Collaborations

LBGI group

Our projects, ranging from low level molecular studies to clinical applications, require close collaborations with computer scientists and theoretical bioinformaticians (including the BFO team), and close links with researchers in experimental and medical biology, notably at the IGBMC and the Strasbourg Faculty of Medicine, to develop or improve the algorithms in the context of translational medicine.

Bioinformatics software development:

French Bioinformatics Institute (IFB)
INSTRUCT European Consortium
FRISBI French Consortium
BIP:BIP (Bayesian inference paradigm: Biology in processors) Consortium
GJ. Barton; Univeristy of Dundee, Scotland
P. Collet, N. Lachiche, P. Gançarski; ICube, Strasbourg
A. Dejaegere; IGBMC, Strasbourg
MD. Devignes; LORIA, Nancy
TJ. Gibson; EMBL, Heidelberg, Germany
DG. Higgins; University College Dublin, Ireland
P. Jollivet; Station Biologique de Roscoff
B. Klaholz; IGBMC, Strasbourg
P. Koehl; UC Davis, USA
G. Labesse; CBS, Montpellier
C. Marino Buslje; Uni. Buenos Aires, Argentina
C. Mayer; Institut Pasteur, Paris
D. Moras; IGBMC, Strasbourg
P. Pontarotti; Marseille
E. Pontelli; University of New Mexico, USA
AK. Royyuru; IBM Watson, USA
P. Schultz; IGBMC, Strasbourg
P Sempé, X. Mary; IBM France
A. Stoltzfus; NIST, USA
A. Van Dorsselaer; IPHC, Strasbourg

Database development:

P. Bork; EMBL, Heidelberg, Germany
P. Dollé; IGBMC, Strasbourg
W. Krezel; IGBMC, Strasbourg
A. Pujol; Barcelona University, Spain

Ciliopathies:

H. Dollfus; LGM, Strasbourg
JL. Mandel ; IGBMC, Strasbourg

Myopathies/AFM Décrypthon:

J. Laporte; IGBMC, Strasbourg
C. Marcelle; Melbourne University, Australia
T. Toursel; AFM, Paris

Retinal disease:

AMD Consortium (7 worldwide teams)
EVI-Genoret Consortium (42 European teams)
I. Audo; Université Pierre et Marie Curie, Paris
S. Bhattacharya; Inst. Ophthalmology, London, UK
J. Demongeot; U. Joseph Fourier, Grenoble
C. Grimm; Zurich, Switzerland
T. Léveillard; Institut de la Vision, Paris
J. Sahel; Institut de la Vision, Paris
D. Zack; John Hopkins Hospital, Baltimore USA
C. Zeitz; Institut de la Vision, Paris

Prostate cancer:

J. Abecassis, IGBMC, Strasbourg
M. Cecchini; University of Bern, Switzerland
J. Schalken; NCMLS, Nijmegen, Netherland
B. Wazylick; IGBMC, Strasbourg

Functional genomics data analysis:

TF. Baumert; UdS, Strasbourg
B. Bihain; Genclis SAS, Nancy
A. Bloch-Zupan; IGBMC, Strasbourg
P. Carbon; IBMC, Strasbourg
C. da Silva; Génoscope ; Evry
E. Friedrich; University of Luxembourg
J. Laporte; IGBMC, Strasbourg
V Laudet; ENS, Lyon
A. Marchini; University of Heidelberg, Germany
R. Romand; IGBMC, Strasbourg
M. Roux; INIST, Nancy
M. Sissler; IBMC, Strasbourg
L. Tora; IGBMC, Strasbourg
L. Vallar; CRP-Santé, Luxembourg

SONIC group

Department of Computer Science, Memorial University of Newfoundland, St John, Canada: Venue du Pr Wolfgang Banzhaf dans l'équipe pendant 6 mois (d'avril 2010 à septembre 2010) pour y développer la chimie artificielle sur carte GPGPU.
Instituto de Tecnologia Quimica , Universidad Politecnica de Valencia (Espagne): Collaboration sur la recherche de nouvelles zéolites, avec plusieurs articles de conférence et de journaux scientifiques soumis.
Indian Institute of Technology of Kharagpur (Inde): avec la venue du doctorant Arijit Biswas pendant 8 mois (d'avril 2009 à décembre 2009) dans l'équipe dans le cadre d'une bourse franco-indienne Sandwitch. Un article de journal international a été soumis.
Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Système d'informations, Université de Lyon: co-tutelle de la thèse d'Olvier Kuhn (cf. ci-dessus).
Société PROSTEP France et Allemagne: Thèse CIFRE d'Olivier Kuhn.
Société POLYVIONICS: Thèse de Stéphane Querry.
Equipe Image et Calcul Parallèle Scientifique (ICPS) du LSIIT, dirigée par Philippe Clauss: Un papier a été accepté à EuroPar'09 (Ogier et al. 2009b).
Projet INRIA ALEA, Centre de Recherche Bordeaux Sud Ouest et Service ORL de l'Hôpital Avicenne: plusieurs articles de journaux et chapitres de livre publiés.
Bristol Institute of Technology, University of the West of England: collaboration avec l'équipe d'Andy Adamatzky, et plusieurs articles publiés.

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L'utilisation de méthodes évolutionnaires tisse des liens évidents avec la thématique Bioinformatique Théorique de l'équipe, notamment concernant l'étude d'opérateurs génétiques destinés à modifier le génotype des individus que l'on fait évoluer. Jusqu'à maintenant, l'évolution artificielle ne s'inspire de l'évolution naturelle que dans les grandes lignes. Le rapprochement avec la thématique Bioinformatique Théorique permet aux informaticiens d'accéder à des connaissances beaucoup plus précises sur les mécanismes génétiques biologiques, pour affiner les modèles qu'ils utilisent, et inversement, les biologistes peuvent apprendre de l'expérience in silico des chercheurs en évolution artificielle.

Les liens sont très forts aussi avec la thématique Fouille de données et classification, car les méthodes évolutionnaires permettent aussi de créer des classifieurs et extracteurs de connaissance (supervisés ou non) par programmation génétique, par exemple (cf. thèses de Sébastien Derivaux et Jonathan Weber).