Activites
Activités de l'équipe en 2022 | Années précédentes
Activités scientifiques des membres
01/07 : Participation de J.-S. Sereni au jury de thèse de Hoang La en tant qu'examinateur, LIRMM, Université de Montpellier
06/07 : Exposé à International Conference on Graph Theory: Spanning trees in regular graphs (J.-S. Sereni)
03/06 : Réunion avec Google Cloud pour présenter le projet OrthoInspector, et l'utilisation d'IA pour l'intégration de la structure 3D dans l'analyse des variants génétiques (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Arnaud Kress, Julie Thompson)
10/06 : Participation de J.-S. Sereni au jury de thèse de Yitting Jiang en tant que rapporteur, IRIF, Université de Paris
15/06 : Intervention à la journée doctorale de l'UHA à Mulhouse : "Intelligence Artificielle : de la technique aux enjeux sociaux" (Anne Jeannin-Girardon)
16-17/06 : Kickoff meeting du projet Atelier de la Donnée, Unistra ADELE Helpdesk (J. Thompson)
17/05 : Séminaire de Kirsley Chennen : Printemps de la donnée, les données dans la thèse, organisé par l'Université de Strasbourg et l'Université de Haute-Alsace
20/05 : Séminaire d'équipe 'une éthique pour le 21è siècle', Pierre Collet
04-08/04 : Colloque en ligne « Directed Minors & Digraphs Structure Theory », organisé par J.-S. Sereni, R. Steiner & S. Wiederrecht dans le cadre du réseau « A Sparse (Graphs) Coalition »
05/04 : Réunion avec l'équipe SDC (N. Lachiche, G. Frey) : analyse par graphes des réseaux biologiques
20/04 : Réunion Institut Francais de Bioinformatique, GT Bioinfo Santé (K. Chennen, J. Thompson)
22/04 : Présentations de posters aux ED days de l'ED des Sciences de la Vie et de la Santé (C. Rutz, C. Meyer)
25/04 : Première réunion de GT RDA (Research Data Alliance) Strasbourg (J. Thompson)
29/04 : Première réunion de GT Données EST, RDG (Recherche Data Gouv) : projets 'Atelier de la donnée' (J. Thompson)
02/03 : Projet RainRARE, reception des données de transcriptomique et analyse ((Wojciech Krezel, Kirsley Chennen)
14/03 : Participation de O. Lecompte au jury d'HDR d'Anaïs Bardet, Université de Strasbourg
16/03 : Réunion NMD (Non-Sens mediated mRNA decay) - Thérapies de Translecture (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Nicolas Hass, Jean-Paul Renaud, Fabrice Lejeune)
23-24/03 : Kick-off meeting de l'ANR PRCI GEODE au LOEWE Centre for Translational Biodiversity Genomics (Francfort) (O. Lecompte, C Rutz, D Merlat)
23/03 : Participation de J. Thompson au jury d'HDR de Pierre Poulain, Université de Paris Diderot
29/03 : Invitation au CAGI6 meeting (Challenge Critical Assessment of Genome Interpretation VIth version) suite aux prédiction fournies; résultats à venir
18/02 : Réunions de travail avec SDC, CSIP, FEMTO-ST, Mob-ion et AAQIUS dans le cadre du projet AI-ReFuel ANR 2022 (préparation d'une proposition détaillée pour le passage à la phase 2), Ali Ayadi coordinateur du projet.
23/02 : Réunion avec Laurence Choulier (faculté de pharmacie) pour discuter d'une co-direction de thèse possible (Quentin Rott), Julie Thompson, Odile Lecompte
24/02 : Réunion avec Prof. Bourcier et Emilia Koestel, Ophtalmologue, CHU de Strasbourg pour discuter d'une collaboration possible suite au projet Myo-XIA, avec Corentin Meyer, Julie Thompson, Olivier Poch, Pierre Collet
03-07/01 : Participation (en ligne) de J.-S. Sereni au colloque Graph Theory à Oberwolfach (Allemagne)
17/01 : Participation d'O. Lecompte au meeting organisé par le consortium européen ERGA (European Reference Genome ATlas)
18-19/01 : Meeting Institut de Myologie Paris; Projet: IA et base de connaissances multi-niveaux pour le diagnostic des myopathies congénitales (Corentin Meyer/Olivier Poch/Kirsley Chennen)
21/01 : Réunion avec la société CInflows e-solutions for medical workflows, sur l'utilisation de l'IA pour la détermination de la taille de valves cardiaques et sur l'anonymisation de fichiers médicaux
24/01 : Réunion avec la société Urania Therapeutics, sur la création d'une base de connaissances dédiées aux thérapies des maladies génétiques à faux-sens technologie des molécules de 'Read-Through' au sein des ribosomes (Olivier Poch/Kirsley Chennen/Nicolas Haas)
Visiteurs
04-08/04 : Visite de J. Volec (Czech Technical University, République tchèque).
