Quentin Rott), Julie Thompson, Odile Lecompte
24-02 : Réunion avec Prof. Bourcier et Emilia Koestel, Ophtalmologue, CHU de Strasbourg pour discuter d'une collaboration possible suite au projet Myo-XIA, avec Corentin Meyer, Julie Thompson, Olivier Poch, Pierre Collet

Janvier 2022

03-01 : Début du stage M2S4 de Dorine Merlat (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadrée par O. Lecompte
03-01 : Début du stage M2S4 de Nicolas Haas (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadré par O. Poch et K. Chennen
03-01 : Début du stage M2S4 de Arthur Vogt (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadré par C. Mayer
03/07-01 : Participation (en ligne) de J.-S. Sereni au colloque Graph Theory à Oberwolfach (Allemagne)
11-1: Lancement de la thèse de Julien Michel sur le projet Damiage, direction de thèse Pierre Parrend (programme RAPID, porté par l'EPITA)
11-01 : (*) présentation du groupe A (A-M)
11-01 : Assemblée Générale de l'IFB, pour discuter de la prochaine feuille de route 2022-2027
17-01 : Participation d'O. Lecompte au meeting organisé par le consortium européen ERGA (European Reference Genome ATlas)
18-01 : (*) Journal Club
18/19-01 : Meeting Institut de Myologie Paris; Projet: IA et base de connaissances multi-niveaux pour le diagnostic des myopathies congénitales (Corentin Meyer/Olivier Poch/Kirsley Chennen)
20-01 : Réunion préparatoire écriture projet European Joint Programme RARE DISEASES (Olivier Poch/Kirsley Chennen)
21-01 : Réunion avec la société CInflows e-solutions for medical workflows, sur l'utilisation de l'IA pour la détermination de la taille de valves cardiaques et sur l'anonymisation de fichiers médicaux
24-01 : Réunion avec la société Urania Therapeutics, sur la création d'une base de connaissances dédiées aux thérapies des maladies génétiques à faux-sens technologie des molécules de 'Read-Through' au sein des ribosomes (Olivier Poch/Kirsley Chennen/Nicolas Haas)
25-2: session de travail 'Détection d'anomalies dans les réseaux' avec les doctorants et post-doctorants de Réseau (Cristel Pelsser) et CSTB (Pierre Parrend)
25-01 : Group meeting B (N-Z)
27-01 : Presentations by students Lalla Aicha Koné and Yohan Solon
31-01 : réunion de préparation du projet RDG AMI Atelier de la donnée (Julie Thompson)

Archive des actualités