Anne Jeannin Former Projects

Immune system modelling

(State University of New York, Stony Brook) During my postdoctoral training, I have been interested in modeling the immune system. In particular, I focused on the reactions in germinal centers, emerging structures in secondary lymp nodes during the immune response. In those tissues, lymphocytes B receptors improve their affinity with foreign antigen (the secreted form of those receptors are the antibodies, or immunoglobulins). The main idea was to consider this process of affinity maturation across multiple scales: at the mesoscopic scale (spatial aspects of germinal centers: migratory patterns of B lymphocytes; cell / cell interactions between T and B lymphocytes and follicular dendritic cells). At the sub-cellular sclale, a mutational model is applied on the B cells' receptors in order to take into account the mutations of those sequences under the action of the AID enzyme (Activation-induced cytidine Deaminase) and of the error-prone DNA repair pathways. The affinity of the immunoglobulin are re-evaluated after mutation (through protein-protein interactions) and a selection process allow to "export" (or not) B cells outside the germinal center. This kind of approach allows to ask questions about the diversity of the gene repertoire that constitutes the immunoglobulin, the clonal diversity of germinal centers, or the distribution of the motifs on the immunoglobulin sequences that are preferentially targeted by AID. At the mesoscopic scale, we can ask questions about the non-heterogeneity of endosomes in B cells during mitosis, or how a meta-population approach can influence the immune response.

I also contributed to the finalization of a software dedicated to NGS immunoglobulin sequences alignment.

Publications

• Revues internationales avec comité de lecture

[1] Jeannin-Girardon A., Ballet P. et Rodin V., « Large scale tissue morphogenesis simulation on he- terogenous systems based on a flexible biomechanical cell model », Dans IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (TCBB), 12(5) :1021-1033, Sept.-Oct. 2015.

[2] Jeannin-Girardon A., Ballet P. et Rodin V., « A software architecture for multi-cellular system simulations on graphics processing units », Acta Biotheoretica, vol. 61, no. 3, pp. 317–327, 2013a.

[3] Buche C., Jeannin-Girardon A. et De Loor P., « Simulation theory and anticipation as a basis for interactive virtual character in an uncertain world. Application to a human-virtual characters interaction for juggling », Computer Animation and Virtual Worlds (CAVW), Computer Animation and Social Agents (CASA’11) Special Issue, 22(2-3) :133-139, 2011.

• Conférences internationales invitées

[4] Rodin V., Jeannin-Girardon A., Sarr A., Rivière J., Fronville A. et Ballet P., « A multi-agent approach for virtual tissue morphogenesis », Dans 2nd Symposium on Complex Biodynamics & Networks, Tsuruoka (Japan), 11-13 may, 2015.

• Conférences internationales

[5] Jeannin-Girardon A., Ballet P. et Rodin V., « In silico study of mechanical stresses at the cellular level during tissue development », Dans 13th IEEE International Conference on BioInformatics and BioEngineering (BIBE 2013), 2013c.

[6] Jeannin-Girardon A., Ballet P. et Rodin V., « An effcient biomechanical cell model to simulate large multi-cellular tissue morphogenesis : application to cell sorting simulation on GPU », Dans 2nd Internatio- nal Conference on Theory and Practice of Natural Computing (TPNC 2013), LNCS volume 8273, pages 96-107, 2013b.

• Ouvrages, chapitres d’ouvrage

[7] Jeannin-Girardon A., Développement d’un modèle logiciel de cellule sur processeurs multi-cœurs pour la simulation de morphogenèse de tissus, thèse de doctorat, Université de Bretagne Occidentale, 2014.

[8] Ballet P., Pothet A., Misevic G., Jeannin-Girardon A., Fronville A. et Rodin V., Une approche multi- agent pour la simulation en biologie cellulaire, Dans Le vivant discret et continu. Modes de représentation en biologie théorique, Eds. Matériologiques chap. 6, p. 155–194, 2013.

[9] Jeannin-Girardon A., Couplage de systèmes dynamiques pour l’émergence de comportement en envi- ronnement virtuel : application au rebond de balle, mémoire de master recherche en informatique, Université de Bretagne Occidentale, http://dumas.ccsd.cnrs.fr/docs/00/63/64/31/PDF/Jeannin-Girardon.pdf, 2011.

• Séminaires nationaux, communications

[10] Jeannin-Girardon A. et Rodin. V, « Gestion efficace des ressources mémoire et de calcul pour l'exécution de systèmes multi-agents sur architectures parallèles avec OpenCL », Compas'2016, Conférence d'Informatique en Parallélisme, Architecture et Système, Session parallélisme #5: Support d'exécution, P5.1, 8 pages, Lorient (France), 5-8 juillet 2016.

[11] Jeannin-Girardon A., Ballet P. et Rodin V., « Simulation biomécanique de cellules virtuelles. Étude in silico de contraintes mécaniques pendant le développement de tissus », Dans 2ème séminaire de l’équipe IHSEV, juillet 2013.

[12] Guevel E., Jeannin-Girardon A. et Dezan C., « Du paramétrage de la granularité du calcul et de la localité des données des implémentations sur GPU - Expérimentations OpenCL », Dans Colloque annuel du GDR SOC-SIP, France, juin 2013.

[13] Jeannin-Girardon A., Ballet P. et Rodin V., « Structure de données optimisée pour la conception de simulation de systèmes multi-cellulaires sur architecture GPU », Dans 2ème journée des doctorants de l’ED SICMA, sept. 2012.

[14] Jeannin-Girardon A., Ballet P. et Rodin V., « Architecture logicielle pour la conception de simulation de systèmes multi-cellulaires sur GPU », Dans 32ème séminaire de la Société Francophone de Biologie Théorique (SFBT 2012), p. 25–26, 2012. [Meilleure présentation : prix Pierre Delattre 2012 décerné conjointement à 3 étudiants en thèse]