Doctorats
13/06 : Présentation au comité de suivi de thèse de Hiba Khodji, co-encadrée par Pierre Collet / Anne Jeannin et Julie Thompson
15/06 : Présentation au comité de suivi de thèse de Christelle Rutz, encadrée par Odile Lecompte
20/06 : Présentation au comité de suivi de thèse de Alix Simon, co-encadrée par Jocelyn Laporte (IGBMC) et Julie Thompson
24/05 : Soutenance de thèse d'Anna Leonteva 'Evolutionary and Quantum-inspired Algorithms for the Optimization of Magnetic Cooling Systems', co-encadré par Pierre Collet, Pierre Parrend et Anne Jeannin
30/05 : Présentation au comité de suivi de thèse de Corention Meyer, co-encadré par Olivier Poch et Pierre Collet
01/03 : Début de la thèse de Lena Bonassin - direction : O. Lecompte, co-direction : K. Theissinger (Francfort)
01/03 : Début de la thèse de Ljudevit Luka Boštjančić - direction : K. Theissinger (Francfort), co-direction : O. Lecompte
Stages
01/06 : Début du stage volontaire L2 de Inès Wurch (Science de la vie, biologie moléculaire) encadrée par Julie Thompson, Nicolas Scalzitti et Corentin Meyer
01/06 : Début du stage volontaire L2 de Jérémie Carabin (Science de la vie, biologie moléculaire) encadré par Julie Thompson, Olivier Poch
06/06 : Début du stage de Pierre Michel, M1 SdV, Biologie structurale intégrative et bio-informatique, Université de Strasbourg encadré par Julie Thompson, Kirsley Chennen, Nicolas Scalzitti
01/04 : fin du projet Freezer avec les étudiants de l'EPITA (outil de réaction en cas d'attaque informatique, qui permet d'empêcher la connexion de nouveaux utilisateurs, l'ouverture de nouveaux accès réseaux), encadrés par Pierre Parrend
01/03 : Début du stage M2 de Henri Joel Azemena (Master de l'Université de Lorraine) encadré par Ali Ayadi
28/02 : Début de stage M1S2 de Tuba Uslu (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadrée par Julie Thompson
28/02 : Début de stage fin d'étude de Souliman El Moussaoui (ECAM formation Data Science) encadrée par Julie Thompson, Kirlsey Chennen, Nicolas Scalzitti, collaboration Jean Muller, Laboratoire de diagnostic génétique, CHU de Strasbourg
28/02 : Début de stage M1S2 de Timothé Benoît (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadré par Claudine Mayer
28/02 : Début de stage M1S2 de Anthony Seyller (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadré par Claudine Mayer et Kirsley Chennen
28/02 : Début de stage de Khayala Gaybaliyeva, M2 Sciences de Données et Intelligence Artificielle, Université Franco-Azerbaidjanaise, encadrante Nathalie Al Makdessi
28/02 : Début de stage de Mahir Israyilov, M2 Sciences de Données et Intelligence Artificielle, Université Franco-Azerbaidjanaise, encadrants Ali Ayadi, Anne Jeannin-Girardon et Pierre Collet
03/01 : Début du stage M2S4 de Dorine Merlat (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadrée par O. Lecompte
03/01 : Début du stage M2S4 de Nicolas Haas (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadré par O. Poch et K. Chennen
03/01 : Début du stage M2S4 de Arthur Vogt (Master Biologie Structurale Intégrative et Bionformatique) encadré par C. Mayer
Activités administratives
23/06 : Réunion pour discuter de l'évolution du Schéma Directeur du Numérique (J. Thompson)
24/06 : Comité de pilotage Science Ouverte de l'Unistra (J. Thompson)
23/05 : Réunion de préparation du projet UnivOAK 2 (Julie Thompson)
05/04 : Réunion du comité de pilotage Mentorat en Alsace - Université de Strasbourg et Université de Haute Alsace (O. Lecompte)
08/04 : Comité de pilotage Science Ouverte de l'Unistra (J. Thompson)
28/04 : Réunion Société Urania Therapeutics-CSTB dans le cadre du dépôt de demande de la bourse CIFRE : "Développement d’un algorithme d’intelligence artificielle dédié aux thérapies de translecture : Application aux maladies génétiques rares" (25/04/2022) (N. Haas, K. Chennen, O. Poch)
09/03 : Réunion Urania Therapeutics discussion sur les contours d'une bourse CIFRE (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Nicolas Hass, Jean-Paul Renaud)
14/03 : Réunion Discussion Participation CSTB à l'UE Master Omiques, Bioibfo, données de santé (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Agnes Bloch-Zupan)
24/03 : Soumission de l'ANR Correau sur la cybersécurité des réseaux d'eau (Pierre Parrend)
28/03 : Réunion avec plusieurs membres de Google Cloud pour discuter d'une éventuelle collaboration autour du projet OrthoInspector, et l'utilisation d'IA pour l'intégration de la structure 3D dans l'analyse des variants génétiques (Olivier Poch, Kirsley Chennen, Arnaud Kress, Julie Thompson, Pierre Collet)
31/03 : Réunion avec Professeur Seiamak BAHRAM, PUPH Immunologie biologique, et Vincent Noblet, pour discuter d'une éventuelle collaboration autour d'un projet en analyse par IA des données multi-omiques (Julie Thompson, Olivier Poch, Pierre Collet).
02-03/02 : Organisation des réunions Coalition Café (en ligne) par S. Cambie, R. J. Kang, J.-S. Sereni & Y. Yuditski.
04/02 : Fin de projet MedCTF - application de gestion de données médicale pour challenge de cybersécurité, stage de Tayyip Gedik (encadrement Pierre Parrend)
09/02 : Soumission d'une réponse au Appel à manifestation d’intérêt - Chaire de professeur junior "GROOT: atlas of Gene RepertOire evOluTion", Odile Lecompte
16/02 : Soumission d'un pre-proposal "Development of new analytic tools and pathways to accelerate diagnosis and facilitate diagnostic monitoring of rare diseases" au AP European Joint Programme Rare Diseases, en collaboration avec Amélie Piton, IGBMC.
16/02 : Soumission d'un pre-proposal "RAinMARK : New tools and predictive markers for better patient care and treatment solutions in MCOPS12" au AP European Joint Programme Rare Diseases, en collaboration avec Wojciech KREZEL, IGBMC.
21/02 : Réunion de préparation du projet Correau, ANR phase 2 (INRAE, Eurométropole, CNAM, ICube)
25/02 : Acceptation du projet RARETIA ANR-20-MRB-00XX-03 (ANR/Investissements d'Avenir: Accélérer la Recherche et l'innovation sur les maladies rares grâce aux bases de données)
11/01 : Assemblée Générale de l'IFB, pour discuter de la prochaine feuille de route 2022-2027
20/01 : Réunion préparatoire écriture projet European Joint Programme RARE DISEASES (Olivier Poch/Kirsley Chennen)
31/01 : réunion de préparation du projet RDG AMI Atelier de la donnée (Julie Thompson)
Divers
17/05 : Installation de nos serveurs au DataCenter
Vie de l'équipe
Réunions d'équipe
Dates fixées à partir du 1er janvier - Début des réunions à 13:30
1er mardi du mois : Réunion groupe A (A-G)
2ème mardi du mois : Réunion groupe B (H-N)
3ème mardi du mois : Réunion groupe C (O-Z)
4ème mardi du mois : Réunion Permanents
Session "Jeun's"
Le dernier jeudi du mois à 14:00 : Présentations des "jeunes" pour préparation aux oraux suivies de questions (2 à 3 présentations de 12 min pour stagiaires et doctorants 1ère et 2ème année, 20 min pour doctorants 3ème année).
25/04 : (*) Session "Jeun's" Présentations de Quentin Christoffel, Nicolas Haas et Arthur Vogt
06/04 : (*) Session "Jeun's" Présentations de Dorine Merlat, Tuba Uslu, Thimothé Benoit et Antony Seyller
27/01 : (*) Session "Jeun's" Présentations de Lalla Aicha Koné et Yohan Solon